Ottův slovník naučný/Čechy/Dějepis politický, věk střední
a)  (1419—1526), jejíž příští připraveno bylo předešlými událostmi, počala se patnáctiletou ; v ní husitští Čechové (zásluhou svých geniálních vůdců, výcviku vojenského, též pravé nadšenosti a sebeobětovnosti) podivuhodnými vítězstvími přemáhali své protivníky, na konec však vinou okolností domohli se jen malé částky toho, zač podnikli ten zápas ohromný a v některých stránkách s nenahraditelnými škodami spojený. Po Václavovi IV. byl zákonitým dědicem trůnu , král římský a uherský. Čechové dávno poznali jeho špatnost z ohavných skutků, kterých se dopustil proti svému bratrovi Václavovi; nověji zošklivil se Čechům tím, že dav Husovi list do Kostnice k bezpečnému přebývání i návratu, potom ten list odvolal a sám k upálení Husovu radil; konečně pak bylo zjevno, že Sigmund propůjčil se za nástroj konciliu a papeži k vykonání jejich úmyslu, aby kacířští Čechové buďto byli připuzeni k návratu do církve neb aby byli vyhubeni. Pročež rozhodnější hned po smrti králově připravovali se soustavně k válce, a dohodnuvše se s mistry pražskými o víru v ujednaných čtyřech artikulích pražských, počali boj v Praze vypuzením královské posádky z Malé Strany (14 listop. 1419), při čemž  poprvé vzat na slovo. Katolíci i většina husitského panstva mínili Sigmunda přijmouti za krále, i když ten na místo ústupků v náboženství, kterých se od něho někteří kališníci nadáli, s vyžádaným svolením papežovým vyhlásil ve Vratislavi v březnu 1420 křižáckou válku proti kacířům. Žižka však současné, poraziv pány u Nekmíře a u Sudoměře, zakládal novou pevnost Tábor a cvičil vojsko, s kterýmž potom, když Sigmund velikým vojskem křižáckým obléhal Prahu, dobyl rozhodného vítězství nad ním na hoře Vítkově (Žižkově) 14. čce 1420. Sigmund spokojiv se s korunováním na království České, kterého dosáhl od své strany 28. čce, rozpustil křižácké vojsko; znova poražen jest dne 1. listop. 1420, když chtěl vybaviti Vyšehrad obležený od husitův, a ježto husité na mnohých místech postupovali vítězně proti jeho straně, ustoupil v březnu 1421 s nepořízenou ze země České. Tu Pražané a Táboři spojenými silami zdobývali mnoho měst, jež novým osazením úřadův obrátili ke své víře a straně, i hradů královských a panských, kláštery pustošili, statky pak svých přemožených protivníkův opanovali pro své obce městské. Tudy husitství a odboj proti Sigmundovi nabyly r. 1421 rozhodné převahy v Čechách. Druhá křižácká výprava toho roku dorážela na Čechy po různu: Němci od Žatce odraženi dříve, než Sigmund opanoval Kutnou Horu, načež od Žižky poražen tam i na útěku u Habrů a u Něm. Brodu (6.—10. led. 1422). Třetí kruciata v říjnu 1422 vypadla ještě skrovněji a skončila se beze skutečné srážky, nedošedši ani ku Karlšteinu, jejž chtěla vybaviti z obležení od Pražanů. Avšak přes všechna vítězství nebylo husitům možno docíliti pokoje s nepřátely cizími ani spořádané vlády doma. Pokoušeli se dostati krále z rodu Jagellonského, panovavšího v Litvě a v Polsku; v květnu 1422 přišel do Čech  jen za správce s malou mocí, kterou mu husité postoupili, při čemž na obnovení státní jednoty s druhými zeměmi koruny České nebylo pomyšlení. Nad to jakmile krajní nebezpečenství pomíjelo, husité znesvářili se mezi sebou o rozdílnou míru odchylek od víry a řádů katolických. Když Korybutovič v březnu 1423 odvolán z Čech do Polska, Pražané se spolčili se stranou královou proti Táborům; ale Žižka porazil pány u Hořic (20. dub. 1423) a po smíru netrvalém také Pražany u Malešova (7. čna 1424); potom smířiv se s Pražany, na společném s nimi tažení do Moravy zemřel u Přibyslavě 11. října 1424. Korybutovič vrátil se do Prahy v červnu 1424, ale když snažil se sjednotiti husity s církví velkou povolností, uvězněn jest od Pražanův, a jediný zárodek spořádané vlády husitské vzal tím za své. Nikde nesvítala naděje možného míru, jehož přece většina si přála. Po velikém pobití Němců vpadších k Ústí n. L. 16. čna 1426 vítěz a po Žižkovi nejznamenitější vůdce vojsk táborských, kněz , dosavadní obranu proti vpádům nepřátelským proměnil v útok, tak aby husité záhubnými vpády do sousedních zemí a kořistnickými jízdami spláceli neukojeným nepřátelům rovné rovným i horším. Čtvrtá křižácká výprava vydařila se valná, ale skončila se potupným útěkem křižákův od Stříbra i od Tachova před husity se blížícími (2.—4. srpna 1427). Nové ukrutné vpády husitů do zemí nepřátelských blízkých i vzdálenějších měly ten účinek, že knížata a města musili se s nimi umlouvati a mír nebo příměří od nich svým krajinám i kupovati, přes přísné zákazy koncilia sienského i papeže. K naléhání knížat papež Martin V. potom svolil, aby sešlo se koncilium ke zjednání míru, i vypravil v lednu 1431 kardinála Juliána do Němec, aby koncilium řídil, ale napřed aby novou, již pátou výpravou křižáckou hleděl kacíře přemoci mečem; opětným však útěkem velikých vojsk křižáckých u Domažlic (14. srp. 1431) zmizela poslední naděje tato, načež se strany církve i krále Sigmunda přistoupeno k opravdovému smlouvání; přála si ho většina husitů, nikoli však kněží táborští a bratrstva polem pracující, zvyklá již provozovati válku za stálou živnost. Po předchozích úmluvách v Chebě r. 1432 docílených o způsobu, jakým Čechové by měli býti slyšeni od koncilia basilejského, vyjednáváno r. 1433 skrze poselstva v Basileji a střídavě v Praze, a s velikými nesnázemi došlo se k jakémus dohodnutí, podlé kterého husité navrátíce se ku poslušenství církve obecné, měli dostati svolení ke čtyřem artikulům pražským, mezi nimiž nejtěžší týkal se přijímání pod obojí způsobou, avšak s rozmanitými ohradami, se kterými jen malá vlažná čásť husitů byla srozuměna. Mezi tím válčilo se dále opětovanými vpády do cizích zemí; v Čechách husité obléhali r. 1433—34 katolickou Plzeň. Mezi stranou Pražskou a Táborskou nebylo zlých sporův od smlouvy vožické r. 1425. Avšak na jaře r. 1434 páni pod obojí spolčili se s Pražany staroměstskými i se šlechtou pod jednou proti Táborům, a přijavše peněžité podpory od koncilia, porazili Tábory na hlavu u Lipan (30. kv. 1434). Pokoje tím docíleno, jehož země potřebovala, ale zároveň věc husitská přišla tím o nejodhodlanější zastánce své. Pak vyjednáváno se Sigmundem, prohlášeným na sněmě čáslavském (7. čna 1421) za zbavena trůnu českého, aby byl ku panování v Čechách připuštěn, při čemž musil ve věcech náboženských podvoliti se k větším ústupkům, než koncilium povolovalo; což se dokonalo, když úmluvy Čechů s konciliem basilejským () uzavřely a prohlásily se v Jihlavě 5. čce 1436. Kompaktáta nebyla však ani od jedné ani od druhé strany opravdově držena, a také proti vládě Sigmundově, jenž uveden byv do Čech, obnovil zde úřady, jevil se některý odpor, který vzrůstal, když náčelník odboje Jan Roháč z Dubé, věrný následovník Žižkův v nenávisti k Sigmundovi, byl na hradě Sioně zajat a se svými v Praze oběšen (9. září 1437). V takových okolnostech Sigmund, od r. 1433 korunovaný císař římský, odešel z Čech a zemřel ve Znojmě 9. pros. 1437 bez mužských dědiců.

