收集来源于16个国家和地区的345份香稻和89份非香材料开展了遗传多样性研究.利用分布于12条染色体上77对SSR标记,共检测出573个等位基因位点,多态信息含量(PIC)变幅为0.090 ～0.845,平均为0.516;基因多样性(GD)变幅为0.091～0.859,平均为0.573;主效等位基因频率(MAF)平均为0.540,变幅从0.251～0.953.聚类分析和群体结构分析将434份材料分成3个亚群,亚群与亚群间FST平均为-0.116,变幅从-0.623～0.494;据Nei's方法计算的亚群间遗传距离从0.207～0.355;各亚群内的主效等位基因频率为0.408～0.746,基因多样性变幅为0.354～0.699,多态信息含量则从0.320～0.658.通过对18个水稻品种中的6个线粒体基因测序结果发现5个基因内不存在核苷酸的差异,仅Mit4中包含了3个SNP的两种基因型,可以作为反应籼粳分化与香味基因进化的重要功能标记.本研究较为系统地反映了不同香稻材料间以及与非香稻资源间的亲缘关系,为进一步了解国内外香稻种质资源和优质香稻育种提供了重要的参考依据.
香稻 SSR标记 遗传多样性 聚类分析