The freshwater budget indicates that the most of the freshwater in Eyjafjörður has been transported to the sea by rivers but has not accumulated there because of currents from the north.
Þegar ferskvatnshagurinn var reiknaður kom í ljós að meginhluti þess ferskvatns sem er í firðinum kemur með fallvötnum til sjávar en er ekki aðflutt frá nærliggjandi hafssvæðum.