利用PAUP和MrBayes软件,对线粒体CO I基因序列3个密码子位置的数据模块分别进行了豉甲科(Gyrindae)和水生肉食亚目(Hydradephaga)在亚科或科水平上的系统发育学分析,结果表明第二密码子数据模块获得了理想的分析结果.由PAUP生成的豉甲科最优树来自第二密码子数据模块的分析,而由MrBayes生成的最优树来自全部密码子数据模块的分析.此外,用对应的氨基酸序列生成的ME和MP树与第二密码子数据模块分析的结果也一致.亚科Orectochilinae和Gyrininae以高的支持率形成了单系.然而,来自亚科Enhydrinae的种Porrorhynchus landaisi landaisi呈现了异常的位置.SH-test检验也支持该异常位置,表明这个种可能代表了一个科.在来自第二密码子数据模块的水生肉食亚目最优ML树中,整个Hydradephaga树呈现单系,豉甲科位于树的基部,表明了该科在水生肉食亚目中是一个早期的分支.在树中还产生了一个单系的Dytiscoidea总科,由Dytiscidae、Hygrobiidae、Noteridae和Amphizoidae 4个科组成,单系的Haliplidae与之成为姐妹群.此外线粒体分子钟的结果表明豉甲科的5对相近种间的分化是一个短时期内发生的(O.01～1.81百万年前),这点可能与它们的特殊地理分布有关.