目的:通过生物信息学方法基于蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络搜寻结直肠癌的中枢基因.方法:为搜寻结直肠癌的中枢基因,分析了3个来自Gene Expression Omnibus(GEO)数据库的基因芯片数据集(GSE21815、GSE21510、GSE113513).首先,将维恩分析得到的差异表达基因进行功能富集和通路分析,了解其聚类原因.然后,通过STRING数据库构建差异表达基因的PPI网络,并进行子网络模块分析,以更加精准地发掘结直肠癌发生过程的核心路径.最后,依据结合度筛选出结直肠癌发生过程中的中枢基因.结果:研究发现了在整个PPI网络中结合分数较高的前10个基因,将这10个基因确定为结直肠癌发生过程中起关键作用的中枢基因,并发现这些基因与细胞周期过程密切相关.结论:所发现的中枢基因可以成为结直肠癌的治疗靶点.
应用数学 结直肠癌 蛋白互作网络 中枢基因