重复序列是真核生物基因组的重要组成部分.一些重复序列,如自主型的逆转录转座子LINE,在昆虫的系统进化和遗传多样性研究方面得到了广泛的应用.de novo从头预测和基于同源比对预测相结合的方法被用来搜索美洲大蠊Periplaneta americana基因组,共鉴定出大约占全基因组62％的重复序列.研究发现,散在重复序列中,DNA转座子占美洲大蠊基因组的16.18％;逆转座元件中LINE最多,占基因组的13.64％,SINE和LTR分别占基因组的3.52％和1.32％.LINEs中的BovBs亚家族在所有转座子亚家族中比例最高(约6.73％).美洲大蠊与德国小蠊Blattella germanica相比,除LTR外,其他类型的转座子占基因组的比例均高于德国小蠊.通过分析逆转录转座子反转录酶完整度、氨基酸序列相似度及遗传距离,从美洲大蠊基因组中鉴定出一类BovBs:RTE-1 _PAm.BovBs的反转录酶氨基酸序列的系统树表明,美洲大蠊与内华达古白蚁Zootermopsis nevadensis的进化关系比与其同属蜚蠊科Blattidae的德国小蠊的关系更近.昆虫中BovBs的进化关系与传统核基冈进化关系的不同,表明转座子的进化相对宿主基因的进化具有一定的独立性.
美洲大蠊 基因组 重复序列 转座子 BovBs 系统进化