GPATCH2L
GPATCH2L (G-پیچ ڈومین 2 لائک پر مشتمل) ایک پروٹین ہے جو 14q24.3 پر واقع GPATCH2L انسانی جین کے ذریعے انکوڈ کیا جاتا ہے۔ انسانوں میں، GPATCH2L (NM _ 07926) میں mRNA کی لمبائی 14,021 بیس جوڑے ہیں اور جین اسپانس بیس chr14:76,151,922-76,214,343 کے درمیان 62,422 nt ہے۔ GPATCH2L مثبت اسٹرینڈ پر ہے۔ آئی ایف ٹی 43 مثبت اسٹرینڈ پر جی پی اے ٹی سی ایچ 2 ایل سے براہ راست پہلے کا جین ہے اور ایل او سی 105370575 منفی اسٹرینڈ پر غیر خصوصیت والا جین ہے، جو جی پی اے ٹی سی ایچ 2 ایل کے تقریبا ڈیڑھ سائز کا ہے۔ GPATCH2L کے معروف عرفیت میں C14orf118، FLJ20689، FLJ10033، اور KIAA1152 شامل ہیں۔ جی پی اے ٹی سی ایچ 2 ایل 28 الگ الگ انٹرن (27 جی ٹی-اے جی، 1 جی سی-اے جی)، 17 مختلف ایم آر این اے، 14 متبادل طور پر اسپلیسڈ متغیرات، اور 3 غیر اسپلیسڈ شکلیں تیار کرتا ہے۔ اس میں 5 ممکنہ متبادل پروموٹر، 7 تصدیق شدہ پولیڈینایلیشن سائٹس، اور مختلف لمبائی کے 6 پیش گوئی شدہ پروموٹر ہیں۔ نقل کی مختلف قسمیں GPATCH2L ہومو سیپینز میں 23 مختلف نقل کی مختلف قسمیں ہیں۔ سب سے زیادہ عام ٹرانسکرپٹ ورژن 1 ہے اور ہر ٹرانسکرپٹ ورژن مختلف ایکسون کا استعمال کرتا ہے۔ پروٹین جی پی اے ٹی سی ایچ 2 ایل انسانی پروٹین (این پی _ 060396) کا سالماتی وزن 54,260 ڈی اے ہے اور یہ 482 امینو ایسڈ پر مشتمل ہے جس کا پیش گوئی شدہ آئسو الیکٹرک پوائنٹ 8.77 ہے۔ اس میں 17 مختلف آئسوفارم ہیں اور سب سے عام آئسوفارم 1 ہے۔ ہر انسانی جی پی اے ٹی سی ایچ 2 ایل آئسوفارم کا ایک جی پی اے ٹی سی ایچ 2 ایل ڈومین ہوتا ہے، لیکن کوئی اور اہم چھوٹی تکرار نہیں پائی گئی جیسا کہ نیچے دی گئی اسکیمیٹک مثال میں دیکھا گیا ہے۔ اس کے علاوہ، انسانی پروٹین اٹلس سے آئی ایچ سی میں انسانی پروسٹیٹ جی پی اے ٹی سی ایچ 2 ایل اینٹی باڈی (ایچ پی اے 018856) کے امیونو ہسٹو کیمیکل اسٹیننگ کے مطابق، پروسٹیٹ ٹشو میں انسانی جی پی اے ٹی سی ایچ 2 ایل پروٹین گلینڈولر خلیوں میں الگ مثبتیت ظاہر کرتا ہے۔ ثانوی اور ترتیری ڈھانچہ دو اعداد و شمار الفا فولڈ سے GPATCH2L انسانی پروٹین کی پیش گوئی شدہ ترتیری ساخت کو ظاہر کرتے ہیں۔ چار الفا ہیلکس بنڈل اور دو بیٹا شیٹ قابل مشاہدہ ہیں اور ان کی تشریح تصوراتی ترجمہ پر کی گئی ہے۔ باہمی تعامل کرنے والے پروٹین GPATCH2L انسانی پروٹین نیوکلیولس اور نیوکلئس کے اندر KRR1، DDX10، اور NOL6 کے ساتھ تعامل کرنے کے لیے جانا جاتا ہے۔ جین لیول ریگولیشن پروموٹر GPATCH2L انسانی جین میں ایک پروموٹر [GXP _ 207451] ہے جو ch 14:76150912-76151972 میں واقع ہے۔ پروموٹر کی لمبائی 1061 بی پی ہے۔ ٹرانسکرپشن فیکٹر بائنڈنگ سائٹس نیچے دیے گئے جدول میں، 5 ٹرانسکرپشن عوامل [کے ایل ایف ایس، ایچ او ایم ایف، ایس پی 1 ایف، زیڈ ایف 02، اور این ایف کے بی] کے ٹرانسکرپشن ریگولیٹری ریجن کے ایک محفوظ حصے میں پابند ہونے کی پیش گوئی کی گئی ہے۔ میز میں نقل کے 19 عوامل کے برعکس، ایم اے زیڈ ایف صرف کارٹلیج اور کنکال کے بافتوں میں خاص طور پر فعال ہے۔ نیز، پی ایل اے جی صرف بون میرو خلیوں، نظام ہاضمہ، جنین کے ڈھانچے، اینڈوکرائن سسٹم، جراثیمی خلیوں اور ہیماٹوپوئیٹک نظام میں خاص طور پر فعال ہے۔ ٹرانسکرپشن کے زیادہ تر عوامل بیضہ دانی، پھیپھڑوں، دماغ، پروسٹیٹ، بون میرو خلیوں میں فعال ہوتے ہیں، جو این سی بی آئی میں جین ڈیٹا بیس ریکارڈ سے آر این اے-سی کیو ڈیٹا میں سب سے زیادہ اقدار کو ظاہر کرتے ہیں۔ ٹرانسکرپٹ لیول ریگولیشن ایکسپریشن پیٹرن آر این اے-سی کیو 95 انسانی افراد کے ٹشو کے نمونوں پر انجام دیا گیا جو 27 مختلف ٹشوز کی نمائندگی کرتے ہیں تاکہ این سی بی آئی میں ٹشو کی مخصوص پروٹین کوڈنگ جینز کی شناخت کی جا سکے۔ RNA-SEQ ڈیٹا GPATCH2L انسانی mRNA میں ہڈیوں کے گودے، خصیوں اور دماغی بافتوں کے اندر اعلی اظہار کو ظاہر کرتا ہے۔ کم اظہار والے بافت پینکریاز، جگر اور تھوک غدود ہیں۔ تمام بافتوں میں این سی بی آئی جی ای او پروفائل بافتوں میں نمایاں طور پر مختلف جین کے تاثرات این سی بی آئی جی ای او کے جی پی اے ٹی سی ایچ 2 ایل ہومو سیپینز میں مائیکرو آرے سے تشخیص شدہ ٹشو ایکسپریشن پیٹرن (جی ڈی ایس 596) میں دکھائے گئے ہیں۔ آر این اے-سی کیو ڈیٹا میں سیریبلم، جنین کے دماغ، بون میرو، بیضہ دانی، پروسٹیٹ، اور پھیپھڑوں کے بافتوں میں اعلی جین کے تاثرات جی ڈی ایس 596 میں انتہائی کم ہیں۔ تاہم، ہر جین ڈیٹا بیس ریکارڈ میں جگر، پینکریاز، تھوک غدود، اور جنین کے جگر کے بافتوں میں جین کے تاثرات کم رہتے ہیں۔ این سی بی آئی جی ای او میں گراف کی تشریح اس طرح کی جا سکتی ہے: ایک 'سنگل چینل' نمونے کا مطلب ہے کہ ایک ہائبرڈائزیشن جہاں ایک بائیو سورس سے حاصل کردہ سی ڈی این اے کو صف کے ساتھ جوڑا جاتا ہے۔ یہ طریقہ عام طور پر ریڈیونوکلیوٹائڈ لیبلز کے ساتھ جھلی (فلٹر) صفوں اور فلوروسینٹ لیبلز کے ساتھ اعلی کثافت والی اولیگونیوکلیوٹائڈ صفوں کے لیے استعمال ہوتا ہے۔ یہ تجربے کی قسم جین کے اظہار کی پیمائش کرتی ہے، جس کی تعریف اسکیلڈ/نارملائزڈ سگنل کاؤنٹ ویلیوز کے طور پر کی جاتی ہے جو نیچے دی گئی ٹیبلز اور صحیح اعداد و شمار میں "ویلیو" سے مطابقت رکھتی ہیں۔ انسانی جی پی اے ٹی سی ایچ 2 ایل (5 'یو ٹی آر) کی نیوکلک ایسڈ ثانوی ساخت ایک اسٹیم لوپ، انفرام اسٹاپ کوڈن، اسٹارٹ کوڈن، اور ایکسن حدود کو ظاہر کرتی ہے۔ اس اسٹیم لوپ میں، جی اور جی جڑے ہوئے نہیں ہیں۔ تاہم، یہ اس اسٹیم لوپ خطے کی متعدد ترتیب کی صف بندی میں محفوظ ہیں۔ 3 'یو ٹی آر کے اعداد و شمار میں، 10 اسٹیم لوپس ہوتے ہیں اور انہیں دوسرے اعداد و شمار میں زوم کیا جاتا ہے۔ اگرچہ 3-3)، 3-6)، 3-9) عجیب ساخت دکھاتے ہیں (3: سی سی ٹی ٹی، 6: سی اے ٹی، ٹی ٹی سی، 9: جی ٹی جی)، ہر حرف کو اس کی متعدد ترتیب کی صف بندی میں محفوظ کیا جاتا ہے۔ خاص طور پر، 3-8) میں اس کے اسٹیم لوپ میں ایچ ایس اے-ایم آئی آر این اے-205 شامل ہے، اور ایچ ایس اے-ایم آئی آر این اے-205 کا ہر حرف متعدد ترتیب کی صف بندی میں محفوظ ہے۔ پروٹین لیول ریگولیشن امیونو کیمسٹری (آئی ایچ سی) جی پی اے ٹی سی ایچ 2 ایل پروٹین ہڈیوں کے گودے کے بافتوں میں بہت زیادہ ظاہر ہوتا ہے، انسانی پروٹین اٹلس سے آئی ایچ سی میں بون میرو ٹشو جی پی اے ٹی سی ایچ 2 ایل اینٹی باڈی (ایچ پی اے 018856) میں انسانی ہیماٹوپوئیٹک خلیوں کے امیونو ہسٹو کیمیکل اسٹیننگ کے مطابق۔ نیز، اس سے یہ بھی ظاہر ہوا ہے کہ جی پی اے ٹی سی ایچ 2 ایل پروٹین برونکس ٹشو میں انسانی تنفس کے اپیتھیلیل خلیوں اور اینڈومیٹریئل اسٹروما میں انسانی خلیوں اور اینڈومیٹریم ٹشو میں گلینڈولر خلیوں میں بہت زیادہ ظاہر ہوتا ہے۔ دی ہیومن پروٹین اٹلس اور تھرمو فشر سائنٹفک کے جی پی اے ٹی سی ایچ 2 ایل اینٹی باڈی سٹیننگ کے مطابق، پروٹین لوکلائزیشن اور کثرت جی پی اے ٹی سی ایچ 2 ایل ہومو سیپینز پروٹین بنیادی طور پر نیوکلیوپلازم میں مقامی ہے۔ نیز، پی ایس او آر ٹی II اور ایکسپیسی کے پی آئی/میگاواٹ ٹول کے مطابق، جی پی اے ٹی سی ایچ 2 ایل انسانی پروٹین کے 82.6% کے مرکزے میں واقع ہونے کی پیش گوئی کی گئی ہے۔ GPATCH2L انسانی پروٹین دیگر انسانی پروٹینوں کے مقابلے میں آئیسولوسین ناقص (I-)، سیرائن سے بھرپور (S +)، اور ارجنائن سے بھرپور (R +) ہے۔ ترجمہ کے بعد کی ترمیم سائٹس [او-گیل این اے سی (میوسن ٹائپ) گلائکوسیلیشن، 0-(بیٹا)-جی ایل سی این اے سی، این-گلائکوسیلیشن، او-گلائکوسیلیشن، اور فاسفوریلیشن] کو تصوراتی ترجمہ پر بیان کیا گیا ہے۔ ویکیپیڈیا میں تصوراتی ترجمے کے اعداد و شمار میں صرف 1,560 بی پی ایم آر این اے اور 482 امینو ایسڈ شامل ہیں۔ ہومیولوجی اور ارتقاء آرتھولوگس اور پیرالاگس جی پی اے ٹی سی ایچ 2 ایل ہومو سیپینز میں ممالیہ، ریپٹیلیا، ایمفیبیا، مولسکا، آرتھروپوڈا، ایو، فش، اور انورٹبریٹ میں آرتھولوگس ہیں۔ اقدار [استفسار کا احاطہ اقدار (٪)، ترتیب کی شناخت (٪)، اور ترتیب کی مماثلت (٪)] کم ہوتی جاتی ہیں کیونکہ گروپ ہومو سیپینز سے زیادہ دور آرتھولوگس میں تبدیل ہوتا ہے، جیسے کہ انورٹبریٹس۔ تاہم، مینڈک اس لحاظ سے غیر معمولی ہیں کہ ان کی ترتیب کی شناخت بہت کم ہوتی ہے (36.8%-38.0%)۔ نیز، فنگی اور بیکٹیریا کی وہ کلاس جس میں جی پی اے ٹی سی ایچ 2 ایل ہومولوگس ہوتے ہیں، این سی بی آئی ہومولوگین کا استعمال کرتے ہوئے نہیں مل سکے۔ جی پی اے ٹی سی ایچ 2 ایل ہومو سیپینز کے متوازی این سی بی آئی ہومیولوجین کا استعمال کرکے پائے گئے۔ نیچے دیے گئے جدول میں، ایم وائی اے کا مطلب ہے "ملین سال پہلے" اور درست انحراف [m] کی مساوات 100 * (-LN (ترتیب کی مماثلت (%)) ہے۔ ارتقاء جی پی اے ٹی سی ایچ 2 ایل فائبرینوجن الفا چین کے مقابلے میں زیادہ آہستہ آہستہ تیار ہوتا ہے لیکن سائٹوکروم سی سے زیادہ تیز ہوتا ہے۔ جی پی اے ٹی سی ایچ 2 ایل پروٹین کے غیر جڑ والے درخت میں، صرف ایک ممالیہ (انسان) شامل ہوتا ہے کیونکہ ممالیہ جانوروں میں ہر نوع ایک دوسرے سے بہت قریب سے متعلق ہوتی ہے، جس سے مختلف مختصر لکیریں ظاہر ہوتی ہیں۔ invertebrates میں آرتھروپوڈا سب سے لمبی لکیر دکھاتا ہے، جس کا مطلب ہے کہ وہ سب سے طویل موڑ چکے ہیں۔ دور کے ہومیولوگس قریب ترین جاندار جن میں جی پی اے ٹی سی ایچ 2 ایل نہیں ہے وہ مندرجہ ذیل ہیں: رینگنے والے جانوروں میں، مگرمچھ، کچھوے، سانپ، چھپکلی، گیکو میں جی پی اے ٹی سی ایچ 2 ایل ہومیولوگس این سی بی آئی بلاسٹ کا استعمال کرکے پائے گئے، جبکہ سکنک، گرگٹ اور ایگوانا میں کوئی ہومیولوگس نہیں تھے۔ امفیبیئنز میں، این سی بی آئی بلاسٹ کا استعمال کرتے ہوئے مینڈک، ٹاڈ اور سلامینڈر میں جی پی اے ٹی سی ایچ 2 ایل ہومولوگس پائے گئے، جبکہ دیگر قسم کے امفیبیئنز، جیسے سیسلین، مائکروسوریا، اور لیبرینتھوڈونٹیا میں جی پی اے ٹی سی ایچ 2 ایل جین نہیں ہوتا ہے۔ انورٹیبریٹس میں، این سی بی آئی بلاسٹ یہ ظاہر کرتا ہے کہ اسکیلوپ، اسٹار فش، آکٹوپس، مکڑی میں جی پی اے ٹی سی ایچ 2 ایل جین ہوتا ہے، لیکن سپنج اور جیلی فش میں نہیں ہوتا ہے۔ آخر میں، این سی بی آئی بلاسٹ کے مطابق، فنگی اور بیکٹیریا میں کوئی جی پی اے ٹی سی ایچ 2 ایل ہومولوگ نہیں ہیں۔ فنکشن اور بائیو کیمسٹری جی پی اے ٹی سی ایچ 2 ایل کا فنکشن ابھی تک نامعلوم ہے ؛ تاہم، پیرالاگ جی پی اے ٹی سی ایچ 3 کو ممالیہ جانوروں کے اندر پیدائشی مدافعتی ردعمل میں حصہ لینے کے لیے دکھایا گیا ہے۔ جی پی اے ٹی سی ایچ 3 منفی طور پر آر ایل آر کی ثالثی میں پیدائشی اینٹی وائرل ردعمل کو منظم کرتا ہے، جس سے ویزا سگنلوسوم اسمبلی میں خلل پڑتا ہے۔ اس نے آکولر اور کرینیو فیسیل کی نشوونما میں بھی حصہ لیا ہے۔ طبی اہمیت توثیق کوہورٹ کے مطابق انسانی جی پی اے ٹی سی ایچ 2 ایل خطے میں ایک ایس این پی (آر ایس 935332) کا تعلق اسکلیروڈرما رینٹل کرائسس (ایس آر سی) سے ہے۔ منسلک ایس این پی کے لیے کسی جینیاتی نقل کی عدم موجودگی کے باوجود، گردوں کی بائیوپسی کے حصوں کی امیونوسٹیننگ نے جی پی اے ٹی سی ایچ 2 ایل کے نلکے کے اظہار میں اضافے کا مظاہرہ کیا۔ ریٹینائٹس پگمنٹوسا 24 ان بیماریوں میں سے ایک ہے جو اس جین سے وابستہ ہے۔ کینسر میں جی پی اے ٹی سی ایچ 2 ایل کا اظہار مندرجہ ذیل ہے: پینکریٹک کینسر کے کچھ معاملات میں مضبوط امیونوریکٹیویٹی کا مظاہرہ کیا گیا، جبکہ مہلک لیمفوما، کولوریکٹل، چھاتی اور پروسٹیٹ کینسر منفی یا کمزور داغدار تھے۔ جی پی اے ٹی سی ایچ 2 چھاتی کے کینسر کے زیادہ تر معاملات میں حد سے زیادہ ظاہر ہوتا ہے کیونکہ یہ ایک جوہری عنصر کو انکوڈ کرتا ہے جو چھاتی کے کینسر اور سپرمیٹوجینیسیس کے دوران ٹیومر کی نشوونما کے لیے اہم ہو سکتا ہے۔ ایچ پی آر پی 43 (ایک آر این اے پر منحصر اے ٹی پی ایز) اور جی پی اے ٹی سی ایچ 2 پروٹین کا تعامل ایچ پی آر پی 43 کی اے ٹی پی ایز سرگرمی کو بہت بہتر بناتا ہے اور ممالیہ خلیوں پر نشوونما کو فروغ دینے والے اثر کا سبب بنتا ہے۔ چونکہ جی پی اے ٹی سی ایچ 2 ناول کینسر/ٹیسٹس اینٹیجن ہو سکتا ہے، ناردرن بلاٹ کے عام انسانی اعضاء کے تجزیے کے مطابق، جی پی اے ٹی سی ایچ 2 کو نشانہ بنانا یا ایچ پی آر پی 43 اور جی پی اے ٹی سی ایچ 2 کے درمیان تعامل کو روکنا چھاتی کے کینسر کے لیے ایک علاج کی تکنیک ہو سکتی ہے۔ انسانی کروموسوم پر حوالہ جات جین 14