为了查明罗非鱼选育过程中发生的遗传变异,采用扩增片段长度多态(AFLP)方法,对吉富品系尼罗罗非鱼选育系基础群体F0、选育群体F6-9进行遗传差异分析.8对EcoR Ⅰ/Mse Ⅰ引物组合共产生308条清晰的DNA带.多态位点比例在群体间呈现出差异性,F0代为51.3%,F6代为48.7%,F7代为47.1%,F8代为46.1%,F9代为43.8%.平均基因多样性指数F0代为0.183 4,F6代为0.176 5,F7代为0.175 4,F8代为0.1620,F9代为0.1560.Shannon多样性指数F0代为0.2684,F6代为0.2626,F7代为0.2614,F8代为0.241 5,F9代为0.231 9.各项遗传多态性指标一致表明,F0代群体遗传多态性水平最高,随选育世代数的累进,选育群体的遗传多态性水平呈现出下降的趋势.吉富品系罗非鱼选育群体间遗传相似性水平(Nei,1972)较高,为0.967 5～0.987 5,群体间遗传距离较小,大小范围为0.012 6～0.033 1.经过偏差校正,Nei(1978)计算得到选育群体间遗传相似性大小为0.972 6～0.992 6,群体间遗传距离为0.007 4～0.027 8.随选育世代数的累进,选育群体与基础群体间的Nei(1972,1978)遗传相似性呈减弱趋势,而Nei(1972,1978)遗传距离逐渐呈现出增大趋势.引物组合E-AAG/M-CTA产生一条大小为502 bp的特异性DNA条带,该条带在不同选育世代间随世代数的累进呈现出频率增高的趋势.