中国是鼩鼱科物种十分丰富的国家,已知有12属61个物种在中国分布,并演化出多种生态适应型.本研究采用高通量测序技术对小纹背鼩鼱、云南长尾鼩鼱和蹼足鼩3个物种的心和肺组织样本进行转录组测序.其中小纹背鼩鼱和云南长尾鼩营地表生活,蹼足鼩适应半水生生活.3个物种的转录组测序一共获得20.5 Gb的Clean Data,拼接后分别获得131 045条、153 621条和135 838条Unigenes,BUSCO分析显示其中完整的保守基因最高为82.2％,共有同源基因家族超过8 000个.此外,我们发现通过优化分析方案,可以将单拷贝基因的比例提高18％ ～25％,同时将多拷贝基因比例从28.4％～31.8％降为0.7％～1.1％.同物种不同组织间的基因差异表达分析找到各组织的标志性基因.转录组差异表达分析发现,蹼足鼩心脏和肺均高表达HIF1A基因,该基因是缺氧诱导因子信号通路中的关键基因,调节下游与缺氧应激相关基因的表达,可能与水生适应有关.
劳亚食虫类 鼩鼱科 转录组从头组装 低氧适应