测得扬子鳄(Alligator sinensis)和暹罗鳄(Crocodylus siamensis)的mtDNA 12S rRNA基因片段的部分序列,与GenBank中的2种鳄及文献中4种鳄的12S rRNA基因相应片段,经比对后构建系统树.其结果显示,现存鳄类为单系起源,可划分为3个科,即:鳄科、食鱼鳄科和假食鱼鳄科.食鱼鳄与假食鱼鳄亲缘关系较近,支持将假食鱼鳄作为食鱼鳄科的一个属,与以形态学为基础的研究结果不同.在钝吻鳄科中,扬子鳄与凯门鳄亲缘关系较远,而与密西西比鳄的亲缘关系虽较近,但它们的确存在很多差异,两者12S rRNA基因序列差异达12.12%,碱基的颠换数为9.在基于碱基转换和颠换的NJ系统树及仅基于碱基颠换的NJ系统树中,前者支持扬子鳄与密河鳄间的亲缘关系较近,而后者支持扬子鳄与凯门鳄间的亲缘关系较近,说明扬子鳄与密河鳄间亲缘关系是值得研究的问题.因本文仅根据12S rRNA基因部分序列来进行分析的,尚需进一步研究.