为了对中国近海分布的红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)资源进行深入调查,以确定红鳍东方鲀与假睛东方鲀(Takifugu pseudommus)的种间关系,利用根据红鳍东方鲀基因组序列设计的9对微卫星引物,对野生红鳍(WR)、野生假睛东方纯(WP)两个地理种群和一个养殖红鳍东方鲀(CR)群体进行了遗传多样性分析.结果表明:9对引物在三个群体中均表现为多态;共获得106个等位基因,每个位点的等位基因数目在5～25之间,9个位点在三群体观测杂合度的范围从0.8167到1.0000,三群体平均杂合度观测值Ho排列顺序为WR(O.8661)＞WP(0.8272)＞CR(0.7832);3个群体之间的遗传距离较小,其中WR和WP群体间的遗传距离最小(0.0586),WR和CR群体的遗传距离最大(0.0923);3群体的遗传分化系数GST很小,其中,WR和WP两群体间遗传分化系数最小(0.0177),WR和CR群体间的遗传分化系数最大(0.0290),与遗传距离的分析结果相一致.群体遗传结构的分析结果表明:红鳍东方纯养殖群体遗传多样性显著下降,应及早加强对其种质的保护;从分子遗传学的角度来看,红鳍东方鲀与假睛东方纯应为同一个种.