2002年9月16～19日南麂列岛海域发生3km2红褐色赤潮,其原因种为红色裸甲藻(Gymnodinium sanguineum Hirasaka),密度高达4.6×105个/L.赤潮发生时伴随细菌的大量繁殖,江浙沿岸流所携带的营养物质是本次赤潮发生的基础,森拉克台风是本次赤潮的重要诱因.南麂海域的赤潮多发季节为4～5月份,9～11月份发生赤潮的可能性也较大,大沙岙、马祖岙和火焜岙等水体交换相对较弱的岙口为赤潮多发区.为保护南麂列岛国家级海洋自然保护区珍稀海洋贝藻资源,需协调好保护和开发之间日益尖锐的矛盾,控制养殖业的发展规模和游客的数量.