RefDB (chemistry)
ری ریفرانسڈ پروٹین کیمیکل شفٹ ڈیٹا بیس (ری ایف ڈی بی) ایک این ایم آر سپیکٹروسکوپی ڈیٹا بیس ہے جو احتیاط سے درست یا دوبارہ حوالہ شدہ کیمیائی شفٹوں کا ہے، جو بائیو میگرس بینک (بی ایم آر بی) (شکل۔ 1)۔ ڈیٹا بیس کو ساخت پر مبنی کیمیائی شفٹ حساب کتاب پروگرام (جسے شفٹ ایکس کہا جاتا ہے) کا استعمال کرتے ہوئے اکٹھا کیا گیا تھا تاکہ متوقع پروٹین (1) ایچ، (13) سی اور (15) این کیمیائی شفٹوں کا حساب لگایا جا سکے۔ موازنہ خود بخود شفٹکار نامی پروگرام کے ذریعے انجام دیا جاتا ہے۔ ریف ڈی بی ڈیٹا بیس فی الحال 2000 سے زیادہ تفویض شدہ پیپٹائڈز اور پروٹین پر حوالہ درست کیمیائی شفٹ ڈیٹا فراہم کرتا ہے۔ ڈیٹا بیس کے اعداد و شمار سے پتہ چلتا ہے کہ (13) سی پروٹین اسائنمنٹس کے ساتھ تقریبا 25 فیصد بی ایم آر بی اندراجات اور (15) این پروٹین اسائنمنٹس کے ساتھ 27 فیصد بی ایم آر بی اندراجات میں اہم کیمیائی شفٹ ریفرنس ری ایڈجسٹمنٹ کی ضرورت ہوتی ہے۔ مزید برآں، بائیو میگریس بینک میں جمع شدہ تقریبا 40 فیصد پروٹین اندراجات میں کم از کم ایک تفویض کی غلطی دکھائی دیتی ہے۔ صارفین ریف ڈی بی ویب سائٹ کے ذریعے دستیاب متعدد طریقوں کے ذریعے ڈیٹا بیس کو ڈاؤن لوڈ، سرچ یا براؤز کر سکتے ہیں۔ ریف ڈی بی بائیو مالیکیولر این ایم آر سپیکٹروسکوپسٹس کے لیے ایک معیاری کیمیائی شفٹ ریسورس فراہم کرتا ہے، جو پیپٹائڈز اور پروٹین میں کیمیائی شفٹ کے رجحانات کو حاصل کرنا یا ان کا حساب لگانا چاہتے ہیں۔ دائرہ کار اور رسائی ری ایف ڈی بی میں موجود تمام ڈیٹا غیر ملکیتی ہے یا غیر ملکیتی ماخذ سے حاصل کیا گیا ہے۔ یہ آزادانہ طور پر قابل رسائی ہے اور کسی کے لیے بھی دستیاب ہے۔ اس کے علاوہ، تقریبا ہر ڈیٹا آئٹم مکمل طور پر ٹریس ایبل ہے اور واضح طور پر اصل ماخذ کا حوالہ دیا گیا ہے۔ ری ایف ڈی بی ڈیٹا عوامی ویب انٹرفیس اور ڈاؤن لوڈ کے ذریعے دستیاب ہے۔ خصوصیات ری ایف ڈی بی میں تمام کیمیائی شفٹوں کو کمپیوٹیشنل طور پر ڈی ایس ایس (ایک عام این ایم آر کیمیائی شفٹ معیار) کا حوالہ دیا گیا ہے۔ ریف ڈی بی ایک مسلسل تازہ ترین وسیلہ ہے جو عوامی ڈیٹا بیس (بی ایم آر بی، جین بینک، پروٹین ڈیٹا بینک) سے استفسار کرنے اور ہفتہ وار بنیاد پر تفویض، ترتیب اور ساخت کا ڈیٹا حاصل کرنے کے لیے ویب بوٹس کا استعمال کرتا ہے۔ اس کے بعد یہ ڈیٹا چیکنگ معمولات کا ایک سلسلہ لاگو کرتا ہے (پیرا میگنیٹک یا ڈی نیچرڈ پروٹین کو ہٹانے کے لیے مطلوبہ الفاظ کا استعمال کرتے ہوئے) جس کے بعد کیمیائی شفٹ حوالہ جات کی غلطیوں کی شناخت اور انہیں درست کرنے کے لیے حسابات کا ایک سلسلہ ہوتا ہے۔ ریف ڈی بی مکمل طور پر ویب فعال ڈیٹا بیس ہے، یہ ڈیٹا کو دو معیاری فارمیٹس (این ایم آر-اسٹار اور شفٹی) میں محفوظ کرتا ہے، یہ خودکار ڈیٹا اپ ڈیٹ، چیکنگ اور توثیق انجام دیتا ہے اور یہ آؤٹ پٹ ڈیٹا کو مکمل طور پر ڈاؤن لوڈ کے قابل فلیٹ فائل فارمیٹ کے ساتھ ساتھ ہائپر لنکڈ براؤز ایبل ٹیبل تک کھلی رسائی فراہم کرتا ہے (شکل دیکھیں۔ 2)۔ ریف ڈی بی مطلوبہ الفاظ کے سوالات اور ترتیب کی تلاشوں (مقامی BLAST کا استعمال کرتے ہوئے) کی بھی حمایت کرتا ہے۔ ری ایف ڈی بی کو عام طور پر ہفتہ وار بنیاد پر اپ ڈیٹ کیا جاتا ہے۔ ریف ڈی بی ڈیٹا بیس، اس سے وابستہ سافٹ ویئر کے ساتھ، http://refdb.wishartlab.com اور بی ایم آر بی کی ویب سائٹ پر مفت دستیاب ہے۔ پروٹوکولز ریف ڈی بی کو تین مختلف کمپیوٹر پروگراموں کے امتزاج کا استعمال کرتے ہوئے تیار کیا گیا ہے۔ پہلا پروگرام (شفٹ ایکس) پروٹین 3 ڈی کوآرڈینیٹ ڈیٹا سے ریڑھ کی ہڈی 1 ایچ، 13 سی اور 15 این کیمیائی شفٹوں کا حساب لگاتا ہے۔ دوسرا پروگرام (شفٹکار) مشاہدہ شدہ شفٹوں کے ساتھ حساب شدہ شفٹوں کا موازنہ کرتا ہے، کسی بھی شماریاتی لحاظ سے اہم اختلافات کا جائزہ لیتا ہے اور ضروری کیمیائی شفٹ اصلاحات انجام دیتا ہے۔ تیسرا پروگرام (اپ ڈیٹ) خود بخود کسی بھی متعلقہ پی ڈی بی ڈیٹا کے ساتھ نئے جمع شدہ بی ایم آر بی ڈیٹا کو بازیافت کرتا ہے۔ اپ ڈیٹ ڈیٹا کو شفٹکار کو بھی بھیجتا ہے اور 'درست شدہ' کیمیائی شفٹ فائل کو ریفڈی بی ڈیٹا بیس میں شامل کرتا ہے۔ کیا ریف ڈی بی فراہم کرتا ہے 2162 دوبارہ حوالہ شدہ پروٹین کیمیائی شفٹ فائلوں کا ڈاؤن لوڈ کے قابل ڈیٹا بیس متعلقہ پی ڈی بی اندراجات کے ساتھ بی ایم آر بی اور دوبارہ حوالہ شدہ بی ایم آر بی اندراجات کی ایک جامع فہرست (شکل دیکھیں۔ 2) تمام آر ایف ڈی بی اندراجات کا ایک ٹیب محدود خلاصہ شفٹی فارمیٹ میں ہر پروٹین کی ترتیب کے لیے ثانوی ڈھانچے کی معلومات ریڑھ کی ہڈی کے ایٹموں کے لیے شماریاتی معلومات حوالہ غلطیاں (پی پی ایم میں) ثانوی ڈھانچے کی تفویض کے لیے اوسط ریڑھ کی ہڈی کی کیمیائی شفٹ اقدار (الفا-ہیلکس، بیٹا اور کنڈلی) کیمیائی شفٹ شفٹ پروٹین ڈھانچہ ڈیٹا بیس پروٹین کیمیائی شفٹ پروٹین ثانوی ڈھانچہ پروٹین کیمیائی شفٹ پیشن گوئی کیمیائی شفٹ انڈیکس پروٹین این ایم آر عمومی حوالہ جات کیمیائی ڈیٹا بیس کیمیائی ڈیٹا بیس جوہری مقناطیسی گونج سافٹ ویئر پروٹین طریقے حیاتیاتی ڈیٹا بیس