Datasets:
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RNA1{m(A)[sp].m(G)[sp].m(G)[sp].m(C)[sp].m(C)[sp].d(T)[sp].d(C)[sp].d(C)[sp].d(A)[sp].d(G)[sp].d(T)[sp].d(G)[sp].d(T)[sp].d(C)[sp].d(T)[sp].m(U)[sp].m(C)[sp].m(U)[sp].m(C)[sp].m(C)}$$$$ | 2.19 | 2.19 | CDKN2B-AS1 | CO[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3ccc(N)nc3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3ccc(=O)[nH]c3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3ccc(N)nc3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3ccc(=O)[nH]c3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2C[C@H](n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H... | AGGCCTCCAGTGTCTUCUCC |
RNA1{m(C)[sp].m(A)[sp].m(G)[sp].m(G)[sp].m(C)[sp].d(C)[sp].d(T)[sp].d(C)[sp].d(C)[sp].d(A)[sp].d(G)[sp].d(T)[sp].d(G)[sp].d(T)[sp].d(C)[sp].m(U)[sp].m(U)[sp].m(C)[sp].m(U)[sp].m(C)}$$$$ | 2.02 | 2.02 | CDKN2B-AS1 | CO[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3ccc(=O)[nH]c3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3ccc(N)nc3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3ccc(=O)[nH]c3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3ccc(=O)[nH]c3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2C[C@H](n3ccc(N)nc3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2C... | CAGGCCTCCAGTGTCUUCUC |
RNA1{m(G)[sp].m(U)[sp].m(C)[sp].m(C)[sp].m(C)[sp].d(A)[sp].d(G)[sp].d(G)[sp].d(C)[sp].d(C)[sp].d(T)[sp].d(C)[sp].d(C)[sp].d(A)[sp].d(G)[sp].m(U)[sp].m(G)[sp].m(U)[sp].m(C)[sp].m(U)}$$$$ | 1.05 | 1.05 | CDKN2B-AS1 | CO[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3ccc(N)nc3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3ccc(=O)[nH]c3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3cnc4c(=O)[nH]c(N)nc43)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3ccc(=O)[nH]c3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2C[C@H](n3cnc4c(=O)[nH]c(N)nc43)O[C@@H]2CO... | GUCCCAGGCCTCCAGUGUCU |
RNA1{m(C)[sp].m(C)[sp].m(A)[sp].m(U)[sp].m(G)[sp].d(T)[sp].d(C)[sp].d(C)[sp].d(C)[sp].d(A)[sp].d(G)[sp].d(G)[sp].d(C)[sp].d(C)[sp].d(T)[sp].m(C)[sp].m(C)[sp].m(A)[sp].m(G)[sp].m(U)}$$$$ | 1.24 | 1.24 | CDKN2B-AS1 | CO[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3cnc4c(=O)[nH]c(N)nc43)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3cnc4c(N)ncnc43)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3ccc(N)nc3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3ccc(N)nc3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2C[C@H](n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)... | CCAUGTCCCAGGCCTCCAGU |
RNA1{m(U)[sp].m(C)[sp].m(U)[sp].m(C)[sp].m(C)[sp].d(A)[sp].d(T)[sp].d(G)[sp].d(T)[sp].d(C)[sp].d(C)[sp].d(C)[sp].d(A)[sp].d(G)[sp].d(G)[sp].m(C)[sp].m(C)[sp].m(U)[sp].m(C)[sp].m(C)}$$$$ | 3.41 | 3.41 | CDKN2B-AS1 | CO[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3ccc(N)nc3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3ccc(=O)[nH]c3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3ccc(N)nc3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3ccc(N)nc3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2C[C@H](n3cnc4c(=O)[nH]c(N)nc43)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]... | UCUCCATGTCCCAGGCCUCC |
