租税特別措置法/第三章/第三節


第三章　法人税法の特例

第三節　鉱業所得の課税の特例 
（探鉱準備金又は海外探鉱準備金）第五十八条
青色申告書を提出する法人で鉱業を営むものが、昭和四十年四月一日から平成三十四年三月三十一日までの期間（第一号において「指定期間」という。）内の日を含む各事業年度（解散の日を含む事業年度及び清算中の各事業年度を除く。）において、安定的な供給を確保することが特に必要なものとして政令で定める鉱物（以下この条において「鉱物」という。）に係る新鉱床探鉱費の支出に備えるため、次に掲げる金額のうちいずれか低い金額以下の金額を損金経理の方法により探鉱準備金として積み立てたとき（当該事業年度の決算の確定の日までに剰余金の処分により積立金として積み立てる方法により探鉱準備金として積み立てたときを含む。）は、その積み立てた金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する。一　当該法人が採掘した鉱物の販売による当該事業年度の指定期間内における収入金額として政令で定める金額の百分の十二に相当する金額
二　前号に規定する収入金額に係る採掘所得の金額として政令で定める金額の百分の五十に相当する金額
２　国内鉱業者（青色申告書を提出する法人で国内において主として鉱業を営むものとして政令で定めるものをいう。以下この項において同じ。）及び青色申告書を提出する法人で国内鉱業者に準ずるものとして政令で定めるもの（以下この条において「国内鉱業者等」という。）が、昭和五十年四月一日から平成三十四年三月三十一日までの期間（以下この項及び第十四項において「指定期間」という。）内の日を含む各事業年度（解散の日を含む事業年度及び清算中の各事業年度を除く。）において、国外にある鉱物に係る新鉱床探鉱費の支出に備えるため、海外自主開発法人（その開発に必要な資金の相当部分が当該国内鉱業者等及びこれと共同して投資をする内国法人によつて直接又は間接に負担された鉱山を有し、かつ、その営む事業が本邦における資源の安定的な供給に著しく寄与するものとして政令で定める外国法人をいう。）から取得した当該鉱山に係る鉱物（当該鉱物の引取りに関する契約に基づき、当該海外自主開発法人以外の法人を経由して取得したものを含む。）の販売による当該事業年度の指定期間内における収入金額に係る採掘所得の金額として政令で定める金額の百分の四十に相当する金額以下の金額を損金経理の方法により海外探鉱準備金として積み立てたとき（当該事業年度の決算の確定の日までに剰余金の処分により積立金として積み立てる方法により海外探鉱準備金として積み立てたときを含む。）は、その積み立てた金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する。
３　前二項に規定する新鉱床探鉱費とは、探鉱のための地質調査、ボーリング又は坑道の掘削に要する費用その他の探鉱のために要する費用で政令で定めるもの及び国外にある鉱物の探鉱のための当該費用に充てられることが確実である出資で政令で定めるもの（次条第四項において「海外探鉱法人出資」という。）をいう。
４　第一項又は第二項に規定する法人（第六十八条の六十一第一項又は第二項の規定の適用を受けたものを含む。）の各事業年度終了の日において、前事業年度（当該法人の当該各事業年度開始の日の前日を含む事業年度が連結事業年度に該当する場合には、その前日を含む連結事業年度。以下この項において「前事業年度等」という。）から繰り越された探鉱準備金の金額又は海外探鉱準備金の金額（当該各事業年度終了の日において同条第一項の探鉱準備金又は同条第二項の海外探鉱準備金を積み立てている当該法人の前事業年度等から繰り越された探鉱準備金の金額又は海外探鉱準備金の金額（以下この項において「連結探鉱準備金等の金額」という。）がある場合には当該連結探鉱準備金等の金額を含むものとし、当該各事業年度終了の日までに次項の規定により益金の額に算入された、若しくは算入されるべきこととなつた金額（同条第五項の規定により益金の額に算入された金額を含む。）又は前事業年度等の終了の日までにこの項の規定により益金の額に算入された金額（同条第四項の規定により益金の額に算入された金額を含む。）がある場合にはこれらの金額を控除した金額とする。以下この条において同じ。）のうちにその積み立てられた事業年度（連結探鉱準備金等の金額にあつては、その積み立てられた連結事業年度。次項において「積立事業年度」という。）終了の日の翌日から五年を経過したものがある場合には、その五年を経過した探鉱準備金の金額又は海外探鉱準備金の金額は、その五年を経過した日を含む事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。
