He joined the National Guard Corps as chief of operations and training of its 1st Brigade. From February to April 1992, Gotovina was deputy commander of the Special Unit of the Croatian Army Main Staff, afterwards taking on a six-month assignment with the Croatian Defence Council.
Tugay operasyon ve eğitim şefi olarak Ulusal Muhafız Kolordusu'na katıldı. 1992'nin Şubat ayından Nisan ayına kadar Gotovina, Hırvat Ordusu Genel Kurmayı Özel Birimi komutan yardımcısı olarak görev yaparak, altı ay sonra da altı ay süreyle Hırvat Savunma Konseyi'nde görevlendirildi.