La aproximación a los microarrays de proteínas encara similares problemas a los existentes para microarrays destinados a ARNm, mientras que para la espectrometría de masas el problema es casar grandes cantidades de datos de masa contra masas predichas por bases de datos de secuencias de proteínas, además del complicado análisis estadístico de muestras donde se detectan múltiples, pero incompletos, péptidos de cada proteína.
1	La	el	DET	_	Definite=Def|Gender=Fem|Number=Sing|PronType=Art	2	det	_	_
2	aproximación	aproximación	NOUN	_	Gender=Fem|Number=Sing	8	nsubj	_	_
3	a	a	ADP	_	_	5	case	_	_
4	los	el	DET	_	Definite=Def|Gender=Masc|Number=Plur|PronType=Art	5	det	_	_
5	microarrays	microarray	NOUN	_	Gender=Masc|Number=Plur	2	nmod	_	_
6	de	de	ADP	_	_	7	case	_	_
7	proteínas	proteína	NOUN	_	Gender=Fem|Number=Plur	5	nmod	_	_
8	encara	encarar	VERB	_	Mood=Ind|Number=Sing|Person=3|Tense=Pres|VerbForm=Fin	0	root	_	_
9	similares	similar	ADJ	_	Number=Plur	10	amod	_	_
10	problemas	problema	NOUN	_	Gender=Masc|Number=Plur	8	obj	_	_
11	a	a	ADP	_	_	13	case	_	_
12	los	el	DET	_	Definite=Def|Gender=Masc|Number=Plur|PronType=Art	13	det	_	_
13	existentes	existente	NOUN	_	Number=Plur	9	nmod	_	_
14	para	para	ADP	_	_	15	case	_	_
15	microarrays	microarray	NOUN	_	_	13	nmod	_	_
16	destinados	destinar	VERB	_	Gender=Masc|Number=Plur|VerbForm=Part	15	acl	_	_
17	a	a	ADP	_	_	18	case	_	_
18	ARNm	arnm	PROPN	_	_	16	obl	_	SpaceAfter=No
19	,	,	PUNCT	_	_	28	punct	_	_
20	mientras	mientras	ADV	_	_	28	mark	_	_
21	que	que	SCONJ	_	_	20	fixed	_	_
22	para	para	ADP	_	_	24	case	_	_
23	la	el	DET	_	Definite=Def|Gender=Fem|Number=Sing|PronType=Art	24	det	_	_
24	espectrometría	espectrometría	NOUN	_	Gender=Fem|Number=Sing	28	nmod	_	_
25	de	de	ADP	_	_	26	case	_	_
26	masas	masa	NOUN	_	Gender=Fem|Number=Plur	24	nmod	_	_
27	el	el	DET	_	Definite=Def|Gender=Masc|Number=Sing|PronType=Art	28	det	_	_
28	problema	problema	NOUN	_	Gender=Masc|Number=Sing	8	advcl	_	_
29	es	ser	AUX	_	Mood=Ind|Number=Sing|Person=3|Tense=Pres|VerbForm=Fin	28	cop	_	_
30	casar	casar	VERB	_	VerbForm=Inf	28	csubj	_	_
31	grandes	grande	ADJ	_	Number=Plur	32	amod	_	_
32	cantidades	cantidad	NOUN	_	Gender=Fem|Number=Plur	30	obj	_	_
33	de	de	ADP	_	_	34	case	_	_
34	datos	dato	NOUN	_	Gender=Masc|Number=Plur	32	nmod	_	_
35	de	de	ADP	_	_	36	case	_	_
36	masa	masa	NOUN	_	Gender=Fem|Number=Sing	34	nmod	_	_
37	contra	contra	ADP	_	_	38	case	_	_
38	masas	masa	NOUN	_	Gender=Fem|Number=Plur	30	obl	_	_
39	predichas	predicho	VERB	_	Gender=Fem|Number=Plur|VerbForm=Part	38	acl	_	_
40	por	por	ADP	_	_	41	case	_	_
41	bases	base	NOUN	_	Number=Plur	39	obl	_	_
42	de	de	ADP	_	_	43	case	_	_
43	datos	dato	NOUN	_	Gender=Masc|Number=Plur	41	nmod	_	_
44	de	de	ADP	_	_	45	case	_	_
45	secuencias	secuencia	NOUN	_	Gender=Fem|Number=Plur	41	nmod	_	_
46	de	de	ADP	_	_	47	case	_	_
47	proteínas	proteína	NOUN	_	Gender=Fem|Number=Plur	45	nmod	_	SpaceAfter=No
48	,	,	PUNCT	_	_	49	punct	_	_
49	además	además	ADV	_	_	53	cc	_	_
50-51	del	_	_	_	_	_	_	_	_
50	de	de	ADP	_	_	49	fixed	_	_
51	el	el	DET	_	Definite=Def|Gender=Masc|Number=Sing|PronType=Art	30	det	_	_
52	complicado	complicado	ADJ	_	Gender=Masc|Number=Sing|VerbForm=Part	53	amod	_	_
53	análisis	análisis	NOUN	_	Gender=Masc	30	conj	_	_
54	estadístico	estadístico	ADJ	_	Gender=Masc|Number=Sing	53	amod	_	_
55	de	de	ADP	_	_	56	case	_	_
56	muestras	muestra	NOUN	_	Gender=Fem|Number=Plur	53	nmod	_	_
57	donde	donde	ADV	_	_	59	advmod	_	_
58	se	él	PRON	_	Case=Acc,Dat|Person=3|PrepCase=Npr|PronType=Prs|Reflex=Yes	59	iobj	_	_
59	detectan	detectar	VERB	_	Mood=Ind|Number=Plur|Person=3|Tense=Pres|VerbForm=Fin	56	acl:relcl	_	_
60	múltiples	múltiple	ADJ	_	Number=Plur	65	amod	_	SpaceAfter=No
61	,	,	PUNCT	_	_	63	punct	_	_
62	pero	pero	CCONJ	_	_	63	cc	_	_
63	incompletos	incompleto	ADJ	_	Gender=Masc|Number=Plur	60	conj	_	SpaceAfter=No
64	,	,	PUNCT	_	_	60	punct	_	_
65	péptidos	péptido	NOUN	_	Gender=Masc|Number=Plur|VerbForm=Part	59	nsubj	_	_
66	de	de	ADP	_	_	68	case	_	_
67	cada	cada	DET	_	Number=Sing|PronType=Tot	68	det	_	_
68	proteína	proteína	NOUN	_	Gender=Fem|Number=Sing	65	nmod	_	SpaceAfter=No
69	.	.	PUNCT	_	_	8	punct	_	_
