表型性状差异(differentiation in phenotypic traits,PST)和分子遗传差异(differentiation at neutral molecular markers,FST)是近期进化生物学的研究热点之一.闽江水系是我国中华绒螯蟹与合浦绒螯蟹的主要混杂地域,是研究绒螯蟹遗传与进化的理想地之一.为探讨闽江水系绒螯蟹的PST和FST,以2009和2010年度闽江水系的133个绒螫蟹样本为材料,进行了14个表型数量性状差异分析和6个微卫星标记的遗传差异分析.结果发现:除3个表型性状不存在显著差异外,其他表型性状在不同年份间均存在极显著差异(P＜0.01)；2009年绒螯蟹的平均期望杂合度极显著高于2010年绒螫蟹(P=0.008),而平均等位基因丰富度、观测杂合度和近交系数均不存在显著差异(P=0.136～0.675);年份间的平均FST为0.1429;通过对PST与FST的比较发现,除第二步足掌节长度(F2)性状外,其他表型数量性状的PST值均高于FST值,表明这些性状均受到了较明显的选择压力.该文研究结果为绒螫蟹的分子进化研究积累了资料,也为其他水产生物的PST和FST比较研究提供了参考.