ORF9b
او آر ایف 9 بی (جسے پہلے کبھی کبھی او آر ایف 13 کہا جاتا تھا) ایک ایسا جین ہے جو سارس-کوو اور سارس-کوو-2 سمیت ذیلی نسل سربیکو وائرس کے کورونا وائرس میں وائرل آلات پروٹین کو انکوڈ کرتا ہے۔ یہ ایک اوور لیپنگ جین ہے جس کا اوپن ریڈنگ فریم مکمل طور پر این جین کے اندر موجود ہوتا ہے، جو کورونا وائرس نیوکلیوکیپسڈ پروٹین کو انکوڈ کرتا ہے۔ انکوڈ شدہ پروٹین سارس-کوو میں 97 امینو ایسڈ کے باقیات اور سارس-کوو-2 میں 98 ہوتے ہیں، دونوں صورتوں میں پروٹین ڈائمر بناتے ہیں۔ نامیات سائنسی ادب میں اس جین کے لیے استعمال ہونے والے نامیات میں تضاد پایا گیا ہے۔ سارس-کوو پر کچھ کام میں، اسے او آر ایف 13 کہا گیا ہے۔ اسے بعض اوقات او آر ایف 9 اے بھی کہا جاتا ہے، جس کے نتیجے میں ایس اے آر ایس-سی او وی میں 76 کوڈن کا نیچے کی طرف او آر ایف ہوتا ہے، جو این جین کے ساتھ بھی اوور لیپ ہوتا ہے، جسے او آر ایف 9 بی نامزد کیا جاتا ہے۔ تجویز کردہ نام سے مراد لمبا او آر ایف 9 بی اور نیچے کی طرف، چھوٹا او آر ایف او آر ایف 9 سی ہے۔ ساخت او آر ایف 9 بی پروٹین ایس اے آر ایس-سی او وی میں 97 امینو ایسڈ کے باقیات اور ایس اے آر ایس-سی او وی-2 میں 98 ہیں۔ یہ بیٹا شیٹ سے بھرپور ہوموڈائمر بناتا ہے جس کے مرکز میں ایک ہائیڈروفوبک گہا ہوتی ہے جو لپڈ کو باندھتی ہے۔ لپڈ بائنڈنگ کیوٹی پروٹین کو جھلیوں میں لنگر انداز کرنے کے لیے ایک غیر معمولی طریقہ کار کے طور پر کام کر سکتی ہے۔ SARS-CoV-2 ORF9b پروٹین کے ایک ٹکڑے کو ٹام 70 کے ساتھ ایک پروٹین کمپلیکس میں ساختی طور پر نمایاں کیا گیا ہے جس میں ORF9b الگ تھلگ مشاہدہ کردہ بیٹا شیٹ ڈھانچے کے بجائے الفا ہیلکس بناتا ہے۔ فولڈ بدلنے کا یہ طرز عمل بائیو انفارمیٹکس کی پیش گوئیوں کے ساتھ بھی مطابقت رکھتا ہے اور سارس-کوو ہومولوگ کے لیے بھی ہو سکتا ہے۔ اظہار اور لوکلائزیشن او آر ایف 9 بی ان دو اوور لیپنگ جینوں میں سے ایک ہے جو مکمل طور پر این جین انکوڈنگ کورونویرس نیوکلیوکیپسڈ پروٹین کے اوپن ریڈنگ فریم کے اندر موجود ہے، دوسرا او آر ایف 9 سی ہے۔ او آر ایف 9 بی کا اظہار اس کے بائیسٹونک سبجینومک آر این اے سے رائبوسوم لیک اسکیننگ کے ذریعے کیا جاتا ہے۔ اس کے پڑوسی او آر ایف 9 سی کے برعکس، اس کی لمبائی سربیکو وائرس میں اچھی طرح سے محفوظ ہے اور اس بات کے ٹھوس ثبوت موجود ہیں کہ یہ ایک فعال پروٹین کوڈنگ جین ہے۔ سارس-کوو میں، پروٹین اینڈوپلاسمک ریٹیکولم (ای آر) اور انٹرا سیلولر ویسیکلز میں مقامی ہوتا ہے۔ اس میں نیوکلیئر لوکلائزیشن کا تسلسل نہیں ہے لیکن غیر فعال پھیلاؤ کے ذریعے سیل نیوکلئس میں داخل ہو سکتا ہے ؛ تاہم اس میں نیوکلئس سے باہر نکلنے کے لیے نیوکلیئر ایکسپورٹ تسلسل ہوتا ہے۔ سارس-کوو-2 میں، یہ مبینہ طور پر مائٹوکونڈریل جھلی سے وابستہ ہے۔ فنکشن ORF9b پروٹین کا فنکشن اچھی طرح سے نمایاں نہیں ہے۔ یہ وائرل ریپلیکیشن کے لیے ضروری نہیں ہے۔ وائرل پروٹین تعاملات او آر ایف 9 بی پروٹین کو متعدد دیگر وائرل پروٹینوں کے ساتھ تعامل کرنے کی اطلاع دی گئی ہے، جن میں او آر ایف 6، غیر ساختی پروٹین 5، غیر ساختی پروٹین 14، اور کورونا وائرس لفافے پروٹین شامل ہیں۔ یہ بالغ سارس-کوو وائرس میں پایا گیا ہے اور اس طرح یہ ایک معمولی وائرل ساختی پروٹین ہو سکتا ہے۔ میزبان خلیے کے اثرات او آر ایف 9 بی پروٹین میزبان کے مدافعتی نظام کے ردعمل کو تبدیل کرنے میں شامل ہو سکتا ہے۔ سارس-کوو-2 پروٹین کو ٹام 70 کے ساتھ اپنے تعاملات کے ذریعے انٹرفیرون ردعمل کو دبانے کی اطلاع دی گئی ہے، جو بیرونی جھلی (ٹی او ایم) کمپلیکس کے مائٹوکونڈریل ٹرانسلوکیس کا ایک جزو ہے۔ حوالہ جات کورونویرس پروٹین