Downstream-peptide motif
ڈاؤن اسٹریم-پیپٹائڈ موٹف سے مراد ایک محفوظ آر این اے ڈھانچہ ہے جس کی شناخت بائیو انفارمیٹکس کے ذریعہ سائانوبیکٹیریل جنرا سائنکوکوکس اور پروکلوروکوکس میں کی جاتی ہے اور ایک فیج جو اس طرح کے بیکٹیریا کو متاثر کرتا ہے۔ یہ غیر کاشت شدہ بیکٹیریا کے ڈی این اے کے سمندری نمونوں میں بھی پایا گیا تھا، جو ممکنہ طور پر سائانوبیکٹیریا کی دیگر اقسام ہیں۔ ڈاؤن اسٹریم-پیپٹائڈ آر این اے شارٹ اوپن ریڈنگ فریموں (او آر ایف) کے اوپر کی طرف پائے جاتے ہیں جن کی پیش گوئی کی جاتی ہے کہ وہ شارٹ پیپٹائڈز (عام طور پر 17 اور 100 امینو ایسڈ کے درمیان) کو انکوڈ کریں گے۔ او آر ایف میں سے ایک بظاہر کم منظم ہوتا ہے جب خلیات نائٹروجن کے ذرائع کی ناکافی فراہمی کے ساتھ اگائے جاتے ہیں۔ ڈاؤن اسٹریم-پیپٹائڈ موٹف کی ساختی مشابہت ایک مختلف امیدوار آر این اے ڈھانچے سے ہے جسے گلنا آر این اے موٹف کہا جاتا ہے جسے سائانوبیکٹیریا میں ایک فعال گلوٹامین بائنڈنگ رائبوسوچ دکھایا گیا تھا۔ سب سے زیادہ نمایاں مماثلت دونوں نقشوں کے P1 تنے کے اندر نیوکلیوٹائڈ کا تحفظ ہے، اور اس اور دیگر مماثلتوں پر پہلے تبادلہ خیال کیا گیا تھا۔ یہ قیاس کیا گیا تھا کہ ڈاؤن اسٹریم-پیپٹائڈ آر این اے ثبوت کی متعدد لائنوں کی بنیاد پر رائبوسوائٹس سے مطابقت رکھتے ہیں۔ سب سے پہلے، جی ایل این اے آر این اے اکثر نائٹروجن میٹابولزم میں شامل جینوں کی متعدد کلاسوں کے متوقع 5 'غیر ترجمہ شدہ علاقوں میں واقع ہوتے ہیں۔ یہ، اور دیگر شواہد سے پتہ چلتا ہے کہ جی ایل این اے آر این اے رائبوسوائٹس ہیں، اور ان کی ساختی مماثلت ڈاؤن اسٹریم-پیپٹائڈ آر این اے سے ملتی ہے جس سے پتہ چلتا ہے کہ ڈاؤن اسٹریم-پیپٹائڈ آر این اے بھی رائبوسوائٹس ہیں۔ دوسرا، ڈاون اسٹریم-پیپٹائڈز مستقل طور پر ایک ایسی جگہ پر رکھے جاتے ہیں جو نیچے کی طرف والے او آر ایف کو منظم کرنے میں سی آئی ایس-ریگولیٹری کردار کے مطابق ہوتا ہے، حالانکہ او آر ایف کا حیاتیاتی کردار نامعلوم ہے۔ تیسرا، سڈوکناٹ ڈھانچے میں ایک اعتدال پسند پیچیدگی ہوتی ہے جو رائبوسوچوں کی خصوصیت ہے۔ آخر میں، نائٹروجن کی دستیابی کے ذریعہ نیچے کی طرف او آر ایف کے ضابطے کا مشاہدہ بھی عنصر کے سی آئی ایس-ریگولیٹری کردار کی تجویز کرتا ہے۔ اس مفروضے کی تائید بائیو کیمیکل اور جینیاتی اعداد و شمار سے ہوتی ہے۔ سب سے پہلے، ڈاؤن اسٹریم-پیپٹائڈ آر این اے اور جی ایل این اے آر این اے دونوں منتخب طور پر گلوٹامین کو باندھتے ہیں۔ دوسرا، ڈاؤن اسٹریم-پیپٹائڈ موٹف کے رپورٹر جین تجزیہ سے پتہ چلا کہ یہ آر این اے گلوٹامین کے پابند ہونے پر رپورٹر جین کے اظہار کو فروغ دیتا ہے اور اس وجہ سے اسے ایک فعال رائبوسوچ سمجھا جا سکتا ہے۔ ڈاؤن اسٹریم-پیپٹائڈ موٹف کے ذریعے ریگولیٹ کیے جانے والے ممکنہ امیدوار وہ جین ہیں جو اکثر اپنے 5 'یو ٹی آر میں ڈاؤن اسٹریم-پیپٹائڈ موٹف کو رکھتے ہیں اور چھوٹے، نامعلوم پروٹین کو انکوڈ کرتے ہیں جن میں DUF4278 ہوتا ہے اور یہ گلوٹامین سنتھٹیس کے تخیلاتی ریگولیٹر ہوتے ہیں۔ اس مفروضے کی تائید اس نتیجے سے ہوتی ہے کہ DUF4278 پر مشتمل گلوٹامین سنتھٹیس انفیکٹو فیکٹر IF17 انکوڈنگ جین gifB کے اظہار کو ساختی طور پر متعلقہ glnA RNA موٹف کے ذریعے منظم کیا گیا تھا۔ ڈاؤن اسٹریم-پیپٹائڈ آر این اے ایک پیش گوئی شدہ غیر کوڈنگ آر این اے کو اوورلیپ کرتے ہیں جسے وائی ایف آر 6 کہا جاتا ہے جس کی لمبائی 200 سے زیادہ نیوکلیوٹائڈز ہوتی ہے، لیکن یہ تجویز کیا گیا تھا کہ صرف اوپر کی طرف کا علاقہ (ڈاؤن اسٹریم-پیپٹائڈ موٹف سے مطابقت رکھتا ہے) آر این اے ڈھانچے کے طور پر کام کرتا ہے۔ ایک الگ پیش گوئی شدہ غیر کوڈنگ آر این اے جسے وائی ایف آر 14 کہا جاتا ہے، وائی ایف آر 6 اور ڈاؤن اسٹریم پیپٹائڈ آر این اے دونوں کو اوورلیپ کرتا ہے۔ تاہم، یہ واضح نہیں ہے کہ آیا yfr6 یا yfr14 کا ڈاؤن اسٹریم-پیپٹائڈ رائبوسویچ کے اب قائم کردہ کردار سے باہر کوئی فنکشن ہے۔ حوالہ جات بیرونی روابط سی آئی ایس-ریگولیٹری آر این اے عناصر ربوسوچ