Scientific workflow system
سائنسی ورک فلو سسٹم ورک فلو مینجمنٹ سسٹم کی ایک خصوصی شکل ہے جو خاص طور پر سائنسی ایپلی کیشن میں کمپیوٹیشنل یا ڈیٹا ہیرا پھیری کے مراحل، یا ورک فلو کی ایک سیریز کو مرتب کرنے اور اس پر عمل درآمد کرنے کے لیے ڈیزائن کیا گیا ہے۔ ایپلی کیشنز تقسیم شدہ سائنس دان کمپیوٹنگ وسائل، ڈیٹا سیٹس اور آلات کے تقسیم شدہ نظاموں کا استعمال کرتے ہوئے بڑے پیمانے پر سائنسی تجربات اور علم کی دریافت کی ایپلی کیشنز کے انعقاد میں تعاون کر سکتے ہیں۔ سائنسی ورک فلو سسٹم اس وژن کو فعال کرنے میں اہم کردار ادا کرتے ہیں۔ مزید خصوصی سائنسی ورک فلو سسٹم ایک بصری پروگرامنگ فرنٹ اینڈ فراہم کرتے ہیں جو صارفین کو نوڈس کو ایک ساتھ جوڑ کر آسانی سے اپنی ایپلی کیشنز کو بصری گراف کے طور پر بنانے کے قابل بناتے ہیں، اور اس طرح کی ایپلی کیشنز کو پلیٹ فارم سے آزاد طریقے سے بنانے کے لیے ٹولز بھی تیار کیے گئے ہیں۔ ورک فلو کے گراف میں ہر ہدایت شدہ کنارے عام طور پر ایک ایپلی کیشن کے آؤٹ پٹ سے اگلے کے ان پٹ تک کنکشن کی نمائندگی کرتا ہے۔ ایسے کناروں کی ترتیب کو پائپ لائن کہا جا سکتا ہے۔ بائیو انفارمیٹکس ورک فلو مینجمنٹ سسٹم ایک خصوصی سائنسی ورک فلو سسٹم ہے جو بائیو انفارمیٹکس پر مرکوز ہے۔ سب سے آسان کمپیوٹرائزڈ سائنسی ورک فلو وہ اسکرپٹ ہیں جو ڈیٹا، پروگراموں اور دیگر ان پٹ کو کال کرتے ہیں اور آؤٹ پٹ تیار کرتے ہیں جن میں تصورات اور تجزیاتی نتائج شامل ہو سکتے ہیں۔ ان کو آر یا میٹ لیب جیسے پروگراموں میں لاگو کیا جا سکتا ہے، جس میں کمانڈ لائن انٹرفیس کے ساتھ ازگر جیسی اسکرپٹنگ زبان کا استعمال کیا جا سکتا ہے، یا حال ہی میں اوپن سورس ویب ایپلی کیشنز جیسے جپٹر نوٹ بک کا استعمال کیا جا سکتا ہے۔ سائنسی ورک فلو کو روایتی کاروباری عمل کے ورک فلو سے الگ کرنے کے بہت سے محرکات ہیں۔ ان میں شامل ہیں: انفرادی ایپلی کیشن سائنسدانوں کو خود اپنے ورک فلو بنانے کے لیے استعمال میں آسان ماحول فراہم کرنا۔ سائنسدانوں کے لیے انٹرایکٹو ٹولز فراہم کرنا جو انہیں اپنے ورک فلوز کو انجام دینے اور اپنے نتائج کو حقیقی وقت میں دیکھنے کے قابل بناتا ہے۔ سائنسدانوں کے درمیان ورک فلو کو بانٹنے اور دوبارہ استعمال کرنے کے عمل کو آسان بنانا۔ سائنسدانوں کو ورک فلو پر عمل درآمد کے نتائج اور ورک فلو تخلیق کے مراحل کی ابتدا کو ٹریک کرنے کے قابل بنانا۔ سائنسدانوں پر توجہ مرکوز کرنے سے، سائنسی ورک فلو سسٹم کو ڈیزائن کرنے کی توجہ ورک فلو شیڈولنگ سرگرمیوں سے ہٹ جاتی ہے، جن پر عام طور پر گرڈ کمپیوٹنگ ماحول کے ذریعے پہلے سے طے شدہ وسائل پر پیچیدہ حسابات کے نفاذ کو بہتر بنانے کے لیے غور کیا جاتا ہے، اس ڈومین کے مخصوص نقطہ نظر کی طرف کہ کس قسم کے ڈیٹا، ٹولز اور تقسیم شدہ وسائل کو سائنسدانوں کو دستیاب کرایا جانا چاہیے اور کوئی انہیں آسانی سے قابل رسائی کیسے بنا سکتا ہے اور مخصوص معیار کی خدمات کی ضروریات کے ساتھ سائنسی ورک فلو کو اب سائبر انفراسٹرکچر کے ایک اہم عنصر کے طور پر تسلیم کیا جاتا ہے، جس سے ای سائنس کو سہولت ملتی ہے۔ عام طور پر مڈل ویئر پرت کے اوپر بیٹھے ہوئے، سائنسی ورک فلو ایک ایسا ذریعہ ہے جس کے ذریعے سائنس دان ماڈل بنا سکتے ہیں، ڈیزائن کر سکتے ہیں، انجام دے سکتے ہیں، ڈیبگ کر سکتے ہیں، دوبارہ ترتیب دے سکتے ہیں، اور اپنی تجزیہ اور بصری پائپ لائنز کو دوبارہ چلا سکتے ہیں۔ قائم شدہ سائنسی طریقہ کار کا ایک حصہ نتیجہ کی ابتدا، اسے کیسے حاصل کیا گیا، تجرباتی طریقوں کا استعمال، مشین کیلیبریشن اور پیرامیٹرز وغیرہ کا ریکارڈ بنانا ہے۔ ای سائنس میں بھی ایسا ہی ہے، سوائے اس کے کہ پروونینس ڈیٹا ورک فلو کی سرگرمیوں، خدمات اور ڈیٹا بیس تک رسائی، استعمال شدہ ڈیٹا سیٹ وغیرہ کا ریکارڈ ہے۔ اس طرح کی معلومات ایک سائنسدان کے لیے اپنے ورک فلو کے نتائج کی تشریح کرنے اور دوسرے سائنسدانوں کے لیے تجرباتی نتائج پر اعتماد قائم کرنے کے لیے مفید ہے۔ ورک فلوز کا اشتراک سوشل نیٹ ورکنگ کمیونٹیز جیسے کہ مائی ایکسپیرمنٹ کو سائنسی ورک فلوز کے اشتراک اور باہمی تعاون کی ترقی کو آسان بنانے کے لیے تیار کیا گیا ہے۔ کہکشاں براہ راست کہکشاں کی تنصیب پر ورک فلو کی تعریفوں اور ورک فلو کے نتائج کی ترمیم اور اشاعت کے لیے باہمی تعاون کا طریقہ کار فراہم کرتی ہے۔ تجزیہ تمام سائنسی ورک فلو سسٹمز کی بنیاد پر ایک کلیدی مفروضہ یہ ہے کہ سائنس دان خود بصری فلو چارٹنگ، منطق ڈائیگرامنگ، یا آخری حربے کے طور پر، ورک فلو منطق کو بیان کرنے کے لیے کوڈ لکھنے کی بنیاد پر اپنی ایپلی کیشنز تیار کرنے کے لیے ورک فلو سسٹم کا استعمال کر سکیں گے۔ طاقتور ورک فلو سسٹم غیر پروگرامرز کے لیے آسان فلو چارٹنگ ٹولز کا استعمال کرتے ہوئے پہلے ورک فلو کے مراحل کا خاکہ بنانا، اور پھر مختلف ڈیٹا کے حصول، تجزیہ، اور رپورٹنگ ٹولز کو جوڑنا آسان بناتا ہے۔ زیادہ سے زیادہ پیداواریت کے لیے، بنیادی پروگرامنگ کوڈ کی تفصیلات عام طور پر چھپائی جانی چاہئیں۔ ورک فلو تجزیہ کی تکنیکوں کو اس طرح کے ورک فلو کی خصوصیات کا تجزیہ کرنے کے لیے استعمال کیا جا سکتا ہے تاکہ ان پر عمل درآمد کرنے سے پہلے کچھ خصوصیات کی تصدیق کی جا سکے۔ سائنسی ورک فلوز کے کنٹرول فلو پہلوؤں کی تصدیق اور پروفائلنگ کے لیے نظریاتی رسمی تجزیہ فریم ورک کی ایک مثال اور ڈسکوری نیٹ سسٹم کے لیے ان کے ڈیٹا فلو پہلوؤں کو پیپر میں بیان کیا گیا ہے، کرسن ایٹ ال کے ذریعہ "ورک فلو تجزیہ ٹول کا ڈیزائن اور نفاذ"۔ مصنفین نے نوٹ کیا کہ ورک فلو کی دنیا میں پروگرام تجزیہ اور تصدیق کو متعارف کرانے کے لیے ورک فلو زبان کے نفاذ کے الفاظ کی تفصیلی تفہیم کی ضرورت ہوتی ہے، جس میں ورک فلو گراف میں نوڈس اور آرکس کی کارکردگی کی خصوصیات، ورک فلو پیٹرن کے درمیان فعال مساوات کو سمجھنا، اور بہت سے دوسرے مسائل شامل ہیں۔ اس طرح کا تجزیہ کرنا مشکل ہے، اور ان مسائل کو حل کرنے کے لیے کمپیوٹر سائنس کی تحقیق میں استعمال ہونے والے رسمی طریقوں کو اپنانے کی ضرورت ہوتی ہے۔ پیٹری نیٹ) اور ورک فلو اور ورک فلو سسٹم دونوں کی خصوصیات کے بارے میں استدلال کرنے کے لیے صارف کی سطح کے ٹولز تیار کرنے کے لیے ان رسمی طریقوں پر عمل کرنا۔ ماضی میں اس طرح کے ٹولز کی کمی نے خودکار ورک فلو مینجمنٹ کے حل کو اچھے تعلیمی کھلونوں سے لے کر ابتدائی اپنانے والوں اور ورک فلو کے شوقین افراد کے تنگ دائرے سے باہر استعمال ہونے والے پروڈکشن سطح کے ٹولز تک پختہ ہونے سے روک دیا۔ قابل ذکر سائنسی ورک فلو سسٹمز میں شامل ہیں: اینڈورل، بائیو انفارمیٹکس اور امیج تجزیہ اپاچی ایراوٹا، ایک عام مقصد کے ورک فلو مینجمنٹ سسٹم اپاچی ایئر فلو، ایک عام مقصد کے ورک فلو مینجمنٹ سسٹم اپاچی ٹاورنا، جو بائیو انفارمیٹکس، فلکیات، حیاتیاتی تنوع بائیوبیک میں بڑے پیمانے پر استعمال ہوتا ہے، کلاؤڈ پر مبنی بائیو انفارمیٹکس پلیٹ فارم بائیو کلپس، ایک گرافیکل ورک بینچ، ایک اسکرپٹنگ ماحول کے ساتھ جو آپ کو ایک قسم کے ورک فلو کے طور پر پیچیدہ اعمال انجام دینے دیتا ہے۔ اجتماعی علم، جے ایس او این اے پی آئی اور کراس پلیٹ فارم پیکیج مینیجر کامن ورک فلو لینگویج کے ساتھ ایک ازگر پر مبنی عمومی ورک فلو اور تجرباتی ہجوم سورسنگ فریم ورک، ایک کمیونٹی تیار کردہ وائی اے ایم ایل پر مبنی ورک فلو زبان، جس کو متعدد انجن کے نفاذ کی حمایت حاصل ہے۔ کونیفارم، ایک فعال ورک فلو زبان۔ ڈسکوری نیٹ، سائنسی ورک فلو سسٹم کہکشاں کی ابتدائی مثالوں میں سے ایک، ابتدائی طور پر جینومکس جین پیٹرن کو نشانہ بنایا گیا، جو ایک طاقتور سائنسی ورک فلو سسٹم ہے جو سینکڑوں جینومک تجزیہ ٹولز تک رسائی فراہم کرتا ہے۔ کیپلر، ایک سائنسی ورک فلو مینجمنٹ سسٹم KNIME، ایک اوپن سورس ڈیٹا اینالیٹکس پلیٹ فارم پیگاسس، ایک اوپن سورس سائنسی ورک فلو مینجمنٹ سسٹم آن لائن ایچ پی سی، آن لائن سائنسی ورک فلو ڈیزائنر اور ہائی پرفارمنس کمپیوٹنگ ٹول کٹ اورنج، اوپن سورس ڈیٹا ویژوئلائزیشن اور تجزیہ پائپ لائن پائلٹ، کیمینفارمیٹکس ورک فلوز سوئفٹ متوازی اسکرپٹنگ زبان سے نمٹنے کے لیے بہت سے ٹولز کے ساتھ گرافیکل پروگرامنگ، ایک اسکرپٹنگ زبان جس میں سائنسی ورک فلو سسٹمز کی بہت سی صلاحیتیں بلٹ ان ہیں۔ ویز ٹریلز، پائیتھن میں تیار کردہ ایک سائنسی ورک فلو سسٹم 280 سے زیادہ کمپیوٹیشنل ڈیٹا تجزیہ ورک فلو سسٹم کی نشاندہی کی گئی ہے، حالانکہ ڈیٹا تجزیہ ورک فلو اور سائنسی ورک فلو کے درمیان فرق سیال ہے، کیونکہ تمام تجزیہ ورک فلو سسٹم سائنسی مقاصد کے لیے استعمال نہیں ہوتے ہیں۔ بائیو انفارمیٹکس ورک فلو مینجمنٹ سسٹم ای سائنس گرڈ کمپیوٹنگ ورک فلو انجن حوالہ جات بیرونی روابط سائنسی ورک فلو سسٹم-کیا ایک سائز سب میں فٹ ہو سکتا ہے؟ CIBEC '08 میں متعدد سائنسی ورک فلو سسٹمز کی خصوصیات کا موازنہ کرنے والا مقالہ۔ ڈیٹا ون ویب سائٹ ورک فلو ایپلی کیشنز ورک فلو سسٹم پر سائنسی ورک فلو سے متعلق سافٹ ویئر ٹولز کی فہرست