ATP-vezujući domen ABC transportera
U molekularnog biologiji, ATP-vezujući domen ABC transportera je u vodi rastvorni domen transmembranskog ABC transportera.

ABC transporteri pripadaju ATP-vezujućoj kasetnoj superfamiliji, koja koristi hidrolizu ATP za translociranje raznih jedinjenja kroz biološke membrane. ABC transporteri se minimalno sastoje od dva konzervirana regiona: visoko konzervirane ATP vezujuće kasete (ABC) i manje konzerviranog transmembranskog domena (TMD). Ti regioni se mogu naći na istom proteinu ili na dva različita proteina. Većina ABC transportera deluju kao dimeri i stoga se sastoje od četiri domena, dva ABC modula i dva TM domena.

Biologiška funkcija 
ABC transporteri učestvuju u eksportu ili importu širokog opsega supstrata, od malih jona do makromolekula. Glavna funkcija ABC importnih sistema je snabdevanje esencijalnim nutrijenatima bakterija. Oni su prisutni samo kod prokariota i njihova četiri konstitutivna domena su obično kodirana u obliku nezavisnih polipeptida (dva ABC proteina i dva TMD proteina). Za dejstvo prokariotskih importera su neophodni dodatni ekstracitoplazmatični vezujući proteini (jedan ili više po sistemu). U kontrastu s tim, eksportni sistemi učestvuju u iznosu štetnih supstanci, eksportu ekstracelularnih toksina i membranskih komponenti. Oni su prisutni u svim živim organizmima i generalno su dva TM domena stopljena sa ABC modulom u mnoštvu kombinacija. Pojedini eukariotski eksporteri kodiraju četiri domena na istom polipeptidnom lancu.

Aminokiselinske sekvence 
Poznato je da ABC modul (aproksimativno dve stotine ostataka) vezuje i hidrolizuje ATP, čime se spreže transport sa ATP hidrolizom kod velikog broja bioloških procesa. Kaseta je duplirana u nekoliko potfamilija. Njena primarna sekvenca je visoko konzervirana, sa tipičnom petljom vezivanja fosfata: Walker A, i mestom vezivanja magnezijuma: Walker B. Osim ta dva regiona, tri druga konzervirana motiva su prisutna u ABC kaseti: prekidački region koji sadrži histidinsku petlju, za koji je smatra da polarizuje napadajuće molekule vode za hidrolizu, karakteristični konzervirani motiv (LSGGQ) ABC transportera, i Q-motiv (između Walker A i LSGGQ), koji formira interakcije sa gama fosfatom putem vodene veze. Walker A, Walker B, Q-petlja i prekidački region formiraju mesto vezivanja nukleotida.

3D strukture 
3D strukture monomernih ABC modula poprimaju zdelasti L-oblik sa dve distinktne ruke. ArmI (uglavnom beta-lanac) sadrži Walker A i Walker B. Važni ostaci za ATP hidrolizu i/ili vezivanje su locirani u P-petlji. Mesto ATP vezivanja je locirano u armI ekstremitetu. Perpendikularna armII ruka sadrži uglavnom alfa heliksni potdomen sa potpisnim motivom. Smatra se da je ona neophodna radi strukturnog integriteta ABC modula. ArmII je u direktnom kontaktu sa TMD. Prevojni segment između armI i armII sadrži histidinsku petlju i Q-petlju, koji ostvaraju kontakt sa gama fosfatom ATP molekula. ATP hidroliza dovodi do konformacione promene koja omogućava ADP oslobađanje. U dimeru su dve ABC kasete u međusobnom kontaktu putem hidrofobinih interakcija na antiparalelnoj beta-ravni armI sa dvostrukom osom.

Ljudski proteini koji sadrže ovaj domen 
ABCA1; ABCA10; ABCA12; ABCA13; ABCA2; ABCA3; ABCA4; ABCA5;
ABCA6; ABCA7; ABCA8; ABCA9; ABCB1; ABCB10; ABCB11; ABCB4;
ABCB5; ABCB6; ABCB7; ABCB8; ABCB9; ABCC1; ABCC10; ABCC11;
ABCC12; ABCC2; ABCC3; ABCC4; ABCC5; ABCC6; ABCC8; ABCC9;
ABCD1; ABCD2; ABCD3; ABCD4; ABCE1; ABCF1; ABCF2; ABCF3;
ABCG1; ABCG2; ABCG4; ABCG5; ABCG8; CFTR; MRP3; TAP1; TAP2; TAPL;

Reference

Literatura 

 
 
 

Протеински домени
АБЦ транспортери