Sequence profiling tool
بائیو انفارمیٹکس میں سیکوینس پروفائلنگ ٹول ایک قسم کا سافٹ ویئر ہے جو جینیاتی ترتیب، جین کا نام، یا مطلوبہ الفاظ کے ان پٹ سے متعلق معلومات پیش کرتا ہے۔ اس طرح کے ٹولز عام طور پر ڈی این اے، آر این اے، یا پروٹین کی ترتیب یا 'کلیدی لفظ' جیسے سوالات لیتے ہیں اور اس ترتیب سے متعلق معلومات کے لیے ایک یا زیادہ ڈیٹا بیس تلاش کرتے ہیں۔ خلاصہ اور مجموعی نتائج معیاری شکل میں فراہم کیے جاتے ہیں جو ان معلومات کو بیان کرتے ہیں جو بصورت دیگر مرتب کرنے کے لیے بہت سی چھوٹی سائٹوں یا براہ راست ادب کی تلاشوں پر جانے کی ضرورت ہوتی۔ سیکوینس پروفائلنگ کے بہت سے اوزار سافٹ ویئر پورٹل یا گیٹ وے ہوتے ہیں جو بائیو انفارمیٹکس ڈیٹا بیس کی بڑی اور بڑھتی ہوئی تعداد میں کسی استفسار کے بارے میں معلومات تلاش کرنے کے عمل کو آسان بناتے ہیں۔ اس قسم کے ٹولز تک رسائی یا تو ویب پر مبنی ہے یا مقامی طور پر ڈاؤن لوڈ کے قابل قابل قابل عمل ہے۔ تعارف اور استعمال "پوسٹ جینومکس" کے دور نے ویب پر مبنی ٹولز اور سافٹ ویئر کی ایک رینج کو جنم دیا ہے جو بڑی مقدار میں بنیادی ترتیب کی معلومات کے ساتھ ساتھ پروٹین کے ڈھانچے، جین کی تشریحات، ترتیب کی صف بندی، اور دیگر عام بائیو انفارمیٹکس کاموں کو مرتب، منظم اور فراہم کرتا ہے۔ عام طور پر تین قسم کے ڈیٹا بیس اور خدمات فراہم کرنے والے موجود ہیں۔ پہلے میں مقبول پبلک ڈومین یا اوپن ایکسیس ڈیٹا بیس شامل ہیں جو فنڈنگ اور گرانٹ جیسے این سی بی آئی، ایکس پی اے ایس وائی، اینسمبل اور پی ڈی بی کے ذریعے سپورٹ کیے جاتے ہیں۔ دوسرے میں انفرادی تحقیقی گروپوں کے ذریعے منظم اور مرتب کردہ چھوٹے یا زیادہ مخصوص ڈیٹا بیس شامل ہیں۔ مثالوں میں خمیر جینوم ڈیٹا بیس، آر این اے ڈیٹا بیس شامل ہیں۔ تیسرے اور آخری میں نجی کارپوریٹ یا ادارہ جاتی ڈیٹا بیس شامل ہیں جن تک رسائی کے لیے ادائیگی یا ادارہ جاتی وابستگی کی ضرورت ہوتی ہے۔ عوامی ڈیٹا بیس کی عالمگیریت کو دیکھتے ہوئے اس طرح کی مثالیں شاذ و نادر ہی ملتی ہیں، جب تک کہ مطلوبہ خدمت 'ترقی میں' نہ ہو یا تجزیہ کا آخری نقطہ تجارتی قدر کا نہ ہو۔ پروفائلنگ کے نقطہ نظر کے عام منظرنامے متعلقہ ہو جاتے ہیں، خاص طور پر، پہلے دو گروپوں کے معاملات میں، جہاں محققین عام طور پر ایک ہی استفسار یا ہدف کی ترتیب کے بارے میں کئی ذرائع سے حاصل کردہ معلومات کو یکجا کرنا چاہتے ہیں۔ مثال کے طور پر، صارفین ترتیب کی صف بندی اور سرچ ٹول BLAST کا استعمال دیگر انواع میں اپنی دلچسپی کے جین کے ہومولوگس کی شناخت کے لیے کر سکتے ہیں، اور پھر ان نتائج کو ہومولوگس میں سے کسی ایک کے لیے حل شدہ پروٹین ڈھانچے کا پتہ لگانے کے لیے استعمال کر سکتے ہیں۔ اسی طرح، وہ دلچسپی کے جین کو انکوڈنگ کرنے والے ایم آر این اے کے ممکنہ ثانوی ڈھانچے کو بھی جاننا چاہیں گے، یا آیا کوئی کمپنی جین پر مشتمل ڈی این اے کی تعمیر فروخت کرتی ہے۔ سیکوینس پروفائلنگ ٹولز صارف کے لیے شفاف کئی مختلف بیرونی ڈیٹا بیس تلاش کرنے کے عمل کو پیش کرتے ہوئے اس طرح کی متفرق معلومات حاصل کرنے کے عمل کو خودکار اور مربوط کرنے کا کام کرتے ہیں۔ بہت سے عوامی ڈیٹا بیس پہلے ہی بڑے پیمانے پر جڑے ہوئے ہیں تاکہ دوسرے ڈیٹا بیس میں تکمیلی معلومات آسانی سے قابل رسائی ہو ؛ مثال کے طور پر، جین بینک اور پی ڈی بی قریب سے جڑے ہوئے ہیں۔ تاہم، مخصوص تحقیقی گروپوں کے زیر اہتمام اور میزبانی کردہ خصوصی ٹولز کو اس ربط کی کوشش میں ضم کرنا مشکل ہو سکتا ہے کیونکہ وہ تنگ طور پر مرکوز ہوتے ہیں، اکثر تبدیل کیے جاتے ہیں، یا عام فائل فارمیٹس کے کسٹم ورژن استعمال کرتے ہیں۔ سیکوینس پروفائلنگ ٹولز کے فوائد میں ان میں سے متعدد خصوصی ٹولز کو ایک ہی استفسار میں استعمال کرنے اور آؤٹ پٹ کو ایک مشترکہ انٹرفیس کے ساتھ پیش کرنے کی صلاحیت، ٹولز یا ڈیٹا بیس کی تلاشوں کے ایک سیٹ کی آؤٹ پٹ کو دوسرے کے ان پٹ میں بھیجنے کی صلاحیت، اور ہوسٹنگ اور تالیف کی ذمہ داریوں کو ایک مرکزی ذخیرہ کے بجائے تحقیقی گروپوں اور اداروں کے نیٹ ورک تک پہنچانے کی صلاحیت شامل ہیں۔ کلیدی لفظ پر مبنی پروفائلرز آج ویب پر دستیاب زیادہ تر پروفائلنگ ٹولز اس زمرے میں آتے ہیں۔ صارف، سائٹ/ٹول پر جانے پر، کوئی بھی متعلقہ معلومات درج کرتا ہے جیسے کہ کلیدی لفظ۔ ڈسٹروفی، ذیابیطس وغیرہ، یا جین بینک الحاق نمبر، پی ڈی بی آئی ڈی۔ تلاش کے ذریعے تمام متعلقہ ہٹ ہر ٹول کے مرکزی فوکس کے لیے منفرد شکل میں پیش کیے جاتے ہیں۔ مطلوبہ الفاظ کی تلاش پر مبنی پروفائلنگ ٹولز بنیادی طور پر سرچ انجن ہوتے ہیں جو بائیو انفارمیٹکس کے کام کے لیے انتہائی ماہر ہوتے ہیں، اس طرح غیر متعلقہ یا غیر علمی ہٹ کی بے ترتیبی کو ختم کرتے ہیں جو گوگل جیسے روایتی سرچ انجن کے ساتھ ہو سکتے ہیں۔ زیادہ تر مطلوبہ الفاظ پر مبنی پروفائلنگ ٹولز لچکدار قسم کے مطلوبہ الفاظ کے ان پٹ، انڈیکس شدہ ڈیٹا بیس سے رسائی کے نمبروں کے ساتھ ساتھ روایتی مطلوبہ الفاظ کی وضاحت کرنے والوں کی اجازت دیتے ہیں۔ ہر پروفائلنگ ٹول کا اپنا فوکس اور دلچسپی کا علاقہ ہوتا ہے۔ مثال کے طور پر، این سی بی آئی سرچ انجن اینٹریز اپنے ہٹ کو زمرہ کے لحاظ سے الگ کرتا ہے، تاکہ پروٹین کی ساخت کی معلومات تلاش کرنے والے صارفین بغیر کسی متعلقہ ڈھانچے کے ترتیبات کی اسکریننگ کر سکیں، جبکہ کسی موضوع پر ادب کو پڑھنے میں دلچسپی رکھنے والے صارفین علمی جرائد میں شائع ہونے والے کاغذات کے خلاصے کو جین یا ترتیب کے نتائج سے ہٹائے بغیر دیکھ سکتے ہیں۔ پب میڈ بائیو سائنسز لٹریچر ڈیٹا بیس ادب کی تلاش کے لیے ایک مقبول ٹول ہے، حالانکہ یہ سروس تقریبا زیادہ عام گوگل اسکالر کے برابر ہے۔ کلیدی الفاظ پر مبنی ڈیٹا جمع کرنے کی خدمات جیسے کہ بائیو انفارمیٹک ہارویسٹر مختلف قسم کے تھرڈ پارٹی سرورز سے ایک جیسی شکل میں رپورٹس فراہم کرتا ہے تاکہ صارفین کو ویب سائٹ پر جانے یا ہر انفرادی جزو سروس کے لیے سافٹ ویئر انسٹال کرنے کی ضرورت نہ پڑے۔ مختلف ترتیب تجزیہ اور ہیرا پھیری کے اوزار فراہم کرنے والی مختلف سائٹوں کے تیزی سے ابھرنے کے پیش نظر یہ خاص طور پر انمول ہے۔ ایک اور مجموعی ویب پورٹل، ہیومن پروٹین ریفرنس ڈیٹا بیس (ایچ پی آر ڈی)، انسانی پروٹین کے لیے دستی طور پر تشریح شدہ اور کیوریٹڈ اندراجات پر مشتمل ہے۔ اس طرح فراہم کردہ معلومات انتخابی اور جامع دونوں ہیں، اور استفسار کی شکل لچکدار اور بدیہی ہے۔ دستی طور پر تیار کردہ ڈیٹا بیس تیار کرنے کے فوائد میں پروف ریڈ مواد کی پیشکش اور مخصوص پروٹین کی ذمہ داری نبھانے کے لیے 'مالیکیول اتھارٹیز' کا تصور شامل ہے۔ تاہم، نقصانات یہ ہیں کہ وہ عام طور پر اپ ڈیٹ کرنے میں سست ہوتے ہیں اور ہو سکتا ہے کہ ان میں بہت نیا یا متنازعہ ڈیٹا نہ ہو۔ سیکوینس ڈیٹا پر مبنی پروفائلرز ایک عام سیکوینس پروفائلنگ ٹول ایک حقیقی ڈی این اے، آر این اے، یا پروٹین سیکوینس کو ان پٹ کے طور پر استعمال کرکے اسے مزید آگے لے جاتا ہے اور صارف کو مطلوبہ معلومات حاصل کرنے کے لیے مختلف ویب پر مبنی تجزیہ ٹولز پر جانے کی اجازت دیتا ہے۔ اس طرح کے اوزار عام طور پر تجارتی لیبارٹری کے آلات جیسے جین سیکوینسرز کے ساتھ بھی فراہم کیے جاتے ہیں یا بعض اوقات سالماتی حیاتیات کے لیے سافٹ ویئر ایپلی کیشنز کے طور پر فروخت کیے جاتے ہیں۔ ایک اور عوامی ڈیٹا بیس کی مثال میں، این سی بی آئی کی BLAST ترتیب تلاش کی رپورٹ اس کے اپنے ڈیٹا بیس میں دیگر متعلقہ معلومات کے لیے اس کی صف بندی کی رپورٹ سے ایک لنک فراہم کرتی ہے، اگر ایسی مخصوص معلومات موجود ہیں۔ مثال کے طور پر، ایک بازیافت شدہ ریکارڈ جس میں انسانی ترتیب ہوتی ہے اس میں ایک علیحدہ لنک ہوتا ہے جو انسانی جینوم کے نقشے پر اس کے مقام سے منسلک ہوتا ہے۔ ایک ریکارڈ جس میں ایک ترتیب ہوتی ہے جس کے لیے 3-D ڈھانچہ حل کیا گیا ہے اس میں ایک لنک ہوتا ہے جو اسے اس کے ڈھانچے کے ڈیٹا بیس سے جوڑتا ہے۔ سیکیوروم، ایک پبلک سروس ٹول، پوری BLAST رپورٹ کو بہت سے تھرڈ پارٹی سرورز/سائٹس سے جوڑتا ہے جو ترتیب میں ہیرا پھیری میں انتہائی مخصوص خدمات فراہم کرتے ہیں جیسے پابندی انزائم نقشے، نیوکلیوٹائڈ ترتیب کے لیے اوپن ریڈنگ فریم تجزیہ، اور ثانوی ساخت کی پیش گوئی۔ یہ ٹول صارف کی طرف سے انجام دی گئی کارروائیوں کے تحقیقی لاگ کو برقرار رکھنے کا اضافی فائدہ فراہم کرتا ہے، جسے پھر 'میل'، 'پرنٹ' یا 'سیو' فعالیت کا استعمال کرتے ہوئے آسانی سے محفوظ کیا جا سکتا ہے۔ اس طرح مختلف تحقیقی ٹولز کا استعمال کرتے ہوئے کسی ترتیب پر تحقیق کرنے اور اس طرح کسی پروجیکٹ کو اس کی تکمیل تک پہنچانے کا پورا عمل ایک براؤزر انٹرفیس کے اندر مکمل کیا جا سکتا ہے۔ نتیجتا، سیکوینس پروفائلنگ ٹولز کی مستقبل کی نسل میں پروجیکٹ لاگ اور تحقیقی ٹولز کا اشتراک کرنے کے لیے محققین کے ساتھ آن لائن تعاون کرنے کی صلاحیت، سیکوینس تجزیہ یا لیب ورک کے نتائج کی تشریح، سیکوینس ڈیٹا کے سیٹوں کی پروسیسنگ کو حسب ضرورت اور خودکار بنانا وغیرہ شامل ہوں گے۔ انسٹا سیک ایک گوگل سے چلنے والا سرچ ٹول ہے جو صارف کو براہ راست ایک ترتیب درج کرنے اور پوری ورلڈ وائڈ ویب کو تلاش کرنے کی اجازت دیتا ہے۔ یہ منفرد سرچ انجن، جو اپنی نوعیت کا واحد سرچ انجن ہے، مخصوص ڈیٹا بیس کی تلاش کے برعکس ہے۔ جین بینک۔ نتیجے کے طور پر، صارف دنیا میں کہیں سے بھی نجی طور پر ہوسٹ کردہ دستاویز یا کم معروف ڈیٹا بیس سے ایک صفحہ حاصل کر سکتا ہے۔ اگرچہ موجودہ منظر نامے میں ترتیب پر مبنی پروفائلرز کی موجودگی بہت کم ہے، لیکن ان کا کلیدی کردار اس وقت واضح ہو جائے گا جب پورٹلز اور ڈومینز میں بڑی مقدار میں ترتیب کے ڈیٹا کو کراس پروسیس کرنے کی ضرورت ہوگی۔ مستقبل کی ترقی اور سمت جینیاتی تجزیہ کے لیے بائیو انفارمیٹکس ٹولز کا پھیلاؤ محققین کو ان کے کام میں دلچسپی کے جین اور جین سیٹوں کی شناخت اور درجہ بندی کرنے میں مدد کرتا ہے۔ تاہم، ٹولز کی بڑی اقسام جو کافی حد تک اسی طرح کے مجموعی اور تجزیاتی افعال انجام دیتی ہیں وہ نئے صارفین کو بھی الجھ اور مایوس کر سکتی ہیں۔ مجموعی ٹولز کے ذریعے حوصلہ افزائی کی جانے والی وکندریقرت انفرادی تحقیقی گروپوں کو مخصوص قسم کے ڈیٹا تجزیہ کے لیے وقف خصوصی سرورز کو برقرار رکھنے کی اجازت دیتی ہے اس توقع میں کہ ان کی پیداوار دوسرے محققین کے لیے دلچسپی کے جین یا پروٹین پر ایک بڑی رپورٹ میں جمع کی جائے گی۔ مائیکرو ارے تجربات، دو ہائبرڈ اسکریننگ، اور دیگر ہائی تھرو پٹ حیاتیاتی تجربات سے تیار کردہ ڈیٹا بہت بڑا ہے اور ہاتھ سے تجزیہ کرنا مشکل ہے۔ ساختی جینومکس تعاون کی کوششیں جن کا مقصد بڑی تعداد میں انتہائی متنوع پروٹین ڈھانچوں کو تیزی سے حل کرنا ہے وہ ترتیب اور ساخت کے ڈیٹا بیس اور پورٹلز کے درمیان انضمام کی ضرورت کو بھی بڑھاتا ہے۔ سیکوینس پروفائلنگ کے زیادہ جامع اور زیادہ صارف دوست طریقوں کو تیار کرنے کی طرف یہ محرک اسے موجودہ جینومکس محققین کے درمیان تحقیق کا ایک فعال شعبہ بناتا ہے۔ یہ بھی دیکھیں کہ اینٹریز میٹا ڈیٹا سیکوینس تجزیہ سیکوینس موٹف سیکیوروم حوالہ جات بائیو انفارمیٹکس سافٹ ویئر