UBALD1
UBALD1 (1 پر مشتمل ڈومین کی طرح ubiquitin سے وابستہ) ایک پروٹین ہے جو UBALD1 جین کے ذریعے انکوڈ کیا گیا ہے، جو انسانوں میں کروموسوم 16 پر واقع ہے۔ UBALD1 میں ہر جگہ موجود ٹشو کا اظہار زیادہ ہوتا ہے اور یہ نیوکلئس اور سائٹوپلازم میں مقامی ہوتا ہے۔ UBALD1 جانوروں میں محفوظ ہے، بشمول invertebrates. UBALD1 کا عرفی نام FAM100A ہے۔ انسانی UBALD1 جین کروموسوم 16 کے مائنس اسٹرینڈ پر سائٹوجنیٹک مقام 16p13.3 پر واقع ہے۔ جین میں تین ایکسون اور دو انٹرن ہوتے ہیں، جن کی کل جین لمبائی 6,145 بیس جوڑوں کی ہوتی ہے۔ ٹرانسکرپٹ انسانوں میں UBALD1 کی تین آئسوفارم ہیں، جن میں سے سبھی میں تین ایکسون ہوتے ہیں۔ یو بی اے ایل ڈی 1 آئسوفارم 1 میں 1,374 نیوکلیوٹائڈز کی ایم آر این اے ترتیب ہوتی ہے اور یہ سب سے طویل پروٹین کو انکوڈ کرتا ہے۔ آئسوفارم 2 ایکسان 3 کے آغاز میں 75 نیوکلیوٹائڈز کے اخراج کے ساتھ مختلف ہوتا ہے، اور آئسوفارم 3 ایکسان 1 کے آخر میں 185 نیوکلیوٹائڈز کے اندراج کے ساتھ مختلف ہوتا ہے۔ پروٹین آئسوفارم UBALD1 آئسوفارم 1 طویل ترین پروٹین کو انکوڈ کرتا ہے جو 177 امینو ایسڈ پر مشتمل ہوتا ہے۔ آئسوفارم 2 سے پروٹین کی ترتیب 85.9% آئسوفارم 1 سے ملتی جلتی ہے۔ آئسوفارم 2 میں ایکسن 3 میں 25 امینو ایسڈ کا اخراج ہوتا ہے اور اس میں پی ایچ اے 03247 ڈومین کا فقدان ہے۔ آئسوفارم 3 آئسوفارم 1 اور 2 سے بہت مختلف ہے، جو کہ 35.6% آئسوفارم 1 سے ملتا جلتا ہے۔ آئسوفارم 3 میں 122 امینو ایسڈ ہوتے ہیں اور ایکسن 1 میں شامل ہوتے ہیں، جس کی وجہ سے کوڈن کا فریم شفٹ ہوتا ہے اور اس کا اسٹاپ کوڈن پہلے واقع ہوتا ہے۔ آئسوفارم 3 میں پی ایچ اے 03247 ڈومین کا بھی فقدان ہے۔ پروپریٹس اور ڈومینز UBALD1 آئسوفارم 1 کے ذریعے انکوڈ کردہ پروٹین کا پیش گوئی شدہ آئسو الیکٹرک پوائنٹ 6.13 اور سالماتی وزن 19.0 kDa ہے۔ UBALD1 ترکیب ایلانائن اور پرولین سے بھرپور ہوتی ہے، اور اس میں ان باقیات کے متعدد ڈوپلیٹ/ٹرپلٹ ہوتے ہیں۔ پرولین کے باقیات اور ملٹی پلٹس انتہائی محفوظ ہیں، خاص طور پر PHA03247 ڈومین کے اندر۔ پروٹین میں ایک ڈومین، پی ایچ اے 03247، یا بڑا ٹیگمنٹ پروٹین یو ایل 36 ڈومین ہوتا ہے۔ ٹیگمنٹ پروٹین یو ایل 36 سب سے بڑا ٹیگمنٹ پروٹین ہے جو ہرپس سمپلیکس وائرس 1 میں پایا جاتا ہے، اور اس میں ڈیوبیکیوٹینیٹنگ سرگرمی ہوتی ہے۔ ساخت UBALD1 پروٹین ثانوی ڈھانچہ زیادہ تر کنڈلی اور چار مختصر الفا ہیلیکل علاقوں (پوزیشن 5-22، 25-46، 76-83، اور 170-173) پر مشتمل ہوتا ہے۔ اس کی ترتیری ساخت بعد میں کنڈلی اور گلوبولر کی طرح ہے۔ ریگولیشن جین لیول ایکسپریشن UBALD1 ایک انتہائی اظہار شدہ جین ہے، جو اوسط جین سے 1.4x زیادہ ظاہر ہوتا ہے۔ یو بی اے ایل ڈی 1 کا ہر جگہ اظہار ہوتا ہے، جس کی سطح نال، کنکال کے پٹھوں، جگر اور دماغ میں سب سے زیادہ ہوتی ہے۔ دماغ کے اندر، ہپپوکیمپل کی تشکیل میں UBALD1 کا اظہار سب سے زیادہ ہوتا ہے اور الفیکٹری کے علاقوں میں پروٹین کی سطح کے ضابطے UBALD1 پروٹین کے نیوکلئس اور سائٹوپلازم میں مقامی ہونے کی پیش گوئی کی جاتی ہے۔ جوہری برآمدی سگنل اعتدال سے 79-85 پوزیشنوں پر اور مضبوطی سے 174-177 پوزیشنوں پر واقع ہوتا ہے۔ UBALD1 میں بہت سے پیش گوئی شدہ فاسفوریلیشن اور گلائکوسیلیشن سائٹس ہیں، جن میں S88، S90، S93، اور S96 پر معروف فاسفوریلیشن سائٹس ہیں۔ ارتقاء کی تاریخ آرتھولوگس UBALD1 کے لیے آرتھولوگ کی جگہ بہت بڑی ہے، جس میں اس کے سب سے دور کے آرتھولوگس 694 ملین سال پہلے invertebrates میں مختلف ہوتے ہیں۔ آرتھولوگس میں زیادہ تر ریڑھ کی ہڈی والے جانور شامل ہیں، جیسے کہ ممالیہ جانور، پرندے، رینگنے والے جانور، امفیبیئن، مچھلیاں، نیز کچھ invertebrates، جیسے کہ آرتھروپوڈز، سنیڈریا، مولسک، ایکینوڈرمز، اور نیماٹوڈز۔ فنگی، پودوں یا بیکٹیریا میں کوئی آرتھولوج نہیں ہیں۔ ممالیہ جانوروں، پرندوں اور رینگنے والے جانوروں سمیت قریب سے متعلق آرتھولوگس، رینج 67-92% ترتیب کی مماثلت رکھتے ہیں۔ معتدل طور پر متعلقہ آرتھولوگس، بشمول امفیبیئنز اور مچھلیاں، رینج سیکیونس 55-75% مماثلت۔ دور سے متعلق آرتھولوگس، بشمول invertebrates، رینج 29-50% ترتیب کی مماثلت۔ متوازی انسانی UBALD1 پروٹین میں ایک متوازی، UBALD2 ہوتا ہے، جو ریڑھ کی ہڈی والے جانوروں میں موجود ہوتا ہے لیکن ریڑھ کی ہڈی والے جانوروں میں نہیں۔ وہ ایک جیسی ہیں، ایک 63.1% سیکوئنس شناخت اور 70.9% سیکوئنس مماثلت کے ساتھ۔ UBALD2 پروٹین کی لمبائی 164 امینو ایسڈ، پیش گوئی شدہ آئسو الیکٹرک پوائنٹ 6.78 اور سالماتی وزن 17.7 kDa ہے۔ یو بی اے ایل ڈی 1 کا یو ایل 36 ٹیگمنٹ پروٹین ڈومین جزوی طور پر یو بی اے ایل ڈی 2 پیرالاگ میں محفوظ ہے۔ یو بی اے ایل ڈی 1 میں یک متوازی اظہار ہوتا ہے، جبکہ یو بی اے ایل ڈی 2 میں دو طرفی اظہار ہوتا ہے۔ کنزرویشن ایکسن 1 اور ایکسن 3 کا آغاز (پوزیشنیں 64-79)، سخت اور دور دراز آرتھولوگس کے درمیان انتہائی محفوظ ہیں۔ خاص طور پر، ایکسون 3 (P65، P69، P72، P73، P76) میں پرولین کے باقیات مضبوطی سے محفوظ ہیں۔ تعامل کرنے والے پروٹین UBALD1 کا نیوکلئس میں پائے جانے والے پروٹین MED8 اور سائٹوپلازم میں پائے جانے والے RPL9 کے ساتھ جسمانی تعلق ہے۔ یو بی اے ایل ڈی 1 ای پی آر ایس اور ای ای ایف 1 ای 1 کے ساتھ بھی وابستہ ہے، یہ دونوں امینو ایسیل-ٹی آر این اے سنتھٹیس ملٹی اینزیم کمپلیکس میں تعامل اور ملوث ہونے کے لیے جانے جاتے ہیں۔ کلینیکل اہمیت UBALD1 کینسر کی مختلف اقسام سے وابستہ رہا ہے، اور اس کی شناخت لیمفوما کے مریضوں میں نمایاں طور پر بلند آٹو اینٹی باڈی کے طور پر کی گئی تھی۔ یو بی اے ایل ڈی 1 پروموٹر ریجن کا ہائپومیتھیلیشن سیل سیل چپکنے، بی سیل ایکٹیویشن، اور لیمفوسائٹ ایکٹیویشن سے وابستہ تھا، پلاٹینم پر مبنی کیموتھراپیٹکس کے خلاف بنیادی مزاحمت کی پیش گوئی کے لیے ایک ممکنہ بائیو مارکر ہے۔ UBALD1 ہائپومیتھیلیشن بھی صنفی تضاد سے وابستہ ہے۔ یو بی اے ایل ڈی 1 میں صنفی تصدیق کرنے والے ہارمون تھراپی حاصل کرنے سے پہلے پیدائش کے وقت مرد تفویض کردہ ٹرانس خواتین میں سی پی جی ہائپومیتھیلیشن نمایاں ہے، اس کے مقابلے میں سی آئی ایس مردوں کو پیدائش کے وقت مرد تفویض کیا گیا ہے۔ انسانی کروموسوم پر حوالہ جات جین 16