Nest (protein structural motif)
گھونسلہ ایک قسم کا پروٹین ساختی موٹف ہے۔ یہ پروٹین اور پیپٹائڈز دونوں کی ایک چھوٹی سی بار بار آنے والی آئن بائنڈنگ خصوصیت ہے۔ ہر ایک تین مسلسل امینو ایسڈ کے باقیات کے مرکزی سلسلہ ایٹموں پر مشتمل ہوتا ہے۔ مرکزی سلسلہ این ایچ گروپ آئنوں کو باندھتے ہیں جبکہ سائیڈ چین ایٹم اکثر شامل نہیں ہوتے ہیں۔ پرولین باقیات میں این ایچ گروپس کی کمی ہوتی ہے اس لیے گھونسلوں میں نایاب ہوتے ہیں۔ پروٹین میں موجود امینو ایسڈ کے باقیات میں سے اوسطا 12 میں سے ایک کا تعلق گھونسلے سے ہوتا ہے۔ گھونسلے کی تشکیل گھونسلے کی تشکیل ایسی ہوتی ہے کہ پہلے اور تیسرے امینو ایسڈ کے باقیات کے این ایچ گروپ منفی طور پر چارج شدہ، یا جزوی طور پر منفی طور پر چارج شدہ، ایٹم، اکثر آکسیجن ایٹم سے منسلک ہائیڈروجن ہونے کے ذمہ دار ہوتے ہیں۔ دوسرے باقیات کا این ایچ بھی اسی ایٹم سے جڑا ہوا ہائیڈروجن ہو سکتا ہے لیکن عام طور پر کچھ دور کی طرف اشارہ کرتا ہے۔ یہ اہم سلسلہ ایٹم ایک کنکیوٹی بناتے ہیں جسے گھونسلہ کہا جاتا ہے جس میں ایک آئنک ایٹم فٹ ہوتا ہے۔ اس طرح کے آئنک ایٹموں کو بعض اوقات انڈے کہا جاتا ہے اور ایک سے زیادہ انڈے گھونسلے سے جڑے ہو سکتے ہیں۔ آنتوں کے سیرائن پروٹیسیس کا آکسیانیون سوراخ گھونسلے کی ایک فعال مثال ہے۔ دوسرا اینٹی بائیوٹک پیپٹائڈ وینکومیسن میں ایک گہری گہا کے نچلے حصے میں ہوتا ہے جو بیکٹیریل سیل وال کی ترکیب کے آخری مراحل کے دوران استعمال ہونے والے ایک کلیدی کاربوکسیلیٹ گروپ کو باندھتا ہے، اس طرح بیکٹیریل خلیوں کو بڑھنے سے روکتا ہے۔ گھونسلوں کی تعریف مرکزی سلسلہ ایٹموں کی تشکیل سے کی جاتی ہے، یعنی گھونسلے میں پہلے دو امینو ایسڈ کے فائی، سائی ڈائیڈرل زاویہ۔ ایک عام (آر ایل) گھونسلے کے لیے فائی =-90° ؛ سائی = 0° ؛ فائی + 1 = 80° ؛ سائی + 1 = 20°۔ گھونسلے ان کی کنکیوٹی کی ڈگری میں مختلف ہوتے ہیں۔ کچھ میں اتنا کم ہوتا ہے کہ کنکیوٹی ختم ہو جاتی ہے۔ یہ پیپٹائڈز اکثر اپنے این ایچ گروپوں کے ذریعے آئنوں کے بجائے اپنے مرکزی سلسلہ سی او گروپوں کے ذریعے کیشنوں کو باندھتے ہیں۔ پوٹاشیم چینل کا مخصوص فلٹر اور ایکواپورین کا پانی کا چینل اس زیادہ لکیری تشکیل کو ظاہر کرتا ہے جس میں کاربونل گروپوں کو پروٹین کے ذریعہ جھلی کے پار مالیکیولز کو منتقل کرنے کے لیے استعمال کیا جاتا ہے۔ یہ قریب لکیری تشکیل وہ بھی ہے جو الفا شیٹ کمپاؤنڈ گھونسلوں کے ایک اسٹرینڈ میں پائی جاتی ہے اگر دو گھونسلے اس طرح اوورلیپ ہوتے ہیں کہ پہلے گھونسلے کا بقیہ i + 1 دوسرے گھونسلے کا بقیہ i ہوتا ہے، تو ایک مرکب گھونسلہ بنتا ہے۔ اس میں تین کے بجائے چار این ایچ گروپ ہیں۔ اگر تین گھونسلے اس طرح اوورلیپ ہوتے ہیں کہ پہلے گھونسلے کے بقیہ i + 1 اور i + 2 دوسرے اور تیسرے گھونسلے کے بقیہ i ہیں، تو پانچ NH گروپوں وغیرہ کے ساتھ ایک وسیع مرکب گھونسلہ بنتا ہے۔ مرکزی سلسلہ ایٹم ایک نامکمل رنگ کا حصہ بنتے ہیں جس میں این ایچ گروپس تقریبا رنگ کے مرکز کی طرف اشارہ کرتے ہیں۔ چونکہ ان کے کنکیوٹیز اکثر سادہ گھونسلوں سے زیادہ وسیع ہوتے ہیں، مرکب گھونسلے عام طور پر پروٹین کے ذریعہ کثیر ایٹم آئنوں جیسے فاسفیٹس کو باندھنے کے لیے استعمال کیے جاتے ہیں، جیسا کہ پی-لوپ یا واکر موفٹس میں، اور آئرن سلفر کلسٹرز میں۔ کم سے کم پیپٹائڈ پی-لوپ کے طور پر ڈیزائن کیا گیا مصنوعی پیپٹائڈ سر-گلی-الا-گلی-لیس-تھر غیر نامیاتی فاسفیٹ کو غیر جانبدار پی ایچ پر مضبوطی سے باندھتا ہوا دکھایا گیا۔ گھونسلے کی اقسام سادہ گھونسلے دو قسم کے ہوتے ہیں جنہیں آر ایل اور ایل آر کہا جاتا ہے جو پہلے دو گھونسلے کے باقیات کے فائی زاویوں کی علامت پر منحصر ہوتا ہے۔ R باقیات میں منفی فائی اقدار ہوتی ہیں (جیسا کہ دائیں ہاتھ والے الفا-ہیلسیس میں) اور L باقیات میں مثبت فائی اقدار ہوتی ہیں (جیسا کہ بائیں ہاتھ والے الفا ہیلکس میں)۔ 80 فیصد گھونسلے آر ایل اور 20 فیصد ایل آر ہوتے ہیں۔ جب دو گھونسلے اوورلیپ ہوتے ہیں تو وہ آر ایل آر یا ایل آر ایل ہو سکتے ہیں۔ جب تین گھونسلے اوورلیپ ہوتے ہیں تو وہ آر ایل آر ایل یا ایل آر ایل آر وغیرہ ہو سکتے ہیں۔ ہر شیلمین لوپ اپنے چھ باقیات میں سے آخری تین میں ایک آر ایل گھونسلے کو شامل کرتا ہے۔ گھونسلہ ترتیب میں اس سے پہلے کاربنیل آکسیجن ایٹموں کو باندھتا ہے۔ متعدد اینٹی باڈی پروٹینوں میں کاربوکسیلیٹ سائیڈ چین سے منسلک ان کے ایچ-چین سی ڈی آرز (تکمیل کا تعین کرنے والے علاقوں) کے ہیئر پن لوپس کے اندر آر ایل آر گھونسلے ہوتے ہیں۔ ان کو مونوکلونل گھونسلے پر مشتمل اینٹی باڈیز کو جنم دینے کے لیے تیار کیا گیا ہے جو فاسفوریلیٹڈ سیرائنز اور تھریونائنز کے ساتھ پروٹین کے لیے مخصوص ہیں۔ زیادہ تر پی ڈی زیڈ ڈومینز میں پہلے بیٹا اسٹرینڈ کے آغاز میں آر ایل گھونسلہ ہوتا ہے، جس میں ڈومین کے پیپٹائڈ یا پروٹین لگینڈ کے سی-ٹرمینس پر کاربوکسیلیٹ گروپ کو پہچاننے کا کام ہوتا ہے۔ حوالہ جات بیرونی روابط محرک پروٹین: ؛ PDBeMotif:. پروٹین ساختی موفٹس ٹرائپپٹائڈز