Jediná dcera Sigmundova Alžběta vdala se r. 1422 za  vévodu rakouského, kterýž od svého tchána obdržel (1423) Moravu v léno od koruny České, i panoval v té zemi dosti mocně přes odpor strany husitské, tam méně mocné než v Čechách. Z těch a jiných pohnutek sněm český uzavřel 30. pros. 1437 přijmouti Albrechta za krále, jestliže přijme jisté výminky; o čemž když pak strany se nedohodly, strana katolická s vlažnými kališníky korunovali jej v Praze 29. čce 1438, horlivější však husité jemu odporovali mocí, hledajíce sobě zároveň jiného krále v Polsku. Než se ten spor rozhodl, Albrecht, zvolený též za krále uherského a římského, zemřel v Nesmilech 27. října 1439. Potom manželka jeho Alžběta 22. února 1440 obdržela syna , kterýž měl děditi korunu uherskou i českou. Když Albrecht vévoda bavorský, zvolený za krále českého (1440), koruny nepřijal, Čechové odhodlali se čekati, až by Ladislav dospěl, i žili zatím bez krále a bez vlády zemské, spravujíce se poněkud volenými hejtmany krajskými. Vůdcem husitské většiny v zemi byl v tom stavu Hynce Ptáček z Pirkšteina, po jeho pak smrti (1444) Jiří z Poděbrad. Na druhé straně Menhart z Hradce, odstouplý od kalicha, jakožto nejvyšší purkrabí pražský od Sigmunda dosazený provozoval v Praze moc a zvůli husitům protimyslnou, až jí učinil konec Jiří Poděbradský, zmocniv se Prahy (dne 3. září 1448). Ten pokračuje od úspěchu k úspěchu, zvolen jest na sněmu českém dne 27. dubna 1452 za správce království Českého; odporující tomu pány katolické i město Tábor přiměl mocí ku poslušenství, při čemž zároveň učinil konec sektě táborské. Současně stavové rakouští donutili římského krále Bedřicha, aby propustil na svobodu dědice země rakouské Ladislava, jejž do té doby choval jako v zajetí. Působením Jiřího Poděbradského  uznán v Čechách za krále, uveden do království i korunován v Praze 28. října 1453. Vedlé nezletilého krále největší moc provozoval i dále pan Jiří jakožto gubernátor od krále potvrzený, kterýž teprve nyní mohl obnovovati veřejné řády, rozrušené a zaniklé dlouhou válkou a bezvládím, a zemi uváděti do nového pořádku, což i pilně činil zvláště v království Českém; též ostatní země koruny České, Morava, Slezsko a Lužice, navrátily se v bývalé svazky s královstvím. Král Ladislav měl mnohá těžká jednání ve svém království Uherském; vrátil se potom do Prahy, chtěje zde slaviti svatbu se snoubenkou francouzskou, ale zemřel z nenadání již 23. list. 1457. Za krále byl potom zvolen pan  (2. bř. 1458), kterýž korunován 7. kv. 1458 k veliké radosti husitů českých i moravských, že Čech a přívrženec kalicha dosáhl nejvyšší moci. Avšak německá města v Moravě i německé obyvatelstvo ve Šlezích a v Lužici hledali si pány mezi knížaty německými, i strojili se k odporu proti králi Jiřímu hlavně z pohnutek nenávisti národní, kterou tehdáž zakrývali pravověrností katolickou. Jiří nejprve přemohl odpor moravských měst; během roku dosáhl uznání od papeže, od císaře i ode všech okolních knížat; potom po přímluvě císařově a papežově i Slezáci poddali se Jiřímu jakožto králi, vyjma že Vratislavané obdrželi tříletou lhůtu k vykonání přísahy poddanské. Jako král pokračoval Jiří Poděbradský v tom blahodárném díle, které byl dříve jako správce země počal; řídě se příkladem Karla IV., utvrzoval, pokud ve změněných okolnostech bylo možno, moc královskou, k čemuž náleželo jmenovitě navracování statků korunních a jiných důchodů ku komoře; obnovením pořádku přiváděl zemi k opětnému blahobytu. Mnoho škod, jež husitství zemi způsobilo, napravil tento král z něho vyšlý, i zadržel mnohé zlo, strojené od nepřátel; v tom záleží jeho zásluha. K velkým dalším podnikům však nedospěl, poněvadž pokojného panování jeho bylo na krátce. Neštěstí přišlo opět z rozdílův a vášní náboženských. Když král podlé povinnosti své dával v Římě prositi za stvrzení kompaktát, papež Pius II. na místo stvrzení prohlásil kompaktáta za neplatna (31. bř. 1462), i požadoval od krále, aby odstranil podávání z kalicha a jiné odchylky od řádů katolických, domnívaje se mylně, že by Jiří svým příkladem a mocí mohl to provésti. Přímluvami císaře Bedřicha III., kterému Jiří tehdáž pomohl proti zodpořilým stavům rakouským, opozdily se další kroky dvora papežského. Svévolní páni čeští, kterým se nelíbila vláda Jiřího, poněvadž byla pevná a spořádaná, spolčili se r. 1465 proti králi v jednotu Zelenohorskou, a zastírajíce se později odsudkem krále Jiřího, vysloveným od papeže 23. pros. 1466, počali roku násl. válku v zemi, ač s větší škodou svou než královou. Když pak r. 1468 také král uherský Matiáš v dorozumění s papežem zdvihl válku proti králi Jiřímu, a jednota Zelenohorská i Němci v zemích koruny České jemu se poddali, panství Jiřího obmezeno bylo na větší díl země České a asi na polovici Moravy. Roku 1469 Matiáš vtrhnuv do Čech, byl od krále Jiřího u Vilémova na konci února sevřen, i nabízel se k pokoji Čechům výhodnému; Jiří dav se oklamati, povolil mu příměří, pod kterým Matiáš dal se od svých stranníků z koruny České provolati za krále českého v Olomouci dne 3. kv. 1469. Po tom skutku Jiří napjav síly, válčil mocněji a šťastně proti nepříteli toho i násl. roku, tak že všichni protivníci jeho, i papež, klonili se k míru. V tom však zemřel Jiří 22. bř. 1471.

Po přání krále Jiřího jeho strana z Čech i z Moravy zvolila na sněmě Kutnohorském (27. kv. 1471) za krále , kterýž byl prvorozený syn krále polského Kazimíra, tehdáž 15letý, a korunován v Praze 19. srp. 1471. Naproti jeho slabé vládě zmizela u nepřátel náklonnost k míru. V následujících 7 letech v koruně České nebylo pokoje ani opravdové války; příměří se uzavírala, ale nebyla dodržována, válka opětovně se vedla, ale bez důrazu a bez výsledku, až r. 1478 ujednán v Budíně 30. září a vyhlášen v Olomouci 7. pros. mír, kterýmž koruna česká na čas se rozpolila: Vladislav i Matiáš podrželi titul krále českého, Vladislavovi připadlo skutečné panství v Čechách, Matiášovi v Moravě, Slezích i Lužicích, kteréžto země po jeho smrti měly se vrátiti ku království Českému za výplatu. V Čechách v následujících létech převládaly opět třenice náboženské, ježto král a katolické panstvo drobnými prostředky znepokojovali většinu kališnickou; proto r. 1483 obyvatelstvo pražské vzbouřilo se proti konšelům od krále dosazeným. Obrat nastal na sněmu Kutnohorském (1485), kdež strany náboženské dohodly se o výminky pokojného vedlebytí, a zároveň jiné dohodnutí mezi stavem panským a rytířským o osazování soudu zemského ukončilo jinou rozepři a umožnilo obnovení soudu zemského, jehož činnost zastavila se ve válce krále Jiřího. Po šťastném uklizení dřívějších sporů oba stavové šlechtičtí oddali se neblahé snaze, aby zbavili stav městský práv politických, jichž ve válce husitské nabyl pravidelným zastoupením na sněmích, i aby lid poddaný ve vsech a v městečkách uvedli v osobní porobu neboli nevolnictví. Posledního účelu dosáhli několika zákony a smlouvami, jmenovitě sněmovním nálezem r. 1487, ukládajícím pokutu na to, kdyby kdo přechovával a nechtěl vrátiti poddaného nebo čeledína zběhlého beze svolení vrchnosti, pod kterou dříve náležel; a ježto potom brzo soud zemský přestal připouštěti stížnosti a žaloby poddaných na vrchnosti, otevřena tím brána libovolnému přitěžování břemen a rozmanitému utiskování poddaného lidu, kterýpak proti tomu neměl zákonité obrany a ochrany. Chatrná moc krále dobráka vymykla se mu ještě více z rukou a přešla v ruce šlechty, když r. 1490 po smrti krále Matiáše Vladislav zvolen byl za krále uherského a přebýval od té doby ne již v Praze, nýbrž v Budíně. Království Českému vzešel však z toho povýšení Vladislavova ten prospěch, že Morava, Slezsko a obojí Lužice navrátily se opět do státoprávních svazků s ním. Panstvo a rytířstvo bez měst vydali r. 1500 Vladislavova Zřízení Zemská, jež vybrali z desk a dílem upravili si podlé snah svých naproti stavu městskému, kterýž proto odporoval novému zákonníku a spolčoval se na obranu proti stavům šlechtickým. Mnoho let strana proti straně trvala v ozbrojení, a nejednou málo scházelo k propuknutí války mezi nimi. Král přijev z Uher do Prahy r. 1502 a 1509, nedovedl toho sporu urovnati; při návštěvě poslední (1509) dosáhl, že jeho syn Ludvík, tehdáž tříletý, korunován jest za budoucího krále českého. Zatím r. 1508 i statky královské a ostatní důchody královy ocitly se v moci nejv. purkrabí pražského a pánů a rytířů, kteří drželi místa soudcovská v soudě zemském; ti pak, jakož i nejvyšší úředníci, spravovali komorní majetek a úřady ke svému osobnímu užitku. Ve sporech mezi stavy šlechtickými a městským docíleno (1508) dohodnutí prostřednictvím pana Viléma z Pernšteina aspoň v tom kuse, že šlechta přiznala městům právo třetího hlasu na sněmích, ač s jakýmsi obmezením. Avšak o příslušnost k soudům, o práva živnostenská i o jiné věci, které se k tomu připlétaly, trvaly dále hádky mezi stavy, ano přiostřily se r. 1513, když města uzavřela mezi sebou brannou jednotu, a za vůdce a pomocníka zjednala si podnikavého knížete Bartoloměje Minsterberského, jenž skrze otce svého Viktorina byl vnuk krále Jiřího; po Bartolomějově smrti {1515) jeho bratranec kníže Karel vstoupil u měst na jeho místo; ten zároveň byl ve službě krále Vladislava. Hlavní náčelník šlechty proti městům zaujaté byl pan Zdeněk Lev z Rožmitála, jenž od r. 1507 byl nejv. purkrabím pražským a r. 1508 opatřen byl mimořádnou mocí na místě nepřítomného krále. Za veliké rozháranosti věcí zemřel král Vladislav v Budíně 13. bř. 1516, ustanoviv svého bratra Sigmunda, krále polského, a císaře Maximiliána za vrchní poručníky dětí svých i dědictví jejich.

