HIKESHI
ہیکیشی ایک پروٹین ہے جو پھیپھڑوں اور کثیر خلوی جانداروں کی نشوونما میں اہم ہے جسے انسانوں میں ہیکیشی جین کے ذریعے انکوڈ کیا جاتا ہے۔ ہیکیشی انسانوں میں کروموسوم 11 پر اور چوہوں میں کروموسوم 7 پر پایا جاتا ہے۔ اسی طرح کے سلسلے (آرتھولوگس) زیادہ تر جانوروں اور فنگل پرجاتیوں میں پائے جاتے ہیں۔ ماؤس ہومولوگ، کروموسوم 7 رنچک 6 پروٹین پر مہلک جین کو ایل 7 آر این 6 جین کے ذریعے انکوڈ کیا جاتا ہے۔ جین ہیکیشی ہومو سیپینز میں ایک پروٹین کوڈنگ جین ہے۔ جین کے متبادل نام FLJ43020، HSPC138، HSPC179، اور L7RN6 ہیں۔ کروموسوم 11 کے لمبے بازو پر ایریا q14.2 پر واقع، انٹرن اور ایکسن سمیت پورا جین پلس اسٹرینڈ پر 42,698 بیس جوڑے ہوتے ہیں۔ ہیکیشی متغیر 1 کے ایم آر این اے میں ایکسون 1، 3، 4، 5، اور 7 شامل ہیں جو 1,183 بیس جوڑوں کے برابر ہیں، جس میں بیس جوڑے 239 سے 832 کوڈنگ کے علاقوں کی نمائندگی کرتے ہیں۔ متبادل تقسیم متغیر 1 سب سے طویل اور سب سے عام پروٹین کوڈنگ متغیر ہے۔ تین دیگر اہم متغیرات ایک متبادل ایکسن ترتیب کا استعمال کرتے ہیں جو پڑھنے کے فریم کو پھینک دیتا ہے، جس کی وجہ سے ایم آر این اے ترتیب کا جلد خاتمہ ہوتا ہے اور پروٹین کا خاتمہ ہوتا ہے۔ نیچے دیا گیا جدول مختلف اقسام اور ایکسون کے استعمال کو ظاہر کرتا ہے۔ مندرجہ بالا جدول میں دکھائے گئے چار تغیرات انسانی خلیوں میں پائے جانے والے سب سے عام آئسوفارم ہیں۔ کل 13 متبادل اسپلیسڈ سیکوینسز اور تین غیر اسپلیسڈ فارمز ہیں جو دو متبادل پروموٹرز کو استعمال کرتے ہیں۔ ایم آر این اے کی مختلف قسمیں 8 مختلف ایکسون، متبادل، اوور لیپنگ ایکسون، اور انٹرن کے برقرار رکھنے کے امتزاج پر مختلف ہوتی ہیں۔ متبادل تقسیم کے علاوہ، ایم آر این اے 3 'سرے پر کٹوتی کے لحاظ سے مختلف ہوتے ہیں۔ متغیر 1 دس ایم آر این ایز میں سے ایک ہے جسے پروٹین کے لیے کوڈ دکھایا گیا ہے، جبکہ باقی بکواس ثالثی والے ایم آر این اے کے خاتمے کے پابند لگتے ہیں۔ C11orf73 آئسوفارم پروموٹر دی پروموٹر ریجن، GXP 47146 کی AceVव्यू نمائندگی، جینومیٹکس کے ایل ڈوراڈو ٹول کا استعمال کرتے ہوئے پائی گئی۔ 840 بی پی کی ترتیب ہیکیشی جین سے پہلے ڈی این اے پوائنٹس 86012753 سے 86013592 پر واقع ہے۔ پروموٹر 12 میں سے 12 آرتھولوگس اور 6 متعلقہ نقل کے لیے کوڈز میں محفوظ ہے۔ جینومیٹکس ایل ڈوراڈو ٹول سے محفوظ ٹرانسکرپشن فیکٹر بائنڈنگ سائٹس: ایم آر این اے پروڈکٹ کا ٹرمینیشن ٹرمینیشن جین کے سی ڈی این اے کے اندر انکوڈ کیا جاتا ہے۔ ایم آر این اے پروڈکٹ کے اختتامی خاتمے میں عام طور پر تین اہم خصوصیات ہوتی ہیں: پولی اے سگنل، پولی اے ٹیل، اور ترتیب کا ایک علاقہ جو اسٹیم لوپ ڈھانچہ تشکیل دے سکتا ہے۔ پولی اے سگنل ایک انتہائی محفوظ سائٹ ہے، چھ نیوکلیوٹائڈ طویل ترتیب۔ یوکرائٹس میں ترتیب اے اے ٹی اے اے ہے اور پولی اے سائٹ سے تقریبا 10-30 نیوکلیوٹائڈز پر واقع ہے۔ اے اے ٹی اے اے سیکوینس ایک انتہائی محفوظ، یوکرائیوٹک پولی اے سگنل ہے جو سگنل سیکوینس کے بعد ایم آر این اے پروڈکٹ 10-30 بیس جوڑوں کے پولیڈینایلیشن کا اشارہ کرتا ہے۔ C11orf73 کے لیے پولی اے سائٹ GTA ہے۔ جین اظہار ہیکیشی کو اوسط سے 2.3 گنا زیادہ کی اعلی سطح پر ہر جگہ ظاہر کرنے کا تعین کیا گیا تھا۔ C11orf73 انسانی بافتوں کی ایک بڑی تعداد میں ظاہر ہوتا ہے۔ ایکسپریشن پروفائلز اور یونیجین پر ای ایس ٹی پروفائل کے درمیان، صرف 11 بافتوں کو C11orf73 کا اظہار نہ کرنے کے لیے دکھایا گیا، غالبا بافت میں چھوٹے نمونے کے سائز کی وجہ سے۔ پروٹین انسانی ہیکیشی جین غیر خصوصیت والے پروٹین C11orf73 نامی پروٹین کے لیے انکوڈ کرتا ہے۔ ہومولوگس ماؤس L7rn6 جین کروموسوم 7 رنچک 6 پر مہلک جین نامی پروٹین کو انکوڈ کرتا ہے۔ 1 mfgclvagrl vqtaaqqva dkfvfdlpdy Esinhvvvfm lgtipfpegm ggsvyfsypd 61 smgmpvqll gfvtngkpsa iffkisglksg egsqhpfgam nivrtpsvaq igisvellds 121 mqtpvgna avssvdsftq ftqkmldnfy nfassfavsq aqmtpspsem fipanvvlkw 181 ینفکرلک این پی ایل ایف ڈبلیو کے ٹی انکوڈ شدہ انسانی پروٹین 197 امینو ایسڈ لمبا ہے۔ ماؤس پروٹین سے مشابہت کے ذریعے، انسانی ہیکیشی پروٹین کا فرضی فنکشن پھیپھڑوں کے خلیوں میں خفیہ آلات کی تنظیم اور فنکشن ہے۔ پروٹین ڈومین جسے DUF775 (ڈومین آف نامعلوم فنکشن 775) کے نام سے جانا جاتا ہے، انسانی ہیکیشی اور ماؤس L7rn6 پروٹین دونوں کے اندر واقع ہے۔ DUF775 ڈومین 197 امینو ایسڈ لمبا ہے، جس کی لمبائی پروٹین کے برابر ہے۔ دیگر پروٹین جو تعریف کے لحاظ سے DUF 775 سپر فیملی بناتے ہیں ان میں C11orf73 کے تمام آرتھولوگ شامل ہیں۔ ہائیڈرو پیتھی کے تجزیے سے پتہ چلتا ہے کہ پروٹین میں کوئی وسیع ہائیڈروفوبک علاقے نہیں ہیں اور اس لیے یہ نتیجہ اخذ کیا جاتا ہے کہ ہیکیشی ایک سائٹوپلاسمک پروٹین ہے۔ C11orf73 کے لیے آئسو الیکٹرک پوائنٹ 5.108 ہے جس سے پتہ چلتا ہے کہ یہ زیادہ تیزابی ماحول میں بہتر طریقے سے کام کرتا ہے۔ C11orf73 ترتیب کے لیے واحد SNP، یا سنگل نیوکلیوٹائڈ پولیمورفزم، پروٹین کے اندر امینو ایسڈ کی تبدیلی کا باعث بنتا ہے۔ دیگر ایس این پیز کی کمی کا سب سے زیادہ امکان ہیکیشی کے اعلی سطح کے تحفظ اور اس مہلک اثر کی وجہ سے ہے جو پروٹین میں تغیر سے جاندار پر پڑتا ہے۔ ایس این پی کے لیے فینوٹائپ نامعلوم ہے۔ جین پڑوس ہیکیشی کے آس پاس کے جین سی سی ڈی سی 81، ایم ای 3، اور ای ای ڈی ہیں۔ جینیاتی پڑوس کو دیکھا جاتا ہے تاکہ آس پاس کے جینوں کے فنکشن کو دیکھ کر جین کے ممکنہ فنکشن کی بہتر تفہیم حاصل کی جا سکے۔ سی سی ڈی سی 81 جین ایک غیر خصوصیت والے پروٹین پروڈکٹ کے لیے کوڈ کرتا ہے اور پلس اسٹرینڈ پر مبنی ہوتا ہے۔ سی سی ڈی سی 81 کا مطلب کنڈلی کنڈلی والے ڈومین کے لیے ہے جس میں 81 آئسوفارم 1 ہے۔ ایم ای 3 جین مائٹوکونڈریل میلک انزائم 3 کے پیش رو کے لیے کھڑا ہے۔ میلک انزائم کوفیکٹر کے طور پر این اے ڈی + یا این اے ڈی پی + کا استعمال کرتے ہوئے میلیٹ کے آکسیڈیٹیو ڈیکاربوکسیلیشن کو پائروویٹ میں اتپریرک کرتا ہے۔ ممالیہ کے بافتوں میں مالیک انزائم کی 3 الگ الگ آئسوفارم ہوتے ہیں: ایک سائٹوسولک این اے ڈی پی (+)-منحصر آئسوفارم، ایک مائٹوکونڈریل این اے ڈی پی (+)-منحصر آئسوفارم، اور ایک مائٹوکونڈریل این اے ڈی (+)-منحصر آئسوفارم۔ یہ جین مائٹوکونڈریل این اے ڈی پی (+) پر منحصر آئسوفارم کو انکوڈ کرتا ہے۔ اس جین کے لیے متعدد متبادل اسپلیسڈ ٹرانسکرپٹ متغیرات پائے گئے ہیں، لیکن کچھ متغیرات کی حیاتیاتی صداقت کا تعین نہیں کیا گیا ہے۔ ای ای ڈی جین جنین آکٹوڈرم ڈویلپمنٹ آئسوفارم بی کے لیے کھڑا ہے اور پولی کامب گروپ (پی سی جی) خاندان کا رکن ہے۔ پی سی جی خاندان کے اراکین ملٹی میرک پروٹین کمپلیکس بناتے ہیں، جو مسلسل خلیوں کی نسلوں میں جینوں کی نقل شدہ جابرانہ حالت کو برقرار رکھنے میں شامل ہوتے ہیں۔ یہ پروٹین زیسٹ 2 کے بڑھانے والے، انٹیگرن بیٹا 7 کی سائٹوپلاسمک دم، امیونو ڈیفیشینسی وائرس ٹائپ 1 (ایچ آئی وی-1) ایم اے پروٹین، اور ہسٹون ڈیسیٹیلیز پروٹین کے ساتھ تعامل کرتا ہے۔ یہ پروٹین ہسٹون ڈیسیٹیلیشن کے ذریعے جین کی سرگرمی کو دبانے میں ثالثی کرتا ہے، اور انٹیگرن فنکشن کے ایک مخصوص ریگولیٹر کے طور پر کام کر سکتا ہے۔ اس جین کے لیے الگ الگ آئسوفارم کو انکوڈنگ کرنے والی دو ٹرانسکرپٹ اقسام کی نشاندہی کی گئی ہے۔ تعاملات اسٹرینگ اور سگما-ایلڈرچ کے پسندیدہ جین پروگراموں نے C11orf73 کے ساتھ ممکنہ پروٹین تعاملات کی تجویز پیش کی۔ اے آر جی یو ایل 1، سی آر ایچ بی پی، اور ای ای ڈی ٹیکسٹ مائننگ سے اخذ کیے گئے تھے اور ایچ این ایف 4 اے سگما-ایلڈرچ سے آیا تھا۔ اے آر جی یو ایل 1 ایک نامعلوم پروٹین ہے جس کا فنکشن نامعلوم ہے۔ سی آر ایچ بی پی ایک کورٹیکوٹروفین ہے جو ہارمون بائنڈنگ پروٹین جاری کرتا ہے جو ممکنہ طور پر سگنل کاسکیڈ میں کردار ادا کر سکتا ہے جس میں ہیکیشی شامل یا فعال ہوتا ہے۔ ای ای ڈی، C11orf73 کا ایک پڑوسی پروٹین، ایک جنین آکٹوڈرم ڈویلپمنٹ پروٹین ہے اور پولی کامب گروپ (پی سی جی) خاندان کا رکن ہے۔ پی سی جی خاندان کے اراکین ملٹی میرک پروٹین کمپلیکس بناتے ہیں، جو مسلسل خلیوں کی نسلوں میں جینوں کی نقل شدہ جابرانہ حالت کو برقرار رکھنے میں شامل ہوتے ہیں۔ ایچ این ایف 4 اے ایک ٹرانسکرپشن ریگولیٹر ہے اور یہ معلوم نہیں ہے کہ آیا ایچ این ایف 4 اے C11orf73 کے اظہار کو منظم کرتا ہے یا صرف اس کے ساتھ تعامل کرتا ہے۔ [12 ارتقاء کی تاریخ حیاتیات کی ارتقائی تاریخ کا تعین ایک فائیلوجنیٹک درخت بنانے کے لیے وقت کے حوالے کے طور پر آرتھولوگس کے سلسلے کا استعمال کرتے ہوئے کیا جا سکتا ہے۔ CLUSTALW متعدد ترتیبات کا موازنہ کرتا ہے، پروگرام کو C11orf73 کے آرتھولوگس کی بنیاد پر اس طرح کا فائیلوجنیٹک ٹری بنانے کے لیے بھی استعمال کیا جا سکتا ہے۔ دائیں طرف کا درخت انحراف کے وقت پر مبنی ٹائم لائن کے ساتھ پیدا شدہ فائیلوجنیٹک درخت کو دکھاتا ہے۔ ہیکیشی آرتھولوگس سے بنا ہوا درخت ادب کے فائیلوجنیٹک درخت سے ملتا جلتا ہے، یہاں تک کہ مچھلی، پرندوں اور فنگی جیسے اسی طرح کے حیاتیات کو بھی اکٹھا کرتا ہے۔ آرتھولوگس ہومولوگس سیکوینسز آرتھولوگس ہوتے ہیں اگر انہیں کسی سپیسیشن ایونٹ کے ذریعے الگ کیا گیا ہو: جب کوئی نوع دو الگ الگ انواع میں جدا ہو جاتی ہے، تو اس کے نتیجے میں پیدا ہونے والی انواع میں ایک ہی جین کی مختلف کاپیاں آرتھولوگس بتائی جاتی ہیں۔ آرتھولوگس، یا آرتھولوگس جین، مختلف انواع کے جین ہیں جو ایک دوسرے سے ملتے جلتے ہیں کیونکہ وہ ایک مشترکہ آباؤ اجداد سے پیدا ہوئے ہیں۔ آرتھولوگس سلسلے حیاتیات کی درجہ بندی اور فائیلوجنیٹک مطالعات میں مفید معلومات فراہم کرتے ہیں۔ جینیاتی انحراف کا نمونہ حیاتیات کے تعلق کا پتہ لگانے کے لیے استعمال کیا جا سکتا ہے۔ دو جاندار جو بہت قریب سے جڑے ہوئے ہیں ممکنہ طور پر دو آرتھولوگس کے درمیان بہت ملتے جلتے ڈی این اے کے سلسلے کو ظاہر کرتے ہیں۔ اس کے برعکس، ایک جاندار جسے دوسرے جاندار سے ارتقاء کے لحاظ سے مزید ہٹا دیا جاتا ہے، اس کا مطالعہ کیے جانے والے آرتھولوگس کی ترتیب میں زیادہ انحراف ظاہر ہونے کا امکان ہے۔ ٹیبل آف کروموسوم 11 اوپن ریڈنگ فریم 73 آرتھولوگس ٹیبل پروٹین کا نام، الحاق نمبر، نیوکلیوٹائڈ شناخت، پروٹین شناخت، اور ای-ویلیوز کے ساتھ 13 ترتیبات (12 آرتھولوگس، 1 اصل ترتیب) دکھاتا ہے۔ الحاق نمبر این سی بی آئی پروٹین ڈیٹا بیس سے شناختی نمبر ہیں۔ نیوکلیوٹائڈ سیکوینس کو ڈی بی ایس او آر سی ای سے پروٹین کے سیکوینس پیج سے حاصل کیا جا سکتا ہے، جو رسائی نمبر دیتا ہے اور نیوکلیوٹائڈ کے سیکوینس پیج کا لنک ہے۔ ہر آرتھولوگ اور اس کے متعلقہ حیاتیات کے لیے نیوکلیوٹائڈ اور پروٹین کی ترتیب دونوں کی لمبائی بھی جدول میں درج ہے۔ ترتیب کی لمبائی کے آگے اصل ہیکیشی جین کے آرتھولوگ کی شناخت ہوتی ہے۔ شناخت اور ای-ویلیوز ایس ڈی ایس سی بائیولوجی ورک بینچ اور این سی بی آئی سے BLAST سے عالمی صف بندی پروگرام، ALIGN کا استعمال کرتے ہوئے حاصل کیے گئے تھے۔ گراف زیادہ تر لکیری وکر پیدا کرنے کے لیے حیاتیات کے انحراف کے وقت کے خلاف آرتھولوگ کی فیصد شناخت کو ظاہر کرتا ہے۔ منحنی خطوط کے اندر دو اہم جوڑے بالترتیب تقریبا 450 ملین سال اور 1150 ملین سال پہلے جین کی نقل کے اوقات کی نشاندہی کرتے ہیں۔ جین کی نقلیں شاید ہیکیشی کے انتہائی محفوظ آرتھولوگس سے اتنی مختلف ہیں کہ یہ بلنک یا BLAST ٹولز کا استعمال کرتے ہوئے نہیں پایا گیا تھا۔ قیمت m (امینو ایسڈ کی تبدیلیوں کی کل تعداد جو 100 امینو ایسڈ کے حصے میں واقع ہوئی ہے)، جو کہ n کی درست قیمت ہے (ٹیمپلیٹ کی ترتیب سے امینو ایسڈ کے فرق کی تعداد)، بھی λ کا حساب لگانے کے لیے استعمال ہوتی ہے (اوسط امینو ایسڈ کی تبدیلیاں فی سال، عام طور پر λE9 کی اقدار میں ظاہر ہوتی ہیں)۔ m/100 =-ln (1-n/100) λ = (m/100)/(2 * T) حوالہ جات بیرونی روابط انسانی پروٹین