使用本文作者提出的分子绝对进化速率的计算公式和EF-1α,EF-2,NADH1和CytB等蛋白质分子,对原生生物的一些主要类群:藻类、真菌和原生动物的物种分歧时间和演化关系进行了定量计算.结果显示,原核生物沿着藻类→真菌→原生动物的方向演化.它们的演化关系为:(1)红藻自13.31亿年前分化出后,于11.74亿年前分化出绿藻,绿藻于4.527亿年前分化出藓类,4.37亿年前分化出蕨类;其他物种如石松类、肝苔类、团藻和小球藻分别于4.185亿年前、4.457亿年前、5.202亿年前和5.239亿年前分化出;(2)黏菌和卵菌均属于真菌进化分枝,分别于10.456亿年前和9.032亿年前分化出;(3)原生动物进化分枝中于10.45亿年前分化出孢子虫等,8.122亿年前领鞭毛虫与多细胞动物分化.这些结果均与基于化石记录的文献报道相符.