系统发育β多样性由于在物种β多样性的基础上包含了群落的系统发育信息,从而使人们能够从物种之间的亲缘关系来分析群落间的生态关系.系统发育β多样性指数作为系统发育β多样性具体的度量,为定量地研究系统发育β多样性提供了依据,不同的系统发育β多样性指数反映不同侧面的β多样性信息,同时也给研究者之间进行结果比较带来了不便.本文以浙江古田山24 hm2样地的森林群落为例,对具有不同意义的系统发育β多样性指数进行比较后发现:(1)物种多度加权处理的Dpw指数与Rao's二次熵的Rao'sD定义相似;PhyloSor与UniFrac指数生态学含义相似,因此具有很高的相关性；Dnn与PhyloSor,Dnn与UniFrac虽然生态学意义有些差别,但相关性也很高；(2)多度是否加权对同一个指数的影响在小尺度上并不明显；随着尺度的增大,多度加权与否的形式之间的差别才逐渐显现出来,可能是因为群落物种均匀度随尺度增大而降低；(3)PST和Rao' sH在较大尺度上比其他指数能够更好地反映生境和空间距离的衰减效应；随着尺度的减小,AW-Dnn和Dnn能够更好地反映生境和空间距离的衰减效应.