List of Folding@home cores
تقسیم شدہ کمپیوٹنگ پروجیکٹ Folding@home حساب کتاب انجام دینے کے لیے سائنسی کمپیوٹر پروگراموں کا استعمال کرتا ہے، جنہیں "کورز" یا "فاہ کورز" کہا جاتا ہے۔ Folding@home کے کور حساب کے لیے سالماتی تخروپن پروگراموں کے ترمیم شدہ اور بہتر ورژن پر مبنی ہیں، جن میں ٹنکر، GROMACS، AMBER، CPMD، SHARPEN، پروٹومول اور ڈیسمنڈ شامل ہیں۔ ان متغیرات میں سے ہر ایک کو ایک صوابدیدی شناخت کنندہ (کور ایکس ایکس) دیا جاتا ہے۔ جبکہ ایک ہی کور کلائنٹ کے مختلف ورژن کے ذریعے استعمال کیا جا سکتا ہے، کلائنٹ سے کور کو الگ کرنے سے سائنسی طریقوں کو کلائنٹ اپ ڈیٹ کے بغیر ضرورت کے مطابق خود بخود اپ ڈیٹ کیا جا سکتا ہے۔ فعال کور ذیل میں درج یہ کور فی الحال پروجیکٹ کے ذریعے استعمال کیے جاتے ہیں۔ GROMACS Core a7 ونڈوز، لینکس اور میک او ایس کے لیے دستیاب ہے، رفتار میں نمایاں بہتری کے لیے اگر دستیاب ہو تو ایڈوانسڈ ویکٹر ایکسٹینشنز کا استعمال کریں۔ کور اے 8 ونڈوز، لینکس، میک او ایس اور اے آر ایم کے لیے دستیاب ہے، گرافکس پروسیسنگ یونٹ کے لیے گرومیکس 2020.5 جی پی یو کور کا استعمال کرتا ہے، مالیکیولر ڈائنامکس کرنے کے لیے جدید ویڈیو کارڈز کی گرافکس چپ کا استعمال کرتا ہے۔ جی پی یو گرومیکس کور گرومیکس کی حقیقی بندرگاہ نہیں ہے، بلکہ جی پی یو کی صلاحیتوں کے لیے گرومیکس کے کلیدی عناصر کو لیا گیا اور ان میں اضافہ کیا گیا۔ جی پی یو 3 یہ تیسری نسل کے جی پی یو کور ہیں، اور مالیکیولر سیمولیشن کے لیے پانڈے گروپ کی اپنی کھلی لائبریری اوپن ایم ایم پر مبنی ہیں۔ اگرچہ جی پی یو 2 کوڈ پر مبنی ہے، اس سے استحکام اور نئی صلاحیتوں کا اضافہ ہوتا ہے۔ کور 22 v0.0.18 اگر دستیاب ہو تو اوپن سی ایل اور سی یو ڈی اے کا استعمال کرتے ہوئے اے ایم ڈی اور این ویڈیا جی پی یو کے لیے ونڈوز اور لینکس کے لیے دستیاب ہے۔ یہ اوپن ایم ایم 7.4.2 v0.0.20 کا استعمال کرتا ہے جو ونڈوز اور لینکس کے لیے اے ایم ڈی کے لیے دستیاب ہے اور اگر دستیاب ہو تو اوپن سی ایل اور سی یو ڈی اے کا استعمال کرتے ہوئے این ویڈیا جی پی یوز۔ یہ اوپن ایم ایم 7.7.0 کا استعمال کرتا ہے، جو کارکردگی میں بہتری اور بہت سی نئی سائنسی خصوصیات غیر فعال کور فراہم کرتا ہے۔ یہ کور فی الحال پروجیکٹ کے ذریعہ استعمال نہیں کیے جاتے ہیں، کیونکہ وہ یا تو متروک ہونے کی وجہ سے ریٹائر ہو چکے ہیں، یا ابھی تک عام ریلیز کے لیے تیار نہیں ہیں۔ ٹنکر ٹنکر سالماتی حرکیات کے تخروپن کے لیے ایک کمپیوٹر سافٹ ویئر ایپلی کیشن ہے جس میں سالماتی میکانکس اور سالماتی حرکیات کے لیے ایک مکمل اور عمومی پیکیج ہے، جس میں بائیو پولیمرز کے لیے کچھ خاص خصوصیات ہیں۔ ٹنکر کور (کور 65) ایک غیر مرضی کے مطابق یونی پروسیسر کور، اسے باضابطہ طور پر ریٹائر کر دیا گیا تھا کیونکہ AMBER اور Gromacs کور وہی کام بہت تیزی سے انجام دیتے ہیں۔ یہ کور ونڈوز، لینکس اور میک کے لیے دستیاب تھا۔ GROMACS GroGPU (Core 10) ونڈوز کے تحت چلنے والے ATI سیریز 1XX GPUs کے لیے دستیاب ہے۔ اگرچہ زیادہ تر گرومیکس پر مبنی تھے، لیکن کور کے کچھ حصوں کو دوبارہ لکھا گیا۔ جی پی یو کلائنٹس کی دوسری نسل میں منتقل ہونے کی وجہ سے یہ کور 6 جون 2008 کو ریٹائر ہو گیا تھا۔ گرو-ایس ایم پی (کور اے 1) ونڈوز ایکس 86، میک ایکس 86، اور لینکس ایکس 86/64 کلائنٹس کے لیے دستیاب، یہ ایس ایم پی ورژن کی پہلی نسل تھی، اور انٹر پروسیس کمیونیکیشن کے لیے ایم پی آئی کا استعمال کرتی تھی۔ تھریڈ پر مبنی ایس ایم پی 2 کلائنٹ میں منتقل ہونے کی وجہ سے یہ کور ریٹائر ہو گیا تھا۔ GroCVS (Core a2) صرف x86 میکس اور x 86/64 لینکس کے لیے دستیاب ہے، یہ کور کور a1 سے بہت ملتا جلتا ہے، کیونکہ یہ ایک ہی بنیادی بنیاد کا زیادہ تر استعمال کرتا ہے، بشمول ایم پی آئی کا استعمال۔ تاہم، یہ کور حالیہ گرومیکس کوڈ کا استعمال کرتا ہے، اور اضافی بڑی ورک یونٹس جیسی مزید خصوصیات کی حمایت کرتا ہے۔ تھریڈز پر مبنی ایس ایم پی 2 کلائنٹ میں منتقل ہونے کی وجہ سے سرکاری طور پر ریٹائرڈ۔ گرو-پی ایس 3 جسے SCEARD کور کے نام سے بھی جانا جاتا ہے، یہ ورژن پلے اسٹیشن 3 گیم سسٹم کے لیے تھا، جس نے نومبر 2012 میں ریٹائر ہونے تک Folding@Home کلائنٹ کی حمایت کی تھی۔ اس کور نے جی پی یو کور کی طرح مضمر حل کے حسابات انجام دیے، لیکن یہ سی پی یو کور کی طرح واضح سالوینٹ کے حسابات چلانے کے قابل بھی تھا، اور غیر لچکدار تیز رفتار جی پی یو کور اور لچکدار کم رفتار سی پی یو کور کے درمیان درمیانی زمین لے لی۔ اس کور نے اصلاح کے لیے ایس پی ای کور کا استعمال کیا، لیکن ایس آئی ایم ڈی کو سپورٹ نہیں کیا۔ گرومیکس (کور 78) یہ اصل گرومیکس کور ہے، اور فی الحال صرف یونی پروسیسر کلائنٹس کے لیے دستیاب ہے، جو ونڈوز، لینکس اور میک او ایس کی حمایت کرتا ہے۔ Gromacs 33 (Core a0) صرف ونڈوز، لینکس، اور میک او ایس یونی پروسیسر کلائنٹس کے لیے دستیاب ہے، یہ کور Gromacs 3.3 کوڈ بیس کا استعمال کرتا ہے، جو تخروپن کی ایک وسیع رینج کو چلانے کی اجازت دیتا ہے۔ Gromacs SREM (Core 80) یہ کور سیریل ریپلیکا ایکسچینج میتھڈ کا استعمال کرتا ہے، جسے REMD (ریپلیکا ایکسچینج مالیکیولر ڈائنامکس) یا GroST (درجہ حرارت کے ساتھ Gromacs سیریل ریپلیکا ایکسچینج) کے نام سے بھی جانا جاتا ہے، اور یہ صرف ونڈوز اور لینکس یونی پروسیسر کلائنٹس کے لیے دستیاب ہے۔ گرو سم ٹی (کور 81) یہ کور مصنوعی ٹمپرنگ انجام دیتا ہے، جس کا بنیادی خیال وقتا فوقتا درجہ حرارت کو بڑھا کر اور کم کرکے نمونے لینے کو بڑھانا ہے۔ یہ Folding@home کو پروٹین کی فولڈڈ اور انفلڈ کنفارمیشنز کے درمیان منتقلی کا زیادہ مؤثر طریقے سے نمونہ لینے کی اجازت دے سکتا ہے۔ صرف ونڈوز اور لینکس یونی پروسیسر کلائنٹس کے لیے دستیاب ہے۔ ڈیگرومیکس (کور 79) یونی پروسیسر کلائنٹس کے لیے دستیاب ہے، یہ کور ایس ایس ای 2 پروسیسر آپٹیمائزیشن کا استعمال کرتا ہے جہاں اس کی حمایت کی جاتی ہے اور یہ ونڈوز، لینکس اور میک او ایس پر چلنے کے قابل ہے۔ DGromacsB (Core 7b) کور 79 سے اس لحاظ سے ممتاز ہے کہ اس میں کئی سائنسی اضافے ہیں۔ ابتدائی طور پر اگست 2007 میں صرف لینکس پلیٹ فارم پر جاری کیا گیا، یہ بالآخر تمام پلیٹ فارمز کے لیے دستیاب ہوگا۔ DGromacsC (Core 7c) کور 79 سے بہت ملتا جلتا ہے، اور ابتدائی طور پر لینکس اور ونڈوز کے لیے اپریل 2008 میں ونڈوز، لینکس، اور میک او ایس یونی پروسیسر کلائنٹس کے لیے جاری کیا گیا۔ جی بی گرومیکس (کور 7 اے) صرف ونڈوز، لینکس اور میک او ایس پر تمام یونی پروسیسر کلائنٹس کے لیے دستیاب ہے۔ جی بی گرومیکس (کور اے 4) ونڈوز، لینکس اور میک او ایس کے لیے دستیاب ہے، یہ کور اصل میں اکتوبر 2010 کے اوائل میں جاری کیا گیا تھا، اور فروری 2010 تک گرومیکس کا تازہ ترین ورژن، v4.5.3 استعمال کرتا ہے۔ ایس ایم پی 2 (کور اے 3) ایس ایم پی کور کی اگلی نسل، یہ کور انٹر پروسیس مواصلات کے لیے ایم پی آئی کے بجائے تھریڈز کا استعمال کرتا ہے، اور یہ ونڈوز، لینکس اور میک او ایس کے لیے دستیاب ہے۔ ایس ایم پی 2 بگ اے ڈی وی (کور اے 5) اے 3 سے ملتا جلتا ہے، لیکن یہ کور خاص طور پر معمول سے بڑے تخروپن کو چلانے کے لیے ڈیزائن کیا گیا ہے۔ ایس ایم پی 2 بگ اے ڈی وی (کور اے 6) اے 5 کور کا ایک نیا ورژن۔ کار-پیرینیلو مالیکیولر ڈائنامکس کے لیے سی پی ایم ڈی شارٹ، یہ کور ابتدائی کوانٹم مکینیکل مالیکیولر ڈائنامکس انجام دیتا ہے۔ کلاسیکی سالماتی حرکیات کے حسابات کے برعکس جو قوت کے میدان کے نقطہ نظر کا استعمال کرتے ہیں، سی پی ایم ڈی میں توانائی، قوتوں اور حرکت کے حساب میں الیکٹرانوں کی حرکت شامل ہوتی ہے۔ کوانٹم کیمیائی حسابات میں ایک بہت قابل اعتماد ممکنہ توانائی کی سطح حاصل کرنے کا امکان ہے، اور قدرتی طور پر کثیر جسم کے تعاملات کو شامل کر سکتے ہیں۔ کیو ایم ڈی (کور 96) یہ ونڈوز اور لینکس یونی پروسیسر کلائنٹس کے لیے ڈبل صحت سے متعلق ورژن ہے۔ یہ کور فی الحال مرکزی کیو ایم ڈی ڈویلپر ینگ من ری کے 2006 میں فارغ التحصیل ہونے کی وجہ سے "ہولڈ پر" ہے۔ یہ کور کافی مقدار میں میموری استعمال کر سکتا ہے، اور صرف ان مشینوں کے لیے دستیاب تھا جنہوں نے "آپٹ ان" کا انتخاب کیا تھا۔ انٹیل سی پی یو پر ایس ایس ای 2 اصلاح کی حمایت کی جاتی ہے۔ انٹیل لائبریریوں اور ایس ایس ای 2 سے متعلق لائسنسنگ کے مسائل کی وجہ سے، کیو ایم ڈی ورک یونٹس کو اے ایم ڈی سی پی یوز کو تفویض نہیں کیا گیا تھا۔ شیئرپین شیئر کور 2010 کے اوائل میں وجے پانڈے نے کہا "ہم نے شیئرپین کو ابھی کے لیے روک دیا ہے۔ دینے کے لیے کوئی ای ٹی اے نہیں، معذرت۔ اسے مزید آگے بڑھانا اس وقت کی سائنسی ضروریات پر بہت زیادہ منحصر ہے۔ " یہ کور معیاری F@H کور کے لیے مختلف فارمیٹ کا استعمال کرتا ہے، اس میں کلائنٹس کو بھیجے گئے ہر ورک پیکٹ میں ایک سے زیادہ "ورک یونٹ" (عام تعریف کا استعمال کرتے ہوئے) ہوتا ہے۔ ڈیسمنڈ اس کور کے لیے سافٹ ویئر ڈی۔ ای۔ شا ریسرچ میں تیار کیا گیا تھا۔ ڈیسمنڈ روایتی کمپیوٹر کلسٹرز پر حیاتیاتی نظاموں کی تیز رفتار مالیکیولر ڈائنامکس سمیلیشن انجام دیتا ہے۔ کوڈ بڑی تعداد میں پروسیسرز پر مشتمل پلیٹ فارمز پر اعلی کارکردگی حاصل کرنے کے لیے نئے متوازی الگورتھم اور عددی تکنیکوں کا استعمال کرتا ہے، لیکن اسے ایک ہی کمپیوٹر پر بھی انجام دیا جا سکتا ہے۔ ڈیسمنڈ اور اس کا سورس کوڈ یونیورسٹیوں اور دیگر غیر منافع بخش تحقیقی اداروں کے غیر تجارتی استعمال کے لیے بغیر کسی قیمت کے دستیاب ہیں۔ ڈیسمنڈ کور ممکنہ ونڈوز x86 اور لینکس x 86/64 کے لیے دستیاب ہے، یہ کور فی الحال ترقی میں ہے۔ انرجی ریفائنمنٹ کے ساتھ اسسٹڈ ماڈل بلڈنگ کے لیے ایمبر مختصر، ایمبر سالماتی حرکیات کے لیے فورس فیلڈز کا ایک خاندان ہے، نیز سافٹ ویئر پیکیج کا نام ہے جو ان فورس فیلڈز کی تقلید کرتا ہے۔ ایمبر کو اصل میں یونیورسٹی آف کیلیفورنیا، سان فرانسسکو میں پیٹر کولمین نے تیار کیا تھا، اور اس وقت مختلف یونیورسٹیوں کے پروفیسرز اس کی دیکھ بھال کر رہے ہیں۔ ڈبل صحت سے متعلق AMBER کور فی الحال SSE اور نہ ہی SSE2 کے ساتھ بہتر نہیں ہے، لیکن AMBER ٹنکر کور سے نمایاں طور پر تیز ہے اور کچھ فعالیت کا اضافہ کرتا ہے جو Gromacs کور کا استعمال کرتے ہوئے انجام نہیں دیا جا سکتا۔ پی ایم ڈی (کور 82) صرف ونڈوز اور لینکس یونی پروسیسر کلائنٹس کے لیے دستیاب ہے۔ پروٹو مول ایک آبجیکٹ پر مبنی، جزو پر مبنی، مالیکیولر ڈائنامکس (ایم ڈی) سمیلیشنز کا فریم ورک ہے۔ پروٹو مول اعلی لچک، آسان توسیع پذیری اور دیکھ بھال، اور متوازی سمیت اعلی کارکردگی کے مطالبات پیش کرتا ہے۔ 2009 میں، پانڈے گروپ نارمل موڈ لینجین ڈائنامکس نامی ایک تکمیلی نئی تکنیک پر کام کر رہا تھا جس میں اسی درستگی کو برقرار رکھتے ہوئے تخروپن کو بہت تیز کرنے کا امکان تھا۔ پروٹو مول کور (کور b4) لینکس x 86/64 اور x86 ونڈوز پر دستیاب ہے۔ جی پی یو جی پی یو 2 یہ دوسری نسل کے جی پی یو کور ہیں۔ ریٹائرڈ جی پی یو 1 کور کے برعکس، یہ متغیرات اے ٹی آئی سی اے ایل سے فعال 2XX/3XX یا بعد کی سیریز اور این ویڈیا سی یو ڈی اے سے فعال این ویڈیا 8XX یا بعد کی سیریز جی پی یو کے لیے ہیں۔ جی پی یو 2 (کور 11) صرف x86 ونڈوز کلائنٹس کے لیے دستیاب ہے۔ استعمال شدہ بروک پروگرامنگ زبان کے لیے اے ایم ڈی/اے ٹی آئی ڈراپ سپورٹ اور اوپن سی ایل میں منتقل ہونے کی وجہ سے تقریبا 1 ستمبر 2011 تک سپورٹ کیا گیا۔ اس نے F@h کو اوپن سی ایل میں اپنے اے ٹی آئی جی پی یو کور کوڈ کو دوبارہ لکھنے پر مجبور کیا، جس کا نتیجہ کور 16 ہے۔ جی پی یو 2 (کور 12) صرف x86 ونڈوز کلائنٹس کے لیے دستیاب ہے۔ جی پی یو 2 (کور 13) صرف x86 ونڈوز کلائنٹس کے لیے دستیاب ہے۔ جی پی یو 2 (کور 14) صرف x86 ونڈوز کلائنٹس کے لیے دستیاب ہے، یہ کور باضابطہ طور پر 02 مارچ 2009 کو جاری کیا گیا تھا۔ جی پی یو 3 یہ تیسری نسل کے جی پی یو کور ہیں، اور مالیکیولر سیمولیشن کے لیے پانڈے گروپ کی اپنی کھلی لائبریری اوپن ایم ایم پر مبنی ہیں۔ اگرچہ جی پی یو 2 کوڈ پر مبنی ہے، اس سے استحکام اور نئی صلاحیتوں کا اضافہ ہوتا ہے۔ جی پی یو 3 (کور 15) صرف x86 ونڈوز پر دستیاب ہے۔ جی پی یو 3 (کور 16) صرف x86 ونڈوز پر دستیاب ہے۔ نئے وی 7 کلائنٹ کے ساتھ جاری کیا گیا، یہ اوپن سی ایل میں کور 11 کی دوبارہ تحریر ہے۔ جی پی یو 3 (کور 17) اوپن سی ایل کا استعمال کرتے ہوئے اے ایم ڈی اور این ویڈیا جی پی یو کے لیے ونڈوز اور لینکس کے لیے دستیاب ہے۔ اوپن ایم ایم 5.1 جی پی یو 3 (کور 18) کی وجہ سے بہت بہتر کارکردگی اوپن سی ایل کا استعمال کرتے ہوئے اے ایم ڈی اور این ویڈیا جی پی یو کے لیے ونڈوز پر دستیاب ہے۔ یہ کور کور 17 میں کچھ اہم سائنسی مسائل کو حل کرنے کے لیے تیار کیا گیا تھا اور اوپن ایم ایم 6.0.1 سے جدید ترین ٹیکنالوجی کا استعمال کرتا ہے۔ فی الحال کچھ اے ایم ڈی اور این ویڈیا میکسویل جی پی یو پر اس کور کے استحکام اور کارکردگی کے حوالے سے مسائل ہیں۔ یہی وجہ ہے کہ کچھ جی پی یوز کے لیے اس کور پر چلنے والی ورک یونٹس کی تفویض کو عارضی طور پر روک دیا گیا ہے۔ جی پی یو 3 (کور 21) اوپن سی ایل کا استعمال کرتے ہوئے اے ایم ڈی اور این ویڈیا جی پی یو کے لیے ونڈوز اور لینکس کے لیے دستیاب ہے۔ یہ اوپن ایم ایم 6.2 کا استعمال کرتا ہے اور کور 18 اے ایم ڈی/این وی آئی ڈی اے کارکردگی کے مسائل کو حل کرتا ہے۔ حوالہ جات بیرونی روابط مرکزی F@h بنیادی سوالات GROMACS بنیادی سوالات AMBER بنیادی سوالات پروٹومل بنیادی سوالات QMD بنیادی سوالات مالیکیولر ڈائنامکس سافٹ ویئر مالیکیولر ماڈلنگ سافٹ ویئر سیمولیشن سافٹ ویئر کمپیوٹیشنل بائیولوجی ریاضیاتی اور نظریاتی بائیولوجی لینکس پلے اسٹیشن 3 سافٹ ویئر کے لیے ونڈوز سائنس سافٹ ویئر کے لیے میکوس سائنس سافٹ ویئر