HITS-CLIP
کراس لنکنگ امیونو پریسیپیٹیشن (ایچ آئی ٹی ایس-سی ایل آئی پی) کے ذریعے الگ تھلگ آر این اے کی ہائی تھرو پٹ سیکوینسنگ ویو میں جینوم وسیع میپنگ پروٹین-آر این اے بائنڈنگ سائٹس یا آر این اے ترمیم سائٹس کے لیے سی ایل آئی پی کی ایک قسم ہے۔ ایچ آئی ٹی ایس-سی ایل آئی پی کو اصل میں نیوران مخصوص آر این اے بائنڈنگ پروٹین اور اسپلیسنگ فیکٹر نووا 1 اور نووا 2 کے لیے جینوم وسیع پروٹین-آر این اے تعامل کے نقشے تیار کرنے کے لیے استعمال کیا گیا تھا۔ اس کے بعد سے کئی دوسرے اسپلیسنگ فیکٹر نقشے تیار کیے گئے ہیں، جن میں پی ٹی بی، آر بی فاکس 2، ایس ایف آر ایس 1، ایچ این آر این پی سی، اور یہاں تک کہ این 6-میتھائلاڈینوسین (ایم 6 اے) ایم آر این اے تبدیلیاں بھی شامل ہیں۔ آر این اے بائنڈنگ پروٹین آرگوناؤٹ کا ایچ آئی ٹی ایس-سی ایل آئی پی ماؤس کے دماغ میں مائیکرو آر این اے-ایم آر این اے اور پروٹین-آر این اے تعامل کے نقشوں کو ڈی کوڈ کرکے مائیکرو آر این اے کے اہداف کی شناخت کے لیے انجام دیا گیا ہے، اور اس کے بعد کینورابڈائٹس ایلیگنس، ایمبریونک اسٹیم سیلز اور ٹشو کلچر سیلز میں۔ ایچ آئی ٹی ایس-سی ایل آئی پی کی ایک نئی ترمیم کے طور پر، ایم 6 اے-سی ایل آئی پی کو یو وی کراس لنکنگ ایم 6 اے اینٹی باڈی کے ذریعے ہدف آر این اے میں ایم آر این اے میں این 6-میتھیلاڈینوسین (ایم 6 اے) کے مقامات کا درست نقشہ بنانے کے لیے تیار کیا گیا تھا۔ حال ہی میں، آرگونائٹ ایچ آئی ٹی ایس-سی ایل آئی پی پر لاگو بہتر بائیو انفارمیٹکس سنگل نیوکلیوٹائڈ ریزولوشن کے ساتھ بائنڈنگ سائٹس کی شناخت کے قابل بناتا ہے۔ ٹشو کلچر خلیوں میں سیلولر آر این اے بائنڈنگ پروٹینز (آر بی پیز) اور مائیکرو آر این اے پر مشتمل ربنیوکلیوپروٹین کمپلیکسز (ایم آئی آر این پیز) کے بائنڈنگ سائٹس کی شناخت کے لیے اسی طرح کے طریقے پی اے آر-سی ایل آئی پی۔ آئی سی ایل آئی پی، سی ڈی این اے لائبریری کی مکمل توسیع کے لیے، بشمول کٹے ہوئے سی ڈی این اے، اس طرح کراس لنک سائٹس کی شناخت کے لیے ایک اضافی ذرائع کو بھی فعال کرتا ہے۔ حوالہ جات بیرونی روابط CLIPSim -MC: CLIPSim -MC ایک ایسا ٹول ہے جو مونٹی کارلو پر مبنی نقطہ نظر کا استعمال کرتے ہوئے miRNA/MRE جوڑی تلاش کرنے کے لیے CLIP-SEQ ڈیٹا کا استعمال کرتا ہے۔ اسٹار بیس ڈیٹا بیس: مائی آر این اے-ایم آر این اے، مائی آر این اے-ایل این سی آر این اے، مائی آر این اے-ایس این سی آر این اے، مائی آر این اے-سرکر آر این اے، مائی آر این اے-سیوڈوجین، پروٹین-ایل این سی آر این اے، پروٹین-آر این اے تعاملات اور ایچ آئی ٹی ایس-سی ایل آئی پی (سی ایل آئی پی-سیک، پی اے آر-سی ایل آئی پی، آئی سی ایل آئی پی، کلاش) ڈیٹا، اور ٹارگیٹ اسکین، پکٹر، آر این اے 22، مائی رینڈا اور پی آئی ٹی اے مائیکرو آر این اے ٹارگٹ سائٹس سے سی ای آر این اے نیٹ ورکس کی تلاش کے لیے ایک ڈیٹا بیس۔ کلپز: مختصر آر این اے کا تجزیہ کرنے کے لیے ایک پائپ لائن ایچ آئی ٹی ایس-سی ایل آئی پی تجربات سے پڑھتی ہے۔ ڈی سی ایل آئی پی: ڈی سی ایل آئی پی دو تقابلی سی ایل آئی پی-سیک (ایچ آئی ٹی ایس-سی ایل آئی پی، پی اے آر-سی ایل آئی پی یا آئی سی ایل آئی پی) تجربات میں تفریقی بائنڈنگ علاقوں کو دریافت کرنے کے لیے ایک پرل پروگرام ہے۔ آر این اے مالیکیولر جینیٹکس مائیکرو آر این اے