Question: > 
> Только три процента всей воды на Земле явля(Е/Ю)тся пресной
> 
> 
> 

What letter should I choose there? Е or Ю?

Answer: 
In this case the following rule would apply (Rosenthal et al., №184.2):

> 
> Форма единственного числа сказуемого указывает на совокупность предметов, форма множественного числа – на отдельные предметы. Ср.: *В городе строится пять объектов соцкультбыта* (единое нерасчлененное представление о действии). – *В крупнейших городах страны строятся еще пять объектов соцкультбыта* (расчлененное представление о действии).
> 
> 
> 

Since we do not refer each percent separately, we should use the singular form.
три процента ... являются, так как "являться" - глагол относится к 1 спряжению. <http://www.gramota.ru/class/coach/tbgramota/45_91>