利用微卫星查找软件对现已公布的6632条刺参ESTs的数据库中2-6个碱基重复单元组成的简单序列重复进行筛选,进而对其微卫星的丰度和分布进行比较研究.共发现微卫星序列416个,占整个ESTs数据库的6.48%;其中含双碱基重复序列146个,数量最多,占ESTs数据库中发现微卫星序列总数的65.86%;三、四、五、六碱基重复序列分别占微卫星序列总数的26.68%、1.68%、0.24%、5.53%.对含有SSR位点符合微卫星引物设计的EST序列利用Primer软件结合人工方法设计合成引物21对,其中13对有扩增产物且均为多态位点.扩增产物变性聚丙烯酰胺胶电泳,统计每个微卫星标记等位基因数目,计算等位基因频率、观测杂合度、期望杂合度等统计学指标的评价.结果表明,在13个微卫星位点上,等位基因的数目从3到8不等,等位基因长度从175-382bp,观测杂合度和期望杂合度分别为0.158-0.650和0.198-0.841,所筛选微卫星标记可于遗传分析.
刺参 微卫星 表达序列标签 等位基因