RNA1{m(G)[sp].m(U)[sp].m(C)[sp].m(U)[sp].m(C)[sp].d(C)[sp].d(A)[sp].d(T)[sp].d(G)[sp].d(T)[sp].d(C)[sp].d(C)[sp].d(C)[sp].d(A)[sp].d(G)[sp].m(G)[sp].m(C)[sp].m(C)[sp].m(U)[sp].m(C)}$$$$ | 1.01 | 1.01 | CDKN2B-AS1 | CO[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3ccc(=O)[nH]c3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3ccc(N)nc3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3ccc(N)nc3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3cnc4c(=O)[nH]c(N)nc43)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2C[C@H](n3cnc4c(=O)[nH]c(N)nc43)O[C@@H]2COP(=O... | GUCUCCATGTCCCAGGCCUC |
RNA1{m(A)[sp].m(G)[sp].m(U)[sp].m(C)[sp].m(U)[sp].d(C)[sp].d(C)[sp].d(A)[sp].d(T)[sp].d(G)[sp].d(T)[sp].d(C)[sp].d(C)[sp].d(C)[sp].d(A)[sp].m(G)[sp].m(G)[sp].m(C)[sp].m(C)[sp].m(U)}$$$$ | 1.64 | 1.64 | CDKN2B-AS1 | CO[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3ccc(N)nc3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3ccc(N)nc3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3cnc4c(=O)[nH]c(N)nc43)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3cnc4c(=O)[nH]c(N)nc43)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2C[C@H](n3cnc4c(N)ncnc43)O[C@@H]2COP(=O)... | AGUCUCCATGTCCCAGGCCU |
RNA1{m(C)[sp].m(A)[sp].m(G)[sp].m(U)[sp].m(C)[sp].d(T)[sp].d(C)[sp].d(C)[sp].d(A)[sp].d(T)[sp].d(G)[sp].d(T)[sp].d(C)[sp].d(C)[sp].d(C)[sp].m(A)[sp].m(G)[sp].m(G)[sp].m(C)[sp].m(C)}$$$$ | 2.73 | 2.73 | CDKN2B-AS1 | CO[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3ccc(N)nc3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3cnc4c(=O)[nH]c(N)nc43)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3cnc4c(=O)[nH]c(N)nc43)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3cnc4c(N)ncnc43)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2C[C@H](n3ccc(N)nc3=O)O[C@@H]2COP(=O)... | CAGUCTCCATGTCCCAGGCC |
RNA1{m(G)[sp].m(C)[sp].m(A)[sp].m(G)[sp].m(U)[sp].d(C)[sp].d(T)[sp].d(C)[sp].d(C)[sp].d(A)[sp].d(T)[sp].d(G)[sp].d(T)[sp].d(C)[sp].d(C)[sp].m(C)[sp].m(A)[sp].m(G)[sp].m(G)[sp].m(C)}$$$$ | 1.79 | 1.79 | CDKN2B-AS1 | CO[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3cnc4c(=O)[nH]c(N)nc43)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3cnc4c(=O)[nH]c(N)nc43)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3cnc4c(N)ncnc43)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3ccc(N)nc3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2C[C@H](n3ccc(N)nc3=O)O[C@@H]2COP(=O)... | GCAGUCTCCATGTCCCAGGC |
RNA1{m(A)[sp].m(G)[sp].m(C)[sp].m(A)[sp].m(G)[sp].d(T)[sp].d(C)[sp].d(T)[sp].d(C)[sp].d(C)[sp].d(A)[sp].d(T)[sp].d(G)[sp].d(T)[sp].d(C)[sp].m(C)[sp].m(C)[sp].m(A)[sp].m(G)[sp].m(G)}$$$$ | 2.81 | 2.81 | CDKN2B-AS1 | CO[C@@H]1[C@H](OP(=O)(S)OC[C@H]2O[C@@H](n3cnc4c(N)ncnc43)[C@H](OC)[C@@H]2OP(=O)(S)OC[C@H]2O[C@@H](n3cnc4c(=O)[nH]c(N)nc43)[C@H](OC)[C@@H]2OP(=O)(S)OC[C@H]2O[C@@H](n3cnc4c(=O)[nH]c(N)nc43)[C@H](OC)[C@@H]2O)[C@@H](COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3ccc(N)nc3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2C[C@H](n3ccc(N)nc3=O)O[C@@H]2COP(=O)... | AGCAGTCTCCATGTCCCAGG |
