ORF1ab
او آر ایف 1 اے بی (او آر ایف 1 اے/بی بھی) اجتماعی طور پر دو اوپن ریڈنگ فریموں (او آر ایف)، او آر ایف 1 اے اور او آر ایف 1 بی سے مراد ہے، جو نیڈو وائرس کے جینوم میں محفوظ ہیں، وائرس کا ایک گروپ جس میں کورونا وائرس شامل ہیں۔ جین بڑے پولی پروٹین کا اظہار کرتے ہیں جو وائرل لائف سائیکل میں مختلف افعال کے ساتھ کئی غیر ساختی پروٹین بنانے کے لیے پروٹیولیسس سے گزرتے ہیں، بشمول پروٹیسیس اور ریپلیکیس-ٹرانسکرپٹیس کمپلیکس (آر ٹی سی) کے اجزاء۔ دونوں او آر ایف کو ایک ساتھ بعض اوقات ریپلیکیز جین کہا جاتا ہے۔ ان کا تعلق ایک پروگرام شدہ رائبوسومل فریم شفٹ سے ہے جو رائبوسوم کو-1 ریڈنگ فریم میں او آر ایف 1 اے کے آخر میں اسٹاپ کوڈن سے آگے ترجمہ جاری رکھنے کی اجازت دیتا ہے۔ نتیجے میں بننے والے پولی پروٹین کو پی پی 1 اے اور پی پی 1 اے بی کے نام سے جانا جاتا ہے۔ ایکسپریشن ORF1a جینوم کے 5 'سرے پر پہلا اوپن ریڈنگ فریم ہے۔ ORF1ab مل کر جینوم کے تقریبا دو تہائی حصے پر قبضہ کرتا ہے، باقی تیسرا 3 'سرے پر ساختی پروٹین اور آلات پروٹین کو انکوڈنگ کرتا ہے۔ اس کا ترجمہ 5 'کیپڈ آر این اے سے کیپ پر منحصر ترجمہ کے ذریعے کیا گیا ہے۔ نیڈو وائرس میں غیر متزلزل ذیلی جینومک آر این اے کی پیداوار کا ایک پیچیدہ نظام ہوتا ہے جو ان کے نسبتا بڑے آر این اے جینومز (عام طور پر کورونویرس کے لیے 27-32 کے بی) میں جین کے اظہار کو قابل بناتا ہے، لیکن او آر ایف 1 اے بی کا ترجمہ براہ راست جینومک آر این اے سے کیا جاتا ہے۔ او آر ایف 1 اے بی کے سلسلے غیر کینونکل سبجینومک آر این اے میں مشاہدہ کیے گئے ہیں، حالانکہ ان کی فعال اہمیت واضح نہیں ہے۔ ایک پروگرام شدہ رائبوسومل فریم شفٹ اسٹاپ کوڈن کے ذریعے پڑھنے کی اجازت دیتا ہے جو او آر ایف 1 اے کو-1 ریڈنگ فریم میں جاری رکھنے کے لیے ختم کرتا ہے، جس سے طویل پولی پروٹین پی پی 1 اے بی پیدا ہوتا ہے۔ فریم شفٹ ایک پھسلن والی ترتیب پر ہوتا ہے جس کے بعد ایک سیڈوکناٹ آر این اے ثانوی ڈھانچہ ہوتا ہے۔ اس کی پیمائش میورین کورونا وائرس کے لیے 20-50% کارکردگی، یا SARS-CoV-2 میں 45-70% کے درمیان کی گئی ہے جس سے پی پی 1 اے بی پروٹین کے اظہار سے تقریبا 1.5 سے 2 گنا زیادہ پی پی 1 اے کی اسٹوچیومیٹری حاصل ہوتی ہے۔ پروسیسنگ پولی پروٹین پی پی 1 اے اور پی پی 1 اے بی میں تقریبا 13 سے 17 غیر ساختی پروٹین ہوتے ہیں۔ اندرونی سسٹین پروٹیز ڈومینز کے اعمال کی وجہ سے غیر ساختی پروٹین کو جاری کرنے کے لیے وہ آٹو پروٹیولیسس سے گزرتے ہیں۔ کرونا وائرس میں کل 16 غیر ساختیاتی پروٹین ہوتے ہیں۔ پی پی 1 اے پروٹین میں غیر ساختیاتی پروٹین این ایس پی 1-11 اور پی پی 1 اے بی پروٹین میں این ایس پی 1-10 اور این ایس پی 12-16 ہوتے ہیں۔ پروٹولائٹک پروسیسنگ دو پروٹیسیس کے ذریعے کی جاتی ہے: ملٹی ڈومین پروٹین این ایس پی 3 میں واقع پیپین نما پروٹیز پروٹین ڈومین این ایس پی 4 تک تقسیم ہوتا ہے، اور 3 سی ایل پروٹیز (جسے مین پروٹیز، این ایس پی 5 بھی کہا جاتا ہے) پولی پروٹین سی-ٹرمینس کے ذریعے این ایس پی 5 کے بقیہ تقسیم انجام دیتا ہے۔ پروٹین این ایس پی 12-16، پی پی 1 اے بی پولی پروٹین کے سی-ٹرمینل اجزاء، وائرل نقل کے لیے ضروری بنیادی انزیمیٹک سرگرمیوں پر مشتمل ہوتے ہیں۔ پروٹولائٹک پروسیسنگ کے بعد، کئی غیر ساختی پروٹین ایک بڑے پروٹین کمپلیکس میں جمع ہوتے ہیں جسے ریپلیکیس-ٹرانسکرپٹیس کمپلیکس (آر ٹی سی) کہا جاتا ہے جو جینوم ریپلیکیشن اور ٹرانسکرپشن انجام دیتا ہے۔ اجزاء کور ریپلیکیس ڈومینز پانچ محفوظ "کور ریپلیکیس" پروٹین ڈومینز کا ایک مجموعہ تمام نیڈو وائرس نسلوں (آرٹیریوائرس، میسونی وائرس، رونی وائرس، اور کورونا وائرس) میں موجود ہوتا ہے: او آر ایف 1 اے سے، مرکزی پروٹیز ٹرانس میمبرین ڈومینز کے دونوں سروں پر ہوتا ہے ؛ اور او آر ایف 1 بی سے، ایک نیوکلیوٹیڈائل ٹرانسفرس ڈومین جسے نیرین، آر این اے پر منحصر آر این اے پولیمرس (آر ڈی آر پی)، زنک بائنڈنگ ڈومین، اور ایک ہیلیکیس کے نام سے جانا جاتا ہے۔ (اسے بعض اوقات سات ڈومین سمجھا جاتا ہے، جو ٹرانس میمبرین کے علاقوں کو الگ سے شمار کرتے ہیں۔) اس کے علاوہ، ایک اینڈوریبونوکلیز ڈومین تمام نیڈو وائرس میں پایا جاتا ہے جو ریڑھ کی ہڈی والے میزبانوں کو متاثر کرتے ہیں۔ آرٹیریوائرس، جن میں دوسرے نیڈو وائرس کے نسبوں کے مقابلے میں چھوٹے جینوم ہوتے ہیں، ان میں میتھائل ٹرانسفرسز کے ساتھ ساتھ پروف ریڈنگ ایکسوریبونوکلیز کی بھی کمی ہوتی ہے، جو ایک ایسا ڈومین ہے جو بڑے جینوم والے نیڈو وائرس میں محفوظ ہوتا ہے۔ خیال کیا جاتا ہے کہ یہ پروف ریڈنگ کی فعالیت بڑے آر این اے جینومز کی نقل تیار کرنے کے لیے کافی وفاداری کے لیے ضروری ہے، لیکن کچھ وائرس میں اضافی کردار بھی ادا کر سکتی ہے۔ کرونا وائرس میں، پی پی 1 اے اور پی پی 1 اے بی ایک ساتھ سولہ غیر ساختی پروٹین پر مشتمل ہوتے ہیں، جن کے درج ذیل کام ہوتے ہیں: ارتقاء جینوم کی ساخت اور تنظیم، بشمول او آر ایف 1 اے، او آر ایف 1 بی، اور ان کو الگ کرنے والا فریم شفٹ، نیڈو وائرس کے درمیان محفوظ ہے۔ کچھ "غیر کینونکل" نیڈو وائرس کے ڈھانچے بیان کیے گئے ہیں، جن میں بنیادی طور پر جین فیوژن شامل ہیں۔ سب سے بڑا معروف نیڈو وائرس، پلانریئن سیکرٹری سیل نیڈو وائرس (پی ایس سی این وی)، 41 کے بی جینوم کے ساتھ، ایک غیر کینونکل جینوم ڈھانچہ رکھتا ہے جس میں او آر ایف 1 اے، او آر ایف 1 بی، اور نیچے کی طرف کے او آر ایف جو ساختی پروٹین پر مشتمل ہوتے ہیں، مربوط ہوتے ہیں اور 13,000 سے زیادہ امینو ایسڈ کے پولی پروٹین کو انکوڈنگ کرنے والے ایک بڑے او آر ایف کے طور پر ظاہر ہوتے ہیں۔ ان غیر کینونکل جینوموں میں، وائرل پروٹین کی اسٹوچیومیٹری کو منظم کرنے کے لیے دیگر فریم شفٹ مقامات یا اسٹاپ کوڈن ریڈ تھرو کا استعمال کیا جا سکتا ہے۔ نیڈو وائرس جینوم کے سائز میں وسیع پیمانے پر مختلف ہوتے ہیں، عام طور پر 12-15 kb جینوم والے آرٹیریوائرس سے لے کر 27-32 kb پر کورونویرس تک۔ وائرل آر این اے پر منحصر آر این اے پولیمریز (آر ڈی آر پی) کے نسبتا کم وشوسنییتا نقل کے طریقہ کار کے باوجود ان کی ارتقائی تاریخ بہت بڑے آر این اے جینومز کی نقل کو سمجھنے میں تحقیقی دلچسپی کی حامل رہی ہے۔ بڑے نیڈو وائرس جینوم (تقریبا 20 کے بی سے اوپر) ایک پروف ریڈنگ ایکسوریبونوکلیز (کورونا وائرس میں این ایس پی 14) کو انکوڈ کرتے ہیں جس کے بارے میں خیال کیا جاتا ہے کہ یہ نقل کی وفاداری کے لیے ضروری ہے۔ کورونا وائرسوں میں، او آر ایف 1 اے بی 3 'او آر ایف کوڈنگ ساختی پروٹینوں کے مقابلے میں زیادہ محفوظ ہے۔ کووڈ-19 وبائی مرض کے دوران، سارس-کوو-2 وائرس کے جینوم کو کئی بار ترتیب دیا گیا ہے، جس کے نتیجے میں ہزاروں مختلف اقسام کی شناخت ہوئی ہے۔ جولائی 2020 سے عالمی ادارہ صحت کے تجزیے میں، او آر ایف 1 اے بی سب سے زیادہ تبدیل شدہ جین تھا، اس کے بعد ایس جین اسپائیک پروٹین کو انکوڈنگ کرتا تھا۔ او آر ایف 1 اے بی کے اندر سب سے زیادہ عام طور پر تبدیل شدہ پروٹین پیپین نما پروٹیز (این ایس پی 3) تھا، اور واحد سب سے زیادہ عام طور پر مشاہدہ کردہ مسینس اتپریورتن آر این اے پر منحصر آر این اے پولیمرس میں تھا۔ کچھ پی سی آر ٹیسٹ جو کووڈ-19 کا پتہ لگاتے ہیں، دوسروں کے علاوہ او آر ایف 1 اے بی جین کے نمونے کا تجزیہ کرتے ہیں۔ حوالہ جات کورونویرس پروٹین