目的 研究溶液pH变化对抗菌肽LL-37结构的影响.方法 利用分子动力学模拟方法,采用GROMACS软件包和OPLS-AA力场,分别在中性和强碱性条件下对LL-37进行模拟,总模拟时间达1微秒,最后对模拟轨迹进行分析处理.结果 LL-37在中性环境下具有部分螺旋结构存在,特别是N端部分残基,结构具有较大柔性;在强碱性环境下,螺旋含量增多,抗菌核心区域残基形成螺旋结构的几率明显增大,结构稳定性增强.结论 pH值的增大会促进LL-37螺旋结构的形成,螺旋结构的形成和与膜结合是协同的.N端残基易形成螺旋,然后是抗菌核心区域.LL-37在中性环境下的结构特征与其行使多功能的角色相一致.该研究首次分析了LL-37在中性环境下的结构特征及pH的影响,有助于认识其抗菌机制及新药设计.
分子动力学模拟 抗菌肽 LL-37 α-螺旋结构