通过同源建模得到了抗癌晶体蛋白Parasporin-2(Cry46Aa1)活性区的初始三维结构,利用分子动力学方法对初始三维结构进行优化.为了评估模型的好坏,利用Ramachandran plot和结构匹配等方法对模型进行评价.结果显示,所得的Parasporin-2空间模型良好.比较了Cry46Aa1与Cry46Ab1这两种高度同源的抗癌晶体蛋白的空间结构,找出了其空间结构上的不同之处.通过大分子对接程序Hex4.5,模拟了Parasporin-2与受体GPI-瞄固蛋白(CD59)的相互作用.结果显示,Parasporin-2中参与对接的活性位点位于两个α-螺旋下方的凹槽内,而CD59中的四个loop倾向于插入该凹槽内.研究结果为Parasporin-2的抗癌机制研究及其理性改造奠定了基础.
抗癌晶体蛋白 同源建模 分子动力学模拟 大分子对接