链球菌属肺炎球菌(Streptococcus pneumoniae)的完整基因组序列已经测定完毕并于近期发表.对肺炎球菌基因组序列进行了详细分析,研究了基因组密码子的使用模式和影响密码子使用的因素.高水平表达基因的密码子第三位碱基使用胞嘧啶(C)的频率比表达水平低的基因使用C有显著的提高,表达水平较低的基因在密码子的第三位碱基更趋向使用鸟嘌呤(G).基因的表达水平与对应分析的第一条向量轴呈显著相关(R=0.86).比较表达水平高、低的两组基因的密码子使用模式发现,基因的表达水平对于密码子使用有显著的影响.基因碱基G+C的组成与基因的表达水平(R=0.44)、对应分析的第一条向量轴(R=0.51)有显著的相关,对基因的表达水平、密码子的使用有显著的影响.通过GC-skew、蛋白质的疏水性、基因的长度分析,发现不同长度的基因表达水平、GC含量、GC3s有差异.结果表明,在表达水平上的自然选择以及基因的碱基组成是影响肺炎球菌基因密码子使用的主要因素,基因的长度对密码子的使用有一定影响.