为什么植物分类上以种子形态来分为裸子植物门和被子植物门，而不是以木本和草本来分？
从生物演化来看，为什么不是木本的裸子植物同时进化出花来了呢
不是那样。题目谈论的分类方法已经过时。

现行支序分类学要求分类是单系群：一个演化支可以追溯到一个共同的祖先，且包含着该共同祖先的所有后代。

“木本”与“草本”描述的结构特征不能反映演化支归属，不存在独立的木本植物演化支、草本植物演化支。

种子形态也不再是什么特殊标准。 **化石证据显示被子植物的共同祖先是种子蕨，而形态学显示种子蕨是旧分类裸子植物**。裸子植物门若不包含被子植物，就成为并系群而不合规定。因此，裸子植物已经成了“非被子种子植物”或“末端裸子植物（苏铁门、银杏门、松柏门、买麻藤门）”的俗称、不是门级分类，被子植物演化支也不再称为被子植物门。

题目里对花的疑问也是历史遗留问题。过去，生物学家经常认为所有种子植物都有花和果实。后来，花被重新定义为被子植物的、由叶特化而成的“花叶”组成的，裸子植物的花不再算是花。