Desítiletý syn Vladislavův král  byl již r. 1515 oddán k manželství s Marii, vnučkou císaře Maximiliána; dcera Vladislavova Anna podlé otcových smluv dostala r. 1516 za muže arciknížete rakouského Ferdinanda, vnuka Maximiliánova. Stavové čeští uznali sice dotčené vrchní poručníky, ale ve skutečnosti málo se na ně ohlíželi, a ježto nezletilý král bydlil v Uhrách a nebyl v Čechách ve vládu ani dle jména uveden, spravovali zemi podlé své vůle. Jediná potěšitelná událost z těch let jest ukončení dlouholetých různic mezi městy a šlechtou, kteréž docíleno na sněmu r. 1517 smlouvou Svatováclavskou, opět zásluhou moudrého pana Viléma z Pernšteina. Král Ludvík teprve r. 1522 v březnu přijel do Prahy, aby náležitým způsobem uvázal se ve vládu i aby správu zemskou lépe opatřil, nežli byla za úřadování Zdeňka Lva a jeho stranníků. Tu zvláště při jednání o to, aby statky a důchody královské dostaly se zase z moci panstva v moc královu, poznal Ludvík neochotu a zištnost osob, které stály v nejvyšších úřadech; i propustil je všechny z úřadů a osadil tyto v ún. 1523 osobami jinými, kteréž upřímněji smýšlely s mocí královskou, aby opět se povznesla z předešlého úpadku hlubokého a zemi zjevně škodlivého. Potom král Ludvík ubíraje se z Čech nazpět do Uher, svěřil nejvyšší moc v král. Českém Karlovi knížeti Minsterberskému. Noví držitelové moci v Čechách byli většinou víry pod obojí, a to dílem takoví, kterým kompaktáta nepostačovala; jeden náležel k jednotě bratrské, vzniklé v Čechách za krále Jiřího, jiní klonili se k novému učení Lutherovu, jež tehdáž již počalo z Němec vnikati do Čech. Dvoru královskému po katolicku smýšlejícímu byla tato okolnost nemilá. Toho používajíce jejich soupeřové, kteříž byli dílem katolíci, dílem kališníci podlé kompaktát, začali jednati o potvrzení kompaktát a sjednocení kališníků s církví římskou; že pak někteří z nových nejvyšších úředníků nebyli k tomu ochotni, jsou vytlačeni z úřadů. Zdeněk Lev z Rožmitála dosazen od krále opět k nejvyššímu purkrabství, a tak i dva jiní úředníci dříve sesazení dostali se opět k úřadům (1525]. Vláda tato šlechtická, jakož dříve zvykla si panovati bez krále, potom bez ostychu protivila se vůli králově, když jí nebyla vhod. Ano schylovalo se k boji mezi stranami šlechtickými, když k různicím politickým a náboženským připletl se ještě spor soukromý z toho pošlý, že pan Petr z Rožmberka († 9. října 1523) proti řádu rodinnému na škodu jiných pánů z Rožmberka odkázal mnohé statky panu Zdeňkovi Lvu z Rožmitála. V takových okolnostech, když král Ludvík žádal za pomoc z Čech proti sultánovi Solimanovi, dostalo se mu jí od obou českých stran málo, od strany Lvovy přišla i pozdě, a Ludvík zahynul na útěku z nešťastné bitvy u Muhače (29. srpna 1526), nezanechav žádného potomstva. Klk.

b)  (1526-1620). Po smrti Ludvíkově u Muhače otázka, kdo stane se králem českým, zabývala mysli nejen národa českého, ale celé Evropy. Ludvík nezanechal žádných potomků, a smlouvy, které v dobách dřívějších byly mezi jednotlivými rody panujícími uzavřeny, pozbyly časem své platnosti. Ferdinand rakouský dovolával se ovšem dědičného práva své manželky Anny a žádal hned bratra svého Karla V., aby mu udělil Č. lénem, ale Anna provdáním svým a vybytím ztratila dle ustanovení Karla IV. z r. 1348 a dle smlouvy z r. 1510 úplně právo nápadu. Sněm český, který od pana Zdeňka Lva z Rožmitála bez ohledu na Moravu a Slezsko ke dni 6. října do Prahy byl svolán, přihlížeje k ustanovení Karla IV. z r. 1348, v sezení svém dne 18. říj. nápadu Anny neuznal a přiřkl sobě právo „voliti krále dle svobod a výsad království Českého“; zvoliv zvláštní kommissi, aby vypracovala články čili artikule, kterak a v čem by království České mělo býti opatřeno, dne 19. října ustanovil, aby artikule ty byly hned před volbou královskou do desk zemských vloženy a tím také učiněny zákonem, nového krále vížícím. O korunu českou hlásila se celá řada kandidátů; nejvážnějšími a nejčinnějšími byli Ferdinand rakouský a vévodové bavorští. Rozhodnuti stalo se konečně ve prospěch Ferdinandův, když se jednatelům jeho podařilo získati pana Lva z Rožmitála, který dříve pro nechuť svou ke králové Marii stranil vévodám bavorským. K návrhu páně Lvovu zvolen byl dne 20. října 24členný výbor, po 8 z každého stavu, aby vybral a sněmu navrhl nejschopnějšího kandidáta k volbě, a obdržel dne 22. října opět k návrhu pana Lva plnou moc volby, tak aby osoba, na které se snese, za krále byla prohlášena. Volba konala se dne 23. října v kapli svatováclavské a Ferdinand jest jednohlasně zvolen a nazejtří slavnostně za zvoleného krále českého prohlášen. Na to zvolena a odeslána byla zvláštní deputace do Vídně, aby Ferdinandovi jeho volbu oznámila a zároveň předložila mu ke schválení a potvrzení artikule sněmovní, ve kterých hlavně naléháno bylo, aby svobody království Českého byly potvrzeny a přísaha králova a jeho prohlášení, že z dobré a svobodné vůle za krále českého vyvolen byl, do desk zemských byly vloženy.

Ferdinand, který dobře pozoroval, že by potvrzením a přijetím všech těchto článků stali se vlastně stavové čeští panovníkem a rozhodujícím činitelem, nemínil všem žádostem vyhověti a vydal po delším odkládání poselstvu tři majestáty doznávaje, že svobodnou volbou stavů jest na království dosazen, a slibuje, že zasadí se o provedení kompaktát a potvrdí všecky svobody zemské. Zároveň vyžádal si, aby o některých článcích, které by důstojenství královskému byly na závadu, mohl na sněmě českém po svém korunování znovu jednati.

Po propuštění poselstva českého vydal se Ferdinand, smluviv se dříve s Moravany, na cestu do Čech, dne 30. ledna 1527 učinil na „louce královské“ u Jihlavy přísahu pohraniční, vešel 5. února za slavnostního uvítání do Prahy, a již dne 24. a 25. února vykonány jsou slavné obřady korunovační. V Praze počínal si s takovou diplomatickou obratností, klidnou rozvahou, neunavnou vytrvalostí a pevnou vůlí, jaké se stavové do něho nenadáli. Ještě před korunováním vystoupil proti některým artikulům stavovským a přiměl stavy ke změně druhého článku v ten smysl, že vlastně dědičnost trůnu v přímém rodě Ferdinandově byla uznána, neb stavové svolili k tomu, kdyby se toho potřeba uznala, aby ještě za živobytí králova syn jeho mohl na království býti korunován. Závazkem svým, že zaplatí dluhy korunní, dosáhl Ferdinand také toho, že stavové propustili mu právo, raditi se ve věcech financí královských s muži nejenom domácími, než také i dle zdání královského s cizinci, čímž zbavili se stavové rázem vlivu na ústav, který mohl býti mocnou oporou proti chytře tajeným úmyslům nového krále. Vydav pro zemi zvláštní policejní řád a rozhodnuv prozatímně spor mezi stavem panským a zemanským o nesení insignií při korunovaci, vydal dne 28. ún. protest proti nezákonnému vložení artikulů sněmovních z r. 1526 do desk, žádal důrazně, aby stavové upustili ode všech branných jednot proti sobě, vydal rozkaz o udržování veřejné bezpečnosti a soudní spravedlnosti a předložil sněmu proposici, ve které žádal za pomoc proti Turkům a za upravení důchodů korunních a jiných potřeb. Sněm byl důraznou žádostí královou překvapen, než povolil mu na pomoc vojenskou na 6 měsíců 81.600 kop českých, tedy 204.000 zl., a král, ustanoviv pana Zdeňka Lva za prozatímního správce Čech a vydav dne 25. března „instrukci a ustanovení pro českou komoru“, odejel na Moravu a do Slezska, aby přijal holdování stavů tamějších, a spěchal po krátkém pobytu v Praze v červnu do Vídně, aby řídil válečnou výpravu proti Janu Zápolskému.

