EteRNA
ایٹرنا ایک براؤزر پر مبنی "گیم ود اے پرپوز" ہے، جسے کارنیگی میلن یونیورسٹی اور اسٹینفورڈ یونیورسٹی کے سائنسدانوں نے تیار کیا ہے، جو صارفین کو آر این اے مالیکیولز کے فولڈنگ سے متعلق پہیلیاں حل کرنے میں مشغول کرتا ہے۔ اس منصوبے کو بل اینڈ میلنڈا گیٹس فاؤنڈیشن، اسٹینفورڈ یونیورسٹی، اور نیشنل انسٹی ٹیوٹ آف ہیلتھ کی حمایت حاصل ہے۔ پہلے فنڈ دینے والوں میں نیشنل سائنس فاؤنڈیشن شامل ہے۔ فولڈٹ کی طرح-جو کچھ انہی محققین نے تخلیق کیا تھا جنہوں نے ایٹرنا تیار کیا تھا-پہیلیاں ان پہیلیوں کو حل کرنے کے لیے انسانی مسئلہ حل کرنے کی صلاحیتوں سے فائدہ اٹھاتی ہیں جو موجودہ کمپیوٹر ماڈلز کے لیے کمپیوٹیشنل طور پر مشکل ہیں۔ محققین کو امید ہے کہ وہ آر این اے فولڈنگ میکانکس کے بارے میں بنیادی سوالات کے جوابات دینے کے لیے "کراؤڈ سورسنگ" اور ایٹرنا کھلاڑیوں کی اجتماعی ذہانت کا فائدہ اٹھائیں گے۔ ٹاپ ووٹ شدہ ڈیزائنوں کو اسٹینفورڈ بائیو کیمسٹری لیب میں ترکیب کیا جاتا ہے تاکہ کمپیوٹر کی پیش گوئیوں کے ساتھ براہ راست موازنہ کرنے کے لیے آر این اے مالیکیولز کے فولڈنگ پیٹرن کا جائزہ لیا جا سکے، بالآخر کمپیوٹر ماڈل کو بہتر بنایا جا سکے۔ بالآخر، ایٹرنا کے محققین کو امید ہے کہ وہ "قواعد کے مکمل اور دہرائے جانے والے سیٹ" کا تعین کریں گے تاکہ آر این اے کی ترکیب کی اجازت دی جا سکے جو مستقل طور پر متوقع شکلوں میں فولڈ ہوتے ہیں۔ ایٹرنا پروجیکٹ کے قائدین کو امید ہے کہ ان بنیادی اصولوں کا تعین کرنے سے آر این اے پر مبنی نینو مشینوں اور سوئچوں کے ڈیزائن میں آسانی ہو سکتی ہے۔ ایٹرنا کے تخلیق کاروں کو ایٹرنا کے کھلاڑیوں کے حل سے خوشگوار حیرت ہوئی ہے، خاص طور پر ان غیر محققین کے حل جن کی "تخلیقی صلاحیت اس بات سے محدود نہیں ہے کہ ان کے خیال میں صحیح جواب کیسا ہونا چاہیے"۔ 2016 تک ایٹرنا کے پاس تقریبا 250,000 رجسٹرڈ کھلاڑی ہیں۔ گیم پلے کے کھلاڑیوں کو ایک دی گئی ہدف کی شکل کے ساتھ پیش کیا جاتا ہے جس میں ایک آر این اے اسٹرینڈ کو جوڑنا ہوتا ہے۔ کھلاڑی چار آر این اے نیوکلیوٹائڈز (اڈینائن، سائٹوسین، گوانوسین اور یوراسل) میں سے کسی کو بھی مختلف مقامات پر رکھ کر ترتیب کو تبدیل کر سکتا ہے۔ یہ نظام کی آزاد توانائی کو تبدیل کر سکتا ہے اور آر این اے اسٹرینڈ کی فولڈنگ ڈائنامکس کو ڈرامائی طور پر متاثر کر سکتا ہے۔ ایٹرنا میں، بعض اوقات مختلف پابندیاں عائد کی جاتی ہیں، جیسے کہ مخصوص اڈوں کی تعداد اور تین بیس جوڑی کی اقسام کی تعداد کے ساتھ ساتھ بند اڈوں پر بھی۔ کبھی کبھار ایک مالیکیول بھی شامل کیا جاتا ہے، جو آر این اے کے ساتھ جڑا رہتا ہے اور نظام کی آزاد توانائی پر اہم اثرات مرتب کرتا ہے۔ کچھ مزید جدید پہیلیوں میں، کھلاڑیوں کو ایک ہی وقت میں دو یا تین مختلف ہدف کی شکلیں پیش کی جا سکتی ہیں۔ کھلاڑی جو واحد ترتیب پیدا کرتا ہے اسے مختلف حالات (بائنڈنگ مالیکیول کی موجودگی یا عدم موجودگی) کے تحت متعلقہ شکلوں میں جوڑنا چاہیے۔ ایٹرنا پہیلیوں کو تقریبا تین اقسام میں درجہ بند کیا گیا ہے: چیلنجز، پلیئر پزل، اور کلاؤڈ لیب۔ چیلنجز وہ پہیلیاں ہیں جو گیم بنانے والوں کی طرف سے کھلاڑیوں کو ایٹرنا کے کام سے متعارف کرانے کے ساتھ ساتھ کھلاڑیوں کو کوشش کرنے کے لیے پہلے سے طے شدہ پہیلیوں کا سلسلہ فراہم کرنے کے لیے تیار کی جاتی ہیں۔ پلیئر پہیلیاں کھلاڑیوں کے ذریعہ تیار کی جاتی ہیں، اور کلاؤڈ لیب وہ جگہ ہے جہاں کھلاڑیوں کو جائزہ لینے، ووٹ دینے یا کوشش کرنے کے لیے فعال، مجوزہ اور آرکائیو شدہ لیبارٹری پروجیکٹس پیش کیے جاتے ہیں۔ نئے کھلاڑیوں کو ایک ابتدائی پہیلی کی ترقی کے ذریعے رہنمائی فراہم کی جاتی ہے جو آر این اے کی ساخت اور فولڈنگ کے بنیادی تصورات کو متعارف کراتی ہے۔ جیسے جیسے کھلاڑی بڑھتی ہوئی پیچیدگی کی پہیلیوں سے گزرتے ہیں، گیم انٹرفیس کے مختلف عناصر بیان کیے جاتے ہیں۔ 30 پہیلیاں مکمل کرنے اور تمام پانچ ایٹرنا ایسینشیلز بیج حاصل کرنے کے بعد، کھلاڑی کلاؤڈ لیب تک رسائی حاصل کرتے ہیں جہاں وہ لیبارٹری ریسرچ میں حصہ لے سکتے ہیں۔ ایک بار جب کھلاڑی کافی تعداد میں آر این اے پہیلیاں مکمل کر لیتے ہیں، تو وہ دوسرے کھلاڑیوں کے لیے پہیلیاں پیدا کرنے کا موقع کھول دیتے ہیں۔ بائیو میڈیکل چیلنجز 2016 میں ایٹرنا نے اپنا پہلا بائیو میڈیکل چیلنج شروع کیا جسے اوپن ٹی بی کہا جاتا ہے، جو تپ دق کے لیے ایک نیا تشخیصی آلہ تیار کرنے کا ایک اقدام ہے۔ اس پروجیکٹ میں عوامی ڈیٹا کا استعمال کرتے ہوئے اسٹینفورڈ کے محققین کی طرف سے دریافت کردہ جین کے اظہار "دستخطی" کا استعمال کیا گیا ہے، اور اس کا مقصد ایک اوپن سورس، کاغذ پر مبنی تشخیصی کٹ بنانا ہے جسے دنیا بھر کے کلینکوں میں آسانی سے تعینات کیا جا سکتا ہے۔ اوپن سورس کٹ کی ترقی ایم آئی ٹی کی لٹل ڈیوائسز لیب کے ساتھ تعاون ہے۔ کھلاڑیوں نے چیلنج کے راؤنڈ 2 تک جین کے دستخط کا پتہ لگانے کے لیے آر این اے کو کامیابی سے ڈیزائن کیا، اور فروری 2018 تک حقیقی مریض کے نمونوں کے ساتھ جانچ جاری ہے۔ اوپن ٹی بی کی کامیابی کے بعد، ایٹرنا نے اگست 2017 میں اوپن سی آر آئی ایس پی آر کا آغاز کیا، جو کھلاڑیوں کو سی آر آئی ایس پی آر جین ایڈیٹنگ میں استعمال ہونے والے سنگل گائیڈ آر این اے (ایس جی آر این اے) کو ڈیزائن کرنے کے لیے چیلنج کرتا ہے۔ پروجیکٹ کا مقصد ایس جی آر این اے کی ایک نئی کلاس بنانا ہے جسے دوسرے چھوٹے مالیکیول (جیسے تھیوفائلائن) کے ذریعے ماڈیول کیا جا سکتا ہے، جس سے جسم میں جین ایڈیٹنگ کو ضرورت کے مطابق آن یا آف کیا جا سکے۔ نومبر 2017 میں راؤنڈ 1 کے اختتام پر، کھلاڑیوں نے ترکیب کے لیے 90,000 سے زیادہ آر این اے ڈیزائن جمع کرائے تھے، جو اب تک کی سب سے بڑی پیشکش ہے۔ سارس-کوو-2 وبا کے جواب میں، ایٹرنا نے ایم آر این اے مالیکیولز کو مستحکم کرنے کے طریقے تیار کرنے کے لیے اوپن ویکسین کے تعاون میں شمولیت اختیار کی جنہیں گہرے منجمد ہونے کی ضرورت کے بغیر ذخیرہ اور بھیج دیا جا سکتا ہے۔ کھلاڑیوں نے نیوکلیوٹائڈ کی سطح پر چھوٹے آر این اے مالیکیولز کے استحکام کی تحقیقات کے لیے 6000 ڈیزائن پیش کیے، اور نتائج کو اسٹرکچرڈ نینولوسیفریزز کو ڈیزائن کرنے کے لیے استعمال کیا جن کا وٹرو میں انحطاط اور ویو میں پروٹین کے اظہار کے لیے تجربہ کیا گیا۔ اوپن ویکسین کی تحقیق کے نتیجے میں مستحکم ایم آر این اے علاج معالجے کو ڈیزائن کرنے کے لیے نئے طریقے اور اصول سامنے آئے، جن میں موجودہ شیلف لائف سے ممکنہ طور پر تین گنا زیادہ ویکسین شامل ہیں۔ سنتھٹک بائیولوجی 2019 میں ایٹرنا نے نارتھ ویسٹرن یونیورسٹی میں جیوٹ لیب کے تعاون سے رائبوسوم انجینئرنگ پروجیکٹ اوپن رائبوسوم کا آغاز کیا تاکہ آئی ایس اے ٹی سیل فری رائبوسوم کنسٹرکشن پلیٹ فارم پر ترمیم شدہ ایسچریچیا کولی رائبوسوم کی فولڈنگ کو بڑھایا جا سکے۔ کھلاڑیوں کے ذریعہ ڈیزائن کردہ بیس 16S اور بیس 23S ترتیبات کی پروٹین کی پیداوار کا جائزہ چار فیڈ بیک پر مبنی تکرار کے سلسلے میں لیا جا رہا ہے۔ رائبوسومز کو انوکلیئر مشینوں کے طور پر دوبارہ تیار کیا جا رہا ہے جو منفرد پولیمر کی ترکیب کرنے کے قابل ہیں۔ کامیابیاں اگست 2011 تک، تقریبا 26,000 کھلاڑیوں نے آر این اے سیکوینس ڈیزائن میں حصہ ڈالا تھا اور ان وٹرو ٹیسٹنگ کے لیے 305 سے زیادہ ڈیزائنوں کی ترکیب کی گئی ہے۔ جنوری 2014 میں، ایٹرنا کے نتائج پی این اے ایس جریدے میں شائع ہوئے، جس میں "ایٹرنا کے شرکاء" کو مقالے میں شریک مصنفین کے طور پر درج کیا گیا۔ ایٹرنا گیمرز نے تمام 100 آر این اے ثانوی ڈھانچے کے ڈیزائن کے چیلنجوں کو حل کرنے میں سپر کمپیوٹر سے چلنے والے الگورتھم کو شکست دی، جبکہ استعمال ہونے والے چھ الگورتھم میں سے بہترین اسکور 54 ہے۔ آر این اے کے کیمیائی ترتیبات میں ہیرا پھیری کرکے گیمرز نے مطلوبہ شکلوں کی مستحکم شکلیں بنائیں۔ کھلاڑیوں کی طرف سے تیار کردہ حکمت عملیوں نے مخصوص ساختی خصوصیات کی نشاندہی کی جو الٹا آر این اے فولڈنگ کو مشکل بناتی ہیں۔ ایٹرنا کے محققین کو امید ہے کہ ان کی حکمت عملیوں کو الگورتھم میں ضم کرنے سے خودکار آر این اے ثانوی ڈھانچے کے ڈیزائن میں بہتری حاصل کی جا سکتی ہے۔ چیلنجوں کے نتائج فروری 2016 میں جرنل آف مالیکیولر بائیولوجی میں شائع ہوئے تھے۔ یہ پہلا مقالہ تھا جو ویڈیو گیم کے ذریعے بھرتی کیے گئے غیر ماہر شہری سائنسدانوں کی غالب تحریری شراکت اور شریک قیادت پر مبنی تھا۔ ایٹرنا شہری سائنس دانوں نے 7 + اڈینوسین کے تاروں کو پڑھتے وقت SHAPE اور DMS کیمیائی تحقیقات میں تضاد دریافت کیا، اور اس کے بعد بائیو کیمسٹری میں اپنے نتائج شائع کیے۔ یہ پہلا مقالہ ہے جو خصوصی طور پر شہری سائنسدانوں نے لکھا ہے جسے ہم مرتبہ جائزہ لینے والے جریدے میں شائع کیا گیا ہے۔ یہ بھی دیکھیں سٹیزن سائنس فولڈٹ گیم ایک مقصد کے ساتھ ہجوم سورسنگ پروجیکٹس کی فہرست سنگین گیم حوالہ جات بیرونی روابط ایٹرنا ویکی سٹیزن سائنس 2010 ویڈیو گیمز براؤزر گیمز انسان پر مبنی کمپیوٹیشن گیمز پزل ویڈیو گیمز آر این اے کارنیگی میلن یونیورسٹی اسٹینفورڈ یونیورسٹی ویڈیو گیمز جو ریاستہائے متحدہ میں تیار کیے گئے ہیں۔