为完善安全物质学的理论体系，指导并促进安全物质学研究与应用的开展，提出安全物质学方法论定义，论述其学科基础和理论基础。提出安全物质学研究三阶段：物质安全现象－物质安全规律－物质安全科学，并阐述其一般研究方法。归纳安全物质学方法论特征，建立安全物质学方法论六维结构体系，分别解析各维度内涵。基于此，以“事前－事中－事后”为主线厘清安全物质学研究的实践程序，并提炼具体实践方法。研究结果系统化了安全物质学研究的层次思路，可为安全物质学的研究和应用提供理论指导。