Postavení Ferdinandovo i při značném rozšíření jeho moci a vlivu, nebylo příznivé; strana bavorská, podporovaná Francií, vešla ve vyjednávání se Zápolským; v Čechách pak stavové nejevili mnoho náklonnosti k novému panovníku, který je jenom řečí německou oslovoval; k tomu družily se neshody náboženské a zvláště vzmáhání se víry evangelické a Jednoty bratrské. Ferdinand však nepozbyl sebedůvěry a krok za krokem kráčel pevně za vytknutým cílem, jímaje mysli tu lichotivou přívětivostí, tu opět chladnou rozhodností a správným vykonáváním spravedlnosti. První příležitost k ráznému vystoupení a k upevnění jeho vlivu zavdaly mu náboženské a strannické různice a spory v Praze, kde Jan Pašek z Vratu, chtěje se králi zalichotiti, vystupoval s velikou nenávistí proti straně Hlavsově. Ferdinand nařídil, aby se přívrženci strany Hlavsovy mohli do Prahy vrátiti; když však Pašek nedbal rozkazů králových, přijel Ferdinand r. 1528 do Prahy, dosadil nové konšely, zrušil k veliké radosti Novoměstských jednotu mezi Novým a Starým městem, a když Pašek s Caherou snažili se obec pobouřiti, vypověděl r. 1529 Caheru ze všech svých zemí a Paška 11. dubna 1530 z Prahy. Vítězství svého v Praze užil Ferdinand k obmezení svobod městských. Vydalť rozkaz, aby od této doby žádná shromáždění veliké obce se neodbývala bez povolení královského, a rozšířil zákaz ten brzo i na ostatní města královská. Tím zasáhl ovšem hluboce do zřízení obecního a vzbudil tím proti sobě opposici, která však neměla hlubokého základu a pravé síly; sněmy klesly znenáhla na pouhé sbory hlasovací a přijímaly vždy nálezy královské, třeba s velikou nevolí a s velikým sebezapíráním. Nejlépe jevily se poměry ty při povolování mimořádných berní. Války s Turky a s Janem Zápolským, potřeby vládní a správní vyžadovaly velikého nákladu a Ferdinand nemaje důchodů vedlejších, obracel se ke sněmu se žádostí za mimořádnou daň a dosáhl vždy svého účelu, ano i toho, že tyto berně mimořádné stávaly se znenáhla stálými a každoročně obvyklými. A jako s berněmi dařilo se Ferdinandovi i s ostatními jeho úmysly, zvláště o dosažení uznání práva dědičného. Když dne 2. čna 1541 zachvátil veliký požár hrad Pražský a zničil desky zemské, a stavové vznášeli na krále prosby, aby při zakládání nových desk přistoupilo se také k registrování svobod zemských, svolal Ferdinand r. 1545 sněm, kterému předložil žádost, aby na základě dědičného práva králové Anny propustili ho z reversu r. 1526 jim vydaného a vložili do desk revers nový, kterým Anna za pravou přirozenou dědičku podlé nadání, svobod, privilegií a výsad císaře Karla IV. se prohlašuje. Stavové neodvážili se odporu a učinili doznání, že král nikoli svobodnou volbou, nýbrž právem dědičným trůnu českého dosáhl. Po důležitém tomto rozhodnutí zasáhl Ferdinand také mocnou rukou do sporu mezi stavy českými a knížaty lehnickými, kteří na újmu celistvosti zemí koruny České učinili s Braniborskem smlouvu o vzájemném nástupnictví po vymření mužských dědiců jednoho rodu. Položiv ke dni 19. dubna 1546 oběma stranám sjezd do Vratislavě, učinil tu nález, že knížata lehnická dotčenou smlouvu zrušiti mají. Rázností tou získal si Ferdinand stavy české, ale soulad ten na dlouho nepotrval, a stavové sami dopomohli králi k novému vítězství, když z příčin náboženských a různých zápletek došlo k válce šmalkaldské.

Zemským řádem oprávněno bylo v Čechách jen vyznání pod jednou a pod obojí, jak také Ferdinand přísahou svou výslovně potvrdil. Než strana pod obojí, nemohouc dosáhnouti potvrzení kompaktát, nedospěla ku potřebné samostatnosti církevní a musila záhy ustupovati Jednotě bratrské a straně lutheránské, která konečně nabyla v konsistoři většiny a domáhala se uznání a samostatného zřízení. Ferdinand zaujal proti Jednotě a straně lutheránské odmítavé stanovisko, nepovoluje v ničem jejich žádostem. Tak na sněmě r. 1537 vyzval všechny, kteří nebyli ani pod jednou, ani pod obojí, aby sněm opustili; nevyhověl žádosti protestantův, aby se nemusili spravovati kompaktáty, a setrval na odmítavém tomto stanovisku i r. 1543, když ho žádali za potvrzení usnesení na sjezdě toho roku konaném. Tím ovšem vzbudil proti sobě opposici, která nacházejíc podpory v městech a také ve stavu rytířském, čekala na první příležitost, aby mohla proti králi vystoupiti; a příležitost ta nastala r. 1546, když Karel V., dohodnuv se s Ferdinandem a Moricem saským, vystoupiti chtěl válečně proti spolku šmalkaldskému. Ferdinand maje bratru svému pomoci, položil na den 26. čce 1546 do Prahy sněm a dosáhl povolení veřejné hotovosti „buďto že by Turek nebo kdožkoliv jiný království Českému škody a vpády činiti chtěl“. Poněvadž hotovost povolena byla jen do 12. list. a hejtmané ustanovení opřeli se rozhodně proti tažení za hranice, vydal Ferdinand, který dle úmluvy měl Jana Bedřicha napadnouti v Sasku, 10. září 1546 nový mandát, ve kterém dovolávaje se usnesení sněmovního ze 26. července, nařizoval sebrání se nové hotovosti zemské u Kadaně. Zamýšlená výprava tato nebyla po chuti obyvatelstvu evangelickému a vzbuzovala mezi stavy podezření, že Ferdinand chce užiti tažení toho nejen ku potlačení protestantismu, ale také ke zrušení starodávního zřízení zemského; proto hotovost scházela se vlažně a konečně jen malá čásť uposlechla rozkazu králova, překročila přes hranice a dobyla vítězství u Olešnice. Tento odpor stavů pobouřil Ferdinanda měrou nemalou, ale že nutně vojska potřeboval, nevystoupil s přísností a vydal 12. led. 1547 nový mandát, kterým nařizoval stavům, aby se s vojsky svými ke dni 24. ledna k Litoměřicům dostavili. Stavové dostavili se sice větším dílem do Litoměřic, opřeli se však rozkazu královskému a jen někteří dobrovolné provázeli Ferdinanda za hranice, které král překročil s hrozbou, že proti těm, kteří jeti nechtěli, bude věděti, jak se zachovati.

Hrozby královy, porušení starého zřízení, dopisy kurfiršta Jana Bedřicha, jenž namáhal se, aby pohnul stavy ke spolku, satirické písně a klamné zprávy probudily v mysli stavů touhu po činech. Města Pražská zavřela 9. a 10. února jednotu k hájení svobod, páni i rytíři strany lutheránské a Jednoty počali sjížděti se do Prahy a učinili tu 16. února mezi sebou „snesení a nařízení přátelské“, kterým opřeli se absolutistickým snahám královým, zavazujíce se, že proti každému, jenž by jim ubližovati chtěl, do hrdel a statků svých podlé sebe budou státi a nikterakž se neopouštěti. I vypravili zároveň za Ferdinandem posly, aby svolal řádný sněm v době středopostí. Ferdinand položil sněm na 19. duben a rozkazoval zároveň přísně, aby v tomto čase žádných sjezdů krajských neodbývali a ke středopostí ke sněmu se nesjížděli. Ale stavové neuposlechli, sešli se 19. března v Praze, snesli se na 57 artikulech k uhájení svobod zemských, svolali hotovost zemskou pod Kašparem Pluhem z Rabšteina, který spravovati se měl rozkazy výboru nově od stavů zvoleného. S hotovostí tou položil se Pluh u Bečova, aby zamezil spojení Ferdinanda s císařem. Než polovičatost stavů byla příčinou, že císař Karel V., přešed přes pomezí české spojil se bez obtíží v Chebě s Ferdinandem a Moricem. Zatím sešel se ke dni 39. dub. svolaný sněm. Stavové odmítli požadavky Ferdinandovy a obnovivše obranný spolek, zřídili zvláštní instrukci, kterou chtěli králi poslati. Než však poslové z Prahy odjeli, došla zpráva o porážce kurfirštově u Mühlberka. Horlivost stavů náhle se ochladila; v ujednané instrukci učiněny jsou honem podstatné změny a stavové hned prohlásili: poněvadž válečný lid císařský a královský i saský od pomezí českého již se odebral: proto že lidu svému válečnému zase domů se vrátiti rozkáží. Poslové byli vysláni i vrátili se s odpovědí, aby stavové ze společných zápisů se vyvedli a k novému sněmu do Prahy se dostavili. Na sněmě tom hájili stavové zápisu proti výtkám královským, jmenujíce jej zrcadlem pravým všech těžkostí za Ferdinanda na zemi přišlých, vložili jej do desk zemských a vyslali nové posly ke králi a k císaři. Ferdinand, nedav odpovědi, táhl do Čech a chtěje stavy mezi sebou rozděliti a tím je neškodnými učiniti, rozeslal zvláštní listy osobám stavu panského a rytířského, aby dostavily se k němu do Litoměřic, odkud 3. června vydal zvláštní mandát, ve kterém sliboval milost těm, kteří by k němu se dostavili a od zápisu upustili; jen města a hlavní strůjcové měli býti z milosti vyňati. Úmysl Ferdinandův, mezi stavy rozsíti nesvornost, se podařil. Na 200 osob stavu panského a rytířského dostavilo se do Litoměřic, a třeba nechtěli ke všemu povoliti, přece s panovníkem se smířili. Pražané vidouce, že jsou opuštěni, vypravili posly k Ferdinandovi, ten však jich nepřijal, ale opanovav Malou Stranu, vydal obsílku na všecky znamenitější měšťany před soud svůj ke dni 8. července. Měšťané dostavili se v ustanovenou dobu na hrad a vyslyševše žaloby proti nim zdvihané, ústy Sixta z Ottersdorfa prohlásili, že s králem v soudy dáti se nemíní, ale na milost i nemilost se poddávají. Na to oznámena jim byla milost, ale za těžkých podmínek: musili vzdáti se všech zápisů, vydati všecka privilegia a svobody do rukou králových, vydati všecku střelbu a zbroj, všecky obecní statky pozemské, a zavázati se na věčné časy, odváděti z každého sudu piva groš bílý.

