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5 | UUUAUUGGGCCUAAAGCGUCCGUAGCCGGGCUGGUAAGUCCUCCGGGAAAUCUGGCGGCUUAACCGUCAGACUGCCGGAGGAUACUGCCAGCCUAGGGACCGGGAGAGGCCGGGGGUAUUCCCGGAGUAGGGGUGAAAUCCUGUAAUCCCGGGAGGACCACCUGUGGCGAAGGCGCCCGGCUGGAACGGGUCCGACGGUGAGGGACGAAGGCCAGGGGAGCGAACCGGAUUAGAUACCCGGGUAGUCCUGGCUGUAAACGAUGCGGACUAGGUGUCACCGAAGCUACGAGCUUCGGUGGUGCCGGAGGGAAGCCGUUAAGUCCGCCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAGGCUGAAACUUA | .......(((.......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....)))))).....))))))))..)))))))))...((((((.....((((((((((.(((((((....(((......))).......))))))).))).......((....)).)))))))....))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((((((...)))))))))))))))...((....))....))))))).)))..........((((....))))........ |
6 | AAGGAAUUGGCGGGGGAGCACUACAACGGGUGGAGCCUGCGGUUUAAUUGGAUUCAACGCCGGGAAGCUUACCGGGGGAGACAGCGGGAUGAAGGUCGGGCUGAAGACCUUACCAGACUAGCUGAGAGGUGGUGCAUGGCCGCCGUCAGUUCGUACUGUGAAGCAUCCUGUUAAGUCAGGCAACGAGCGAGACCCGCGCCCCCAGUUGCCAGCGGUUCCCUUCGGGGAAGCCGGGCACACUGGGGGGACUGCCGGCGCUAAGCCGGAGGAAGGUGCGGGCAACGGCAGGUCCGUAUGCCCCGAAUCCCCCGGGCUACACGCGGGCUACAAUGGCCGGGACAAUGGGUACCGACCCCGAAAGGGGUAGGUAAUCCCCUAAACCCGGUCUAACCUGGGAUCGAGGGCUGCAACUCGCCCUCGUGAACCUGGAAUCCGUAGUAAUCGCGCCUCAAAAUGGCGCGGUGAAUACGUCCCUGCUCCUUGCACAC | .......(((((.(((((((.....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((...((((........(((.(((.......))).)))......))))...((.((((..((((((((((..((((((.((....))...((((......))))..)))))).....((((.(((((((.((((..((((((((....))))).)))))))..))))))).....(((((.....)))))........))))...))))).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...)).....)))....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))))....((((((((.......))))))))...........)))))))))).)). |
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8 | AUUCCCUGAAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGCGCGAACGCUGGCGGCGUGCCUAACACAUGCAAGUCGUGCGCAGGCUCGCUCCCUCUGGGAGCGGGUGCUGAGCGGCAAACGGGUGAGUAACACGUGGGUAACCUACCCCCAGGAGGGGGAUAACCCCGGGAAACCGGGGCUAAUACCCCAUAAAGCCGCCCGCCACUAAGGCGAGGCGGCCAAAGGGGGCCUCUGGGCUCUGCCCAAGCUCCCGCCUGGGGAUGGGCCCGCGGCCCAUCAGGUAGUUGGUGGGGUAACGGCCCACCAAGCCUAUGACGGGUAGCCGGCCUGAGAGGGUGGCCGGCCACAGCGGGACUGAGACACGGCCCGCACCCCUACGGGGGGCAGCAGUGGGGAAUCGUGGGCAAUGGGCGAAAGCCUGACCCCGCGACGCCGCGUGGGGGAAGAAGCCCUGCGGGGUGUAAACCCCUGUCGGGGGGGACGAAGGGACUGUGGGUUAAUAGCCCACAGUCUUGACGGUACCCCCAGAGGAAGGGACGGCUAACUACGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGUAGGUCCCGAGCGUUGCGCGAA | ..........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.(((((((((((((...)))))))))).))).)))))......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((((((((((.....)))).))))))....((((((...(((((...))))).)))))).)))))))..))))))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....))))...(.(((((...(.....((((((((.......)))))))).....)....)))))....)..((((((((...(((((........))).........)))))))))).))))))))))... |
9 | GUCACUGGGCGUAAAGCGUCCGCAGCCGGUCGGGUAAGCGGGAUGUCAAAGCCCACGGCUCAACCGUGGAAUGGCAUCCCGAACUGCCCGACUUGAGGCACGCCCGGGCAGGCGGAAUUCCCGGGGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAUCUCGGGAGGAACACCGAAGGGGAAGCCAGCCUGCUGGGGCUGUCCUGACGGUCAGGGACGAAAGCCGGGGGAGCGAACCGGAUUAGAUACCCGGGUAGUCCCGG | .................((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...(((((.((((.((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).))))))).)))))).)))..))))...)))).....((((((...(...((((.........))))...))))))) |
10 | CCGUAAACCAUGGGCGCUAGGGCUUGUCCCUUUGGGGCAGGCUCGCAGCUAACGCGUUAAGCGCCCCGCCUGGGGAGUACGGGCGCAAGCCUGAAACUCAAAGGAAUUGGCGGGGGCCCGCACAACCGGUGGAGCGUCUGGUUCAAUUCGAUGCUAACCGAAGAACCUUACCCGGGCUUGACAUGCCGGGGAGACUCCGCGAAAGCGGAGUUGUGGAAGUCUCUGACUUCCCCCCGGCACAGGUGGUGCAUGGCCGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCCUGCCCCUAGUUGCUACCCCGAGAGGGGAGCACUCUAGGGGGACCGCCGGCGAUAAGCCGGAGGAAGGGGGGGAUGACGUCAGGUCAGUAUGCCCUUUAUGCCCGGGGCCACACAGGCGCUACAGUGGCCGGGACAAUGGGAAGCGACCCCGCAAGGGGGAGCUAAUCCCAGAAACCCGGUCAUGGUGCGGAUUGGGGGCUGAAACUCGCCCCCAUGAAGCCGGAAUCGGUAGUAACGGGGUAUCAGCGAUGUCCCCGUGAAUACGUUCUCGGGCCUUGCACAC | ...........(((((((.(((((((((((...)))))))))))...((....))....)))))))..............((((....))))...............(((((.(((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......((((((((..(((((((....)))))))...(((((((...)))))))))))))))..((.((((..((((((.(((..(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((.((((..(((.....)))))))..))))))).....(((((.....)))))........))))...))).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))))....((((((............))))))...........)))))))))).)). |