５　第一項の探鉱準備金又は第二項の海外探鉱準備金（連結事業年度において積み立てた第六十八条の六十一第一項の探鉱準備金又は同条第二項の海外探鉱準備金を含む。）を積み立てている法人が次の各号に掲げる場合（当該法人を被合併法人とする適格合併が行われた場合又は適格分割若しくは適格現物出資により鉱業事務所（鉱業法（昭和二十五年法律第二百八十九号）第六十八条に規定する鉱業事務所をいう。以下この条において同じ。）を移転した場合（第三項に規定する新鉱床探鉱費を支出している試掘権を併せて移転した場合に限る。）を除く。）に該当することとなつた場合には、当該各号に定める金額に相当する金額は、その該当することとなつた日を含む事業年度（第二号に掲げる場合にあつては、合併の日の前日を含む事業年度）の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。この場合において、第四号に掲げる場合に該当するときは、同号に規定する探鉱準備金の金額又は海外探鉱準備金の金額をその積み立てられた積立事業年度別に区分した各金額のうち、その積み立てられた積立事業年度が最も古いものから順次益金の額に算入されるものとする。一　鉱業を廃止した場合（次号に該当する場合を除く。）又は国内鉱業者等に該当しないこととなつた場合　その廃止し、又は該当しないこととなつた日における探鉱準備金の金額又は海外探鉱準備金の金額　
二　当該法人を被合併法人とする合併が行われた場合　その合併直前における探鉱準備金の金額又は海外探鉱準備金の金額　
三　解散した場合（合併により解散した場合を除く。）　その解散の日における探鉱準備金の金額又は海外探鉱準備金の金額　
四　前項、前三号、次項及び第七項の場合以外の場合において探鉱準備金の金額又は海外探鉱準備金の金額を取り崩した場合　その取り崩した日における探鉱準備金の金額又は海外探鉱準備金の金額のうちその取り崩した金額に相当する金額　
６　第一項の探鉱準備金又は第二項の海外探鉱準備金（連結事業年度において積み立てた第六十八条の六十一第一項の探鉱準備金又は同条第二項の海外探鉱準備金を含む。）を積み立てている法人が青色申告書の提出の承認を取り消され、又は青色申告書による申告をやめる旨の届出書の提出をした場合には、その承認の取消しの基因となつた事実のあつた日又はその届出書の提出をした日（その届出書の提出をした日が青色申告書による申告をやめた事業年度終了の日後である場合には、同日）における探鉱準備金の金額又は海外探鉱準備金の金額は、その日を含む事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。この場合においては、前二項及び第十一項から第十三項までの規定は、適用しない。
７　第一項の探鉱準備金又は第二項の海外探鉱準備金（連結事業年度において積み立てた第六十八条の六十一第一項の探鉱準備金又は同条第二項の海外探鉱準備金を含む。）を積み立てている法人が、当該事業年度が連結事業年度に該当しない場合で、かつ、当該事業年度開始の日の前日を含む事業年度が連結事業年度に該当していた場合において、当該事業年度の確定申告書等を青色申告書により提出できる者でないとき（青色申告書の提出の承認を取り消され、又は青色申告書による申告をやめる旨の届出書の提出をしたことにより、当該事業年度の確定申告書等を青色申告書により提出できる者でないこととなつた場合を含む。）は、当該事業年度終了の日における探鉱準備金の金額又は海外探鉱準備金の金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。この場合においては、前三項、第十一項から第十三項までの規定は、適用しない。
８　第五十五条の二第六項の規定は、第一項又は第二項の規定を適用する場合について準用する。
