RNA-binding protein
آر این اے بائنڈنگ پروٹین (اکثر آر بی پیز کے طور پر مختصر) وہ پروٹین ہوتے ہیں جو خلیوں میں ڈبل یا سنگل اسٹرینڈڈ آر این اے سے جڑے ہوتے ہیں اور ربنیوکلیوپروٹین کمپلیکس بنانے میں حصہ لیتے ہیں۔ آر بی پیز میں مختلف ساختی نقش ہوتے ہیں، جیسے کہ آر این اے ریکگنیشن موٹف (آر آر ایم)، ڈی ایس آر این اے بائنڈنگ ڈومین، زنک فنگر اور دیگر۔ وہ سائٹوپلاسمک اور نیوکلیئر پروٹین ہیں۔ تاہم، چونکہ زیادہ تر پختہ آر این اے نیوکلئس سے نسبتا تیزی سے برآمد ہوتا ہے، اس لیے نیوکلئس میں زیادہ تر آر بی پیز پروٹین اور پری-ایم آر این اے کے کمپلیکس کے طور پر موجود ہوتے ہیں جنہیں ہیٹروجینیئس ربنیوکلیوپروٹین پارٹیکلز (ایچ این آر این پیز) کہا جاتا ہے۔ آر بی پیز کے مختلف سیلولر عمل میں اہم کردار ہوتے ہیں جیسے: سیلولر فنکشن، ٹرانسپورٹ اور لوکلائزیشن۔ وہ خاص طور پر آر این اے کے نقل کے بعد کے کنٹرول میں اہم کردار ادا کرتے ہیں، جیسے: اسپلیسنگ، پولیڈینایلیشن، ایم آر این اے اسٹیبلائزیشن، ایم آر این اے لوکلائزیشن اور ٹرانسلیشن۔ یوکرائیوٹک خلیات منفرد آر این اے بائنڈنگ سرگرمی اور پروٹین پروٹین تعامل کے ساتھ متنوع آر بی پیز کا اظہار کرتے ہیں۔ یوکرائیوٹک آر بی پی ڈیٹا بیس (ای یو آر بی پی ڈی بی) کے مطابق، انسانوں میں آر بی پیز کو انکوڈنگ کرنے والے 2961 جین موجود ہیں۔ ارتقاء کے دوران، انٹرن کی تعداد میں اضافے کے ساتھ آر بی پیز کے تنوع میں بہت اضافہ ہوا۔ تنوع نے یوکرائیوٹک خلیوں کو مختلف انتظامات میں آر این اے ایکسون کا استعمال کرنے کے قابل بنایا، جس سے ہر آر این اے کے لیے ایک منفرد آر این پی (ربنیوکلیوپروٹین) پیدا ہوا۔ اگرچہ جین کے اظہار میں نقل کے بعد کے ضابطے میں آر بی پیز کا اہم کردار ہے، لیکن نسبتا کم آر بی پیز کا مطالعہ کیا گیا ہے systematically.It اب یہ واضح ہو گیا ہے کہ آر این اے-آر بی پی تعاملات حیاتیات کے درمیان بہت سے حیاتیاتی عمل میں اہم کردار ادا کرتے ہیں۔ ساخت بہت سے آر بی پیز میں ماڈیولر ڈھانچے ہوتے ہیں اور یہ صرف چند مخصوص بنیادی ڈومینز کے متعدد تکرار پر مشتمل ہوتے ہیں جن میں اکثر محدود ترتیب ہوتی ہے۔ مختلف آر بی پیز میں یہ ترتیبات ہوتے ہیں جو مختلف امتزاج میں ترتیب دیے جاتے ہیں۔ ایک مخصوص پروٹین کی مخصوص آر این اے کی پہچان ان چند بنیادی ڈومینز کی تنظیم نو کے ذریعے تیار ہوئی ہے۔ ہر بنیادی ڈومین آر این اے کو تسلیم کرتا ہے، لیکن ان میں سے بہت سے پروٹین کو کام کرنے کے لیے بہت سے عام ڈومینز میں سے ایک کی متعدد کاپیاں درکار ہوتی ہیں۔ تنوع جیسے جیسے آر این اے پولیمریز سے نیوکلیئر آر این اے ابھرتا ہے، آر این اے نقل کو فوری طور پر آر این اے بائنڈنگ پروٹین سے ڈھک دیا جاتا ہے جو آر این اے میٹابولزم اور فنکشن کے ہر پہلو کو منظم کرتا ہے جس میں آر این اے بائیوجینیسیس، پختگی، نقل و حمل، سیلولر لوکلائزیشن اور استحکام شامل ہیں۔ تمام آر بی پیز آر این اے کو باندھتے ہیں، تاہم وہ مختلف آر این اے ترتیب کی خصوصیات اور وابستگی کے ساتھ ایسا کرتے ہیں، جو آر بی پیز کو اپنے اہداف اور افعال کی طرح متنوع ہونے کی اجازت دیتا ہے۔ ان اہداف میں ایم آر این اے شامل ہیں، جو پروٹین کے لیے کوڈ کے ساتھ ساتھ متعدد فعال غیر کوڈنگ آر این اے بھی شامل ہیں۔ این سی آر این اے تقریبا ہمیشہ ربن نیوکلیوپروٹین کمپلیکس کے طور پر کام کرتے ہیں نہ کہ برہنہ آر این اے کے طور پر۔ ان غیر کوڈنگ آر این ایز میں مائیکرو آر این ایز، چھوٹے مداخلت کرنے والے آر این ایز (ایس آئی آر این ایز) کے ساتھ ساتھ اسپلیسوسومل چھوٹے جوہری آر این ایز (ایس این آر این ایز) شامل ہیں۔ فنکشن آر این اے پروسیسنگ اور ترمیم متبادل اسپلیسنگ متبادل اسپلیسنگ ایک ایسا طریقہ کار ہے جس کے ذریعے ایک ہی جین سے بالغ ایم آر این اے (میسنجر آر این اے) کی مختلف شکلیں پیدا ہوتی ہیں۔ یہ ایک ریگولیٹری میکانزم ہے جس کے ذریعے ایم آر این اے میں ایکسون کو شامل کرنے میں تغیرات ایک سے زیادہ متعلقہ پروٹین کی پیداوار کا باعث بنتے ہیں، اس طرح ممکنہ جینومک آؤٹ پٹ میں توسیع ہوتی ہے۔ آر بی پیز اس عمل کے ضابطے میں بڑے پیمانے پر کام کرتے ہیں۔ کچھ بائنڈنگ پروٹین جیسے نیورونل مخصوص آر این اے بائنڈنگ پروٹین، یعنی این او وی اے 1، آر این اے میں ایک مخصوص ترتیب کو پہچان کر اور پابند کرکے ایچ این آر این اے کے ذیلی سیٹ کی متبادل تقسیم کو کنٹرول کرتے ہیں (وائی سی اے وائی جہاں وائی پائریمائڈائن، یو یا سی کی نشاندہی کرتا ہے)۔ یہ پروٹین پھر اس ٹارگٹ سائٹ پر اسپلیسومل پروٹین بھرتی کرتے ہیں۔ ایس آر پروٹین ایس این آر این پیز کی بھرتی کے ذریعے متبادل اسپلیسنگ میں اپنے کردار کے لیے بھی مشہور ہیں جو اسپلیسسم بناتے ہیں، یعنی یو 1 ایس این آر این پی اور یو 2 اے ایف ایس این آر این پی۔ تاہم، آر بی پیز بھی خود اس کا حصہ ہیں۔ اسپلیسسوم ایس این آر این اے اور پروٹین ذیلی اکائیوں کا ایک کمپلیکس ہے اور مکینیکل ایجنٹ کے طور پر کام کرتا ہے جو انٹرن کو ہٹاتا ہے اور فلینکنگ ایکسون کو لگاتا ہے۔ کور اسپلیسسم کمپلیکس کے علاوہ، آر بی پیز سی آئی ایس-ایکٹنگ آر این اے عناصر کی سائٹس سے بھی منسلک ہوتے ہیں جو اسپلیسنگ کے دوران ایکسون کی شمولیت یا اخراج کو متاثر کرتے ہیں۔ ان سائٹس کو ایکسونک اسپلیسنگ اینہانسرز (ای ایس ای)، ایکسونک اسپلیسنگ سائلنسرز (ای ایس ایس)، انٹرنک اسپلیسنگ اینہانسرز (آئی ایس ای) اور انٹرنک اسپلیسنگ سائلنسرز (آئی ایس ایس) کہا جاتا ہے اور ان کے بائنڈنگ کے مقام پر منحصر ہے، آر بی پیز اسپلیسنگ سائلنسرز یا اینہانسرز کے طور پر کام کرتے ہیں۔ آر این اے ایڈیٹنگ آر این اے ایڈیٹنگ کی سب سے زیادہ وسیع پیمانے پر مطالعہ شدہ شکل میں اے ڈی اے آر پروٹین شامل ہے۔ یہ پروٹین آر این اے کے نیوکلیوٹائڈ مواد کو تبدیل کرکے ایم آر این اے نقل کی نقل کے بعد کی ترمیم کے ذریعے کام کرتا ہے۔ یہ اے ڈی اے آر کے ذریعہ اتپریرک کردہ انزیمیٹک رد عمل میں اڈینوسین کو انوسین میں تبدیل کرنے کے ذریعے کیا جاتا ہے۔ یہ عمل مؤثر طریقے سے جینوم کے ذریعے انکوڈ کردہ آر این اے کی ترتیب کو تبدیل کرتا ہے اور جین کی مصنوعات کے تنوع کو بڑھاتا ہے۔ آر این اے ترمیم کی اکثریت آر این اے کے غیر کوڈنگ والے علاقوں پر ہوتی ہے۔ تاہم، کچھ پروٹین انکوڈنگ آر این اے نقل کو ترمیم کے تابع دکھایا گیا ہے جس کے نتیجے میں ان کے پروٹین کے امینو ایسڈ کی ترتیب میں فرق ہوتا ہے۔ اس کی ایک مثال گلوٹامیٹ رسیپٹر ایم آر این اے ہے جہاں گلوٹامین کو ارجنائن میں تبدیل کیا جاتا ہے جس سے پروٹین کی فعالیت میں تبدیلی آتی ہے۔ پولی اڈینایلیشن پولی اڈینایلیشن تین بنیادی غیر ترجمہ شدہ خطوں کے اندر اے اے یو اے اے اے ترتیب کے بہاو میں تقریبا 20 اڈوں کے آر این اے نقل میں اڈینایلیٹ کے باقیات کی "دم" کا اضافہ ہے۔ ایم آر این اے کے پولیڈینایلیشن کا اس کی جوہری نقل و حمل، ترجمہ کی کارکردگی اور استحکام پر مضبوط اثر پڑتا ہے۔ ان سب کے ساتھ ساتھ پولی اڈینایلیشن کا عمل مخصوص آر بی پیز کے پابند ہونے پر منحصر ہے۔ چند مستثنیات کے ساتھ تمام یوکرائیوٹک ایم آر این اے کو تقریبا 200 نیوکلیوٹائڈز کی 3 'پولی (اے) دم حاصل کرنے کے لیے پروسیس کیا جاتا ہے۔ اس عمل میں ضروری پروٹین کمپلیکس میں سے ایک سی پی ایس ایف ہے۔ سی پی ایس ایف 3 'دم (اے اے یو اے اے اے) ترتیب سے جڑا ہوتا ہے اور ایک اور پروٹین کے ساتھ مل کر جسے پولی (اے) بائنڈنگ پروٹین کہا جاتا ہے، پولی (اے) پولیمریز کی سرگرمی کو بھرتی اور متحرک کرتا ہے۔ پولی (اے) پولیمریز اپنے طور پر غیر فعال ہے اور مناسب طریقے سے کام کرنے کے لیے ان دیگر پروٹینوں کے بائنڈنگ کی ضرورت ہوتی ہے۔ برآمد پروسیسنگ مکمل ہونے کے بعد، ایم آر این اے کو سیل نیوکلئس سے سائٹوپلازم تک منتقل کرنے کی ضرورت ہوتی ہے۔ یہ ایک تین مراحل والا عمل ہے جس میں نیوکلئس میں کارگو کیریئر کمپلیکس کی نسل شامل ہوتی ہے جس کے بعد کمپلیکس کو نیوکلیئر پور کمپلیکس کے ذریعے منتقل کیا جاتا ہے اور آخر میں کارگو کو سائٹوپلازم میں چھوڑ دیا جاتا ہے۔ اس کے بعد کیریئر کو ری سائیکل کیا جاتا ہے۔ ٹی اے پی/این ایکس ایف 1: پی 15 ہیٹروڈائمر کو ایم آر این اے برآمد میں کلیدی کھلاڑی سمجھا جاتا ہے۔ زینوپس لیوس مینڈکوں میں ٹی اے پی کے حد سے زیادہ اظہار سے نقل کی برآمد میں اضافہ ہوتا ہے جو بصورت دیگر غیر موثر طریقے سے برآمد کی جاتی ہیں۔ تاہم ٹی اے پی کو اڈاپٹر پروٹین کی ضرورت ہوتی ہے کیونکہ یہ ایم آر این اے کے ساتھ براہ راست تعامل کرنے سے قاصر ہے۔ ایلی/آر ای ایف پروٹین ایم آر این اے بھرتی کرنے والے ٹی اے پی سے تعامل کرتا ہے اور اس سے جڑا رہتا ہے۔ ایم آر این اے لوکلائزیشن ایم آر این اے لوکلائزیشن مقامی طور پر ریگولیٹڈ پروٹین کی پیداوار کی اجازت دے کر جین کے اظہار کے ضابطے کے لیے اہم ہے۔ ایم آر این اے لوکلائزیشن کے ذریعے پروٹین کو سیل کے ان کے مطلوبہ ہدف مقام میں ترجمہ کیا جاتا ہے۔ یہ ابتدائی نشوونما کے دوران خاص طور پر اہم ہوتا ہے جب تیز سیل کلیویجز مختلف خلیوں کو ایم آر این اے کے مختلف امتزاج دیتے ہیں جو اس کے بعد بہت مختلف سیل فیٹس کا باعث بن سکتے ہیں۔ آر بی پیز اس ایم آر این اے کی لوکلائزیشن میں اہم ہیں جو اس بات کو یقینی بناتا ہے کہ پروٹین کا ترجمہ صرف ان کے مطلوبہ علاقوں میں ہوتا ہے۔ ان میں سے ایک پروٹین زیڈ بی پی 1 ہے۔ زیڈ بی پی 1 نقل کے مقام پر بیٹا ایکٹین ایم آر این اے سے جڑا رہتا ہے اور ایم آر این اے کے ساتھ سائٹوپلازم میں چلا جاتا ہے۔ اس کے بعد یہ اس ایم آر این اے کو کئی غیر متناسب خلیوں کی اقسام کے لیمیلا خطے میں مقامی بناتا ہے جہاں اس کا ترجمہ کیا جا سکتا ہے۔ 2008 میں یہ تجویز پیش کی گئی تھی کہ ایف ایم آر پی کلچرڈ ہپپوکیمپل نیوران کے نیورونل ڈینڈرائٹس میں کئی ڈینڈرائٹک ایم آر این ایز کے محرک سے متاثر لوکلائزیشن میں شامل تھا۔ سی اے 1 ہپپوکیمپل نیوران کے مائکروڈسیسیکٹڈ ڈینڈرائٹس میں موجود ایف ایم آر پی سے منسلک آر این اے کے حالیہ مطالعات سے جنگلی قسم بمقابلہ ایف ایم آر پی-نل ماؤس کے دماغوں میں لوکلائزیشن میں کوئی تبدیلی ظاہر نہیں ہوئی۔ ترجمہ ترجمے کا ضابطہ جین کے اظہار کو کنٹرول کرنے کے لیے ایک تیز رفتار طریقہ کار فراہم کرتا ہے۔ نقل کی سطح پر جین کے اظہار کو کنٹرول کرنے کے بجائے، ایم آر این اے پہلے ہی نقل کیا جاتا ہے لیکن رائبوسومز کی بھرتی کو کنٹرول کیا جاتا ہے۔ جب سگنل ترجمہ کو چالو کرتا ہے تو یہ پروٹین کی تیزی سے نسل کی اجازت دیتا ہے۔ زیڈ بی پی 1 بی-ایکٹین ایم آر این اے کی لوکلائزیشن میں اپنے کردار کے علاوہ ترجمہ کی شروعات کو روک کر بیٹا-ایکٹین ایم آر این اے کے ٹرانسلیشنل جبر میں بھی شامل ہے۔ زیڈ بی پی 1 کو ایم آر این اے سے ہٹا دیا جانا چاہیے تاکہ رائبوسوم کو مناسب طریقے سے جڑا جا سکے اور ترجمہ شروع ہو سکے۔ پروٹین-آر این اے تعاملات آر این اے بائنڈنگ پروٹین اپنے آر این اے کے اہداف کی انتہائی مخصوص شناخت کو ان کے ترتیبات، ڈھانچے، نقشوں اور آر این اے میں ترمیم کو پہچان کر ظاہر کرتے ہیں۔ آر این اے بائنڈنگ پروٹین کی مخصوص بائنڈنگ انہیں اپنے اہداف میں فرق کرنے اور آر این اے ٹرانسکرپٹ کی نسل، پختگی اور عمر کے کنٹرول کے ذریعے مختلف قسم کے سیلولر افعال کو منظم کرنے کی اجازت دیتی ہے۔ یہ تعامل نقل کے دوران شروع ہوتا ہے کیونکہ کچھ آر بی پیز انحطاط تک آر این اے سے جڑے رہتے ہیں جبکہ دیگر صرف عارضی طور پر آر این اے سے جڑے رہتے ہیں تاکہ آر این اے اسپلیسنگ، پروسیسنگ، نقل و حمل اور لوکلائزیشن کو منظم کیا جا سکے۔ کراس لنکنگ امیونوپریسیپیٹیشن (سی ایل آئی پی) کے طریقے مختلف ٹشوز اور حیاتیات میں آر این اے بائنڈنگ پروٹین کے براہ راست آر این اے بائنڈنگ سائٹس کی سختی سے شناخت کے لیے استعمال کیے جاتے ہیں۔ اس حصے میں، سب سے زیادہ وسیع پیمانے پر مطالعہ شدہ آر این اے بائنڈنگ ڈومینز کی تین کلاسوں (آر این اے شناخت موٹف، ڈبل اسٹرینڈڈ آر این اے بائنڈنگ موٹف، زنک-فنگر موٹف) پر تبادلہ خیال کیا جائے گا۔ آر این اے شناخت موٹف (آر آر ایم) آر این اے شناخت موٹف، جو کہ سب سے عام آر این اے بائنڈنگ موٹف ہے، 75-85 امینو ایسڈ کا ایک چھوٹا پروٹین ڈومین ہے جو دو α-ہیلسیس کے خلاف چار پھنسے ہوئے β-شیٹ بناتا ہے۔ یہ پہچان موٹف متعدد سیلولر افعال میں اپنا کردار ادا کرتا ہے، خاص طور پر ایم آر این اے/آر آر این اے پروسیسنگ، اسپلیسنگ، ٹرانسلیشن ریگولیشن، آر این اے ایکسپورٹ، اور آر این اے استحکام میں۔ این ایم آر سپیکٹروسکوپی اور ایکس رے کرسٹلگرافی کے ذریعے آر آر ایم کے دس ڈھانچوں کی نشاندہی کی گئی ہے۔ یہ ڈھانچے آر آر ایم کی پروٹین-آر این اے شناخت کی پیچیدگی کی وضاحت کرتے ہیں کیونکہ اس میں پروٹین-آر این اے تعاملات کے علاوہ آر این اے-آر این اے اور پروٹین-پروٹین تعاملات شامل ہیں۔ ان کی پیچیدگی کے باوجود، تمام دس ڈھانچوں میں کچھ مشترک خصوصیات ہیں۔ تمام آر آر ایم کی اہم پروٹین کی سطحوں کی چار پھنسی ہوئی β-شیٹ آر این اے کے ساتھ تعامل کرتی پائی گئی، جو عام طور پر ایک مخصوص انداز میں دو یا تین نیوکلیوٹائڈز سے رابطہ کرتی ہے۔ اس کے علاوہ، بین ڈومین لنکر اور آر این اے کے درمیان اور خود آر آر ایم کے درمیان تعامل کے ذریعے آر این اے کے پابند ہونے کا مضبوط تعلق اور تغیر کی طرف خاصیت حاصل کی جاتی ہے۔ آر آر ایم کی یہ پلاسٹکیت اس بات کی وضاحت کرتی ہے کہ آر آر ایم سب سے زیادہ وافر ڈومین کیوں ہے اور یہ مختلف حیاتیاتی افعال میں کیوں اہم کردار ادا کرتا ہے۔ ڈبل اسٹرینڈڈ آر این اے بائنڈنگ موٹف ڈبل اسٹرینڈڈ آر این اے بائنڈنگ موٹف (ڈی ایس آر ایم، ڈی ایس آر بی ڈی)، ایک 70-75 امینو ایسڈ ڈومین، آر این اے پروسیسنگ، آر این اے لوکلائزیشن، آر این اے مداخلت، آر این اے ایڈیٹنگ، اور ٹرانسلیشنل جبر میں اہم کردار ادا کرتا ہے۔ 2005 تک حل کیے گئے ڈومین کے تینوں ڈھانچے میں متحد ہونے والی خصوصیات ہیں جو اس بات کی وضاحت کرتی ہیں کہ ڈی ایس آر ایم ڈی ایس ڈی این اے کے بجائے صرف ڈی ایس آر این اے سے کیسے منسلک ہوتے ہیں۔ ڈی ایس آر ایم کو α-ہیلسیس اور β1-β2 لوپ دونوں کے ذریعے آر این اے ڈوپلیکس کے ساتھ تعامل کرتے ہوئے پایا گیا۔ مزید برآں، تینوں ڈی ایس آر بی ایم ڈھانچے بڑی نالی اور ایک معمولی نالی کی شوگر فاسفیٹ ریڑھ کی ہڈی سے رابطہ کرتے ہیں، جس کی ثالثی الفا ہیلکس 2 کے این-ٹرمینس خطے کے ساتھ β1-β2 لوپ کے ذریعے کی جاتی ہے۔ یہ تعامل آر این اے ڈبل ہیلکس کی شکل کے لیے ایک منفرد موافقت ہے کیونکہ اس میں 2 'ہائیڈروکسائل اور فاسفیٹ آکسیجن شامل ہوتے ہیں۔ ڈی ایس آر بی ایم کے درمیان مشترکہ ساختی خصوصیات کے باوجود، وہ الگ الگ کیمیائی ڈھانچے کی نمائش کرتے ہیں، جو مختلف قسم کے آر این اے ڈھانچوں کے لیے مخصوصیت کی اجازت دیتے ہیں جن میں اسٹیم لوپس، اندرونی لوپس، بلجز یا غیر مطابقت پر مشتمل ہیلیکس شامل ہیں۔ زنک انگلیاں سی سی ایچ ایچ قسم کے زنک-انگلی ڈومینز یوکرائیوٹک جینوم کے اندر سب سے عام ڈی این اے بائنڈنگ ڈومین ہیں۔ ڈی این اے کی اعلی ترتیب سے متعلق مخصوص شناخت حاصل کرنے کے لیے، متعدد زنک انگلیوں کو ماڈیولر انداز میں استعمال کیا جاتا ہے۔ زنک کی انگلیاں ββα پروٹین فولڈ کی نمائش کرتی ہیں جس میں ایک β-ہیئرپین اور ایک α-ہیلکس آئن کے ذریعے جڑے ہوتے ہیں۔ مزید برآں، بڑی نالی میں ڈی این اے اڈوں کے ساتھ α-ہیلکس کے پروٹین سائیڈ چینز کے درمیان تعامل ڈی این اے-ترتیب-مخصوص شناخت کی اجازت دیتا ہے۔ ڈی این اے کی وسیع شناخت کے باوجود، حالیہ دریافتیں ہوئی ہیں کہ زنک کی انگلیوں میں بھی آر این اے کو پہچاننے کی صلاحیت ہوتی ہے۔ سی سی ایچ ایچ زنک انگلیوں کے علاوہ، سی سی سی ایچ زنک انگلیوں کو حال ہی میں دریافت کیا گیا تھا کہ وہ بین سالماتی ہائیڈروجن بانڈز اور آر این اے اڈوں کے واٹسن-کرک کناروں کے درمیان تعامل کے ذریعے سنگل اسٹرینڈڈ آر این اے کی ترتیب سے متعلق شناخت کو استعمال کرتی ہیں۔ سی سی ایچ ایچ قسم کی زنک انگلیاں آر این اے بائنڈنگ کے دو طریقے استعمال کرتی ہیں۔ سب سے پہلے، زنک کی انگلیاں ڈبل ہیلکس کی ریڑھ کی ہڈی کے ساتھ غیر مخصوص تعامل کرتی ہیں جبکہ دوسرا طریقہ زنک کی انگلیوں کو خاص طور پر انفرادی اڈوں کو پہچاننے کی اجازت دیتا ہے جو باہر نکلتے ہیں۔ سی سی ایچ ایچ قسم سے مختلف، سی سی سی ایچ قسم کی زنک فنگر آر این اے بائنڈنگ کا ایک اور طریقہ دکھاتی ہے، جس میں سنگل اسٹرینڈڈ آر این اے کی شناخت ترتیب مخصوص انداز میں کی جاتی ہے۔ مجموعی طور پر، زنک کی انگلیاں ایس ایس آر این اے ترتیب کے پابند ہونے کے ذریعے ڈی ایس ڈی این اے ترتیب اور آر این اے کے پابند ہونے کے ذریعے ڈی این اے کو براہ راست پہچان سکتی ہیں۔ جنین کی نشوونما میں کردار آر این اے بائنڈنگ پروٹین کی نقل اور آر این اے کے بعد کے نقل کے ضابطے کا نشوونما کے دوران جین کے اظہار کے نمونوں کو منظم کرنے میں کردار ہے۔ نیماتوڈ سی ایلیگنس پر وسیع تحقیق نے آر این اے بائنڈنگ پروٹین کی نشاندہی جرم لائن اور ابتدائی جنین کی نشوونما کے دوران ضروری عوامل کے طور پر کی ہے۔ ان کے مخصوص کام میں سومیٹک ٹشوز (نیوران، ہائپوڈرمس، پٹھوں اور اخراج کے خلیوں) کی نشوونما کے ساتھ ساتھ ترقیاتی واقعات کے لیے وقت کے اشارے فراہم کرنا شامل ہے۔ اس کے باوجود، آر این اے کے اہداف کی شناخت میں دشواری کی وجہ سے ترقی میں آر بی پیز کے فنکشن کے پیچھے میکانزم کو دریافت کرنا غیر معمولی طور پر مشکل ہے۔ اس کی وجہ یہ ہے کہ زیادہ تر آر بی پیز میں عام طور پر متعدد آر این اے کے اہداف ہوتے ہیں۔ تاہم، یہ ناقابل تردید ہے کہ آر بی پیز مربوط طریقے سے ترقیاتی راستوں کو منظم کرنے میں ایک اہم کنٹرول کا استعمال کرتے ہیں۔ ڈروسفیلا میلانوگاسٹر میں جرملین کی نشوونما، ایلاو، ایس ایکس ایل اور ٹری-2 آر این اے بائنڈنگ پروٹین انکوڈنگ جین ہیں جو ابتدائی جنس کے تعین اور جسمانی جنسی حالت کو برقرار رکھنے میں اہم ہیں۔ یہ جین ڈروسفیلا میں جنس سے متعلق مخصوص تقسیم کو منظم کرکے نقل کے بعد کی سطح پر اثرات مرتب کرتے ہیں۔ ایس ایکس ایل خواتین میں ایک فعال ٹری ایم آر این اے پیدا کرنے کے لیے فیمینائزنگ جین ٹری کا مثبت ضابطہ لگاتا ہے۔ سی ایلیگنس میں، ایف او جی-1، ایم او جی-1/- 4/- 5 اور آر این پی-4 سمیت آر این اے بائنڈنگ پروٹین جرم لائن اور سومٹک جنس کے تعین کو منظم کرتے ہیں۔ مزید برآں، کئی آر بی پیز جیسے جی ایل ڈی-1، جی ایل ڈی-3، ڈی اے زیڈ-1، پی جی ایل-1 اور او ایم اے-1/- 2 مییوٹک پروفیس کی ترقی، گیمیٹوجینیسیس، اور اووسائٹ کی پختگی کے دوران اپنے ریگولیٹری افعال انجام دیتے ہیں۔ سومیٹک ڈویلپمنٹ جرم لائن ڈویلپمنٹ میں آر بی پیز کے افعال کے علاوہ، پوسٹ ٹرانسکرپشنل کنٹرول بھی سومیٹک ڈویلپمنٹ میں اہم کردار ادا کرتا ہے۔ جراثیمی اور ابتدائی جنین کی نشوونما میں شامل آر بی پیز سے مختلف، جسمانی نشوونما میں کام کرنے والے آر بی پیز ایم آر این اے کے اہداف کے ٹشو مخصوص متبادل اسپلیسنگ کو منظم کرتے ہیں۔ مثال کے طور پر، آر آر ایم ڈومینز پر مشتمل ایم ای سی-8 اور یو این سی-75 بالترتیب ہائپوڈرمس اور اعصابی نظام کے علاقوں میں مقامی ہوتے ہیں۔ مزید برآں، ایک اور آر آر ایم پر مشتمل آر بی پی، ای ایکس سی-7، جسمانی نشوونما کے دوران جنین کے اخراج والی نہر کے خلیوں اور پورے اعصابی نظام میں مقامی ہونے کا انکشاف ہوا ہے۔ اعصابی نشوونما زیڈ بی پی 1 کو ہپپوکیمپل نیوران میں ڈینڈریٹوجینیسیس (ڈینڈرائیٹ تشکیل) کو منظم کرنے کے لیے دکھایا گیا تھا۔ ڈینڈرائٹ کی تشکیل میں شامل دیگر آر این اے بائنڈنگ پروٹین پومیلیو اور نانوس ہیں، ایف ایم آر پی، سی پی ای بی اور اسٹاؤفن 1 کینسر آر بی پیز میں کردار ٹیومر کی نشوونما میں اہم کردار ادا کرنے کے لیے ابھر رہے ہیں۔ سینکڑوں آر بی پیز انسانی کینسروں میں نمایاں طور پر بے قاعدگی کا شکار ہیں اور عام بافتوں سے متعلق ٹیومر میں نمایاں کمی ظاہر ہوئی ہے۔ بہت سے آر بی پیز کا اظہار مختلف قسم کے کینسر میں کیا جاتا ہے مثال کے طور پر کے ایچ ڈی آر بی ایس 1 (سیم 68)، ای ایل اے وی ایل 1 (ایچ یو آر)، ایف ایکس آر 1 اور یو ایچ ایم کے 1۔ کچھ آر بی پیز کے لیے، اظہار میں تبدیلی کا تعلق کاپی نمبر تغیرات (سی این وی) سے ہے، مثال کے طور پر کولوریکٹل کینسر کے خلیوں میں بی وائی ایس ایل کے سی این وی فوائد اور چھاتی کے کینسر میں ای ایس آر پی 1، سی ای ایل ایف 3، جگر کے کینسر میں آر بی ایم 24، آئی جی ایف 2 بی پی 2، پھیپھڑوں کے کینسر میں آئی جی ایف 2 بی پی 3 یا پھیپھڑوں کے کینسر میں کے ایچ ڈی آر بی ایس 2 کے سی این وی نقصانات۔ اظہار کی کچھ تبدیلیاں ان آر بی پیز پر تغیرات کو متاثر کرنے والے پروٹین کی وجہ سے ہوتی ہیں مثال کے طور پر این ایس یو این 6، زیڈ سی 3 ایچ 13، ای ایل اے سی 1، آر بی ایم ایس 3، اور زیڈ جی پی اے ٹی، ایس ایف 3 بی 1، ایس آر ایس ایف 2، آر بی ایم 10، یو 2 اے ایف 1، ایس ایف 3 بی 1، پی پی آر سی 1، آر بی ایم ایکس ایل 1، ایچ این آر این پی سی ایل 1 وغیرہ۔ کئی مطالعات نے آر بی پیز کے اظہار میں اس تبدیلی کو کینسر میں غیر معمولی متبادل اسپلیسنگ سے منسلک کیا ہے۔ موجودہ تحقیق جیسا کہ آر این اے بائنڈنگ پروٹین متعدد سیلولر افعال پر نمایاں کنٹرول رکھتے ہیں، وہ بہت سے محققین کے لیے تحقیقات کا ایک مقبول شعبہ رہے ہیں۔ حیاتیاتی میدان میں اس کی اہمیت کی وجہ سے، حال ہی میں آر این اے بائنڈنگ پروٹین کی صلاحیتوں کے بارے میں متعدد دریافتیں سامنے آئی ہیں۔ آر این اے بائنڈنگ پروٹین کی تجرباتی شناخت میں حالیہ پیش رفت نے آر این اے بائنڈنگ پروٹین کی تعداد کو نمایاں طور پر بڑھا دیا ہے۔ آر این اے بائنڈنگ پروٹین سیم 68 ڈینڈرائٹس میں مناسب سنپیٹک فنکشن حاصل کرنے کے لیے آر این اے میٹابولزم کی مقامی اور عارضی تقسیم کو کنٹرول کرتا ہے۔ سام 68 کے نقصان کے نتیجے میں غیر معمولی پوسٹ ٹرانسکرپشنل ریگولیشن ہوتا ہے اور بالآخر اعصابی عوارض جیسے نازک ایکس سے وابستہ تھرمر/اٹیکسیا سنڈروم کا باعث بنتا ہے۔ سیم 68 کو ایم آر این اے انکوڈنگ β-ایکٹین کے ساتھ تعامل کرنے کے لیے پایا گیا، جو اپنے سائٹوسکیلیٹل اجزاء کے ساتھ ڈنڈریٹک ریڑھ کی ہڈی کی مطابقت پذیر تشکیل کو منظم کرتا ہے۔ لہذا، سام 68 پوسٹسیناپٹک β-ایکٹین ایم آر این اے میٹابولزم کے کنٹرول کے ذریعے مطابقت پذیری نمبر کو منظم کرنے میں اہم کردار ادا کرتا ہے۔ نیوران مخصوص سی ای ایل ایف فیملی آر این اے بائنڈنگ پروٹین یو این سی-75 خاص طور پر سی ایلیگنس کے نیورونل خلیوں میں ایکسن 7 اے کے انتخاب کے لیے اپنے تین آر این اے شناخت کے نقشوں کے ذریعے UUGUGUGUUGU mRNA کے پھیلاؤ سے منسلک ہوتا ہے۔ چونکہ ایکسن 7 اے غیر نیورونل خلیوں میں اس کے کمزور اسپلیس سائٹس کی وجہ سے چھوڑا جاتا ہے، یو این سی-75 کو صرف نیورونل خلیوں میں ایکسن 7 اے اور ایکسن 8 کے درمیان اسپلیسنگ کو خاص طور پر چالو کرنے کے لیے پایا گیا۔ کولڈ انڈکوبل آر این اے بائنڈنگ پروٹین سی آئی آر بی پی مختلف قسم کے سیلولر تناؤ کا مقابلہ کرنے پر سیلولر ردعمل کو کنٹرول کرنے میں کردار ادا کرتا ہے، بشمول مختصر طول موج الٹرا وایلیٹ لائٹ، ہائپوکسیا، اور ہائپوتھرمیا۔ اس تحقیق سے بیماری کی حالتوں کی سوزش کے ساتھ وابستگی کے ممکنہ مضمرات سامنے آئے۔ آر این اے بائنڈنگ پروٹین ایس ایل آر 1 کے سیرائن ارجنائن خاندان کو کینڈیڈا البیکنز میں پولرائزڈ نمو پر قابو پاتے ہوئے پایا گیا۔ چوہوں میں ایس ایل آر 1 تغیرات کے نتیجے میں تنفسی میں کمی آتی ہے اور ایپیٹیلیل اور اینڈوتھیلیل خلیوں کو پہنچنے والے نقصان کو کم کرتا ہے جو ایس ایل آر 1 جنگلی قسم کے تناؤ کے مقابلے میں بقا کی شرح میں توسیع کا باعث بنتا ہے۔ لہذا، اس تحقیق سے پتہ چلتا ہے کہ ایس آر جیسا پروٹین ایس ایل آر 1 سی البیکنز میں ہائفل تشکیل اور وائرس کو بھڑکانے میں کردار ادا کرتا ہے۔ یہ بھی دیکھیں کہ ڈی این اے بائنڈنگ پروٹین آر این اے بائنڈنگ پروٹین ڈیٹا بیس ربنیوکلیوپروٹین بیرونی لنکس اسٹار بیس پلیٹ فارم: بڑے پیمانے پر سی ایل آئی پی-سیک (ایچ آئی ٹی ایس-سی ایل آئی پی، پی اے آر-سی ایل آئی پی، آئی سی ایل آئی پی، سی ایل اے ایس ایچ) ڈیٹا سیٹس سے آر این اے بائنڈنگ پروٹین (آر بی پی) کی بائنڈنگ سائٹس کو ڈی کوڈ کرنے کے لیے ایک پلیٹ فارم۔ آر بی پی ڈی بی ڈیٹا بیس: آر این اے بائنڈنگ پروٹین کا ڈیٹا بیس۔ او آر این اےمنٹ: مختلف انواع میں کوڈنگ اور نان کوڈنگ آر این اے دونوں میں پوٹیٹو آر بی پی بائنڈنگ سائٹ کے مثالوں کا ایک ڈیٹا بیس۔ اے ٹی ٹی آر اے سی ٹی ڈیٹا بیس: آر این اے بائنڈنگ پروٹین اور متعلقہ موفٹس کا ڈیٹا بیس۔ اسپلیسڈ ایڈ-ایف: ہاتھ سے تیار کردہ انسانی آر این اے بائنڈنگ پروٹین ڈیٹا بیس کا ڈیٹا بیس۔ آر ایس آئی ٹی ڈی بی: آر این اے بائنڈنگ سائٹ ڈیٹا بیس ایس پی او ٹی-سیک-آر این اے: آر این اے بائنڈنگ پروٹین اور ان کے پیچیدہ ڈھانچوں کی ٹیمپلیٹ پر مبنی پیش گوئی۔ اسپاٹ-اسٹرکچر-آر این اے: 3 ڈی ڈھانچوں سے آر این اے بائنڈنگ پروٹین کی پیش گوئی۔ اینکوڈ پروجیکٹ: جینومک ڈیٹا سیٹس کا مجموعہ (یعنی۔ آر بی پیز کے لیے آر این اے بائنڈ-این-سیق، ای سی ایل آئی پی، آر بی پی ٹارگٹڈ ایس آر این اے-سیق) آر بی پیز کے لیے آر بی پیز امیج ڈیٹا بیس: خلیوں میں آر بی پیز کی سیلولر لوکلائزیشن دکھانے والی تصاویر آر بی پی اسپاٹ سافٹ ویئر: آر بی پیز-آر این ایز کے تعامل کا پتہ لگانے کے لیے ایک ڈیپ لرننگ پر مبنی انتہائی درست سافٹ ویئر۔ یہ نئے آر بی پی-آر این اے تعامل ماڈل بنانے کے لیے ایک ماڈیول بھی فراہم کرتا ہے۔ حوالہ جات خلیہ حیاتیات