BioSamples
بائیو سیمپلز (بائیو ایس ڈی) ترتیب میں استعمال ہونے والے حیاتیاتی نمونوں کے بارے میں معلومات کے لیے یورپی بائیو انفارمیٹکس انسٹی ٹیوٹ کا ایک ڈیٹا بیس ہے۔ یہ حیاتیاتی مواد کے بارے میں جمع کنندہ کے فراہم کردہ میٹا ڈیٹا کو محفوظ کرتا ہے جس سے نیشنل سینٹر فار بائیوٹیکنالوجی انفارمیشن (این سی بی آئی) کے بنیادی ڈیٹا آرکائیوز میں محفوظ کردہ ڈیٹا حاصل کیا جاتا ہے۔ این سی بی آئی کے آرکائیوز بہت سی انواع کے مختلف قسم کے نمونوں سے متعلق ڈیٹا کی میزبانی کرتے ہیں، اور اس طرح بائیو سیمپل ڈیٹا بیس بھی اسی طرح متنوع ہے۔ بائیو سیمپل کی مثالوں میں بنیادی ٹشو بائیوپسی، ایک انفرادی جاندار یا ماحولیاتی الگ تھلگ شامل ہیں۔ بائیو سیمپلز ڈیٹا بیس کنٹرولڈ سیمپل ایٹریبیوٹ فیلڈ نیم ووکیبلریز کے استعمال کی حوصلہ افزائی کرتے ہوئے منظم طریقے سے سیمپل میٹا ڈیٹا کو حاصل کرتا ہے۔ یہ میٹا ڈیٹا نمونے کے ڈیٹا کا سیاق و سباق دینے میں کلیدی حیثیت رکھتا ہے، جس سے اسے زیادہ مکمل طور پر سمجھا جا سکتا ہے، دوبارہ استعمال کیا جا سکتا ہے، اور مختلف ڈیٹا سیٹوں کو جمع کرنے کے قابل بناتا ہے۔ نمونے کا میٹا ڈیٹا بہت سے آرکائیول ڈیٹا بیس میں متعلقہ تجرباتی ڈیٹا سے منسلک ہے جو نمونے کی تفصیل کو ایک بار جمع کرنے کے قابل بنا کر جمع کرنے والے کے بوجھ کو دور کرتا ہے۔ اس کے بعد وہ اس نمونے کا حوالہ دے سکتے ہیں، جب ضروری ہو، جب دوسرے آرکائیوز میں ڈیٹا جمع کرتے ہیں۔ بائیو سیمپل ریکارڈز انڈیکسڈ اور قابل تلاش ہوتے ہیں، جو نمونے کی تفصیل کے ذریعے کراس ڈیٹا بیس کے سوالات کی حمایت کرتے ہیں۔ بائیو سیمپلز ڈیٹا بیس 2011 میں شروع کیا گیا تھا تاکہ نمونے کے میٹا ڈیٹا کو یکجا کرنے اور معیاری بنانے میں مدد ملے۔ تاریخی طور پر، ہر آرکائیو نے نمونہ میٹا ڈیٹا جمع کرنے کے لیے اپنا کنونشن بنایا تھا۔ یہ عام طور پر ان کی معیاری کاری میں محدود تھے اور اس بات کی نشاندہی کرنے کا کوئی طریقہ نہیں تھا کہ نمونے کو متعدد ڈیٹا سیٹوں میں کب استعمال کیا گیا تھا۔ اس کے علاوہ، تحقیقی برادری میں یہ بیداری بڑھ رہی ہے کہ بنیادی ڈیٹا کو سمجھنے کے لیے نمونہ میٹا ڈیٹا بہت ضروری ہے۔ مزید برآں، بہتر میٹا ڈیٹا کے ساتھ ڈیٹا کے دوبارہ استعمال، جمع اور انضمام کے امکانات بڑھ جاتے ہیں۔ ڈیٹا بیس ابتدائی طور پر ایس آر اے، ای ایس ٹی، جی ایس ایس اور ڈی بی جی اے پی سے نکالی گئی موجودہ وضاحتوں کے ساتھ آباد تھا۔ مئی 2013 تک، ڈیٹا بیس تقریبا 20 لاکھ بائیو سیمپل ریکارڈز کی میزبانی کرتا ہے جس میں 18,000 انواع شامل ہیں۔ مواد بائیو سیمپل ڈیٹا بیس جنوری 2012 کے بعد سے سائز میں دوگنا ہو گیا ہے جب بائیو سیمپل ڈیٹا بیس میں 1 ملین نمونے بیان کیے گئے تھے، اکتوبر 2013 تک 2,846,137 نمونے 80,232 گروپوں کے طور پر دستیاب ہیں۔ تیز رفتار ترقی بنیادی طور پر ڈیٹا کے نئے ذرائع اور موجودہ ذرائع سے ڈیٹا کے حجم میں اضافے کی وجہ سے ہے۔ نئے ڈیٹا ذرائع میں کینسر جینوم اٹلس کے 22,288 نمونے، اور کیٹلاگ آف سومیٹک میوٹیشن ان کینسر (COSMIC) کے 920,441 نمونے شامل ہیں۔ صفات ساختہ نام کا استعمال کرتے ہوئے تحقیقات کے تحت مواد کی وضاحت کرتی ہیں: ویلیو جوڑے، مثال کے طور پر: ٹشو: جگر جمع کرنے کی تاریخ: 31-جنوری-2013 نمونے کی قسم کی وضاحت کرنے کے بعد، صارف کو پر کرنے کے لیے مطلوبہ اور اختیاری صفات کے شعبوں کی فہرست پیش کی جاتی ہے، ساتھ ہی ساتھ اپنی مرضی کے مطابق وضاحتی صفات کی کسی بھی تعداد کو فراہم کرنے کا موقع بھی۔ بائیو سیمپل ڈیٹا بیس توسیع پذیر ہے جس میں نئے معیارات کی ترقی کے ساتھ نئی اقسام اور صفات کو شامل کیا جا سکتا ہے۔ بائیو سیمپل کی قسم اور صفات کے علاوہ، ہر بائیو سیمپل ریکارڈ میں یہ بھی شامل ہے: بائیو سیمپل کی اقسام اور صفات کی مکمل فہرست اور تعریفیں پیش نظارہ اور ڈاؤن لوڈ کے لیے دستیاب ہیں۔ ڈیٹا تک رسائی ڈیٹا بیس تک رسائی حاصل کرنے کے کئی طریقے ہیں۔ عوام کے لیے بائیو ایس ڈی کی ابتدائی ریلیز نے صرف ویب انٹرفیس کے ذریعے ڈیٹا بیس تک رسائی فراہم کی۔ اس ویب انٹرفیس کو بعد میں نومبر 2012 میں اور پھر مارچ 2013 میں ای بی آئی سائٹ کے دوبارہ آغاز کے بعد اپ ڈیٹ کیا گیا۔ فروری 2013 میں، ایک عوامی ایپلیکیشن پروگرامنگ انٹرفیس (اے پی آئی) کو نمائندہ ریاستی منتقلی (آر ای ایس ٹی) نظام کا استعمال کرتے ہوئے جاری کیا گیا تھا۔ اکتوبر 2013 میں، ای بی آئی کے نئے آر ڈی ایف پلیٹ فارم کے ایک حصے کے طور پر ایک ایس پی اے آر کیو ایل اینڈ پوائنٹ جاری کیا گیا، جو آر ڈی ایف فارمیٹ میں ڈیٹا تک رسائی فراہم کرتا ہے۔ مزید برآں، ڈیٹا بیس کو ای بی آئی کی ایف ٹی پی سروس کے ذریعے ڈاؤن لوڈ کیا جا سکتا ہے۔ ویب انٹرفیس ویب انٹرفیس صارفین کو ویب براؤزر کے ذریعے بائیو ایس ڈی ڈیٹا بیس تک رسائی کی اجازت دیتا ہے۔ یہ نمونے کے گروپوں اور خود نمونوں کے ذریعے تلاش کرنے دونوں کے لیے فعالیت فراہم کرتا ہے۔ تلاش میں اضافی تلاش کی خصوصیات ہیں جو صارفین کو ٹائپ کرتے وقت ممکنہ تلاش کی اصطلاحات فراہم کرکے ان کی مدد کرتی ہیں۔ اعلی درجے کی تلاش فراہم کی جاتی ہے اور صارفین کو اپنی تلاش کی اصطلاحات پر بائنری اصطلاحات، AND، OR اور NOT کا اطلاق کرکے تلاش کرنے کی اجازت دیتی ہے۔ مزید برآں، وائلڈ کارڈ کردار کو حروف کے کسی بھی امتزاج سے ملنے کے لیے استعمال کیا جا سکتا ہے بشمول کوئی حروف نہیں۔ سوالیہ نشان والے کردار کو کسی بھی ایک کردار سے ملنے کے لیے بھی استعمال کیا جا سکتا ہے۔ ان کی مثالیں درج ذیل جدول میں دیکھی جا سکتی ہیں: ویب انٹرفیس صارفین کو تلاش کے نتائج کو منتخب کرنے اور اس تلاش کے نتائج کی مزید تفصیلات دیکھنے کی بھی اجازت دیتا ہے۔ تفصیلی نظارہ مزید معلومات فراہم کرتا ہے اور اسیسے ڈیٹا بیس (ڈیٹا بیس) کا لنک فراہم کرتا ہے جس سے ڈیٹا حاصل کیا گیا تھا۔ کالموں کے ذریعے آرڈر بھی فراہم کیا جاتا ہے۔ ایپلیکیشن پروگرامنگ انٹرفیس اے پی آئی پروگرام کے طریقے سے ڈیٹا کو بازیافت کرنے کے لیے ایک مناسب طریقہ فراہم کرتا ہے۔ یہ ایک آرام دہ نظام کا استعمال کرتا ہے جو صارفین کو یو آر آئی کے اختتامی نکات سے استفسار کرنے اور نتائج کے طور پر ایکس ایم ایل حاصل کرنے کی اجازت دیتا ہے۔ اے پی آئی میں مختلف قسم کی درخواستوں کے لیے یو آر آئی کے اختتامی نکات ہوتے ہیں۔ ان درخواستوں کو مخصوص نمونے تلاش کرنے، مخصوص گروپوں کو تلاش کرنے، گروپوں کی تلاش، نمونوں کی تلاش اور گروپ کے اندر نمونوں کی تلاش کے لیے استعمال کیا جا سکتا ہے۔ SPARQL اختتامی نقطہ صارفین کو معیاری ویب انٹرفیس کے مقابلے میں زیادہ جامع طریقے سے ڈیٹا بیس تلاش کرنے کی اجازت دیتا ہے جبکہ اب بھی ویب براؤزر سے قابل استعمال ہے۔ اس انٹرفیس کے ذریعے، صارفین کو اپنی تلاشوں میں مزید فعال کرنے کے لیے کہیں زیادہ پیچیدہ سوالات کیے جا سکتے ہیں۔ تاہم، اعداد و شمار تک رسائی کے اس طریقہ کار کے ساتھ سیکھنے کا ایک بڑھتا ہوا رخ ہے۔ ایس پی اے آر کیو ایل اینڈ پوائنٹ آر ڈی ایف فارمیٹ میں نتائج واپس کرتا ہے جسے ابتدائی طور پر میٹا ڈیٹا کو ذہن میں رکھتے ہوئے ڈیزائن کیا گیا تھا اور اس طرح یہ بائیو ایس ڈی کی ضروریات کے مطابق ہے۔ ڈویلپمنٹ ٹیم ای ایم بی ایل-ای بی آئی میں ہیلن پارکنسن کی ٹیم کا ایک حصہ ہے اور اس میں سافٹ ویئر انجینئرز اور ویب ڈویلپرز شامل ہیں جنہیں آنٹولوجسٹ اور بائیو انفارمیٹکس کے ماہرین ڈومین کے مخصوص علم میں مدد فراہم کرتے ہیں۔ پروجیکٹ میں استعمال ہونے والی بنیادی پروگرامنگ زبان جاوا پروگرامنگ زبان ہے۔ پروجیکٹ کی ترقی میں مدد کے لیے، ترقیاتی ٹیمیں مربوط ترقیاتی ماحول، انٹیلی جے آئی ڈی ای اے کا استعمال کرتی ہیں جو جیٹ برینز کے ذریعے فراہم کیا جاتا ہے۔ پروجیکٹ میں استعمال ہونے والے دیگر ٹولز میں مسلسل انضمام اور سافٹ ویئر ریلیز کے انتظام کے لیے بانس شامل ہیں۔ مزید برآں، یور کٹ ایک جاوا پروفائلر ہے جو بائیو ایس ڈی پروجیکٹ میں کیڑوں کو بہتر بنانے اور ختم کرنے میں مدد کرتا ہے۔ یہ پروجیکٹ ایک اوپن سورس پروجیکٹ کے طور پر تیار کیا گیا ہے جس میں تمام سورس کوڈ گٹ ہب پر آزادانہ طور پر دستیاب ہیں۔ فی الحال بائیو ایس ڈی ڈیٹا بیس کی ترقی اور دیکھ بھال کے لیے بنیادی فنڈنگ یورپی مالیکیولر بائیولوجی لیبارٹری (ای ایم بی ایل) کے بنیادی بجٹ کے ذریعے فراہم کی جاتی ہے جس کی مالی اعانت اس کے 20 رکن ممالک کرتے ہیں۔ متعدد گرانٹس کی شکل میں یورپی کمیشن کی طرف سے بھی اضافی تعاون کیا گیا ہے۔ مزید فنڈنگ ویلکم ٹرسٹ اور میڈیکل ریسرچ کونسل اور ای بی آئی ایس سی انوویٹو میڈیسن انیشی ایٹو کے ذریعہ فراہم کردہ ہیومن انڈیوسڈ پلور پوٹینٹ اسٹیم سیلز انیشی ایٹو سے آئی ہے۔ یہ بھی دیکھیں یورپی بائیو انفارمیٹکس انسٹی ٹیوٹ حوالہ جات بیرونی روابط بائیو سیمپلز جینیٹکس ڈیٹا بیس کیمبرج شائر جنوبی کیمبرج شائر ضلع میں سائنس اور ٹیکنالوجی