He went into hiding in June 2001, weeks after the ICTY indicted him in connection with an operation conducted by forces under his command towards the end of the 1991-1995 conflict in Croatia.
Gotovina Haziran 2001'de, ICTY'nin kendisini Hırvatistan'daki 1991-1995 ihtilafının sonlarına doğru komutası altındaki kuvvetler tarafından yürütülen bir operasyonla ilgili olarak suçlamasından birkaç hafta sonra ortadan kayboldu.