在高速公路实行联网收费后,高速公路通行卡是“一进一出”的管理模式,由于通行卡流通分布的不均匀性和路网结构的复杂性,对通行卡大规模调拨问题最优解的求解是比较困难的.针对该问题,本文通过对通行卡调拨问题的大量分析,设计了一种基于整数矩阵编码的遗传算法,提出了特殊的初始化种群算法、选择算法、交叉算法和变异算法,能保证产生的新个体是有效可行的.最后通过两个算例分别对两种情况进行分析,验证了该算法的有效性与优越性.