RaptorX
ریپٹر ایکس پروٹین کی ساخت اور فنکشن کی پیش گوئی کے لیے ایک سافٹ ویئر اور ویب سرور ہے جو غیر تجارتی استعمال کے لیے مفت ہے۔ ریپٹر ایکس پروٹین کی ساخت کی پیشن گوئی کے لیے سب سے زیادہ مقبول طریقوں میں سے ایک ہے۔ دیگر ریموٹ ہومیولوجی ریکگنیشن/پروٹین تھریڈنگ تکنیکوں کی طرح، ریپٹر ایکس باقاعدگی سے قابل اعتماد پروٹین ماڈل تیار کرنے کے قابل ہے جب کہ بڑے پیمانے پر استعمال ہونے والا پی ایس آئی-بلاسٹ نہیں کر سکتا۔ تاہم، ریپٹر ایکس ان پروفائل پر مبنی طریقوں (مثال کے طور پر، ایچ ایچ پی ریڈ اور فائیری 2) سے بھی نمایاں طور پر مختلف ہے جس میں ریپٹر ایکس ساخت کی معلومات کا استحصال کرکے بڑی تعداد میں سیکوینس ہومولوگس کے بغیر پروٹین کے سیکوینس کی ماڈلنگ میں مہارت حاصل کرتا ہے۔ ریپٹر ایکس سرور کو پروٹین ڈھانچے کی پیش گوئی کے طریقوں میں غیر ماہر صارفین کے لیے صارف دوست انٹرفیس کو یقینی بنانے کے لیے ڈیزائن کیا گیا ہے۔ ریپٹر ایکس پروجیکٹ 2008 میں شروع کیا گیا تھا اور ریپٹر ایکس سرور کو 2011 میں عوام کے لیے جاری کیا گیا تھا۔ معیاری استعمال ریپٹر ایکس جمع کرانے کے فارم میں پروٹین کی ترتیب چسپاں کرنے کے بعد، صارف عام طور پر پیش گوئی کو مکمل کرنے کے لیے چند گھنٹے (ترتیب کی لمبائی کے لحاظ سے) انتظار کرے گا۔ نتائج کے ویب پیج کے لنک کے ساتھ صارف کو ایک ای میل بھیجی جاتی ہے۔ ریپٹر ایکس سرور فی الحال درج ذیل نتائج پیدا کرتا ہے: 3-ریاست اور 8-ریاست ثانوی ڈھانچے کی پیش گوئی، ترتیب-ٹیمپلیٹ صف بندی، 3 ڈی ڈھانچے کی پیش گوئی، سالوینٹ رسائی کی پیش گوئی، خرابی کی پیش گوئی اور بائنڈنگ سائٹ کی پیش گوئی۔ پیش گوئی شدہ نتائج بصری جانچ کی حمایت کے لیے دکھائے جاتے ہیں۔ نتائج کی فائلیں ڈاؤن لوڈ کے لیے بھی دستیاب ہیں۔ ریپٹر ایکس سرور کچھ اعتماد کے اسکور بھی تیار کرتا ہے جو پیش گوئی شدہ 3D ماڈلز کے معیار کی نشاندہی کرتے ہیں (ان کے متعلقہ مقامی ڈھانچے کی عدم موجودگی میں)۔ مثال کے طور پر، یہ تھری ڈی ماڈل کے متعلقہ عالمی معیار کے لیے پی-ویلیو، تھری ڈی ماڈل کے مطلق عالمی معیار کے لیے جی ڈی ٹی (گلوبل ڈسٹنس ٹیسٹ) اور یو جی ڈی ٹی (غیر معمولی-جی ڈی ٹی) اور تھری ڈی ماڈل کے ہر باقیات پر مطلق مقامی معیار کے لیے فی پوزیشن آر ایم ایس ڈی پیدا کرتا ہے۔ ریپٹر ایکس کی ایپلی کیشنز اور کارکردگی کی ایپلی کیشنز میں پروٹین کی ساخت کی پیش گوئی، فنکشن کی پیش گوئی، پروٹین کی ترتیب-ساخت کی صف بندی، پروٹین کی ارتقائی درجہ بندی، سائٹ سے چلنے والی میوٹیجینیسیس کی رہنمائی اور سالماتی تبدیلی کے ذریعے پروٹین کرسٹل ڈھانچے کو حل کرنا شامل ہیں۔ سی اے ایس پی 9 بلائنڈ پروٹین اسٹرکچر پیشن گوئی کے تجربے میں، ریپٹر ایکس کو تقریبا 80 خودکار ساخت پیشن گوئی سرورز میں سے دوسرے نمبر پر رکھا گیا تھا۔ ریپٹر ایکس نے 50 سخت ترین سی اے ایس پی 9 ٹی بی ایم (ٹیمپلیٹ پر مبنی ماڈلنگ) اہداف کے لیے بہترین صف بندی بھی پیدا کی۔ CASP10 میں، 15 سب سے مشکل CASP10 TBM اہداف کے لیے ٹاپ 10 ہیومن/سرور گروپوں میں ریپٹر ایکس واحد سرور گروپ ہے۔ ریپٹر ایکس ریپٹر پروٹین ڈھانچے کی پیشن گوئی کے نظام کا جانشین ہے۔ ریپٹر کو واٹرلو یونیورسٹی میں ڈاکٹر جنبو شو اور ڈاکٹر منگ لی نے ڈیزائن اور تیار کیا تھا۔ ریپٹر ایکس کو شکاگو کے ٹویوٹا ٹیکنولوجیکل انسٹی ٹیوٹ میں پروفیسر جنبو شو کی سربراہی میں ایک تحقیقی گروپ نے ڈیزائن اور تیار کیا تھا۔ پروٹین ڈھانچے کی پیش گوئی CASP پروٹین ڈھانچے کی پیش گوئی سافٹ ویئر کی فہرست حوالہ جات بیرونی لنکس ریپٹر ایکس ویب سرور ڈھانچے اور فنکشن کی پیش گوئی CASP ویب سائٹ دیگر ساختی بائیو انفارمیٹکس سافٹ ویئر ساختی بائیو انفارمیٹکس سافٹ ویئر کمپیوٹیشنل سائنس