RNA22
آر این اے 22 مائیکرو آر این اے ٹارگٹ سائٹس اور متعلقہ ہیٹرو ڈوپلیکس کی دریافت کے لیے ایک پیٹرن پر مبنی الگورتھم ہے۔ یہ الگورتھم مائیکرو آر این اے کی پیش گوئی کرنے کے دوسرے طریقوں سے تصوراتی طور پر الگ ہے: ایم آر این اے ہیٹرو ڈوپلیکس اس لحاظ سے کہ یہ تربیت کے لیے تجرباتی طور پر تصدیق شدہ ہیٹرو ڈوپلیکس کا استعمال نہیں کرتا، اس کے بجائے صرف معروف بالغ ایم آئی آر این اے کے سلسلے پر انحصار کرتا ہے جو عوامی ڈیٹا بیس میں پائے جاتے ہیں۔ آر این اے 22 کا کلیدی خیال یہ ہے کہ کسی بھی نمایاں ترتیب کی خصوصیات کی الٹی تکمیل جسے کوئی بالغ مائیکرو آر این اے ترتیب میں شناخت کر سکتا ہے (پیٹرن دریافت کرنے کی تکنیکوں کا استعمال کرتے ہوئے) کسی کو دلچسپی کے سلسلے میں امیدوار مائیکرو آر این اے ٹارگٹ سائٹس کی شناخت کرنے کی اجازت دینی چاہیے: آر این اے 22 اس طرح کی نمایاں خصوصیات کو دریافت کرنے کے لیے ٹیریسیاس الگورتھم کا استعمال کرتا ہے۔ ایک بار جب ایک امیدوار مائیکرو آر این اے ٹارگٹ سائٹ کا پتہ چل جاتا ہے، تو ٹارگٹنگ مائیکرو آر این اے کی شناخت کئی الگورتھم کی مدد سے کی جا سکتی ہے جو آر این اے کا حساب لگانے کے قابل ہیں: آر این اے ہیٹرو ڈوپلیکس۔ الگورتھم کا ایک نیا ورژن (v2.0) اب دستیاب ہے: v2.0-beta ہر پیش گوئی میں امکانات کے تخمینے کا اضافہ کرتا ہے، صارفین کو آن-دی-فلائی حساسیت/مخصوص ترتیبات کا انتخاب کرنے کی صلاحیت دیتا ہے، اصل سے نمایاں طور پر تیز ہے، اور اس تک رسائی حاصل کی جا سکتی ہے۔ http://cm.jefferson.edu/rna22/Interactive Rna22 نہ تو انحصار کرتا ہے اور نہ ہی غیر متوقع امیدواروں کو فلٹر کرنے کے لیے کسی بھی کراس حیاتیات کے تحفظ کی رکاوٹوں کو عائد کرتا ہے۔ اس سے اسے مائیکرو آر این اے بائنڈنگ سائٹس کو دریافت کرنے کی صلاحیت ملتی ہے جو شاید فائیلوجنیٹک طور پر پراکسیمل حیاتیات میں محفوظ نہیں ہیں۔ نیز، جیسا کہ اوپر ذکر کیا گیا ہے، آر این اے 22 ٹارگیٹنگ مائیکرو آر این اے کی شناخت جاننے کی ضرورت کے بغیر ممکنہ مائیکرو آر این اے بائنڈنگ سائٹس کی شناخت کر سکتا ہے۔ آر این اے 22 کی ایک قابل ذکر خاصیت یہ ہے کہ اس میں ہیٹرو ڈوپلیکس کے بیج کے علاقے میں بلجز اور جی: یو ووبلز کی اجازت دینے والے تخیلاتی ہدف میں مائیکرو آر این اے کے بیج کی بالکل الٹی تکمیل کی موجودگی کی ضرورت نہیں ہوتی ہے۔ آخر میں، الگورتھم کو اعلی سگنل سے شور کا تناسب حاصل کرنے کے لیے دکھایا گیا ہے۔ آر این اے 22 کے استعمال سے ماؤس نانوگ، اکتوبر 4 اور سوکس 2 کے کوڈنگ علاقوں میں "غیر کینونکل" مائیکرو آر این اے اہداف کی دریافت ہوئی۔ ان میں سے زیادہ تر اہداف ان تین نقل و حمل کے عوامل کے انسانی آرتھولوگوں میں محفوظ نہیں ہیں حالانکہ وہ متعلقہ ایم آر این اے کے کوڈنگ خطے میں رہتے ہیں۔ مزید برآں، ان میں سے زیادہ تر اہداف ہیٹرو ڈوپلیکس کے بیج کے علاقے میں جی: یو ووبلز، ایک یا زیادہ بلجز، یا دونوں پر مشتمل ہوتے ہیں۔ کوڈنگ کے علاقوں کے علاوہ، آر این اے 22 نے 3 'یو ٹی آر میں غیر کینونکل اہداف کو دریافت کرنے میں مدد کی ہے۔ ایک حالیہ مطالعہ نے ارگوناؤٹ-ایم آئی آر این اے: ایم آر این اے ٹرنیری کمپلیکس کے کرسٹل ڈھانچے کے مالیکیولر ڈائنامکس سمیلیشنز کا استعمال کرتے ہوئے غیر کینونکل ایم آئی آر این اے اہداف کے مسئلے کا جائزہ لیا۔ مطالعہ سے پتہ چلا ہے کہ کئی قسم کی ترامیم، بشمول متعدد جی: یو ووبلز کے امتزاج اور بیج کے علاقے میں مماثلت، قابل قبول ہیں اور اس کے نتیجے میں صرف معمولی ساختی اتار چڑھاؤ ہوتے ہیں جو ٹرنیری کمپلیکس کے استحکام کو متاثر نہیں کرتے ہیں۔ مطالعہ سے یہ بھی ظاہر ہوا کہ مالیکیولر ڈائنامکس سیمولیشن کے نتائج کو ایچ آئی ٹی ایس-سی ایل آئی پی (سی ایل آئی پی-سی ای کیو) ڈیٹا کی حمایت حاصل ہے۔ ان نتائج سے پتہ چلتا ہے کہ حقیقی ایم آئی آر این اے کے اہداف کینونکل سیڈ ماڈل سے آگے نکل جاتے ہیں جس کے نتیجے میں آر این اے 22 جیسے ٹارگٹ پیشن گوئی کے ٹولز ایم آئی آر این اے کے اہداف کے نئے بڑھے ہوئے سپیکٹرم کو تلاش کرنے کے لیے ایک مثالی انتخاب ہیں۔ حوالہ جات آر این اے مائیکرو آر این اے پیٹرن ملاپ