９　青色申告書を提出する法人で鉱業を営むものが、第一項に規定する指定期間内の日を含む各事業年度（清算中の各事業年度を除く。）において、適格分割又は適格現物出資により分割承継法人又は被現物出資法人に鉱業事務所を移転する場合（第三項に規定する新鉱床探鉱費を支出している試掘権を併せて移転する場合に限る。）において、鉱物に係る第三項に規定する新鉱床探鉱費の支出に備えるため、当該適格分割又は適格現物出資の直前の時を事業年度終了の時とした場合に第一項各号の規定により計算される金額のうちいずれか低い金額に相当する金額以下の金額を探鉱準備金として積み立てたときは、その積み立てた金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する。
１０　前項の規定は、同項に規定する法人が適格分割又は適格現物出資の日以後二月以内に同項の探鉱準備金の金額その他の財務省令で定める事項を記載した書類を納税地の所轄税務署長に提出した場合に限り、適用する。
１１　第五十五条第十一項、第十二項及び第十三項前段の規定は、第一項の探鉱準備金又は第二項の海外探鉱準備金（連結事業年度において積み立てた第六十八条の六十一第一項の探鉱準備金又は同条第二項の海外探鉱準備金を含む。）を積み立てている法人が被合併法人となる適格合併が行われた場合（第六十八条の六十一第十項前段に規定する場合を除く。）について準用する。この場合において、第五十五条第十二項中「第六十八条の四十三第十項」とあるのは「第六十八条の六十一第十項において準用する第六十八条の四十三第十項」と、同条第十三項前段中「第六十八条の四十三第十項」とあるのは「第六十八条の六十一第十項において準用する第六十八条の四十三第十項」と、「第三項」とあるのは「第五十八条第四項」と、「同条第十項」とあるのは「第六十八条の六十一第十項において準用する第六十八条の四十三第十項」と読み替えるものとする。
１２　第五十五条第十四項、第十五項前段、第十六項及び第十七項前段の規定は、第一項又は第九項の探鉱準備金（連結事業年度において積み立てた第六十八条の六十一第一項の探鉱準備金を含む。）を積み立てている法人が適格分割により分割承継法人に鉱業事務所を移転した場合（第三項に規定する新鉱床探鉱費を支出している試掘権を併せて移転した場合に限り、第六十八条の六十一第十一項前段に規定する場合を除く。）について準用する。この場合において、第五十五条第十五項前段中「第三項」とあるのは「第五十八条第四項」と、同条第十六項中「第六十八条の四十三第十二項」とあるのは「第六十八条の六十一第十一項において準用する第六十八条の四十三第十二項」と、同条第十七項前段中「第六十八条の四十三第十二項」とあるのは「第六十八条の六十一第十一項において準用する第六十八条の四十三第十二項」と、「第三項」とあるのは「第五十八条第四項」と、「同条第十二項」とあるのは「第六十八条の六十一第十一項において準用する第六十八条の四十三第十二項」と読み替えるものとする。
１３　第五十五条第十八項、第十九項前段、第二十項及び第二十一項前段の規定は、第一項又は第九項の探鉱準備金（連結事業年度において積み立てた第六十八条の六十一第一項の探鉱準備金を含む。）を積み立てている法人が適格現物出資により被現物出資法人に鉱業事務所を移転した場合（第三項に規定する新鉱床探鉱費を支出している試掘権を併せて移転した場合に限り、第六十八条の六十一第十二項前段に規定する場合を除く。）について準用する。この場合において、第五十五条第十九項前段中「第三項」とあるのは「第五十八条第四項」と、同条第二十項中「第六十八条の四十三第十五項」とあるのは「第六十八条の六十一第十二項において準用する第六十八条の四十三第十五項」と、同条第二十一項前段中「第六十八条の四十三第十五項」とあるのは「第六十八条の六十一第十二項において準用する第六十八条の四十三第十五項」と、「第三項」とあるのは「第五十八条第四項」と、「同条第十五項」とあるのは「第六十八条の六十一第十二項において準用する第六十八条の四十三第十五項」と読み替えるものとする。
１４　国内鉱業者等に該当する法人が指定期間内に取得する第二項に規定する海外自主開発法人の第五十五条第二項第六号の特定株式等については、同条第一項及び第九項の規定は、適用しない。
１５　第八項及び前項に定めるもののほか、第九項の規定の適用を受けた場合の第一項第一号に規定する収入金額の計算その他同項から第七項まで及び第九項から第十三項までの規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
（新鉱床探鉱費又は海外新鉱床探鉱費の特別控除）第五十九条
