AutoDock
آٹو ڈاک ایک مالیکیولر ماڈلنگ تخروپن سافٹ ویئر ہے۔ یہ خاص طور پر پروٹین-لیگینڈ ڈاکنگ کے لیے موثر ہے۔ آٹو ڈاک 4 جی این یو جنرل پبلک لائسنس کے تحت دستیاب ہے۔ آٹو ڈاک تحقیقی برادری میں سب سے زیادہ حوالہ شدہ ڈاکنگ سافٹ ویئر ایپلی کیشنز میں سے ایک ہے۔ یہ ایچ آئی وی/ایڈز اور کووڈ-19 کے خلاف اینٹی وائرل کی تلاش کے لیے ورلڈ کمیونٹی گرڈ میں چلائے جانے والے FightAIDS@Home اور اوپن پینڈیمکس-کووڈ-19 پروجیکٹوں کے ذریعے استعمال کیا جاتا ہے۔ فروری 2007 میں، آئی ایس آئی سائٹیشن انڈیکس کی تلاش سے پتہ چلا کہ بنیادی آٹو ڈاک طریقہ کار کے کاغذات کا استعمال کرتے ہوئے 1,100 سے زیادہ اشاعتوں کا حوالہ دیا گیا تھا۔ 2009 تک یہ تعداد 1,200 سے تجاوز کر گئی۔ آٹو ڈاک وینا آٹو ڈاک کا جانشین ہے، جس میں درستگی اور کارکردگی کے لحاظ سے نمایاں بہتری آئی ہے۔ یہ اپاچی لائسنس کے تحت دستیاب ہے۔ آٹو ڈاک اور وینا دونوں کو فی الحال سکریپس ریسرچ کے ذریعے برقرار رکھا جاتا ہے، خاص طور پر سینٹر فار کمپیوٹیشنل اسٹرکچرل بائیولوجی (سی سی ایس بی) جسے ڈاکٹر آرتھر جے اولسن آٹو ڈاک کی قیادت میں بڑے پیمانے پر استعمال کیا جاتا ہے اور اس نے مرک اینڈ کمپنی کے ذریعے پہلے طبی طور پر منظور شدہ ایچ آئی وی-1 انٹیگریز انفیکٹر کی ترقی میں کردار ادا کیا ہے۔ آٹو ڈاک پروگرام دو اہم پروگراموں پر مشتمل ہے: ہدف پروٹین کو بیان کرنے والے گرڈ کے سیٹ پر لگینڈ کی ڈاکنگ کے لیے آٹو ڈاک ؛ ان گرڈوں کا پہلے سے حساب لگانے کے لیے آٹو گرڈ۔ آٹو ڈاک کے استعمال نے ایچ آئی وی 1 انٹیگریز انفیکٹرز سمیت کئی ادویات کی دریافت میں اہم کردار ادا کیا ہے۔ پلیٹ فارم سپورٹ آٹو ڈاک لینکس، میک او ایس ایکس، ایس جی آئی آئی آر آئی ایکس، اور مائیکروسافٹ ونڈوز پر چلتا ہے۔ یہ ڈیبین، فیڈورا، اور آرچ لینکس سمیت کئی لینکس ڈسٹری بیوشن میں ایک پیکیج کے طور پر دستیاب ہے۔ مائیکروسافٹ ونڈوز پر مقامی 64 بٹ موڈ میں ایپلی کیشن کو مرتب کرنا سافٹ ویئر کے تیز تر فلوٹنگ پوائنٹ آپریشن کو قابل بناتا ہے۔ آٹو ڈاک سکریپس ریسرچ ٹیم نے اوپن سی ایل اور سی یو ڈی اے کا استعمال کرتے ہوئے جی پی یو کے لیے آٹو ڈاک کے بہتر ورژن تیار کیے ہیں۔ اس کے نتیجے میں سی پی یو پر اصل سیریل آٹو ڈاک 4.2 (سولس ویٹس) پر 4x (کواڈ کور سی پی یو) اور 56x (جی پی یو) تک کی مشاہدہ شدہ رفتار میں اضافہ ہوتا ہے۔ سی یو ڈی اے ورژن سکریپس ریسرچ ٹیم اور این ویڈیا کے درمیان تعاون سے تیار کیا گیا تھا جبکہ اوپن سی ایل ورژن کو آئی بی ایم ورلڈ کمیونٹی گرڈ ٹیم کے تعاون سے مزید بہتر بنایا گیا تھا۔ آٹو ڈاک وینا آٹو ڈاک کا ایک جانشین آٹو ڈاک وینا ہے، جس میں مقامی تلاش کا معمول بہتر ہے اور یہ ملٹی کور/ملٹی-سی پی یو کمپیوٹر سیٹ اپ کا استعمال کرتا ہے۔ آٹو ڈاک وینا کو سافٹ ویئر استعمال کرنے والے کئی ورلڈ کمیونٹی گرڈ پروجیکٹوں میں 64 بٹ لینکس آپریٹنگ سسٹم کے تحت نمایاں طور پر تیزی سے چلانے کے لیے جانا جاتا ہے۔ آٹو ڈاک وینا فی الحال ورژن 1.2 پر ہے، جو جولائی 2021 میں جاری کیا گیا تھا۔ تھرڈ پارٹی بہتری اور ٹولز ایک اوپن سورس پروجیکٹ کے طور پر، آٹو ڈاک نے کئی تھرڈ پارٹی بہتر ورژن حاصل کیے ہیں جیسے: آٹو ڈاک وینا (اسمینا) کے ساتھ اسکورنگ اور منیمائزیشن آٹو ڈاک وینا کا ایک کانٹا ہے جس میں فنکشن ڈویلپمنٹ اور توانائی کو کم کرنے کے لیے بہتر سپورٹ ہے۔ آف ٹارگیٹ پائپ لائن بڑے منصوبوں کے اندر آٹو ڈاک کے انضمام کی اجازت دیتی ہے۔ اتفاق رائے اسکورنگ ٹول کٹ متعدد اسکورنگ افعال اور اتفاق رائے اسکورنگ مساوات کی انشانکن کے ساتھ آٹو ڈاک وینا پوز کی بازیابی فراہم کرتا ہے۔ وی ایس ایل اے بی ایک وی ایم ڈی پلگ ان ہے جو براہ راست وی ایم ڈی سے آٹو ڈاک کے استعمال کی اجازت دیتا ہے۔ پائ آر ایکس آٹو ڈاک کے ساتھ ورچوئل اسکریننگ چلانے کے لیے ایک اچھا جی یو آئی فراہم کرتا ہے۔ پی آر ایکس میں ایک ڈاکنگ وزرڈ شامل ہے اور آپ اسے کلاؤڈ یا ایچ پی سی کلسٹر میں آٹو ڈاک وینا چلانے کے لیے استعمال کر سکتے ہیں۔ پی او اے پی شیل اسکرپٹ پر مبنی ٹول ہے جو لگینڈ کی تیاری سے لے کر ڈاکنگ تجزیہ پوسٹ کرنے تک ورچوئل اسکریننگ کے لیے آٹو ڈاک کو خودکار بناتا ہے۔ ورچوئل فلو آٹو ڈاک وینا پر مبنی ڈاکنگ پروگراموں کا استعمال کرتے ہوئے کمپیوٹر کلسٹرز اور کلاؤڈ پر انتہائی بڑی ورچوئل اسکریننگ کرنے کی اجازت دیتا ہے، جس سے باقاعدگی سے اربوں مرکبات کی اسکریننگ کی جا سکتی ہے۔ ایف پی جی اے ایکسلریشن عام پروگرام کے قابل چپس کو شریک پروسیسرز کے طور پر استعمال کرتے ہوئے، خاص طور پر اومیکسن تجرباتی پروڈکٹ، اسپیڈ اپ معیاری انٹیل ڈوئل کور 2 گیگا ہرٹز سی پی یو کی رفتار 10x-100x کے دائرے میں تھا۔ پروٹین-لیگینڈ ڈاکنگ سافٹ ویئر کی ڈاکنگ (مالیکیولر) ورچوئل اسکریننگ لسٹ بھی دیکھیں حوالہ جات بیرونی لنکس آٹو ڈاک ہوم پیج آٹو ڈاک وینا ہوم پیج مالیکیولر ماڈلنگ سافٹ ویئر مالیکیولر ماڈلنگ فری اور اوپن سورس سافٹ ویئر