تشغل مدينة سبتة جيباً من ساحل المملكة المغربية تقدر مساحته بنحو 20 كم² عند مدخل البحر المتوسط على مضيق جبل طارق الذي تبعد عنه نحو 26 كم جنوبا، لتكون بذلك أقرب ميناء إفريقي إلى أوروبا. وتمتد المدينة فوق أرض مرتفعة عند نهاية برزخ ضيق، أعلاها جبل سيدي موسى الذي يبلغ ارتفاعه 842 متر.