采用AFLP技术对13种石斛属植物的遗传多样性进行了分析.选择性扩增引物组合E+ACT/M+CAC、E+AAC/M+CAC和E+ACA/M+CAC分别对这13种材料进行扩增,得到丰富的条带.在100-300bp共得到346条带,多态性带342条,多态性百分率为98.8%.聚类分析结果表明,在相似系数0.54处,可将13种材料分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ类.Ⅰ类包括:串珠石斛、铁皮石斛、广东石斛、重唇石斛、晶帽石斛、细叶石斛、滇桂石斛、报春石斛、玫瑰石斛、球花石斛;Ⅱ类包括:鼓槌石斛;Ⅲ类包括:美花石斛(花,浅红)、美花石斛(花,淡白).AFLP分析结果与传统分类学的结果基本一致,表明该标记技术对石斛属植物的遗传多样性和分类研究是可行的.