11 | ACCGCCCGUCACGCCACGGAAGUCGGUCCGGCCGGAAGUCCCCGAGCUAACCGGCCCUUUUUGGGCCGGGGGCAGGGGCCGAUGGCCGGGCCGGCGACUGGGGCGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAGGGGAACCUGCAAAA | .(.(..((.(.((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..(((((((.....))))))).))).)))).)...))))))))))))..))).))))..).))...)..)......(((((....))))).... |
12 | AUAACGAAGAGUUUGAUCCUGGCUUAGAACUAACGCUGGCAGUGCGUCUUAAGCAUGCAAGUCAAACGGGAUGUAGCAAUACAUUCAGUGGCGAACGGGUGAGUAACGCGUGGAUGAUCUACCUAUGAGAUGGGGAUAACUAUUAGAAAUAGUAGCUAAUACCGAAUAAGGUCAGUUAAUUUGUUAAUUGAUGAAAGGAAGCCUUUAAAGCUCUCGCUUGUAGAUGAGUCUGCGUCUUAUUAGCUAGUUGGUAGGGUAAAUGCCUACCAAGGCAAUGAUAAGUAACCGGCCUGAGAGGGUGAACGGUCACACUGGAACUGAGAUACGGUCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGCUAAGAAUCUUCCGCAAUGGCGAAGCUGACGGAGCGACACUGCGUGAAUGAAGAAGGUCGAAAGAUUGUAAAAUUCUUUUAUAAAUGAGGAAUAAGCUUUGUAGGAAAUGACAAAGUGAUGACGUUAAUUUAUGAAUAAGCCCCGGCUAAUUACGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGUAAGGGGCGAGCGUUGUUCGGG | ........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.(((((((....))))))).)))))......(((......((((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).....(((((((((....))))))))).....(((((.......))).)).)))))))..))))))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...((((...)))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((...(.....(((((((........))))))).....)....))))).......((((((((...(((((........))).........)))))))))).))))))))))... |
13 | AUUAUUGGGCGUAAAGGGUGAGUAGGCGGAUAUAUAAGUCUAUGCAUAAAAUACCACAGCUCAACUGUGGACCUAUGUUGGAAACUAUAUGUCUAGAGUCUGAUAGAGGAAGUUAGAAUUUCUGGUGUAAGGGUGGAAUCUGUUGAUAUCAGAAAGAAUACCGGAGGCGAAGGCGAACUUCUGGGUCAAGACUGACGCUGAGUCACGAAAGCGUAGGGAGCAAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCUACGCUGUAAACGAUGCACACUUGGUGUUAACUAAAAGUUAGUACCGAAGCUAACGUGUUAAGUGUGCCGCCUGGGGAGUAUGCUCGCAAGAGUGAAACUCA | .......(((.....(.((((...(((((((((((.((((((.(((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))..........((((....))))........ |
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17 | AUUAUUGGGCGUAAAGGGCUCGCAGGCGGUUUCUUAAGUCUGAUGUGAAAGCCCCCGGCUCAACCGGGGAGGGUCAUUGGAAACUGGGGAACUUGAGUGCAGAAGAGGAGAGUGGAAUUCCACGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAGAUGUGGAGGAACACCAGUGGCGAAGGCGACUCUCUGGUCUGUAACUGACGCUGAGGAGCGAAAGCGUGGGGAGCGAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCCACGCCGUAAACGAUGAGUGCUAAGUGUUAGGGGGUUUCCGCCCCUUAGUGCUGCAGCUAACGCAUUAAGCACUCCGCCUGGGGAGUACGGUCGCAAGACUGAAACUCA | .......(((.....(.((((...(((((((((((.(((((((((.......((((((.....)))))).....)))))))..)))))))))...(((.((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..))))..)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))..........((((....))))........ |
18 | AAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAAGCAACGCGAAGAACCUUACCAGGUCUUGACAUCCUCUGACAAUCCUAGAGAUAGGACGUCCCCUUCGGGGGCAGAGUGACAGGUGGUGCAUGGUUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUGAUCUUAGUUGCCAGCAUUCAGUUGGGCACUCUAAGGUGACUGCCGGUGACAAACCGGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAAUCAUCAUGCCCCUUAUGACCUGGGCUACACACGUGCUACAAUGGACAGAACAAAGGGCAGCGAAACCGCGAGGUUAAGCCAAUCCCACAAAUCUGUUCUCAGUUCGGAUCGCAGUCUGCAACUCGACUGCGUGAAGCUGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGAUCAGCAUGCCGCGGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACAC | .......(((((.(((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((....(((((....)))))...((((....))))))))).))..((.((((..((((((.(((..(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((.((((..((......))))))..))))))).....(((((.....))))).......)))))...))).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))))....(((((((.........)))))))...........)))))))))).)). |
