由于微电网拓扑结构灵活多变，且并网及孤岛运行时故障特性不同，使得传统的继电保护难以满足要求。针对微电网继电保护的需求特点，提出基于故障电流方向判别的微电网自适应保护方法，将微网实时拓扑结构转化为树形节点路径图，采用树形节点搜索方法及节点路径算法对微网内保护装置的动作值及动作时限进行自适应整定。在此基础上提出基于IEC 61850的微电网自适应保护系统。仿真算例结果证明了所提方法的有效性。该方法能够有效跟踪网络拓扑结构变化而实时更改保护整定值，具有较好的自适应性。