Agmatidine
اگمیٹیڈائن (2-اگمیٹینیلسیٹیڈائن، علامت C + یا Agm2C) ایک ترمیم شدہ سائٹیڈائن ہے جو کئی آرکیئل AUA ڈیکوڈنگ tRNAs کے اینٹی کوڈن کی ہلکی پوزیشن میں موجود ہے۔ اگمیٹیڈائن بہت سے آرکیا میں اے یو اے کوڈن کی درست ڈیکوڈنگ کے لیے ضروری ہے اور آئسولیسین کے ساتھ ٹی آر این اے آئی ایل 2 کے امینواسیلیشن کے لیے ضروری ہے۔ تعارف جینیاتی کوڈ بیان کرتا ہے کہ کس طرح ایم آر این اے پر ٹرپلٹ کوڈن کو مخصوص ٹی آر این اے مالیکیولز کے ذریعے پروٹین کے سلسلے میں ترجمہ کیا جاتا ہے جو کوڈنز کے ساتھ بیس پیئر کر سکتے ہیں۔ جینیاتی کوڈ کی درست ڈیکوڈنگ تمام حیاتیات کی طویل مدتی بقا کے لیے ایک بنیادی شرط ہے۔ اینٹی کوڈن کی نوعیت ہائیڈروجن بانڈنگ کی خاصیت کا فیصلہ کرتی ہے اور اس لیے ٹی آر این اے کے ذریعے ڈیکوڈنگ کی درستگی کا فیصلہ کرتی ہے۔ آج تک، نقل کے بعد کی مختلف ترامیم دریافت کی گئی ہیں جو ٹی آر این اے کو ہائیڈروجن بانڈنگ کی صلاحیتوں کے ذخیرے کو بڑھانے میں مدد کرتی ہیں۔ یہ تبدیلیاں عام طور پر اینٹی کوڈن (پوزیشن 34 یا ووبل بیس پوزیشن) پر پہلے بیس پر ہوتی ہیں جو کوڈن پر تیسرے بیس کے ساتھ بیس جوڑے ہوتے ہیں اور ٹی آر این اے کے ذریعہ کوڈن کی مخصوص شناخت میں اہم ہوتے ہیں۔ کرک کے ووبل قوانین تجویز کرتے ہیں کہ کس طرح ٹی آر این اے کا ایک محدود سیٹ ووبل بیس جوڑی کے استعمال سے کوڈن کے وسیع تر سیٹ کو ڈی کوڈ کر سکتا ہے۔ یہ اصول یہ بتانے میں کامیاب رہے ہیں کہ کس طرح زیادہ تر جینیاتی کوڈ کا خاص طور پر محدود تعداد میں ٹی آر این اے کے ذریعے ترجمہ کیا جاتا ہے۔ مثال کے طور پر، پہلی اینٹی کوڈن پوزیشن میں جی کے ساتھ ایک واحد فینائلالینائن ٹی آر این اے یو یا سی کے ساتھ بیس جوڑی بنا سکتا ہے (اس طرح یو یو یو اور یو یو سی کو ڈی کوڈ کر سکتا ہے) اور اینٹی کوڈن میں ترمیم شدہ یو (2-تھیو یو) کے ساتھ ایک واحد لیوسین ٹی آر این اے اے یا جی کے ساتھ بیس جوڑی بنا سکتا ہے (اس طرح یو یو اے اور یو یو جی کو ڈی کوڈ کر سکتا ہے)۔ اے یو اے ڈیکوڈنگ کا طریقہ کار اے یو یو، اے یو سی، اے یو اے (آئسولیسین کے لیے تمام کوڈنگ) اور اے یو جی (میتھیونائن کے لیے کوڈنگ) پر مشتمل باکس میں ڈیکوڈنگ کا طریقہ کار طویل عرصے سے سائنسدانوں کے لیے ایک پہیلی بنا ہوا ہے۔ اے یو یو اور اے یو سی کو ایک واحد آئسولیسین ٹی آر این اے (ٹی آر این اے آئی ایل 1) کے ذریعے ڈی کوڈ کیا جاتا ہے جس میں اینٹی کوڈن میں جی ہوتا ہے جبکہ اے یو اے کو ایک علیحدہ ٹی آر این اے (ٹی آر این اے آئی ایل 2) کے ذریعے ڈی کوڈ کیا جاتا ہے۔ اے یو جی کو ڈی کوڈ کیے بغیر دوسرا آئسولیسین ٹی آر این اے کس طرح اے یو اے کو ڈی کوڈ کرتا ہے، یہ برسوں سے بہت دلچسپی کا موضوع رہا ہے۔ حیاتیات کی مختلف کلاسیں اے یو اے ڈیکوڈنگ کے مسئلے کو مختلف طریقے سے حل کرتی ہیں۔ مثال کے طور پر، یوکرائٹس میں، ایک ٹی آر این اے جس میں انوسین پوزیشن 34 (آئی اے یو اینٹی کوڈن) پر ہوتا ہے، تینوں آئسولیسین کوڈن کو ڈی کوڈ کر سکتا ہے، جبکہ ایک ٹی آر این اے جس میں اینٹی کوڈن (siAsi) اینٹی کوڈن میں سیوڈورائڈائن ہوتا ہے، خاص طور پر اے یو اے کوڈن کو پڑھ سکتا ہے۔ یوبیکٹیریا میں، اینٹی کوڈن (ایل اے یو) میں لائسیڈین رکھنے والا ٹی آر این اے خاص طور پر اے یو اے کو ڈی کوڈ کر سکتا ہے، لیکن اے یو جی کو نہیں۔ تاہم، آرکیا جس طریقہ کار کے ذریعے اے یو اے ڈیکوڈنگ کے مسئلے کو حل کرتا ہے وہ 2010 کے اوائل تک معلوم نہیں تھا، جب دو گروپوں نے بیک وقت رپورٹس شائع کیں کہ آرکیئل ٹی آر این اے آئی ایل 2 میں پوزیشن 34 پر ایک ترمیم شدہ سائٹیڈائن موجود ہے، جسے اگمیٹیڈائن کا نام دیا گیا تھا۔ ساخت اور حیاتیاتی ترکیب اگمیٹیڈائن لائسیڈائن سے ملتا جلتا ہے جس میں سائٹیڈائن کے C2-آکسو گروپ کو لائسیڈائن کے معاملے میں لائسین کے بجائے امینوگونائڈائن اگمیٹائن سے تبدیل کیا جاتا ہے۔ یہ ترمیم انزائم tRNAIle2 2-اگمیٹینیلسیٹیڈائن سنتھٹیس کے ذریعے کی جاتی ہے، جو بہت سے آرکیئل ممبروں میں موجود جین ٹیاس کی پیداوار ہے۔ ٹیاس کے ذریعہ سائٹیڈائن کے سی 2-آکسو گروپ سے اگمیٹائن کے منسلک ہونے سے سیل میں اگمیٹائڈائن پیدا ہوتا ہے۔ اگمیٹائن بدلے میں ارجنائن (تمام خلیوں میں موجود ایک امینو ایسڈ) کا ایک ڈیکاربکسایلیشن پروڈکٹ ہے۔ اگمیٹیڈائن کی تشکیل تین مراحل والے طریقہ کار کے ذریعے ہوتی ہے۔ پہلے مرحلے میں، ٹیاس اے ایم پی اور پی پی آئی تیار کرنے کے لیے اے ٹی پی کے α-β فاسفوڈیسٹر بانڈ کو ہائیڈرولائز کرتا ہے۔ دوسرے مرحلے میں، C34 کا C2 کاربونل آکسیجن γ-فاسفورس ایٹم پر حملہ کر کے p-C34 انٹرمیڈیٹ بناتا ہے، جس سے β-Pi خارج ہوتا ہے۔ یہ لائسیڈین کی تشکیل کے طریقہ کار کے برعکس ہے جہاں C2-آکسو گروپ فاسفوریلیشن کے بجائے اڈینایلیشن کے ذریعے متحرک ہوتا ہے۔ تیسرے مرحلے میں، اگمیٹائن کا بنیادی امینو گروپ پی-سی 34 انٹرمیڈیٹ کے سی 2 کاربن پر γ-پائی جاری کرنے اور اے جی ایم 2 سی بنانے کے لیے حملہ کرتا ہے۔ ٹیاس اپنے تھر 18 کو اے ٹی پی کے γ-فاسفیٹ کے ساتھ آٹو فاسفوریلیٹ بھی کرتا ہے، جو اے ایم پی اور β-پائی کو جاری کرتا ہے۔ یہ اے جی ایم 2 سی کی تشکیل کے لیے اہم سمجھا جاتا ہے حالانکہ اس کا صحیح کردار واضح نہیں ہے۔ فزیولوجی C34 کے C2 کاربن پر ایگمیٹائن موئٹی کا امتزاج C34 کے ٹاٹومیرک تبادلے کو جنم دیتا ہے جو اس کے ہائیڈروجن بانڈنگ پیٹرن کو تبدیل کرتا ہے، جس سے اسے گوانوسین کے بجائے اڈینوسین کے ساتھ جوڑنے کے قابل بناتا ہے۔ ترمیم اے یو اے کوڈنز کی ڈیکوڈنگ کے لیے ضروری ہے اور ترمیم کے بغیر ایک ٹی آر این اے آئسولیسین کے ساتھ امینواسیلیٹڈ نہیں ہے۔ مزید برآں، یہ دکھایا گیا ہے کہ اگمیٹین تھرموکوکس کوڈاکارینسس کی عملداری کے لیے ایک ضروری میٹابولائٹ ہے۔ فی الحال ترتیب شدہ تمام یوریارکیئل اور کرینارکیئل جینومز میں صرف ایک اینوٹیٹڈ آئسولیسین ٹی آر این اے اور سی اے یو اینٹی کوڈن (میتھیونائن ٹی آر این اے کے طور پر اینوٹیٹڈ) کے ساتھ تین ٹی آر این اے ہوتے ہیں۔ لہذا، اس بات کا بہت امکان ہے کہ نینو آرکیا اور کورارکیا کے تمام اراکین منتخب طور پر اے یو اے کوڈن کو پڑھنے کے لیے اگمیٹائڈائن ترمیم کا استعمال کریں۔ تاہم، اس وقت نینو آرکیا اور کورارکیا سے ترتیب شدہ جینومز میں دو آئسولیسین ٹی آر این اے ہوتے ہیں، جن میں سے ایک میں یو اے یو اینٹی کوڈن ہوتا ہے (جو شاید ویو میں سائیلاسی میں تبدیل ہوتا ہے)۔ لہذا، یہ خیال کیا جاتا ہے کہ آرکیا کی یہ کلاسیں اے یو اے ڈیکوڈنگ کے مسئلے کو حل کرنے کے لیے یوکیریوٹ جیسی حکمت عملی پر عمل کرتی ہیں۔ حوالہ جات نیوکلیوسائڈز گوانیڈائنز ہائیڈروکسیمیتھائل مرکبات