19 | ACCGCCCGUCACACCACGAGAGUUUGUAACACCCGAAGUCGGUGAGGUAACCUUUUAGGAGCCAGCCGCCGAAGGUGGGACAGAUGAUUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAUCGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUUCU | .(.(..((.(.((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..((.....)).))).)))).)...))))..))))))..))).))))..).))...)..).((((((((((....))))))))))............... |
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21 | AUGUUAAUUAUGAAAUUAUUAUAUUUUCUUUUAGAUCUAUGGUAGAAUUUGGAUUUAUAUUAGUGAAUUUUCAUAAUUUUAAGAUUUGUUGAACAAAGCAGAUUAGUACCUGGUUAGACAAAAAUUAAAAGAGCAGGAGUAAAGUUGUAUUUAAACUGAA | ...((.....(.(((..........((..(.(((((..(.(......).)..))))).)..))..............)))....(((((....(....(((........)))....))))))......)))..........((((...))))........ |
22 | AAGAUAUUGGCAGACAUUCUAAAUUAUCUUUGGAGGCUGAGUAGUAACUGAGAACCCUCAUUAACUACUUAAUUUUUUGACUCGUGUAUGAUCGUUUAUUUUAUUCUUAAGGAUUAUAAUAAAAAAUUUUUAAUUUAUUAAAAUAGAUAUAUACCCGGUUUAUGAUUUAAGAAACAUUUGGCCUACAAUAUUUUAUAUUAUGGAUUUUAGUUUUAGUUAACUAAAUGAAAUUGUAAAAGACAGUAAAAAAUUCUUAAUGUAUUUUUGAAGAUUAUCUAGAAGUGGUACAA | .......((((..((.(((((.....(((((..((((((((.....(.((........)).).....(((((((....(((.((.(..(((((((((.(((((.(((...)))......)))))................)))).)))...))).)))))...)).))))).....)))))))).....((...))....(....(((((((......)))))))....).....))))).....((((((.(.....).))))))..........))))))).)).)). |
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24 | UUUUCUGAGAAUUUGAUCUUGGUUCAGAUUGAACGCUGGCGGCGUGGAUGAGGCAUGCAAGUCGAACGGAAUAAUGACUUCGGUUGUUAUUUAGUGGCGGAAGGGUUAGUAAUACAUAGAUAAUCUGUCCUCAACUUGGGAAUAACGGUUGGAAACGACCGCUAAUACCGAAUGUGGUAUGUUUAGGCAUCUAAAACAUAUUAAAGAAGGGGAUCUUCGGACCUUUCGGUUGAGGGAGAGUCUAUGGGAUAUCAGCUUGUUGGUGGGGUAAUGGCCUACCAAGGCUUUGACGUCUAGGCGGAUUGAGAGAUUGACCGCCAACACUGGGACUGAGACACUGCCCAGACUUCUACGGAAGGCUGCAGUCGAGAAUCUUUCGCAAUGGACGAAAGUCUGACGAAGCGACGCCGCGUGUGUGAUGAAGGCUCUAGGGUUGUAAAGCACUUUCGCUUGGGAAUAAGAGAGAUUGGCUAAUAUCCAAUCGAUUUGAGCGUACCAGGUAAAGAAGCACCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCUGCGGUAAUACGGAGGGUGCUAGCGUUAAUCGGA | ........(((((.......))))).((((.((((((.((((((((.....(((.(((..(((..((.((((((((((....)))))))))).)))))......(((.......(((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).....((((((((((....))).)))))))....((((((..((....)))))))).)))))))..))))))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).......(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....))))...(.(((((...(......((((((.......)))))).......)....)))))....)..((((((((...(((((........))).........)))))))))).))))))))))... |
25 | UUUAUUGGGCGUAAAGGGCGUGUAGGCGGAAAGGAAAGUUAGAUGUUAAAUCUUGGGGCUCAACCCCAAGCCAGCAUCUAAUACUAUCUUUCUAGAGGGUAGAUGGAGAAAAGGGAAUUCCACGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAUAUGUGGAAGAACACCAGUGGCGAAGGCGCUUUUCUAAUUUACACCUGACGCUAAGGCGCGAAAGCAAGGGGAGCAAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCCUUGCCGUAAACGAUGCAUACUUGAUGUGGAUAGUCUCAACCCUAUCCGUGUCGUAGCUAACGCGUUAAGUAUGCCGCCUGAGGAGUACACUCGCAAGGGUGAAACUCA | .......(((.....(.((((...((((((((((..(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)).))))))...(((((((((..((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).))))))).)))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....)))))))))))..........((((....))))........ |
26 | AAAGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCAGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAACGCGAAGAACCUUACCUGGGCUUGACAUGUAUUUGACCGCGGCAGAAAUGUCGUUUUCCGCAAGGACAGAUACACAGGUGCUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGCCGUGAGGUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUAUCGUUAGUUGCCAACACUUAGGGUGGGAACUCUAACGAGACUGCCUGGGUUAACCAGGAGGAAGGCGAGGAUGACGUCAAGUCAGCAUGGCCCUUAUGCCCAGGGCUACACACGUGCUACAAUGGCCAGUACAGAAGGUAGCAAUAUCGUGAGAUGGAGCAAAUCCUCAAAGCUGGCCCCAGUUCGGAUUGUAGUCUGCAACUCGACUACAUGAAGUCGGAAUUGCUAGUAAUGGCGUGUCAGCUAUAACGCCGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACAC | .......(((((.(((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......((((((((...((((((....))))))..(((....)))))))))))..((.((((..((((((.(((..(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((.(.((..(((.....))))).)..))))))).....(((((.....)))))........))))...))).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))))....(((((((..........)))))))...........)))))))))).)). |
