In the country's first postwar elections in 1996, he was chosen to represent the Muslim community in the first three-member multiethnic presidency and became its first chairman. Citing health problems, he resigned from his post and quit active politics in 2000.
Ülkenin 1996 yılında savaş sonrası ilk seçimlerinde İzetbegoviç, ilk üç üyeli çok ırklı cumhurbaşkanlığında Müslüman toplumunu temsil etmek üzere seçilmiş ve bu makamın ilk başkanı olmuş, ancak sağlık sorunları nedeniyle 2000 yılında görevinden ayrılarak, aktif siyasete veda etmişti.