AMRFinderPlus
نیشنل سینٹر فار بائیوٹیکنالوجی انفارمیشن (این سی بی آئی) کا اے ایم آر فائنڈر پلس ٹول ایک بائیو انفارمیٹک ٹول ہے جو صارفین کو بیکٹیریل جینومز میں اینٹی مائکروبیل مزاحمت کے تعین، تناؤ کے ردعمل اور وائرل جین کی شناخت کرنے کی اجازت دیتا ہے۔ اس ٹول کی ترقی 2018 میں (بطور اے ایم آر فائنڈر) شروع ہوئی اور اب بھی جاری ہے۔ نیشنل انسٹی ٹیوٹ آف ہیلتھ سافٹ ویئر اور اس کے استعمال کردہ ڈیٹا بیس کی ترقی کے لیے فنڈ فراہم کرتا ہے۔ استعمال اے ایم آر فائنڈر پلس کا استعمال این سی بی آئی کے پیتھوجین ڈیٹیکشن پروجیکٹ کے ذریعے کیا جاتا ہے، جو خوراک، ماحولیاتی ذرائع اور مریضوں سے اسی طرح کے پیتھوجین جینومک ترتیبات کو جمع کرتا ہے اور تلاش کرتا ہے۔ اے ایم آر فائنڈر پلس پیتھوجین ڈیٹیکشن پروجیکٹ میں ہر بیکٹیریل آئسولیٹ کے لیے چلایا جاتا ہے، اور نتائج عوامی استعمال کے لیے فراہم کیے جاتے ہیں۔ 2021 میں اس کی سائنسی اشاعت کے بعد سے، اس نے دوسرے صارفین سے بھی حوالہ جات اکٹھے کیے ہیں۔ ڈیٹا بیس ڈیزائن اور کیوریشن اے ایم آر فائنڈر پلس حاصل شدہ اینٹی بائیوٹک مزاحمت، تناؤ کا ردعمل، اور وائرل جینز، اور جینیاتی تغیرات کا پتہ لگا سکتا ہے جو اینٹی بائیوٹک مزاحمت فراہم کرنے کے لیے جانے جاتے ہیں۔ جب اے ایم آر فائنڈر پلس کو ابتدائی طور پر تیار اور تقسیم کیا گیا تھا، تو پہلے سے ہی اینٹی بائیوٹک مزاحمت کے تعین پر مشتمل متعدد ڈیٹا بیس موجود تھے۔ ٹیم نے ڈیٹا بیس ڈویلپرز، ماہر پینل اور دیگر کے ساتھ مل کر ان ذرائع کو مستحکم کرنے اور ایک اعلی معیار کا وسائل بنانے کے لیے تعاون کیا جس نے ان مختلف ڈیٹا ذرائع میں حدود کو دور کیا جنہیں کمیونٹی نے اس وقت اجاگر کیا تھا۔ این سی بی آئی کی ٹیم باقاعدگی سے ڈیٹا بیس اور اس کی تشریح تیار کرنے کے لیے ماہر گروپوں کے ساتھ بھی تعاون کرتی ہے۔ جائزے کے کاغذات کی مسلسل تشخیص اور مزاحمتی پروٹین کی نئی رپورٹیں ان ذرائع کو بڑھاتی ہیں۔ جبکہ کچھ اے ایم آر جین کی شناخت کے اوزار BLAST پر مبنی طریقوں پر انحصار کرتے ہیں، دوسرے پوشیدہ مارکوف ماڈل (ایچ ایم ایم) طریقوں کو استعمال کرتے ہیں۔ BLAST پر مبنی طریقے مخصوص ایلیلز اور جینز کی شناخت کر سکتے ہیں جو قریب سے متعلق ہیں، لیکن وہ اکثر من مانی کٹ آفز کا اطلاق کرتے ہیں جو AMR جینز کی غلط شناخت کر سکتے ہیں یا غیر AMR جینز کو مزاحمت تفویض کر سکتے ہیں۔ AMRFinderPlus میں، حساسیت اور پتہ لگانے کی خاصیت کو بہتر بنانے کے لیے ہر جین کے لیے کسٹم BLAST کٹ آف بنائے جاتے ہیں۔ BLAST پر مبنی طریقوں کے برعکس، جو کسی بھی ترتیب میں ترتیب کے عدم مطابقت کے لیے ایک ہی سزا کا اطلاق کرتے ہیں، HMMs ترتیب کے عدم مطابقت کو اس بنیاد پر وزن کرنے کی اجازت دیتے ہیں کہ وہ فطرت میں کتنے عام ہیں، جس کے نتیجے میں BLAST پر مبنی طریقوں کے مقابلے میں حقیقی ہومولوگس کا پتہ لگانے میں زیادہ درستگی ہوتی ہے، لیکن ان ماڈلز کو درستگی کو یقینی بنانے کے لیے کیوریشن اور توثیق کی ضرورت ہوتی ہے۔ ٹول کا بیکٹیریل اینٹی مائکروبیل ریزسٹنس ریفرنس جین ڈیٹا بیس جدید ترین جین کے نام، پوشیدہ مارکوف ماڈلز (ایچ ایم ایم) کا ایک مجموعہ، اور ایک کیوریٹڈ پروٹین فیملی ہیرارکی پر مشتمل ہے۔ ڈیٹا بیس میں 627 سے زیادہ اے ایم آر ایچ ایم ایم، 6,428 جین، اور 682 تغیرات شامل ہیں، جو اس ڈیٹا کو متعدد گروپوں کے تعاون سے جین خاندانوں، علامتوں اور ناموں کے درجہ بندی کے فریم ورک میں رکھتے ہیں۔ ڈیٹا بیس میں موجود جین 5588 اے ایم آر جینز، 210 اسٹریس رسپانس جینز اور 630 وائرل جینز پر مشتمل ہیں۔ اے ایم آر جین اینٹی بائیوٹک کی 31 مختلف کلاسوں اور 58 مخصوص ادویات کے خلاف مزاحمت کا احاطہ کرتے ہیں۔ سیکوینس ریکارڈز میں، جہاں ممکن ہو، کوڈنگ ریجن کے دونوں طرف اضافی 100 بی پی شامل ہیں تاکہ پرائمرز کے ڈیزائن میں مدد کی جا سکے۔ ایک دستی عمل کے ذریعے ہر ایچ ایم ایم کے لیے انفرادی طور پر کٹ آف مقرر کیے گئے تھے جس میں معاون ادب کی تصدیق، متعلقہ خاندانوں کے دیگر اے ایم آر پروٹینوں کے خلاف معیار بندی، اور این سی بی آئی کے غیر بے کار پروٹین ترتیب ڈیٹا بیس میں شامل لاکھوں اضافی پروٹینوں کا پس منظر شامل تھا۔ استعمال کے حقوق یونائیٹڈ سٹیٹس کاپی رائٹ ایکٹ کے قوانین کے تحت، این سی بی آئی اے ایم آر فائنڈر پلس کو "یونائیٹڈ سٹیٹس گورنمنٹ ورک" کے طور پر درجہ بند کیا گیا ہے۔ اسے ڈویلپرز کی "امریکی حکومت کے لیے سرکاری ذمہ داریوں" کے حصے کے طور پر انجام دیا گیا کام سمجھا جاتا ہے، اور اس لیے کاپی رائٹ کے ذریعے محفوظ نہیں ہے۔ اس لیے سافٹ ویئر عوام کے استعمال کے لیے آزادانہ طور پر قابل رسائی ہے اور اس کے موجودہ یا مستقبل کے استعمال پر کوئی حدود نہیں ہیں۔ اینٹی مائکروبیل مزاحمت جینومکس بائیو انفارمیٹکس حوالہ جات بیرونی لنکس گتھب پیج دستاویزات مفت بائیو انفارمیٹکس سافٹ ویئر کمپیوٹیشنل سائنس بھی دیکھیں۔