前条第一項の探鉱準備金（連結事業年度において積み立てた第六十八条の六十一第一項の探鉱準備金を含む。）の金額（前条第六項又は第七項の規定の適用を受けるものを除く。）を有する法人が、各事業年度において、同条第一項に規定する新鉱床探鉱費の支出を行つた場合又は政令で定める探鉱用機械設備（第一号及び次項において「探鉱用機械設備」という。）について償却をした場合には、当該事業年度の所得の金額の計算上、これらの支出又は償却に係る損金の額に算入される金額のほか、次に掲げる金額のうち最も少ない金額に相当する金額は、損金の額に算入する。一　当該事業年度において支出する当該新鉱床探鉱費の額に相当する金額（当該事業年度において探鉱の実施のために交付される国の補助金がある場合には、当該補助金に相当する金額を控除した金額）と当該事業年度の当該探鉱用機械設備の償却額（当該探鉱用機械設備に係るこの法律及び法人税法第三十一条の規定により計算される償却限度額を超える場合には、当該償却限度額に相当する金額）との合計額
二　前事業年度等（前条第四項に規定する前事業年度等をいう。以下この号及び次項第二号において同じ。）から繰り越された同条第一項の探鉱準備金の金額（第六十八条の六十一第一項の探鉱準備金を積み立てている当該法人の前事業年度等から繰り越された同項の探鉱準備金の金額を含むものとし、前事業年度等の終了の日までに前条第四項又は第五項の規定により益金の額に算入された金額（第六十八条の六十一第四項又は第五項の規定により益金の額に算入された金額を含む。）がある場合には当該金額を控除した金額とする。）のうち、当該事業年度において前条第四項又は第五項の規定により益金の額に算入された、又は算入されるべきこととなつた金額に相当する金額
三　当該事業年度の所得の金額として政令で定めるところにより計算した金額
２　前条第二項の海外探鉱準備金（連結事業年度において積み立てた第六十八条の六十一第二項の海外探鉱準備金を含む。）の金額（前条第六項又は第七項の規定の適用を受けるものを除く。）を有する法人が、各事業年度において、同条第二項に規定する新鉱床探鉱費（第一号において「海外新鉱床探鉱費」という。）の支出を行つた場合又は専ら国外において事業の用に供される探鉱用機械設備（第一号において「海外探鉱用機械設備」という。）について償却をした場合には、当該事業年度の所得の金額の計算上、これらの支出又は償却に係る損金の額に算入される金額のほか、次に掲げる金額のうち最も少ない金額に相当する金額は、損金の額に算入する。一　前項第一号に掲げる合計額のうち、当該事業年度において支出する当該海外新鉱床探鉱費の額に相当する金額と当該事業年度の当該海外探鉱用機械設備の償却額との合計額（同項第二号に掲げる金額が同項第一号に掲げる金額から当該合計額を控除した金額を超える場合には、その超える部分の金額に相当する金額を控除した金額）
二　前事業年度等から繰り越された前条第二項の海外探鉱準備金の金額（第六十八条の六十一第二項の海外探鉱準備金を積み立てている当該法人の前事業年度等から繰り越された同項の海外探鉱準備金の金額を含むものとし、前事業年度等の終了の日までに前条第四項又は第五項の規定により益金の額に算入された金額（第六十八条の六十一第四項又は第五項の規定により益金の額に算入された金額を含む。）がある場合には当該金額を控除した金額とする。）のうち、当該事業年度において前条第四項又は第五項の規定により益金の額に算入された、又は算入されるべきこととなつた金額に相当する金額
三　前項第三号に掲げる金額から同項の規定により損金の額に算入された金額を控除した金額
３　前二項の規定は、これらの規定の適用を受けようとする事業年度の確定申告書等にこれらの規定により損金の額に算入される金額の損金算入に関する申告の記載があり、かつ、当該確定申告書等にその損金の額に算入される金額の計算に関する明細書の添付がある場合に限り、適用する。この場合において、これらの規定により損金の額に算入される金額は、当該申告に係るその損金の額に算入されるべき金額に限るものとする。
４　第一項又は第二項の規定の適用を受けた法人がその適用を受けた事業年度において支出を行つた第一項に規定する新鉱床探鉱費又は第二項に規定する海外新鉱床探鉱費の額のうちに海外探鉱法人出資の額が含まれている場合には、当該海外探鉱法人出資については、第五十五条第一項及び第九項の規定は、適用しない。
