He was accused, along with former Croatian President Franjo Tudjman, of masterminding the executions and other actions during the Croatian military offensive operation, codenamed Operation Storm.
Gotovina, eski Hırvat Cumhurbaşkanı Franjo Tudjman'la birlikte Fırtına Operasyonu kod adlı Hırvat askeri operasyonu sırasında gerçekleştirilen katliamları ve diğer eylemleri yönetmekle suçlanıyordu.