Su primogénito Francisco Diego, renunció a su herencia, títulos y estados y se hizo en 1601 religioso en la Orden de Santo Domingo, donde tomó el nombre de fray Francisco de la Cruz, su segundogénito Alonso Diego fue su sucesor, y su hija Guiomar Leonor Brianda se casó con su primo hermano Francisco Antonio Silvestre de Zúñiga Sotomayor, V marqués de Ayamonte, sin sucesión en su matrimonio.
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