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80 | AACCUGGUUGAUCCUGCCAGUAGUCAUAUGCUUGUCUUAAAGAUUAAGCCAUGCAUGUCUAAGUAUAAGCUUUUAUACGGCUAAACUGCGAAUGGCUCAUUAAAACAGUUAUAGUUUAUUUGAUGGUCUUUACUACAUGGAUAACCGUGGUAAUUCUAUGGCUAAUACAUGCGCACAUGCCUCUUCCCCUGGAAGGCAGUGUUUAUUAGAUACAGAACCAACCCACCUUCCGGUGGUCCUCAGGUGAUUCAUAGUAACCGAACGGAUCGCGUUGACUUCGGUCUGCGACGGAUCAUUCAAGUUUCUGACCUAUCAGCUUUCGACGGUACUGUAUUGGACUACCGUGGCAGUGACGGGUAACGGGGAAUUAGGGUUCGAUUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAAACGGCUACCACAUCUAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAAUUACCCAAUCCUGAUUCAGGGAGGUAGUGACAAGAAAUAACAACACUGGAAAUUUCAUUUCUAGUGAUUGGAAUGAUAGGAAUCCAAACCCCUUUCAGAGUAACAAUUGGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAAUAGCGUAUAUUAAA | ...(((((.......))))).(((.(((((((..((((...(.....(((.(((..((...(((....................)))))......(((.......(((..(...((....((((...........((((.....((((((.....))))))......))))......(((((.(((....))))))))....((((((........(((...(((((....)))))......)))......)))))).........((((...(((....))).))))...))))...)).)..))).(((....(((....((((((.(.......).)))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.(((..........))).)).(.((....)).)...)))))).).....(.(((...(((((...))))).)))).....)))).....((((((((((((.....))))))))).)))....................................(((((((((....((((........))).........)))))))))).))))))))))... |
81 | GUUGUUGCAGUUAAAAAGCUCGUAGUUGGAUUUCUGCUGGAAGCAGCCAGUCCGCCCUCAGGGGUGUGCACUUGGUGAAUUCUAGCAUCCUUCUGGAUUUCUCCACACUUCAUUGUGUGGAGUUUUUUCCAGGACUUUUACUUUGAGAAAAUUAGAGUGUUUCAAGCAGGCUUGUCGCCUUGAAUACUGCAGCAUGGAAUAAUAAGAUAGGAUUUCGGCCCUAUUUUGUUGGUUUCUAGGACUGAAGUAAUGAUUAAUAGGGACGGUUGGGGGCAUUCGUAUUUAACUGUCAGAGGUGAAAUUCUUAGAUUUGUUAAAGACGAACUACUGCGAAAGCAUUUGCCAAAGAUGUUUUCAUUAAUCAAGAACGAAAGUUAGGGGCUCGAAGACGAUCAGAUACCGUCGUAGUCUUAACCAUAAACUAUGCCGACUAGAGAUAGGAAAACGUCAUGCUUGACUUCUCCUGCACCUUAUGAGAAACCAAAGUCUUUGGGUUCUGGGGGGAGUAUGGUCGCAAGGCUGAAACUUA | .......(((.....(.(.((...((((.......................................................................................................................................................................................................................................((((((.((...((((..(((.((((((.(...(((......)))......).)))))).))).......((....))...))))..)).)).))))..))))...)).)....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(.(.(((((.((.((((....)))))).)))))..).)...(......)..))))....)))))))..........((((....))))........ |
82 | AAGGAAUUGACGGAAGGGCACCACCAGGCGUGGAGCCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGGAAACUCACCAGGUCCAGACAUAGGAAGGAUUGACAGAUUGAUAGCUCUUUCUUGAUUCUAUGGGUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGAGUGAUUUGUCUGGUUAAUUCCGUUAACGAACGAGACCUUAACCUGCUAAAUAGGAUCAGGAACUUCGUGUUCUUGUAUCACUUCUUAGAGGGACUUUGCGUGUCUAACGCAAGGAAGUUUGAGGCAAUAACAGGUCUGUGAUGCCCUUAGAUGUUCUGGGCUGCACGCGCGCUACACUGAUGCAUCCAACGAGUUUAUAACCUUGGCCGAUAGGUCUAGGUAAUCUUGUGAGUAUGCAUCGUGAUGGGGAUAGAUUAUUGCAAUUAUUAAUCUUCAACGAGGAAUGCCUAGUAGGCGCAAGUCAGCACGUUGCGCCGAUUACGUCCCUGCCCUUUGUACAC | .......(((((.(((((((.....((((((..(((.((((((....((((........))))........(((((.(....(((((........((.(((........))).))......)))))...((.((((..((((((((.(..(((.(((((....)))...(((......)))...)).))).....((((((((.((((..((((((((((((.....))))))).))).))..))))))).....(((((.....))))).......)))))...).))).)))...).))))))).....).)))))...)).)))).))).....(((((((.....(((......(((..((((....))))..)))...)))......)))))))......(....((((((..........))))))....).....))))))....(((((((.........)))))))...........)))))))))).)). |
83 | ACCGCCCGUCGCUCCUACCGAUUGAGUGUUCCGGUGAAUUAUUCGGACCGUUUUGUGGCGCGUUCGUGCCCGAAAUGGGAAGUUUUGUGAACCUUAACACUUAGAGGAAGGAGAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCGGAAGGAUCAUUC | .(.(..((.(.(((((.((...((((((((..(((..((.(..(...((((((((.(((((....)))))))))))))...)..).))..)))..))))))))..)).)))))..).))...)..).((((((((((....))))))))))........ |
