剪接后的内含子与相应mRNA序列的相互作用在基因表达调控过程中起着非常重要的作用.基于27个物种的核糖核蛋白基因序列,采用Smith-Waterman局域比对方法得到外显子连接序列与相应内含子序列的最佳匹配片段,分析了外显子连接序列上的匹配频率分布和匹配片段的序列特征.发现一些低等真核生物EJC结合区域的匹配频率明显低于其它区域,所有物种EJC结合区域的序列构成呈现出相对低的结构序.最佳匹配片段的平均长度和配对率分布与siRNA和miRNA的结合特征相同.推测EJC和内含子在与外显子序列结合的过程中存在相互竞争和相互协作的关系,内含子中部序列在基因表达调控过程中起着重要的作用.
核糖核蛋白基因 外显子连接序列 内含子 局域比对 外显子连接复合体