利用分子动力学模拟的基准问题,对截断半径(cut-off distance)法、Verlet链(Verlet list)法和链格(linked-cell)法等分子间短程作用力的计算方法与模拟系统的粒子数、对比密度之间的关系进行了研究.研究结果表明,各计算方法的效率与模拟系统的对比密度、粒子数量有密切关系.在粒子数为16 384时,若对比密度为0.9,linked-cell法的计算效率是截断半径法的18倍,若对比密度为0.1,两者的效率则相差100倍;在粒子数超过864以后,linked-cell法具有明显的优势.计算结果可以为合理评价分子动力学并行算法的效率和加速比等指标提供依据.
分子动力学 分子间短程作用力 Verlet链法 链格法