鲤科是世界鱼类中最大的科, 有210余属2010种. 为研究其系统发育关系需要筛选合适的DNA标记. 将S7核糖体蛋白基因用作遗传标记进行鲤科鱼类的系统发育分析. 通过PCR方法, 扩增了长度为602 bp的胭脂鱼以及长度为655 ～ 859 bp的16种鲤科鱼类的S7基因内含子1序列. 序列排列得到925个排列位点, 其中信息位点499个, 占全部位点的54%. 结果表明, 鲤科鱼类S7基因内含子1序列具有丰富的信息位点, 并且在亲缘关系不同的物种间存在显著的序列差异. 基于S7基因内含子1序列的NJ(neighbor-joining)和MP(most-parsimony)分支树经1000次重复抽样检验后, 节点的自展支持率普遍高于以细胞色素b及线粒体控制区(d-loop)基因为遗传标记时所得到的分支树. 因此, S7基因内含子1作为遗传标记在鲤科系统发育研究中的分辨率是比较高的, 它是一个适合鲤科内亚科水平系统发育研究的有用的分子遗传标记. 但S7基因内含子1是否适用于鲤形目科间或科以上水平的分子系统学分析, 有待进一步研究.