Vatnafell is located on the edge of the Lýsuskarðs volcanic system and was formed in a transition from a subglacial to an interglacial period.
Vatnafell er á jöðrum Lýsuskarðseldstöðvakerfisins og myndaðist milli umskipta frá jökulskeiði yfir í hlýskeið.