Cambridge Structural Database
کیمبرج اسٹرکچرل ڈیٹا بیس (سی ایس ڈی) عام طور پر کم از کم کاربن اور ہائیڈروجن پر مشتمل مالیکیولز کے تین جہتی ساختی ڈیٹا کے لیے ایک ذخیرہ اور ایک تصدیق شدہ اور کیوریٹڈ وسائل دونوں ہے، جس میں نامیاتی، دھاتی-نامیاتی اور نامیاتی-دھاتی مالیکیولز کی ایک وسیع رینج شامل ہے۔ مخصوص اندراجات دیگر کرسٹلگرافک ڈیٹا بیس جیسے پروٹین ڈیٹا بینک (پی ڈی بی)، غیر نامیاتی کرسٹل اسٹرکچر ڈیٹا بیس اور انٹرنیشنل سینٹر فار ڈفریکشن ڈیٹا کی تکمیل کرتے ہیں۔ ڈیٹا، جو عام طور پر ایکس رے کرسٹلگرافی کے ذریعے حاصل کیا جاتا ہے اور الیکٹران ڈفریکشن یا نیوٹرون ڈفریکشن کے ذریعے کم کثرت سے حاصل کیا جاتا ہے، اور دنیا بھر کے کرسٹلگرافروں اور کیمسٹوں کے ذریعے پیش کیا جاتا ہے، سی ایس ڈی کی پیرنٹ آرگنائزیشن کی ویب سائٹ (سی سی ڈی سی، ریپوزیٹری) کے ذریعے انٹرنیٹ پر آزادانہ طور پر قابل رسائی (جیسا کہ مصنفین کے ذریعے جمع کیا گیا ہے) ہے۔ سی ایس ڈی کی نگرانی کیمبرج کرسٹلگرافک ڈیٹا سینٹر، سی سی ڈی سی نامی غیر منافع بخش شامل کمپنی کرتی ہے۔ سی ایس ڈی سائنسدانوں کے لیے چھوٹے مالیکیول نامیاتی اور دھاتی نامیاتی کرسٹل ڈھانچوں کے لیے بڑے پیمانے پر استعمال ہونے والا ذخیرہ ہے۔ کیمبرج کرسٹلگرافک ڈیٹا سینٹر (سی سی ڈی سی) میں جمع کردہ ڈھانچے اشاعت کے مقام پر یا جمع کنندہ کی رضامندی سے ڈاؤن لوڈ کرنے کے لیے عوامی طور پر دستیاب ہیں۔ وہ سائنسی طور پر بھی افزودہ ہیں اور مرکز کے ذریعہ پیش کردہ سافٹ ویئر کے ذریعہ استعمال ہونے والے ڈیٹا بیس میں شامل ہیں۔ سی ایس ڈی کے ہدف شدہ ذیلی سیٹ بھی تدریس اور دیگر سرگرمیوں کی حمایت کے لیے آزادانہ طور پر دستیاب ہیں۔ سی سی ڈی سی کیمبرج یونیورسٹی کے شعبہ نامیاتی، غیر نامیاتی اور نظریاتی کیمسٹری میں اولگا کینارڈ او بی ای ایف آر ایس کی سربراہی میں کرسٹلگرافی گروپ کی سرگرمیوں سے پروان چڑھا۔ 1965 سے، اس گروپ نے ایکس رے یا نیوٹرون ڈفریکشن کے ذریعے مطالعہ کیے گئے تمام چھوٹے مالیکیولز کے لیے شائع شدہ ببلیوگرافک، کیمیائی اور کرسٹل ڈھانچے کے اعداد و شمار جمع کرنا شروع کیے۔ اس وقت کمپیوٹنگ میں تیزی سے ہونے والی پیش رفت کے ساتھ، اس مجموعہ کو الیکٹرانک شکل میں انکوڈ کیا گیا اور اسے کیمبرج اسٹرکچرل ڈیٹا بیس (سی ایس ڈی) کے نام سے جانا جانے لگا۔ سی ایس ڈی دنیا میں کہیں بھی کام شروع کرنے والے پہلے عددی سائنسی ڈیٹا بیس میں سے ایک تھا، اور اس نے یوکے آفس برائے سائنسی اور تکنیکی معلومات اور پھر یوکے سائنس اینڈ انجینئرنگ ریسرچ کونسل سے تعلیمی گرانٹ حاصل کی۔ ان فنڈز نے قومی منسلک مراکز کی امداد کے ساتھ مل کر 1970 اور 1980 کی دہائی کے دوران سی ایس ڈی اور اس سے وابستہ سافٹ ویئر کی ترقی کو ممکن بنایا۔ ریاستہائے متحدہ، اٹلی اور جاپان میں سی ایس ڈی سسٹم کی پہلی ریلیز 1970 کی دہائی کے اوائل میں ہوئی۔ 1980 کی دہائی کے اوائل تک سی ایس ڈی سسٹم 30 سے زیادہ ممالک میں تقسیم کیا جا رہا تھا۔ 2014 تک، سی ایس ڈی سسٹم 70 ممالک میں ماہرین تعلیم میں تقسیم کیا گیا تھا۔ 1980 کی دہائی کے دوران، دواسازی اور زرعی کیمیائی کمپنیوں کی طرف سے سی ایس ڈی سسٹم میں دلچسپی میں نمایاں اضافہ ہوا۔ اس کی وجہ سے 1987 میں ایک آزاد کمپنی کے طور پر کیمبرج کرسٹلگرافک ڈیٹا سینٹر (سی سی ڈی سی) کا قیام عمل میں آیا، جس کو ایک غیر منافع بخش خیراتی ادارے کی قانونی حیثیت حاصل تھی، اور اس کی کارروائیوں کی نگرانی ایک بین الاقوامی بورڈ آف گورنرز کرتا تھا۔ سی سی ڈی سی 1992 میں یونیورسٹی کے شعبہ کیمسٹری کی جگہ پر مقصد سے تعمیر شدہ احاطے میں منتقل ہو گیا۔ کینارڈ 1997 میں ڈائریکٹر کے عہدے سے سبکدوش ہوئے اور ان کی جگہ ڈیوڈ ہارٹلی (1997-2002) اور فرینک ایلن (2002-2008) نے لی۔ کولن گروم کو یکم اکتوبر 2008 سے ستمبر 2017 تک ایگزیکٹو ڈائریکٹر مقرر کیا گیا تھا۔ اور حال ہی میں، جورجن ہارٹر کو جون 2018 میں سی ای او مقرر کیا گیا تھا۔ سی سی ڈی سی سافٹ ویئر پروڈکٹس لائف سائنسز اور کرسٹلگرافی میں ایپلی کیشنز میں کرسٹلگرافک ڈیٹا کے استعمال میں متنوع ہیں۔ اس سافٹ ویئر ڈویلپمنٹ اور مارکیٹنگ کا زیادہ تر حصہ سی سی ڈی سی سافٹ ویئر لمیٹڈ (1998 میں قائم کیا گیا) کے ذریعہ انجام دیا جاتا ہے، جو ایک مکمل ملکیتی ماتحت ادارہ ہے جو اپنے تمام منافع کو سی سی ڈی سی کو واپس کرتا ہے۔ اگرچہ سی سی ڈی سی ایک خود مختار تنظیم ہے، لیکن اس کے کیمبرج یونیورسٹی کے ساتھ قریبی روابط برقرار ہیں، اور یہ ایک یونیورسٹی پارٹنر ادارہ ہے جو پوسٹ گریجویٹ طلبا کو اعلی ڈگریوں (پی ایچ ڈی، ایم فل) کے لیے تربیت دینے کا اہل ہے۔ سی سی ڈی سی نے اکتوبر 2013 میں امریکہ میں امریکی ایپلی کیشنز اور سپورٹ آپریشنز قائم کیے، ابتدائی طور پر رٹگرز، اسٹیٹ یونیورسٹی آف نیو جرسی میں، جہاں یہ آر سی ایس بی پروٹین ڈیٹا بینک کے مواد کے ساتھ مشترکہ طور پر واقع ہے۔ سی ایس ڈی کو ہر سال تقریبا 50,000 نئے ڈھانچوں کے ساتھ اپ ڈیٹ کیا جاتا ہے، اور موجودہ اندراجات میں بہتری کے ساتھ۔ ذخیرہ میں اندراجات (ڈھانچے) جیسے ہی ہم مرتبہ جائزہ لینے والے سائنسی ادب میں متعلقہ اندراج ظاہر ہوتا ہے عوامی رسائی کے لیے جاری کیے جاتے ہیں۔ دریں اثنا، ڈیٹا کو بغیر کسی سائنسی مضمون کے براہ راست سی ایس ڈی کے ذریعے جمع اور شائع کیا جا سکتا ہے جسے سی ایس ڈی کمیونیکیشن کہا جاتا ہے۔ وقتا فوقتا، سی ایس ڈی ہولڈنگز کی وسعت کے بارے میں عمومی اعداد و شمار رپورٹ کیے جاتے ہیں، مثال کے طور پر جنوری 2014 کی رپورٹ۔ خلاصہ اعداد و شمار مندرجہ ذیل ہیں: جنوری 2019 تک، سی ایس ڈی کے ذخیرے میں ڈھانچوں کی اشاعت کے لحاظ سے سرفہرست 25 سائنسی جریدے یہ تھے: 1. انورگ میں ڈھانچے کی اطلاع دی گئی تھی۔ کیم۔ 2. ڈالٹن اینڈ جے کیم میں ڈھانچے کی اطلاع دی گئی۔ سوک۔، ڈالٹن ٹرانس۔ 3. آرگنامیٹیلکس 4 میں ڈھانچے کی اطلاع دی گئی تھی۔ جے میں ڈھانچے کی اطلاع دی گئی تھی۔ ام۔ کیم۔ سوک۔ 5۔ ایکٹا کرسٹلگر میں ڈھانچے کی اطلاع دی گئی تھی۔ شعبہ. ای 6۔ کیم میں ڈھانچے کی اطلاع دی گئی۔ یورو۔ جے۔ 7. جے آرگینومیٹ میں ڈھانچے کی اطلاع دی گئی۔ کیم۔ 8۔ انجیو میں ڈھانچے کی اطلاع دی گئی۔ کیم۔ انٹ۔ ایڈ۔ 9. انورگ میں ڈھانچے کی اطلاع دی گئی۔ چم۔ ایکٹ 10۔ کیم میں ڈھانچے کی اطلاع دی گئی۔ کمیونٹی۔ & جے۔ کیم۔ سوک۔ 11. سی ایس ڈی کمیونیکیشنز 12 میں ڈھانچے کی اطلاع دی گئی تھی۔ ایکٹا کرسٹلگر میں ڈھانچے کی اطلاع دی گئی تھی۔ شعبہ. سی 13۔ پولی ہیڈرون 14 میں ڈھانچے کی اطلاع دی گئی۔ یورو میں ڈھانچے کی اطلاع دی گئی۔ جے انورگ۔ کیم۔ 15. جے آرگ میں ڈھانچے کی اطلاع دی گئی۔ کیم۔ 16۔ کرسٹ میں ڈھانچے کی اطلاع دی گئی۔ ترقی دیس. 17. کرسٹ اینگ کام 18 میں ڈھانچے کی اطلاع دی گئی تھی۔ ڈھانچے نامیاتی خطوط 19 میں رپورٹ کیے گئے تھے۔ ڈھانچے زیڈ اینورگ میں رپورٹ کیے گئے تھے۔ آل جی۔ کیم۔ 20۔ ایکٹا کرسٹلگر میں ڈھانچے کی اطلاع دی گئی۔ شعبہ. بی 21۔ ٹیٹراہیڈرون ڈھانچوں میں ڈھانچے کی اطلاع دی گئی تھی جو سی ایس ڈی 22 کے ساتھ نجی رابطے کے طور پر رپورٹ کیے گئے تھے۔ ڈھانچے جے مول میں رپورٹ کیے گئے تھے۔ ساخت۔ 23. ٹیٹراہیڈرون لیٹ میں ڈھانچے کی اطلاع دی گئی۔ 24. یورو میں ڈھانچے کی اطلاع دی گئی۔ جے۔ آرگ۔ کیم۔ 25. ڈھانچے کی اطلاع نیو جرنل آف کیمسٹری میں دی گئی تھی۔ یہ 25 جریدے سی ایس ڈی میں موجود ڈھانچوں کے 996,193 یا 70.7% میں سے 704,541 کے لیے ذمہ دار ہیں۔ ان اعداد و شمار سے پتہ چلتا ہے کہ زیادہ تر ڈھانچے کا تعین ایکس رے ڈفریکشن کے ذریعے کیا جاتا ہے، جس میں 1 فیصد سے بھی کم ڈھانچے کا تعین نیوٹرون ڈفریکشن یا پاؤڈر ڈفریکشن کے ذریعے کیا جاتا ہے۔ غلطی سے پاک نقاط کی تعداد کو ان ڈھانچوں کے فیصد کے طور پر لیا گیا تھا جن کے لیے سی ایس ڈی میں 3 ڈی نقاط موجود ہیں۔ اوپر بیان کردہ اسٹرکچر فیکٹر فائلوں کی اہمیت یہ ہے کہ، ایکس رے ڈفریکشن کے ذریعے طے شدہ سی ایس ڈی ڈھانچوں کے لیے جن میں اسٹرکچر فائل ہوتی ہے، ایک کرسٹل گرافر مشاہدہ شدہ پیمائش کی تشریح کی تصدیق کر سکتا ہے۔ ترقی کا رجحان تاریخی طور پر، سی ایس ڈی میں ڈھانچوں کی تعداد 1977 میں 25,000 ڈھانچوں کا سنگ میل، 1983 میں 50,000 ڈھانچوں کا سنگ میل، 1992 میں 125,000 ڈھانچوں کا سنگ میل، 2001 میں 250,000 ڈھانچوں کا سنگ میل، 2009 میں 500,000 ڈھانچوں کا سنگ میل، اور 8 جون 2019 کو 1,000,000 ڈھانچوں کا سنگ میل عبور کرتے ہوئے تقریبا تیز رفتار سے بڑھی ہے۔ سی ایس ڈی میں جو دس لاکھ واں ڈھانچہ شامل کیا گیا ہے وہ 1-(7,9-ڈائیاسیٹیل-11-میتھائل-6 ایچ-ایزپینو [1,2-اے] انڈول-6-یل) پروپین-2-ون کا کرسٹل ڈھانچہ ہے۔ نوٹ: 1923-1964 کے لیے ڈیٹا کو ٹیبل کی آخری لائن میں ایک ساتھ جمع کیا گیا ہے۔ فائل فارمیٹ سی ایس ڈی ڈھانچے کے جمع کرنے کے لیے بنیادی فائل فارمیٹ، جسے 1991 کے آس پاس اپنایا گیا، "کرسٹلگرافک انفارمیشن فائل" فارمیٹ، سی آئی ایف ہے۔ جمع کی گئی سی ایس ڈی فائلوں کو سی آئی ایف فارمیٹ میں ڈاؤن لوڈ کیا جا سکتا ہے۔ تصدیق شدہ اور کیوریٹڈ سی ایس ڈی فائلوں کو سی ایس ڈی سسٹم میں ٹولز کا استعمال کرتے ہوئے سی آئی ایف، ایم او ایل، ایم او ایل 2، پی ڈی بی، شیلکس اور ایکس مول سمیت مختلف فارمیٹس میں برآمد کیا جا سکتا ہے۔ سی سی ڈی سی جمع شدہ ڈیٹا سیٹ اور کیوریٹڈ سی ایس ڈی اندراج کے درمیان فرق کرنے کے لیے دو مختلف کوڈز کا استعمال کرتا ہے۔ مثال کے طور پر، ایک نامیاتی مالیکیول کا ایک مخصوص 'سی ایس ڈی کمیونیکیشن' سی سی ڈی سی کے پاس جمع کیا گیا تھا اور اسے ڈیپوزیشن نمبر 'سی سی ڈی سی-991327' تفویض کیا گیا تھا۔ یہ جمع کردہ ڈیٹا تک مفت عوامی رسائی کی اجازت دیتا ہے۔ جمع کردہ ڈیٹا سے، منتخب کردہ معلومات کو توثیق شدہ اور کیوریٹڈ سی ایس ڈی اندراج تیار کرنے کے لیے نکالا جاتا ہے جسے ریف کوڈ 'مٹگٹ' تفویض کیا گیا تھا۔ علاج کے عمل کے ایک حصے کے طور پر، سی سی ڈی سی ایک الگورتھم، ڈی سی آئی ایف آر کا بھی اطلاق کرتا ہے، تاکہ ایڈیٹرز کو کیمسٹری کو ڈھانچوں کو تفویض کرنے میں مدد ملے جب وہ نمائندگی (جیسے. بانڈ کی اقسام اور چارج اسائنمنٹس وغیرہ) جمع کرائی گئی اصل سی آئی ایف فائلوں سے غائب ہیں۔ تصدیق شدہ اور کیوریٹڈ اندراج سی ایس ڈی سسٹم اور ویب سی ایس ڈی کی تقسیم میں شامل ہے، جس کی دستیابی مناسب شراکت کرنے والوں تک محدود ہے۔ ڈیٹا کو دیکھنا سی ایس ڈی میں سیٹ کردہ ہر ڈیٹا کو مفت رسائی ڈھانچہ سروس کا استعمال کرتے ہوئے کھلے عام دیکھا اور بازیافت کیا جا سکتا ہے۔ اس ویب براؤزر پر مبنی سروس کے ذریعے، صارفین 2 ڈی اور 3 ڈی میں سیٹ کردہ ڈیٹا کو دیکھ سکتے ہیں، ڈھانچے کے بارے میں کچھ بنیادی معلومات حاصل کر سکتے ہیں، اور جمع کردہ ڈیٹا سیٹ ڈاؤن لوڈ کر سکتے ہیں۔ سبسکرپشن پر مبنی سی ایس ڈی سسٹم کے ذریعے مزید جدید سرچ فنکشنز اور کیوریٹڈ معلومات دستیاب ہیں۔ سی ایس ڈی سسٹم کے استعمال کے علاوہ، اسٹرکچر فائلوں کو جے ایم او ایل جیسے کئی اوپن سورس کمپیوٹر پروگراموں میں سے کسی ایک کا استعمال کرتے ہوئے دیکھا جا سکتا ہے۔ کچھ دوسرے مفت، لیکن اوپن سورس پروگراموں میں ایم ڈی ایل چیم، پائمول، یو سی ایس ایف چیمرا، راسمول، ونگ ایکس شامل ہیں، سی سی ڈی سی اپنے ویژولائزیشن پروگرام مرکری کا ایک مفت ورژن فراہم کرتا ہے۔ 2015 سے شروع کرتے ہوئے، سی سی ڈی سی سے مرکری سی ایس ڈی میں ڈھانچوں سے تھری ڈی پرنٹ کے لیے تیار فائل تیار کرنے کی فعالیت بھی فراہم کرتا ہے۔ یہ بھی دیکھیں کرسٹلگرافک ڈیٹا بیس مرکری پروٹین ڈھانچہ حوالہ جات بیرونی روابط کیمبرج کرسٹلگرافک ڈیٹا سینٹر (سی سی ڈی سی)-سی ایس ڈی حیاتیاتی ڈیٹا بیس کی بنیادی سائٹ کیمیائی ڈیٹا بیس کیمیائی صنعت برطانیہ میں کرسٹلگرافک ڈیٹا بیس ڈیٹا بیس برطانیہ میں سائنس اور ٹیکنالوجی کیمبرج شائر میں