TRAMP complex
ٹی آر اے ایم پی کمپلیکس (ٹی آر ایف 4/ایئر 2/ایم ٹی آر 4 پی پولیڈینایلیشن کمپلیکس) ایک ملٹی پروٹین، ہیٹروٹریمیرک کمپلیکس ہے جس میں ڈسٹری بیوٹو پولیڈینایلیشن سرگرمی ہوتی ہے اور پولی میریز کے ذریعہ تیار کردہ آر این اے کی وسیع اقسام کی نشاندہی کرتا ہے۔ اسے اصل میں Saccharomyces cerevisiae میں LaCava et al.، Vanacova et al نے دریافت کیا تھا۔ اور وایرز اور دیگر۔ 2005 میں۔ یہ یوکرائیوٹک خلیوں کے مرکزے میں ایکزوسوم کمپلیکس کے ساتھ تعامل کرتا ہے اور رائبوسومل آر این اے اور سنو آر این اے کی 3 'اینڈ پروسیسنگ اور انحطاط میں شامل ہوتا ہے۔ ٹی آر اے ایم پی کمپلیکس آر آر پی 6 کے لیے مقرر کردہ آر این اے کی پولی (اے) دموں کو تراشتا ہے اور کور ایکزوسوم کو 4-5 اڈینوسین تک کم کرتا ہے جو نقل کی شناخت اور ایکزوسوم کمپلیکس ایکٹیویشن میں مدد کرتا ہے۔ ٹی آر اے ایم پی کمپلیکس کی موجودگی میں ایکزوسومز کی سبسٹریٹ کی خاصیت کو بہتر بنایا جاتا ہے کیونکہ یہ ایک اہم کوفیکٹر کے طور پر کام کرتا ہے اور مختلف سرگرمیوں کو برقرار رکھنے میں مدد کرتا ہے۔ اس طرح، ٹی آر اے ایم پی وسیع پیمانے پر آر این اے پولیمریز II ٹرانسکرپشن کے ذریعے پیدا ہونے والے نان کوڈنگ ٹرانسکرپٹس کے سیل کو ختم کرنے کے ساتھ ساتھ بائیوجینیسیس اور فنکشنل کوڈنگ اور نان کوڈنگ آر این اے کے کاروبار میں کام کرنے میں اہم کردار ادا کرتا ہے۔ ٹرامپ کمپلیکس براہ راست یا بالواسطہ طور پر مختلف دیگر آر این اے کے عمل کو بھی متاثر کرتا ہے۔ یہ آر این اے کی برآمد، تقسیم، ہیٹرو کرومیٹک جین کو خاموش کرنے میں شامل ہے اور جینوم کے استحکام کو برقرار رکھنے میں مدد کرتا ہے۔ اجزاء غیر کینونکل پولی (اے) پولی میریزس پول (اے) پولی میریزس نے ڈی این اے ٹوپوئسومیرس ٹاپ 1 پی کے ساتھ مختلف جینیاتی تعاملات دکھائے اور اس لیے انہیں ٹوپوئسومیرس سے متعلق فنکشن ٹی آر ایف 4 پی اور ٹی آر ایف 5 پی کہا گیا کیونکہ ڈی این اے کے ساتھ اس تعامل کی وجہ سے اس کا جینومک استحکام میں اہم حصہ ہے۔ خلیے میں ٹی آر ایف 4 پی ٹی آر ایف 5 پی کے مقابلے میں زیادہ ارتکاز میں ہوتا ہے اور فینوٹائپ پر بھی اس کا زیادہ اثر پڑتا ہے۔ ٹی آر ایف 4 پی پورے مرکزے میں موجود ہوتا ہے جبکہ ٹی آر ایف 5 پی بنیادی طور پر نیوکلیولس میں پایا جاتا ہے۔ ٹی آر ایف 4 پی ڈھانچہ ایک مرکزی ڈومین اور ایک اتپریرک ڈومین پر مشتمل ہوتا ہے جو کینونکل پولیمریز کی ساخت سے ملتا جلتا ہے۔ ٹی آر اے ایم پی کمپلیکس کے غیر کینونکل پولی (اے) پولیمریز (ٹی آر ایف 4 پی یا ٹی آر ایف 5 پی) جن کا تعلق سی آئی ڈی 1 خاندان سے ہے ان میں آر این اے ریکگنیشن موٹف (آر آر ایم) نہیں ہوتا ہے اس لیے غیر کینونکل پولیمریز کے لیے ایئر 1/ایئر 2 جیسے اضافی پروٹین کی ضرورت ہوتی ہے۔ زنک نکل پروٹین زنک نکل پروٹین ایئر 1 پی/ایئر 2 پی (ارجنائن میتھائل ٹرانسفرس-انٹرایکٹنگ رنگ-فنگر پروٹین) بنیادی طور پر آر این اے کے پابند ہونے میں شامل ہیں۔ پانچ سی سی ایچ سی (سی کا مطلب سسٹین اور ایچ کا مطلب ہسٹائڈین ہے) زنک نکل موفٹس ہیں جو سی اور این ٹرمینلز کے درمیان موجود ہیں۔ ایئر 2 پی پروٹین میں، چوتھے اور پانچویں زنک نکل کے مختلف کردار ہوتے ہیں۔ چوتھے زنک نکل کا آر این اے بائنڈنگ میں کردار ہے جبکہ پانچواں نکل پروٹین پروٹین کے تعاملات کے لیے اہم ہے۔ ایئر 2 پی ٹی آر ایف 4 پی کے مرکزی ڈومین کے ساتھ تعامل کرتا ہے اور ٹی آر ایف 4 پی کی پولی اڈینایلیشن سرگرمی اس تعامل پر منحصر ہے کیونکہ نکل کو ہٹانا یا اتپریورتن پولی اڈینایلیشن سرگرمی میں رکاوٹ ہے۔ ایئر 1 پی این پی ایل 3 پی (ایک پروٹین جو ذمہ دار ایم آر این اے ایکسپورٹ ہے) کی میتھیلیشن کو روکنے کے لیے ذمہ دار ہے۔ ایئر 1 پی/ایئر 2 پی بھی غیر معمولی ایم آر این پیز کو ٹی آر اے ایم پی راستے کی طرف لے جاتا ہے اور ان کا انحطاط لاتا ہے۔ سکی 2 جیسے ہیلیکیس ایم ٹی آر 4 پی اسکی 2 جیسے ہیلیکیس ایم ٹی آر 4 پی کو گرمی سے مزاحم میوٹینٹس کی اسکریننگ کے دوران دریافت کیا گیا تھا جو نیوکلئس میں پولی (اے) آر این اے جمع کرتے ہیں اور بنیادی طور پر غیر متحرک سرگرمی میں شامل ہوتے ہیں۔ ایم ٹی آر 4 پی (جسے ڈوب 1 پی بھی کہا جاتا ہے) ایک ایس ایف 2 ہیلیکیس ہے اور اس کا تعلق ڈی ای ایکس ایچ باکس آر این اے ہیلیکیس خاندان سے ہے جو دو ریکا جیسے ڈومینز پر مشتمل ہے۔ یہ ڈبلیو ایچ ڈومین (ونگڈ ہیلکس ڈومین)، ایک آرک ڈومین (جسے اسٹاک اور کے او ڈبلیو ڈومین [کیپرائڈز، اوزونس، ووئس ڈومین] بھی کہا جاتا ہے) اور ہیلیکل بنڈل ڈومین پر مشتمل ہے۔ ہیلیکیس کور کی سطح پر ڈبلیو ایچ اور ہیلیکل بنڈل ڈومینز کی پیکنگ کے نتیجے میں ایس ایس آر این اے کے لیے ایک چینل تشکیل پاتا ہے۔ ایم ٹی آر 4 پی کے لیے اے ٹی پی یا ڈی اے ٹی پی ہائیڈرولائسیس کی ضرورت ہوتی ہے تاکہ کیو-موٹف کے ذریعے ثالثی میں آر این اے ڈوپلیکس کو کھول دیا جا سکے۔ ایم ٹی آر 4 پی کی غیر متزلزل سرگرمی کے لیے جوڑے والے علاقے میں ایک سنگل اسٹرینڈڈ ریجن 3 'بھی ضروری ہے۔ ایکزوسوم کے مختلف اجزاء کے ساتھ براہ راست رابطے کے ذریعے، ایم ٹی آر 4 پی نیوکلیئر ایکزوسوم میں ٹی آر اے ایم پی کمپلیکس کے آر این اے سبسٹریٹس کے مناسب اضافے میں مدد کرتا ہے۔ کینونکل اور غیر کینونکل پولیمریز کے درمیان فرق غیر کینونکل اور کینونکل پولی (اے) پولیمریز کے درمیان فرق یہ ہے کہ کینونکل پولیمریز ایم آر این اے کو برقرار رکھنے میں مدد کرتے ہیں اور اس کی سرگرمی کو ایم آر این اے میں ایک مخصوص ترتیب کے ذریعے منظم کیا جاتا ہے جبکہ غیر کینونکل پولیمریز کی پولیڈینایلیشن آر این اے میں ایک مختلف منظم ترتیب کا استعمال کرتی ہے اور انحطاط یا پروسیسنگ کے لیے آر این اے کی وضاحت کرتی ہے۔ کینونکل پولیمریز کا تعلق ڈی این اے پولیمریز β سپر فیملی سے ہے جبکہ غیر کینونکل پولیمریز کا تعلق سی آئی ڈی 1 فیملی سے ہے، ایک اور اہم فرق پولی (اے) دم کی لمبائی ہے۔ کینونکل پولیمریز بہت سے ایڈینائیلیٹس کو شامل کر سکتے ہیں اس طرح پیدا ہونے والے آر این اے میں لمبی پولی (اے) دم ہوتی ہے جبکہ دوسری طرف غیر کینونکل پولیمریز پولی (اے) دم کی چھوٹی لمبائی کے ساتھ آر این اے تیار کر سکتے ہیں کیونکہ وہ صرف چند ایڈینائیلیٹس کو شامل کر سکتے ہیں۔ 3 '-> 5' ایکسونکلیز کمپلیکس ایکزوسوم کے ساتھ تعامل ٹی آر اے ایم پی کمپلیکس 3 '-> 5' ایکسونکلیز کمپلیکس کی مدد سے مختلف آر این ایز کا انحطاط یا پروسیسنگ لاتا ہے جسے ایکزوسوم کہا جاتا ہے۔ آر نیس پی ایچ ڈومین پروٹینز، آر آر پی 41 پی، آر آر پی 42 پی، آر آر پی 43 پی، آر آر پی 45 پی، آر آر پی 46 پی اور ایم ٹی آر 3 پی کا ایک ہیکسامیرک رنگ ایس سیریوزی کے ایکزوسوم پر مشتمل ہوتا ہے۔ ایکزوسوم ٹی آر اے ایم پی کمپلیکس انویٹرو کی مدد سے آر آر پی 6 پی کی موجودگی میں آر این اے کی انحطاط کو زیادہ مؤثر طریقے سے لا سکتا ہے۔ نیز، مختلف ایکزوسوم کوفیکٹرز کی موجودگی میں آر این اے کے انحطاط کو بڑھایا جاتا ہے جنہیں شریک نقل کے طور پر بھرتی کیا جاتا ہے۔ سکی کمپلیکس جس میں سکی 2 پی، سکی 3 پی، سکی 8 پی شامل ہیں، تمام ایم آر این اے انحطاط کے راستوں کے لیے سائٹوپلاسمک ایکزوسوم کے لیے ضروری ہے۔ سکی 7 پی پروٹین کے ساتھ سائٹوپلاسمک ایکزوسوم مختلف غیر معمولی رائبوسومز اور ایم آر این ایز سے منسلک ہوتا ہے اور ان کے انحطاط کا باعث بنتا ہے۔ اجزاء کے درمیان باہمی تعلق ٹرامپ کمپلیکس کے تمام اجزاء ایک دوسرے سے جڑے ہوئے ہیں۔ پولی (اے) پولیمریز جیسے ٹی آر ایف 4 پی/ٹی آر ایف 5 پی کی سرگرمی کے لیے زنک نکل پروٹین ضروری ہیں۔ اسی طرح ایکسوسومز کے ذریعے لائے جانے والے آر این اے کے انحطاط کو سکی 2 جیسے ہیلیکیسز اور ایم ٹی آر 4 پی کی غیر متحرک سرگرمی سے متحرک کیا جاتا ہے جو ایک کوفیکٹر کے طور پر کام کرتا ہے۔ ٹی آر اے ایم پی کمپلیکس میں ٹی آر ایف 4 پی/ایئر 2 پی کے ذریعے ایم ٹی آر 4 پی کی غیر متحرک سرگرمی کو بہتر بنایا جاتا ہے۔ پولی (اے) دم کی لمبائی کو برقرار رکھنے اور کنٹرول کرنے میں بھی ایم ٹی آر 4 پی کا اہم کردار ہے۔ لیکن ایم ٹی آر 4 پی کی تباہی یا عدم موجودگی کے نتیجے میں ہائپرڈینایلیشن ہوتا ہے اور پولی (اے) دم کی لمبائی میں رکاوٹ پیدا ہوتی ہے۔ ٹی آر ایف 5 پی، ایئر 1 پی اور ایم ٹی آر 4 پی کے درمیان بننے والے کمپلیکس کو ٹی آر اے ایم پی 5 کمپلیکس کہا جاتا ہے۔ ایس سیریوزیا میں پولیمرس کی موجودگی کے لحاظ سے دو قسم کے ٹرامپ کمپلیکس ہوتے ہیں۔ اگر ٹی آر ایف 4 پی موجود ہے تو کمپلیکس کو ٹی آر اے ایم پی 4 کہا جاتا ہے اور اگر ٹی آر ایف 5 پی موجود ہے تو اسے ٹی آر اے ایم پی 5 کہا جاتا ہے۔ تینوں پولیمریز (پول I، II، III) کے ذریعہ تیار کردہ آر این اے سبسٹریٹ آر این اے ٹی آر اے ایم پی کمپلیکس کے لیے سبسٹریٹ کے طور پر کام کرتے ہیں۔ ٹی آر اے ایم پی کمپلیکس مختلف آر این اے کی پروسیسنگ اور نگرانی میں شامل ہے اور غیر معمولی آر این اے کو خراب کرتا ہے۔ مختلف قسم کے آر این اے سبسٹریٹس میں رائبوسومل آر این اے (آر آر این اے)، چھوٹے نیوکلولر آر این اے (سنو آر این اے)، ٹرانسفر آر این اے (ٹی آر این اے)، چھوٹے نیوکلیئر آر این اے (ایس این آر این اے)، آر این اے پولیمریز II (پول II) وغیرہ کی لمبی نقل شامل ہیں۔ لیکن وہ طریقہ کار جس کے ذریعے ٹی آر اے ایم پی کمپلیکس مختلف سبسٹریٹس کی شناخت کرتا ہے نامعلوم ہے۔ ٹی آر اے ایم پی کمپلیکس ایکزوسوم کمپلیکس ایکسونوکلیز آر آر پی 6 کو شامل کرکے آر این اے پروسیسنگ میں زیادہ مؤثر طریقے سے کام کرتا ہے جس میں این اے بی 3 (آر این اے بائنڈنگ پروٹین) ایک اہم کردار ادا کرتا ہے۔ میتھائل ٹرانسفرس ایچ ایم ٹی 1 پی (آر ایم ٹی 1 پی) جیسے مختلف انزائموں کی وجہ سے کرومیٹن پوسٹ ٹرانسکرپشنل ترمیم کو برقرار رکھنے میں کردار کرومیٹن کی دیکھ بھال پر بالواسطہ اثر ڈال سکتا ہے۔ کرومیٹن کے ڈھانچے اس وقت متاثر ہوتے ہیں جب ٹی آر اے ایم پی کمپلیکس کے آر این اے سبسٹریٹس کو جینوم میں نقل کیا جاتا ہے۔ مختلف ٹی آر اے ایم پی اجزاء مختلف پروٹینوں کے ساتھ جسمانی اور جینیاتی طور پر تعامل کرتے ہیں اور کرومیٹن اور ڈی این اے میٹابولزم میں تبدیلیاں لاتے ہیں۔ Saccharomyces cerevisiae میں TRAMP کمپلیکس کے اجزاء خمیر سے لے کر ممالیہ جانوروں تک کے دیگر حیاتیات میں محفوظ ہیں۔ Schizosaccharomyces pombe کے TRAMP پیچیدہ اجزاء بشمول Cid14p، Air1p، اور Mtr4p فعال طور پر S. cerevisiae میں TRAMP کمپلیکس کے اجزاء سے ملتے جلتے ہیں۔ انسانوں میں ٹرامپ کمپلیکس مختلف اجزاء پر مشتمل ہوتا ہے جن میں ہیلیکیس ایچ ایم ٹی آر 4 پی، ایک غیر کینونکل پولی (اے) پولیمرس ایچ پی اے پی ڈی (پی اے پی سے وابستہ ڈومین پر مشتمل) 5 یا ایچ پی اے پی ڈی 7، اور زنک نکل پروٹین ایچ زیڈ سی سی ایچ سی 7، آر این اے بائنڈنگ پروٹین ایچ آر بی ایم 7 پی شامل ہیں۔ حوالہ جات پروٹین کمپلیکس