TimeLogic
ٹائم لاجک ایکٹو موٹف انکارپوریشن کا بائیو انفارمیٹکس ڈویژن ہے۔ کمپنی کا صدر دفتر کارلسبیڈ، کیلیفورنیا میں ہے۔ ٹائم لاجک اعلی کارکردگی والے بائیو انفارمیٹکس اور بائیو کمپیوٹنگ کے میدان میں حیاتیاتی ترتیب کے موازنہ کے لیے ایف پی جی اے-تیز ٹولز تیار کرتا ہے۔ ٹائم لاجک کی بنیاد 1981 میں جیمز ڈبلیو (جم) لنڈیلین نے رکھی تھی اور بائیو انفارمیٹکس کے لیے پہلا تجارتی ہارڈ ویئر تیز کرنے والے ٹولز میں سے ایک تیار کیا، جو اسمتھ-واٹرمین الگورتھم کا ایف پی جی اے تیز تر ورژن ہے۔ ٹائم لاجک کے ڈی سائفر سسٹمز نے فیلڈ پروگرام ایبل گیٹ ایرے (ایف پی جی اے) ٹیکنالوجی کا استعمال کرتے ہوئے ہر جگہ موجود بائیو انفارمیٹکس الگورتھم BLAST، Smith-Waterman، اور HMMER کے تیز عمل درآمد فراہم کرنے کے لیے توسیع کی ہے۔ 2003 میں، ٹائم لاجک کو ایکٹو موٹف نے حاصل کیا، جو ایک بائیوٹیکنالوجی ریجینٹ کمپنی ہے جسے انویٹروجن کے شریک بانی جوزف فرنانڈیز نے شروع کیا تھا۔ 2008 میں، ٹائم لاجک نے ڈی سائفر سسٹمز پر تیز رفتار الگورتھم کے ساتھ جینیئس پرو کو مربوط کرنے کے لیے بائیو میٹرز کے ساتھ شراکت قائم کی۔ 2011 میں، ٹائم لاجک نے مشترکہ طور پر تیز رفتار کمپیوٹیشنل ٹولز تیار کرنے کے لیے بییل فیلڈ یونیورسٹی کے سینٹر فار بائیوٹیکنالوجی (سی ای بی آئی ٹی ای سی) کے ساتھ شراکت قائم کی۔ منتخب سائنسی شراکت تیز رفتار بائیو انفارمیٹکس الگورتھم نے ہائی تھرو پٹ جینومکس میں اہم کردار ادا کیا ہے، اور ڈی سائفر سسٹم کو 180 سے زیادہ ہم مرتبہ جائزہ لینے والے سائنسی تحقیقی مضامین میں جینومک دریافت کے لیے ایک فعال ٹیکنالوجی کے طور پر بڑے پیمانے پر شائع کیا گیا ہے، جس میں ذیل میں منتخب کردہ سنگ میل بھی شامل ہیں: 1997 میں، ای کولی کے 12 جینوم کی پہلی مکمل ترتیب کی تشریح نے ڈی سائفر اسمتھ-واٹر مین کا استعمال کیا تاکہ نئے ترجمہ شدہ ترتیبات کی تقریب کا تعین کیا جا سکے۔ 2002 میں، چاول کے جینوم، پہلی مکمل طور پر ترتیب شدہ فصل، کو ڈی سائفر فریم سرچ کا استعمال کرتے ہوئے "انڈلز کی وجہ سے ہونے والی فریم شفٹوں کی اصلاح کا پتہ لگانے اور رہنمائی کرنے کے لیے" بیان کیا گیا تھا۔ 2004 میں، پلانٹ پرجیوی نیماتوڈس میں افقی جین کی منتقلی کے مطالعہ کے لیے ایک اعلی تھرو پٹ جینومک نقطہ نظر ڈی سائفر ٹیرا-بلاسٹ کا استعمال کرتے ہوئے انجام دیا گیا، جو کہ ٹائم لاجک کا BLAST الگورتھم کا نفاذ ہے۔ 