Microbiome-wide association study
مائکرو بایوم وسیع ایسوسی ایشن اسٹڈی (ایم ڈبلیو اے ایس)، جسے بصورت دیگر میٹاجنوم وسیع ایسوسی ایشن اسٹڈی (ایم جی ڈبلیو اے ایس) کے نام سے جانا جاتا ہے، ایک شماریاتی طریقہ کار ہے جو مختلف حیاتیات میں ایک متعین مائکرو بایوم کے مکمل میٹاجنوم کی جانچ کرنے کے لیے استعمال ہوتا ہے تاکہ اس بات کا تعین کیا جا سکے کہ آیا مائکرو بایوم کی کوئی خصوصیت (مثال کے طور پر، جین یا انواع) میزبان خاصیت سے وابستہ ہے۔ ایم ڈبلیو اے ایس کو وسیع پیمانے پر استعمال ہونے والے جینوم وائڈ ایسوسی ایشن اسٹڈی (جی ڈبلیو اے ایس) سے میٹاجینومکس کے شعبے نے اپنایا ہے۔ اگرچہ ایم ڈبلیو اے ایس صوتی اور تصوراتی طور پر جی ڈبلیو اے ایس سے جڑا ہوا ہے لیکن اس میں کئی اہم فرق ہیں: انسانی جینوم کے مقابلے میں مائکرو بایوم میں تقریبا 150 گنا زیادہ جین ہوتے ہیں۔ جی ڈبلیو اے ایس کو صرف انواع کے کروموسوم کی پہلے سے طے شدہ تعداد کے ساتھ نمایاں طور پر منسلک جین تلاش کرنا چاہیے۔ دوسری طرف، ایم ڈبلیو اے ایس کو تجزیہ کرنا چاہیے تاہم بہت سی خصوصیات مائکروجنزموں کی غیر متعین تعداد میں ہیں۔ نتیجے کے طور پر، ایک سے زیادہ جانچ کے مسئلے میں پڑنے کا بہت زیادہ امکان ہے۔ اگرچہ میزبان آبادی میں جینوم پر جینوں کا نسبتا ایک جیسا مجموعہ ہوتا ہے، لیکن کسی بھی مائیکرو بایوم کی جینیاتی تغیرات مختلف میزبانوں اور ماحول کے درمیان نمایاں طور پر مختلف ہو سکتی ہیں۔ مائکرو بایوم کا جینوم کسی میزبان میں عارضی طور پر بھی مختلف ہو سکتا ہے جبکہ جی ڈبلیو اے ایس میں میزبان کا جینوم ان کی پوری عمر میں طے ہوتا ہے۔ احساس شدہ مائکرو بایوم ڈیٹا سیٹ فطری طور پر ساختیاتی اور باہمی تعامل والے ہوتے ہیں۔ یہ مفروضہ کہ جین یوکلڈین جگہ میں موجود ہیں ساختیاتی اعداد و شمار کی غیر لکیری نوعیت کی خلاف ورزی ہے۔ ایم ڈبلیو اے ایس میں مائکرو بایوم کی کون سی خصوصیت استعمال کی جائے گی اس کی درجہ بندی کرنے کے کئی طریقے ہیں۔ ایم ڈبلیو اے ایس کا اندازہ ایک مخصوص درجہ بندی کی سطح (انواع، جینس، فائیلا وغیرہ) کا استعمال کرتے ہوئے کیا جا سکتا ہے۔ )، آپریشنل ٹیکسونومک یونٹ (او ٹی یو) یا ایمپلیکن سیکوینس ویرینٹ (اے ایس وی)، ٹرانسکرپٹوم، پروٹیوم، اور بہت کچھ۔ استعمال شدہ نقطہ نظر تحقیقی مفروضے پر منحصر ہے کیونکہ ہر طریقہ اکثر مختلف نتائج دیتا ہے۔ اکثر، مخصوص مائکرو بایوم خصوصیت اور مطلوبہ فینوٹائپ کے درمیان ارتباط کا تعین کرنے کے لیے ایک درجہ بندی کی سطح یا او ٹی یو/اے ایس وی پر مبنی نقطہ نظر استعمال کیا جاتا ہے۔ کئی طریقے استعمال کیے جا سکتے ہیں، جیسے مشین لرننگ کے نقطہ نظر جیسے بے ترتیب جنگلات، اور گہری سیکھنا۔ ڈی ای ایس ای کیو 2 اور اے این سی او ایم جیسے پروگراموں کے ساتھ فیچر ایسوسی ایشن بھی قائم کی جا سکتی ہے۔ تاہم، دستیاب ٹولز کی وسیع صف کے ذریعہ قائم کردہ ارتباط ہمیشہ وجہ میں تبدیل نہیں ہوسکتے ہیں۔ محققین ترتیب وار جانچ کے ذریعے وجہ کا تعین کرتے ہیں۔ حوالہ جات میٹاجنومکس