Las secuencias de proteínas son alineadas usando frecuentemente matrices de sustitución que reflejan las probabilidades de particulares sustituciones carácter por carácter.
1	Las	el	DET	_	Definite=Def|Gender=Fem|Number=Plur|PronType=Art	2	det	_	_
2	secuencias	secuencia	NOUN	_	Gender=Fem|Number=Plur	6	nsubj:pass	_	_
3	de	de	ADP	_	_	4	case	_	_
4	proteínas	proteína	NOUN	_	Gender=Fem|Number=Plur	2	nmod	_	_
5	son	ser	AUX	_	Mood=Ind|Number=Plur|Person=3|Tense=Pres|VerbForm=Fin	6	aux:pass	_	_
6	alineadas	alinear	VERB	_	Gender=Fem|Number=Plur|VerbForm=Part	0	root	_	_
7	usando	usar	VERB	_	VerbForm=Ger	6	advcl	_	_
8	frecuentemente	frecuentemente	ADV	_	_	7	advmod	_	_
9	matrices	matriz	NOUN	_	Gender=Fem|Number=Plur	7	obj	_	_
10	de	de	ADP	_	_	11	case	_	_
11	sustitución	sustitución	NOUN	_	Gender=Fem|Number=Sing	9	nmod	_	_
12	que	que	SCONJ	_	_	13	mark	_	_
13	reflejan	reflejar	VERB	_	Mood=Ind|Number=Plur|Person=3|Tense=Pres|VerbForm=Fin	9	acl:relcl	_	_
14	las	el	DET	_	Definite=Def|Gender=Fem|Number=Plur|PronType=Art	15	det	_	_
15	probabilidades	probabilidad	NOUN	_	Gender=Fem|Number=Plur	13	obj	_	_
16	de	de	ADP	_	_	15	case	_	_
17	particulares	particular	NOUN	_	Number=Plur	18	amod	_	_
18	sustituciones	sustitución	ADJ	_	Gender=Fem|Number=Plur	15	amod	_	_
19	carácter	carácter	NOUN	_	Gender=Masc|Number=Sing	15	nmod	_	_
20	por	por	ADP	_	_	21	case	_	_
21	carácter	carácter	NOUN	_	Gender=Masc|Number=Sing	19	nmod	_	SpaceAfter=No
22	.	.	PUNCT	_	_	6	punct	_	_
