TRANSFAC
ٹرانسفیک (ٹرانسکرپشن فیکٹر ڈیٹا بیس) یوکرائیوٹک ٹرانسکرپشن عوامل، ان کے جینومک بائنڈنگ سائٹس اور ڈی این اے بائنڈنگ پروفائلز کا دستی طور پر تیار کردہ ڈیٹا بیس ہے۔ ڈیٹا بیس کے مندرجات کو ممکنہ ٹرانسکرپشن فیکٹر بائنڈنگ سائٹس کی پیش گوئی کے لیے استعمال کیا جا سکتا ہے۔ تعارف ڈیٹا بیس کی ابتدا 1988 میں شائع ہونے والا ابتدائی ڈیٹا کلیکشن تھا۔ پہلا ورژن جو ٹرانسفیک کے نام سے جاری کیا گیا تھا وہ سابق جرمن نیشنل ریسرچ سینٹر فار بائیوٹیکنالوجی میں تیار کیا گیا تھا اور مقامی تنصیب کے لیے ڈیزائن کیا گیا تھا (اب: ہیلم ہولٹز سینٹر فار انفیکشن ریسرچ)۔ 1993 میں شروع کیے گئے پہلے عوامی طور پر مالی اعانت سے چلنے والے بائیو انفارمیٹکس منصوبوں میں سے ایک میں، ٹرانسفیک ایک ایسے وسائل کے طور پر تیار ہوا جو انٹرنیٹ پر دستیاب ہوا۔ 1997 میں، ڈیٹا بیس کی طویل مدتی مالی اعانت کو محفوظ بنانے کے لیے، ٹرانسفیک کو ایک نئی قائم کردہ کمپنی، بائیو بیس میں منتقل کر دیا گیا۔ تب سے، تازہ ترین ورژن کو لائسنس یافتہ ہونا پڑتا ہے، جبکہ پرانے ورژن غیر تجارتی صارفین کے لیے مفت ہوتے ہیں۔ جولائی 2016 سے، ٹرانسفیک کو جین ایکسپلین جی ایم بی ایچ، وولفن بٹیل، جرمنی کے ذریعے برقرار اور تقسیم کیا جاتا ہے۔ مواد اور خصوصیات ڈیٹا بیس کا مواد اس طرح سے منظم کیا جاتا ہے کہ یہ نقل و حمل کے عوامل (ٹی ایف) اور ان کے ڈی این اے بائنڈنگ سائٹس (ٹی ایف بی ایس) کے درمیان تعامل کے ارد گرد مرکوز ہو۔ ٹی ایف کو ان کی ساختی اور فعال خصوصیات کے حوالے سے بیان کیا گیا ہے، جو اصل سائنسی ادب سے اخذ کیے گئے ہیں۔ ان کی درجہ بندی خاندانوں، کلاسوں اور سپر کلاسوں میں ان کے ڈی این اے بائنڈنگ ڈومینز کی خصوصیات کے مطابق کی جاتی ہے۔ کسی جینومک سائٹ پر ٹی ایف کے بائنڈنگ کو سائٹ کی لوکلائزیشن، اس کی ترتیب اور لاگو تجرباتی طریقہ کار کی وضاحت کرکے دستاویز کیا جاتا ہے۔ وہ تمام سائٹیں جو ایک ٹی ایف، یا قریب سے متعلق ٹی ایف کے گروپ کا حوالہ دیتی ہیں، صف بندی کی جاتی ہیں اور پوزیشن مخصوص اسکورنگ میٹرکس (پی ایس ایس ایم)، یا کاؤنٹ میٹرکس کی تعمیر کے لیے استعمال ہوتی ہیں۔ ٹرانسفیک میٹرکس لائبریری کے بہت سے میٹرکس کیوریٹرز کی ایک ٹیم نے بنائے ہیں، دیگر سائنسی اشاعتوں سے لیے گئے تھے۔ TRANSFAC ڈیٹا بیس کو یوکرائیوٹک ٹرانسکرپشن عوامل کے انسائیکلوپیڈیا کے طور پر استعمال کیا جا سکتا ہے۔ ٹارگٹ سیکوینس اور ریگولیٹڈ جینز کو ہر ٹی ایف کے لیے درج کیا جا سکتا ہے، جسے ٹی ایف بی ایس ریکگنیشن ٹولز کے لیے معیار کے طور پر یا نئے ٹرانسکرپشن فیکٹر بائنڈنگ سائٹس (ٹی ایف بی ایس) ریکگنیشن الگورتھم کے لیے ٹریننگ سیٹ کے طور پر استعمال کیا جا سکتا ہے۔ ٹی ایف کی درجہ بندی ڈی این اے بائنڈنگ ڈومینز کی خصوصیات کے حوالے سے اس طرح کے ڈیٹا سیٹوں کا تجزیہ کرنے کے قابل بناتی ہے۔ ایک اور ایپلی کیشن ان تمام ٹی ایف کو بازیافت کرنا ہے جو کسی دیئے گئے (سیٹ) جین (ز) کو منظم کرتے ہیں۔ سسٹمز-بائیولوجیکل اسٹڈیز کے تناظر میں، ٹرانسفیک میں دستاویزی TF-ٹارگیٹ جین تعلقات کو ٹرانسکرپشن ریگولیٹری نیٹ ورک کی تعمیر اور تجزیہ کے لیے استعمال کیا گیا۔ ممکنہ ٹی ایف بی ایس کی کمپیوٹیشنل پیشن گوئی اب تک ٹرانسفیک کا سب سے زیادہ استعمال ہے۔ متعدد الگورتھم موجود ہیں جو یا تو انفرادی بائنڈنگ سائٹس یا اس مقصد کے لیے میٹرکس لائبریری کا استعمال کرتے ہیں: پیچ-ٹرانسفیک میں دستاویزی بائنڈنگ سائٹس کے ساتھ ترتیب کی مماثلت کا تجزیہ کرتا ہے ؛ یہ ڈیٹا بیس کے ساتھ فراہم کیا جاتا ہے۔ SiteSeer-TRANSFAC میں دستاویزی بائنڈنگ سائٹس کے ساتھ ترتیب کی مماثلت کا تجزیہ کرتا ہے۔ میچ-میٹرکس لائبریری کا استعمال کرتے ہوئے ممکنہ ٹی ایف بی ایس کی شناخت کرتا ہے ؛ یہ ڈیٹا بیس کے ساتھ فراہم کیا جاتا ہے۔ ٹی ای ایس ایس (ٹرانسکرپشن ایلیمنٹ سرچ سسٹم)-ٹرانسفیک کی بائنڈنگ سائٹس کے ساتھ ساتھ ٹرانسفیک کی میٹرکس لائبریریوں اور تین دیگر ذرائع کا استعمال کرتے ہوئے ممکنہ بائنڈنگ سائٹس کے ساتھ ترتیب کی مماثلت کا تجزیہ کرتا ہے۔ ٹی ای ایس ایس سی آئی ایس-ریگولیٹری ماڈیولز (سی آر ایم، ٹی ایف بی ایس کے خصوصیت کے امتزاج) کی شناخت کے لیے ایک پروگرام بھی فراہم کرتا ہے، جو ٹرانسفیک میٹرکس کا استعمال کرتا ہے۔ پرومو-تجارتی ڈیٹا بیس ورژن ٹی ایف ایم ایکسپلورر کی مدد سے ٹی ایف بی ایس کی میٹرکس پر مبنی پیشن گوئی-جینوں کے ایک سیٹ میں عام ممکنہ ٹی ایف بی ایس کی شناخت موٹیف موگل-متعدد مختلف الگورتھم کے ساتھ میٹرکس پر مبنی ترتیب کا تجزیہ کونٹرا-محفوظ پروموٹر علاقوں میں میٹرکس پر مبنی ترتیب کا تجزیہ پی ایم ایس (پولی میٹرکس سرچ)-محفوظ پروموٹر علاقوں میں میٹرکس پر مبنی ترتیب کا تجزیہ ٹرانسفیک اور دیگر ذرائع کی میٹرکس لائبریری کے ساتھ میٹرکس کا موازنہ: ٹرانسفیک یا دیگر لائبریریوں کے ساتھ انفرادی یا میٹرکس کے گروپوں کا موازنہ کرنے کے لیے ٹی-ریگ موازنہ۔ MACO (پولی میٹرکس سرچ)-میٹرکس لائبریریوں کے ساتھ میٹرکس کا موازنہ۔ متعدد سرور TRANSFAC کی مدد سے شمار شدہ جینومک تشریحات فراہم کرتے ہیں۔ دوسروں نے ہدف جین سیٹوں کا اندازہ لگانے کے لیے اس طرح کے تجزیے کا استعمال کیا ہے۔ ٹرانسکرپشن فیکٹر بائنڈنگ سائٹ ڈیٹا بیس بھی دیکھیں حوالہ جات بیرونی لنکس ایڈگر ونگینڈر ٹرانسکرپشن فیکٹرز جینیٹکس ڈیٹا بیس کے ہوم پیج پر ٹرانسفیک ڈیٹا بیس کی تاریخ