List of systems biology modeling software
حیاتیاتی عمل کو سمجھنے اور پیش گوئیاں کرنے میں مدد کے لیے نظام حیاتیات ریاضیاتی نمونوں کی تعمیر پر بہت زیادہ انحصار کرتا ہے۔ ماڈل بنانے میں مدد کے لیے خصوصی سافٹ ویئر پہلے ڈیجیٹل کمپیوٹرز کی آمد کے بعد سے تیار کیا گیا ہے۔ درج ذیل فہرست محققین کے لیے دستیاب فی الحال معاون سافٹ ویئر ایپلی کیشنز فراہم کرتی ہے۔ جدید نظام حیاتیات ماڈلنگ سافٹ ویئر کی اکثریت ایس بی ایم ایل کی حمایت کرتی ہے، جو حیاتیاتی سیلولر عمل کے ماڈلز کے تبادلے کے لیے ڈی فیکٹو معیار ہے۔ کچھ ٹولز سیل ایم ایل کی بھی حمایت کرتے ہیں، جو جسمانی عمل کی نمائندگی کے لیے استعمال ہونے والا ایک معیار ہے۔ معیاری فارمیٹس کو استعمال کرنے کا فائدہ یہ ہے کہ اگرچہ کوئی خاص سافٹ ویئر ایپلی کیشن بالآخر غیر تعاون یافتہ اور یہاں تک کہ ناقابل استعمال بھی ہو سکتی ہے، اس ایپلی کیشن کے تیار کردہ ماڈلز کو آسانی سے زیادہ جدید مساوی میں منتقل کیا جا سکتا ہے۔ یہ کام کی اصل اشاعت کے طویل عرصے بعد سائنسی تحقیق کو دوبارہ پیش کرنے کی اجازت دیتا ہے۔ کسی خاص ٹول کے بارے میں مزید معلومات حاصل کرنے کے لیے، ٹول کے نام پر کلک کریں۔ یہ آپ کو یا تو ہم مرتبہ جائزہ لینے والی اشاعت کی طرف لے جائے گا یا، کچھ غیر معمولی صورتوں میں، ویکیپیڈیا کے مخصوص صفحہ کی طرف لے جائے گا۔ فعال طور پر حمایت یافتہ اوپن سورس سافٹ ویئر ایپلی کیشنز عمومی معلومات جب ایس بی ایم ایل کالم میں ایک اندراج "ہاں، لیکن صرف رد عمل کے لیے" کہتا ہے۔ "، اس کا مطلب یہ ہے کہ ٹول صرف ایس بی ایم ایل کے رد عمل کے جزو کی حمایت کرتا ہے۔ مثال کے طور پر قواعد، واقعات وغیرہ۔ حمایت نہیں کر رہے ہیں۔ ماہر ٹولز مندرجہ ذیل ٹیبل میں ماہر ٹولز کی فہرست دی گئی ہے جنہیں ماڈلنگ ٹولز کے ساتھ گروپ نہیں کیا جا سکتا۔ فیچر ٹیبل سپورٹڈ ماڈلنگ پیراڈائمز تفریقی مساوات کی مخصوص خصوصیات فائل فارمیٹ سپورٹ اور انٹرفیس ٹائپ ایڈوانسڈ فیچرز (جہاں قابل اطلاق ہوں) دیگر خصوصیات پارٹیکل پر مبنی سمیلیٹر پارٹیکل پر مبنی سمیلیٹر دلچسپی کے ہر مالیکیول کو مسلسل خلا میں ایک انفرادی ذرہ کے طور پر پیش کرتے ہیں، مالیکیولر ڈفیوژن، مالیکیول میمبرین انٹرایکشنز اور کیمیائی رد عمل کی تقلید کرتے ہیں۔ ذرہ پر مبنی سمیلیٹرز کا موازنہ درج ذیل فہرست کئی ذرہ پر مبنی سمیلیٹرز کی خصوصیات کا موازنہ کرتی ہے۔ یہ جدول ایک ایسے ورژن سے ترمیم کیا گیا ہے جو اصل میں انسائیکلوپیڈیا آف کمپیوٹیشنل نیورو سائنس میں شائع ہوا تھا۔ نظام کی حدود کے کوڈ: R = عکاسی، A = جذب، T = منتقل، P = دورانیے، اور I = تعامل۔ الگورتھم درست ہے لیکن سافٹ ویئر نے اصل ٹیبل کی تالیف کے وقت غلط نتائج پیش کیے۔ * تفصیل کی مختلف سطحوں کی وجہ سے یہ بینچ مارک رن ٹائمز دوسروں کے ساتھ موازنہ نہیں ہیں۔ ماڈل انشانکن سافٹ ویئر ماڈل انشانکن نظام حیاتیات ماڈل تیار کرتے وقت ایک اہم سرگرمی ہے۔ یہ جدول نظام حیاتیات ماڈلرز کے لیے دستیاب کچھ موجودہ ماڈل انشانکن ٹولز پر روشنی ڈالتا ہے۔ پہلی ٹیبل لسٹ ٹولز جو ایس بی ایم ایل سے مطابقت رکھتے ہیں۔ پی ای ٹی اے بی ماڈل کیلیبریشن رن کی وضاحت کے لیے ایک کمیونٹی معیار ہے۔ میراث اوپن سورس سافٹ ویئر ایپلی کیشنز بائیو کیمیکل سسٹمز کی ماڈلنگ کے لیے کچھ بہت ابتدائی سافٹ ویئر کی درج ذیل فہرست جو 1980 کی دہائی سے پہلے تیار کیے گئے تھے تاریخی دلچسپی کے لیے درج ہیں۔ درج ذیل فہرست کچھ سافٹ ویئر ماڈلنگ ایپلی کیشنز کو دکھاتی ہے جو 1980 اور 1990 کی دہائی میں تیار کی گئی تھیں۔ تاریخی دلچسپی کے لیے درج ہیں۔ حوالہ جات نظام حیاتیات بائیو انفارمیٹکس سائنس سافٹ ویئر سسٹمز