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86 | GGUACCUCCCCGAAAGGGGUAGGGACCCAGUCCUUCGGGACUGGGAGCCGGCACAGGUGGUGCACGGCCGUCGUCAGCUCGUGCCGUGAGGUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCCUGCCCCUAGUUGCCAGCGGUUCGGCCGGGCACUCUAGGGGGACUGCCGGCGACGAGCCGGAGGAAGGAGGGGAUGACGUCAGGUACUCGUGCCCCUUAUGCCCUGGGCGACACACGCGCUACAAUGGGCGGUACAAUGGGUUGCGACCCCGCGAGGGGGAGCCAAUCCCCAAAGCCGCCCUCAGUUCGGAUCGCAGGCUGCAACCCGCCUGCGUGAAGCCGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGAUCAGCCAUGCCGCGGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACAC | ....(((((((....)))).)))..((((((((....))))))))..........((.((((..((((((.(((..(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((.((((..(((.....)))))))..))))))).....(((((.....)))))........))))...))).).)))...))))))))..............................(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))......(....(((((((........)))))))....)...............(((((((..........)))))))......................... |
87 | ACCGCCCGUCACGCCACCCGAGUCGGGGGCUCCCGAAGACACCUACCCCAACCCGAAAGGGAGGGGGGGUGUCGAGGGAGAACCUGGCGAGGGGGGCGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACCGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUUCU | .(.(..((.(.((((.(((..((((((..((((....(((((((.((((..(((....))).)))))))))))...))))..))))))..))).))))..).))...)..).((((((((((....))))))))))............... |
88 | AGCGUACACGGUGGAUGCCCUGGCAGUCAGAGGCGAUGAAGGACGUGCUAAUCUGCGAUAAGCGUCGGUAAGGUGAUAUGAACCGUUAUAACCGGCGAUUUCCGAAUGGGGAAACCCAGUGUGUUUCGACACACUAUCAUUAACUGAAUCCAUAGGUUAAUGAGGCGAACCGGGGGAACUGAAACAUCUAAGUACCCCGAGGAAAAGAAAUCAACCGAGAUUCCCCCAGUAGCGGCGAGCGAACGGGGAGCAGCCCAGAGCCUGAAUCAGUGUGUGUGUUAGUGGAAGCGUCUGGAAAGGCGCGCGAUACAGGGUGACAGCCCCGUACACAAAAAUGCACAUGCUGUGAGCUCGAUGAGUAGGGCGGGACACGUGGUAUCCUGUCUGAAUAUGGGGGGACCAUCCUCCAAGGCUAAAUACUCCUGACUGACCGAUAGUGAACCAGUACCGUGAGGGAAAGGCGAAAAGAACCCCGGCGAGGGGAGUGAAAAAGAACCUGAAACCGUGUACGUA | .((((((((((.....(((..(((((((((((........(((.((........))......((((((...(((.......))).......))))))...)))....(((....)))(((((((....))))))).(((((((((.........))))))))).......(((((.....((....))......)))))...........((....))..((((((.....((.....))....)))))..((((..((((......(((((((((((((.(((...(((((......)))))..(...).(((.......)))...)))...)))))))))))))...))))........((((((((.........))))))))......(((((......)))))..))))..)..)).))))))).))...............((....))....)).........((((.....)))).............).....)))))))))). |
89 | GGUCAGCGACUUAUAUUCUGUAGCAAGGUUAACCGAAUAGGGGAGCCGAAGGGAAACCGAGUCUUAACUGGGCGUUAAGUUGCAGGGUAUAGACCCGAAACCCGGUGAUCUAGCCAUGGGCAGGUUGAAGGUUGGGUAACACUAACUGGAGGACCGAACCGACUAAUGUUGAAAAAUUAGCGGAUGACUUGUGGCUGGGGGUGAAAGGCCAAUCAAACCGGGAGAUAGCUGGUUCUCCCCGAAAGCUAUUUAGGUAGCGCCUCGUGAAUUCAUCUCCGGGGGUAGAGCACUGUUUCGGCAAGGGGGUCAUCCCGACUUACCAACCCGAUGCAAACUGCGAAUACCGGAGAAUGUUAUCACGGGAGACACACGGCGGGUGCUAACGUCCGUCGUGAAGAGGGAAACAACCCAGACCGCCAGCUAAGGUCCCAAAGUCAUGGUUAAGUGGGAAACGAUGUGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGAUGUUGGCUUAGAAGCAGCCAUCAUUUAAAGAAAGCGUAAUAGCUCACUGGUCGAGUCGGCCUGCGCGGAAGAUGUAACGGGGCUAAACCAUGCACCGAAGCUGCGGCAGCGACGCUUAUGCGUUGUUGGGUAGGGGAGCGUUCUGUAAGCCUGCGAAGGUGUGCUGUGAGGCAUGCUGGAGGUAUCAGAAGUGCGAAUGCUGACA | .((((((....(((((((((((((..((((..((.....))..))))...((....))..((((.....)))).....)))))))))))))..((.....((((((...((((((((((((.((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........))))))))..).))))))))))).(((.....)))......))))))........))..((((((....(((((....)))))..(((((((...(((((((((.(.(.(((...(((.((((...(((((((.....))))).))...)))).)))..)).).).).)))))).)))...))))))).....((((((((((......))))))))))....(((......)))...((((.(((...(((......(.(((((((..........((..(((((..(((.......(((((.(((..(((.........)))..)))(...)(...((......)).).)))))...)))..))))).))..................)))))))))))...)))))))(((((((((....)))))))))....))))))..(((((...(((......((((((((....))))))))...)))..)))))........)))))). |
