BglII
بی جی ایل آئی آئی ایک قسم II پابندی اینڈو نیوکلیز ہے جو بیسیلس گلوبیجی کے بعض تناؤ سے الگ تھلگ ہے۔ پابندی والے انزائموں کا بنیادی کام غیر ملکی ڈی این اے کے خلاف میزبان جینوم کا تحفظ ہے، لیکن ان کا دوبارہ ملاپ اور منتقلی میں بھی کچھ حصہ ہو سکتا ہے۔ زیادہ تر ٹائپ II پابندی والے انزائموں کی طرح، بی جی ایل آئی آئی دو ایک جیسی ذیلی اکائیوں پر مشتمل ہوتا ہے جو ڈی این اے ڈبل ہیلکس کے ارد گرد ہوموڈائمر بناتے ہیں۔ ہر مونومر 223 امینو ایسڈ ہوتا ہے اور منفرد پیلینڈرومک نیوکلیوٹائڈ ترتیب اے جی اے ٹی سی ٹی کے دونوں اطراف کو متوازی طور پر باندھتا ہے، جو ڈی این اے مالیکیول کے دونوں تاروں پر پہلے اڈینائن اور گوانائن نیوکلیوٹائڈز کے درمیان سیسائل فاسفوڈیسٹر بانڈ کو الگ کرتا ہے، اور 5 'اینڈ اوور ہینگز کے ساتھ چپچپا سرے بناتا ہے۔ ٹائپ II پابندی انزائم ہونے کے ناطے، بی جی ایل آئی آئی کو اس کے انزیمیٹک فنکشن کے لیے اے ٹی پی (اڈینوسین ٹرائی فاسفیٹ) کی ضرورت نہیں ہے، لیکن صرف ایک ڈیویلینٹ دھاتی کیشن کے ساتھ ایسوسی ایشن کی ضرورت ہوتی ہے، زیادہ تر ممکنہ طور پر ایم جی 2 +۔ اپنی کلاس کے دیگر پابندی والے انزائموں کے برعکس، بی جی ایل آئی آئی کو کچھ منفرد ساختی خصوصیات کے حامل دکھایا گیا ہے، جیسے کہ β-سینڈوچ ذیلی ڈومین، اور ایسا لگتا ہے کہ ڈائمرائزیشن پر ایک منفرد تشکیلی تبدیلی سے گزرتا ہے، لیکن اس کی مجموعی ساخت اور اتپریرک کا طریقہ کار دوسرے قسم II پابندی والے انزائموں کے مطابق رہتا ہے۔ جدید مالیکیولر کلوننگ تکنیک میں پابندی والے اینڈو نیوکلیز بہت اہم کردار ادا کرتے ہیں۔ ان کی منفرد شناخت/کٹ سائٹس کی وجہ سے، پابندی والے انزائموں کو متوقع انداز میں مخصوص مقامات پر ڈی این اے کو درست طریقے سے کاٹنے کے لیے استعمال کیا جا سکتا ہے۔ ایک بار کاٹنے کے بعد، ڈی این اے (عام طور پر) میں نام نہاد "چپچپا سرے" ہوتے ہیں، جو پھر ڈی این اے کے ٹکڑے کو ڈی این اے ویکٹر میں ہائبرڈائز کرنے کی اجازت دے سکتے ہیں۔ لیگٹنگ انزائمز کا استعمال بعد میں ڈی این اے کلوننگ کے لیے مطلوبہ ٹکڑے کو ویکٹر سے جوڑنے کے لیے کیا جاتا ہے۔ میکانزم بی جی ایل آئی آئی پانی میں فاسفوریل کی منتقلی کے ذریعے ڈی این اے ریڑھ کی ہڈی پر فاسفوڈیسٹر بانڈ کے پھٹنے کو متحرک کرتا ہے۔ پابندی والے انزائموں کے طریقہ کار پر مطالعے سے کئی عمومی خصوصیات کا انکشاف ہوا ہے جو تقریبا تمام معاملات میں درست معلوم ہوتی ہیں، حالانکہ ہر انزائم کا اصل طریقہ کار ممکنہ طور پر اس عمومی طریقہ کار کی کچھ تغیرات ہے۔ اس طریقہ کار کے لیے پانی سے ہائیڈرو آکسائیڈ آئن پیدا کرنے کے لیے ایک بیس کی ضرورت ہوتی ہے، جو نیوکلیوفائل کے طور پر کام کرے گا اور فاسفوڈیسٹر بانڈ میں فاسفورس پر حملہ کرے گا۔ پینٹاکوآرڈینیٹڈ ٹرانزیشن اسٹیٹ فاسفورس کے اضافی منفی چارج کو مستحکم کرنے کے لیے لیوس ایسڈ کے ساتھ ساتھ ایک عام ایسڈ یا دھاتی آئن کی بھی ضرورت ہوتی ہے جو چھوڑنے والے گروپ (3 '-O−) کو مستحکم کرتا ہے۔ ڈھانچہ اگرچہ پابندی والے اینڈو نیوکلیز ترتیب میں بہت کم مماثلت ظاہر کرتے ہیں، لیکن کرسٹل ڈھانچے سے پتہ چلتا ہے کہ وہ سب ایک انتہائی مماثل α/β کور کا اشتراک کرتے ہیں جو چھ پھنسے ہوئے β-شیٹ پر مشتمل ہوتا ہے جس کے ساتھ پانچ α-ہیلسیس ہوتے ہیں، جن میں سے دو ڈائمرائزیشن میں ثالثی کرتے ہیں۔ یہ کور فعال جگہ (اتپریرک مرکز) اور باقیات کو لے جاتا ہے جو بڑے نالی میں ڈی این اے سے رابطہ کرتے ہیں۔ بی جی ایل آئی آئی اس لحاظ سے منفرد ہے کہ اس کا α/β کور ایک β-سینڈوچ ذیلی ڈومین کے ذریعے بڑھایا جاتا ہے جس میں کئی پروجیکشن ہوتے ہیں جو ڈی این اے کو پکڑنے کے لیے باہر کی طرف بڑھتے ہیں، جس سے بی جی ایل آئی آئی ڈی این اے مالیکیول کو مکمل طور پر گھیرے میں لے سکتا ہے۔ بی جی ایل آئی آئی کی یہ غیر معمولی خصوصیت ڈی این اے بائنڈنگ اور ریلیز کے لیے ایک منفرد قبضہ حرکت کا مشورہ دیتی ہے۔ مفت انزائم بمقابلہ بی جی ایل آئی آئی-ڈی این اے کمپلیکس کے تقابلی ساختی مطالعات سے پتہ چلتا ہے کہ انزائم ایک ڈرامائی قینچی جیسی حرکت سے کھلتا ہے، جس کے ساتھ ڈائمر انٹرفیس پر α-ہیلسیس کی مکمل ترتیب ہوتی ہے۔ ان ساختی مطالعات سے یہ بھی پتہ چلا ہے کہ ہر مونومر کے اندر باقیات کا ایک مجموعہ کم ہو جاتا ہے یا بڑھ کر متبادل طور پر الگ ہو جاتا ہے یا فعال سائٹ کے باقیات کو بے نقاب کر دیتا ہے۔ آزاد بمقابلہ پابند انزائم میں ساخت میں یہ ڈرامائی اختلافات ابھی تک کسی اور پابندی والے اینڈو نیوکلیز میں مشاہدہ نہیں کیے گئے ہیں اور ممکنہ طور پر ڈی این اے کو پکڑنے کے لیے ایک نئے طریقہ کار کی نمائندگی کر سکتے ہیں جو ڈی این اے کو گھیرے ہوئے دوسرے پروٹین تک پھیل سکتا ہے۔ فعال سائٹ اینڈو نیوکلیز کے ساختی مطالعات نے کمزور اتفاق رائے کی ترتیب Glu/ASP-(X) 9-20-Glu/ASP/Ser-X-Lys/Glu کے بعد باقیات کے ساتھ فعال سائٹ کے لیے اسی طرح کے فن تعمیر کا انکشاف کیا ہے۔ بی جی ایل آئی آئی کا فعال مقام دیگر اینڈو نیوکلیز سے ملتا جلتا ہے، جو ایس پی-(ایکس) 9-جی ایل یو-ایکس-جی ایل این کی ترتیب کے مطابق ہے۔ اس کی فعال جگہ پر ایک ڈیویلینٹ دھاتی کیشن ہے، زیادہ تر ممکنہ طور پر Mg2 +، جو ایس پی-84، ویل-94، ایک فاسفوریل آکسیجن، اور پانی کے تین مالیکیولز کے ساتھ تعامل کرتا ہے۔ ان پانی کے مالیکیولز میں سے ایک، سیسائل فاسفوریل سے قربت کی وجہ سے نیوکلیوفائل کے طور پر کام کرنے کے قابل ہے (اس کی سمت GLN-95 کے سائیڈ چین امیڈ آکسیجن کے ساتھ ہائیڈروجن بانڈ کے ذریعے طے کی جا رہی ہے) اور دھاتی کیشن کے ساتھ اس کا رابطہ (جو اس کے پی کے اے کو کم کرتا ہے، پانی کی نیوکلیوفلیسیٹی کو فروغ دیتا ہے)۔ بام ایچ آئی، بیسیلس امیلولیکفیشینز فوکی کا ایک نیوکلیز انزائم، فلاووبیکٹیریم اوکینوکائٹس ایکو آر آئی کا ایک نیوکلیز انزائم، ای کولی حوالہ جات کا ایک نیوکلیز انزائم، بیرونی روابط ریسٹریکشن انزائم ڈیٹا بیس این سی بی آئی پروٹین ڈیٹا بیس انٹری اسٹرکچر کا خلاصہ، ایم ایم ڈی بی بی جی ایل آئی، Biology.Kenyon.edu مالیکیولر بائیولوجی بیکٹیریل انزائمز ریسٹریکشن انزائم