RNA1{m(A)[sp].m(A)[sp].m(G)[sp].m(C)[sp].m(A)[sp].d(G)[sp].d(T)[sp].d(C)[sp].d(T)[sp].d(C)[sp].d(C)[sp].d(A)[sp].d(T)[sp].d(G)[sp].d(T)[sp].m(C)[sp].m(C)[sp].m(C)[sp].m(A)[sp].m(G)}$$$$ | 1.79 | 1.79 | CDKN2B-AS1 | CO[C@@H]1[C@H](OP(=O)(S)OC[C@H]2O[C@@H](n3ccc(N)nc3=O)[C@H](OC)[C@@H]2OP(=O)(S)OC[C@H]2O[C@@H](n3cnc4c(N)ncnc43)[C@H](OC)[C@@H]2OP(=O)(S)OC[C@H]2O[C@@H](n3cnc4c(=O)[nH]c(N)nc43)[C@H](OC)[C@@H]2O)[C@@H](COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3ccc(N)nc3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2C[C@H](n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)... | AAGCAGTCTCCATGTCCCAG |
RNA1{m(A)[sp].m(A)[sp].m(A)[sp].m(G)[sp].m(C)[sp].d(A)[sp].d(G)[sp].d(T)[sp].d(C)[sp].d(T)[sp].d(C)[sp].d(C)[sp].d(A)[sp].d(T)[sp].d(G)[sp].m(U)[sp].m(C)[sp].m(C)[sp].m(C)[sp].m(A)}$$$$ | 1.9 | 1.9 | CDKN2B-AS1 | CO[C@@H]1[C@H](OP(=O)(S)OC[C@H]2O[C@@H](n3cnc4c(N)ncnc43)[C@H](OC)[C@@H]2O)[C@@H](COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3ccc(N)nc3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3ccc(N)nc3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3ccc(=O)[nH]c3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2C[C@H](n3cnc4c(=O)[nH]c(N)nc43)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C... | AAAGCAGTCTCCATGUCCCA |
RNA1{m(G)[sp].m(U)[sp].m(C)[sp].m(G)[sp].m(U)[sp].d(G)[sp].d(G)[sp].d(C)[sp].d(A)[sp].d(A)[sp].d(A)[sp].d(T)[sp].d(A)[sp].d(G)[sp].d(T)[sp].m(C)[sp].m(C)[sp].m(U)[sp].m(A)[sp].m(G)}$$$$ | 2.12 | 2.12 | CDKN2B-AS1 | CO[C@@H]1[C@H](OP(=O)(S)OC[C@H]2O[C@@H](n3ccc(=O)[nH]c3=O)[C@H](OC)[C@@H]2OP(=O)(S)OC[C@H]2O[C@@H](n3cnc4c(N)ncnc43)[C@H](OC)[C@@H]2OP(=O)(S)OC[C@H]2O[C@@H](n3cnc4c(=O)[nH]c(N)nc43)[C@H](OC)[C@@H]2O)[C@@H](COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3ccc(N)nc3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2C[C@H](n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)O[C@@H]2COP(=O... | GUCGUGGCAAATAGTCCUAG |
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RNA1{m(C)[sp].m(U)[sp].m(U)[sp].m(C)[sp].m(A)[sp].d(C)[sp].d(A)[sp].d(T)[sp].d(C)[sp].d(C)[sp].d(A)[sp].d(A)[sp].d(G)[sp].d(A)[sp].d(C)[sp].m(A)[sp].m(G)[sp].m(C)[sp].m(A)[sp].m(A)}$$$$ | 2.26 | 2.26 | CDKN2B-AS1 | CO[C@@H]1[C@H](OP(=O)(S)OC[C@H]2O[C@@H](n3ccc(=O)[nH]c3=O)[C@H](OC)[C@@H]2OP(=O)(S)OC[C@H]2O[C@@H](n3ccc(=O)[nH]c3=O)[C@H](OC)[C@@H]2OP(=O)(S)OC[C@H]2O[C@@H](n3ccc(N)nc3=O)[C@H](OC)[C@@H]2OP(=O)(S)OC[C@H]2O[C@@H](n3cnc4c(N)ncnc43)[C@H](OC)[C@@H]2OP(=O)(S)OC[C@H]2O[C@@H](n3ccc(N)nc3=O)C[C@@H]2OP(=O)(S)OC[C@H]2O[C@@H](n3... | CUUCACATCCAAGACAGCAA |
RNA1{m(G)[sp].m(U)[sp].m(G)[sp].m(U)[sp].m(U)[sp].d(T)[sp].d(T)[sp].d(T)[sp].d(A)[sp].d(A)[sp].d(T)[sp].d(T)[sp].d(T)[sp].d(T)[sp].d(G)[sp].m(U)[sp].m(A)[sp].m(G)[sp].m(A)[sp].m(G)}$$$$ | 1.31 | 1.31 | CDKN2B-AS1 | CO[C@@H]1[C@H](OP(=O)(S)OC[C@H]2O[C@@H](n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)C[C@@H]2OP(=O)(S)OC[C@H]2O[C@@H](n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)C[C@@H]2OP(=O)(S)OC[C@H]2O[C@@H](n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)C[C@@H]2OP(=O)(S)OC[C@H]2O[C@@H](n3cnc4c(N)ncnc43)C[C@@H]2OP(=O)(S)OC[C@H]2O[C@@H](n3cnc4c(N)ncnc43)C[C@@H]2OP(=O)(S)OC[C@H]2O[C@@H](n3cc(C)c(=O)[nH]c3... | GUGUUTTTAATTTTGUAGAG |
RNA1{m(C)[sp].m(A)[sp].m(G)[sp].m(U)[sp].m(G)[sp].d(T)[sp].d(T)[sp].d(T)[sp].d(T)[sp].d(T)[sp].d(A)[sp].d(A)[sp].d(T)[sp].d(T)[sp].d(T)[sp].m(U)[sp].m(G)[sp].m(U)[sp].m(A)[sp].m(G)}$$$$ | 3.18 | 3.18 | CDKN2B-AS1 | CO[C@@H]1[C@H](OP(=O)(S)OC[C@H]2O[C@@H](n3cnc4c(N)ncnc43)[C@H](OC)[C@@H]2OP(=O)(S)OC[C@H]2O[C@@H](n3cnc4c(=O)[nH]c(N)nc43)[C@H](OC)[C@@H]2OP(=O)(S)OC[C@H]2O[C@@H](n3ccc(=O)[nH]c3=O)[C@H](OC)[C@@H]2OP(=O)(S)OC[C@H]2O[C@@H](n3cnc4c(=O)[nH]c(N)nc43)[C@H](OC)[C@@H]2OP(=O)(S)OC[C@H]2O[C@@H](n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)C[C@@H]2OP(=... | CAGUGTTTTTAATTTUGUAG |