90 | AAGCGGGUGAAAAGCCCGCUCGCCGGAAGACCAAGGGUUCCUGUCCAACGUUAAUCGGGGCAGGGUGAGUCGACCCCUAAGGCGAGGCCGAAAGGCGUAGUCGAUGGGAAACAGGUUAAUAUUCCUGUACUUGGUGUUACUGCGAAGGGGGGACGGAGAAGGCUAUGUUGGCCGGGCGACGGUUGUCCCGGUUUAAGCGUGUAGGCUGGUUUUCCAGGCAAAUCCGGAAAAUCAAGGCUGAGGCGUGAUGACGAGGCACUACGGUGCUGAAGCAACAAAUGCCCUGCUUCCAGGAAAAGCCUCUAAGCAUCAGGUAACAUCAAAUCGUACCCCAAACCGACACAGGUGGUCAGGUAGAGAAUACCAAGGCGC | .((((((.......))))))((((....((((.......((((((...((.....)).))))))......(((..((...(((.(.(((....))).).)))...))...(((((........)))))..(((((((((((((...((((....((((..(((..(((((.(((((..........))))).(((.((((...((((((((((((.((.....)))))))))))..)))...))))..)))...(((((....)))))....)))))...)))...)))).........))))...))....))))))))))).))).........((......)).)))).((((.....))))..)))). |
91 | UUGAGAGAACUCGGGUGAAGGAACUAGGCAAAAUGGUGCCGUAACUUCGGGAGAAGGCACGCUGAUAUGUAGGUGAGGUCCCUCGCGGAUGGAGCUGAAAUCAGUCGAAGAUACCAGCUGGCUGCAACUGUUUAUUAAAAACACAGCACUGUGCAAACACGAAAGUGGACGUAUACGGUGUGACGCCUGCCCGGUGCCGGAAGGUUAAUUGAUGGGGUUAGCGCAAGCGAAGCUCUUGAUCGAAGCCCCGGUAAACGGCGGCCGUAACUAUAACGGUCCUAAGGUAGCGAAAUUCCUUGUCGGGUAAGUUCCGACCUGCACGAAUGGCGUAAUGAUGGCCAGGCUGUCUCCACCCGAGACUCAG | .((((....((((((((.(((..............(((((....(....).....)))))((((((...(((.....((((.....))))....)))..))))))(...).......(((((((((..(((((.....)))))..(((((((((...(((....)))...)..))))))))..((((.(((..(((((((..(((........((((((.((....))..))))))........))))))))..)))))((((((.......))))))....................((((((.....))))))..........))))...)).)))))))....))).)))))))).)))). |
92 | UCGCUGUGAAGAUGCAGUGUACCCGCGGCAAGACGGAAAGACCCCGUGAACCUUUACUAUAGCUUGACACUGAACAUUGAGCCUUGAUGUGUAGGAUAGGUGGGAGGCUUUGAAGUGUGGACGCCAGUCUGCAUGGAGCCGACCUUGAAAUACCACCCUUUAAUGUUUGAUGUUCUAACGUUGACCCGUAAUCCGGGUUGCGGACAGUGUCUGGUGGGUAGUUUGACUGGGGCGGUCUCCUCCUAAAGAGUAACGGAGGAGCACGAAGGUUGGCUAAUCCUGGUCGGACAUCAGGAGGUUAGUGCAAUGGCAUAAGCCAGCUUGACUGCGAGCGUGACGGCGCGAGCAGGUGCGAAAGCAGGUCAUAGUGAUCCGGUGGUUCUGAAUGGAAGGGCCAUCGCUCAACGGAUAAAAGGUACUCCGGGGAUAACAGGCUGAUACCGCCCAAGAGUUCAUAUCGACGGCGGUGUUUGGCACCUCGAUGUCGGCUCAUCACAUCCUGGGGCUGAAGUAGGUCCCAAGGGUAUGGCUGUUCGCCAUUUAAAGUGGUACGCGAGCUGGGUUUAGAACGUCGUGAGACAGUUCGGUCCCUAUCUGCCGUGGGC | .(((((........)))))..((((((((.(((.((.....(((((.(((((((.(((((.(((.((((..(((((((((((.((((...........(((((..((((.....((((((((....))))))))..))))............)))))..)))).)))))))))))...(((.((((((.....))))))))).....)))).)))..)))))..(((((...)))))((((((...........))))))(.((..((((((((((.((((((.......))))))...))((...((())....))))))))..((((..(((......)))..)))).(((....))).))))).......(((((((.((........))))))))).....)......)))))..))))))).......(((.((((((((...((.......))...))))))))..)))..........(((((((((((..(((((((((......)))))))..)).(((((.....))))).....)))))..)..)))).).....(((((((....))).))))....))..))))))))))). |
93 | UGGAGAACUGAGGGGGGCUGCUCCUAGUACGAGAGGACCGGAGUGGACGCAUCACUGGUGUUCGGGUUGUCAUGCCAAUGGCACUGCCCGGUAGCUAAAUGCGGAAGAGAUAAGUGCUGAAAGCAUCUAAGCACGAAACUUGCCCCGAGAUGAGUUCUCCCUGACCCUUUAAGGGUCCUGAAGGAACGUUGAAGACGACGACGUUGAUAGGCCGGGUGUGUAAGCGCAGCGAUGCGUUGAGCUAACCGGUACUAAUGAACCG | .((((((((..((((..(((((((...(.(....).)..))))))).(((((...(((....(((((((((((....))))))..)))))....))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))..((((((...)))))).....((..(((((.......)))))....((((((((..(.....(((((....)))))....)...))))).))).....)). |
94 | AGGGCGCACGGUGGAUGCCUUGGCACUAGGAGCCGAUGAAGGACGGGACGAACACCGAUAUGCUUCGGGGAGCUGUAAGCAAGCUUUGAUCCGGAGAUUUCCGAAUGGGGAAACCCACCACUCGUAAUGGAGUGGUAUCCAUAUCUGAAUUCAUAGGAUAUGAGAAGGCAGACCCGGGGAACUGAAACAUCUAAGUACCCGGAGAAGAGAAAGCAAAUGCGAUUCCCUGAGUAGCGGCGACGAACACGGGAUCAGCCCAAACCAAGAGGCUUGCCUCUGUGGUUGUAGGACACUCUGUACGGAGUUACAAAAGAACGAGGUAGAUGAAGAGGUCUGGAAAGGGCCCGCCAUAGGAGGUAACAGCCCUGUAGUCAAAACUUCGUUCUCUCCUGAGUGGAUCCUGAGUACGGCGGAACACGUGAAAUUCCGUCGGAAUCCGGGAGGACCAUCUCCCAAGGCUAAAUACUCCCUAGUGACCGAUAGUGAACCAGUACCGUGAGGGAAAGGUGAAAAGCACCCCGGAAGGGGAGUGAAAGAGAUCCUGAAACCGUGUGCCUA | .((((((((((.....(((..(((((((((((........((((((........))).....((((((...(((.......)))......))))))...)))....(((....)))(((((((......))))))).(((((((((.........))))))).))........(((((.....((....))......)))))..........((....))...(((((.....(......)....).))))..((((.....((.((((....)))))).......(((((((((.....((((.......((((((((((.(((...(.((((.......)))))..(...).(((.......)))...)))...)))))))))))))).)))))..)))).....((((((((.........))))))))......(((((......)))))..)))).....)).))))))).))...............((....))....)).........((((....)))).............).....)))))))))). |
