ChIP-on-chip
چپ-آن-چپ (جسے چپ-چپ بھی کہا جاتا ہے) ایک ایسی ٹیکنالوجی ہے جو کرومیٹن امیونوپریسیپیٹیشن ('چپ') کو ڈی این اے مائیکرو ارے ("چپ") کے ساتھ جوڑتی ہے۔ باقاعدہ چپ کی طرح، چپ آن چپ کا استعمال ویو میں پروٹین اور ڈی این اے کے درمیان تعاملات کی تحقیقات کے لیے کیا جاتا ہے۔ خاص طور پر، یہ جینوم کی بنیاد پر ڈی این اے بائنڈنگ پروٹین کے لیے سسٹروم، بائنڈنگ سائٹس کا مجموعہ، کی شناخت کی اجازت دیتا ہے۔ دلچسپی کے تقریبا کسی بھی پروٹین کے لیے بائنڈنگ سائٹس کے مقامات کا تعین کرنے کے لیے مکمل جینوم تجزیہ کیا جا سکتا ہے۔ جیسا کہ تکنیک کے نام سے پتہ چلتا ہے، اس طرح کے پروٹین عام طور پر وہ ہوتے ہیں جو کرومیٹن کے تناظر میں کام کرتے ہیں۔ اس طبقے کے سب سے نمایاں نمائندے نقل کے عوامل، نقل سے متعلق پروٹین، جیسے اوریجن ریکگنیشن کمپلیکس پروٹین (او آر سی)، ہسٹون، ان کی مختلف حالتیں، اور ہسٹون میں تبدیلیاں ہیں۔ چپ-آن-چپ کا مقصد پروٹین بائنڈنگ سائٹس کا پتہ لگانا ہے جو جینوم میں فعال عناصر کی شناخت میں مدد کر سکتے ہیں۔ مثال کے طور پر، ٹرانسکرپشن فیکٹر کے معاملے میں دلچسپی کے پروٹین کے طور پر، کوئی بھی پورے جینوم میں اس کے ٹرانسکرپشن فیکٹر بائنڈنگ سائٹس کا تعین کر سکتا ہے۔ دیگر پروٹین پروموٹر علاقوں، بڑھانے والے، دبانے والے اور خاموش کرنے والے عناصر، موصلیت، باؤنڈری عناصر، اور ترتیبات کی شناخت کی اجازت دیتے ہیں جو ڈی این اے کی نقل کو کنٹرول کرتے ہیں۔ اگر ہسٹون دلچسپی کا موضوع ہیں، تو یہ خیال کیا جاتا ہے کہ ترمیم کی تقسیم اور ان کی لوکلائزیشن ریگولیشن کے طریقہ کار میں نئی بصیرت پیش کر سکتی ہے۔ چپ-آن-چپ کے طویل مدتی اہداف میں سے ایک (منتخب) حیاتیات کا ایک کیٹلاگ قائم کرنا ہے جو مختلف جسمانی حالات کے تحت تمام پروٹین-ڈی این اے تعاملات کی فہرست بناتا ہے۔ یہ علم بالآخر جین کے ضابطے، خلیوں کے پھیلاؤ اور بیماری کی ترقی کے پیچھے کی مشینری کو سمجھنے میں مدد کرے گا۔ لہذا، چپ-آن-چپ نیوکلیوٹائڈ کی سطح پر جینوم کے آرکیسٹریشن کے بارے میں ہمارے علم کو مکمل کرنے اور معلومات اور ضابطے کی اعلی سطحوں کے بارے میں معلومات فراہم کرنے کی صلاحیت پیش کرتا ہے کیونکہ یہ ایپیجینٹکس پر تحقیق کے ذریعے پھیلائی جاتی ہے۔ تکنیکی پلیٹ فارم چپ-آن-چپ تجربات کرنے کے تکنیکی پلیٹ فارم ڈی این اے مائیکرو ارے یا "چپس" ہیں۔ انہیں مختلف خصوصیات کے مطابق درجہ بندی اور ممتاز کیا جا سکتا ہے: تحقیقات کی قسم: ڈی این اے صفوں میں یا تو میکانکی طور پر دھبے دار سی ڈی این اے یا پی سی آر مصنوعات، میکانکی طور پر دھبے دار اولیگونیوکلیوٹائڈز، یا اولیگونیوکلیوٹائڈز شامل ہو سکتے ہیں جو سیٹو میں ترکیب کیے جاتے ہیں۔ مائیکرو ایری کے ابتدائی ورژن کو اظہار شدہ جینومک علاقوں (اوپن ریڈنگ فریم عرف او آر ایف) سے آر این اے کا پتہ لگانے کے لیے ڈیزائن کیا گیا تھا۔ اگرچہ اس طرح کی صفوں جین کے اظہار کے پروفائلز کا مطالعہ کرنے کے لیے بالکل موزوں ہیں، لیکن ان کی اہمیت CHIP تجربات میں محدود ہے کیونکہ اس تکنیک کے حوالے سے زیادہ تر "دلچسپ" پروٹین بین جنیاتی علاقوں میں جڑے ہوتے ہیں۔ آج کل، اپنی مرضی کے مطابق بنائی گئی صفوں کو بھی کسی تجربے کی ضروریات کے مطابق ڈیزائن اور ٹھیک کیا جا سکتا ہے۔ نیز، نیوکلیوٹائڈز کی کسی بھی ترتیب کو جینک کے ساتھ ساتھ انٹرجینک علاقوں کا احاطہ کرنے کے لیے ترکیب کیا جا سکتا ہے۔ تحقیقات کا سائز: سی ڈی این اے صفوں کے ابتدائی ورژن کی تحقیقات کی لمبائی تقریبا 200 بی پی تھی۔ جدید ترین صف ورژن اولیگوس کو 70-(مائیکرواریز، انکارپوریٹڈ) سے لے کر 25-مرز (ایفیمیٹریکس) تک مختصر استعمال کرتے ہیں۔ (فروری 2007) تحقیقات کی ساخت: ٹائلڈ اور غیر ٹائلڈ ڈی این اے صف موجود ہیں۔ غیر ٹائلڈ صفوں میں غیر مقامی معیار کے مطابق منتخب کردہ تحقیقات کا استعمال کیا جاتا ہے، یعنی تحقیقات کے طور پر استعمال ہونے والے ڈی این اے کے سلسلے میں جینوم میں کوئی مقررہ فاصلہ نہیں ہوتا ہے۔ ٹائلڈ صف، تاہم، ایک جینومک ریجن (یا یہاں تک کہ ایک مکمل جینوم) کا انتخاب کرتے ہیں اور اسے مساوی حصوں میں تقسیم کرتے ہیں۔ اس طرح کے علاقے کو ٹائل والا راستہ کہا جاتا ہے۔ پڑوسی حصوں کے ہر جوڑے کے درمیان اوسط فاصلہ (ہر حصے کے مرکز سے ماپا جاتا ہے) ٹائل والے راستے کا حل دیتا ہے۔ ایک راستہ اوور لیپنگ، اینڈ ٹو اینڈ یا اسپیسڈ ہو سکتا ہے۔ صف کا سائز: چپ-آن-چپ کے لیے استعمال ہونے والی پہلی مائیکرو ایریز میں تقریبا 13,000 دھبے دار ڈی این اے کے حصے تھے جو خمیر کے جینوم سے تمام او آر ایف اور انٹرجینک علاقوں کی نمائندگی کرتے ہیں۔ آج کل، ایفیمیٹریکس 5 بی پی (تمام 32 لاکھ تحقیقات میں) کے ریزولوشن کے ساتھ پورے جینوم ٹائل والے خمیر کی صفوں کو پیش کرتا ہے۔ انسانی جینوم کے لیے ٹائلڈ صف بھی زیادہ سے زیادہ طاقتور ہو جاتے ہیں۔ صرف ایک مثال کے طور پر، ایفیمیٹریکس تقریبا 90 ملین تحقیقات کے ساتھ سات صفوں کا ایک مجموعہ پیش کرتا ہے، جو تقریبا 35 بی پی کے فاصلے کے ساتھ انسانی جینوم کے مکمل غیر تکراری حصے پر پھیلا ہوا ہے۔ (فروری 2007) اصل مائیکرو ارے کے علاوہ، چپ-آن-چپ تجربات کو چلانے کے لیے دیگر ہارڈ اور سافٹ ویئر کا سامان ضروری ہے۔ عام طور پر ایسا ہوتا ہے کہ ایک کمپنی کے مائیکرو ارے کا تجزیہ دوسری کمپنی کے پروسیسنگ ہارڈ ویئر کے ذریعے نہیں کیا جا سکتا۔ لہذا، ایک صف خریدنے کے لیے متعلقہ ورک فلو کا سامان خریدنے کی بھی ضرورت ہوتی ہے۔ سب سے اہم عناصر، دوسروں کے درمیان، ہائبرڈائزیشن اوون، چپ اسکینر، اور خام ڈیٹا کے بعد کے عددی تجزیے کے لیے سافٹ ویئر پیکیجز ہیں۔ ایک حیاتیاتی سوال سے شروع کرتے ہوئے، ایک چپ-آن-چپ تجربے کو تین بڑے مراحل میں تقسیم کیا جا سکتا ہے: پہلا مناسب صف اور تحقیقات کی قسم کا انتخاب کرکے تجربے کو ترتیب اور ڈیزائن کرنا ہے۔ دوسرا، اصل تجربہ ویٹ لیب میں کیا جاتا ہے۔ آخر میں، سائیکل کے ڈرائی لیب حصے کے دوران، جمع کردہ ڈیٹا کا تجزیہ کیا جاتا ہے تاکہ یا تو ابتدائی سوال کا جواب دیا جا سکے یا نئے سوالات کی طرف لے جایا جا سکے تاکہ سائیکل دوبارہ شروع ہو سکے۔ ورک فلو کا ویٹ لیب حصہ پہلے مرحلے میں پروٹین آف انٹرسٹ (پی او آئی) کو ڈی این اے سائٹ کے ساتھ کراس لنک کیا جاتا ہے جس سے یہ ان وٹرو ماحول میں جڑا ہوتا ہے۔ عام طور پر یہ ایک نرم فارملڈیہائیڈ فکسشن کے ذریعے کیا جاتا ہے جو گرمی کے ساتھ بدلنے کے قابل ہوتا ہے۔ پھر، خلیوں کو بند کر دیا جاتا ہے اور ڈی این اے کو سونکیشن یا مائیکروکوکل نیوکلیز کا استعمال کرتے ہوئے کاٹا جاتا ہے۔ اس کے نتیجے میں ڈی این اے کے ٹکڑوں کے ڈبل پھنسے ہوئے ٹکڑے ہوتے ہیں، جن کی لمبائی عام طور پر 1 کے بی یا اس سے کم ہوتی ہے۔ جو پی او آئی سے جڑے ہوئے تھے وہ پی او آئی-ڈی این اے کمپلیکس بناتے ہیں۔ اگلے مرحلے میں، پی او آئی کے لیے مخصوص اینٹی باڈی کا استعمال کرتے ہوئے، صرف ان کمپلیکس کو ڈی این اے کے ٹکڑوں کے سیٹ سے فلٹر کیا جاتا ہے۔ اینٹی باڈیز کسی ٹھوس سطح سے منسلک ہو سکتی ہیں، ان میں مقناطیسی مالا ہو سکتی ہے، یا کوئی اور جسمانی خاصیت ہو سکتی ہے جو کراس لنکڈ کمپلیکس اور غیر پابند ٹکڑوں کو الگ کرنے کی اجازت دیتی ہے۔ یہ طریقہ کار بنیادی طور پر پروٹین کا امیونوپریسیپیٹیشن (آئی پی) ہے۔ یہ یا تو ٹیگ کے خلاف اینٹی باڈی کے ساتھ ٹیگ شدہ پروٹین کا استعمال کرکے کیا جا سکتا ہے (مثلا۔ ایف ایل اے جی، ایچ اے، سی-مائیک) یا مقامی پروٹین کے اینٹی باڈی کے ساتھ۔ پی او آئی-ڈی این اے کمپلیکس کا کراس لنکنگ الٹ جاتا ہے (عام طور پر گرم کرنے سے) اور ڈی این اے اسٹرینڈز کو صاف کیا جاتا ہے۔ باقی ورک فلو کے لیے، پی او آئی اب ضروری نہیں ہے۔ امپلیفکیشن اور ڈینیچوریشن مرحلے کے بعد، سنگل اسٹرینڈڈ ڈی این اے کے ٹکڑوں کو فلوروسینٹ ٹیگ جیسے Cy5 یا الیکسا 647 کے ساتھ لیبل کیا جاتا ہے۔ آخر میں، ٹکڑوں کو ڈی این اے مائیکرو آرے کی سطح پر ڈالا جاتا ہے، جو مختصر، سنگل اسٹرینڈڈ ترتیب کے ساتھ دیکھا جاتا ہے جو دلچسپی کے جینومک حصے کا احاطہ کرتا ہے۔ جب بھی کسی لیبل والے ٹکڑے کو صف پر ایک تکمیلی ٹکڑا "مل جاتا ہے"، تو وہ ہائبرڈائز ہو جائیں گے اور دوبارہ ایک ڈبل اسٹرینڈڈ ڈی این اے ٹکڑا بن جائیں گے۔ ورک فلو کا ڈرائی لیب حصہ ہائبرڈائزیشن کی اجازت دینے کے لیے کافی بڑے ٹائم فریم کے بعد، صف کو فلوروسینٹ لائٹ سے روشن کیا جاتا ہے۔ صف پر وہ تحقیقات جو لیبل والے ٹکڑوں میں سے کسی ایک میں ہائبرڈائز ہوتے ہیں وہ ایک ہلکے سگنل کا اخراج کرتے ہیں جو کیمرے کے ذریعے پکڑے جاتے ہیں۔ اس تصویر میں ورک فلو کے بقیہ حصے کے تمام خام ڈیٹا موجود ہیں۔ یہ خام ڈیٹا، جسے جھوٹے رنگ کی تصویر کے طور پر انکوڈ کیا گیا ہے، اصل تجزیہ کرنے سے پہلے عددی اقدار میں تبدیل کرنے کی ضرورت ہے۔ خام ڈیٹا کا تجزیہ اور معلومات نکالنا اکثر چپ-آن-چپ تجربات کے لیے سب سے مشکل حصہ رہتا ہے۔ ورک فلو کے اس حصے میں مسائل پیدا ہوتے ہیں، ابتدائی چپ ریڈ آؤٹ سے لے کر، پس منظر کے شور کو گھٹانے کے مناسب طریقوں تک، اور آخر میں مناسب الگورتھم تک جو ڈیٹا کو معمول پر لاتے ہیں اور اسے بعد میں شماریاتی تجزیہ کے لیے دستیاب کرتے ہیں، جو امید ہے کہ اس حیاتیاتی سوال کی بہتر تفہیم کی طرف لے جاتا ہے جسے تجربہ حل کرنا چاہتا ہے۔ مزید برآں، مختلف صف پلیٹ فارمز اور ان کے درمیان معیاری کاری کی کمی کی وجہ سے، ڈیٹا اسٹوریج اور تبادلہ ایک بہت بڑا مسئلہ ہے۔ عام طور پر، اعداد و شمار کے تجزیے کو تین بڑے مراحل میں تقسیم کیا جا سکتا ہے: پہلے مرحلے کے دوران، اسی یا دوسری چپ سے حاصل کردہ کنٹرول سگنلز کا استعمال کرتے ہوئے، صف سے حاصل کردہ فلوروسینس سگنلز کو معمول پر لایا جاتا ہے۔ اس طرح کے کنٹرول سگنلز بتاتے ہیں کہ صف پر کون سے تحقیقات کو صحیح طریقے سے ہائبرڈ کیا گیا تھا اور کون سے غیر مخصوص طور پر جڑے ہوئے تھے۔ دوسرے مرحلے میں، جینوم کے ساتھ پی او آئی سے بھرپور علاقوں کی شناخت کے لیے اعداد و شمار اور آئی پی فریکشن ڈیٹا کو کنٹرول کرنے کے لیے عددی اور شماریاتی ٹیسٹوں کا اطلاق کیا جاتا ہے۔ مندرجہ ذیل تین طریقے وسیع پیمانے پر استعمال کیے جاتے ہیں: میڈین پرسینٹائل رینک، سنگل صف کی غلطی، اور سلائڈنگ ونڈو۔ یہ طریقے عام طور پر اس بات میں مختلف ہوتے ہیں کہ کم شدت والے اشاروں کو کس طرح سنبھالا جاتا ہے، کتنا پس منظر کا شور قبول کیا جاتا ہے، اور حساب کے دوران ڈیٹا کے لیے کس خاصیت پر زور دیا جاتا ہے۔ حالیہ ماضی میں، سلائڈنگ ونڈو کے نقطہ نظر کو پسند کیا جاتا ہے اور اکثر اسے سب سے زیادہ طاقتور قرار دیا جاتا ہے۔ تیسرے مرحلے میں ان علاقوں کا مزید تجزیہ کیا جاتا ہے۔ اگر، مثال کے طور پر، پی او آئی نقل کا عنصر تھا، تو ایسے علاقے اس کی بائنڈنگ سائٹس کی نمائندگی کریں گے۔ اس کے بعد ہونے والا تجزیہ نیوکلیوٹائڈ موفٹس اور دیگر نمونوں کا اندازہ لگانا چاہتا ہے تاکہ جینوم کی فعال تشریح کی اجازت دی جا سکے۔ طاقت اور کمزوریاں ٹائلڈ صفوں کا استعمال کرتے ہوئے، چپ-آن-چپ جینوم وسیع نقشوں کے اعلی ریزولوشن کی اجازت دیتا ہے۔ یہ نقشے بہت سے ڈی این اے بائنڈنگ پروٹین جیسے ٹرانسکرپشن عوامل اور کرومیٹن میں ترمیم کے بائنڈنگ سائٹس کا تعین کر سکتے ہیں۔ اگرچہ چپ آن چپ جینومکس کے شعبے میں ایک طاقتور تکنیک ہو سکتی ہے، لیکن یہ بہت مہنگی ہے۔ زیادہ تر شائع شدہ مطالعات CHIP-on-Chip کا استعمال کرتے ہوئے حیاتیاتی لحاظ سے بامعنی نقشوں کو یقینی بنانے کے لیے اپنے تجربات کو کم از کم تین بار دہراتے ہیں۔ ڈی این اے مائیکرو ایریز کی لاگت اکثر ایک محدود عنصر ہوتی ہے کہ آیا لیبارٹری کو چپ پر چپ کے تجربے کے ساتھ آگے بڑھنا چاہیے یا نہیں۔ ایک اور حد ڈی این اے کے ٹکڑوں کا سائز ہے جسے حاصل کیا جا سکتا ہے۔ زیادہ تر چپ-آن-چپ پروٹوکول ڈی این اے کو چھوٹے ٹکڑوں میں توڑنے کے طریقہ کار کے طور پر سونکیشن کا استعمال کرتے ہیں۔ تاہم، سونکیشن 200 بی پی کے کم سے کم ٹکڑے کے سائز تک محدود ہے۔ اعلی ریزولوشن والے نقشوں کے لیے، چھوٹے ٹکڑوں کو حاصل کرنے کے لیے اس حد پر قابو پانا چاہیے، ترجیحی طور پر سنگل نیوکلیوسوم ریزولوشن کے لیے۔ جیسا کہ پہلے ذکر کیا گیا ہے، صفوں سے پیدا ہونے والے اعداد و شمار کی بڑی مقدار کا شماریاتی تجزیہ ایک چیلنج ہے اور معمول کے طریقہ کار کا مقصد نمونوں کو کم کرنا اور اس بات کا تعین کرنا ہے کہ واقعی حیاتیاتی طور پر کیا اہم ہے۔ اب تک، ممالیہ جینوموں پر اطلاق ایک بڑی حد رہی ہے، مثال کے طور پر، جینوم کے نمایاں فیصد کی وجہ سے جو ریپیٹس کے زیر قبضہ ہے۔ تاہم، جیسے جیسے چپ-آن-چپ ٹیکنالوجی ترقی کر رہی ہے، ہائی ریزولوشن والے پورے ممالیہ جینوم کے نقشے قابل حصول ہونے چاہئیں۔ چپ-آن-چپ کے لیے استعمال ہونے والی اینٹی باڈیز ایک اہم محدود کرنے والا عنصر ہو سکتی ہیں۔ چپ-آن-چپ کے لیے انتہائی مخصوص اینٹی باڈیز کی ضرورت ہوتی ہے جنہیں اس کے ایپیٹوپ کو آزاد محلول میں اور مقررہ حالات میں بھی پہچاننا چاہیے۔ اگر یہ کراس لنکڈ کرومیٹن کو کامیابی سے امیونوپریسیپیٹ کرنے کا مظاہرہ کیا جاتا ہے، تو اسے "چپ-گریڈ" کہا جاتا ہے۔ وہ کمپنیاں جو چپ گریڈ اینٹی باڈیز فراہم کرتی ہیں ان میں ابکیم، سیل سگنلنگ ٹیکنالوجی، سانتا کروز اور اپسٹیٹ شامل ہیں۔ مخصوصیت کے مسئلے پر قابو پانے کے لیے، دلچسپی کے پروٹین کو ایف ایل اے جی یا ایچ اے جیسے ٹیگ سے جوڑا جا سکتا ہے جسے اینٹی باڈیز کے ذریعے پہچانا جاتا ہے۔ چپ-آن-چپ کا ایک متبادل ڈیم آئی ڈی ہے جس میں اینٹی باڈیز کی ضرورت نہیں ہوتی ہے۔ H3 ٹرائی میتھائل K4 جیسے مخصوص ہسٹون ترمیم کے خلاف اینٹی باڈیز بھی دستیاب ہیں۔ جیسا کہ پہلے ذکر کیا گیا ہے، ان اینٹی باڈیز اور چپ آن چپ کا امتزاج ہسٹون ترمیم کے نمونوں کے پورے جینوم تجزیے کا تعین کرنے میں انتہائی طاقتور ہو گیا ہے اور یہ ہسٹون کوڈ اور ایپیجینٹکس کے بارے میں ہماری سمجھ میں زبردست تعاون کرے گا۔ ڈی این اے بائنڈنگ پروٹین کی غیر مخصوص نوعیت کا مظاہرہ کرنے والا ایک مطالعہ پی ایل او ایس بائیولوجی میں شائع ہوا ہے۔ یہ اس بات کی نشاندہی کرتا ہے کہ فنکشنل مطابقت کی متبادل تصدیق کسی بھی چپ چپ تجربے میں ایک ضروری قدم ہے۔ 1999 میں ابھرتے ہوئے خمیر کروموسوم III کے ساتھ کوہین کی تقسیم کا تجزیہ کرنے کے لیے پہلا چپ-آن-چپ تجربہ کیا گیا۔ اگرچہ جینوم کی مکمل نمائندگی نہیں کی گئی تھی، لیکن اس مطالعے میں پروٹوکول بعد کے مطالعات میں استعمال ہونے والے پروٹوکول کے مساوی ہے۔ اس کے بعد 2000 اور 2001 میں شائع ہونے والے تین مقالے میں جینوم کے تمام او آر ایف کا استعمال کرتے ہوئے چپ-آن-چپ تکنیک کا کامیابی سے استعمال کیا گیا (جو اس کے باوجود نامکمل، گمشدہ بین جنیاتی علاقے ہیں)۔ مصنفین نے ابھرتے ہوئے خمیر Saccharomyces cerevisiae میں انفرادی نقل کے عوامل کے لیے بائنڈنگ سائٹس کی نشاندہی کی۔ 2002 میں، رچرڈ ینگ کے گروپ نے خمیر میں سی-مائیک ٹیگنگ سسٹم کا استعمال کرتے ہوئے 106 ٹرانسکرپشن عوامل کی جینوم وسیع پوزیشنوں کا تعین کیا۔ ممالیہ CHIp-on-Chip تکنیک کے پہلے مظاہرے میں بتایا گیا کہ کمزور اور مضبوط E2F بائنڈنگ سائٹ پر مشتمل کرومیٹن کے نو ٹکڑوں کی علیحدگی پیگی فرنہم کی لیب نے مائیکل ژانگ کی لیب کے تعاون سے کی تھی اور اسے 2001 میں شائع کیا گیا تھا۔ اس مطالعے کے بعد کئی ماہ بعد ینگ لیب کے درمیان برائن ڈائنلاچٹ کی لیبارٹری کے ساتھ تعاون کیا گیا جس نے پہلی بار یہ ظاہر کرنے کے لیے چپ-آن-چپ تکنیک کا استعمال کیا کہ ای 2 ایف ڈی این اے نقصان چیک پوائنٹ اور مرمت کے راستوں کے اجزاء کو این کوڈ کرنے کے ساتھ ساتھ کرومیٹن اسمبلی/سنکشیپن، کروموسوم کی علیحدگی، اور مائٹوٹک اسپنڈل چیک پوائنٹ میں شامل عوامل کو نشانہ بناتا ہے۔ چپ-آن-چپ کے لیے دیگر ایپلی کیشنز میں ڈی این اے کی نقل، دوبارہ ملاپ، اور کرومیٹن ڈھانچہ شامل ہیں۔ اس کے بعد سے، ہسٹون میں ترمیم اور نقل کے بہت سے عوامل کے جینوم وسیع نقشوں کا تعین کرنے میں چپ-آن-چپ ایک طاقتور ذریعہ بن گیا ہے۔ بڑے اور تکراری جینوم کی وجہ سے ممالیہ نظاموں میں چپ-آن-چپ مشکل رہا ہے۔ اس طرح، ممالیہ خلیوں میں بہت سے مطالعات نے منتخب پروموٹر علاقوں پر توجہ مرکوز کی ہے جن میں نقل کے عوامل کو پابند کرنے کی پیش گوئی کی گئی ہے اور انہوں نے پورے جینوم کا تجزیہ نہیں کیا ہے۔ تاہم، پورے ممالیہ جینوم کی صف حال ہی میں نمبلجن جیسی کمپنیوں سے تجارتی طور پر دستیاب ہو گئی ہیں۔ مستقبل میں، جیسے جیسے چپ-آن-چپ صف زیادہ سے زیادہ جدید ہوتی جائیں گی، ڈی این اے بائنڈنگ پروٹین کے ہائی ریزولوشن والے پورے جینوم نقشوں اور ممالیہ جانوروں کے لیے کرومیٹن اجزاء کا مزید تفصیل سے تجزیہ کیا جائے گا۔ متبادل 2007 میں متعارف کرایا گیا، CHIP ترتیب (CHIP-SEQ) ایک ایسی ٹیکنالوجی ہے جو دلچسپی کے پروٹین کو ڈی این اے سے جوڑنے کے لیے کرومیٹن امیونوپریسیپیٹیشن کا استعمال کرتی ہے لیکن پھر مائیکرو صف استعمال کرنے کے بجائے، یہ تعامل کے مقامات کو مقامی بنانے کے لیے ترتیب کے زیادہ درست، اعلی تھرو پٹ طریقہ کا استعمال کرتی ہے۔ ڈی ایم آئی ڈی ایک متبادل طریقہ ہے جس میں اینٹی باڈیز کی ضرورت نہیں ہوتی۔ CHIP-exo سنگل بیس جوڑی ریزولوشن تک حاصل کرنے کے لیے ایکسونیوکلیز علاج کا استعمال کرتا ہے۔ CUT & RUN ترتیب CHIP کی کچھ تکنیکی حدود کو دور کرنے کے لیے ٹارگیٹڈ اینزیمیٹک کلیویج کے ساتھ اینٹی باڈی کی شناخت کا استعمال کرتی ہے۔ مزید حوالہ جات بیرونی لنکس http://www.genome.gov/10005107 ENCODE پروجیکٹ چپ-آن-چپ (CoC) پیکیج کی معلومات ایمکور ٹیکنالوجی تجزیہ اور سافٹ ویئر CoCAS سے: ایجیلنٹ چپ-آن-چپ تجربات کے لیے ایک مفت تجزیہ سافٹ ویئر rMAT: ٹائلنگ صفوں اور چپ-چپ ڈیٹا کو معمول پر لانے اور تجزیہ کرنے کے لیے MAT پروگرام سے R نفاذ۔ جینومکس تکنیک مالیکیولر بائیولوجی مالیکیولر بائیولوجی تکنیک پروٹین کے طریقے بائیو انفارمیٹکس مائیکرواریز