BRENDA tissue ontology
برینڈا ٹشو آنٹولوجی (بی ٹی او) ایک جامع ساختہ انسائیکلوپیڈیا کی نمائندگی کرتا ہے۔ یہ انزائم کے ذرائع کے طور پر بافتوں، اعضاء، جسمانی ڈھانچوں، پودوں کے حصوں، خلیوں کی ثقافتوں، خلیوں کی اقسام، اور تمام درجہ بندی گروپوں (جانوروں، پودوں، فنگی، پروٹوزون) کے حیاتیات کی سیل لائنوں کی اصطلاحات، درجہ بندی اور تعریفیں فراہم کرتا ہے۔ یہ معلومات بی آر ای این ڈی اے ("براؤنشویگ اینزیم ڈیٹابیس") انزائم انفارمیشن سسٹم میں فنکشنل ڈیٹا سے منسلک ہے۔ بی ٹی او لائف سائنسز میں ٹشو کے لیے مخصوص پہلی آنٹولوجیز میں سے ایک ہے، جو کسی مخصوص جاندار یا کسی مخصوص جاندار گروپ تک محدود نہیں ہے، جو ٹشو اور سیل کی قسم کی معلومات کی وسیع رینج تک صارف دوست رسائی فراہم کرتا ہے۔ ڈیٹا بیس، جیسے کہ آنٹولوجی لک اپ سروس یا ایس ای ایس، جیسے کہ میریم رجسٹری یا ای بی آئی-ای ایم بی ایل، ٹشو ڈسٹری بیوشن ڈی بی، بشمول ہیڈلبرگ میں جرمن کینسر ریسرچ سینٹر (ڈی کے ایف زیڈ) کی ٹشو مترادف لائبریری یا اسٹینفورڈ، یو ایس اے میں نیشنل سینٹر فار بائیو میڈیکل آنٹولوجی کا بائیو پورٹل پلیٹ فارم، بی ٹی او پر انحصار کرتے ہیں اور انسائیکلوپیڈیا کو اپنے متعلقہ پلیٹ فارم میں معلومات کے لازمی ذخیرے کے طور پر نافذ کرتے ہیں۔ بی ٹی او طبی تحقیق اور دواسازی کے علوم کے صارفین کو بافتوں میں بیماری سے متعلق انزائموں کی موجودگی اور ہسٹولوجیکل پتہ لگانے کے قابل بناتا ہے، جو تشخیص، علاج اور منشیات کی نشوونما میں اہم کردار ادا کرتے ہیں۔ بائیو کیمسٹری اور بائیو ٹیکنالوجی میں انزائم فنکشنل ڈیٹا سے منسلک حیاتیات سے متعلق مخصوص ٹشو کی اصطلاحات لائف سائنسز میں میٹابولزم اور ریگولیشن کو سمجھنے کے لیے ایک اہم وسیلہ ہیں۔ آنٹولوجیز درجہ بندی کے نظام کی نمائندگی کرتی ہیں جو کنٹرول شدہ اور منظم الفاظ فراہم کرتی ہیں۔ وہ ارتقائی ارتباط کو واضح کرنے اور جوڑنے کے لیے اہم اوزار ہیں۔ بی ٹی او کی ترقی 2003 میں شروع ہوئی، جس کا مقصد بی آر ای این ڈی اے کے بائیو کیمیکل اور مالیکیولر بائیولوجیکل انزائم ڈیٹا کو ٹشو مخصوص اصطلاحات کے درجہ بندی اور معیاری مجموعہ سے جوڑنا ہے۔ بی آر ای این ڈی اے میں فنکشنل انزائم ڈیٹا اور معلومات کو بائیو کیمسٹری، بائیولوجی اور کیمسٹری کے ماہرین نے دستی طور پر تشریح اور تشکیل دی ہے۔ اکتوبر 2022 تک، بی ٹی او میں 6,527 سے زیادہ اصطلاحات تھیں، جو 6,065 مترادفات اور 5,474 تعریفوں سے منسلک تھیں۔ اصطلاحات کو جین آنٹولوجی کنسورشیم (جی او،) کے عام زمروں، قواعد اور فارمیٹس کے تحت درجہ بند کیا گیا ہے، جو اوپن سورس او بی او-ایڈیٹ کا استعمال کرتے ہوئے بنائے گئے ڈائریکٹڈ ایسائکلک گراف (ڈی اے جی) کے طور پر منظم ہیں۔ ہر سطح سے تمام اصطلاحات براہ راست برینڈا میں انزائم ڈیٹا سے جڑی ہوئی ہیں۔ بی ٹی او مختلف انزائموں کے درمیان فرق کرنے کے لیے ایک موزوں ٹول ہے جو ٹشو مخصوص انداز میں ظاہر ہوتے ہیں۔ مواد اور خصوصیات بی ٹی او برینڈا انزائم انفارمیشن سسٹم کے جامع انزائم مخصوص ڈیٹا پر مبنی ہے۔ فی الحال (اکتوبر 2019) 11,000 سے زیادہ پروٹینوں سے 112,200 انزائم-حیاتیات-ٹشو کے مخصوص اعداد و شمار برینڈا میں محفوظ ہیں۔ ان اندراجات کو 150,000 سے زیادہ مختلف ادبی حوالوں سے دستی طور پر بیان کیا گیا تھا۔ بی ٹی او میں تمام اصطلاحات کا جائزہ لیا جاتا ہے اور او بی او فارمیٹ کے مطابق ان کی درجہ بندی کی جاتی ہے، اور وہ مخصوص تعلقات سے جڑے ہوتے ہیں۔ ہر اصطلاح آنٹولوجی کے اندر ایک الگ اندراج ہے اور خود بخود ایک منفرد بی ٹی او-شناخت کنندہ (بی ٹی او-آئی ڈی) کو تفویض کیا جاتا ہے۔ بی ٹی او-آئی ڈیز مستحکم رسائی نمبروں کے طور پر کام کرتے ہیں تاکہ مزید بیرونی بائیو کیمیکل ڈیٹا بیس کے لیے کراس حوالہ جات تیار کیے جا سکیں۔ مزید ٹشو اینڈ سیل ٹائپ بیرونی ڈیٹا بیس سے مخصوص اصطلاحات (یعنی۔ یونیپروٹ) کو بی ٹی او میں ضم کیا گیا ہے۔ اصطلاحات کو 4 اہم زمروں (ذیلی گراف) میں درجہ بند کیا گیا ہے: جانوروں کے پودوں کی پھپھوندی دیگر ذرائع مزید سطحوں کو اہم زمروں (= نوڈس) کے نیچے بیان کیا گیا ہے، جس میں "والدین"، "بچہ"، اور "پوتے" کی درجہ بندی کی گئی ہے جو تمام مخصوص تعلقات (= کناروں) کے ذریعے جڑے ہوئے ہیں۔ کنکال کے پٹھوں کا ریشہ ایک پٹھوں کا ریشہ ہے (مثال کے طور پر۔ پٹھوں کے ریشے کا حصہ) سے تیار/اخذ کیا جاتا ہے (e.g.myoma خلیہ پٹھوں کے ریشے سے تیار/اخذ کیا جاتا ہے) سے متعلق (اصطلاحات کے درمیان زیادہ عام تعلقات کی تفصیل جو دوسرے کے زیر احاطہ نہیں ہیں) زیادہ تر اصطلاحات واضح طور پر مخصوص حیاتیات، اعضاء، بافتوں، یا خلیوں کی اقسام سے وابستہ ہیں۔ پودوں اور جانوروں دونوں میں بافتوں کے لیے کئی ایک جیسے لقب ہیں، مثال کے طور پر۔ "ایپیڈرمس"۔ ان بافتوں کی اصطلاحات میں فرق کرنے اور پودوں کے بافتوں کے لیے انہیں صحیح طریقے سے بی ٹی او میں درجہ بندی کرنے کے لیے سابقہ "پلانٹ" اصطلاح سے پہلے رکھا جاتا ہے، مثال کے طور پر۔ "پلانٹ ایپیڈرمس"۔ 80 فیصد سے زیادہ ٹشو اصطلاحات میں ایسی تعریفیں ہوتی ہیں جو معنی اور سیاق و سباق کو بیان کرتی ہیں۔ یہ تعریفیں یعنی سے حاصل کی جاتی ہیں۔ طبی لغت اور سیل لائن ڈیٹا بیس (ویبسٹرز ڈکشنری، ڈی ایس ایم زیڈ)۔ دستیابی بی ٹی او میں اندراجات کو برینڈا کے بڑے اپ ڈیٹ کے حصے کے طور پر دو سالہ اپ ڈیٹ کیا جاتا ہے۔ یہ "آنٹولوجی ایکسپلورر" کے زمرے میں برینڈا کی ویب سائٹ کے ذریعے دستیاب ہے۔ انزائم ماخذ کی اصطلاحات کو بی ٹی او استفسار فارم کے ذریعے تلاش کیا جا سکتا ہے۔ نتیجے کے طور پر، صارف کو ای سی نمبروں کی ایک فہرست موصول ہوتی ہے جو براہ راست برینڈا کے انزائم کی معلومات سے منسلک ہوتے ہیں۔ برینڈا "سورس ٹشو" سرچ فارم ("کلاسک ویو") کے ذریعے بھی تلاش کرنا ممکن ہے۔ نتیجہ کا صفحہ ان تمام انزائموں کو دکھاتا ہے جو الگ تھلگ ہیں یا تلاش شدہ ٹشو کی اصطلاح میں پائے جاتے ہیں، جو براہ راست بی ٹی او سے منسلک ہوتے ہیں۔ بی ٹی او اور برینڈا تعلیمی صارفین کے لیے آزادانہ طور پر قابل رسائی ہیں۔ اسے برینڈا ویب سائٹ کے "آنٹولوجی ایکسپلورر" کے ذریعے یا "اوبو فاؤنڈری" سے او بی او فارمیٹ میں آزادانہ طور پر ڈاؤن لوڈ کیا جا سکتا ہے۔ حوالہ جات لنکس بی ٹی او (برینڈا ٹشو آنٹولوجی) برینڈا آنٹولوجی ایکسپلورر برینڈا-ویب سائٹ ایکسپلور اینز-اینزیم کا نام اوبو فاؤنڈری جین آنٹولوجی کنسورشیم ای بی آئی-ای ایم بی ایل بائیوپورٹل ڈیس نیشنل سینٹر فار بائیو میڈیکل آنٹولوجی، اسٹینفورڈ، یو ایس اے حیاتیاتی ڈیٹا بیس آنٹولوجی (انفارمیشن سائنس) سیل کلچر ڈویلپمنٹل بائیو کیمسٹری انزیم