SABIO-Reaction Kinetics Database
SABIO-RK (سسٹم فار دی اینالیسس آف بائیو کیمیکل پاتھ ویز-ری ایکشن کینیٹکس) ایک ویب قابل رسائی ڈیٹا بیس ہے جو بائیو کیمیکل رد عمل اور ان کی حرکی خصوصیات کے بارے میں معلومات کو محفوظ کرتا ہے۔ SABIO-RK کسی دی گئی منتخب اشاعت کی بنیاد پر رد عمل کی حرکیات پر مقداری معلومات کی رد عمل پر مبنی نمائندگی پر مشتمل ہے۔ یہ تمام دستیاب حرکی پیرامیٹرز کو ان کی متعلقہ شرح مساوات کے ساتھ ساتھ حرکی قانون اور پیرامیٹر کی اقسام اور تجرباتی اور ماحولیاتی حالات پر مشتمل ہے جس کے تحت حرکی ڈیٹا کا تعین کیا گیا تھا۔ مزید برآں، SABIO-RK میں بنیادی بائیو کیمیکل رد عمل اور راستوں کے بارے میں معلومات شامل ہیں جن میں ان کے رد عمل کے شرکاء، سیلولر لوکیشن اور رد عمل کو متحرک کرنے والے انزائموں کے بارے میں تفصیلی معلومات شامل ہیں۔ SABIO-RK ڈیٹا بیس کا مواد SABIO-RK میں جامع انداز میں محفوظ کردہ ڈیٹا بنیادی طور پر ادب سے دستی طور پر نکالا جاتا ہے۔ اس میں رد عمل، ان کے شرکاء (سبسٹریٹس، مصنوعات)، ترمیم کنندگان (انفیکٹرز، ایکٹیویٹرز، کوفیکٹرز)، اتپریرک کی تفصیلات (جیسے۔ ای سی انزائم کی درجہ بندی، پروٹین کمپلیکس کمپوزیشن، وائلڈ ٹائپ/میوٹینٹ معلومات)، متعلقہ شرح مساوات کے ساتھ متحرک پیرامیٹرز، حیاتیاتی ذرائع (حیاتیات، ٹشو، سیلولر لوکیشن)، ماحولیاتی حالات (پی ایچ، درجہ حرارت، بفر) اور حوالہ کی تفصیلات۔ ڈیٹا کو کنٹرول شدہ الفاظ، آنٹولوجیز اور بیرونی ڈیٹا ذرائع بشمول کے ای جی جی، یونیپروٹ، چیبی، پب کیم، این سی بی آئی، ریکٹوم، برینڈا، میٹا سائیک، بائیو ماڈلز، اور پب میڈ کے مطابق ڈھال لیا جاتا ہے، عام کیا جاتا ہے اور اس کی تشریح کی جاتی ہے۔ اکتوبر 2021 تک SABIO-RK میں تقریبا 71.000 کیوریٹڈ سنگل اندراجات ہیں جو 7.300 سے زیادہ اشاعتوں سے نکالی گئی ہیں۔ سسٹمز بائیولوجی میں کئی ٹولز، ڈیٹا بیسز اور ورک فلوز اپنے فریم ورک میں انضمام کے ذریعے SABIO-RK بائیو کیمیکل ری ایکشن ڈیٹا کا استعمال کرتے ہیں جن میں سائکمور، میمو-RK، سیل ڈیزائنر، پیروکسسوم ڈی بی، ٹاورنا ورک فلوز یا ڈیٹا کیپچر اور تجزیہ کے لیے کینیٹکس وزرڈ سافٹ ویئر جیسے ٹولز شامل ہیں۔ مزید برآں، SABIO-RK میریم رجسٹری کا حصہ ہے، جو کمپیوٹیشنل ماڈلز SABIO-RK ڈیٹا بیس تک رسائی کی تشریح اور علاج کے لیے رہنما خطوط کا ایک مجموعہ ہے۔ SABIO-RK کا استعمال مفت ہے۔ تجارتی صارفین کو لائسنس کی ضرورت ہوتی ہے۔ SABIO-RK ڈیٹا تک رسائی کے لیے کئی طریقے پیش کرتا ہے: پروگراماتی رسائی کے لیے براؤزر پر مبنی انٹرفیس RESTful پر مبنی ویب سروسز نتیجہ ڈیٹا سیٹ کو SBML، BioPAX/SBPAX، اور ٹیبل فارمیٹ سمیت مختلف فارمیٹس میں برآمد کیا جا سکتا ہے۔ حوالہ جات بیرونی حوالہ جات SABIO-RK ہوم پیج سسٹمز بائیولوجی بائیو کیمسٹری سالماتی حیاتیات پروٹینز حیاتیاتی ڈیٹا بیس