Zawahiri, whose EIJ is said to have merged with al-Qaeda in 1998, is also believed to have been one of the masterminds of the suicide bombing of the USS Cole off the coast of Yemen in 2000, and the "brains" behind the September 11th attacks on the United States.
Lideri olduğu MİC'nin 1998 yılında El Kaide ile birleştiği söylenen Zevahiri'nin, 2000 yılında Yemen kıyısı açıklarındaki USS Cole'a düzenlenen bombalı intihar saldırısının planlayıcısı ve ABD'de meydana gelen 11 Eylül saldırılarının ardındaki "beyin" olduğuna da inanılıyor.