５　第一項又は第二項の規定の適用を受けた法人のこれらの規定により損金の額に算入された金額は、法人税法第六十七条第三項及び第五項の規定の適用については、これらの規定に規定する所得等の金額に含まれるものとする。
６　前三項に定めるもののほか、第一項又は第二項の規定の適用を受けた法人の利益積立金額の計算その他第一項又は第二項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

第三節の二　対外船舶運航事業を営む法人の日本船舶による収入金額の課税の特例 
第五十九条の二
青色申告書を提出する法人で、海上運送法及び船員法の一部を改正する法律（平成二十年法律第五十三号）の施行の日から平成三十二年三月三十一日までの間に海上運送法第三十五条第一項に規定する日本船舶・船員確保計画（以下この項において「日本船舶・船員確保計画」という。）について同条第三項第五号（同条第五項において準用する場合を含む。）に掲げる基準に適合するものとして同条第三項又は第四項の認定（同項の認定にあつては、当該認定により当該基準に適合することとなつたものに限る。第五項において「計画の認定」という。）を受けた同法第三十四条第二項第三号に規定する船舶運航事業者等（日本船舶（同法第三十八条に規定する日本船舶をいう。以下この項において同じ。）を用いて対外船舶運航事業（同法第三十五条第三項第五号に規定する対外船舶運航事業をいう。）を営むものに限る。）に該当するものが、同法第三十五条第三項の認定を受けた日本船舶・船員確保計画（同条第四項の規定による変更の認定があつたときは、その変更後のもの。以下この条において「認定計画」という。）に記載された計画期間（同法第三十五条第二項第三号に掲げる計画期間をいう。第三項及び第五項において同じ。）内の日を含む各事業年度終了の時において当該認定計画に従つて同法第三十四条第一項に規定する日本船舶及び船員の確保を実施している場合において、当該事業年度における第一号に掲げる金額が第二号に掲げる金額を超えるときは、その超える部分の金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入し、当該事業年度における第一号に掲げる金額が第二号に掲げる金額に満たないときは、その満たない部分の金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上益金の額に算入する。一　当該法人の当該事業年度における日本船舶（特定準日本船舶（海上運送法第三十九条の五第七項に規定する準日本船舶のうち安定的な海上輸送の確保に資するものとして財務省令で定めるものをいう。）を含む。次号において同じ。）を用いた対外船舶運航事業等（同法第三十八条に規定する対外船舶運航事業等をいう。）による収入金額に係る所得の金額として政令で定める金額
二　当該法人の当該事業年度における日本船舶の純トン数（船舶のトン数の測度に関する法律（昭和五十五年法律第四十号）第六条に規定する純トン数をいう。）に応じた利益の金額として政令で定める金額
２　前項の規定は、同項に規定する法人が、その適用を受けようとする最初の事業年度開始の日の前日までに、財務省令で定める事項を記載した届出書に同項に規定する日本船舶・船員確保計画の写しその他財務省令で定める書類を添付して、これを納税地の所轄税務署長に提出した場合に限り、適用する。
３　前項の規定は、同項に規定する法人が、第一項の規定の適用に係る認定計画の計画期間開始の日から同項の規定の適用を受けようとする事業年度開始の日の前日までの期間内の日を含む連結事業年度において第六十八条の六十二の二第一項の規定の適用を受けている場合には、適用しない。
４　第一項の規定の適用を受ける法人は、その適用を受ける各事業年度の確定申告書等に同項の規定により損金の額又は益金の額に算入される金額の計算に関する明細書を添付しなければならない。
５　認定計画に記載された計画期間内の日を含む各事業年度（当該認定計画に記載された計画期間内の日を含む事業年度が連結事業年度に該当する場合には、当該計画期間内の日を含む各連結事業年度。以下この項において「適用対象年度」という。）において第一項の規定の適用を受けた法人（当該適用対象年度において第六十八条の六十二の二第一項の規定の適用を受けた連結法人（当該適用に係る計画の認定を受けた連結親法人又は連結子法人に限る。）に該当するものを含む。）が、海上運送法第三十九条の二第二項の規定によりその認定を取り消された場合には、当該適用対象年度において第一項の規定により損金の額に算入された金額（当該適用対象年度が連結事業年度に該当する場合には、当該認定計画につき第六十八条の六十二の二第一項の規定により損金の額に算入された金額）の合計額は、当該認定を取り消された日を含む事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。
