X染色体发生X染色体失活,但是Xp基因有30%表现为逃逸,而Xq仅不到3%.为了研究X染色体基因失活和表达逃逸发生和维持的分子机制,比较了Xq和Xp DNA序列的RNA模拟结合强度.X染色体的核苷酸序列被分为50 kb一段, 对每一段DNA做7碱基(7 nt)字符串组合分析(共有47=16 384种组合),记录每段50 kb DNA中每种7 nt字符串的频率.选择生发中心B细胞中的120个高表达基因,计算这些基因的内含子7 nt字符串的出现频率,称为intron 7nt,以此作为RNAs(RNA群,模拟细胞中RNA在小片段的总和).已知一段DNA序列的7 nt频率值和intron 7nt,即可以计算该DNA段与intron 7nt的结合强度.每段50 kb DNA与intron 7nt的结合强度取决于该DNA段与intron 7nt互补核苷酸的频率,互补的核苷酸序列越多,结合强度就越大.DNA段与intron 7nt 的模拟结合强度称为RNA结合强度,试图模拟该段DNA可以结合的RNA小片段的总量.之所以采用7 nt字符串组合分析是考虑到连续7个核苷酸互补则可以形成相对稳定的结合.研究发现:1)Xp各DNA段的RNA结合强度均值显著大于Xq (P<0.001);2)Xp上高结合RNA的DNA段数目显著高于Xq (P<0.001); 3) RNA高结合DNA段形成的簇与X染色体基因表达逃逸区关联.有证据表明,RNA可以通过改变染色质构象活化基因并且该作用具有普遍意义:如RNA增加染色质对DNaseⅠ消化的敏感性,互补RNA-DNA的亲和性高于互补DNA-DNA,细胞中有丰富的非编码RNA和非编码DNA等.研究中的发现结合RNA活化基因的观点,提示Xp逃逸失活基因的数目多于Xq可能与前者的RNA结合强度大于后者有关.
X 染色体长臂 X染色体短臂 失活逃逸 内含子RNA 核苷酸字符串