Fróðskaparsetur Føroya er ein almennur stovnur, sum virkar óheftur av politisku skipanini. Lógin fyri Fróðskaparsetrið ásetir at: "Fróðskaparsetur Føroya verður stjórnað av einum stýri. Rektarin leiðir Fróðskaparsetur Føroya innan karmar, sum stýrið ásetur. " Leiðsla Stýrið er evsti myndugleiki, og hevur ábyrgdina av virksemi Setursins mótvegis landsstýrismanninum. Stýrið setir í starv og loysir úr starvi rektara, dekanar og fyrisitingarstjóra. Sigurd í Jákupsstovu varð settur í starv sum rektari 1. september 2011-í fyrstu atløgu í fimm ár. Skeið hansara er longt við trimum árum, soleiðis, at hann er settur rektari fram til 31. august 2109. Í tíðarskeiðinum 1. mars 2016 til 28. februar 2017 eru niðanfyristandandi settir sum varadekanar. -Janus Jensen, varadekanur fyri Námsvísindadeildina-Turið Sigurðardóttir, varadekanur fyri Føroyamálsdeildina-Hans Andrias Sølvará, varadekanur fyri Søgu og samfelagsdeildina Hans Pauli Joensen, dekanur fyri Náttúrvísindadeildina og Sjúkrarøktarfrøðideildina, er vararektari frá 1. mars 2016 at rokna. Talan er um tvær megindeildir: Megindeildin fyri hugvísindi, samfelagsvísindi og námsvísindi har Janus Jensen, Turið Sigurðdardóttir og Hans Andrias Søvará eru sett sum varadekanar og Megindeildin fyri náttúruvísindi og heilsuvísindi, har Hans Pauli Joensen er settur dekanur. Undir Megindeildin fyri hugvísindi, samfelagsvísindi og námsvísindi eru 3 deildir: