Phylo (video game)
فائیلو ایک تجرباتی ویڈیو گیم ہے جو متعدد ترتیب کی صف بندی کی اصلاح کے بارے میں ہے۔ میک گل سینٹر فار بائیو انفارمیٹکس کے ذریعہ تیار کردہ، یہ اصل میں نومبر 2010 میں ایک مفت فلیش گیم کے طور پر جاری کیا گیا تھا۔ ایک مقصد کے ساتھ کھیل کے طور پر ڈیزائن کیا گیا، کھلاڑی پیٹرن سے ملنے والی پہیلیاں حل کرتے ہیں جو کمپیوٹر الگورتھم پر صف بندی کو بہتر بنانے کے لیے مختلف فائیلوجنیٹک ٹیکسوں کے نیوکلیوٹائڈ ترتیبات کی نمائندگی کرتے ہیں۔ ہر نیوکلیوٹائڈ ترتیب کو ایک ساتھ صف بندی کرکے، جسے مختلف رنگوں کے بلاکس کے طور پر پیش کیا جاتا ہے، کھلاڑی ہر ترتیب کے سیٹ کے لیے زیادہ سے زیادہ رنگوں کو ملا کر اور خلا کو کم سے کم کرکے سب سے زیادہ پوائنٹ ویلیو اسکور بنانے کی کوشش کرتے ہیں۔ فائیلو کے ذریعہ تیار کردہ نیوکلیوٹائڈ کے سلسلے یو سی ایس سی جینوم براؤزر سے اصل ترتیب کے اعداد و شمار سے حاصل کیے جاتے ہیں۔ اعلی اسکور کرنے والے کھلاڑیوں کی صف بندی کو ڈیٹا کے طور پر جمع کیا جاتا ہے اور میک گل سینٹر فار بائیو انفارمیٹکس کو واپس بھیج دیا جاتا ہے تاکہ ایک مضبوط اسکورنگ الگورتھم کے ساتھ مزید تشخیص کی جا سکے۔ وہ کھلاڑی صف بندی جو موجودہ کمپیوٹر سے تیار کردہ اسکور سے زیادہ اسکور کرتی ہیں انہیں اصلاح کے طور پر عالمی صف بندی میں دوبارہ متعارف کرایا جائے گا۔ پس منظر فائیلوجینیٹکس میں متعدد ترتیب کی صف بندی کا مقصد بچوں کی انواع کی ترتیب کا موازنہ حالیہ مشترکہ آباؤ اجداد کے ساتھ کرکے ہر نوع کے سب سے زیادہ ممکنہ نیوکلیوٹائڈ ترتیب کا تعین کرنا ہے۔ اس طرح کی زیادہ سے زیادہ متعدد ترتیب کی صف بندی کا تعین عام طور پر ایک متحرک پروگرامنگ الگورتھم کے ساتھ کیا جاتا ہے جو مطلوبہ تغیرات کی تعداد کو کم کرکے سب سے زیادہ ممکنہ ارتقائی نتیجہ تلاش کرتا ہے۔ یہ الگورتھم ہر نوع کے لیے ایک ترتیب میں ہر نیوکلیوٹائڈ کے لیے فائیلوجنیٹک درخت پیدا کرتے ہیں، اور بچوں کی انواع کے درختوں کا موازنہ کرکے ایک مشترکہ آباؤ اجداد کے لیے جینیاتی ترتیب کا تعین کرتے ہیں۔ اس کے بعد الگورتھم مکمل فائیلوجنیٹک ٹری کو اسکور اور ترتیب دیتے ہیں، اور زیادہ سے زیادہ پارسمونی اسکور کے ساتھ صف بندی کا تعین زیادہ سے زیادہ، اور اس طرح ارتقاء کے لحاظ سے ممکنہ طور پر، ایک سے زیادہ ترتیب کی صف بندی کے طور پر کیا جاتا ہے۔ تاہم، بڑی تعداد میں ترتیبات کے لیے اس طرح کی بہترین صف بندی تلاش کرنا ایک این پی مکمل مسئلہ قرار دیا گیا ہے۔ فائیلو اس کے بجائے ایک سے زیادہ ترتیب کی صف بندی کے مسئلے کو حل کرنے کے لیے ایک انٹرایکٹو جینیاتی الگورتھم بنانے کے لیے انسان پر مبنی کمپیوٹیشن کا استعمال کرتا ہے۔ آبائی ترتیبات کی تخلیق اور پارسیمونی اسکورنگ کا حساب اب بھی فچ-مارگولیاش طریقہ کار کی تبدیلی کا استعمال کرتے ہوئے کیا جاتا ہے، لیکن فائیلو یو سی ایس سی جینوم براؤزر سے حاصل کردہ جینیاتی ترتیبات کو پیٹرن سے ملنے والے کھیل میں خلاصہ کرتا ہے، جس سے انسانی کھلاڑی تمام ممکنہ درختوں پر الگورتھم کے لحاظ سے غور کرنے کے بجائے ممکنہ صف بندی کا مشورہ دے سکتے ہیں۔ گیم پلے فائیلو میں ہر پہیلی کی درجہ بندی سیدھے کیے جانے والے کل ترتیب کے ٹکڑوں کی تعداد اور انسانوں میں اس ٹکڑے سے وابستہ بیماری کی بنیاد پر کی جاتی ہے۔ ایک بار پہیلی کا انتخاب ہونے کے بعد، ہر نوع کے لیے جینیاتی ترتیب کے کچھ ٹکڑے سیدھے کیے جاتے ہیں، جنہیں رنگین بلاکس کے طور پر پیش کیا جاتا ہے، ہر ایک کو گرڈ کی ایک ہی قطار پر رکھا جاتا ہے۔ جینیاتی ترتیب کے ٹکڑے کا ہر نیوکلیوٹائڈ گرڈ کے ساتھ ساتھ حرکت کرنے کے لیے آزاد ہے۔ اس کے بعد کھلاڑی اپنے درمیان ہر کالم میں رنگین میچوں کی سب سے بڑی تعداد بنانے کے لیے ضرورت کے مطابق ترتیبات کو ایڈجسٹ کر سکتے ہیں، جبکہ ظاہر ہونے والے خلا کی تعداد کو کم سے کم کر سکتے ہیں۔ ترتیب کی صف بندی کا اسکور ہر نوڈ پر پیدا ہونے والے الگورتھم سے طے شدہ آبائی ترتیب کے ساتھ ہر کھلاڑی سے منسلک ترتیب کا موازنہ کرکے کیا جاتا ہے۔ ایک رنگین میچ اسکور پر + 1 حاصل کرتا ہے، ایک مماثلت کی پیداوار-1، فرق کی پیداوار-5 کا آغاز، اور کسی بھی موجودہ فرق کی پیداوار-1 کی توسیع۔ اس کے بعد تمام موازنہ کا مجموعہ ہر کئی سیکنڈ میں طے کیا جاتا ہے، جو اس کھلاڑی کی صف بندی کے لیے حتمی اسکور فراہم کرتا ہے۔ ہر پہیلی کے لیے، کھیل کے آغاز میں ابتدائی طور پر صرف چند ترتیبات دستیاب ہوتے ہیں۔ اگلے راؤنڈ میں جانے اور میچ کرنے کے لیے مزید ترتیبات کو غیر مقفل کرنے سے پہلے کمپیوٹر سے طے شدہ برابر اسکور کو کھلاڑی کے ذریعے شکست دی جانی چاہیے۔ ایک کھلاڑی جیت جاتا ہے اور اسے ہر پہیلی کے لیے کمپیوٹر کے ذریعے تیار کردہ حتمی مساوی اسکور کو ملا کر یا اس سے آگے بڑھ کر ڈیٹا بیس میں اپنی ترتیب کی صف بندی جمع کرنے کی اجازت ہوتی ہے۔ لیولز (v. 3.1.5)، فائیلو تین گیم طریقوں میں آتا ہے: اسٹوری موڈ، جس میں سطحوں کو ایک گائیڈڈ ٹیوٹوریل میں ترتیب دیا گیا ہے۔ اصل فائیلو موڈ، بیماریوں کے انتخاب کے ساتھ آر این اے مالیکیولز کے لیے ایک نیا ریبو موڈ، جہاں دونوں ترتیبات اور آر این اے ثانوی ڈھانچے (اسٹیم لوپس) سیدھے ہوتے ہیں۔ نتائج کمپیوٹر آؤٹ پٹ کے مقابلے میں، کھلاڑی 70 ٪ صف بندی کو بہتر بنانے میں کامیاب رہے۔ 2013 میں، فائیلو ڈویلپرز نے اوپن فائیلو (اب ناکارہ) کے نام سے ایک ویب سرور بنایا جو محققین کو کھلاڑیوں کو صف بندی کرنے کے لیے ترتیبات کے اپنے سیٹ اپ لوڈ کرنے کی اجازت دیتا ہے۔ کمپیوٹر صف بندی کے مقابلے میں، ماہر کھلاڑی زیادہ تر چھوٹی بہتری کرنے کے قابل تھے کہ ترتیب صف بندی الگورتھم کیا کر سکتے ہیں۔ انسانوں کی طرف سے تجویز کردہ نمایاں طور پر بہتر صف بندی کے کچھ معمولی معاملات بھی تھے۔ پانچ سال کے تاریخی فائیلو ڈیٹا پر 2017 کی ایک رپورٹ بھی اسی طرح کے نتیجے پر پہنچتی ہے۔ یہ بھی دیکھیں سٹیزن سائنس کراؤڈ سورسنگ ہیومن بیسڈ کمپیوٹیشنل فائیلوجنیٹکس لسٹ آف کراؤڈ سورسنگ پروجیکٹس حوالہ جات بیرونی لنکس آفیشل فائیلو ہوم پیج 2010 ویڈیو گیمز براؤزر گیمز فلیش گیمز پزل ویڈیو گیمز سٹیزن سائنس ہیومن بیسڈ کمپیوٹیشن گیمز کراؤڈ سورسنگ کینیڈا میں تیار کردہ ویڈیو گیمز