作为一项顶级的河口治理工程，长江口深水航道整治工程是我国水运工程建设史上一项壮举。在工程实施过程中，先后解决了一系列重大工程技术难题，并在工程建设过程中始终把生态环境保护放在突出位置，取得了良好的治理效果。在工程建设初期，为缓解工程建设对长江口水域的破坏影响，委托中国水产科学研究院东海水产研究所组织开展了长江口深水航道治理工程水生生态恢复。1998～2011年间，东海水产研究所项目组实施了“长江口人工牡蛎礁生态系统构建关键技术研究及应用”，开创了我国河口海岸工程建设与水生生态恢复相结合的典范。