Brankovic did not comment on the reasons for his move but in late March, prosecutors launched an investigation against him over alleged abuse of power and misappropriation, in acquiring a luxury apartment in Sarajevo. (Fena, BHRT, Onasa, Dnevni avaz, Pincom, BHRT - 26/05/09)
Brankoviç istifa kararının nedenleri konusunda yorum yapmamakla birlikte, Mart ayı sonlarında savcılar Saraybosna'da lüks bir apartman dairesi satın alınmasıyla ilgili olarak kendisi hakkında görevi kötüye kullanma ve zimmete para geçirme soruşturması başlatmışlardı. (Fena, BHRT, Onasa, Dnevni avaz, Pincom, BHRT - 26/05/09)