He was one of the first religious leaders to react strongly against the Pope's September speech in Regensburg, Germany, in which the pontiff quoted a 14th century Byzantine emperor who characterised the Prophet Muhammed's teachings as "evil and inhuman".
Bardakoğlu, Papa'nın Eylül ayında Almanya'nın Rosenburg kentinde yaptığı ve bir 14. yüzyıl Bizans imparatorunun Hz. Muhammed'in öğretilerini "kötü ve insanlık dışı" olarak nitelendiren sözlerini aktardığı konuşmasına şiddetli tepki veren ilk dini liderlerden biriydi.