HCONDELs
ایچ سی او این ڈی ای ایل انسانی جینوم کے اندر حذف ہونے والے علاقوں کا حوالہ دیتے ہیں جن میں ایسے سلسلے ہوتے ہیں جو قریب سے متعلق رشتہ داروں کے درمیان انتہائی محفوظ ہوتے ہیں۔ تقریبا یہ تمام حذفیاں ان علاقوں میں آتی ہیں جو غیر کوڈنگ افعال انجام دیتے ہیں۔ یہ ریگولیٹری ترتیبات کی ایک نئی کلاس کی نمائندگی کرتے ہیں اور ہو سکتا ہے کہ انہوں نے مخصوص خصلتوں اور طرز عمل کی نشوونما میں اہم کردار ادا کیا ہو جو ایک دوسرے سے قریب سے متعلق حیاتیات کو ممتاز کرتے ہیں۔ کسی مخصوص جاندار کے CONDELs کے گروپ کی وضاحت حیاتیات کے پہلے حرف کے ساتھ CONDELs کو پہلے لگا کر کی جاتی ہے۔ مثال کے طور پر، ایچ سی او این ڈی ای ایل انسانوں میں پائے جانے والے سی او این ڈی ای ایل کے گروپ کا حوالہ دیتے ہیں جبکہ ایم سی او این ڈی ای ایل اور سی سی او این ڈی ای ایل بالترتیب ماؤس اور چمپینزی سی او این ڈی ای ایل کا حوالہ دیتے ہیں۔ کونڈلز کی شناخت ہکونڈیل کی اصطلاح پہلی بار 2011 کے نیچر آرٹیکل میں میک لین اور دیگر نے استعمال کی تھی۔ مکمل جینوم موازنہ تجزیہ میں۔ اس میں سب سے پہلے چمپینزی اور مکاک جینومز کے جوڑی کے لحاظ سے موازنہ کے ذریعے 37,251 انسانی حذفیوں (ایچ ڈی ای ایل) کے ذیلی سیٹ کی شناخت کرنا شامل تھا۔ دوسری انواع میں انتہائی محفوظ چمپینزی کے سلسلے کی شناخت اس کے بعد BLASTZ کے ساتھ مکاک، ماؤس اور چکن کے سلسلے کے ساتھ چمپینزی کی جوڑی کے لحاظ سے صف بندی کے ذریعے کی گئی جس کے بعد ملٹیز کے ساتھ جوڑی کے لحاظ سے صف بندی کی متعدد صف بندی کی گئی۔ انتہائی محفوظ چمپینزی کے سلسلے کو بی ایل اے ٹی کا استعمال کرتے ہوئے انسانی جینوم کے خلاف تلاش کیا گیا تاکہ محفوظ علاقوں کی شناخت کی جا سکے جو انسانوں میں موجود نہیں ہیں۔ اس نے حذف کرنے کے 583 علاقوں کی نشاندہی کی جنہیں اس وقت ایچ سی او این ڈی ایل کہا جاتا تھا۔ ان میں سے 510 شناخت شدہ ایچ سی او این ڈی ای ایل کو پھر کمپیوٹیشنل طور پر تصدیق شدہ کیا گیا جن میں سے 39 کو پولیمریز چین ری ایکشن (پی سی آر) کے ذریعے تصدیق شدہ کیا گیا۔ انسانوں میں خصوصیات ایچ سی او این ڈی ایل تقریبا 0.14% چمپینزی جینوم کا احاطہ کرتے ہیں۔ فی الحال شناخت شدہ ایچ سی او این ڈی ای ایل کی تعداد جینوم وسیع موازنہ طریقہ استعمال کرتے ہوئے 583 ہے ؛ تاہم، پولیمریز چین ری ایکشن طریقوں کے ذریعے حذف کرنے کے ان پیش گوئی شدہ علاقوں کی توثیق 510 ایچ سی او این ڈی ای ایل پیدا کرتی ہے۔ ان میں سے بقیہ ایچ سی او این ڈی ایل یا تو غلط مثبت یا غیر موجود جین ہیں۔ پی سی آر کے ذریعے ایچ کونڈلز کی تصدیق کی گئی ہے جن میں سے 88 فیصد نینڈرتھال جینوم کے مسودے سے کھو گئے ہیں۔ ایچ سی او این ڈی ای ایل اوسطا انسانی جینوم سے انتہائی محفوظ ترتیب کے تقریبا 95 بیس جوڑوں (بی پی) کو ہٹا دیتے ہیں۔ ان 510 تصدیق شدہ کونڈیلز کا میڈین سائز تقریبا 2,804 بی پی ہے، اس طرح خصوصیت کو حذف کرنے کی لمبائی میں متنوع رینج ظاہر ہوتا ہے۔ ایچ سی او این ڈی ای ایل کی ایک اور نمایاں خصوصیت (اور شناخت شدہ سی او این ڈی ای ایل کے دیگر گروہ جیسے کہ ماؤس اور چمپینزی سے) یہ ہے کہ وہ خاص طور پر جی سی غریب علاقوں کی طرف مائل ہوتے ہیں۔ تخروپن سے پتہ چلتا ہے کہ ایچ سی او این ڈی ای ایل ہارمون رسیپٹر سگنلنگ اور نیورل فنکشن میں شامل جینوں کے قریب اور فائبرونیکٹن ٹائپ III یا سی ڈی 80 جیسے امیونوگلوبلین سی 2 سیٹ ڈومینز کو انکوڈنگ کرنے والے جینوں کے قریب افزودہ ہوتے ہیں۔ انسانوں میں اثر سیالک ایسڈ کا نقصان 510 شناخت شدہ ایچ سی او این ڈی ای ایل میں سے، ان حذفیوں میں سے صرف ایک کو 92 بی پی ترتیب کو ہٹانے کے لیے دکھایا گیا ہے جو انسانی ترتیب میں پروٹین کوڈنگ خطے کا حصہ ہے۔ حذف کرنا جو انسانوں میں پروٹین کوڈنگ کے علاقے کو متاثر کرتا ہے اس کے نتیجے میں سی ایم اے ایچ جین میں ایک فریم شفٹ میوٹیشن ہوتا ہے جو سائٹیڈائن مونو فاسفیٹ-این-ایکٹیل نیورمینک ایسڈ ہائڈروکسائلیس جیسے پروٹین کے لیے کوڈ کرتا ہے، جو ایک قسم کے سیالیک ایسڈ، این-گلائکول نیورامینک ایسڈ کی پیداوار میں شامل ایک انزائم ہے۔ سیلک ایسڈ سیل سگنلنگ کے راستوں اور تعامل کے عمل میں ایک اہم کردار ادا کرنے کے لیے جانا جاتا ہے۔ اس جین کا نقصان انسانوں میں سیالک ایسڈ کی ناقابل شناخت سطحوں میں واضح ہے لیکن چوہے، سور، چمپینزی اور دیگر ممالیہ بافتوں میں بہت زیادہ موجود ہے اور انسانی ارتقاء کے تاریخی پس منظر کے بارے میں مزید بصیرت فراہم کر سکتا ہے۔ ایچ سی او این ڈی ای ایل کے ہونے کے طریقہ کار اور وقت کو مکمل طور پر نہیں سمجھا گیا ہے لیکن یہ دیکھتے ہوئے کہ محفوظ غیر کوڈنگ کے سلسلے جینوں کے ضابطے، حذف ہونے والے علاقوں میں ان کے نقصان کے ذریعے ایک اہم ترقیاتی کردار ادا کرتے ہیں، یہ توقع کی جاتی ہے کہ ایچ سی او این ڈی ای ایل میں ان کے نقصان کے نتیجے میں ترقیاتی نتائج برآمد ہوں گے جو انسانی مخصوص خصلتوں میں مشاہدہ کیے جا سکتے ہیں۔ میک کلین اور دیگر کے ذریعہ کیے گئے سیٹو ہائبرڈائزیشن تجربات میں۔ اینڈروجن ریسیپٹر (اے آر) لوکس کے قریب ایچ سی او این ڈی ای ایل کے لیے ایل اے سی زیڈ ایکسپریشن کے ساتھ بیسال پروموٹر کے ساتھ مربوط ماؤس تعمیرات کے فیوژن کے ذریعے اور گروتھ گرفتاری اور ڈی این اے-نقصان-قابل پروٹین جی اے ڈی ڈی 45 گاما (جی اے ڈی ڈی 45 جی) لوکس حذف کرنے میں ایک کردار کا مشورہ دیتے ہیں جو انسانوں میں ریگولیٹری ترتیب کو متاثر کرتے ہیں۔ موچھوں اور عضو تناسل کی ریڑھ کی ہڈی کا نقصان اینڈروجن ریسیپٹر (اے آر) جین کے لوکس کے قریب واقع ایک ایچ سی او این ڈی ای ایل انسانوں میں اپنے قریبی رشتہ داروں بشمول چمپینزی کے مقابلے میں موچھوں اور عضو تناسل کی ریڑھ کی ہڈی کے نقصان کا ذمہ دار ہو سکتا ہے۔ 60.7kb hCONDEL جو کہ اے آر لوکس کے قریب واقع ہے، 5 کے بی کے سلسلے کو ہٹانے کے لیے ذمہ دار پایا گیا ہے جو اے آر لوکس کے لیے اضافہ کرنے والے کے لیے کوڈ کرتا ہے۔ لاک زیڈ کے اظہار کے ساتھ ماؤس کی تعمیر کا استعمال کرتے ہوئے اس ایچ سی او این ڈی ای ایل خطے (اے آر بڑھانے والے) کو وائبریسی پودوں کے میسینکائم اور عضو تناسل کے اعضاء کے میسوڈرم خلیوں میں لوکلائزیشن دکھایا گیا۔ دماغ کے سائز میں توسیع بہت سے ایچ سی او این ڈی ایل کورٹیکل نیوروجینسیس کے دوران ظاہر ہونے والے جینوں کے ارد گرد واقع ہوتے ہیں۔ ایک 3,181 بی پی ایچ سی او این ڈی ای ایل جو جی اے ڈی ڈی 45 جی جین کے قریب واقع ہے، ایک فور برین مخصوص پی 300 بڑھانے والی بائنڈنگ سائٹ کو ہٹا دیتا ہے۔ اس خطے کو ہٹانا، جسے دبانے والے کے طور پر کام کرنے کے لیے جانا جاتا ہے، خاص طور پر سیپٹم کے سب وینٹریکلر زون (ایس وی زیڈ) کے پھیلاؤ کو بڑھاتا ہے۔ ایچ سی او این ڈی ای ایل میں اس ایس وی زیڈ بڑھانے والے علاقے کا نقصان ڈی این اے کی ترتیب میں ہونے والی تبدیلیوں کے کردار کے بارے میں مزید بصیرت فراہم کر سکتا ہے جس کے نتیجے میں انسانی دماغ کا ارتقاء ہو سکتا ہے اور انسانوں کے ارتقاء کی بہتر تفہیم فراہم کر سکتا ہے۔ حوالہ جات انسانی جینیات انسانی ارتقاء