95 | AACCGGCGAGUUACGAUCCCGUGCAAGGUUAAGCAGAAGAUGCGGAGCCGCAGCGAAAGCGAGUCUGAAUAGGGCGCAUGAGUACGUGGUCGUAGACCCGAAACCAGGUGAUCUACCCAUGUCCAGGGUGAAGUUCAGGUAACACUGAAUGGAGGCCCGAACCCACGCACGUUGAAAAGUGCGGGGAUGAGGUGUGGGUAGGGGUGAAAUGCCAAUCGAACCUGGAGAUAGCUGGUUCUCUCCGAAAUAGCUUUAGGGCUAGCCUCAAGGUAAGAGUCUUGGAGGUAGAGCACUGAUUGGACUAGGGGCCCUCACCGGGUUACCGAAUUCAGUCAAACUCCGAAUGCCAAUGACUUAUCCUUGGGAGUCAGACUGCGAGUGAUAAGAUCCGUAGUCGAAAGGGAAACAGCCCAGACCGCCAGCUAAGGUCCCAAAGUAUACGUUAAGUGGAAAAGGAUGUGGAGUUGCUUAGACAACCAGGAUGUUGGCUUAGAAGCAGCCACCAUUUAAAGAGUGCGUAAUAGCUCACUGGUCGAGUGACUCUGCGCCGAAAAUGUACCGGGGCUAAACGUAUCACCGAAGCUGCGGACUGUUCUUCGAACAGUGGUAGGAGAGCGUUCUAAGGGCUGUGAAGCCAGACCGGAAGGACUGGUGGACGGCUUAGAAGUGAGAAUGCCGGUA | .((((((....(((((((.(((((..((((..(((.....)))..))))...((....))..((((.....))))......))))).)))))))..((.....((((((...((((((((((((.((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........))))))))..).))))))))))).(((.....)))......))))))........))..((((((....(((((....)))))..(((((((...(((((((((.(.(.(((...((((((((...(((((((.....))))).))...))))))))..)).).).).)))).)))))..))))))).....(((((((.((......)).)))))))....(((......)))...((((.(((...(((......(.(((((((..........((..((((((((((.......(((((.(((..(((.........)))..)))(...)(...((......)).).)))))...)))))))))).))..................)))))))))))...)))))))(((((((...)))))))....))))))..(((((((.........(((((.((....)).)))))......)))))))........)))))). |
96 | AGAGGGGUGAGAAUCCCUCCACCGAAUGCCUAAGGGUUCCUGAGGAAGGCUCGUCCGCUCAGGGUUAGUCGGGACCUAAGCCGAGGCCGAAAGGCGUAGGCGAUGGACAACAGGUUGAUAUUCCUGUACCACCUCCUCACCAUUUGAGCAAUGGGGGGUCGCAGGAGGAUAGGGUAAGCGCGGUAUUGGAUAUCCGCGUCCAAGCAGUUAGGCUGGGAAAUAGGCAAAUCCGUUUCCCAUAAGGCUGAGCUGUGAUGGCGAGCGAAAUAUAGUAGCGAAGUUCCUGAUUCCACACUGCCAAGAAAAGCCUCUAGCGAGGUGAGAGGUGCCCGUACCGCAAACCGUCACAGGUAGGCGAGGAGAGAAUCCUAAGGUGA | .((((((......))))))((((....((((.......((((((...((.....)).))))))......(((..((...(((.(.(((....))).).)))...))...(((((........)))))..(((((.((((((......((...((((....((((..(((..(((.((.(((((..........))))).(((.((((...(((((((((((.((.....))))))))))....)))...))))..)))...((.(.......).))....)))))...)))...)))).........))))..))..))))))))))).))).........((......)).)))).((((.....))))..)))). |
97 | UCGAGAGAACUCUCGUUAAGGAACUCGGCAAAAUGACCCCGUAACUUCGGGAGAAGGGGUGCUCUGUUAGGGUGCAAGCCCGAGAGAGCCGCAGUGAAUAGGCCCAGGCGACUGUUUAGCAAAAACACAGGUCUCUGCGAAGCCGUAAGGCGAAGUAUAGGGGCUGACGCCUGCCCGGUGCUGGAAGGUUAAGAGGAGCGCUUAGCGUAAGCGAAGGUGCGAAUUGAAGCCCCAGUAAACGGCGGCCGUAACUAUAACGGUCCUAAGGUAGCGAAAUUCCUUGUCGGGUAAGUUCCGACCCGCACGAAAGGCGCAACGAUCUGGGCGCUGUCUCAACGAGAGACUCGG | .((((....((((((((.(((..............(((((....(....).....)))))(((((.((.((((....)))))).)))))(...).......(((((((((..(((((.....)))))..(((((((((...(((....)))...)..))))))))..((((.(((..(((((((..(((...((...((((((.((....))..))))))...))...))))))))..)))))((((((.......))))))....................((((((.....))))))..........))))...)).)))))))....))).)))))))).)))). |
98 | UACCUGUGAAGAUGCAGGUUACCCGCGACAGGACGGAAAGACCCCGUGGAGCUUUACUGCAGCCUGAUAUUGAAUGUUGGUACAGCUUGUACAGGAUAGGUAGGAGCCUUGGAAACCGGAGCGCCAGCUUCGGUGGAGGCAUCGGUGGGAUACUACCCUGGCUGUAUUGACCUUCUAACCCCCCGCCCUUAUCGGGCGGGGAGACAGUGUCAGGUGGGCAGUUUGACUGGGGCGGUCGCCUCCUAAAAGGUAACGGAGGCGCCCAAAGGUUCCCUCAGAAUGGUUGGAAAUCAUUCGCAGAGUGUAAAGGCACAAGGGAGCUUGACUGCGAGACCUACAAGUCGAGCAGGGACGAAAGUCGGGCUUAGUGAUCCGGUGGUUCCGCAUGGAAGGGCCAUCGCUCAACGGAUAAAAGCUACCCCGGGGAUAACAGGCUUAUCUCCCCCAAGAGCUCCACAUCGACGGGGAGGUUUGGCACCUCGAUGUCGGCUCAUCGCAUCCUGGGGCUGUAGUCGGUCCCAAGGGUUGGGCUGUUCGCCCAUUAAAGCGGUACGCGAGCUGGGUUCAGAACGUCGUGAGACAGUUCGGUCCCUAUCCGUCGCGGGC | .(((((........)))))..((((((((.(((.((.....(((((.(((((((.(((((.((((((((..(((.((((((((((((...........(((((..((((.....((((((((....))))))))..))))............)))))..)))))))))))).)))....((.((((((.....))))))))......))))))))..)))))..(((((...)))))((((((...........))))))(.((..((((((((((.((((((.......))))))...))((...((())....))))))))..((((..(((......)))..)))).(((....))).))))).......(((((((.((........))))))))).....)......)))))..))))))).......(((.((((((((...((........))...))))))))..)))..........(((((((((((..((((((((((....))))))))..)).(((((.....))))).....)))))..)..)))).).....(((((((....))).))))....))..))))))))))). |
