硒是人体必需的微量元素,在人体内主要形成硒蛋白.硒蛋白的计算机识别,不仅能预测生物体中硒的形态,而且可为硒的生化性质研究提供理论基础,以阐明硒的生物功能.本文以斑马鱼为研究对象,结合已有生物分析软件,采用PERL语言编程,建立了计算机识别硒蛋白的新方法.它根据硒蛋白基因的判断标准、以目前公布的不同物种的基因组注释信息为基础,将以TGA码终止的基因的再分析、3'-UTR区域中硒代半胱氨酸插入序列(SECIS)结构的检索、同源相似基因中硒代半胱氨酸/半胱氨酸的比对,以及硒蛋白基因编码区的识别等步骤,从已注释的基因组中用计算机寻找和鉴定硒蛋白的形态.当前,已有一些识别硒蛋白的方法,但只能识别专一物种,而本文提出的方法,克服了该缺陷,而且对计算机运算速度和容量无苛刻要求,尤其是发现不同物种新硒蛋白方面有优势.本方法普遍适用于不同物种基因组中,硒蛋白的计算机预测与识别.
硒 硒蛋白 硒代半胱氨酸 硒代半胱氨酸插入元件(SECIS)