Gotovina was one of the three most wanted war crimes fugitives from the Balkan conflicts in the 1990s, along with former Bosnian Serb leader Radovan Karadzic and his military commander, Ratko Mladic.
Gotovina, eski Bosnalı Sırp lider Radovan Karadzic ve askeri komutanı Ratko Mladic ile birlikte 1990'larda Balkanlar'da yaşanan çatışmalar nedeniyle aranan kaçak savaş suçu zanlıları listesinin en üst sıralarındaki üç kişiden biriydi.