Kurz nach Beendigung seiner Sportkarriere bekleidete er von 1989 bis 1993 das Amt des Sporthilfe-Generalsekretärs. Damals war er auch kurze Zeit österreichischer Herrennationaltrainer, bis er einem seiner Schützlinge eine Ohrfeige verpasste und gesperrt wurde. Von 2005 bis 2010 war er Präsident des Wiener Landesverbands. Danach arbeite Seisenbacher in Georgien als Nationaltrainer. Einer seiner Schützlinge holte bei den Olympischen Spielen 2012 in London Gold. Dann wechselte er als Nationaltrainer nach Aserbaidschan. Nach einem Jahr endete die Zusammenarbeit, bevor er 2015 erneut verpflichtet wurde.