ORF3a
او آر ایف 3 اے (جسے پہلے ایکس 1 یا یو 274 کے نام سے جانا جاتا تھا) ایک جین ہے جو ذیلی نسل سربیکو وائرس کے کورونا وائرس میں پایا جاتا ہے، جس میں سارس-کوو اور سارس-کوو-2 شامل ہیں۔ یہ تقریبا 275 امینو ایسڈ کے باقیات کے بارے میں ایک لوازمات پروٹین کو انکوڈ کرتا ہے، جس کے بارے میں خیال کیا جاتا ہے کہ وہ وائروپورین کے طور پر کام کرتا ہے۔ یہ سب سے بڑا آلات پروٹین ہے اور بیان کیے جانے والے سارس-کوو آلات پروٹین میں سے پہلا تھا۔ تقابلی جینومکس ORF3a ذیلی نسل سربیکو وائرس کے اندر اچھی طرح سے محفوظ ہے۔ پروٹین میں سارس-کوو (274 باقیات) اور سارس-کوو-2 (275 باقیات) کے درمیان 73 فیصد ترتیب کی شناخت ہے۔ او آر ایف 3 اے اوپن ریڈنگ فریم کے اندر جینوم میں کئی اوور لیپنگ جین ہوتے ہیں: او آر ایف 3 اے، او آر ایف 3 بی، اور (صرف سارس-کوو-2 میں) او آر ایف 3 سی۔ سارس-کوو-2 میں، او آر ایف 3 اے، او آر ایف 3 سی، اور او آر ایف 3 ڈی کے درمیان اوورلیپ ممکنہ طور پر ایک ہی ترتیب والے خطے کے انکوڈنگ فنکشنل پروٹین کے تینوں ممکنہ ریڈنگ فریموں کی ایک نایاب مثال کی نمائندگی کرتا ہے۔ اگرچہ او آر ایف 3 اے سربیکو وائرس میں موجود ہے، لیکن یہ ایک اور بیٹا کورونویرس ذیلی نسل، ایمبیکو وائرس میں موجود نہیں ہے، جس میں انسانی کورونویرس ایچ کے یو 1 اور او سی 43 شامل ہیں۔ یہ مربیکو وائرس میں او آر ایف 5 سے دور سے متعلق ہو سکتا ہے، جس میں ایم ای آر ایس-سی او وی شامل ہے۔ الفا کورونویرس میں او آر ایف 3 اے کے دور دراز ہومولوگس کی نشاندہی کی گئی ہے، جس میں انسانی کورونویرس 229 ای اور این ایل 63 شامل ہیں، لیکن گاما کورونویرس یا ڈیلٹا کورونویرس میں نہیں۔ ساخت او آر ایف 3 اے پروٹین ایک ٹرانس میمبرین پروٹین ہے جس میں تین ٹرانس میمبرین ڈومینز ہوتے ہیں۔ اس میں ایک این-ٹرمینل آکٹوڈومین اور سی-ٹرمینل اینڈوڈومین ہے، جو سسٹین سے بھرپور علاقے کے ذریعے ٹرانس میمبرین ڈومین سے الگ ہوتا ہے۔ خیال کیا جاتا ہے کہ یہ ایک ڈائمر یا ٹیٹریمر کے طور پر کام کرتا ہے، جو پلازما جھلی میں جمع ہوتا ہے۔ یہ نامعلوم فعال اثرات کے ساتھ اعلی درجے کے اولیگومر بھی تشکیل دے سکتا ہے۔ ترجمہ کے بعد کی تبدیلیاں سارس-کوو میں، او-گلائکوسیلیشن کے ذریعے او آر ایف 3 اے کی ترجمہ کے بعد کی ترمیم کا مشاہدہ کیا گیا ہے۔ ایچ سی او وی-این ایل 63 میں، یہ این-گلائکوسیلیٹڈ ہے۔ اظہار اور لوکلائزیشن دیگر آلات پروٹینوں کے جینوں کے ساتھ، او آر ایف 3 اے جین ساختی پروٹینوں کو انکوڈنگ کرنے والوں کے قریب، کورونا وائرس آر این اے جینوم کے 3 'سرے پر واقع ہے۔ او آر ایف 3 اے سپائیک (ایس) اور لفافے (ای) جین کے درمیان واقع ہے۔ او آر ایف 3 اے کا اظہار دوسرے سب سے بڑے ذیلی جینومک آر این اے سے کیا جاتا ہے۔ سارس-کوو میں، سب سیلولر لوکلائزیشن متنوع ہے اور یہ سائٹوپلازم، پلازما جھلی اور گولگی اپریٹس میں پایا جا سکتا ہے۔ اس کی ترتیب میں پروٹین کی اسمگلنگ کے اشارے ہوتے ہیں جو اسے پلازما جھلی تک نشانہ بناتے ہیں۔ ایچ سی او وی-این ایل 63 میں، یہ ای آر جی آئی سی کو نشانہ بنایا جاتا ہے۔ فنکشن او آر ایف 3 اے پروٹین وائرل نقل کے لیے ضروری نہیں لگتا ہے۔ سارس-کوو کے ساتھ مطالعات سے، اس بات کے متضاد شواہد ملتے ہیں کہ آیا اس کے حذف ہونے سے نقل کی کارکردگی میں کمی آتی ہے یا نہیں۔ وائروپورین ORF3a پروٹین کے بارے میں خیال کیا جاتا ہے کہ وہ ایک کیشن پارगम्य آئن چینل بناتا ہے۔ خیال کیا جاتا ہے کہ یہ وائروپورین کے طور پر کام کرتا ہے۔ لفافے کے پروٹین کے ساتھ، یہ سارس-کوو-2 میں دو ممکنہ وائروپورینز میں سے ایک ہے، اور سارس-کوو میں تین میں سے ایک ہے، جو اضافی ممکنہ وائروپورین او آر ایف 8 اے کو انکوڈ کرتا ہے۔ وائرل پروٹین تعاملات سارس-کوو میں او آر ایف 3 اے پروٹین کو کئی ساختی پروٹین-اسپائیک پروٹین، جھلی پروٹین، اور نیوکلیوکیپسڈ پروٹین کے ساتھ ساتھ او آر ایف 7 اے، ایک اور آلات پروٹین کے ساتھ پروٹین-پروٹین تعاملات تشکیل دیتے ہوئے دکھایا گیا ہے۔ سسٹین سے بھرپور علاقے کے ذریعے، یہ سپائیک پروٹین کے ساتھ ڈائیسلفائیڈ بانڈ بنا سکتا ہے۔ سارس-کوو اور ایچ سی او وی-این ایل 63 کے لیے وائرینز میں او آر ایف 3 بی پروٹین کا شامل ہونا مشاہدہ کیا گیا ہے، جس سے یہ ظاہر ہوتا ہے کہ یہ ایک وائرل ساختی پروٹین ہے۔ میزبان خلیے کے اثرات میزبان خلیے پر او آر ایف 3 اے کے متعدد اثرات تجرباتی حالات میں بیان کیے گئے ہیں۔ او آر ایف 3 اے سیل کلچر میں ایس اے آر ایس-سی او وی اور ایس اے آر ایس-سی او وی-2 دونوں کے مطالعے میں اپوپٹوسس کی شمولیت سے وابستہ رہا ہے۔ امیونوجینسیٹی او آر ایف 3 اے پروٹین اینٹیجینک ہے اور اینٹی باڈیز کا مشاہدہ سارس-کوو (جو سارس بیماری کا سبب بنتا ہے) یا سارس-کوو-2 (جو کووڈ-19 کا سبب بنتا ہے) کے انفیکشن سے صحت یاب ہونے والے مریضوں میں کیا گیا ہے۔ حوالہ جات کورونویرس پروٹین