Jökulsárlón is made of three different water types with various properties. Warm and saline seawater flows from the shore via Jökulsá, glacial water from underneath the glacier and ice that breaks off the glacier and melts into the lagoon.
Lónið hefur þá sérstöðu að í það berast þrjár gerðir vatns, hlýr sjór flæðir inn um Jökulsá með sjávarföllunum, framburður undan jöklinum í lónið og svo bráðnar ís í lónið en stöðugt kelfir í lónið af Breiðamerkurjökli.