P-site
پی سائٹ (پیپٹائڈائل کے لیے) رائبوسوم میں ٹی آر این اے کے لیے دوسری بائنڈنگ سائٹ ہے۔ دیگر دو سائٹس اے سائٹ (امینو ایسیل) ہیں، جو رائبوسوم میں پہلی بائنڈنگ سائٹ ہے، اور ای سائٹ (ایگزٹ)، تیسری ہے۔ پروٹین کے ترجمہ کے دوران، پی-سائٹ میں ٹی آر این اے ہوتا ہے جو بڑھتی ہوئی پولی پیپٹائڈ زنجیر سے منسلک ہوتا ہے۔ جب ایک سٹاپ کوڈن تک پہنچ جاتا ہے، تو پی-سائٹ میں واقع ٹی آر این اے کے پیپٹائڈائل-ٹی آر این اے بانڈ کو الگ کر کے نئے ترکیب شدہ پروٹین کو جاری کیا جاتا ہے۔ طول و عرض کے مرحلے کے منتقلی کے مرحلے کے دوران، ایم آر این اے کو ایک کوڈن کے ذریعے آگے بڑھایا جاتا ہے، جو رائبوسومل اے سے پی اور پی سے ای سائٹس تک ٹی آر این اے کی نقل و حرکت کے ساتھ مل کر، طول و عرض کے عنصر ای ایف-جی کے ذریعے اتپریرک ہوتا ہے۔ جائزہ رائبوسومل پی-سائٹ ترجمہ کے تمام مراحل میں اہم کردار ادا کرتی ہے۔ ابتدا میں پی-سائٹ میں ابتدائی ٹی آر این اے کے ذریعے اسٹارٹ کوڈن (اے یو جی) کی شناخت شامل ہے، لمبائی میں پی سائٹ کے ذریعے بہت سے لمبا ٹی آر این اے کا گزر شامل ہے، خاتمے میں پی-سائٹ سے منسلک ٹی آر این اے سے بالغ پولی پیپٹائڈ کا ہائیڈرولائسس شامل ہے، اور رائبوسوم ری سائیکلنگ میں ڈیسیلیٹڈ ٹی آر این اے کی رہائی شامل ہے۔ ایم آر این اے کی موجودگی میں پی-سائٹ سے ٹی آر این اے کو جوڑنا کوڈن-اینٹیکوڈن تعامل کو قائم کرتا ہے، اور یہ تعامل ٹی آر این اے سے چھوٹے ذیلی یونٹ رائبوسوم (30 ایس) رابطوں کے لیے اہم ہے۔ کلاسیکی دو ریاستی ماڈل تجویز کرتا ہے کہ رائبوسوم میں ٹی آر این اے، پی سائٹ اور اے سائٹ کے لیے دو بائنڈنگ سائٹس شامل ہیں۔ اے سائٹ آنے والے امینو ایسیل-ٹی آر این اے سے منسلک ہوتی ہے جس میں اے سائٹ میں پیش کردہ ایم آر این اے میں متعلقہ کوڈن کے لیے اینٹی کوڈن ہوتا ہے۔ بڑھتی ہوئی پولی پیپٹائڈ زنجیر کے سی-ٹرمینل کاربونل گروپ (پی-سائٹ باؤنڈ ٹی آر این اے سے منسلک) اور امینو ایسیل-ٹی آر این اے (اے-سائٹ باؤنڈ) کے امینو گروپ کے درمیان پیپٹائڈ کی تشکیل کے بعد، پولی پیپٹائڈ سلسلہ پھر اے-سائٹ میں ٹی آر این اے سے منسلک ہوتا ہے۔ ڈیسیلیٹڈ ٹی آر این اے پی سائٹ میں رہتا ہے اور پیپٹائڈیل-ٹی آر این اے کو پی سائٹ پر منتقل کرنے کے بعد جاری کیا جاتا ہے۔ سائیکل کو مکمل کرنے کے لیے اے سائٹ سے پی سائٹ پر پیپٹائڈائل-ٹی آر این اے کی منتقلی کیسے حاصل کی جاتی ہے؟ یہ تجویز کیا گیا تھا کہ یہ ایک دوسرے کے حوالے سے دو رائبوسومل ذیلی اکائیوں کی حرکت کے ذریعے دو مراحل میں کیا جاتا ہے، ایک انٹرمیڈیٹ ہائبرڈ ڈھانچے کی تشکیل کے ساتھ: ایک ذیلی اکائی کی اے سائٹ دوسری ذیلی اکائی کی پی سائٹ کے ساتھ۔ یہ کسی بڑی چیز کو حرکت دینے کے مترادف ہے: آپ پہلے ایک سرے کو حرکت دیتے ہیں، پھر دوسرے سرے کو۔ کیمیائی ترمیم کے تجربات نے اس ہائبرڈ ماڈل کا ثبوت فراہم کیا، جس میں ٹی آر این اے طول و عرض کے مرحلے (پری ٹرانسلوکیشن مرحلہ) کے دوران بائنڈنگ کی ہائبرڈ حالت کا نمونہ لے سکتے ہیں۔ بائنڈنگ کی ان ہائبرڈ حالتوں میں، ٹی آر این اے کے قبول کنندہ اور اینٹی کوڈن سرے مختلف مقامات (اے، پی اور ای) میں ہوتے ہیں۔ کیمیائی جانچ کے طریقوں کا استعمال کرتے ہوئے، رائبوسومل آر این اے میں فائیلوجنیٹک طور پر محفوظ اڈوں کا ایک مجموعہ جہاں ٹی آر این اے باندھتا ہے اس کی جانچ کی گئی ہے، اور تجویز کیا گیا ہے کہ وہ پروکیریوٹک رائبوسوم سے ٹی آر این اے کے پابند ہونے میں براہ راست ملوث ہے۔ آر آر این اے میں اس طرح کے سائٹ کے مخصوص محفوظ اڈوں کے ارتباط اور اے، پی اور ای سائٹوں کے قبضے نے ان اڈوں کی تشخیصی جانچ کو ٹرانسلیشنل سائیکل کی کسی بھی حالت میں ٹی آر این اے کے مقام کا مطالعہ کرنے کی اجازت دی ہے۔ مصنفین نے ایک ہائبرڈ ماڈل کی تجویز پیش کی جس میں 50S ذیلی یونٹ کے E اور P سائٹس کے لیے غیر فعال tRNA اور پیپٹائڈ tRNA کی اعلی وابستگی، تھرموڈینامک طور پر P/P سے P/E اور A/A سے A/P منتقلی کی حمایت کرتی ہے، جن کا مزید کرائیو-EM تجربات کے ذریعے مظاہرہ کیا گیا۔ نیز، واحد مالیکیول ایف آر ای ٹی مطالعات نے ٹی آر این اے کی پوزیشنوں میں اتار چڑھاؤ کا پتہ لگایا ہے، جس سے یہ نتیجہ اخذ کیا گیا ہے کہ ٹی آر این اے کی کلاسیکی (اے/اے-پی/پی) اور ہائبرڈ ریاستیں (اے/پی-پی/ای) یقینی طور پر متحرک توازن میں ہیں۔ پیپٹائڈ بانڈ کی تشکیل سے پہلے، ایک امینو ایسیل-ٹی آر این اے اے سائٹ میں پابند ہوتا ہے، ایک پیپٹائڈیل-ٹی آر این اے پی سائٹ میں پابند ہوتا ہے، اور ایک ڈیسیلیٹڈ ٹی آر این اے (رائبوسوم سے باہر نکلنے کے لیے تیار) ای سائٹ سے منسلک ہوتا ہے۔ ترجمہ ٹی آر این اے کو اے-سائٹ سے پی-اور ای-سائٹس کے ذریعے منتقل کرتا ہے، سوائے ابتدائی ٹی آر این اے کے، جو براہ راست پی-سائٹ سے جڑا ہوتا ہے۔ حالیہ تجربات میں بتایا گیا ہے کہ پروٹین کا ترجمہ بھی اے سائٹ سے شروع کیا جا سکتا ہے۔ ٹو پرنٹنگ جانچ کا استعمال کرتے ہوئے، یہ دکھایا گیا ہے کہ پروٹین کی ترکیب کرکٹ فالج وائرس (سی آر پی وی) میں رائبوسوم (یوکیریوٹک) کی اے سائٹ سے شروع ہوتی ہے۔ آئی جی آر-آئی آر ای ایس (انٹراجینک ریجنز-اندرونی رائبوسوم انٹری سائٹس) ای آئی ایف 2، میٹ-ٹی آر این اے آئی، یا جی ٹی پی ہائیڈرولیسس کی عدم موجودگی میں اور رائبوسومل پی سائٹ میں کوڈنگ ٹرپلٹ کے بغیر 40 ایس اور 60 ایس رائبوسومل ذیلی اکائیوں سے 80 ایس رائبوسوم جمع کر سکتے ہیں۔ مصنفین نے یہ بھی دکھایا کہ آئی جی آر-آئی آر ای ایس ایک ایسے پروٹین کا براہ راست ترجمہ کر سکتا ہے جس کا این-ٹرمینل باقیات میتھیونائن نہیں ہے۔ ساخت ٹی۔ تھرموفیلس 70 ایس رائبوسوم کی مکمل تین جہتی ساخت کا تعین ایکس رے کرسٹلگرافی کا استعمال کرتے ہوئے کیا گیا تھا، جس میں ایم آر این اے اور ٹی آر این اے 5.5 Å ریزولوشن پر پی اور ای سائٹس اور 7 Å ریزولوشن پر اے سائٹ سے منسلک ہوتے ہیں۔ مصنفین نے پایا کہ رائبوسوم کی تینوں ٹی آر این اے بائنڈنگ سائٹس (اے، پی، اور ای) اپنے ڈھانچے کے عالمی طور پر محفوظ حصوں پر تینوں متعلقہ ٹی آر این اے سے رابطہ کرتی ہیں۔ یہ رائبوسوم کو مختلف ٹی آر این اے پرجاتیوں کو بالکل اسی طرح باندھنے کی اجازت دیتا ہے۔ پروٹین کی ترکیب کے ٹرانسلوکیشن مرحلے میں ٹی آر این اے کے ذریعہ 20 Å یا اس سے زیادہ کی نقل و حرکت کی ضرورت ہوتی ہے، کیونکہ وہ اے سے پی سے ای سائٹس پر منتقل ہوتے ہیں جو ٹی آر این اے کو نشانہ بنانے والی اینٹی بائیوٹکس آکسازولیڈائنز (مثال کے طور پر۔ لائنزولیڈ) پی-سائٹ پر ابتدائی ٹی آر این اے کے پابند ہونے کو روکتا ہے۔ آکسازولیڈائنز کا مظاہرہ کیا گیا ہے کہ وہ ابتدائی-ٹی آر این اے بائنڈنگ، ای ایف-پی (لانگشن فیکٹر پی)-پیپٹائڈ بانڈز کی متحرک ترکیب، اور پی-سائٹ میں ابتدائی-ٹی آر این اے کی ای ایف-جی-ثالثی منتقلی کو پلیوٹروپک طور پر متاثر کرتی ہیں۔ اینٹی بائیوٹکس کی میکرولائڈ، لنکوسمائڈ اور سٹریپٹوگرامین کلاسیں پیپٹائڈ بانڈ کی تشکیل اور/یا رائبوسوم پر اے سائٹ سے پی سائٹ پر ٹی آر این اے کی منتقلی کو روکتی ہیں جو بالآخر لمبائی کے مرحلے میں مداخلت کا باعث بنتی ہے اور اس طرح پروٹین کے ترجمہ کی روک تھام ہوتی ہے۔ حوالہ جات ربوسومل آر این اے