为了解微生物发酵床不同深度垫料细菌的多样性,明确不同深度的细菌群落组成,采用五点采样法,收集了发酵床表层10 cm、中层30 cm、深层50 cm的垫料,分别进行垫料宏基因组DNA的提取,原核生物16S rDNA基因V3～V4区的扩增及Illumina高通量测序.试验共获得1045225条序列,共包含32门、303科、609属和1834类OTUs.表层垫料细菌数量最多,中层垫料细菌种类最多.微生物发酵床不同深度垫料的细菌群落有所差异,在表层垫料中,变形菌门(25.9％)和放线菌门(10.2％)相对含量高;中层垫料中拟杆菌门(27.8％)、变形菌门(25.1％)和厚壁菌门(17.0％)相对含量高.发酵床垫料表层和中层细菌多为有机物降解菌,主要为异常球菌——栖热菌门的特吕珀菌科、变形菌门的黄单胞菌科和拟杆菌门的黄杆菌科细菌.随着垫料深度增加,拟杆菌门(33.3％)和螺旋体门(9.2％)含量升高,厌氧菌如螺旋体门的螺旋体科、拟杆菌门的腐螺旋菌科在深层垫料中达到峰值.研究表明,表层垫料中微生物含量最高,代谢最为活跃,是主要的有机质降解层;深层垫料厌氧菌含量高.
微生物发酵床 细菌多样性 高通量测序 不同深度