C13orf46
کروموسوم 13 اوپن ریڈنگ فریم 46 ایک پروٹین ہے جسے انسانوں میں C13orf46 جین کے ذریعے انکوڈ کیا جاتا ہے۔ انسانوں میں، C13orf46 پھیپھڑوں، معدے، پروسٹیٹ، تلی اور تھائمس سمیت بافتوں میں کم سطح پر ہر جگہ ظاہر ہوتا ہے۔ یہ جین متبادل طور پر آٹھ اسپلیسڈ ایم آر این اے ٹرانسکرپٹ کو انکوڈ کرتا ہے، جو پانچ مختلف پروٹین آئسوفارم تیار کرتے ہیں۔ جین C13orf46 کا ایک متبادل نام LOC100507747 ہے۔ C13orf46 47,563 بیس جوڑوں پر محیط ہے، 11 ایکسون پر مشتمل ہے، اور 13q34 پر کروموسوم 13 کے مائنس اسٹرینڈ پر ہے۔ جین پڑوسی C13orf46 کے آس پاس کے پڑوسی جینوں میں LINC00454، LINC00452، Swingn، RaSA3، اور LOC124903221 شامل ہیں۔ LINC00454 اور LINC00452 (لانگ انٹرجینک نان پروٹین کوڈنگ RNA 454 اور 452) دونوں لمبے نان کوڈنگ RNAs (lncRNA) ہیں جو ایپیجینیٹک جین کے اظہار، کرومیٹن ری ماڈلنگ، اور جین ٹرانسکرپشن اور ترجمہ کی سطح کو منظم کرتے ہیں۔ LINC00454 اور LINC00452 دونوں کا اظہار خصیوں تک محدود ہے۔ LINC00454 کو فیکٹر X کی کمی سے منسلک کیا گیا ہے جبکہ LINC00452 کو بیضہ دانی کے کارسنوجینیسیس کو فروغ دینے کے لیے پایا گیا ہے۔ سوئنگن (ایس ڈبلیو آئی/ایس این ایف کمپلیکس انٹرایکٹنگ جی اے ایس 6 انہانسر نان کوڈنگ آر این اے) بھی ایک ایل این سی آر این اے ہے جو پڑوسی C13orf46 ہے۔ سوئنگن کرومیٹن کے میٹرکس سے وابستہ اور ایکٹین پر منحصر ریگولیٹرز کے ساتھ تعامل کرکے جی اے ایس 6 (گروتھ گرفتاری مخصوص 6) اونکوجین کی سرگرمی کو منظم کرتا ہے۔ آر اے ایس اے 3 (آر اے ایس پی 21 پروٹین ایکٹیویٹر 3) جین راس جی ٹی پیز ایکٹیویٹنگ پروٹین کو انکوڈ کرتا ہے۔ یہ پروٹین راس پی 21 کی سرگرمی کو متحرک کرنے کے لیے انوسیٹول 1,3,4، 5-ٹیٹراکیسفاسفیٹ کو باندھتا ہے اور راس سگنلنگ کے راستے کو منفی طور پر منظم کرتا ہے۔ آر اے ایس اے 3 چربی، لمف نوڈس اور تلی میں سب سے زیادہ ظاہر ہوتا ہے۔ انکوڈ شدہ پروٹین سیل جھلی میں مقامی ہوتا ہے۔ ایم آر این اے C13orf46 کے لیے ٹرانسکرپٹ کی آٹھ مختلف اقسام کی نشاندہی کی گئی ہے۔ یہ نقل متغیرات متبادل طور پر 11 مختلف ایکسون کی مختلف حالتوں کو شامل کرنے کے لیے جڑے ہوئے ہیں۔ ترجمہ شدہ مختلف نقل کے متغیر پر منحصر ہے، 5 مختلف ممکنہ پروٹین آئسوفارم کو C13orf46 کے ذریعے انکوڈ کیا جاتا ہے۔ C13orf46 کے ذریعے انکوڈ کردہ سب سے عام پروٹین پروڈکٹ آئسوفارم 1 ہے، جو 212 امینو ایسڈ لمبا ہے۔ پروٹین C13orf46 جین کا بنیادی پروٹین آئسوفارم 212 امینو ایسڈ پر مشتمل ہوتا ہے۔ سب سے طویل انکوڈ شدہ آئسوفارم، جسے C13orf46 پروٹین آئسوفارم X1 کے نام سے جانا جاتا ہے، 624 امینو ایسڈ لمبا ہے۔ C13orf46 جین کے ذریعے انکوڈ کردہ دیگر پروٹین آئسوفارم C13orf46 پروٹین کے ان دو ورژن میں سے کسی ایک سے ملتے جلتے ہیں۔ بنیادی 212 امینو ایسڈ پروٹین کی مختلف شکلیں ٹرانسکرپٹ متغیرات 1، X5، X6، اور X7 کے ذریعے انکوڈ کی جاتی ہیں۔ طویل ترین C13orf46 پروٹین آئسوفارم کی تغیرات کو ٹرانسکرپٹ متغیرات X1، X2، X3، اور X4 کے ذریعے انکوڈ کیا جاتا ہے۔ پروٹین آئسوفارم 1 خصوصیات اور ساخت C13orf46 آئسوفارم 1 کا نظریاتی آئسو الیکٹرک پوائنٹ 4.84 ہے اور اس کا متوقع سالماتی وزن 23.4 kDA ہے۔ اس آئسوفارم کے اندر گلوٹامک ایسڈ (15.1%) اور ایسپرٹک ایسڈ (7.5 ٪) کی زیادہ نسبتا مقدار پائی جاتی ہے، جبکہ امینو ایسڈ فینائلالینائن (0.9 ٪) اور تھریونین (0.5 ٪) پروٹین کی ساخت میں کم مقدار میں پائے جاتے ہیں۔ C13orf46 آئسوفارم 1 میں گلوٹامک ایسڈ سے بھرپور خطہ بھی ہوتا ہے جہاں متعدد گلوٹامک ایسڈ اور لائسین ڈبلٹ موجود ہوتے ہیں، جن میں سے کچھ ساتھ ساتھ ہوتے ہیں۔ پروٹین کے اندر مجموعی طور پر 14 ملٹی پلٹس پائے جاتے ہیں، جن میں سے 12 چارج ہوتے ہیں۔ C13orf46 آئسوفارم 1 میں کسی بھی چارج کلسٹرز، ہائیڈروفوبک سیگمنٹس، یا ٹرانس میمبرین سیگمنٹس کی پیش گوئی نہیں کی گئی ہے۔ ساخت C13orf46 پروٹین آئسوفارم 1 کی پیش گوئی کی گئی ہے کہ یہ بے ترتیب آزاد کنڈلی کے علاقوں کے علاوہ 7 الفا ہیلیکس اور 2 بیٹا اسٹرینڈز پر مشتمل ہوگا۔ ڈومینز اور نقش C13orf46 آئسوفارم 1 میں دو شناخت شدہ بے ترتیب علاقے ہیں جو امینو ایسڈ کے باقیات 1 سے 148 اور 168 سے 190 کے درمیان پھیلے ہوئے ہیں۔ اس کے علاوہ، C13orf46 آئسوفارم 1 میں گلوٹامک ایسڈ سے بھرپور خطہ ہے جو امینو ایسڈ کے باقیات 109 سے 191 تک پھیلا ہوا ہے۔ ضابطے اور ترجمے کے بعد کی تبدیلیاں C13orf46 آئسوفارم 1 کی پیش گوئی کی گئی ہے کہ ترجمہ کے بعد کئی تبدیلیاں کی جائیں گی جیسے کہ فاسفوریلیشن، O-GlcNAcyलेशन، میوسن ٹائپ گال این اے سی O-گلائکوسیلیشن، پالمیٹائیلیشن، اور سومیلیشن۔ پی کے اے، پی کے سی، سی کے آئی آئی، پی کے جی، جی ایس کے 3، سی ڈی سی 2، آر ایس کے، اور اے ٹی ایم ایسے کنیز ہیں جن کی پیش گوئی کی گئی ہے کہ وہ انسانی سی 13 آر ایف 46 آئسوفارم 1 کو باندھ کر فاسفوریلیٹ کریں گے۔ پروٹین پر ایک پیش گوئی شدہ فاسفوپروٹین بائنڈنگ فاسفوسائٹ بھی ہے۔ پروٹین آئسوفارم X1 پراپرٹیز C13orf46 آئسوفارم X1 کا نظریاتی آئسو الیکٹرک پوائنٹ 9.33 ہے اور اس کا متوقع سالماتی وزن 66.7 kDA ہے۔ C13orf46 آئسوفارم X1 پروٹین میں دیگر انسانی پروٹینوں کے مقابلے میں سیرائن (18.4%) اور لیوسین (18.8%) کی نسبتا مقدار بہت زیادہ ہوتی ہے اور اس میں پرولین (14.4%) کی مقدار بھی زیادہ ہوتی ہے۔ پروٹین کے اندر تقریبا برابر مقدار میں سیرائن اور لیوسین پائے جاتے ہیں۔ C13orf46 آئسوفارم X1 پروٹین بھی معمول سے کم مقدار میں گلوٹامک ایسڈ (1.3 ٪)، فینائلالینائن (0.3 ٪)، اور لائسین (0.5 ٪) پر مشتمل ہوتا ہے اور اس میں ویلائن کی مقدار بھی کم ہوتی ہے (2.4 ٪)۔ اسپرگین C13orf46 آئسوفارم X1 پروٹین میں نہیں پایا جاتا ہے۔ اس آئسوفارم کے اندر، 100 امینو ایسڈ ملٹی پلٹس پائے جاتے ہیں، جن میں سے 5 چارج ہوتے ہیں۔ پروٹین کے اندر کوئی چارج کلسٹر، ہائیڈروفوبک سیگمنٹ یا ٹرانس میمبرین ڈومین کی پیش گوئی نہیں کی جاتی ہے۔ ساخت C13orf46 آئسوفارم X1 کی پیش گوئی کی گئی ہے کہ وہ الفا ہیلیکس، بیٹا شیٹس، اور مفت بے ترتیب کنڈلی کے علاقوں کے امتزاج پر مشتمل ہے۔ C13orf46 آئسوفارم X1 کی پیشین گوئی شدہ ساخت کے اندر 22 پیشین گوئی شدہ الفا ہیلیسیس اور 18 پیشین گوئی شدہ بیٹا شیٹس ہیں۔ C13orf46 آئسوفارم X1 26 تکرار کی ایک سیریز پر مشتمل ہے، جو ترتیب کی ساخت اور لمبائی میں مختلف ہوتی ہے۔ 26 شناخت شدہ تکرار کے سلسلے میں سے 14 سلسلے 20 امینو ایسڈ پر مشتمل تھے، جبکہ 5 تکرار 21 امینو ایسڈ پر مشتمل تھے، 3 تکرار 22 امینو ایسڈ پر مشتمل تھے، اور 4 تکرار 23 امینو ایسڈ لمبے تھے۔ ہر تکرار کی ترتیب یا تو امینو ایسڈ میتھیونائن، آئسولیسین، یا لیوسین کے ساتھ ہوتی ہے۔ 26 تکرار کے اندر امینو ایسڈ کا بنیادی ترتیب ڈھانچہ ایم ایل ایل ایل ایس ٹی جی سی ایس ایس ایس پی پی ڈی اے پی پی ایل ایچ کیو ہے۔ 26 تکرار کی صف بندی اس بات کی نشاندہی کرتی ہے کہ تکرار کی ترتیب کا سب سے زیادہ محفوظ حصہ ترتیب کے وسط میں امینو ایسڈ سیرائن کے تین گنا کے ساتھ ہوتا ہے۔ ڈومینز اور موفٹس C13orf46 آئسوفارم X1 میں امینو ایسڈ کے باقیات 69 سے 87 کے درمیان ڈائمرائزیشن ڈومین کی پیش گوئی کی گئی ہے۔ ریگولیشن اور پوسٹ ٹرانسلیشنل ترمیم C13orf46 آئسوفارم X1 کی پیش گوئی کی گئی ہے کہ ترجمہ کے بعد کئی ترامیم سے گزرنا پڑے گا جیسے کہ فاسفوریلیشن، O-GlcNAcyलेशन، میوسن ٹائپ گال این اے سی O-گلائکوسیلیشن، پالمیٹولیشن، اور سومیلیشن۔ انسانی C13orf46 آئسوفارم X1 پروٹین میں 11 پیش گوئی شدہ پی پی بی ڈی مخصوص بائنڈنگ فاسفوسائٹس بھی ہیں۔ سب سے زیادہ محفوظ فاسفوریلیشن سائٹس 26 میں سے 23 ریپیٹس میں سے تیسرے سیرین پر پائے جاتے ہیں۔ پی کے سی، پی کے جی، پی کے اے، پی 38 ایم اے پی کے، جی ایس کے 3، ڈی این اے پی کے، سی کے آئی، سی ڈی کے 5، سی کے آئی آئی، اور سی ڈی سی 2 ایسے کنیز ہیں جن کی پیش گوئی کی گئی ہے کہ وہ انسانی سی 13 آر ایف 46 آئسوفارم ایکس 1 پروٹین کو باندھتے ہیں اور فاسفوریلیٹ کرتے ہیں۔ پیش گوئی شدہ فاسفوریلیٹڈ سائٹس بھی ایسی سائٹس ہونے کی پیش گوئی کی جاتی ہیں جہاں O-glycosylation ہو سکتا ہے۔ پروٹین تعاملات C13orf46 پروٹین آئسوفارم X1 میں MAPK اور p38 تعاملی نقشوں کے علاوہ کئی پیش گوئی شدہ S-مرحلے سائکلین بائنڈنگ سائٹس ہیں۔ ایکسپریشن آر این اے کی ترتیب سے پتہ چلتا ہے کہ C13orf46 کا اظہار درمیانی سطح پر پھیپھڑوں، پروسٹیٹ، پینکریاز اور پیٹ میں سب سے زیادہ دیکھا جاتا ہے۔ C13orf46 میں بون میرو، تلی، تائیرائڈ، لمف نوڈ، گال بلیڈر، اور تھائمس میں بھی اظہار کی سطح کم ہوتی ہے۔ سیلولر لوکلائزیشن C13orf46 آئسوفارم 1 کے زیادہ تر نیوکلئس کے اندر مقامی ہونے کی پیش گوئی کی گئی ہے۔ یہ پروٹین آئسوفارم سیل جھلی پر بھی مقامی ہو سکتا ہے۔ C13orf46 آئسوفارم X1 کے زیادہ تر مرکزے یا سائٹوپلازم کے اندر مقامی ہونے کی پیش گوئی کی گئی ہے۔ ہومیولوجی آرتھولوگس C13orf46 جین میں انسانی C13orf46 آئسوفارم 1 پروٹین اور C13orf46 آئسوفارم X1 پروٹین کے آرتھولوگس ہیں، جو پرائمیٹس، ممالیہ جانوروں، پرندوں، رینگنے والے جانوروں، مچھلیوں اور invertebrates میں پائے جاتے ہیں۔ انسانی C13orf46 آئسوفارم 1 پروٹین کے لیے آئسوفارم 1 آرتھولوگس صرف پرائمیٹس اور ممالیہ جانوروں میں پائے جانے کے لیے جانے جاتے ہیں، جس سے پتہ چلتا ہے کہ C13orf46 آئسوفارم 1 پروٹین کو انکوڈنگ کرنے والے C13orf46 جین کا یہ حصہ تقریبا 99 ملین سال پہلے نمودار ہوا تھا۔ آئسوفارم X1 انسانی C13orf46 آئسوفارم X1 پروٹین کے لیے پیش گوئی شدہ آرتھولوگس پریمیٹس، ممالیہ جانوروں، پرندوں، رینگنے والے جانوروں، مچھلیوں، اور بیکٹیریل فائیلم لیجیئنلا کے invertebrates تک پائے جاتے ہیں۔ پیرالاگس ہیومن C13orf46 آئسوفارم X1 پروٹین میں میوکنز، خاص طور پر میوسن-1 کے درمیان ایک پیش گوئی شدہ پیرالاگ ہے۔ مسکن اپیتھیلیل ٹشوز پر حفاظتی میوکس رکاوٹیں پیدا کرنے میں کردار ادا کرتے ہیں۔ ایم یو سی 1 جین کروموسوم 1 پر 1 ق 22 پر واقع ہے، 11 ایکسون پر مشتمل ہے، اور اس میں 22 مختلف آئسوفارم ہیں۔ میوسن انتہائی O-گلائکوسیلیٹڈ ہوتے ہیں اور ان میں پرولین، سیرائن اور تھریونائن کے ساتھ وافر مقدار میں ٹینڈم ریپیٹ ڈومینز ہوتے ہیں۔ ریپیٹ ڈومینز کے ارد گرد سسٹین سے بھرپور علاقے ہیں۔ میوسن جین ہمیشہ ایک مشترکہ نسب کا اشتراک نہیں کرتے ہیں، متغیر ارتقاء کا شکار ہوتے ہیں، اور عام ارتقائی تاریخ کے بجائے ان کی فعالیت کی بنیاد پر گروپ کیے جاتے ہیں۔ حوالہ جات