RNA1{m(A)[sp].m(U)[sp].m(U)[sp].m(U)[sp].m(C)[sp].d(C)[sp].d(A)[sp].d(C)[sp].d(A)[sp].d(T)[sp].d(G)[sp].d(C)[sp].d(C)[sp].d(C)[sp].d(A)[sp].m(G)[sp].m(U)[sp].m(G)[sp].m(U)[sp].m(U)}$$$$ | 2.06 | 2.06 | CDKN2B-AS1 | CO[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3ccc(=O)[nH]c3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3cnc4c(=O)[nH]c(N)nc43)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3ccc(=O)[nH]c3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3cnc4c(=O)[nH]c(N)nc43)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2C[C@H](n3cnc4c(N)ncnc43)O[C@@H]... | AUUUCCACATGCCCAGUGUU |
RNA1{m(U)[sp].m(A)[sp].m(U)[sp].m(U)[sp].m(U)[sp].d(C)[sp].d(C)[sp].d(A)[sp].d(C)[sp].d(A)[sp].d(T)[sp].d(G)[sp].d(C)[sp].d(C)[sp].d(C)[sp].m(A)[sp].m(G)[sp].m(U)[sp].m(G)[sp].m(U)}$$$$ | 2.77 | 2.77 | CDKN2B-AS1 | CO[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3cnc4c(=O)[nH]c(N)nc43)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3ccc(=O)[nH]c3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3cnc4c(=O)[nH]c(N)nc43)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3cnc4c(N)ncnc43)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2C[C@H](n3ccc(N)nc3=O)O[C@@H]2COP... | UAUUUCCACATGCCCAGUGU |
RNA1{m(A)[sp].m(A)[sp].m(U)[sp].m(U)[sp].m(U)[sp].d(A)[sp].d(A)[sp].d(A)[sp].d(G)[sp].d(C)[sp].d(A)[sp].d(T)[sp].d(G)[sp].d(A)[sp].d(A)[sp].m(U)[sp].m(A)[sp].m(U)[sp].m(U)[sp].m(A)}$$$$ | 3.29 | 3.29 | CDKN2B-AS1 | CO[C@@H]1[C@H](OP(=O)(S)OC[C@H]2O[C@@H](n3cnc4c(N)ncnc43)[C@H](OC)[C@@H]2O)[C@@H](COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3ccc(=O)[nH]c3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3cnc4c(N)ncnc43)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3ccc(=O)[nH]c3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2C[C@H](n3cnc4c(N)ncnc43)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C... | AAUUUAAAGCATGAAUAUUA |
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RNA1{m(C)[sp].m(A)[sp].m(C)[sp].m(C)[sp].m(C)[sp].d(A)[sp].d(C)[sp].d(T)[sp].d(T)[sp].d(G)[sp].d(G)[sp].d(C)[sp].d(A)[sp].d(G)[sp].d(A)[sp].m(C)[sp].m(C)[sp].m(A)[sp].m(U)[sp].m(C)}$$$$ | 1.12 | 1.12 | CTNNB1 | CO[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3ccc(=O)[nH]c3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3cnc4c(N)ncnc43)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3ccc(N)nc3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3ccc(N)nc3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2C[C@H](n3cnc4c(N)ncnc43)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2C[C... | CACCCACTTGGCAGACCAUC |
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RNA1{m(C)[sp].m(G)[sp].m(U)[sp].m(G)[sp].m(U)[sp].d(C)[sp].d(T)[sp].d(G)[sp].d(G)[sp].d(A)[sp].d(A)[sp].d(G)[sp].d(C)[sp].d(T)[sp].d(T)[sp].m(C)[sp].m(C)[sp].m(U)[sp].m(U)[sp].m(U)}$$$$ | 2.89 | 2.89 | CTNNB1 | CO[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3ccc(=O)[nH]c3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3ccc(=O)[nH]c3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3ccc(N)nc3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3ccc(N)nc3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2C[C@H](n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H... | CGUGUCTGGAAGCTTCCUUU |
