Prosecutors alleged that on six occasions between June and October 2004, Beqaj interfered with a witness and a potential witness, referred to as B1 and B2 respectively, in the case against former Kosovo Liberation Army (KLA) members Fatmir Limaj, Haradin Bala and Isak Musliu.
Savcılar, Haziran ve Ekim 2004 arasında Bekaj'ın, eski Kosova Kurtuluş Ordusu (KLA) üyeleri Fatmir Limaj, Haradin Bala ve Isak Musliu aleyhindeki davalarda sırasıyla B1 ve B2 olarak anılan bir tanığa ve potansiyel tanığa altı kez müdahale ettiğini iddia ettiler.