蛋白质合成后被转运到特定的细胞器中，只有转运到正确的部位才能参与细胞的各种生命活动，有效地发挥功能，因此蛋白质的功能与其亚细胞定位有着密切的联系，通过确定蛋白质在细胞中的位置可以获取蛋白质功能和结构的信息。在近二十年中，蛋白质亚细胞定位预测算法研究已经取得很大的成绩，在此基础上，蛋白质在细胞器内亚结构的定位预测研究，如对蛋白质亚线粒体和亚叶绿体定位的研究成为更深层次的问题，本文简要介绍国内外在蛋白质亚叶绿体和亚线粒体定位预测方面的研究进展。