采用16S 和23S rDNA 保守区设计的引物对两株坚强芽孢杆菌(Bacillus firmus)16S-23S rDNA间区(Intergenic spacer region, ISR)进行了PCR扩增,并克隆到pMD18-T载体上进行测序；利用生物信息学进行了16S-23S rDNA间区序列及其内所含tRNA基因的分析。2株坚强芽孢杆菌共得到11条16S-23S rDNA间区特征区带(包括300、400、500和600bp等)序列, ISR类型包括ISR0、ISRG、ISRIA和ISRGLV四种,其中ISR0、ISRG和ISRIA可能在坚强芽孢杆菌中普遍存在。相同类型的ISR序列具有较高的相似性(达52.2%-100.0%),而不同类型的ISR序列间差异较大。此外, ISR序列在靠近16S和23S区域存在不同长度的保守区域,可能成为针对坚强芽孢杆菌特异性检测的引物和探针的靶区,这也为坚强芽孢杆菌新的检测方法的建立奠定了基础。坚强芽孢杆菌的16S-23S rDNA间区序列及其多态性分析均为首次报道。