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专利合同纠纷主要是指在专利申请权转让或者专利权转让合同、专利技术实施许可合同、专利技术中介服务合同中各方当事人就权利义务的履行和合同条款的解释等方面发生的争议。#### 专利合同纠纷类型

专利合同纠纷主要有以下几种。
1．专利申请权转让或者专利权转让合同纠纷
这类专利合同纠纷是在专利申请权转让或者专利权转让过程中发生的。引起这类纠纷的主要原因有以下几个方面：①在专利申请权或者专利权存在争议的情况下，与他人签订的有关权利转让的合同可能无效，从而给受让人造成损失，引起纠纷。②没有取得共同申请人或者共同专利权人的同意，单独将权利转让引起的纠纷。③专利权已经失效(自动放弃或被撤销或被宣告无效)，原专利权人没有及时通知受让人，从而引起纠纷。④由于双方没有履行合同义务而引起的纠纷。专利申请权或者专利权转让合同，属技术转让合同的一种，对纠纷的解决可直接按照《合同法》中关于技术转让合同的规定处理。
2．专利实施许可合同纠纷
指在专利实施许可合同中因对权利、义务约定不明确产生的纠纷。专利实施许可合同也属于技术转让合同，对有关纠纷的处理也应按照《合同法》的规定处理。
3．专利技术中介合同纠纷
专利技术中介合同属于技术服务合同的一种，它是专利代理机构、信息咨询机构、技术市场及个人为传递技术情报信息，组织工业化、商品化生产，促使专利权人和实施单位订立的一种合同。这种合同可以是专利供应方和专利需求方与中介方共同签订，或由供、需双方分别与中介方单独签订。合同建立在供、需双方对中介方绝对信任的基础上，自愿通过中介机构实施。中介服务合同纠纷是供、需双方与中介方发生的纠纷，应按技术服务合同来规范各自的权利义务及违约责任。#### 专利合同纠纷处理

从我国《合同法》规定处理合同纠纷的方式看，主要有三种方式，一是调解，二是仲裁，三是诉讼。
1.调解
2.仲裁
仲裁是仲裁机构对合同纠纷进行审理和裁决的一种处理方法。合同纠纷的仲裁前提，必须是在合同中规定有明确清楚的仲裁条款，或者在产生纠纷后双方达成进行仲裁处理的协议。仲裁的决定对双方都具有法律的拘束力，必须执行，对不履行仲裁裁决的，另一方可申请人民法院强制执行。
3.诉讼
诉讼是指专门的司法机关，即人民法院按照《民事诉讼法》的规定对合同纠纷进行审理和裁决的一种处理方法。这也是目前使用最普遍的一种方法。对于专利合同纠纷，如果合同中未规定仲裁条款，纠纷发生后，又未达成仲裁协议，纠纷双方均可依法向有管辖权的人民法院提起诉讼，人民法院按照诉讼程序对专利合同纠纷作出审理裁判。
由于调解并不发生法律效力，因此，国家并未专门设置调解合同纠纷的机构。可见，处理合同纠纷的机构就只有进行仲裁的仲裁机构和进行诉讼的人民法院。#### 专利合同纠纷相关法律规定

最高人民法院《关于审理专利纠纷案件适用法律问题的若干规定》第1条列举了16类专利纠纷。其中，第3项属于《规定》的专利合同纠纷；第1、2、4、5、6、7、9属于权属、侵权纠纷，见《规定》第143条；第8项涉及临时措施，见《规定》第339条和第340条；第10～15项属于行政纠纷。
与专利申请权和专利权转让合同相关的规定是《专利法》第10条和《专利法实施细则》第14条，《合同法》第342条，最高人民法院《关于审理技术合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第22～24条，最高人民法院《关于贯彻执行<中华人民共和国民法通则>若干问题的意见(试行)》第137条。
与专利实施许可合同相关的规定是《专利法》第12条、第47条、第54条和《专利法实施细则》第15条，《合同法》第18章第3节，最高人民法院《关于审理技术合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第3部分。
与专利代理合同相关的规定是《专利法》第19条和《专利代理条例》。