The Proteolysis Map
پروٹیولیسس ایم اے پی (پی ایم اے پی) ایک مربوط ویب وسائل تھا جو پروٹیسیس پر مرکوز تھا۔ اس کا ڈومین اب ایک اسکینڈ/اسپیم براؤزر ایکسٹینڈر سے منسلک ہے۔ ریشنل پی ایم اے پی کو پروٹیولیٹک نیٹ ورک اور میٹابولک راستوں کے بارے میں استدلال میں پروٹیز محققین کی مدد کے لیے ڈیزائن کیا گیا تھا۔ تاریخ اور فنڈنگ پی ایم اے پی اصل میں برنھم انسٹی ٹیوٹ فار میڈیکل ریسرچ، لا جولا، کیلیفورنیا میں بنائی گئی تھی۔ 2004 میں نیشنل انسٹی ٹیوٹ آف ہیلتھ (این آئی ایچ) نے سینٹر آن پروٹولائٹک پاتھ ویز (سی پی پی) قائم کرنے کے لیے جیفری ڈبلیو اسمتھ کی قیادت میں ایک ٹیم کا انتخاب کیا۔ بائیو میڈیکل ریسرچ کے لیے این آئی ایچ روڈ میپ کے ایک حصے کے طور پر، مرکز پروٹین کے رویے کا مطالعہ کرنے اور اس علم کو بڑے پیمانے پر سائنسی برادری تک پہنچانے کے لیے ٹیکنالوجی تیار کرتا ہے۔ فوکل پوائنٹ پروٹیز انزائموں کی ایک کلاس ہے جو پروٹین میں پیپٹائڈ بانڈز کو الگ کرکے انسانی جسم میں خلیات کے اندر اور باہر جو کچھ ہوتا ہے اس میں سے زیادہ تر کو منظم کرتی ہے۔ اس سرگرمی کے ذریعے، وہ خلیوں کے چار ضروری افعال کو کنٹرول کرتے ہیں: تفریق، حرکت پذیری، تقسیم اور خلیوں کی موت-اور خون کے جمنے میں بائیو کیمیکل کاسکیڈ اثر جیسے اہم ایکسٹرا سیلولر اقساط کو چالو کرتے ہیں۔ ان کے بغیر زندگی ممکن نہیں تھی۔ پروٹیسیس کے لیے وسیع آن لائن درجہ بندی کا نظام (جسے پیپٹیڈیسیس بھی کہا جاتا ہے) MEROPS ڈیٹا بیس میں جمع کیا جاتا ہے۔ گول پروٹولائٹک راستے، یا پروٹولائسس، ان واقعات کا سلسلہ ہے جو پروٹیسیس کے ذریعے کنٹرول کیے جاتے ہیں جو مخصوص محرکات کے جواب میں ہوتے ہیں۔ خون کے جمنے اور انسولین کی پیداوار کو پروٹولائٹک راستوں کے طور پر دیکھا جا سکتا ہے۔ پروٹین کی سرگرمی، ضابطے اور روک تھام گلوکوز کی سطح کو تبدیل کرنے کے لیے پروٹیز رد عمل ہیں اور دیگر پروٹیز کو نیچے کی طرف متحرک کرتے ہیں۔ ڈیٹا بیس کا مواد پی ایم اے پی پانچ ڈیٹا بیس کو مربوط کرتا ہے۔ پروٹیز ڈی بی اور سبسٹریٹ ڈی بی، ایک خودکار اینوٹیشن پائپ لائن کے ذریعے چلائے جاتے ہیں جو سالماتی معلومات سے بھرپور متحرک 'مالیکیول پیجز' تیار کرتے ہیں۔ کٹ ڈی بی کے پاس 6,600 سے زیادہ پروٹولائٹک واقعات کے بارے میں معلومات ہیں، اور پروفائل ڈی بی پروٹیسیس کی سبسٹریٹ شناخت کی خاصیت کی معلومات کے لیے وقف ہے۔ پاتھ وے ڈی بی نے میٹابولک راستوں کو جمع کرنا شروع کر دیا ہے جن کے کام کو قواعد پر مبنی انداز میں متحرک انداز میں بنایا جا سکتا ہے۔ فرضی نیٹ ورک کا اندازہ ادب سے نیم خودکار کلنگ کے ذریعے لگایا جاتا ہے۔ پروٹیز سافٹ ویئر ٹولز انفرادی پروٹیز اور پروٹوم وسیع ڈیٹا سیٹس کا تجزیہ کرنے میں مدد کر سکتے ہیں۔ استعمال پی ایم اے پی میں مقبول مقامات پروٹیز مالیکیول پیجز اور سبسٹریٹ مالیکیول پیجز ہیں۔ پروٹیز مالیکیول پیجز پروٹیز کے پب میڈ ادب میں حالیہ خبریں، معروف پروٹولائٹک واقعات، پروٹین ڈومین لوکیشن اور پروٹین اسٹرکچر ویو کے ساتھ ساتھ دیگر بائیو انفارمیٹک ڈیٹا بیس سیکشن میں کراس اینوٹیشن دکھاتے ہیں۔ سبسٹریٹ مالیکیول پیجز پروٹین ڈومینز اور تجرباتی طور پر اخذ کردہ پروٹیز کٹ سائٹس کو دلچسپی کے دیئے گئے پروٹین ہدف کے لیے دکھاتے ہیں۔ یہ بھی دیکھیں سائٹوسکیپ کمپیوٹیشنل جینومکس میٹابولک نیٹ ورک ماڈلنگ پروٹین-پروٹین تعامل کی پیش گوئی کے حوالہ جات بیرونی لنکس سرکاری ویب سائٹ پروٹیولیسس کٹ سائٹ ڈیٹا بیس-صارفین کی طرف سے کیوریٹڈ ماہر تشریح پروٹیز کٹ سائٹس گرافیکل انٹرفیس پروٹیز کاٹنے والا پیشن گوئی کرنے والا میرپس-پیپٹائڈیز ڈیٹا بیس سالماتی حیاتیات حیاتیاتی ڈیٹا بیس حیاتیاتی ڈیٹا بیس حیاتیات ریاضیاتی اور نظریاتی حیاتیات پروٹین ڈومین پروٹین خاندان پردیی جھلی پروٹین پوسٹ ٹرانسلیشنل ترمیم پروگرام شدہ سیل موت اپوپٹوسس