I have multiple VCF files, and I need to copy the elements of column 12 to column 13 while keeping the column names. 

From this

    $ cut -f12,13  sample_file.vcf | grep -v "##" | head
     VD_SCLC_1	VCFM_SCLC_1
     0/1:17,17:.:.:34,13:.:.:.:7,6:.:0.2766:.:13:.:47	0/1:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.
     0/1:111:.:39:.:0.3514:.:21,18:.:.:41,31:.:.:72,39:.	0/1:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.
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     0/1:.:.:.:9,12:.:21,20:.:7,13:.:0.4878:.:20:41:.	0/1:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.
    0/1:0.3654:.:10,9:.:.:18,15:.:33,19:.:.:.:52:19:.	0/1:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.

To this


    $ cut -f12,13  sample_file.vcf | grep -v "##" | head
     VD_SCLC_1	VCFM_SCLC_1
     0/1:17,17:.:.:34,13:.:.:.:7,6:.:0.2766:.:13:.:47	0/1:17,17:.:.:34,13:.:.:.:7,6:.:0.2766:.:13:.:47
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Try this:

    grep -v '^##' sample_file.vcf | awk '$13=$12' > <output.vcf>