为了探讨西藏牦牛的遗传多样性和类群间的系统进化关系以及为西藏牦牛资源的合理保护和利用提供理论依据.对17个西藏牦牛类群170个个体的mtDNA COⅡ全序列进行测序,用MEGA5.0、DNASP5.0等软件分析核苷酸组成、单倍型多样性和核苷酸多样性.通过Kimura-2-Parameter双参数模型和邻近法(NJ)构建系统进化树等方法分析不同牦牛类群的亲缘关系和分类.结果表明:西藏17个牦牛类群的mtDNA COⅡ全序列长度均为684 bp,无内含子,共编码227个氨基酸.T、C、A和G4种核苷酸平均比例分别为28.5％(27.3％～28.8％)、22.7％(22.1％～23.8％)、34.3％(34.1％～34.6％)和14.5％(14.3％～14.6％);G+C平均含量为37.2％,A+T平均含量为62.8％,存在明显的碱基偏倚性.17个西藏牦牛类群的mtDNA COⅡ共有10种单倍型,单倍型多样性值为0～0.844,平均单倍型多样性和核苷酸多样性值分别为0.551、0.008 57,表明西藏牦牛具有较丰富的遗传多样性.西藏牦牛细胞色素c氧化酶亚基Ⅱ中亮氨酸平均含量最多(14.97％),半胱氨酸的平均含量最少(0.88％).碱性氨基酸、酸性氨基酸的含量分别为8.36％、11％;亲水性氨基酸、疏水性氨基酸分别为50.22％、49.77％.从mtDNA COⅡ来看,西藏17个牦牛类群可分为4大类,即错那牦牛(CN)、仲巴牦牛(ZB)、嘉黎(JL)牦牛、斯布牦牛(SB)、江达牦牛(JD)、工布江达牦牛(GB)、丁青牦牛(DQ)、康布牦牛(KB)、日多牦牛(RD)、巴青牦牛(BQ)为一类,桑日牦牛(SR)、聂荣牦牛(NR)、隆子牦牛(LZ)、帕里牦牛(PL)、申扎牦牛(SZ)为一类,桑桑(SS)牦牛和类乌齐(LWQ)牦牛单独各成一类.