[目的]分析广西HIV-1重组流行株env基因V3-V4区及其临近区域的基因变异.[方法]应用nest-PCR对24份来自广西主要流行区的HIV-1重组毒株env基因区进行扩增后,使用ABI 310型测序仪测序,然后应用CLUSTAL、MEGA和dnatools等生物学软件对env基因区V3-V4区及其临近区域进行序列分析.[结果]24份毒株中21份为CRF01-AE(93.48%),3份为CRF08-BC(6.52%);系统树分析显示,21份与分离于广西地区的CRF01-AE.97CNGX2f和泰国代表毒株THCM240接近,3份CRF08-BC重组毒株中有2份与CRF08-BC.98CN006和CRF08-BC.97CNGX6f靠近,还有1份样本则接近C.95IN21068;env基因V3-V4区核苷酸序列分析显示,广西的样本与分离于该地区的代表毒株基因距离较小,CRF01-AE和CRF08-BC重组毒株的氨基酸替换主要发生在C3和V4区,而V3区氨基酸序列相对保守.[结论]CRF01-AE重组毒株env基因V3-V4区的变异主要发生在C3和V4区,而不是V3区.
人类免疫缺陷病毒1型 基因变异 序列分析