内含子序列通过与相应mRNA序列的匹配参与基因表达调控.采用Smith-Waterman局部比对方法,以拟南芥全基因组基因序列为基础,获得了内含子序列与其对应的外显子连接序列的最佳匹配片段.为了揭示两者之间的序列匹配特征,给出匹配频率在外显子序列上的分布.研究发现,匹配频率分布在外显子的边界存在显著差异,长内含子序列和第一个内含子序列对外显子连接序列的分布偏好明显区别于其他内含子序列.对于长片段、低GC含量以及高配对率的最佳匹配片段在外显子连接序列上游EJC (exon-exon junction complex)结合区域分布有明显的最小值.结果 显示内含子序列和编码序列存在共同进化关系.
内含子序列 外显子连接序列 序列比对 外显子连接复合物(EJC) 最佳匹配片段