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LLLLEEEEEELSLTTHHHHHHHHHHTTLEEEEEETTLLHHHHHHHLLSEEEELLLSSLTTTLLLLLLGGGGGSLSLEEEETHHHHHHHHHTTLEEEEEEEEEEEEEEEEELSLTTTTTLLLSSTTEEEEEEEEEEEEEELLTTLEEEEELSSLTTSEEEETTTTEEEESSLTTSTTSTTHHHHHHIIIIIISLLLLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHTTLEEEEELLSSHHHHHHHHHHHHHHGGGEEEEEEELSLSLTTHHHHHIIIIIIIILLEEEEEELHHHHHHHHTTLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTLTTEEEEELLLLHHHHHHHHTLLSSLLLLLLTTTTSLSSLTTLLLEEELTTTTLLHHHHHHHHHHTTLLHHHHTLLLLLTTGGGGGBSSSLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLBLTTSLBHHHHLSEEEEEEEEEEELSSTTLLLLLEEEEEEEEEELSSSSLLEELLLLHHHHHHHHHHHHHHSTTEEEEEELLLLLLTTLLLLL
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LEEEEELSSLEEEEELLLSSHHHHHHHHHHHHHHTTLLSLEEEETTTTEEEEL
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463
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250
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5oql_E-G0S387
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463
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428
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135
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4akk_A-Q48468
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463
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5u1x_A-G1M6C4
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32
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377
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457
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257
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257
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214,397

GO-MF Dataset with ESMFold Structural Sequence

  • Description: Molecular Function of Gene Ontology (GO) project.
  • Number of labels: 489
  • Problem Type: multi_label_classification
  • Columns:
    • aa_seq: protein amino acid sequence
    • foldseek_seq: foldseek 20 3di structural sequence
    • ss8_seq: DSSP 8 secondary structure sequence

Github

Simple, Efficient and Scalable Structure-aware Adapter Boosts Protein Language Models

https://github.com/tyang816/SES-Adapter

Citation

Please cite our work if you use our dataset.

@article{tan2024ses-adapter,
  title={Simple, Efficient, and Scalable Structure-Aware Adapter Boosts Protein Language Models},
  author={Tan, Yang and Li, Mingchen and Zhou, Bingxin and Zhong, Bozitao and Zheng, Lirong and Tan, Pan and Zhou, Ziyi and Yu, Huiqun and Fan, Guisheng and Hong, Liang},
  journal={Journal of Chemical Information and Modeling},
  year={2024},
  publisher={ACS Publications}
}
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