Accessible surface area
قابل رسائی سطح کا رقبہ (اے ایس اے) یا سالوینٹ قابل رسائی سطح کا رقبہ (ایس اے ایس اے) ایک حیاتیاتی سالمے کا سطح کا رقبہ ہے جو سالوینٹ کے لیے قابل رسائی ہے۔ اے ایس اے کی پیمائش عام طور پر مربع اینگسٹروم کی اکائیوں (سالماتی حیاتیات میں پیمائش کی ایک معیاری اکائی) میں بیان کی جاتی ہے۔ اے ایس اے کو پہلی بار 1971 میں لی اینڈ رچرڈز نے بیان کیا تھا اور اسے بعض اوقات لی-رچرڈز سالماتی سطح بھی کہا جاتا ہے۔ اے ایس اے کا حساب عام طور پر 1973 میں شریک اینڈ روپلی کے تیار کردہ 'رولنگ بال' الگورتھم کا استعمال کرتے ہوئے کیا جاتا ہے۔ یہ الگورتھم مالیکیول کی سطح کو 'تحقیقات' کرنے کے لیے کسی خاص رداس کے دائرے (سالوینٹ کا) کا استعمال کرتا ہے۔ اے ایس اے شارک روپلی الگورتھم کا حساب لگانے کے طریقے شارک روپلی الگورتھم ایک عددی طریقہ ہے جو مالیکیول کے ہر ایٹم سے مساوی فاصلے پر پوائنٹس کا جال کھینچتا ہے اور ان پوائنٹس کی تعداد کا استعمال کرتا ہے جو سطح کے رقبے کا تعین کرنے کے لیے قابل رسائی سالوینٹ ہیں۔ پوائنٹس وین ڈیر والس کے رداس سے باہر پانی کے مالیکیول کے تخمینہ شدہ رداس پر کھینچے جاتے ہیں، جو مؤثر طریقے سے سطح کے ساتھ 'گیند کو رول کرنے' سے ملتا جلتا ہے۔ تمام پوائنٹس کو پڑوسی ایٹموں کی سطح کے خلاف چیک کیا جاتا ہے تاکہ یہ معلوم کیا جا سکے کہ آیا وہ دفن ہیں یا قابل رسائی ہیں۔ قابل رسائی پوائنٹس کی تعداد کو سطح کے رقبے کے حصے سے ضرب دی جاتی ہے۔ ہر پوائنٹ اے ایس اے کا حساب لگانے کی نمائندگی کرتا ہے۔ 'تحقیقات کے رداس' کا انتخاب مشاہدہ شدہ سطح کے رقبے پر اثر انداز ہوتا ہے، کیونکہ ایک چھوٹے تحقیقات کے رداس کا استعمال کرتے ہوئے مزید سطح کی تفصیلات کا پتہ چلتا ہے اور اس وجہ سے ایک بڑی سطح کی اطلاع دیتا ہے۔ ایک عام قدر 1.4 Å ہے، جو پانی کے مالیکیول کے رداس کا تخمینہ لگاتا ہے۔ ایک اور عنصر جو نتائج کو متاثر کرتا ہے وہ زیر مطالعہ مالیکیول میں ایٹموں کے وی ڈی ڈبلیو ریڈیائی کی تعریف ہے۔ مثال کے طور پر، مالیکیول میں اکثر ہائیڈروجن ایٹم کی کمی ہو سکتی ہے، جو ساخت میں مضمر ہوتے ہیں۔ ہائیڈروجن ایٹموں کو 'بھاری' ایٹموں کے جوہری ریڈیائی میں مضمر طور پر شامل کیا جا سکتا ہے، جس کی پیمائش کو 'گروپ ریڈیائی' کہا جاتا ہے۔ اس کے علاوہ، ہر ایٹم کی وین ڈیر والس کی سطح پر پیدا ہونے والے پوائنٹس کی تعداد ڈسکریٹائزیشن کے ایک اور پہلو کا تعین کرتی ہے، جہاں زیادہ پوائنٹس تفصیل کی بڑھتی ہوئی سطح فراہم کرتے ہیں۔ ایل سی پی او طریقہ ایل سی پی او طریقہ اے ایس اے کے تیز تجزیاتی حساب کے لیے دو جسم کے مسئلے کا لکیری تخمینہ استعمال کرتا ہے۔ ایل سی پی او میں استعمال ہونے والے تخمینوں کے نتیجے میں 1-3 Å2 کی حد میں غلطی ہوتی ہے۔ پاور ڈائیگرام کا طریقہ حال ہی میں، ایک طریقہ پیش کیا گیا تھا جو پاور ڈائیگرام کا استعمال کرتے ہوئے اے ایس اے کا تیزی سے اور تجزیاتی حساب لگاتا ہے۔ قابل رسائی سطح کے رقبے کا استعمال اکثر اس وقت کیا جاتا ہے جب کسی حیاتیاتی سالمے کو آبی سالوینٹ سے غیر قطبی سالوینٹ، جیسے کہ لپڈ ماحول میں منتقل کرنے کے لیے درکار منتقلی سے پاک توانائی کا حساب لگایا جاتا ہے۔ مالیکیولر ڈائنامکس سافٹ ویئر پیکیج AMBER میں مضمر سالوینٹ اثرات کا حساب لگاتے وقت بھی ایل سی پی او طریقہ استعمال کیا جاتا ہے۔ حال ہی میں یہ تجویز کیا گیا ہے کہ (پیش گوئی شدہ) قابل رسائی سطح کے رقبے کو پروٹین ثانوی ساخت کی پیش گوئی کو بہتر بنانے کے لیے استعمال کیا جا سکتا ہے۔ سالوینٹ سے خارج شدہ سطح سے تعلق اے ایس اے کا سالوینٹ سے خارج شدہ سطح کے تصور سے گہرا تعلق ہے (جسے کونولی کا سالماتی سطح کا رقبہ یا صرف کونولی سطح بھی کہا جاتا ہے)، جسے بلک سالوینٹ میں ایک گہا کے طور پر تصور کیا جاتا ہے۔ اس کا حساب عملی طور پر فریڈرک رچرڈز کے تیار کردہ رولنگ بال الگورتھم کے ذریعے بھی کیا جاتا ہے اور اسے 1983 میں مائیکل کونولی اور 1984 میں ٹم رچمنڈ نے تین جہتی طور پر نافذ کیا تھا۔ کونولی نے طریقہ کار کو مکمل کرنے میں مزید کئی سال گزارے۔ پیپٹائڈ اور پروٹین کے ڈھانچوں کا تجزیہ کرنے کے لیے امپلیسیٹ سولویشن وین ڈیر والس سرفیس وی اے ڈی اے آر ٹول بھی دیکھیں متعلقہ قابل رسائی سطح کے رقبے کے نوٹ حوالہ جات بیرونی روابط نیٹ ورک سائنس، حصہ 5: سالوینٹ قابل رسائی سطح AREAIMOL اے ایس اے کا حساب لگانے کے لیے سی سی پی 4 پروگرام سویٹ میں ایک کمانڈ لائن ٹول ہے۔ NACCESS سالوینٹ قابل رسائی علاقے کے حسابات۔ اے ایس اے کے حساب کے لیے فری ایس اے ایس اے اوپن سورس کمانڈ لائن ٹول، سی لائبریری اور ازگر ماڈیول۔ سرفیس ریسر اولیگ سوڈیکوف کا سرفیس ریسر پروگرام۔ سالوینٹ قابل رسائی اور سالماتی سطح کا رقبہ اور اوسط منحنی حساب۔ تعلیمی استعمال کے لیے مفت۔ ASA.py-شیریک-روپلی الگورتھم کا ازگر پر مبنی نفاذ۔ مشیل سینر کی سالماتی سطح-خارج شدہ سطح کا حساب لگانے کا تیز ترین پروگرام۔ pov4grasp سالماتی سطحوں کو پیش کرتا ہے۔ سالماتی سطح پیکیج-مائیکل کونولی کا پروگرام۔ والیوم ووکسلیٹر-خارج شدہ سطحوں کو پیدا کرنے کے لیے ایک ویب پر مبنی ٹول۔ اے ایس وی فری ویئر این شعبوں کے اتحاد کے حجم اور سطح کا تجزیاتی حساب (مونٹی کارلو حساب بھی فراہم کیا گیا ہے)۔ ورلوم کمپیوٹنگ سرفیس ایریا اور 3D بالز کے خاندان کا حجم۔ GetArea پروٹین کے قابل رسائی سالوینٹ سطح کے رقبے کا آن لائن حساب لگائیں۔ مالیکیولر ماڈلنگ کمپیوٹیشنل کیمسٹری مالیکیولر ڈائنامکس پروٹین ڈھانچہ