水质基准主要建立在对污染物的环境生态毒理学及水质风险评估的研究基础上，应该包含两大类内容，一是水质生态基准，二是水质人体健康基准。水质生态基准就是指如藻、溞、鱼、虾、螺等水生态系统的生物生活在水环境中是否安全正常；水体中营养物是短缺还是过多；水底沉积物如底泥中污染物的毒性如何等。我国的水质标准指标限值缺乏环境与生物试验基准数据，急需测算出符合现实情况的水环境基准值，然后再平衡各流域区域的技术、经济水平，出台管用的环境标准。根据标准限定值，超标部分进行总量控制和推行排污许可证制度。