Semantide
سیمنٹائڈز (یا سیمنٹوفورٹک مالیکیولز) حیاتیاتی میکرو مالیکیولز ہیں جو جینیاتی معلومات یا اس کی نقل رکھتے ہیں۔ تین مختلف زمروں یا سیمنٹائڈز کو ممتاز کیا جاتا ہے: پرائمری، سیکنڈری اور ترتیری۔ پرائمری سیمنٹائڈز جین ہوتے ہیں، جو ڈی این اے پر مشتمل ہوتے ہیں۔ ثانوی سیمنٹائڈز میسنجر آر این اے کی زنجیر ہیں، جو ڈی این اے سے نقل کی جاتی ہیں۔ ترتیری سیمنٹائڈز پولی پیپٹائڈز ہیں، جن کا ترجمہ میسنجر آر این اے سے کیا جاتا ہے۔ یوکرائیوٹک حیاتیات میں، پرائمری سیمنٹائڈز نیوکلیئر، مائٹوکونڈریل یا پلاسٹڈ ڈی این اے پر مشتمل ہو سکتے ہیں۔ تمام پرائمری سیمنٹائڈز بالآخر ترتیری سیمنٹائڈز نہیں بناتے ہیں۔ کچھ پرائمری سیمنٹائڈز کو ایم آر این اے (نان کوڈنگ ڈی این اے) میں نقل نہیں کیا جاتا ہے اور کچھ سیکنڈری سیمنٹائڈز کو پولی پیپٹائڈز (نان کوڈنگ آر این اے) میں ترجمہ نہیں کیا جاتا ہے۔ سیمنٹائڈز کی پیچیدگی بہت مختلف ہوتی ہے۔ ترتیری سیمنٹائڈز کے لیے، بڑی گلوبولر پولی پیپٹائڈ زنجیریں سب سے زیادہ پیچیدہ ہوتی ہیں جبکہ ساختی پروٹین، جو سادہ ترتیبات کو دہرانے پر مشتمل ہوتے ہیں، کم سے کم پیچیدہ ہوتے ہیں۔ سیمنٹائڈ اور متعلقہ اصطلاحات لینس پالنگ اور ایمیل زکرکنڈل نے وضع کیں۔ اگرچہ سیمنٹائڈز جدید فائیلوجینیٹکس میں استعمال ہونے والے اعداد و شمار کی بڑی قسم ہیں، لیکن یہ اصطلاح خود عام طور پر استعمال نہیں ہوتی ہے۔ متعلقہ اصطلاحات آئسوسیمینٹک ڈی این اے یا آر این اے جو بنیادی ترتیب میں مختلف ہوتی ہیں، لیکن ایک جیسی پولی پیپٹائڈ زنجیروں میں ترجمہ ہوتی ہیں انہیں آئسوسیمینٹک کہا جاتا ہے۔ ایپیسیمینٹک مالیکیولز جو انزائمز (ترتیری سیمنٹائڈز) کے ذریعے ترکیب کیے جاتے ہیں انہیں ایپیسیمینٹک مالیکیولز کہا جاتا ہے۔ ایپیسیمینٹک مالیکیولز کی اقسام سیمنٹائڈز سے زیادہ ہوتی ہیں، جو صرف تین اقسام (ڈی این اے، آر این اے یا پولی پیپٹائڈز) پر مشتمل ہوتی ہیں۔ تمام پولی پیپٹائڈز ترتیری سیمنٹائڈز نہیں ہوتے ہیں۔ کچھ، بنیادی طور پر چھوٹے پولی پیپٹائڈز، ایپیسیمینٹک مالیکیول بھی ہو سکتے ہیں۔ ایسیمینٹک مالیکیولز جو کسی جاندار کے ذریعہ پیدا نہیں ہوتے ہیں انہیں ایسیمینٹک مالیکیولز کہا جاتا ہے، کیونکہ ان میں کوئی جینیاتی معلومات نہیں ہوتی ہیں۔ ایسمینٹک مالیکیولز کو انابولک عمل کے ذریعے ایپیسیمینٹک مالیکیولز میں تبدیل کیا جا سکتا ہے۔ جب وہ جینوم میں ضم ہوتے ہیں تو ایسیمینٹک مالیکیول بھی سیمنٹک مالیکیول بن سکتے ہیں۔ بعض وائرس اور ایپیسومز میں یہ صلاحیت ہوتی ہے۔ جب کسی مالیکیول کو سیمنٹک، ایپیسیمینٹک یا ایسیمینٹک کہا جاتا ہے، تو یہ صرف ایک مخصوص جاندار پر لاگو ہوتا ہے۔ ایک جاندار کے لیے سیمنٹک مالیکیول دوسرے جاندار کے لیے سیمنٹک ہو سکتا ہے۔ تحقیقی ایپلی کیشنز سیمنٹائڈز کو حیاتیات کی ارتقائی تاریخ کا مطالعہ کرنے کے لیے فائیلوجنیٹک معلومات کے طور پر استعمال کیا جاتا ہے۔ ابتدائی سیمنٹائڈز کا استعمال تقابلی حیاتیاتی تنوع کے تجزیے میں بھی کیا جاتا ہے۔ تاہم، چونکہ ایکسٹرا سیلولر ڈی این اے کچھ وقت تک برقرار رہ سکتا ہے، اس طرح کے تجزیے غیر فعال اور یا مردہ حیاتیات سے فعال ہونے کا پتہ نہیں لگا سکتے۔ ارتقائی تاریخ کے مطالعہ کے لیے حیاتیاتی میکرو مالیکیول کس حد تک معلوماتی ہیں اس میں فرق ہے۔ ایک مالیکیول جتنا زیادہ پیچیدہ ہوتا ہے، فائیلوجنیٹکس کے لیے اتنا ہی زیادہ معلوماتی ہوتا ہے۔ پرائمری اور سیکنڈری سیمنٹائڈز میں سب سے زیادہ معلومات ہوتی ہیں۔ ترتیری سیمنٹائڈز میں، کچھ معلومات ضائع ہو جاتی ہیں، کیونکہ بہت سے امینو ایسڈ کو ایک سے زیادہ کوڈن کے ذریعے کوڈ کیا جاتا ہے۔ مہاکاوی مالیکیولز (مثال کے طور پر۔ کیروٹینائڈز) فائیلوجینیٹکس کے لیے بھی معلوماتی ہیں۔ تاہم، ان مالیکیولز کی تقسیم سیمنٹائڈز پر مبنی فائیلوجینیز کے ساتھ بالکل مطابقت نہیں رکھتی ہے۔ لہذا، اب بھی اکثر آزاد تصدیق کی ضرورت ہوتی ہے۔ ترکیب کے راستے میں جتنے زیادہ انزائم شامل ہوتے ہیں، اس بات کا امکان اتنا ہی زیادہ ہوتا ہے کہ اس طرح کے راستے الگ الگ تیار ہوئے ہوں۔ لہذا، ایپیسیمینٹک مالیکیولز کے لیے، وہ مالیکیولز جو کم سے کم پیچیدہ ایسیمینٹک مالیکیولز سے ترکیب کیے جاتے ہیں، فائیلوجینیٹکس میں سب سے زیادہ معلوماتی ہوتے ہیں۔ تاہم، مختلف راستے ایک جیسے یا یہاں تک کہ ایک جیسے مالیکیولز کی ترکیب کر سکتے ہیں۔ مثال کے طور پر، جانوروں، پودوں اور دیگر یوکرائٹس میں، وٹامن سی کی ترکیب کے لیے مختلف راستے پائے گئے ہیں۔ لہذا، بعض مالیکیولز کو فائیلوجنیٹک تعلقات کا مطالعہ کرنے کے لیے استعمال نہیں کیا جانا چاہیے۔ اگرچہ غیر صوابدیدی مالیکیول حیاتیات کے ایک گروپ کی کچھ مقداری یا معیاری خصوصیات کی نشاندہی کر سکتے ہیں، لیکن انہیں فائیلوجینیٹکس کے لیے ناقابل اعتماد اور غیر معلوماتی سمجھا جاتا ہے۔ مختلف سیمنٹائڈز کا استعمال کرتے ہوئے تجزیہ متضاد فائیلوجینیز پیدا کر سکتے ہیں۔ تاہم، اگر فائیلوجینیز ہم آہنگ ہیں، تو ارتقائی تعلقات کے لیے مزید حمایت حاصل ہوتی ہے۔ بڑی ترتیبات کا تجزیہ کرکے (مثال کے طور پر۔ مکمل مائٹوکونڈریل جینوم کے سلسلے)، فائیلوجینیز کی تعمیر کی جا سکتی ہے، جو زیادہ حل شدہ ہوتی ہیں اور زیادہ معاون ہوتی ہیں۔ سیمنٹائڈز کی مثالیں جو اکثر مطالعات میں استعمال ہوتی ہیں زیادہ تر حیاتیات میں عام ہیں اور وقت کے ساتھ آہستہ آہستہ تبدیل ہونے کے لیے جانی جاتی ہیں۔ ان میکرو مالیکیولز کی مثالیں یہ ہیں: اے ٹی پی ایز سائٹوکروم بی سائٹوکروم سی آکسیڈیز سب یونٹ I ہیٹ شاک پروٹین جینز ہسٹون ایچ 3 ریکا ریکومبینیشن ایکٹیویٹنگ جین 1 ربونوکلیز پی آر این اے رائبوسومل ڈی این اے (مثال کے طور پر۔ 28 ایس آر ڈی این اے) رائبوسومل آر این اے (مثال کے طور پر۔ 16S rRNA) حوالہ جات فائیلوجینیٹکس