Death Domain database
ڈیتھ ڈومین ڈیٹا بیس ڈیتھ ڈومین سپر فیملی کے پروٹین-پروٹین تعاملات (پی پی آئی) کا ایک ثانوی ڈیٹا بیس ہے۔ اس سپر فیملی کے ممبران اپوپٹوسس، سوزش، نیکروسس، اور امیون سیل سگنلنگ کے راستوں میں کلیدی کھلاڑی ہیں۔ منفی موت ڈومین سپر فیملی کی ثالثی والے سگنلنگ واقعات کے نتیجے میں مختلف انسانی بیماریاں ہوتی ہیں جن میں کینسر، نیوروڈیجینریٹیو بیماریاں، اور امیونولوجیکل عوارض شامل ہیں۔ ڈیتھ ڈومین ڈیٹا بیس بنانا بائیو میڈیکل کے شعبے میں محققین کے لیے خاص دلچسپی کا باعث ہے کیونکہ یہ ڈیتھ ڈومین کے تعاملات میں شامل مالیکیولر میکانزم کو مزید سمجھنے کے قابل بناتا ہے جبکہ انٹرایکشن میپ جیسے ٹولز تک آسان رسائی بھی فراہم کرتا ہے جو پروٹین-پروٹین انٹرایکشن نیٹ ورک اور معلومات کی وضاحت کرتا ہے۔ فی الحال صرف ایک ڈیٹا بیس ہے جو خصوصی طور پر ڈیتھ ڈومینز کو دیکھتا ہے لیکن دوسرے ڈیٹا بیس اور وسائل موجود ہیں جن میں اس سپر فیملی کے بارے میں معلومات موجود ہیں۔ پب میڈ کے مطابق، اس ڈیٹا بیس کا حوالہ آج تک سات ہم مرتبہ جائزہ لینے والے مضامین نے دیا ہے کیونکہ اس میں ڈیتھ ڈومینز اور ان کے پی پی آئی خلاصوں کے بارے میں وسیع اور مخصوص معلومات موجود ہیں۔ ڈیتھ ڈومین سپر فیملی ارتقاء کے لحاظ سے محفوظ ڈیتھ ڈومین سپر فیملی کی تعریف ڈیتھ فولڈ موٹف سے کی جاتی ہے جو کئی پروٹین انٹرایکشن ڈومینز کے ذریعے تشکیل پاتا ہے۔ ڈومینز چھ سے سات مضبوطی سے کنڈلی والے الفا-ہیلسیس پر مشتمل ہوتے ہیں جو "یونانی کلیدی فولڈ" میں ترتیب دیے جاتے ہیں۔ اس سپر فیملی کو سب سے بڑے اور سب سے زیادہ مطالعہ شدہ پروٹین پروٹین انٹرایکشن (پی پی آئی) نیٹ ورک میں سے ایک سمجھا جاتا ہے۔ ڈیتھ ڈومین ذیلی خاندانوں کی چار قسمیں ہیں: ڈیتھ ایفیکٹر ڈومین (ڈی ای ڈی)، کیسپیس ریکروٹمنٹ ڈومین (کارڈ)، پائرن ڈومین (پی وائی ڈی)، اور ڈیتھ ڈومین (ڈی ڈی)۔ ان ذیلی خاندانوں کے ڈومینز کو ان کی ترتیب اور ساخت میں مماثلت کی وجہ سے ایک ساتھ گروپ کیا گیا ہے۔ تاہم، اسی طرح کے ہونے کے باوجود، ہر ڈومین کی اپنی وضاحتی ساختی خصوصیت ہوتی ہے: ڈی ای ڈی میں ایک آر ایکس ڈی ایل-موٹف، کارڈز میں ایک رکاوٹ، پہلا ہیلکس، پی وائی ڈی میں ایک چھوٹا (یا بعض اوقات مبہم) تیسرا ہیلکس، اور ڈی ڈی میں ایک زیادہ بے نقاب، لچکدار تیسرا ہیلکس۔ اس ذیلی خاندان کے اراکین صرف ایک ہی قسم کے ذیلی خاندان کے ڈومین کے ساتھ ہوموٹائپک بانڈ بناتے ہیں۔ مثال کے طور پر، ڈی ای ڈی صرف ڈی ای ڈی، کارڈ-کارڈ، پی وائی ڈی-پی وائی ڈی اور ڈی ڈی-ڈی ڈی کے ساتھ پابند ہوگا۔ یہ ہوموٹائپک تعاملات ایک ہی ڈومین کے صرف دو ممبروں کے ساتھ ہوتے ہیں (یا شاذ و نادر مواقع پر زیادہ کے ساتھ) اور اس بات کا کوئی ثبوت نہیں ملا ہے کہ ان ڈومینز میں ایک دوسرے کے ساتھ ہیٹروٹائپک تعاملات ہوتے ہیں۔ ڈیتھ ڈومین ذیلی خاندان ڈیتھ ایفیکٹر ڈومین (ڈی ای ڈی) ڈی ای ڈی ڈومینز کورڈاٹا فیلم میں انتہائی محفوظ ہیں اور اچینوڈرماٹا فیلم اور وائرس میں چھوٹے فیصد میں بھی پائے جا سکتے ہیں۔ ڈی ای ڈی پر مشتمل پروٹین کیسپیس پروٹین کے تعامل کے ساتھ اپوپٹوسس ریگولیشن سے وابستہ ہیں اور ممالیہ جانوروں میں نمایاں طور پر دستاویزی ہیں۔ ڈی ای ڈی ڈومینز کو دوسرے ڈومینز کے ساتھ تعامل کرنے کے لیے جانا جاتا ہے اور ان میں شامل ہیں: نیوکلیئر لوکلائزیشن کے سلسلے (ڈی ای ڈی ڈی میں)، ٹرانس میمبرین ڈومینز (بی اے پی 31 اور بار میں)، نیوکلیوٹائڈ بائنڈنگ ڈومینز (ڈی اے پی 3 میں)، ایس اے ایم ڈومینز (بار میں)، کوائلڈ کوئل ڈومینز (ہپ اور ہپی میں)، اور ای 2 بائنڈنگ رنگ ڈومینز (بار میں)۔ کیسپیس ریکروٹمنٹ ڈومین (کارڈ) کارڈ ڈومینز بنیادی طور پر کورڈیٹس میں پائے جاتے ہیں، جن میں سے بہت سے جانوروں کی بادشاہی سے ہیں، اور نیماٹوڈا اور ایچینوڈرماٹا فائیلا میں چھوٹے فیصد میں پائے جاتے ہیں۔ کارڈ ڈومین پر مشتمل پروٹین ماڈیول apoptosis سے وابستہ ہیں، کیسپیس کے ضابطے کے ذریعے جن کے ساتھ وہ تعامل کر رہے ہیں، نیز NF-cappaB سگنلنگ راستوں میں اس کی شرکت کے ذریعے سوزش کے عمل میں۔ پائرن ڈومین (پی وائی ڈی) پی وائی ڈی ڈومین، جسے ڈومین ان اپوپٹوسس اینڈ انٹرفیرون رسپانس (ڈی اے پی آئی این) ڈومین بھی کہا جاتا ہے، عام طور پر ریڑھ کی ہڈی والے جانوروں اور وائرل پروٹین میں پایا جاتا ہے اور یہ اپوپٹوسس، کینسر اور سوزش میں ملوث ہوتا ہے۔ ڈیتھ ڈومین سپر فیملی کے 4 اراکین میں اس گروپ کے افعال کو سب سے کم سمجھا جاتا ہے۔ ڈیتھ ڈومین (ڈی ڈی) یہ ڈومین بنیادی طور پر جانوروں کی بادشاہی میں پایا جاتا ہے، خاص طور پر ممالیہ جانوروں میں، جن کے پاس پی پی آئی کی بہت سی مختلف اقسام ہیں جن میں ڈیتھ ڈومینز ہوتے ہیں۔ اسمارٹ کے نان ریڈینڈینٹ ڈیٹا بیس کے مطابق، ممالیہ جانوروں کے پاس تقریبا 61 فیصد معروف ڈی ڈی ڈومینز ہیں۔ ڈی ڈی پر مشتمل پروٹین، کارڈ ڈومین کی طرح، اپوپٹوسس اور سوزش سے وابستہ ہوتے ہیں۔ اسے پیدائشی قوت مدافعت سے بھی جوڑا گیا ہے۔ ڈی ڈیز دیگر قسم کے ڈومینز کے ساتھ بھی مل سکتے ہیں جن میں انکیرن ریپیٹس، کیسپیس جیسی فولڈز، کینیز ڈومینز، لیوسین زپرز، لیوسین سے بھرپور ریپیٹس (ایل آر آر)، ٹی آئی آر ڈومینز، اور زیڈ یو 5 ڈومینز شامل ہیں۔ جائزہ Deathdomain.org ابتدائی طور پر Kwon et al نے بنایا تھا۔ (2012) ڈیتھ ڈومین سپر فیملی میڈیٹڈ سگنلنگ پاتھ وے میں مزید تحقیق کو متحرک کرنے کے لیے۔ ان کا ڈیٹا بیس دستی طور پر تیار کیا گیا ہے اور ڈیتھ ڈومین سپر فیملی اور اس کے پروٹین-پروٹین تعاملات کے بارے میں تفصیلی معلومات فراہم کرنے پر مرکوز ہے۔ کوون اور ان کی ٹیم نے پی پی آئی ماڈیولز اور ان سے وابستہ ڈیتھ ڈومینز پر توجہ مرکوز کرنے والے 295 شائع شدہ ہم مرتبہ جائزہ لینے والے مطالعات کی تحقیق، مرتب اور ان کا علاج کرکے آغاز کیا۔ ڈیٹا بیس اب صارفین کو 311 ہم مرتبہ جائزہ لینے والے مطالعات سے معلومات فراہم کرتا ہے، جو اصل اشاعت سے معمولی اضافہ ہے۔ یہ ڈیٹا بیس فراہم کرتا ہے: ڈیتھ ڈومین سپر فیملی پروٹینز اور متعلقہ پی پی آئی ڈیٹا کا جامع خلاصہ ادب، ڈومین ڈھانچہ، اور تجرباتی وسائل سے متعلقہ تجزیاتی طریقوں کے بارے میں معلومات ڈیتھ ڈومین سپر فیملی کی ثالثی میں سگنلنگ نیٹ ورک پر سیکھنے اور تحقیق کو آسان بنانے کے لیے خصوصیات اور ٹولز (سرچ انجن، ایک تعامل کا نقشہ، اور دیگر ڈیٹا بیس سے معلومات کا موازنہ کرنے کے لیے لنکس) ڈیٹا بیس پب میڈ ڈیٹا بیس کی تعمیر DeathDomain.org ڈیٹا بیس میں ڈیٹا اکٹھا کرنے کے لیے استعمال ہونے والا بنیادی ذریعہ تھا۔ سائٹ کے مصنفین نے یونیپروٹ کے بی اور اینٹریز جین سے 99 ڈیتھ ڈومین سپر فیملی پروٹین کے مترادفات تلاش کرکے شروعات کی۔ پروٹین کے نام کے ساتھ ساتھ، ڈیتھ ڈومین پروٹین کے لیے پڈمیڈ ڈیٹا بیس میں مضامین تلاش کرنے کے لیے مترادفات استعمال کیے گئے جو دوسرے پروٹین کے ساتھ جسمانی طور پر جڑے ہونے میں شامل تھے۔ اس بات کو یقینی بنانے کے لیے کہ تمام متعلقہ مضامین کو مطالعہ میں شامل کیا گیا تھا، ڈی آئی پی، انٹ ایکٹ، ایم آئی این ٹی اور اسٹرینگ ڈیٹا بیس پر مزید تلاشی لی گئی۔ مصنفین 295 ہم مرتبہ جائزہ لینے والے مضامین کو تلاش کرنے اور دستی طور پر تیار کرنے کے قابل تھے جن میں 99 ڈی ڈی سپر فیملی پروٹین کے درمیان 175 پی پی آئی جوڑوں پر تبادلہ خیال کیا گیا تھا۔ یہ تعداد اصل اشاعت کے بعد سے بڑھ کر 311 ہم مرتبہ جائزہ لینے والے کاغذات تک پہنچ گئی ہے جن میں 99 ڈی ڈی سپر فیملی پروٹین کے درمیان 181 پی پی آئی جوڑوں پر تبادلہ خیال کیا گیا ہے۔ ادب میں اعداد و شمار کو درست کرنے کے لیے، مصنفین نے تجزیاتی طریقوں، تجرباتی نتائج، وسائل اور ناموں پر توجہ مرکوز کرنے کا انتخاب کیا۔ اگر کاغذات میں ناکافی ڈیٹا تھا، تو صارفین کو ان حصوں میں "متعین نہیں" نظر آئے گا۔ خصوصیات ڈی ڈی سپر فیملی اور پی پی آئی کا خلاصہ اس خصوصیت تک دلچسپی کے ڈیتھ ڈومین کو منتخب کرکے اور اس ڈومین پر مشتمل پروٹین کو منتخب کرنے کے لیے سب ٹیب کا استعمال کرکے رسائی حاصل کی جا سکتی ہے۔ یہ صارف کو معلومات کی دولت تک لے جائے گا جسے بڑی تفصیل سے دیکھا جا سکتا ہے ("تفصیل سے" ٹیب) یا کم تفصیل سے ("ایک نظر میں" ٹیب) اوپر (شکل۔ 1 ڈی اور 1 سی، بالترتیب)۔ اعداد و شمار کو مزید تین زمروں میں تقسیم کیا گیا ہے: تعامل، خصوصیت، اور فعال کردار۔ ان زمروں کا انتخاب اس لیے کیا گیا کیونکہ انہیں اسی طرح کے مطالعات میں استعمال کیا گیا تھا۔ زیادہ تر معاملات میں، ہر پی پی آئی کے لیے، صارفین پب میڈ آئی ڈی پر کلک کر کے، عنوان، خلاصہ، مصنفین، مضمون میں مذکور تعاملات، اور اشاعت کا لنک سمیت تفصیلات دے کر ان کے بارے میں مزید جان سکتے ہیں۔ دیگر ذیلی عنوان والے ٹیب پروٹین کی معلومات تک رسائی فراہم کرتے ہیں جن میں پروٹین کا پورا نام، متبادل نام، فنکشن، اور ڈیتھ ڈومین ذیلی خاندان اور باؤنڈری ریجن شامل ہیں۔ مؤخر الذکر صارفین کو آسانی سے یونیپروٹ کے بی/سوئس-پروٹ اور یونیپروٹ کے بی/ٹری ایم بی ایل ڈیٹا بیس سے ایم بی ایل، جین بینک یا فاسٹا فارمیٹ میں امینو ایسڈ کے سلسلے اور ڈومین کی حدود حاصل کرنے کی اجازت دیتا ہے۔ بیرونی ڈیٹا بیس لنک پر کلک کرکے، صارفین یہ معلومات دیگر انواع میں پائے جانے والے ڈومین پر مشتمل پروٹین کے لیے حاصل کر سکتے ہیں۔ وہ مناسب شناختی نمبر پر کلک کر کے اسی طرح کے ڈیٹا بیس (یونیپروٹ، ڈی آئی پی، اسٹرینگ، کے ای جی جی، انٹ ایکٹ، اور ایم آئی این ٹی) کے بارے میں مزید معلومات تک رسائی حاصل کر سکتے ہیں۔ آخری دو ٹیب صارفین کو "3-D ساخت" ٹیب کے تحت ڈاؤن لوڈ کے قابل 3-D ساخت کی تصاویر اور "بیماری" ٹیب کے تحت قدرتی تغیرات اور متعلقہ بیماریوں کے بارے میں فراہم کریں گے۔ 1 ای)۔ اعداد و شمار کا صفحہ ڈیٹا بیس میں استعمال ہونے والی اشاعتوں کی فہرست (اشاعت کے سال کے لحاظ سے الگ) پر مشتمل ہوتا ہے اور ہائپر لنک کے ذریعے اس تک رسائی حاصل کی جا سکتی ہے۔ یہ صفحہ فی ڈومین پی پی آئی کی تعداد کا ٹیبل شدہ خلاصہ بھی پیش کرتا ہے اور ان کے پی پی آئی خلاصہ صفحہ سے بھی ہائپر لنک ہوتا ہے۔ ایک اور ٹیبل شدہ خصوصیت ڈیتھ ڈومین ڈیٹا بیس پر پائے جانے والے ڈی ڈی سپر فیملی ثالثی پی پی آئی جوڑوں کا موازنہ دیگر پی پی آئی ڈیٹا بیس سے ہے۔ یہ صفحہ صارفین کو واضح کرتا ہے کہ ان کے ڈیٹا بیس میں Deathbase.org سے زیادہ پی پی آئی جوڑے ہیں اور یہ نمبر انٹ ایکٹ اور منٹ کے برابر ہے۔ دیگر وسائل حوالہ جات بیرونی روابط http://www.deathdomain.org http://arquivo.pt/wayback/20160515224643/http:// www. deathbase. org/Biology ڈیٹا بیس پروٹین ڈومینز