研究旨在克隆中国草原红牛肝配蛋白A5 (ephrin A5,EFNA5)基因,并对其进行生物信息学分析,检测EFNA5基因在中国草原红牛不同组织中表达的差异.以中国草原红牛为研究对象,根据GenBank公布的牛EFNA5基因序列(登录号:NM_001076432.1)设计引物,PCR扩增获得EFNA5基因的完整编码区(CDS)序列后进行测序验证,利用分析软件进行序列相似性比对并构建系统进化树;分析对应的氨基酸序列蛋白理化特性并预测蛋白亚细胞定位、蛋白亲/疏水性和磷酸化位点;预测蛋白二级结构并构建蛋白三级结构模型;以实时荧光定量PCR法检测EFNA5基因在中国草原红牛各组织中的相对表达量.结果 显示:中国草原红牛EFNA5基因与普通牛和美洲野牛相似性最高,分别为100％和99.8％,与羊、人的相似性分别为95.6％、97.2％,与海豚、鸡、马、猕猴、小鼠和猪的相似性较低,分别为83.6、85.8％、84.5％、84.9％、84.1％、82.8％;EFNA5基因CDS大小为687 bp,编码228个氨基酸,EFNA5基因编码蛋白的分子式为C1183H1791N315O339513,总原子数为3641,分子质量为26.266 ku,理论等电点为5.97,不稳定系数为49.66,总平均亲水性为-0.313.磷酸化位点预测分析发现,EFNA5蛋白共有27个磷酸化位点;亚细胞定位结果表明,EFNA5蛋白主要位于细胞质(26.1％)、分泌系统囊泡(27.1％)、细胞核(13.0％)、线粒体(13.0％)、质膜(8.7％)、内质网(4.3％)、高尔基体(4.3％)、细胞骨架(4.3％)及液泡(4.3％)中;二级结构主要由α-螺旋、β-转角、β-折叠和无规则卷曲组成,分别占18.9％、30.2％、26.4％和24.5％,与三级结构预测结果相符;EFNA5基因在中国草原红牛不同组织的相对表达量差异较大,在肾脏和胃组织中表达量较高,在肺脏组织中表达量最少.本研究结果可为进一步筛选草原红牛肉质候选基因提供参考.
中国草原红牛 EFNA5基因 克隆 生物信息学分析 表达差异