Rosetta@home
Rosetta@home ایک رضاکارانہ کمپیوٹنگ پروجیکٹ ہے جو بیکر لیب کے زیر انتظام برکلے اوپن انفراسٹرکچر فار نیٹ ورک کمپیوٹنگ (BOINC) پلیٹ فارم پر پروٹین ڈھانچے کی پیش گوئی پر تحقیق کر رہا ہے۔ Rosetta@home کا مقصد پروٹین پروٹین ڈاکنگ کی پیش گوئی کرنا اور 19 ستمبر 2020 تک اوسطا 487,946 گیگا فلاپس پر تقریبا پچاس ہزار فعال رضاکارانہ کمپیوٹر پروسیسنگ کی مدد سے نئے پروٹین ڈیزائن کرنا ہے۔ فولڈٹ، ایک Rosetta@home ویڈیو گیم، کا مقصد ہجوم سورسنگ کے نقطہ نظر کے ساتھ ان اہداف تک پہنچنا ہے۔ اگرچہ پروجیکٹ کا زیادہ تر حصہ پروٹومکس طریقوں کی درستگی اور مضبوطی کو بہتر بنانے کے لیے بنیادی تحقیق کی طرف مبنی ہے، Rosetta@home ملیریا، الزائمر کی بیماری، اور دیگر امراض پر بھی تحقیق کرتا ہے۔ BOINC کے تمام منصوبوں کی طرح، Rosetta@home رضاکاروں کے کمپیوٹرز سے خالی کمپیوٹر پروسیسنگ وسائل کا استعمال انفرادی ورک یونٹس پر حساب کتاب کرنے کے لیے کرتا ہے۔ مکمل نتائج ایک مرکزی پروجیکٹ سرور کو بھیجے جاتے ہیں جہاں ان کی توثیق کی جاتی ہے اور انہیں پروجیکٹ ڈیٹا بیس میں ضم کیا جاتا ہے۔ پروجیکٹ کراس پلیٹ فارم ہے، اور مختلف قسم کے ہارڈ ویئر کنفیگریشن پر چلتا ہے۔ صارفین Rosetta@home اسکرین سیور پر اپنے انفرادی پروٹین ڈھانچے کی پیش رفت دیکھ سکتے ہیں۔ بیماری سے متعلق تحقیق کے علاوہ، Rosetta@home نیٹ ورک ساختی بائیو انفارمیٹکس میں نئے طریقوں کے لیے ٹیسٹنگ فریم ورک کے طور پر کام کرتا ہے۔ اس طرح کے طریقے پھر روزیٹا پر مبنی دیگر ایپلی کیشنز میں استعمال کیے جاتے ہیں، جیسے روزیٹا ڈاک یا ہیومن پروٹیوم فولڈنگ پروجیکٹ اور مائیکرو بایوم امیونٹی پروجیکٹ، کافی حد تک تیار ہونے اور رضاکارانہ کمپیوٹرز کے بڑے اور متنوع سیٹ پر مستحکم ثابت ہونے کے بعد۔ Rosetta@home میں تیار کردہ نئے طریقوں کے لیے دو خاص طور پر اہم ٹیسٹ ہیں پروٹین ڈھانچے کی پیش گوئی کے لیے تکنیکوں کی تنقیدی تشخیص (CASP) اور تعاملات کی پیش گوئی کی تنقیدی تشخیص (CAPRI) تجربات، دو سالہ تجربات جو بالترتیب پروٹین کی ساخت کی پیش گوئی اور پروٹین پروٹین ڈاکنگ کی پیش گوئی میں آرٹ کی حالت کا جائزہ لیتے ہیں۔ روزیٹا مستقل طور پر سب سے اہم ڈاکنگ پیشن گوئی کرنے والوں میں شامل ہے، اور دستیاب بہترین ترتیری ڈھانچے کے پیشن گوئی کرنے والوں میں سے ایک ہے۔ SARS-CoV-2 کی وجہ سے ہونے والی COVID-19 وبائی بیماری کے خلاف جنگ میں حصہ لینے کے خواہاں نئے صارفین کی آمد کے ساتھ، Rosetta@home نے 28 مارچ 2020 تک اپنی کمپیوٹنگ طاقت کو 1.7 پیٹا فلاپس تک بڑھا دیا ہے۔ 9 ستمبر 2020 کو، Rosetta@home محققین نے ایک مقالہ شائع کیا جس میں سارس-کوو-2 کے خلاف 10 طاقتور اینٹی وائرل امیدواروں کو بیان کیا گیا۔ Rosetta@home نے اس تحقیق میں تعاون کیا اور یہ اینٹی وائرل امیدوار فیز 1 کلینیکل ٹرائلز کی طرف بڑھ رہے ہیں، جو 2022 کے اوائل میں شروع ہو سکتے ہیں۔ Rosetta@home ٹیم کے مطابق روزیٹا کے رضاکاروں نے نینو پارٹیکل ویکسین تیار کرنے میں اہم کردار ادا کیا۔ اس ویکسین کو لائسنس دیا گیا ہے اور اسے آئکوساویکس کے ذریعہ آئی وی ایکس-411 کے نام سے جانا جاتا ہے، جس نے جون 2021 میں فیز I/II کلینیکل ٹرائل شروع کیا تھا، اور جی بی پی 510 جو ایس کے بائیو سائنس کے ذریعہ تیار کیا جا رہا ہے اور جنوبی کوریا میں فیز III کلینیکل ٹرائل کے لیے پہلے ہی منظور شدہ ہے۔ این ایل-201، ایک کینسر کی دوا کا امیدوار جو پہلی بار انسٹی ٹیوٹ آف پروٹین ڈیزائن (آئی پی ڈی) میں بنایا گیا تھا اور جنوری 2019 کے مقالے میں شائع ہوا تھا، نے مئی 2021 میں نیولوکن تھیراپیوٹکس کے تعاون سے فیز 1 ہیومن کلینیکل ٹرائل شروع کیا، جو خود آئی پی ڈی کا ایک اسپن آف ہے۔ Rosetta@home نے این ایل-201 کی ترقی میں ایک کردار ادا کیا اور "فارورڈ فولڈنگ" تجربات کے ساتھ تعاون کیا جس سے پروٹین کے ڈیزائن کی توثیق کرنے میں مدد ملی۔ کمپیوٹنگ پلیٹ فارم Rosetta@home ایپلی کیشن اور BOINC رضاکارانہ کمپیوٹنگ پلیٹ فارم آپریٹنگ سسٹم ونڈوز، لینکس، اور میک او ایس کے لیے دستیاب ہیں۔ BOINC کئی دیگر پر بھی چلتا ہے، جیسے کہ فری بی ایس ڈی۔ Rosetta@home میں شرکت کے لیے کم از کم 500 میگاہرٹز کی گھڑی کی رفتار کے ساتھ ایک سنٹرل پروسیسنگ یونٹ (سی پی یو)، 200 میگا بائٹس فری ڈسک اسپیس، 512 میگا بائٹس فزیکل میموری، اور انٹرنیٹ کنیکٹوٹی کی ضرورت ہوتی ہے۔ 20 جولائی 2016 تک روزیٹا منی ایپلی کیشن کا موجودہ ورژن 3.73 ہے۔ موجودہ تجویز کردہ BOINC پروگرام ورژن 7.6.22 ہے۔ معیاری ہائپر ٹیکسٹ ٹرانسفر پروٹوکول (HTTP) (پورٹ 80) کا استعمال صارف کے BOINC کلائنٹ اور یونیورسٹی آف واشنگٹن کے Rosetta@home سرورز کے درمیان بات چیت کے لیے کیا جاتا ہے۔ HTTPS (پورٹ 443) پاس ورڈ کے تبادلے کے دوران استعمال ہوتا ہے۔ BOINC کلائنٹ کا ریموٹ اور مقامی کنٹرول پورٹ 31416 اور پورٹ 1043 کا استعمال کرتا ہے، جسے خاص طور پر ان بلاک کرنے کی ضرورت پڑ سکتی ہے اگر وہ فائر وال کے پیچھے ہوں۔ انفرادی پروٹین کے اعداد و شمار پر مشتمل ورک یونٹس کو یونیورسٹی آف واشنگٹن میں بیکر لیب میں واقع سرورز سے رضاکاروں کے کمپیوٹرز میں تقسیم کیا جاتا ہے، جو پھر تفویض شدہ پروٹین کے لیے ساخت کی پیش گوئی کا حساب لگاتے ہیں۔ کسی دیئے گئے پروٹین پر ڈپلیکیٹ ڈھانچے کی پیش گوئیوں سے بچنے کے لیے، ہر ورک یونٹ کو بے ترتیب بیج نمبر کے ساتھ شروع کیا جاتا ہے۔ یہ ہر پیش گوئی کو پروٹین کے توانائی کے منظر نامے کے ساتھ نزول کی ایک منفرد رفتار فراہم کرتا ہے۔ Rosetta@home سے پروٹین کی ساخت کی پیش گوئیاں کسی دیئے گئے پروٹین کے توانائی کے منظر نامے میں عالمی کم از کم کا تخمینہ ہیں۔ یہ عالمی کم از کم پروٹین کی سب سے زیادہ توانائی سے سازگار تشکیل کی نمائندگی کرتا ہے، یعنی اس کی آبائی حالت۔ Rosetta@home گرافیکل یوزر انٹرفیس (GUI) کی ایک بنیادی خصوصیت ایک اسکرین سیور ہے جو مصنوعی پروٹین فولڈنگ کے عمل کے دوران موجودہ ورک یونٹ کی پیشرفت کو ظاہر کرتا ہے۔ موجودہ اسکرین سیور کے اوپری بائیں طرف، ہدف پروٹین کو سب سے کم توانائی کے ڈھانچے کی تلاش میں مختلف شکلیں (تشکیل) اپناتے ہوئے دکھایا گیا ہے۔ دائیں طرف فوری طور پر دکھایا گیا ڈھانچہ حال ہی میں قبول شدہ ڈھانچہ ہے۔ اوپری دائیں طرف موجودہ ڈیکائے کی سب سے کم توانائی کی تشکیل دکھائی گئی ہے ؛ اس کے نیچے پروٹین کی صحیح، یا مقامی، ساخت ہے اگر اس کا تعین پہلے ہی ہو چکا ہے۔ اسکرین سیور میں تین گراف شامل ہیں۔ وسط کے قریب، قبول شدہ ماڈل کی تھرموڈینامک فری انرجی کے لیے ایک گراف دکھایا جاتا ہے، جو قبول شدہ ماڈل کی تبدیلیوں کے ساتھ اتار چڑھاؤ کرتا ہے۔ قبول شدہ ماڈل کے جڑ-مطلب-مربع انحراف (آر ایم ایس ڈی) کا گراف، جو اس بات کی پیمائش کرتا ہے کہ قبول شدہ ماڈل ساختی طور پر مقامی ماڈل سے کتنا ملتا جلتا ہے، بالکل دائیں طرف دکھایا گیا ہے۔ قبول شدہ توانائی گراف کے دائیں طرف اور آر ایم ایس ڈی گراف کے نیچے، ان دونوں افعال کے نتائج کو توانائی بمقابلہ آر ایم ایس ڈی پلاٹ تیار کرنے کے لیے استعمال کیا جاتا ہے کیونکہ ماڈل بتدریج بہتر ہوتا ہے۔ BOINC کے تمام منصوبوں کی طرح، Rosetta@home میزبان آپریٹنگ سسٹم پر کسی اکاؤنٹ میں لاگ ان کرنے سے پہلے یا اس سے پہلے، بیکار کمپیوٹر پاور کا استعمال کرتے ہوئے، صارف کے کمپیوٹر کے پس منظر میں چلتا ہے۔ پروگرام سی پی یو سے وسائل کو آزاد کرتا ہے جیسا کہ دیگر ایپلی کیشنز کو ان کی ضرورت ہوتی ہے تاکہ عام کمپیوٹر کا استعمال متاثر نہ ہو۔ پروگرام کی بہت سی ترتیبات صارف کے اکاؤنٹ کی ترجیحات کے ذریعے متعین کی جا سکتی ہیں، بشمول: سی پی یو وسائل کا زیادہ سے زیادہ فیصد جو پروگرام استعمال کر سکتا ہے (مستقل صلاحیت پر چلنے والے کمپیوٹر سے بجلی کی کھپت یا حرارت کی پیداوار کو کنٹرول کرنے کے لیے)، دن کا وہ وقت جس کے دوران پروگرام چل سکتا ہے، اور بہت کچھ۔ پروجیکٹ کی اہمیت جینوم کی ترتیب کے منصوبوں کے پھیلاؤ کے ساتھ، سائنس دان خلیات کے اندر افعال انجام دینے والے بہت سے پروٹینوں کی امینو ایسڈ کی ترتیب، یا بنیادی ساخت کا اندازہ لگا سکتے ہیں۔ پروٹین کے کام کو بہتر طور پر سمجھنے اور عقلی دوا کے ڈیزائن میں مدد کے لیے، سائنس دانوں کو پروٹین کی سہ جہتی ترتیری ساخت کو جاننے کی ضرورت ہے۔ پروٹین تھری ڈی ڈھانچے کا تعین فی الحال ایکس رے کرسٹلگرافی یا نیوکلیئر مقناطیسی گونج (این ایم آر) سپیکٹروسکوپی کے ذریعے تجرباتی طور پر کیا جاتا ہے۔ یہ عمل سست ہے (پہلی بار پروٹین کو کرسٹلائز کرنے کا طریقہ معلوم کرنے میں ہفتوں یا مہینوں تک کا وقت لگ سکتا ہے) اور مہنگا (تقریبا 100,000 امریکی ڈالر فی پروٹین)۔ بدقسمتی سے، جس شرح پر نئے سلسلے دریافت کیے جاتے ہیں وہ ساخت کے تعین کی شرح سے کہیں زیادہ ہے-نیشنل سینٹر فار بائیوٹیکنالوجی انفارمیشن (این سی بی آئی) نان ریڈینڈینٹ (این آر) پروٹین ڈیٹا بیس میں دستیاب 7,400,000 سے زیادہ پروٹین کے سلسلے میں سے، 52,000 سے بھی کم پروٹین کے تھری ڈی ڈھانچے کو حل کیا گیا ہے اور پروٹین ڈیٹا بینک میں جمع کیا گیا ہے، جو پروٹین پر ساختی معلومات کا مرکزی ذخیرہ ہے۔ Rosetta@home کے اہم اہداف میں سے ایک موجودہ طریقوں کی طرح ہی درستگی کے ساتھ پروٹین کے ڈھانچے کی پیش گوئی کرنا ہے، لیکن اس طرح سے جس میں نمایاں طور پر کم وقت اور رقم کی ضرورت ہوتی ہے۔ Rosetta@home جھلی پروٹین کی ساخت اور ڈاکنگ کا تعین کرنے کے طریقے بھی تیار کرتا ہے (مثال کے طور پر، جی پروٹین جوڑے ہوئے ریسیپٹرز (جی پی سی آر))، جن کا ایکس رے کرسٹلگرافی اور این ایم آر سپیکٹروسکوپی جیسی روایتی تکنیکوں کے ساتھ تجزیہ کرنا غیر معمولی طور پر مشکل ہے، پھر بھی جدید ادویات کے لیے زیادہ تر اہداف کی نمائندگی کرتا ہے۔ پروٹین کی ساخت کی پیش گوئی میں پیشرفت کا اندازہ پروٹین کی ساخت کی پیش گوئی (سی اے ایس پی) کے تجربے کے لیے تکنیکوں کی دو سالہ تنقیدی تشخیص میں کیا جاتا ہے، جس میں دنیا بھر کے محققین پروٹین کے امینو ایسڈ کی ترتیب سے پروٹین کی ساخت حاصل کرنے کی کوشش کرتے ہیں۔ اس بعض اوقات مسابقتی تجربے میں اعلی اسکور کرنے والے گروپوں کو پروٹین کی ساخت کی پیش گوئی میں جدید ترین صورتحال کے لیے ڈی فیکٹو معیاری حامل سمجھا جاتا ہے۔ روزیٹا، وہ پروگرام جس پر Rosetta@home مبنی ہے، 2002 میں CASP5 کے بعد سے استعمال کیا جا رہا ہے۔ 2004 کے سی اے ایس پی 6 تجربے میں، روزیٹا نے سی اے ایس پی ہدف T0281 کے لیے اپنے پیش کردہ ماڈل میں جوہری سطح کے قریب ریزولوشن، اے بی انیشیو پروٹین ڈھانچے کی پیش گوئی کرنے والا پہلا شخص بن کر تاریخ رقم کی۔ اے بی انیٹیو ماڈلنگ کو پروٹین کی ساخت کی پیش گوئی کا ایک خاص طور پر مشکل زمرہ سمجھا جاتا ہے، کیونکہ یہ ساختی ہومیولوجی سے معلومات کا استعمال نہیں کرتا ہے اور اسے پروٹین کے اندر سیکوینس ہومیولوجی اور ماڈلنگ جسمانی تعاملات سے معلومات پر انحصار کرنا چاہیے۔ Rosetta@home کا استعمال 2006 سے CASP میں کیا جا رہا ہے، جہاں یہ CASP7 میں ساخت کی پیشن گوئی کے ہر زمرے میں سب سے اوپر پیشن گوئی کرنے والوں میں شامل تھا۔ یہ اعلی معیار کی پیش گوئیاں Rosetta@home رضاکاروں کے ذریعہ دستیاب کردہ کمپیوٹنگ طاقت کے ذریعہ فعال کی گئیں۔ کمپیوٹنگ کی طاقت میں اضافہ Rosetta@home کو تشکیل کی جگہ کے مزید علاقوں کا نمونہ لینے کی اجازت دیتا ہے (ممکنہ شکلیں جو ایک پروٹین فرض کر سکتا ہے)، جو لیونتھال کے پیراڈوکس کے مطابق، پروٹین کی لمبائی کے ساتھ تیزی سے بڑھنے کی پیش گوئی کی جاتی ہے۔ روزیٹا پروٹین-پروٹین ڈاکنگ پیشن گوئی میں بھی استعمال ہوتا ہے، جو متعدد پیچیدہ پروٹین، یا چوتھائی ساخت کی ساخت کا تعین کرتا ہے۔ اس قسم کا پروٹین تعامل بہت سے سیلولر افعال کو متاثر کرتا ہے، بشمول اینٹیجن-اینٹی باڈی اور انزائم-انفیکٹر بائنڈنگ اور سیلولر درآمد اور برآمد۔ ان تعاملات کا تعین منشیات کے ڈیزائن کے لیے اہم ہے۔ روزیٹا کا استعمال کریٹیکل اسسمنٹ آف پریڈکشن آف انٹرایکشنز (سی اے پی آر آئی) کے تجربے میں کیا جاتا ہے، جو پروٹین ڈاکنگ فیلڈ کی حالت کا اندازہ کرتا ہے جس طرح سی اے ایس پی گیجز پروٹین کی ساخت کی پیش گوئی میں ترقی کرتے ہیں۔ Rosetta@home کے پروجیکٹ رضاکاروں کے ذریعہ دستیاب کردہ کمپیوٹنگ طاقت کو CAPRI 2007 میں روزیٹا کی کارکردگی میں ایک اہم عنصر کے طور پر پیش کیا گیا ہے، جہاں اس کی ڈاکنگ کی پیش گوئیاں انتہائی درست اور مکمل رہی ہیں۔ 2008 کے اوائل میں، روزیٹا کو کمپیوٹیشنل طور پر ایک پروٹین ڈیزائن کرنے کے لیے استعمال کیا گیا تھا جس میں ایک فنکشن تھا جو فطرت میں پہلے کبھی نہیں دیکھا گیا تھا۔ یہ جزوی طور پر 2004 کے ایک ہائی پروفائل پیپر کے پیچھے ہٹنے سے متاثر ہوا تھا جس میں اصل میں پروٹین کے کمپیوٹیشنل ڈیزائن کو اس کی قدرتی شکل کے مقابلے میں بہتر انزیمیٹک سرگرمی کے ساتھ بیان کیا گیا تھا۔ ڈیوڈ بیکر کے گروپ کے 2008 کے تحقیقی مقالے میں بتایا گیا ہے کہ پروٹین کیسے بنایا گیا، جس میں اس کے دستیاب کردہ کمپیوٹنگ وسائل کے لیے Rosetta@home کا حوالہ دیا گیا، اس پروٹین ڈیزائن کے طریقہ کار کے تصور کے ایک اہم ثبوت کی نمائندگی کرتا ہے۔ اس قسم کے پروٹین ڈیزائن کے مستقبل میں منشیات کی دریافت، گرین کیمسٹری، اور بائیو ریمیڈیشن میں استعمال ہو سکتے ہیں۔ بیماری سے متعلق تحقیق پروٹین کی ساخت، ڈاکنگ اور ڈیزائن کی پیش گوئی میں بنیادی تحقیق کے علاوہ، بیماری سے متعلق فوری تحقیق میں بھی Rosetta@home کا استعمال کیا جاتا ہے۔ متعدد معمولی تحقیقی منصوبوں کو ڈیوڈ بیکر کے Rosetta@home جریدے میں بیان کیا گیا ہے۔ فروری 2014 تک، حالیہ اشاعتوں کے بارے میں معلومات اور کام کی مختصر تفصیل کو فورم پر اپ ڈیٹ کیا جا رہا ہے۔ فورم تھریڈ اب 2016 سے استعمال نہیں ہوتا ہے، اور تحقیق سے متعلق خبریں پروجیکٹ کے عمومی خبروں کے حصے پر مل سکتی ہیں۔ الزائمر کی بیماری روزیٹا سافٹ ویئر سوٹ کا ایک جزو، روزیٹا ڈیزائن، درست طریقے سے پیش گوئی کرنے کے لیے استعمال کیا گیا تھا کہ امیلائڈوجینک پروٹین کے کون سے علاقوں میں امیلائڈ جیسے فائبرلز بننے کا زیادہ امکان ہے۔ دلچسپی کے پروٹین کے ہیکساپپٹائڈز (چھ امینو ایسڈ لمبے ٹکڑے) لے کر اور ایک معروف فائبرل بنانے والے ہیکساپپٹائڈ سے ملتی جلتی ساخت کے لیے سب سے کم توانائی کے میچ کا انتخاب کرکے، روزیٹا ڈیزائن بے ترتیب پروٹین کی طرح فائبرلز بنانے کے امکان سے دوگنا پیپٹائڈز کی شناخت کرنے میں کامیاب رہا۔ Rosetta@home کا استعمال اسی مطالعے میں امیلوئڈ بیٹا کے ڈھانچے کی پیش گوئی کے لیے کیا گیا تھا، جو ایک فائبرل بنانے والا پروٹین ہے جسے الزائمر کی بیماری کا سبب بننے کے لیے پیش کیا گیا ہے۔ روزیٹا کے ڈیزائن کردہ پروٹین پر ابتدائی لیکن ابھی تک غیر شائع شدہ نتائج سامنے آئے ہیں جو فائبرلز کو بننے سے روک سکتے ہیں، حالانکہ یہ معلوم نہیں ہے کہ یہ بیماری کو روک سکتا ہے یا نہیں۔ اینتھراکس روزیٹا کا ایک اور جزو، روزیٹا ڈاک، تین پروٹینوں-مہلک عنصر (ایل ایف)، ایڈیما عنصر (ای ایف) اور حفاظتی اینٹیجن (پی اے)-جو اینتھراکس ٹاکسن بناتے ہیں، کے درمیان تعاملات کا نمونہ بنانے کے لیے تجرباتی طریقوں کے ساتھ مل کر استعمال کیا گیا تھا۔ کمپیوٹر ماڈل نے ایل ایف اور پی اے کے درمیان ڈاکنگ کی درست پیش گوئی کی، جس سے یہ قائم کرنے میں مدد ملی کہ ایل ایف-پی اے کمپلیکس میں متعلقہ پروٹین کے کون سے ڈومین شامل ہیں۔ یہ بصیرت بالآخر تحقیق میں استعمال کی گئی جس کے نتیجے میں بہتر اینتھراکس ویکسین بن گئیں۔ ہرپس سمپلیکس وائرس 1 روزیٹا ڈاک کا استعمال ایک اینٹی باڈی (امیونوگلوبلین جی) اور سردی کے زخم والے وائرس، ہرپس سمپلیکس وائرس 1 (ایچ ایس وی-1) کے ذریعے ظاہر کردہ سطح کے پروٹین کے درمیان ڈاکنگ ماڈل بنانے کے لیے کیا گیا تھا جو اینٹی وائرل اینٹی باڈی کو خراب کرنے کا کام کرتا ہے۔ روزیٹا ڈاک کی طرف سے پیش گوئی کردہ پروٹین کمپلیکس نے خاص طور پر حاصل کرنے میں مشکل تجرباتی ماڈلز سے قریب سے اتفاق کیا، جس سے محققین نے یہ نتیجہ اخذ کیا کہ ڈاکنگ کے طریقہ کار میں پروٹین-پروٹین انٹرفیس کی ماڈلنگ کے ساتھ ایکس رے کرسٹلگرافی کے کچھ مسائل کو حل کرنے کی صلاحیت ہے۔ ایچ آئی وی بل اینڈ میلنڈا گیٹس فاؤنڈیشن کی طرف سے 19.4 ملین ڈالر کی گرانٹ سے مالی اعانت فراہم کردہ تحقیق کے ایک حصے کے طور پر، انسانی امیونو ڈیفیشینسی وائرس (ایچ آئی وی) کے لیے متعدد ممکنہ ویکسین ڈیزائن کرنے میں استعمال کیا گیا ہے۔ ملیریا عالمی صحت کے اقدام میں گرینڈ چیلنجز سے وابستہ تحقیق میں، روزیٹا کو کمپیوٹیشنل طور پر نوول ہومنگ اینڈو نیوکلیز پروٹین ڈیزائن کرنے کے لیے استعمال کیا گیا ہے، جو انافلیز گیمبیا کو ختم کر سکتا ہے یا بصورت دیگر مچھر کو ملیریا منتقل کرنے سے قاصر بنا سکتا ہے۔ خاص طور پر پروٹین-ڈی این اے کے تعاملات کو ماڈل اور تبدیل کرنے کے قابل ہونا، جیسے ہومنگ اینڈو نیوکلیسیس، روزیٹا جیسے کمپیوٹیشنل پروٹین ڈیزائن کے طریقوں کو جین تھراپی میں اہم کردار ادا کرتا ہے (جس میں کینسر کے ممکنہ علاج بھی شامل ہیں)۔ کووڈ-19 روزیٹا مالیکیولر ماڈلنگ سوٹ کو حال ہی میں سارس-کوو-2 سپائیک پروٹین کے جوہری پیمانے کے ڈھانچے کی درست پیش گوئی کرنے کے لیے استعمال کیا گیا تھا اس سے کئی ہفتے پہلے کہ اسے لیب میں ماپا جا سکے۔ 26 جون 2020 کو، پروجیکٹ نے اعلان کیا کہ وہ اینٹی وائرل پروٹین بنانے میں کامیاب ہوا ہے جو لیب میں سارس-کوو-2 وائرینز کو بے اثر کرتا ہے اور یہ کہ ان تجرباتی اینٹی وائرل دوائیوں کو جانوروں کی جانچ کے ٹرائلز کے لیے بہتر بنایا جا رہا ہے۔ ایک فالو اپ میں، 10 سارس-کوو-2 منی پروٹین انفیکٹرز کی وضاحت کرنے والا ایک مقالہ 9 ستمبر کو سائنس میں شائع ہوا۔ ان میں سے دو انفیکٹرز، ایل سی بی 1 اور ایل سی بی 3، مولر اور ماس دونوں بنیادوں پر سارس-کوو-2 کے خلاف تیار کیے جانے والے بہترین مونوکلونل اینٹی باڈیز سے کئی گنا زیادہ طاقتور ہیں۔ اس کے علاوہ، تحقیق سے پتہ چلتا ہے کہ یہ انفیکٹر بلند درجہ حرارت پر اپنی سرگرمی کو برقرار رکھتے ہیں، اینٹی باڈی سے 20 گنا چھوٹے ہوتے ہیں اور اس طرح، 20 گنا زیادہ ممکنہ غیر جانبدار سائٹس ہوتے ہیں، جس سے مقامی طور پر دی جانے والی دوا کی ممکنہ افادیت میں اضافہ ہوتا ہے۔ انابائٹرز کے چھوٹے سائز اور اعلی استحکام سے توقع کی جاتی ہے کہ وہ انہیں جیل کی تشکیل کے لیے کافی بنائے گا جسے ناک سے لگایا جا سکتا ہے یا پاؤڈر کے طور پر براہ راست تنفس کے نظام پر لگایا جا سکتا ہے۔ محققین آنے والے مہینوں میں ان انابائٹرز کو علاج معالجے اور پروفیلیکٹکس میں تیار کرنے پر کام کریں گے۔ جولائی 2021 تک، ان اینٹی وائرل امیدواروں کے 2022 کے اوائل میں کلینیکل ٹرائلز شروع کرنے کی پیش گوئی کی گئی تھی اور انہیں بل اینڈ میلنڈا گیٹس فاؤنڈیشن سے پری کلینیکل اور ابتدائی کلینیکل ٹرائلز کے لیے فنڈز موصول ہوئے تھے۔ جانوروں کی جانچ کے ٹرائلز میں، یہ اینٹی وائرل امیدوار الفا، بیٹا اور گاما سمیت تشویش کی مختلف اقسام کے خلاف موثر تھے۔ Rosetta@home کا استعمال 2 ملین سے زیادہ SARS-CoV-2 اسپائیک بائنڈنگ پروٹینز کی اسکریننگ میں مدد کے لیے کیا گیا تھا جو کمپیوٹیشنل طور پر ڈیزائن کیے گئے تھے، اور اس طرح، اس تحقیق میں تعاون کیا۔ انسٹی ٹیوٹ آف پروٹین ڈیزائن کی Rosetta@home ٹیم کے مطابق، Rosetta@home رضاکاروں نے اینٹی وائرل منشیات کے امیدواروں اور پروٹین نینو پارٹیکل ویکسین کی ترقی میں حصہ ڈالا۔ آئی وی ایکس-411 ویکسین پہلے ہی آئیکوساویکس کے ذریعے چلائے جانے والے فیز 1 کلینیکل ٹرائل پر ہے جبکہ اسی ویکسین کو، جو کسی دوسرے مینوفیکچرر کو لائسنس یافتہ ہے اور جی بی پی 510 کے نام سے، جنوبی کوریا میں ایس کے بائیو سائنس کے ذریعے چلائے جانے والے فیز III ٹرائل کے لیے منظور کیا گیا ہے۔ امیدوار اینٹی وائرل بھی فیز 1 کلینیکل ٹرائلز کی طرف جا رہے ہیں۔ کینسر Rosetta@home محققین نے ایک آئی ایل-2 رسیپٹر ایگونسٹ ڈیزائن کیا ہے جسے نیولوکین-2/15 کہا جاتا ہے جو رسیپٹر کے الفا ذیلی یونٹ کے ساتھ تعامل نہیں کرتا ہے۔ اس طرح کے امیونٹی سگنل مالیکیول کینسر کے علاج میں مفید ہیں۔ اگرچہ قدرتی آئی ایل-2 الفا ذیلی اکائی کے ساتھ تعامل کی وجہ سے زہریلے پن کا شکار ہوتا ہے، لیکن کم از کم جانوروں کے نمونوں میں ڈیزائن کیا گیا پروٹین زیادہ محفوظ ہوتا ہے۔ Rosetta@home نے "فارورڈ فولڈنگ تجربات" میں تعاون کیا جس سے ڈیزائن کی توثیق کرنے میں مدد ملی۔ نیو یارکر میں ستمبر 2020 کے ایک فیچر میں، ڈیوڈ بیکر نے کہا کہ نیولوکین-2/15 انسانی کلینیکل ٹرائلز "اس سال کے آخر میں" شروع کرے گا۔ نیولوکن-2/15 کو نیولوکن تیار کر رہا ہے، جو بیکر لیب کی ایک اسپن آف کمپنی ہے۔ دسمبر 2020 میں، نیولوکن نے اعلان کیا کہ وہ این ایل-201 کے فیز 1 کلینیکل ٹرائل شروع کرنے کے لیے فوڈ اینڈ ڈرگ ایڈمنسٹریشن کے ساتھ ایک انویسٹی گیشنل نیو ڈرگ کی درخواست جمع کرائے گا، جو کہ نیولوکن-2/15 کی مزید ترقی ہے۔ آسٹریلیا میں بھی اسی طرح کی درخواست جمع کرائی گئی تھی اور نیولوکن کو فیز 1 کلینیکل ٹرائل میں 120 شرکاء کا اندراج کرنے کی امید ہے۔ فیز 1 انسانی کلینیکل ٹرائل 5 مئی 2021 کو شروع ہوا۔ روزیٹا سافٹ ویئر روزیٹا وہ سافٹ ویئر ہے جو Rosetta@home میں ساخت کی پیش گوئی کرنے کا ذمہ دار ہے۔ BOINC کلسٹر کے علاوہ روزیٹا ایک مقامی کمپیوٹر یا مقامی سپر کمپیوٹر پر چل سکتا ہے۔ دیگر بائیو انفارمیٹک پروگراموں کی طرح، آن لائن پبلک سرورز ہیں جو ویب انٹرفیس سے روزیٹا کو چلانے کی پیشکش کرتے ہیں۔ یہ سافٹ ویئر تعلیمی برادری کے لیے آزادانہ طور پر لائسنس یافتہ ہے اور دوا ساز کمپنیوں کے لیے فیس پر دستیاب ہے۔ اصل میں 1998 میں واشنگٹن یونیورسٹی میں بیکر لیبارٹری کے ذریعہ ڈھانچے کی پیش گوئی کے لیے ایک ابتدائی نقطہ نظر کے طور پر متعارف کرایا گیا، روزیٹا اس کے بعد سے کئی ترقیاتی دھاروں اور الگ الگ خدمات میں شامل ہو گیا ہے، جو میکرو مالیکیولر ڈاکنگ اور پروٹین ڈیزائن جیسی خصوصیات فراہم کرتا ہے۔ روزیٹا کی ابتدائی ترقی میں شامل بہت سے گریجویٹ طلباء اور دیگر محققین اس کے بعد دوسری یونیورسٹیوں اور تحقیقی اداروں میں منتقل ہو گئے ہیں، اور اس کے بعد روزیٹا پروجیکٹ کے مختلف حصوں میں اضافہ ہوا ہے۔ روزیٹا پلیٹ فارم کا نام روزیٹا اسٹون سے ماخوذ ہے، کیونکہ یہ پروٹین کے امینو ایسڈ کے سلسلے کے ساختی "معنی" کو سمجھنے کی کوشش کرتا ہے۔ روزیٹا کوڈ کی ترقی روزیٹا کامنز کے ذریعے کی جاتی ہے۔ روزیٹا سی اے ایس پی اور سی اے پی آر آئی میں حصہ لیتی ہے۔ روزیٹا کو سی + + میں دوبارہ لکھا گیا تاکہ اس کے اصل ورژن کی اجازت سے زیادہ آسان ترقی کی اجازت دی جا سکے، جو فورٹرن میں لکھا گیا تھا۔ یہ نیا ورژن آبجیکٹ پر مبنی ہے، اور اسے 8 فروری 2008 کو جاری کیا گیا تھا۔ روزیٹا ڈیزائن روزیٹا ڈیزائن، روزیٹا پر مبنی پروٹین ڈیزائن کے لیے ایک کمپیوٹنگ نقطہ نظر، 2000 میں پروٹین جی کے فولڈنگ راستے کو دوبارہ ڈیزائن کرنے کے مطالعے کے ساتھ شروع ہوا۔ 2002 میں روزیٹا ڈیزائن کو ٹاپ 7، ایک 93 امینو ایسڈ لمبا α/β پروٹین ڈیزائن کرنے کے لیے استعمال کیا گیا تھا جس میں مجموعی طور پر فولڈ تھا جو فطرت میں پہلے کبھی ریکارڈ نہیں کیا گیا تھا۔ اس نئی تشکیل کی پیش گوئی روزیٹا نے ایکس رے کرسٹلگرافی کے ذریعہ طے شدہ ڈھانچے کے 1.2 Å آر ایم ایس ڈی کے اندر کی تھی، جو غیر معمولی طور پر درست ساخت کی پیش گوئی کی نمائندگی کرتی ہے۔ روزیٹا اور روزیٹا ڈیزائن نے اس طرح کی لمبائی کے نئے پروٹین کی ساخت کو ڈیزائن کرنے اور درست طریقے سے پیش گوئی کرنے والے پہلے شخص ہونے کی وجہ سے وسیع پیمانے پر پہچان حاصل کی، جیسا کہ 2002 کے مقالے سے ظاہر ہوتا ہے جس میں سائنس جریدے میں دو مثبت خطوط کا اشارہ کرتے ہوئے دوہری نقطہ نظر کو بیان کیا گیا تھا، اور 240 سے زیادہ دیگر سائنسی مضامین میں اس کا حوالہ دیا گیا تھا۔ اس تحقیق کا مرئی پروڈکٹ، ٹاپ 7، اکتوبر 2006 میں آر سی ایس بی پی ڈی بی کے 'مالیکیول آف دی منتھ' کے طور پر نمایاں کیا گیا تھا۔ اس کی پیش گوئی اور ایکس رے کرسٹل ڈھانچے کے متعلقہ کور (باقیات 60-79) کی ایک سپرپوزیشن Rosetta@home لوگو میں نمایاں ہے۔ برائن کولمین، ڈیوڈ بیکر کی لیب میں سابق پوسٹ ڈاکٹریٹ ایسوسی ایٹ اور اب نارتھ کیرولائنا یونیورسٹی، چیپل ہل میں ایسوسی ایٹ پروفیسر، روزیٹا ڈیزائن کو ایک آن لائن سروس کے طور پر پیش کرتے ہیں۔ روزیٹا ڈاک روزیٹا ڈاک کو روزیٹا سافٹ ویئر سوٹ میں 2002 میں پہلے سی اے پی آر آئی تجربے کے دوران پروٹین پروٹین ڈاکنگ پیشن گوئی کے لیے بیکر لیبارٹری کے الگورتھم کے طور پر شامل کیا گیا تھا۔ اس تجربے میں، روزیٹا ڈاک نے سٹریپٹوکوکل پائجینک ایکزوٹاکسن اے اور ٹی سیل ریسیپٹر β-چین کے درمیان ڈاکنگ کے لیے ایک اعلی درستگی کی پیش گوئی کی، اور پورسین α-امیلیز اور ایک اونٹیلڈ اینٹی باڈی کے درمیان ایک کمپلیکس کے لیے درمیانی درستگی کی پیش گوئی کی۔ اگرچہ روزیٹا ڈاک طریقہ کار نے سات میں سے صرف دو قابل قبول درست پیش گوئیاں کی تھیں، لیکن یہ پہلی سی اے پی آر آئی تشخیص میں پیش گوئی کے انیس طریقوں میں سے ساتویں نمبر پر آنے کے لیے کافی تھا۔ روزیٹا ڈاک کی ترقی بعد کے سی اے پی آر آئی راؤنڈز کے لیے دو شاخوں میں تقسیم ہو گئی کیونکہ جیفری گرے، جنہوں نے یونیورسٹی آف واشنگٹن میں روزیٹا ڈاک کی بنیاد رکھی، جان ہاپکنز یونیورسٹی میں اپنے نئے عہدے پر اس طریقہ پر کام جاری رکھا۔ بیکر لیبارٹری کے اراکین نے گرے کی غیر موجودگی میں روزیٹا ڈاک کو مزید تیار کیا۔ دونوں ورژن سائیڈ چین ماڈلنگ، ڈیکائے سلیکشن اور دیگر شعبوں میں قدرے مختلف تھے۔ ان اختلافات کے باوجود، بیکر اور گرے دونوں طریقوں نے دوسری سی اے پی آر آئی تشخیص میں اچھی کارکردگی کا مظاہرہ کیا، 30 پیشن گوئی کرنے والے گروپوں میں سے بالترتیب پانچواں اور ساتواں مقام حاصل کیا۔ جیفری گرے کا روزیٹا ڈاک سرور غیر تجارتی استعمال کے لیے مفت ڈاکنگ پیشن گوئی سروس کے طور پر دستیاب ہے۔ اکتوبر 2006 میں روزیٹا ڈاک کو Rosetta@home میں ضم کر دیا گیا۔ اس طریقہ کار میں صرف پروٹین ریڑھ کی ہڈی کا استعمال کرتے ہوئے ایک تیز، خام ڈاکنگ ماڈل مرحلے کا استعمال کیا گیا۔ اس کے بعد ایک سست مکمل ایٹم ریفائنمنٹ مرحلہ ہوا جس میں ایک دوسرے سے متعلق دو تعامل کرنے والے پروٹینوں کی واقفیت، اور پروٹین-پروٹین انٹرفیس پر سائیڈ چین تعاملات کو بیک وقت سب سے کم توانائی کی تشکیل تلاش کرنے کے لیے بہتر بنایا گیا۔ ریڑھ کی ہڈی کی لچک اور لوپ ماڈلنگ کے لیے نظر ثانی شدہ فولڈ ٹری کی نمائندگی کے ساتھ مل کر Rosetta@home نیٹ ورک کی طرف سے فراہم کردہ کمپیوٹنگ کی طاقت میں بہت زیادہ اضافہ ہوا، جس نے روزیٹا ڈاک کو تیسری سی اے پی آر آئی تشخیص میں 63 پیشن گوئی گروپوں میں سے چھٹا بنا دیا۔ روبیٹا دی روبیٹا (روزیٹا بیٹا) سرور ایک خودکار پروٹین ڈھانچے کی پیشن گوئی کی خدمت ہے جو بیکر لیبارٹری کی طرف سے غیر تجارتی آغاز اور تقابلی ماڈلنگ کے لیے پیش کی جاتی ہے۔ اس نے 2002 میں سی اے ایس پی 5 کے بعد سے دو سالہ سی اے ایس پی تجربات میں ایک خودکار پیشن گوئی سرور کے طور پر حصہ لیا ہے، جو خودکار سرور پیشن گوئی کے زمرے میں بہترین کارکردگی کا مظاہرہ کر رہا ہے۔ روبیٹا نے اس کے بعد سے سی اے ایس پی 6 اور 7 میں مقابلہ کیا ہے، جہاں اس نے خودکار سرور اور انسانی پیشن گوئی کرنے والے گروپوں دونوں میں اوسط سے بہتر کارکردگی کا مظاہرہ کیا۔ یہ CAMEO3D مسلسل تشخیص میں بھی حصہ لیتا ہے۔ روبیٹا کے کام بیکر لیب سرورز، جینیلیا ریسرچ کیمپس مشینوں، اور Rosetta@home شریک کمپیوٹرز پر چلتے ہیں۔ سی اے ایس پی 6 کے طور پر پروٹین ڈھانچے کی ماڈلنگ میں، روبیٹا سب سے پہلے بلاسٹ، پی ایس آئی-بلاسٹ، اور تھری ڈی-جیوری کا استعمال کرتے ہوئے ساختی ہومولوگس کی تلاش کرتا ہے، پھر ہدف کی ترتیب کو اپنے انفرادی ڈومینز میں تجزیہ کرتا ہے، یا آزادانہ طور پر پروٹین کی فولڈنگ یونٹس، ترتیب کو فام ڈیٹا بیس میں ساختی خاندانوں سے ملا کر۔ ساختی ہومولوگس والے ڈومین پھر "ٹیمپلیٹ پر مبنی ماڈل" (یعنی ہومیولوجی ماڈلنگ) پروٹوکول کی پیروی کرتے ہیں۔ یہاں، بیکر لیبارٹری کا اندرونی صف بندی پروگرام، K * مطابقت پذیری، سیکوینس ہومولوگس کا ایک گروپ تیار کرتا ہے، اور ان میں سے ہر ایک کو روزیٹا ڈی نووو طریقہ کار کے ذریعے ڈیکائے (ممکنہ ڈھانچہ) تیار کرنے کے لیے بنایا گیا ہے۔ حتمی ساخت کی پیش گوئی کا انتخاب سب سے کم توانائی کے ماڈل کو لے کر کیا جاتا ہے جیسا کہ کم ریزولوشن والی روزیٹا انرجی فنکشن سے طے ہوتا ہے۔ ان ڈومینز کے لیے جن میں کوئی ساختی ہومولوگس کا پتہ نہیں چلا ہے، ایک ڈی نووو پروٹوکول کی پیروی کی جاتی ہے جس میں پیدا شدہ ڈیکائے کے سیٹ سے سب سے کم توانائی ماڈل کو حتمی پیش گوئی کے طور پر منتخب کیا جاتا ہے۔ یہ ڈومین کی پیش گوئیاں پھر پروٹین کے اندر بین ڈومین، ترتیری سطح کے تعاملات کی تحقیقات کے لیے ایک ساتھ منسلک ہوتی ہیں۔ آخر میں، سائیڈ چین شراکتوں کو مونٹی کارلو کنفارمیشنل سرچ کے لیے ایک پروٹوکول کا استعمال کرتے ہوئے ماڈل کیا جاتا ہے۔ CASP8 میں روبیٹا کو روزیٹا کے ہائی ریزولوشن آل ایٹم ریفائنمنٹ طریقہ استعمال کرنے کے لیے بڑھایا گیا تھا، جس کی عدم موجودگی کو روبیٹا کے CASP7 میں Rosetta@home نیٹ ورک سے کم درست ہونے کی بنیادی وجہ قرار دیا گیا تھا۔ سی اے ایس پی 11 میں، جی آر ای ایم ایل آئی این نامی متعلقہ پروٹینوں میں باقیات کے مشترکہ ارتقاء کے ذریعے پروٹین کے رابطے کے نقشے کی پیش گوئی کرنے کا ایک طریقہ شامل کیا گیا تھا، جس سے مزید ڈی نووو فولڈ کامیابیوں کی اجازت ملتی ہے۔ دیگر روزیٹا سرور روزیٹا متعدد دیگر عوامی سرورز سے آن لائن سروس کے طور پر دستیاب ہے۔ آر او ایس آئی ای آر این اے ڈھانچے کی پیش گوئی اور ڈیزائن سے لے کر لگینڈ ڈاکنگ اور اینٹی باڈی ماڈلنگ تک مختلف افعال پیش کرتا ہے۔ فولڈٹ 9 مئی 2008 کو، جب Rosetta@home صارفین نے رضاکارانہ کمپیوٹنگ پروگرام کا ایک انٹرایکٹو ورژن تجویز کیا، بیکر لیب نے عوامی طور پر فولڈٹ جاری کیا، جو روزیٹا پلیٹ فارم پر مبنی ایک آن لائن پروٹین ڈھانچے کی پیش گوئی کا کھیل ہے۔ فولڈٹ کے 59,000 سے زیادہ رجسٹرڈ صارفین تھے۔ گیم صارفین کو کنٹرول کا ایک سیٹ فراہم کرتا ہے (مثال کے طور پر، ہلاؤ، گھماؤ، دوبارہ تعمیر) تاکہ ہدف پروٹین کی ریڑھ کی ہڈی اور امینو ایسڈ سائیڈ چینز کو زیادہ توانائی سے سازگار تشکیل میں ہیرا پھیری کی جا سکے۔ صارفین انفرادی طور پر سولوسٹ کے طور پر یا اجتماعی طور پر ارتقاء کے طور پر حل پر کام کر سکتے ہیں، کسی بھی زمرے کے تحت پوائنٹس حاصل کر سکتے ہیں کیونکہ وہ اپنی ساخت کی پیش گوئیوں کو بہتر بناتے ہیں۔ فولڈٹ ایک موزوں "پروفیشنل موڈ" کے تحت روزیٹا کے لیے جی یو آئی فرنٹ اینڈ کے طور پر کام کر سکتا ہے۔ RoseTTAFold RoseTTAFold، جو الفا فولڈ سے متاثر ہے، باقیات کے درمیان فاصلے اور واقفیت کی پیش گوئی کے لیے ایک نیورل نیٹ ورک کا استعمال کرتا ہے۔ یہ پیش گوئیاں ایک ڈھانچہ تیار کرنے میں روزیٹا سافٹ ویئر کی رہنمائی کرتی ہیں۔ روز ٹی ٹی اے فولڈ ایم آئی ٹی لائسنس کے تحت اوپن سورس ہے۔ غیر بیکر لیب کی شاخیں چین میں جیانی یانگ لیب روزیٹا کا ایک ترمیم شدہ ورژن پیش کرتی ہے جسے ٹر-روزیٹا ایکس 2 (ٹرانسفارم-ریسٹرینڈ روزیٹا) کہا جاتا ہے۔ یہ معمول کے روزیٹا فولڈنگ الگورتھم کی رہنمائی کے لیے روز ٹی ٹی اے فولڈ سے مختلف گہری سیکھنے پر مبنی رابطے کی پیش گوئی کا طریقہ استعمال کرتا ہے۔ ٹروسیٹا روز ٹی ٹی اے فولڈ سے پہلے کا ہے۔ اسی طرح کے رضاکارانہ کمپیوٹنگ منصوبوں سے موازنہ کئی رضاکارانہ کمپیوٹیڈ پروجیکٹس ہیں جن کے مطالعہ کے شعبے Rosetta@home سے ملتے جلتے ہیں، لیکن ان کے تحقیقی نقطہ نظر میں فرق ہے: Folding@home پروٹین ریسرچ میں شامل تمام بڑے رضاکارانہ کمپیوٹنگ منصوبوں میں سے، Folding@home واحد ہے جو BOINC پلیٹ فارم کا استعمال نہیں کر رہا ہے۔ Rosetta@home اور Folding@home دونوں پروٹین کو غلط طریقے سے جوڑنے والی بیماریوں جیسے الزائمر کی بیماری کا مطالعہ کرتے ہیں، لیکن Folding@home بہت زیادہ خصوصی طور پر کرتا ہے۔ Folding@home تقریبا خصوصی طور پر تمام ایٹم مالیکیولر ڈائنامکس ماڈلز کا استعمال کرتا ہے تاکہ یہ سمجھا جا سکے کہ پروٹین کس طرح اور کیوں فولڈ ہوتے ہیں (یا ممکنہ طور پر غلط فولڈ ہوتے ہیں، اور اس کے بعد بیماریوں کا سبب بنتے ہیں)۔ دوسرے لفظوں میں، Folding@home کی طاقت پروٹین فولڈنگ کے عمل کو ماڈلنگ کر رہی ہے، جبکہ Rosetta@home کی طاقت پروٹین ڈیزائن کی کمپیوٹنگ اور پروٹین کی ساخت اور ڈاکنگ کی پیش گوئی کر رہی ہے۔ Rosetta@home کے کچھ نتائج کچھ Folding@home منصوبوں کی بنیاد کے طور پر استعمال ہوتے ہیں۔ روزیٹا سب سے زیادہ ممکنہ ساخت فراہم کرتا ہے، لیکن یہ قطعی نہیں ہے کہ آیا یہ وہ شکل ہے جو انو لیتا ہے یا یہ قابل عمل ہے یا نہیں۔ اس کے بعد Folding@home کو Rosetta@home کے نتائج کی تصدیق کے لیے استعمال کیا جا سکتا ہے، اور اضافی جوہری سطح کی معلومات، اور انو کی شکل میں تبدیلی کی تفصیلات فراہم کر سکتا ہے۔ دونوں منصوبے اپنی کمپیوٹنگ طاقت اور میزبان تنوع میں بھی نمایاں طور پر مختلف ہیں۔ سنٹرل پروسیسنگ یونٹس (سی پی یوز)، گرافکس پروسیسنگ یونٹس (جی پی یوز)، اور (سابقہ) پی ایس 3ز کے میزبان اڈے سے اوسطا تقریبا 6,650 ٹیرا ایف ایل او پیز، Folding@home میں Rosetta@home کے مقابلے میں تقریبا 108 گنا زیادہ کمپیوٹنگ پاور ہے۔ ورلڈ کمیونٹی گرڈ، ہیومن پروٹیوم فولڈنگ پروجیکٹ (ایچ پی ایف) کے فیز I اور فیز II دونوں، جو ورلڈ کمیونٹی گرڈ کا ایک ذیلی پروجیکٹ ہے، نے مختلف جینومز کی ساختی اور فعال تشریحات بنانے کے لیے روزیٹا پروگرام کا استعمال کیا ہے۔ اگرچہ اب وہ اسے ماہرین حیاتیات کے لیے ڈیٹا بیس بنانے کے لیے استعمال کرتے ہیں، ہیومن پروٹیوم فولڈنگ پروجیکٹ کے سربراہ سائنسدان رچرڈ بونیو اپنی پی ایچ ڈی حاصل کرتے ہوئے ڈیوڈ بیکر کی لیبارٹری میں روزیٹا کی اصل ترقی میں سرگرم تھے۔ ایچ پی ایف 1، ایچ پی ایف 2 اور Rosetta@home کے درمیان تعلقات کے بارے میں مزید معلومات رچرڈ بونیو کی ویب سائٹ پر مل سکتی ہیں۔ Predictor@home جیسے Rosetta@home، Predictor@home پروٹین کی ساخت کی پیش گوئی میں مہارت رکھتے ہیں۔ جبکہ Rosetta@home اس کی ساخت کی پیش گوئی کے لیے روزیٹا پروگرام کا استعمال کرتا ہے، Predictor@home نے ڈی ٹی اے ایس ایس ای آر طریقہ کار کا استعمال کیا۔ 2009 میں، Predictor@home بند ہو گیا۔ BOINC پر پروٹین سے متعلق رضاکارانہ کمپیوٹنگ کے دیگر منصوبوں میں QMC@home، Docking@home، POEM@home، SIMAP، اور TANPAKU شامل ہیں۔ RALPH@home، Rosetta@home الفا پروجیکٹ جو Rosetta@home پر جانے سے پہلے نئے ایپلیکیشن ورژن، ورک یونٹس، اور اپ ڈیٹس کی جانچ کرتا ہے، BOINC پر بھی چلتا ہے۔ رضاکارانہ شراکت Rosetta@home کا انحصار انفرادی پروجیکٹ اراکین کی طرف سے اس کی تحقیق کے لیے عطیہ کردہ کمپیوٹنگ پاور پر ہوتا ہے۔ 150 ممالک کے تقریبا 53,000 صارفین Rosetta@home کے فعال اراکین تھے، جنہوں نے مل کر تقریبا 54,800 کمپیوٹرز سے 1.7 پیٹا ایف ایل او پی ایس سے زیادہ کی مشترکہ اوسط کارکردگی کے لیے بیکار پروسیسر کا وقت دیا۔ صارفین کو ان کی شراکت کی پیمائش کے طور پر BOINC کریڈٹ دیئے جاتے ہیں۔ ہر ورک یونٹ کے لیے جو کریڈٹ دیا جاتا ہے وہ اس ورک یونٹ کے لیے تیار کردہ ڈیکائے کی تعداد ہے جسے اس ورک یونٹ کے لیے تمام کمپیوٹر میزبانوں کی طرف سے جمع کردہ ڈیکائے کے لیے اوسط دعوی کردہ کریڈٹ سے ضرب دی جاتی ہے۔ یہ کسٹم سسٹم معیاری BOINC کلائنٹ اور ایک بہتر BOINC کلائنٹ کے ساتھ صارفین کو دیئے گئے کریڈٹ اور ونڈوز اور لینکس آپریٹنگ سسٹم پر Rosetta@home چلانے والے صارفین کے درمیان کریڈٹ کے فرق کے درمیان اہم اختلافات کو دور کرنے کے لیے ڈیزائن کیا گیا تھا۔ سی پی یو کے کام کے فی سیکنڈ دی گئی کریڈٹ کی رقم Rosetta@home کے لیے زیادہ تر دوسرے BOINC منصوبوں کے مقابلے میں کم ہے۔ Rosetta@home کل کریڈٹ کے لحاظ سے BOINC کے 40 سے زیادہ منصوبوں میں سے تیرہواں ہے۔ Rosetta@home وہ صارفین جو سی اے ایس پی تجربے کے لیے پیش کردہ پروٹین کے ڈھانچے کی پیش گوئی کرتے ہیں، ان کے نتائج کے حوالے سے سائنسی اشاعتوں میں تسلیم کیے جاتے ہیں۔ وہ صارفین جو کسی دی گئی ورک یونٹ کے لیے سب سے کم توانائی کے ڈھانچے کی پیش گوئی کرتے ہیں، انہیں Rosetta@home ہوم پیج پر پریڈیکٹر آف دی ڈے کے طور پر دکھایا جاتا ہے، جس کے ساتھ وہ کسی بھی ٹیم کے رکن ہیں۔ ہر روز بے ترتیب طور پر ہوم پیج پر آنے کے لیے ان صارفین میں سے یوزر آف دی ڈے کا انتخاب کیا جاتا ہے جنہوں نے Rosetta@home پروفائل بنایا ہے۔ حوالہ جات بیرونی لنکس بیکر لیب بیکر لیب ویب سائٹ ڈیوڈ بیکر کے جریدے BOINC میں پلیٹ فارم کا جائزہ، اور BOINC انسٹال کرنے اور Rosetta@home BOINCstats سے منسلک کرنے کے لیے ایک گائیڈ شامل ہے-Rosetta@home تفصیلی شراکت کے اعدادوشمار RALPH@home یوٹیوب پر Rosetta@home الفا ٹیسٹنگ پروجیکٹ Rosetta@home ویڈیو کے لیے ویب سائٹ ڈیوڈ بیکر اور لیب کے اراکین روزیٹا کامنز کے ذریعہ روزیٹا پلیٹ فارم تیار کرنے کے لیے دی گئی Rosetta@home کا جائزہ روزیٹا کولمین لیب پیج، روزیٹا ڈیزائن آن لائن روزیٹا سروسز روزیٹا کامنز کی دستیاب سرورز روبیٹا پروٹین ڈھانچے کی پیش گوئی کرنے والے سرور ROSIE ڈاک کی فہرست کی ترقی میں تاریخی کاغذات کی ایک فہرست روزیٹا کینن روزیٹا ڈیزائن آن لائن روزیٹا ڈیزائن ویب پیج ملٹی فنکشنل سرور سیٹ روزیٹا ڈیزائن پروٹین ڈیزائن سرور روزیٹا بیکروب لچکدار بیکبون/پروٹین ڈیزائن سرور معاشرے میں سائنس مفت سائنس سافٹ ویئر رضاکار کمپیوٹنگ پروجیکٹس بائیو انفارمیٹکس سافٹ ویئر پروٹین ڈھانچہ مالیکیولر ماڈلنگ ملکیتی کراس پلیٹ فارم سافٹ ویئر