Po Pražanech následovala ostatní města královská a král předvolával před svůj soud pány a rytíře, které pokládal za původce odporu, pokutoval je, zvláště členy Jednoty bratrské, ztrátou části jmění a prohlásil ty, kteří k soudu se nedostavili, jako Kašpara Pluha z Rabšteina, za zbaveny cti. Konečně strannický soud, od krále proti zřízení zemskému jmenovaný, odsoudil k smrti dva rytíře, Václava Pětipeského a Bernarta Barchance z Barchova, a dva měšťany, Jakuba Fikasa a Václava z Jelení. Rozsudek byl dne 20. srpna na sněmě vykonán, odkud sněm ten krvavým se nazývá. Ferdinand pohnul stavy, že svolili k vymazání zápisu z desk zemských a uznali tak neobmezenou skoro moc královskou. Nejhůře dařilo se městům; ta musila zaplatiti veliké pokuty peněžité, předložiti privilegia svá ke královské revisi, která vyjmula z nich vše, co mělo nátěr samosprávy a samostatnosti politické. Ve městech jmenováni jsou královští hejtmani nebo rychtáři, kteří by ve všech schůzích obce zasedali a bez jejichž vědomí žádná schůze odbývána býti nesměla. Oni dohlížeti měli, aby poddanost a poslušnost ke králi byla zachovávána, aby pokuty a viny se nepromlčovaly a důchody královské byly chráněny a rozmnožovány. Vším tím byla moc panovnická velice povznesena.

Po krvavém sněmě, zanechav v Čechách syna svého Ferdinanda a ne prvorozeného Maximiliána jako místodržícího a svěřiv mu dokonání exekuce, odebral se král ke sněmu do Augšpurka, odkudž instrukcemi synu svému zasílanými řídil osudy země České. Aby samostatnost měst ještě více obmezil, vydal z Augšpurka rozkaz, aby 20. ledna 1548 zřízen byl na hradě pražském soud nad appellacími, ke kterému by šlo odvolání od všech soudů městských ze všech zemí koruny České, a ne již více k městům pražským a do Litoměřic. Chtěje užiti vítězství svého také ku potlačení nenáviděné Jednoty bratrské, obnovil v říjnu 1547 mandát krále Vladislava proti Pikartům a vydal v lednu 1548 z Augšpurka mandát druhý, aby všickni přívrženci Jednoty, kteří nechtějí přiznati se ani ke katolíkům, ani k utraquistům, ze země se vystěhovali. A syn jeho prováděl mandát ten se vší přísností, sborové bratrští jsou zavíráni, biskup bratrský Jan Augusta uvězněn na Křivoklátě a bratřím dána lhůta do 4 neděl, aby se ze země vystěhovali. I proti straně lutheránské snažil se Ferdinand nabyti půdy, pokoušeje se o sloučení strany pod jednou se stranou pod obojí, slibuje, že vyjedná dosazení arcibiskupa v Praze, který by světil kněze obou stran. Když úmysl jeho se nezdařil a on pro poměry v říši Německé, jakož i pro války své v Uhrách proti reformaci příkře vystupovati nemohl, počal podporovati usilovně stranu pod jednou, povolal r. 1556 řád jesuitský do Prahy a odevzdal mu kollej u sv. Klimenta. Když pak stavové lutheránští obsadili konsistoř strany pod obojí jen svými přívrženci, zjednal Ferdinand r. 1561 osazení arcibiskupství pražského a prvním arcibiskupem jmenován Antonín Brus z Mohelnice, jenž měl spravovati zatím stranu katolickou. Když pak na sněmě r. 1562, na kterém se jednalo o korunování Maximiliána, zase lutheráni konsistoř svými lidmi obsadili, odňal jim Ferdinand právo k tomu, aby stranu pod obojí přiměl k jednotě s církví katolickou, a vyjednával s konciliem tridentským o povolení kalicha, čehož také r. 1564 za papeže Pia IV. dosáhl, tak že arcibiskup i sami jesuité přisluhovali v chrámích pod obojí způsobou. Oč Jiří Poděbradský tak horlivě se zasazoval, toho nyní země dosáhla, ale neměla z toho užitku, nebo strana pod obojí neměla žádného trvání. Za příprav k dalším krokům zemřel Ferdinand 25. čce 1564, panovav 38 let. Ferdinand zřízení zemskému zasadil krutou ránu, ale jinak hájil práv země, jak na sněmě v Augšpurce r. 1548 dokázal, odmítnuv požadavek knížat, aby země České platily daň říšskou. Nastoupením svým v Čechách a Uhrách položil základ k nynějšímu mocnářství rakouskému.

Po Ferdinandovi nastoupil v zemích koruny České nejstarší jeho syn  II. (1564—1576), který za mládí svého klonil se ku protestantismu a choval v srdci svém zásady liberálnější, chtěje dopřáti svobody náboženské každému poddanému dle jeho vůle. Avšak tradice rodinné, styky se stranou papežskou a španělskou, kterých nevyhnutelně potřeboval, a konečně řevnivost mezi stranami náboženskými, navzájem se potírajícími, způsobily v jeho jednání jakousi nestálost a kolísavost. Tak odkázal na počátku svého panování Jednotu, když zvláštním poselstvím žádala ho za ochranu, k mandátům cís. Ferdinanda; když však vzniklo proto na Pardubicku pronásledování Bratří, ujal se jich a slíbil, třeba jim veřejné bohoslužby nedovolil, že pro víru svou nebudou ani pronásledováni, ani vypovídáni; a zatím 29. října 1568 vydal nový mandát proti Bratřím, hroze i pokutováním na hrdle všem, kteří by proti mandátu jednali. Podobně strana katolická, která byla oporou dynastie, zakusila nestálosti přízně královské, neb r. 1568 zakázal král svolání a odbývání synody, kterou dle nařízení koncilia tridentského arcibiskup svolati měl. Nejlépe dařilo se straně lutheránské, která užívajíc z pravidla peněžních nesnází králových, krok za krokem brala se k vyplnění všech tužeb a žádostí. Na sněmě r. 1567 z příčiny války turecké konaném dosáhli královského svolení, že kompaktáta, která jim byla na závadu, byla zrušena a z privilegií zemských vymazána; žádost jejich, aby směli konsistoř svobodně osazovati, nedošla sice schválení, ale stavové lutheránští opětovali ji na sněmích následujících a rozšířili ji zvl. r. 1571 i v ten smysl, aby povoleno jim bylo spravovati se konfessí augšpurskou. S požadavkem tímto vystoupili na sněmě r. 1572 a rozhodně r. 1575, když Maximilián žádal větší pomoci k zapravení mimořádných potřeb vládních. Stavové pod obojí opřeli se proposici královské, žádali, aby směli uraditi se dříve o věcech náboženských, a tu evangelíci po přistoupení k nim Jednoty bratrské usnesli se na novém společném vyznání — , sestávající z 25 článků, a přidali ke konfessi návrh o zřízení církevním o 11 článcích, ve kterých žádali za samostatnou konsistoř s administrátorem v čele a za zřízení zvláštních ochránců, defensorů, kteří měli konsistoře chrániti. Maxmilián 25. srpna povolil oběma vyšším stavům lutheránským ústně zřízení defensorů, 15 počtem, „ke kterým by se kněží lutheránští mohli utíkati, kdyby jim někdo chtěl ukřivďovati“, a slíbil jim svou ochranu. Města však musila spravovati se konsistoří a bratří zákony Vladislava a Ferdinanda, Na to povolil sněm žádostem královým a svolil, ovšem pod některými podmínkami, aby nejstarší syn králův, Rudolf, byl na krále korunován, což se dne 21. září slavným způsobem stalo. Král nezdržel se v zemi, odjel do Řezna a odtud do Vídně, zabývaje se hlavně královstvím polským, kde po odstoupení Jindřicha z Valois r. 1574 čásť šlechty zvolila ho za krále; ale za příprav k válce zemřel dne 12. října 1576.

