Umframt at vera lærari hevur Martin Mouritsen havt ein hóp av álitisstørvum innan føroyska tónleikaheimin: Hann hevur verið leiðari fyri Føroya Symfoniorkestur síðan 1987, leiðari fyri Føroya Ungdómsharmoniorkestur síðan 1993, leiðari fyri fleiri orkestur innan Føroya Musikkskúla 1986-1996, leiðari fyri GHM 1986-1996, leiðari fyri Tórshavnar Kamarorkestur 1986-1990, formaður í Føroya Musikklærarafelag síðan 1993, stigtakari til og formaður fyri Yrkisfelag fyri Klassiskar Tónleikarar, limur í ráðleggingarnevnd Føroya Musikkskúla, limur í Pedagogisku nevnd Føroya Musikkskúla, limur í nevndini at endurskoða lóg fyri Føroya Musikkskúla og limur í Ljóðførisgrunni Føroya Musikkskúla.