６　第一項の規定の適用を受けた法人の同項の規定により損金の額に算入された金額は、法人税法第六十七条第三項及び第五項の規定の適用については、これらの規定に規定する所得等の金額に含まれるものとし、第一項又は前項の規定により益金の額に算入された金額は、同条第三項及び第五項の規定の適用については、これらの規定に規定する所得等の金額に含まれないものとする。
７　第一項の規定の適用を受ける法人が有する外航船舶（本邦と外国との間又は外国と外国との間を往来する船舶をいう。以下この項において同じ。）のうち日本船舶（船舶法第一条に規定する日本船舶をいう。以下この項において同じ。）に該当するもの及び当該法人の子会社（海上運送法第三十九条の五第一項に規定する子会社をいう。）に該当する法人が有する外航船舶のうち日本船舶に該当しないものについては、第一項の規定の適用を受ける法人の同項の規定の適用を受ける事業年度（当該子会社に該当する法人にあつては、当該事業年度内の日を含む事業年度）においては、第四十三条、第五十七条の八（第一項及び第十項に係る部分に限る。）、第六十五条の七（第一項及び第九項に係る部分に限る。）及び第六十五条の八（第一項、第二項、第七項及び第八項に係る部分に限る。）の規定その他政令で定める規定は、適用しない。
８　第二項から第四項まで及び前二項に定めるもののほか、第一項又は第五項の規定の適用を受けた法人の利益積立金額の計算その他これらの規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

第三節の三　沖縄の認定法人の課税の特例 
第六十条
青色申告書を提出する内国法人で各事業年度終了の日において次の表の各号の上欄に掲げる法人に該当するもの（当該各号の上欄に規定する提出の日以後に設立されたもので、当該各号の中欄に掲げる地区内に本店又は主たる事務所を有するものに限る。）が、当該各事業年度（当該内国法人の設立の日から同日以後十年を経過する日までの期間（当該内国法人が合併により設立された法人である場合その他の政令で定める場合には、当該期間のうち政令で定める期間）内に終了する事業年度に限る。）において、当該地区内において行われる当該各号の下欄に掲げる事業（当該地区以外の地域において行われる当該事業に関連する事業として政令で定める事業を含む。）に係る所得の金額として政令で定める金額を有する場合には、当該金額の百分の四十に相当する金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する。
２　青色申告書を提出する内国法人で各事業年度終了の日において沖縄振興特別措置法第五十六条第一項の規定による認定を同法第五十五条第一項の規定による指定の日から平成三十三年三月三十一日までの間に受けた法人に該当するもの（当該指定の日以後に設立された法人で、同項の規定により経済金融活性化特別地区として指定された地区（同条第四項又は第五項の規定により変更があつたときは、その変更後の地区）内に本店又は主たる事務所を有するものに限る。）が、当該各事業年度（当該内国法人の設立の日から同日以後十年を経過する日までの期間（当該内国法人が合併により設立された法人である場合その他の政令で定める場合には、当該期間のうち政令で定める期間）内に終了する事業年度に限るものとし、前項の規定の適用を受ける事業年度を除く。）において、当該事業年度の所得の金額として政令で定める金額を有する場合には、当該金額の百分の四十に相当する金額に当該事業年度終了の日における当該内国法人の当該地区内の事業所で当該内国法人の事業に従事する者の数の当該内国法人の事業に従事する者の総数に対する割合として政令で定めるところにより計算した割合を乗じて計算した金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する。
３　前二項の規定は、次に掲げる規定の適用を受ける事業年度については、適用しない。一　第四十二条の九第一項又は第二項の規定
二　第四十五条の規定
三　第四十五条の規定に係る第五十二条の二第一項又は第四項の規定
四　第四十五条の規定に係る第五十二条の三第一項から第三項まで、第十一項又は第十二項の規定
４　第一項又は第二項の規定は、これらの規定の適用を受けようとする事業年度の確定申告書等にこれらの規定により損金の額に算入される金額の損金算入に関する申告の記載があり、かつ、当該確定申告書等にその損金の額に算入される金額の計算に関する明細書の添付がある場合に限り、適用する。この場合において、これらの規定により損金の額に算入される金額は、当該申告に係るその損金の額に算入されるべき金額に限るものとする。
５　税務署長は、前項の記載又は添付がない確定申告書等の提出があつた場合においても、その記載又は添付がなかつたことについてやむを得ない事情があると認めるときは、当該記載をした書類及び同項の明細書の提出があつた場合に限り、第一項又は第二項の規定を適用することができる。
６　第一項又は第二項の規定の適用を受けた法人のこれらの規定により損金の額に算入された金額は、法人税法第六十七条第三項及び第五項の規定の適用については、これらの規定に規定する所得等の金額に含まれるものとする。
７　第一項の表の各号の中欄に掲げる地区又は第二項に規定する経済金融活性化特別地区として指定された地区に変更があつた場合における第一項に規定する提出の日又は第二項に規定する指定の日、これらの規定の適用を受けた法人の利益積立金額の計算その他これらの規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

第三節の四　国家戦略特別区域における指定法人の課税の特例 
第六十一条
青色申告書を提出する内国法人で各事業年度終了の日において国家戦略特別区域法第二十七条の三に規定する法人に該当するもの（国家戦略特別区域法の一部を改正する法律（平成二十八年法律第五十五号）の施行の日から平成三十二年三月三十一日までの間に同条の指定を受けたものに限る。）が、当該各事業年度（当該内国法人の設立の日から同日以後五年を経過する日までの期間（当該内国法人が合併により設立された法人である場合その他の政令で定める場合には、当該期間のうち政令で定める期間）内に終了する事業年度に限る。）において、国家戦略特別区域法第二条第一項に規定する国家戦略特別区域内において行われる同法第二十七条の三に規定する特定事業（当該国家戦略特別区域以外の地域において行われる当該特定事業に関連する事業として財務省令で定める事業を含む。）に係る所得の金額として政令で定める金額を有する場合には、当該金額の百分の二十に相当する金額は、当該各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する。
２　前項の規定は、次に掲げる規定の適用を受ける事業年度については、適用しない。一　第四十二条の十第一項若しくは第二項又は第四十二条の十一第一項若しくは第二項の規定
二　第四十二条の十第一項又は第四十二条の十一第一項の規定に係る第五十二条の二第一項又は第四項の規定
三　第四十二条の十第一項又は第四十二条の十一第一項の規定に係る第五十二条の三第一項から第三項まで、第十一項又は第十二項の規定
四　前条の規定
３　第一項の規定は、同項の規定の適用を受けようとする事業年度の確定申告書等に同項の規定により損金の額に算入される金額の損金算入に関する申告の記載があり、かつ、当該確定申告書等にその損金の額に算入される金額の計算に関する明細書の添付がある場合に限り、適用する。この場合において、同項の規定により損金の額に算入される金額は、当該申告に係るその損金の額に算入されるべき金額に限るものとする。
４　税務署長は、前項の記載又は添付がない確定申告書等の提出があつた場合においても、その記載又は添付がなかつたことについてやむを得ない事情があると認めるときは、当該記載をした書類及び同項の明細書の提出があつた場合に限り、第一項の規定を適用することができる。
５　第一項の規定の適用を受けた法人の同項の規定により損金の額に算入された金額は、法人税法第六十七条第三項及び第五項の規定の適用については、これらの規定に規定する所得等の金額に含まれるものとする。
６　第二項から前項までに定めるもののほか、第一項の規定の適用を受けた法人の利益積立金額の計算その他同項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。