V prvních 16 letech panování  šly věci vládní dosti pořádně, ano podporováním věd a umění nastal v Čechách větší ruch a činnost na poli literárním a uměleckém. Praha stala se hlavním městem, kam četná vyslanectva ze všech dvorů evropských se scházela, ale zároveň stala se střediskem života nevázaného, rozpustilého a protinárodního. Dvůr, kterýž nemohl zapomenouti na německý svůj původ, podporoval usazování se německých osadníků v zemi, dosazoval na důležitá místa rádců královských cizozemce a provozoval v celku politiku cizí, směřující k tomu, aby utvořená osobní jednota zemí českých s rakouskými a uherskými v trvalou a společnou byla přeměněna. Šlechta v prospěchářských snahách svých nedbala toho, že cizí živel v království Českém nabývá vrchu; a konečně přátelské styky protestantů českých s německými otvíraly němectví úplně dvéře do měst českých, která od dob válek husitských byla jednou z hlavních podpor života národního. Vlastenecká nadšenost a obětavost, nejkrásnější to zjev dob husitských, již utuchla a ustoupila osobním zájmům a prospěchům, vrcholícím ve snahách, aby nestálé poměry krále Vladislava II. byly obnoveny. Čechové, kteří dříve slynuli jako první válečníci, ustupují nyní cizincům a rozličným dobrodruhům; ti obklopují panovníka, užívají hodností svých k obohacování sebe a odvracejí mysl panovníkovu od potřeb země. Rudolf choval se nečinně, nepronásledoval protestantů, ale nepovoloval jim také, když žádali, aby konfesse česká i městům byla povolena; na druhé straně nečinil straně katolické žádných překážek, když tato počala reformaci katolickou přísně provádětí, jak to učinil Jiří z Lobkovic a Jaroslav Bořita z Martinic. Jen když moc královská byla napadena, vyrušil se ze své lhostejnosti a hájil práv korunních se vším důrazem a uznání hodnou rázností. Tak r. 1600, když v rodě Habsburském pomýšlelo se na to, aby arcikníže Matiáš stal se prozatímním vladařem, vzchopil se Rudolf k činnosti, zanechal náboženské lhostejnosti, obnovil 1. pros. 1602 Vladislavův mandát proti Pikartům z r. 1500 a nedbaje odporu stavů na sněmě r. 1603 drženém, dal prováděti jej se vší přísností, zasáhl mocně do stavovského zřízení moravského a sveden úspěchy ve válce s Turky, chtěl i v Uhrách absolutismus zavésti a upevniti. Sotva však počal snahy své prováděti, vzbouřilo se Sedmihradsko, Turci dosáhli nových úspěchů, a Rudolf musil ukončení války v Uhrách svěřiti bratru svému Matiáši, který smlouvou v dubnu r. 1606 ve Vídni mezi arciknížaty uzavřenou zvolen byl za hlavu a sloup rodu Habsburského. Poměry mezi Rudolfem a Matiášem daly událostem nový směr. Ctižádostivý Matiáš chtěl Rudolfa přiměti k tomu, aby ještě za svého života uznal ho svým nástupcem; a když Rudolf houževnatě tomu odpíral, mínil užiti všech prostředků k dosažení tohoto úmyslu. Když Matiáš uzavřel mír Vídeňský a Žitvatorocký (1606) a Rudolf otálel s potvrzením, počal Matiáš vyjednávati se stavy uherskými a moravskými, ano také s předními pány v Čechách, na Moravě a ve Slezsku, aby je přivedl na svou stranu proti císaři. Tito absolutistickými snahami a pokusy Rudolfovými povzbuzeni, přistoupili k záměrům Matiáše, který nyní proti zákazu císařskému zavřel 1. února 1608 v Prešpurce konfederaci se stavy rakouskými a uherskými, položil stavům moravským sněm do Ivančic a českým do Čáslavě a přešel v čele vojska na Moravu, kde 19. dubna přistoupili stavové ke konfederaci prešpurské. Zatím Rudolf, nařídiv Tillymu, aby kolem Prahy soustředil vojsko císařské, zakázal stavům dostaviti se do Čáslavě a hleděl si je nakloniti mnohými přízněmi a ústupky. Aby nabyl času, vypravil kardinála Františka z Dietrichsteina k Matiáši, a svolal na květen do Prahy sněm, chtěje učiniti stavům proposici, aby přijali Matiáše za budoucího nástupce. Stavové nesjelí se do Čáslavě, nýbrž ve velikém počtu do Prahy a sebravše všecky své žádosti ve 25 artikulů, předložili je 28. května císaři ke schválení. Ten 29. kv. svolil ke všem artikulům, kromě hlavní věci, totiž stvrzení konfesse české z r. 1575, odkázav jednání o ní k budoucímu sněmu, naklonil si stavy, kteří přistoupivše k této podmínce, svolili 31. května, aby Matiáš přijat byl za čekance království Českého pro případ, že by Rudolf zemřel bez přirozených dědiců, a spojili vojsko své s císařským, připravujíce se k obraně Prahy proti Matiáši, který zatím od Českého Brodu hnul se k Dubči a vypravil odtud posly ku vyjednávání. Se svolením stavů českých dálo se vyjednávání to na zámku libeňském a skončilo smlouvou, Libeňskou zvanou, dne 25. června. Rudolf postoupil Matiášovi kromě království Uherského a obojích Rakous také Moravy, a stavové čeští přijali Matiáše „za čekance a budoucího krále českého“. Smlouvou v Libni nebyl pokoj zjednán ani v zemích českých, ani rakouských. Rudolf zavřel smlouvy z donucení a podržel v srdci svém odpor jak proti Matiáši, tak proti stavům českým, a proto nespěchal s vyplněním svých slibů a podléhaje úplně vlivu katolických šlechticů, Zdeňka Popela z Lobkovic, Jaroslava z Martinic a Viléma Slavaty, dopouštěl, aby na statcích katolických šlechticů dála se pronásledování protestantů i Bratří českých. Neochotnost králova objevila se na slíbeném sněmě, který 28. ledna 1609 Popelem z Lobkovic byl zahájen. Císař nevyhověl žádostem stavů za povolení konfesse české a odevzdání konsistoře a university pražské do jejich rukou a rozpustil konečně v dubnu sněm. Než stavové, položivše si na den 4. květ. sjezd do Prahy, sešli se přes výslovný zákaz královský v ustanovený den v počtu velikém, požádali některých knížat německých o pomoc, pohnuli císaře k svolání nového sněmu na den 25. května a předložili tu všecky své dřívější žádosti ve formě listu královského čili majestátu, žádajíce, aby císař majestát prostě podepsal. Když toho Rudolf učiniti nechtěl, zavřeli spolek se stavy slezskými, nespokojenými jmenováním arciknížete Karla, bratra Ferdinanda štýrského, za biskupa vratislavského, a dne 26. června usnesli se nastoupiti na branný odpor čili defensi; zároveň zvolili ze sebe 30 direktorů, aby vedli zatímní vládu a správu, počali sbírati vojsko a jmenovali Matiáše z Thurnu, Linharta Colonu z Felsu a Jana Varlicha z Bubna vrchními vůdci vojska stavovského. Rudolf vida, že odpor stavů jest nezdolný a že neuposlechli ani smírného hlasu kurfiršta saského Kristiána, kterého o prostřednictví byl požádal, podepsal konečně 9. čce. 1609 majestát, jímž potvrdil stavům konfessi z r. 1575 a odevzdal jim správu konsistoře a university s tím povolením, aby k řízení a hájení práv těch jmenováno bylo 30 defensorů ze všech tří stavů pod obojí, a prohlásil všeobecnou amnestii. Mimo to uzavřena byla jednota mezi Bratřími českými a ostatními evangelíky o vyznání víry a správu duchovní a smlouva s katolíky o vzájemnou snášelivost.

Rudolf nesl těžce toto své pokoření a nepřestával pomýšleti na to, jak by bývalé moci nabyl a nenáviděným svým protivníkům se pomstil; proto s radostí přijal návrhy ctižádostivého Leopolda, bratra Ferdinanda štýrského a dosud nevysvěceného biskupa pasovského, aby z příčiny uprázdněného vévodství Jülišského a Klevského sbíráno bylo vojsko, kterého by se po obsazení obou vévodství užilo proti protestantům českým a proti Matiáši. Dle úmluv těch sbíral biskup v okolí Pasova vojsko a postavil je pod vrchní velení Vavřince Raméa. Poněvadž však otázka jülišská ohrožovala říši Německou z té příčiny, že francouzský král Jindřich IV. spojiv se s utvořenou unií protestantskou, užiti chtěl vzniklého sporu o země ty k útoku na moc habsburskou a k válce, způsobila katolická knížata německá v rodině Habsburské smlouvu pražskou, kterou Matiáš uznal Rudolfa za vrchního lenního pána, odprosil ho ústy arciknížat Ferdinanda a Maximiliána, a jak Matiáš tak i Rudolf zavázáni byli vojsko své rozpustiti, poněvadž po zavraždění Jindřicha IV. veškeré nebezpečenství války minulo. Matiáš učinil tak, ne však Rudolf, kterýž vymlouvaje se, že nemá peněz na vyplacení žoldu najatému vojsku, chtěl je z Pasovska přeložiti do Čech, vyjednávaje zároveň s některými kurfiršty, aby zjednal Leopoldovi nástupnictví v říši. Ano v prosinci 1611 vtrhl Ramée s 12.000 Pasovských do Rakous, dne 30. ledna přešel do Čech a nedbaje protestu stavů českých, přitáhl 13. února až na Bílou horu a plenil okolí jako v zemi nepřátelské. V Praze zatím sešel se sněm, který naléhal na Rudolfa, aby vojsko pasovské ze země odvedl. Rudolf sice podobný nález učinil, ale Pasovští, řídíce se tajnými rozkazy Leopoldovými, neuposlechli, v noci ze 14. na 15. února opanovali Malou stranu a zatlačili vojsko stavovské pod Thurnem až na kamenný most, přes který zároveň malý hlouček Pasovských na Staré město proskočil a tu úplně byl pobit. Opanování Malé strany a hospodaření Pasovských v okolí pražském způsobily v Praze krutou bouři proti straně katolické, která dle obecného domnění s Pasovskými byla srozuměna. Chátra vrhala se na kláštery a kostely, vybíjejíc je a pleníc, kdežto stavové sešli se ku poradě na radnici staroměstské a řízeni Václavem Kinským promlouvali o sesazení Rudolfa, vypravili k Matiáši, ke stavům slezským a k některým knížatům německým posly o pomoc, a sbírali vojsko. Zatím vypravil Matiáš 8000 jízdných do Čech a sám za krátko s větší silou postupoval ku Praze sesiluje se hotovostí zemskou. Tu Rudolf vyplatil Pasovským tříměsíční žold, kteří vracejíce se pronásledováni byli od vojska stavovského až k Budějovicům a odtud po Zlaté stezce do Pasovska. Stavové, kteří všecku tuto tíseň přičítali Rudolfovi, střežili ho nyní na hradě pražském až do příchodu Matiášova, dne 24. března 1611. Rudolf musil 12. dubna svolati generální sněm, propustiti stavy z přísahy věrnosti a poslušnosti, zříci se koruny české a svoliti ke korunování Matiáše, které 23. května slavnostně bylo vykonáno. Rudolfovi povolen byt na hradě pražském a roční důchod. I ustoupil přemoci, zanášel se však stále plány o nabytí ztraceného panství, tak že i s unií protestantskou vešel ve vyjednávání, až 20. ledna 1612 zemřel a ve chrámě svatovítském pohřben jest.

 (1611—1619) byl by především rád dopomohl katolictví k vítězství; ale nevolil k tomu vhodných a včasných prostředků, tak že svým jednáním opposici proti domu habsburskému stále rozněcoval a tím také hrozný onen převrat v království Českém přivodil. Stavové čeští chtěli pádu Rudolfova využitkovati ve svůj prospěch a projevili tento svůj úmysl hned před korunováním Matiášovým r. 1611 žádajíce, aby směli odbývati sjezdy beze svolení královského, sbírati ke své obraně vojsko, zavříti nejen se zeměmi koruny České, ale také s ostatními zeměmi Matiášovými spolek, jaký byli r. 1609 se stavy slezskými zavřeli; dále žádali, aby spolek se stavy slezskými byl potvrzen a přátelské úmluvy s dvorem saským, falckým a braniborským byly obnoveny. Matiáš svolil však jen ku potvrzení spolku se stavy slezskými a odkázal ostatní 4 žádosti k nejbližšímu generál. sněmu zemí koruny České; ale sněmu toho i přes naléhání stavů nesvolával a raději odříkal se berní jako r. 1612 a 1613. Stavové čeští poznali brzo záměry Matiášovy, a aby politice španělskokatolické zjednali protiváhu, obnovili důvěrná jednání s protestantskými knížaty německými, zvláště s kurfirštem saským, kterému naznačovali, že by nebyli proti sesazení rodu Habsburského vůbec a proti dosazení kurfiršta na trůn český. Nedodržování majestátu Rudolfova, rozkaz opata broumovského, Volfganga Selendera, aby zastavena byla stavba protestantského kostela v Broumově, provádění katolické reformace na statcích královských vedením arcibiskupa Jana Lohelia, přísný nález proti obyvatelstvu v Nov. Strašecí, vyhnání kazatelů protestantských z městečka Hrobu a nevyřizování stížností defensorů, vše to utvrzovalo stavy v odporu proti králi a hlavně proti jeho místodržícím, které za nepřítomnosti své ustanovoval; proto také na sněmě v lednu 1614 do Budějovic svolaném a na gener. sněmě všech zemí Matiášových v srpnu téhož roku v Linci konaném stavové vystoupili proti králi a žádané pomoci proti Turkům nepovolili. Tu konečně svolal Matiáš gener. sněm zemí koruny České na den 15. čna 1615 do Prahy, svolil, aby se jednalo o požadavcích stavovských a o navrženém obranném spolku se zeměmi rakouskými a uherskými; ale tenkráte stavové sami úspěchy si z rukou pustili; ochranný spolek s ostatními zeměmi se neuskutečnil, neboť pro rozličné novoty ve státoprávních poměrech mezi zeměmi jednotlivými bylo utvoření se jednotné opposice proti moci královské zmařeno. Jediný výsledek sněmování tohoto bylo usnesení o 7 článcích na obranu jazyka českého jakožto jedině oprávněného v zemi. Nesvornost stavů sesílila na čas stranu královskou, tak že Matiáš na stížnosti defensorů pro události v Broumově, Hrobech a Nov. Strašecí dal na sněmě odpověď vyhýbavou, z jara však r. 1616 v Brandýse n. L. prohlásil, že poddaní protestantští na statcích duchovenských nemají práva stavěti kostely, a králi že volno jest, jako každému šlechtici, dosazovati na statcích svých kněze od arcibiskupa svěcené. I na přípis stavů protestantských dne 25. ún. 1617 mu podaný neodpověděl příznivě, ano překvapil stavy vypsáním sněmu zemského na den 5. čna 1617, aby upravena byla otázka nástupnictví. Bezdětný Matiáš upadl v dubnu v tak povážlivou nemoc, že již i jeho smrť očekávali; i povolil žádostem katolické strany, která mínila přijmouti Ferdinanda štýrského, jehož se však protestanti báli, protože znali přísná nařízení jeho proti protestantům v jeho vlastních zemích. Proto se strany protestantské, v jejíž čele stáli Matiáš z Thurnu, Vilém z Lobkovic, Václav z Roupova, Václav Budovec a Colona z Felsu, pomýšlelo se na odpor, ale strana katolická, která získala zatím hraběte Ondřeje Šlika, obratným způsobem opposici tak seslabila, že dne 6. června byl Ferdinand i hlasy protestantskými za krále přijat, 29. června 1617 korunován a koncem září též od sněmu moravského, slezského a lužického za pána uznán. Tím naděje katolíků vzrostly. Ferdinand potvrdil sice majestát a svobody zemské, ale hrozby, které strana katolická pronášela („Nový král, nový zákon“), zřetelně prozrazovaly, že v dosavadních poměrech jistě změna nastane, a to nikoli ku prospěchu strany protestantské. Jednání dvoru domnění toto potvrzovalo; bylo pozorovati, že vláda míní potrestati všecky ty, kteří se jejím záměrům protivili. Začátek učiněn byl u Jindřicha Matiáše z Thurnu, kterému byl odňat výnosný úřad purkrabí karlšteinského (8000 dollarů ročně) a dán mu sice čestnější, ale jen 400 dollarů vynášející úřad nejvyššího sudího zemského. Skutkem tím vzbuzena byla nedůvěra a nespokojenost mezi stavy protestantskými, i pomýšleli na to, jak by odpor proti snahám královským lépe zorganisovali a také mezi lid přenesli. Usilovné provádění katolické reformace a příkré vystupování proti těm, kteří rozkazů královských neposlechli, přišlo stavům velmi vhod; lid vtažen byl do sporu, kterému nyní byl dán ráz národní. Po vydání majestátu Rudolfova počali totiž obyvatelé města Hrobů, nad nímž měl arcibiskup Jan Lohelius jako uživatel statků kláštera oseckého vrchnostenská práva, a obyvatelé města Broumova, kteréž poddáno bylo opatu broumovskému, Volfgangu Selendrovi, stavěti si tu chrámy, dovolávajíce se toho, že statky duchovenské jsou vlastně statky královskými, na kterých bylo protestantům dovoleno kostely stavěti. Oba hodnostové církevní stavbu zakázali a dvůr královský, nedbaje námitek defensorů, postaviv se na stranu vrchnosti, dal, když měšťané neuposlechli, některé z předních návodců trestati vězením, kdežto ve Hrobech byl kostel na rozkaz arcibiskupův pobořen. To přimělo defensory k tomu, že svolali na den 5. března 1618 do Prahy sjezd stavů protestantských, aby se uradili o krocích, které by proti vládě měly býti učiněny. Po roztrpčeném jednání podán byl místodržícím spis, ve kterém bylo žádáno propuštění uvězněných občanů broumovských, a aby svoboda náboženská byla zachovávána; když pak dali místodržící odpověď odmítavou, sestaven jest list císaři téhož obsahu a jiný Moravanům, Slezanům a Lužičanům o přímluvu a podporu; na to sjezd byl odročen na 21. květen, až by došly na listy odpovědi. Odpovědí Matiášovou z 21. března zakazoval se obmýšlený sjezd protestantský, ale přes tento a přes nový zákaz ze 17. dubna sešel se nový sjezd protestantský v ustanovený den ve veliké kolleji Karlově a přijal pozvání místodržících, aby stavové vydali se na hrad a vyslechli třetí list císařův ze 16. května. Stavové vyhověli pozvání a vyžádavše si opis listu, o němž se domnívali, že byl v Praze z návodu místodržících sepsán, odložili vypracování odpovědi na den zejtřejší. Dne 22. květ. uloženo bylo, aby odpověď, kterou měli defensoři vypracovati, byla 23. květ. místodržícím doručena, ale zároveň stalo se usnešení, aby stavové, protože se roznesla zpráva, že brány na hradě pražském byly z rozkazu místodržících obsazeny sesílenou stráží, dostavili se ve zbroji o osmé hodině do hradu pražského. Zároveň z návodu Matiáše z Thurnu ustanoveno bylo na důvěrné schůzi téhož dne v domě Smiřických konané, aby Martinic a Slavata podlé starého způsobu byli svrženi s oken.

