波义耳把微粒说与实验结合起来,这不单纯出于宗教神学旨意,也是因为实验现象或事物性质需要机械论的微粒说加以说明和解释.波义耳把实验从哲学的统领中解放出来,一改传统的哲学自然观先验地裁决经验的局面.波义耳基于实验的事实、哲学的思辨以及神学的考虑,否定他之前的"元素说"之本原性的那些"元素"存在,运用微粒说解释实验,并以此表明实验和微粒说的合理性.微粒说是分层级的,作为"中间原因"或"低级原因"之微粒说更多以及更紧密地与实验相关联,也能够更有效地解释实验现象和宏观物质的性质.据此,波义耳把化学确立为科学.