99 | UGGAAAUUUGAGAGGAGCUGUCCUUAGUACGAGAGGACCGGGAUGGACGCACCGCUGGUGUACCAGUUGUUCUGCCAAGGGCAUCGCUGGGUAGCUAUGUGCGGACGGGAUAAGUGCUGAAAGCAUCUAAGCAUGAAGCCCCCCUCAAGAUGAGAUUUCCCAUUCCGCAAGGAAGUAAGAUCCCUGAAAGAUGAUCAGGUUGAUAGGUCUGAGGUGGAAGUGUGGCAACACAUGGAGCUGACAGAUACUAAUCGAUCG | .((((((((..((((..(((((((...(.(....).)..))))))).(((((...(((....(((((((((((....))))))..)))))....))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))..((((....))))....(((((((((.......)))))....((((((((.((.....(((((....)))))....))..))))).)))...)))). |
RIVAS
The RIVAS dataset is a curated collection of RNA sequences and their secondary structures, designed for training and evaluating RNA secondary structure prediction methods. The dataset combines sequences from published studies and databases like Rfam, covering diverse RNA families such as tRNA, SRP RNA, and ribozymes. The secondary structure data is obtained from experimentally verified structures and consensus structures from Rfam alignments, ensuring high-quality annotations for model training and evaluation.
Disclaimer
This is an UNOFFICIAL release of the RIVAS dataset by Elena Rivas, et al.
The team releasing RIVAS did not write this dataset card for this dataset so this dataset card has been written by the MultiMolecule team.
Example Entry
id | sequence | secondary_structure |
---|---|---|
AACY020454584.1_604-676 | ACUGGUUGCGGCCAGUAUAAAUAGUCUUUAAG... | ((((........)))).........((........ |
Column Description
The converted dataset consists of the following columns, each providing specific information about the RNA secondary structures, consistent with the bpRNA standard:
id: A unique identifier for each RNA entry. This ID is derived from the original
.sta
file name and serves as a reference to the specific RNA structure within the dataset.sequence: The nucleotide sequence of the RNA molecule, represented using the standard RNA bases:
- A: Adenine
- C: Cytosine
- G: Guanine
- U: Uracil
secondary_structure: The secondary structure of the RNA represented in dot-bracket notation, using up to three types of symbols to indicate base pairing and unpaired regions, as per bpRNA's standard:
- Dots (
.
): Represent unpaired nucleotides. - Parentheses (
(
and)
): Represent base pairs in standard stems (page 1). - Square Brackets (
[
and]
): Represent base pairs in pseudoknots (page 2). - Curly Braces (
{
and}
): Represent base pairs in additional pseudoknots (page 3).
- Dots (
Variations
This dataset is available in three variants:
- RIVAS: Includes TrainSetA (3166 sequences) for training, TestSetA (697 sequences) for validation and TestSetB (430 sequences) for testing.
- RIVAS-A: Includes TrainSetA (3166 sequences) and TestSetA (697 sequences), emphasizing sequence diversity while minimizing overlap between training and test sets. Suitable for evaluating RNA secondary structure prediction models on diverse RNA families.
- RIVAS-B: Consists of TrainSetB (1094 sequences) and TestSetB (430 sequences) derived from Rfam alignments, offering additional structural diversity and RNA types not present in RIVAS-A. Designed for testing the generalization capability of models trained on different types of RNA structures.
Related Datasets
- bpRNA-spot: A subset of RIVAS that applies CD-HIT (CD-HIT-EST) to remove sequences with more than 80% sequence similarity from RIVAS.
- RNAStrAlign: A database of RNA secondary with the same families as ArchiveII, usually used for training.
License
This dataset is licensed under the AGPL-3.0 License.
SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0-or-later
Citation
@article{rivas2012a,
author = {Rivas, Elena and Lang, Raymond and Eddy, Sean R},
journal = {RNA},
month = feb,
number = 2,
pages = {193--212},
publisher = {Cold Spring Harbor Laboratory},
title = {A range of complex probabilistic models for {RNA} secondary structure prediction that includes the nearest-neighbor model and more},
volume = 18,
year = 2012
}
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