2007 میں، جادوگر II گلوبل اوشین سیمپلنگ ایکسپیڈیشن (جی او ایس) کے ذریعہ تیار کردہ میٹاجینومکس سیکوینسز کی ایچ ایم ایم پروفائلنگ ڈی سائفر ایچ ایم ایم کا استعمال کرتے ہوئے 1700 نئے پروٹین خاندانوں کو دریافت کرنے کے لیے انجام دی گئی اور 6000 سیکوینسز سے میل کھاتی ہے جو پہلے سائنسی ادب میں او آر ایف این کے طور پر درجہ بند تھے۔ ڈاکٹر کریگ وینٹر نے اپنی سوانح عمری میں ٹائم لاجک کو کریڈٹ دیتے ہوئے کہا کہ ڈی سائفر سسٹم نے "شدت کی ایک ترتیب یا اس سے دو زیادہ کارکردگی کا مظاہرہ کیا جو پہلے حاصل کیا گیا تھا۔ حتمی حساب کتاب میں دو ہفتے لگے لیکن یہ ایک معیاری کمپیوٹر پر ایک صدی سے زیادہ عرصے تک چلتی۔ نیز 2007 میں، سویابین کے پیتھوجین فوزیریم ورگولفارم کا ایک جسمانی نقشہ ڈی سائفر جین ڈیٹیکٹو کے ساتھ شناخت شدہ بیرونی ٹکڑوں کا استعمال کرتے ہوئے تیار کیا گیا تھا۔ 2011 میں، مویشیوں میں جینومک تغیر کی عالمی تشخیص ڈی سائفر ٹیرا-بلاسٹ کا استعمال کرتے ہوئے کی گئی تھی تاکہ "ایس این پی سائٹس کی کروموسومل پوزیشنوں کا درست پتہ لگایا جا سکے"۔ پروڈکٹس ڈی سائفر سرور ایک اعلی کارکردگی والا سرور ہے جس میں ڈی سائفر مماثلت سرچ انجن ایف پی جی اے پر مبنی ایکسلریٹر ہے جسے ٹائم لاجک کے تمام تیز رفتار سرچ الگورتھم کو چلانے کے لیے فلائی پر دوبارہ پروگرام کیا جا سکتا ہے۔ ٹیرا-بلاسٹ ایک تیز رفتار بلاسٹ الگورتھم کا نفاذ ہے، جس میں ٹیرا-بلاسٹ، ٹیرا-بلاسٹ، ٹیرا-بلاسٹ، ٹیرا-ٹی بی ایل اے ایس ٹی، اور ٹیرا-ٹی بی ایل اے ایس ٹی شامل ہیں۔ ٹیرا-بلاسٹ میں ٹیرا-پروب بھی شامل ہے، جو تحقیقات کے ڈیزائن کے لیے ایک ملکیتی الگورتھم ہے۔ ڈی سائفر اسمتھ-واٹرمین ایک تیز رفتار اسمتھ-واٹرمین الگورتھم کا نفاذ ہے، جس میں فریم سرچ بھی شامل ہے۔ ڈی سیفر ایچ ایم ایم ایک تیز رفتار ایچ ایم ایم ای آر الگورتھم کا نفاذ ہے، جس میں ایچ ایف ایس ٹی بھی شامل ہے، جو ایک فریم شفٹ روادار ایچ ایم ایم سرچ ہے۔ جین ڈیٹیکٹو یوکرائیوٹک جینومز میں جینز، انٹرن، ایکسونز اور اسپلیس سائٹس کی دریافت کے لیے ایوان برنی کے جین وائز کی طرح ایک تیز عمل درآمد ہے۔ پائپ ورکس ایکسلریٹڈ بائیو انفارمیٹکس پائپ لائنز کے ڈیزائن کے لیے ڈریگ اینڈ ڈراپ گرافیکل انٹرفیس ہے۔ بائیو انفارمیٹکس کمپنیوں کی فہرست بھی دیکھیں حوالہ جات بائیو انفارمیٹکس بائیو انفارمیٹکس کمپنیاں کارلسبیڈ، کیلیفورنیا میں مقیم بائیو انفارمیٹکس سافٹ ویئر کمپیوٹیشنل سائنس کمپنیاں