目的:考察同源二聚体转录因子的2个识别螺旋在自由状态下和结合状态下相对运动的特征.方法:从蛋白质结构数据库(PDB)得到1R4I、3JXB、1KB2、1LE8等4个复合物结构文件,分别在自由状态和结合状态下用NAMD进行16 ns分子动力学模拟,将2个识别螺旋所成角分解为垂直偏移角和水平偏移角,并做散点图.结果:2个中心对称结合的同源二聚体转录因子在2种状态下,2个偏移角都相等；串联结合的同源二聚体在结合状态下2个偏移角相等.结论:同源二聚体转录因子识别螺旋相对运动存在平面摆动现象.
同源二聚体转录因子 识别螺旋 关联运动