RNA1{m(G)[sp].m(C)[sp].m(G)[sp].m(U)[sp].m(G)[sp].d(T)[sp].d(C)[sp].d(T)[sp].d(G)[sp].d(G)[sp].d(A)[sp].d(A)[sp].d(G)[sp].d(C)[sp].d(T)[sp].m(U)[sp].m(C)[sp].m(C)[sp].m(U)[sp].m(U)}$$$$ | 0.91 | 0.91 | CTNNB1 | CO[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3ccc(=O)[nH]c3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3ccc(N)nc3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3ccc(N)nc3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3ccc(=O)[nH]c3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2C[C@H](n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H... | GCGUGTCTGGAAGCTUCCUU |
RNA1{m(U)[sp].m(A)[sp].m(G)[sp].m(C)[sp].m(G)[sp].d(T)[sp].d(G)[sp].d(T)[sp].d(C)[sp].d(T)[sp].d(G)[sp].d(G)[sp].d(A)[sp].d(A)[sp].d(G)[sp].m(C)[sp].m(U)[sp].m(U)[sp].m(C)[sp].m(C)}$$$$ | 1.56 | 1.56 | CTNNB1 | CO[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3ccc(N)nc3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3ccc(=O)[nH]c3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3ccc(=O)[nH]c3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2[C@@H](OC)[C@H](n3ccc(N)nc3=O)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[C@H]2C[C@H](n3cnc4c(=O)[nH]c(N)nc43)O[C@@H]2COP(=O)(S)O[... | UAGCGTGTCTGGAAGCUUCC |
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CollageBio Oligonucleotide Datasets
Curated benchmark datasets for oligonucleotide activity, toxicity, and immunomodulation prediction. Each dataset is stored as a gzip-compressed CSV with columns:
| Column | Description |
|---|---|
x |
HELM string for the oligonucleotide |
y |
Numeric label (activity / toxicity score) |
targets |
mRNA target identifier |
Datasets
| Key | Canonical Name | OligoGym ID | Modality | Collection | Samples | Source |
|---|---|---|---|---|---|---|
ichihara_2007_1 |
Ichihara_2007_1 | Huesken | SIRNA | activity | 2,431 | DOI |
ichihara_2007_2 |
Ichihara_2007_2 | Ichihara | SIRNA | activity | 419 | DOI |
alharbi_2020_1 |
Alharbi_2020_1 | TLR7 | ASO | immunomodulation | 192 | DOI |
alharbi_2020_2 |
Alharbi_2020_2 | TLR8 | ASO | immunomodulation | 192 | DOI |
hagedorn_2022_1 |
Hagedorn_2022_1 | Neurotox LNA | ASO | toxicity | 1,825 | DOI |
hwang_2024_1 |
Hwang_2024_1 | ASOptimizer | ASO | activity | 32,602 | DOI |
knott_2014_1 |
Knott_2014_1 | Sherwood | SHRNA | activity | 291,551 | DOI |
moe_neurotox_1 |
MOE_Neurotox_1 | Neurotox MOE | ASO | neurotoxicity | 2,437 | DOI |
martinelli_2023_1 |
Martinelli_2023_1 | siRNAmod | SIRNA | activity | 907 | DOI |
mcquisten_2007_1 |
McQuisten_2007_1 | OpenASO | ASO | activity | 3,913 | DOI |
papargyri_2020_1 |
Papargyri_2020_1 | Cytotox LNA | ASO | toxicity | 768 | DOI |
shmushkovich_2018_1 |
Shmushkovich_2018_1 | Shmushkovich | SIRNA | activity | 356 | DOI |
Usage
from datasets import load_dataset
# Load a single dataset
ds = load_dataset("CollageBio/oligo-datasets", name="ichihara_2007_1")
df = ds["train"].to_pandas()
# Or download the raw file directly
# https://huggingface.co/datasets/CollageBio/oligo-datasets/resolve/main/ichihara_2007_1.csv.gz
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