20世纪60年代,生物大致分为5界的谱系图, 经历了几次翻新,开始提出了线粒体和叶绿体的内共生学说. 由于分子生物学的发展,首先将各种生物的蛋白质的分子进行比较,构建成蛋白质的分子系统树.再转向核糖核酸,将核糖体的小亚单位,作为区别生命类型之间亲缘关系的指标.发现有些嗜极端条件的细菌,它们不同于原核生物也不同于真核生物,是第三种类型的生命形式.因此,在 80年代为生命建立了细菌、古细菌和真核生物三界的系统树.对许许多多单个基因的系统树的分析,又使人们认识到,古细菌与细菌和真核微生物之间以及各个物种之间,显然皆发生过大量的基因交换.对单细胞进化来说,基因除垂直传递外,横向的或叫侧向的基因转移也十分繁多.在一张完全的系统图中,要同时表现几千个不同的基因家族的超联结的种系型式才符合实际.因而,最新版本的系统树是分枝交缠、无主干的.
进化 单细胞 系统树