Nazejtří dne 23. května dostavili se stavové podlé úmluvy ozbrojeni do zelené světnice, kde se soudové dvorští a komorní odbývali, vyslechli tu s častou pochvalou odpověď od defensorů vypracovanou, a když roznesla se zpráva, že rychtář staroměstský některé radní dal zavříti, vhrnuli se ve velikém rozčilení do místodržitelské kanceláře, a zastihnuvše tu místodržící císařské, Viléma Slavatu a Jaroslava z Martinic, vyhodili je po prudké a vášnivé hádce s oken a s nimi jejich sekretáře M. Filipa Fabricia. Náhoda však zachránila všecky tři; jen Slavata byl povážlivěji na hlavě zraněn; ale podařilo se všem uniknouti z Prahy.

Krvavým tímto činem učiněn jest počátek odporu, který nyní musil býti veden až do krajnosti; proto stavové, postaravše se o pořádek v městě a zavázavše se, že pod ztrátou poctivosti z Prahy neodjedou, sešli se dne 24. května na hradě, zřídili prozatímní vládu 30 direktorů pod předsednictvím Václava Viléma z Roupova a usnesli se, na upokojení strany katolické a dvoru císařského vydati krátké ospravedlnění (apologii první) svého činu. Dne 25. kv. bylo ujednáno, by k ochraně země České zřízena byla hotovost vojenská, nad níž vrchní velitelství svěřeno bylo hraběti z Thurnu, a přijata byla apologie od Milnera z Milhauzu sepsaná; i vytištěna jest a odeslána ke dvoru a do měst; zároveň zaslány jsou dopisy stavům všech zemí koruny České o pomoc a přispění. Dne 25. čna povolena byla berně na zřízení obrany, židům uložena daň z hlavy a domu a hrozeno přísnými tresty každému, kdo by vzpíral se vládě direktorů, kteří zatím dekretem svým z 1. června vypověděli jesuity ze země a později též Jana Lohelia a opata broumovského.

Události květnové vyvolaly na dvoře císařském veliké zděšení; Matiáš nevěděl sobě rady a klonil se s počátku k vyrovnání po dobrém a také na radu Khleslovu obmezil se pouze na zasílání manifestů, kterými odbývání sněmu na 25. červen svolaného zakazoval a nařizoval, aby lid branný rozpustili. Tím nabyli stavové čeští času jednak ku pohodlnějšímu zbrojení, jednak k diplomatickému vyjednávání. Na Moravě nastalo hnutí příznivé, Slezané a Lužičané přistoupili ke spolku českému, ano i v Rakousích a v Uhrách jeví se účinky jednání českého. Teprve po odstranění Khleslově poddal se Matiáš vlivu Ferdinandovu a dal své svolení ke sbírání vojska ku potlačení odporu českého. Jindřich Dampierre vtrhnul do Čech, ale nedodělal se úspěchu jako Karel Buquoi, který jmenován byl vrchním velitelem vojska císařského. Zatím sešel se sněm v Praze a počínal si velmi rozhodně, vyjednávaje s Bedřichem Falckým, s Karlem Emanuelem savojským a s unií protestantskou. Výsledek jednání byl, že Arnošt hrabě z Mansfeldu přešel s pomocným vojskem do Čech, kde zatím Thurn odrazil Buquoie od Čáslavě, zvítězil nad Dampierrem u Pelhřimova, porazil Buquoie poznovu mezi Veselím a Lomnicí, a když se Mansfeld zmocnil Plzně, pronikl za Dampierrem do Rakous. Po těchto událostech naklonil se císař k vyjednávání smírnému a ustanovil k jednání tomu den 20. ledna 1619 v městě Chebě. Dříve však, nežli vyjednávání mohlo počíti, zemřel Matiáš ve Vídni dne 20. března 1619, neuklidiv neblahého sporu, ale ještě jej přiostřiv.

 II. (1619—1637) oznámiv hned bývalým místodržícím v Čechách smrť Matiášovu, vydal 6. dubna zvláštní revers, kterým potvrzoval majestát Rudolfův a práva zemská a vyzýval direktory, aby vyslali své posly do Vídně k vyjednávání. Ale tito spoléhajíce se na spolek se Slezany, na změněné poměry na Moravě, kde dle českého příkladu zřízena byla vláda direktorů, a na obnovenou konfederaci stavů hornorakouských, nedali žádné odpovědi, ano Thurn vtrhl do Rakous a vešed ve spojení s protestanty vídeňskými, Ferdinanda ve Vídni oblehl. Výprava tato se nezdařila. Ferdinand byl zachráněn příchodem 500 kyrysníků Dampierrových, a když Mansfeld byl od Buquoie u Záblatí poražen, musil Thurn ustoupiti do Čech.

Zatím projednávala se otázka, kdo má se stati králem českým. Rozhodnutí o tom bylo ponecháno generálnímu sněmu zemí České koruny na červenec do Prahy svolanému. Sněm sešel se v ustanovený čas, obnovil a upravil konfederaci všech zemí koruny České a zvolil dne 27. srpna vlivem Bratří českých  Falckého za krále. Ten volbu přijal i byl do Čech a do Prahy uveden a 4. listop. slavnostně korunován. Volba jeho byla velmi pochybena nejen tím, že vévoda savojský a kurfiršt saský, kteří toužili po koruně královské, od věci české se odvrátili, ale že Bedřich neměl potřebných schopností, aby upevnil pořádek v zemi a zabezpečil si pomoc zevnější. Byl sice zetěm anglického krále Jakuba I., ale pomoc s této strany očekávaná byla nedostatečna; kromě toho byla volbou Bedřichovou uražena strana katolická v Čechách, která zbavena byvši všech úřadů, tím úžeji přivinula se k Ferdinandovi, který v těchto pohnutých dobách ukazoval velikou obratnost diplomatickou, vyjednávaje se dvorem papežským, španělským, polským, bavorským a s kurfirštem saským. S Čechy spojil se sice vrtkavý Gabr. Bethlen, přirazil k Thurnovi a oblehl s ním Vídeň; ale Ferdinand zbavil se ho v lednu 1620 smlouvou v Prešpurce, kterou postoupil mu sev. Uher, a Thurn musil opět z Rakous ustoupiti do Čech, kde vážnost Bedřichova velice klesala jednak pro jeho oddanost ke kalvinismu a pro zpustošení chrámu svatovítského, jednak pro povyšování cizinců v úřady zemské a vojenské, jako knížete Kristiana anhaltského a Jiřího hraběte z Hohenlohe, před nimiž musili hlavní činitelé hnutí českého, zvláště hrabě z Thurna, ustupovati do pozadí. Na jaře r. 1620 vpadli Hohenlohe a Mansfeld do Rakous, ale výprava se nezdařila; Buquoi porazil je u Langenloisa a jenom vítězství Anhaltovo u Slivnice zachránilo je od úplné záhuby. Zatím byly přípravy Ferdinandovy dokončeny; v červenci nastoupil Maximilián bavorský s ligistickou armádou pochod do Horních Rakous, kurfiršt saský vpadl do Lužice a pomoc polská vtrhla přes Moravu do Dolních Rakous. Již 25. září stál Maximilián u Jindřichova Hradce a opanovav mnohá města, hnul se 1. října k Plzni. Tímto obratem bylo vojsko české přinuceno opustiti své ležení u Březnice a položiti se pod vedením Bedřichovým u Rokycan; odtud ustoupilo však k Rakovníku a konečně, když seznány byly úmysly Maximiliánovy táhnouti přímo na Prahu, na Bílou horu u Prahy, kam se Bedřich napřed odebral. Dne 8. listopadu svedena tu byla bitva, ve které vojsko české bylo se ztrátou ohromnou poraženo. (Viz .)