微卫星或简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)存在于表达序列标签(expressed sequence tags,ESTs)中. 为了在棉花中开发EST-SSR功能性标记,利用生物信息学方法对NCBI网上公开的63485条雷蒙德氏棉(Gossypium raimondii Ulbrich) ESTs序列进行EST-SSRs特征分析. 剔除冗余序列,得到非冗余序列58906条. 在非冗余序列中发现含不同重复基元SSRs的EST序列有2620条,共2818个EST-SSRs,EST-SSRs序列的频率是4.45%,平均相隔14.8 kb出现一个SSR. 在1～6 bp的重复基元中,三核苷酸重复基元的SSRs出现频率最高(38.31%),其次是二核苷酸(24.09%)、单核苷酸(23.35%). 对所有的重复基元类型进行统计分析发现,所占比例最大的是A/T(18.67%),其次是AT/TA(14.83%). 在复合型(compound)中发现三核苷酸串联三核苷酸的重复基元出现频率最高,为48.65%. 利用Prime 3 软件,设计了1554对EST-SSRs引物,随机选用300对对本室四倍体作图亲本陆地棉TM-1和海岛棉海7124进行多态性检测,其中129对有多态性,多态性频率为43%. 这些EST-SSRs将有效用于不同棉种间的分布特征比较及染色体定位等方面研究.
雷蒙德氏棉 EST-SSRs 分布 分子标记 多态性