The main rivers entering the fjord are Eyjafjarðará, Svarfaðardalsá, Hörgá and Fnjóská, and the drainage area of the fjord is 4.730km 2.
Helstu straumvötn sem falla í fjörðinn eru Eyjafjarðará, Svarfaðardalsá, Hörgá og Fnjóská en vatnasvið fjarðarins er alls 4.730 km 2.