COPASI
کوپیسی (کمپلیکس پیتھ وے سمیلیٹر) حیاتیاتی عمل کے ریاضیاتی نمونوں جیسے میٹابولک نیٹ ورک، سیل سگنلنگ راستے، ریگولیٹری نیٹ ورک، متعدی بیماریوں اور بہت سے دوسرے کو بنانے اور حل کرنے کے لیے ایک اوپن سورس سافٹ ویئر ایپلی کیشن ہے۔ ہسٹری کوپاسی گیپاسی تخروپن سافٹ ویئر پر مبنی ہے جو 1990 کی دہائی کے اوائل میں پیڈرو مینڈس نے تیار کیا تھا۔ کوپاسی کی ابتدائی ترقی کو ورجینیا بائیو انفارمیٹکس انسٹی ٹیوٹ اور کلاؤس شیرا فاؤنڈیشن نے مالی اعانت فراہم کی تھی۔ موجودہ ترقیاتی کوششوں کو نیشنل انسٹی ٹیوٹ آف ہیلتھ، بی بی ایس آر سی، اور جرمن وزارت تعلیم کی گرانٹ سے تعاون حاصل ہے۔ ڈویلپمنٹ ٹیم COPASI مانچسٹر یونیورسٹی (یوکے)، ہیڈلبرگ یونیورسٹی (جرمنی)، اور ورجینیا بائیو انفارمیٹکس انسٹی ٹیوٹ (یو ایس اے) کے درمیان بین الاقوامی تعاون کا نتیجہ ہے۔ پروجیکٹ کے پرنسپل تفتیش کار پیڈرو مینڈس اور اروسولا کمر ہیں۔ چیف سافٹ ویئر آرکیٹیکٹس اسٹیفن ہوپس اور سوان ساہلے ہیں۔ خصوصیات کوپاسی میں حیاتیاتی عمل کے ماڈلز کی وضاحت کرنے، ان ماڈلز کی تقلید اور تجزیہ کرنے، تجزیاتی رپورٹس تیار کرنے، اور ایس بی ایم ایل فارمیٹ میں درآمد/برآمد ماڈل کی خصوصیات شامل ہیں۔ ماڈل کی تعریف: ماڈلز کی تعریف سالماتی انواع کے درمیان کیمیائی تعاملات کے طور پر کی جاتی ہے۔ ماڈل کی حرکیات کا تعین انفرادی رد عمل سے وابستہ شرح کے قانون سے ہوتا ہے۔ ماڈلز میں ڈبے، واقعات اور دیگر عالمی متغیرات بھی شامل ہو سکتے ہیں جو نظام کی حرکیات کی وضاحت کرنے میں مدد کر سکتے ہیں۔ کام: کام مختلف قسم کے تجزیے ہوتے ہیں جو کسی ماڈل پر انجام دیے جا سکتے ہیں۔ ان میں مستحکم حالت کا تجزیہ، اسٹوچیومیٹرک تجزیہ، وقت کے کورس کی تخروپن کا استعمال کرتے ہوئے تعیناتی اور اسٹوچسٹک تخروپن الگورتھم، میٹابولک کنٹرول تجزیہ، لیاپونوف ایکسپوینٹ کا حساب، وقت کے پیمانے کی علیحدگی، پیرامیٹر اسکین، اصلاح، اور پیرامیٹر کا تخمینہ شامل ہیں۔ درآمد اور برآمد: کوپاسی ایس بی ایم ایل فارمیٹ کے ساتھ ساتھ گیپاسی فارمیٹ میں ماڈل پڑھ سکتا ہے۔ کوپیسی کئی مختلف فارمیٹس میں ماڈل لکھ سکتا ہے جن میں ایس بی ایم ایل، سی پروگرامنگ زبان میں سورس کوڈ، برکلے میڈونا فائلیں، اور ایکس پی پی اے یو ٹی فائلیں شامل ہیں۔ یہ بھی دیکھیں سسٹمز بائیولوجی ماڈلنگ سافٹ ویئر کی فہرست حوالہ جات بیرونی لنکس COPASI ہوم پیج مینڈس گروپ، شعبہ حیاتیاتی عمل کی ماڈلنگ، ہیڈلبرگ یونیورسٹی سسٹمز بائیولوجی عام تفریق مساوات شعبہ کمپیوٹر سائنس، یونیورسٹی آف مانچسٹر سافٹ ویئر آرٹسٹک لائسنس کا استعمال کرتے ہوئے