 diff -rupN -x Xcode -x .git bwa/bwamem.c bwa-mod/bwamem.c
 --- bwa/bwamem.c	2015-07-08 13:14:28.000000000 -0400
-+++ bwa-mod/bwamem.c	2016-07-30 14:52:44.000000000 -0400
++++ bwa-mod/bwamem.c	2016-07-30 16:22:05.000000000 -0400
 @@ -512,6 +512,8 @@ static void mem_mark_primary_se_core(con
  			int e_min = a[j].qe < a[i].qe? a[j].qe : a[i].qe;
  			if (e_min > b_max) { // have overlap

+			kputsn("NA", 2, str);
+		}
+		kputc(',', str);
+		kputw(ngaps, str); // ztz2
+		kputc(',', str);
+		kputw(nextends, str); // ztz3
+		kputc(',', str);
+		if(p->sub >= 0) {
+			kputw(p->score - p->sub, str); // ztz4
+		} else {
+			kputsn("NA", 2, str);
+		}
+		kputc(',', str);
+		kputw(p->osub, str); // ztz5
+		kputc(',', str);
+		kputw(p->pair_score, str); // ztz6
+		kputc(',', str);
+		if(p->pair_sub >= 0) {
+			kputw(p->pair_score - p->pair_sub, str); // ztz7
+		} else {
+			kputsn("NA", 2, str);
+		}
+		kputc(',', str);
+		kputw(p->n_comp, str); // ztz8
+		kputc(',', str);
+		kputw(p->seedlen0, str); // ztz9
+		kputc(',', str);
+		kputw(p->sub_n, str); // ztz10
+		kputc(',', str);
+		kputw(p->osub_n, str); // ztz11
+		kputc(',', str);
+		kputw(p->pair_nsub, str); // ztz12
+		kputc(',', str);
+		kputw((int)(p->frac_rep * 1000.0), str); // ztz13
+		kputc(',', str);
+		kputw((int)(p->pair_frac_rep * 1000.0), str); // ztz14
+		kputc(',', str);
+		kputw((int)(p->seedcov * 1000.0), str); // ztz15
+		kputc(',', str);
+		kputw((int)(p->pair_seedcov * 1000.0), str); // ztz16
+	}
 	kputc('\n', str);
 }
 
@@ -1129,8 +1184,17 @@ mem_aln_t mem_reg2aln(const mem_opt_t *o
 	a.rid = bns_pos2rid(bns, pos);
 	assert(a.rid == ar->rid);
 	a.pos = pos - bns->anns[a.rid].offset;

 				if (e_min - b_max >= min_l * opt->mask_level) { // significant overlap
 					if (a[j].sub == 0) a[j].sub = a[i].score;
 					if (a[j].score - a[i].score <= tmp && (a[j].is_alt || !a[i].is_alt))
@@ -942,6 +944,48 @@ void mem_aln2sam(const mem_opt_t *opt, c
 		for (i = tmp; i < str->l; ++i) // replace TAB in the comment to SPACE
 			if (str->s[i] == '\t') str->s[i] = ' ';
 	}
