ORF8
او آر ایف 8 ایک جین ہے جو ذیلی نسل سربیکو وائرس کے کورونویرس میں وائرل آلات پروٹین، بیٹا کورونویرس این ایس 8 پروٹین کو انکوڈ کرتا ہے۔ یہ جینوم کے سب سے کم محفوظ اور سب سے زیادہ متغیر حصوں میں سے ایک ہے۔ کچھ وائرسوں میں، ایک حذف کرنا خطے کو دو چھوٹے کھلے پڑھنے والے فریموں میں تقسیم کرتا ہے، جسے ORF8a اور ORF8b کہا جاتا ہے-یہ خصوصیت بہت سے SARS-CoV وائرل آئسولیٹس میں موجود ہے جو بعد میں SARS کی وبا کے ساتھ ساتھ کچھ چمگادڑوں کے کورونویرس میں بھی موجود ہے۔ اس وجہ سے مکمل لمبائی والے جین اور اس کے پروٹین کو بعض اوقات ORF8ab کہا جاتا ہے۔ مکمل لمبائی کا جین، جس کی مثال سارس-کوو-2 میں دی گئی ہے، ایک پروٹین کو نامعلوم فنکشن کے امیونوگلوبلین ڈومین کے ساتھ انکوڈ کرتا ہے، جس میں ممکنہ طور پر میزبان مدافعتی نظام کے ساتھ تعامل شامل ہوتا ہے۔ یہ ساخت میں او آر ایف 7 اے پروٹین سے ملتا جلتا ہے، جس سے پتہ چلتا ہے کہ اس کی ابتدا جین کی نقل کے ذریعے ہوئی ہوگی۔ SARS-CoV-2 میں ڈھانچہ ORF8 121 امینو ایسڈ کے باقیات کے پروٹین کو N-ٹرمینل سگنل سیکوینس کے ساتھ انکوڈ کرتا ہے۔ او آر ایف 8 ایک ڈائمر بناتا ہے جو ڈائیسلفائیڈ بانڈز کے ذریعے ہم آہنگی سے جڑا ہوتا ہے۔ اس میں امیونوگلوبلین جیسا ڈومین ہے جس کی او آر ایف 7 اے پروٹین سے دور تک مماثلت ہے۔ اسی طرح کے مجموعی فولڈ کے باوجود، او آر ایف 8 میں داخل ہونا ممکنہ طور پر مختلف پروٹین-پروٹین تعاملات کا ذمہ دار ہے اور ایک اضافی ڈائمرائزیشن انٹرفیس بناتا ہے۔ او آر ایف 7 اے کے برعکس، او آر ایف 8 میں ٹرانس میمبرین ہیلکس کی کمی ہے اور اس لیے یہ ٹرانس میمبرین پروٹین نہیں ہے، حالانکہ یہ تجویز کیا گیا ہے کہ اس میں جھلی سے لنگر انداز شکل ہو سکتی ہے۔ سارس-کوو اور سارس-کوو-2 میں او آر ایف 8 بہت مختلف ہیں، جن کی ترتیب کی شناخت 20 فیصد سے بھی کم ہے۔ سارس-کوو میں مکمل لمبائی والا او آر ایف 8 122 باقیات کے پروٹین کو انکوڈ کرتا ہے۔ بہت سے سارس-کوو الگ تھلگ میں یہ او آر ایف 8 اے اور او آر ایف 8 بی میں تقسیم ہوتا ہے، جو الگ الگ 39 باقیات او آر ایف 8 اے اور 84 باقیات او آر ایف 8 بی پروٹین کا اظہار کرتا ہے۔ یہ تجویز کیا گیا ہے کہ او آر ایف 8 اے اور او آر ایف 8 بی پروٹین ایک پروٹین کمپلیکس تشکیل دے سکتے ہیں۔ سارس-کوو-2 پروٹین کے ڈائمرائزیشن کے لیے ذمہ دار سسٹین کے باقیات سارس-کوو ترتیب میں محفوظ نہیں ہیں۔ او آر ایف 8 اے بی پروٹین کو ڈائیسلفائیڈ سے منسلک ملٹیمر بنانے کی بھی اطلاع دی گئی ہے۔ ترجمہ کے بعد کی تبدیلیاں مکمل لمبائی والا سارس-کوو او آر ایف 8 اے بی پروٹین این-گلائکوسیلیشن کے ذریعے ترجمہ کے بعد ترمیم شدہ ہے، جس کے سارس-کوو-2 پروٹین میں محفوظ ہونے کی پیش گوئی کی گئی ہے۔ تجرباتی حالات میں، 8b اور 8ab دونوں ہر جگہ موجود ہیں۔ اظہار اور لوکلائزیشن دیگر آلات پروٹینوں کے جینوں کے ساتھ، او آر ایف 8 جین ساختی پروٹینوں کو انکوڈنگ کرنے والوں کے قریب، کورونا وائرس آر این اے جینوم کے 5 'سرے پر واقع ہے۔ او آر ایف 6، او آر ایف 7 اے، اور او آر ایف 7 بی کے ساتھ، او آر ایف 8 جھلی (ایم) اور نیوکلیوکیپسڈ (این) جین کے درمیان واقع ہے۔ سارس-کوو-2 او آر ایف 8 پروٹین میں اینڈوپلاسمک ریٹیکولم (ای آر) کی اسمگلنگ کے لیے سگنل کی ترتیب ہوتی ہے اور اسے تجرباتی طور پر ای آر میں مقامی بنایا گیا ہے۔ یہ غالبا ایک خفیہ شدہ پروٹین ہے۔ سارس-کوو او آر ایف 8 اے، او آر ایف 8 بی، یا او آر ایف 8 اے بی پروٹین کی لوکلائزیشن کے حوالے سے ادب میں متغیر رپورٹیں موجود ہیں۔ یہ واضح نہیں ہے کہ آیا ORF8b قدرتی حالات میں نمایاں سطح پر ظاہر ہوتا ہے۔ ایسا لگتا ہے کہ مکمل لمبائی والا او آر ایف 8 اے بی ای آر میں مقامی ہے۔ فنکشن ORF8 پروٹین کا فنکشن نامعلوم ہے۔ یہ سارس-کوو یا سارس-کوو-2 میں وائرل نقل کے لیے ضروری نہیں ہے، حالانکہ اس بارے میں متضاد شواہد موجود ہیں کہ آیا او آر ایف 8 کا نقصان وائرل نقل کی کارکردگی کو متاثر کرتا ہے۔ او آر ایف 8 پروٹین کے لیے اکثر تجویز کردہ فنکشن میزبان مدافعتی نظام کے ساتھ تعامل ہے۔ خیال کیا جاتا ہے کہ سارس-کوو-2 پروٹین کا امیونو موڈولیشن میں مدافعتی بچاؤ یا میزبان مدافعتی ردعمل کو دبانے کے ذریعے کردار ہے۔ یہ ٹائپ I انٹرفیرون مخالف اور کلاس I ایم ایچ سی کو کم کرنے کے لیے بتایا گیا ہے۔ سارس-کوو-2 او آر ایف 8 پروٹین انتہائی امیونوجینک ہے اور کووڈ-19 کے ساتھ یا اس سے صحت یاب ہونے والے مریضوں میں پروٹین کے لیے اینٹی باڈیز کی اعلی سطح پائی گئی ہے۔ ایک مطالعہ سے پتہ چلتا ہے کہ او آر ایف 8 ایک ٹرانسکرپشن انفیکٹر ہے۔ یہ تجویز کیا گیا ہے کہ سارس-کوو او آر ایف 8 اے پروٹین ملٹیمرز میں جمع ہوتا ہے اور وائروپورین بناتا ہے۔ ارتقاء او آر ایف 8 کی ارتقائی تاریخ پیچیدہ ہے۔ یہ سربیکو وائرس جینوم کے سب سے کم محفوظ علاقوں میں سے ایک ہے۔ یہ بار بار تغیرات اور حذفیوں سے مشروط ہے، اور اسے "ہائپر ویری ایبل" اور ریکومبینیشن ہاٹ اسپاٹ کے طور پر بیان کیا گیا ہے۔ یہ تجویز کیا گیا ہے کہ خطے میں آر این اے ثانوی ڈھانچے جینومک عدم استحکام سے وابستہ ہیں۔ سارس-کوو میں، خیال کیا جاتا ہے کہ او آر ایف 8 کا خطہ آبائی چمگادڑ کے کورونا وائرس کے درمیان دوبارہ ملاپ کے ذریعے پیدا ہوا ہے۔ سارس-کوو میں اس خطے کی سب سے مخصوص خصوصیات میں سے ایک 29-نیوکلیوٹائڈ حذف کرنے کا ظہور ہے جو مکمل لمبائی والے اوپن ریڈنگ فریم کو دو چھوٹے او آر ایف، او آر ایف 8 اے اور او آر ایف 8 بی میں تقسیم کرتا ہے۔ سارس کی وبا کے آغاز سے وائرل آئسولیٹ میں ایک مکمل لمبائی، برقرار او آر ایف 8 ہوتا ہے، لیکن تقسیم کا ڈھانچہ بعد میں وبا میں ابھرا۔ اس کے بعد سے چمگادڑ کے کورونا وائرس میں اسی طرح کے تقسیم شدہ ڈھانچے دیکھے گئے ہیں۔ SARS-CoV-2 متغیرات میں بھی تغیرات اور حذفیاں دیکھی گئی ہیں۔ سارس-کوو میں مشاہدات کی بنیاد پر، یہ تجویز کیا گیا ہے کہ او آر ایف 8 میں تبدیلیاں میزبان موافقت سے متعلق ہو سکتی ہیں، لیکن یہ ممکن ہے کہ او آر ایف 8 انسانی میزبانوں میں فٹنس کو متاثر نہ کرے۔ سارس-کوو میں، او آر ایف 8 میں ایک اعلی ڈی این/ڈی ایس تناسب دیکھا گیا ہے، جو مثبت انتخاب یا آرام دہ انتخاب کے مطابق ہے۔ او آر ایف 8 ایک پروٹین کو انکوڈ کرتا ہے جس کے امیونوگلوبلین ڈومین (آئی جی) کی او آر ایف 7 اے سے دور تک مماثلت ہے۔ یہ تجویز کیا گیا ہے کہ ORF8 ممکنہ طور پر ORF7a سے جین ڈپلیکیشن کے ذریعے تیار ہوا ہے، حالانکہ کچھ بائیو انفارمیٹکس کے تجزیے بتاتے ہیں کہ مماثلت ڈپلیکیشن کی حمایت کرنے کے لیے بہت کم ہو سکتی ہے، جو کہ وائرس میں نسبتا غیر معمولی ہے۔ امیونوگلوبلین ڈومینز کورونا وائرس میں غیر معمولی ہیں۔ او آر ایف 8 اور او آر ایف 7 اے کے ساتھ بیٹا کورونویرس کے ذیلی سیٹ کے علاوہ، چمگادڑ کے الفا کورونویرس کی صرف ایک چھوٹی سی تعداد کی شناخت ممکنہ آئی جی ڈومینز پر مشتمل ہونے کے طور پر کی گئی ہے، جبکہ وہ گاما کورونویرس اور ڈیلٹا کورونویرس سے غیر حاضر ہیں۔ MERS-CoV میں ORF8 نمایاں طور پر غیر حاضر ہے۔ بیٹا اور الفا آئی جی ڈومین آزاد حصول ہو سکتے ہیں، جہاں او آر ایف 8 اور او آر ایف 7 اے میزبان پروٹین سے حاصل کیے گئے ہوں گے۔ یہ بھی ممکن ہے کہ او آر ایف 8 کی عدم موجودگی ان نسلوں میں جین کے نقصان کی عکاسی کرتی ہو۔ حوالہ جات کورونویرس پروٹین