TEV protease
ٹی ای وی پروٹیز (، ٹوبیکو ایچ وائرس نیوکلیئر-انکلیوژن-ایک اینڈوپیپٹیڈیز) ٹوبیکو ایچ وائرس (ٹی ای وی) سے ایک انتہائی ترتیب مخصوص سسٹین پروٹیز ہے۔ یہ چیموٹریپسن جیسے پروٹیسیس کے پی اے قبیلے کا رکن ہے۔ اس کی اعلی ترتیب کی خاصیت کی وجہ سے، ٹی ای وی پروٹیز اکثر وٹرو اور ویو میں فیوژن پروٹین کے کنٹرول شدہ کلیویج کے لیے استعمال ہوتا ہے۔ تمباکو ایچ وائرس اپنے پورے جینوم کو ایک بڑے پیمانے پر پولی پروٹین (350 کے ڈی اے) کے طور پر انکوڈ کرتا ہے۔ اسے تین پروٹیسیس کے ذریعے فعال اکائیوں میں تقسیم کیا جاتا ہے: پی 1 پروٹیز (1 کلیویج سائٹ)، ہیلپر کمپونینٹ پروٹیز (1 کلیویج سائٹ) اور ٹی ای وی پروٹیز (7 کلیویج سائٹس)۔ مقامی ٹی ای وی پروٹیز میں ایک اندرونی سیلف کلییج سائٹ بھی ہوتی ہے۔ انزائم کو غیر فعال کرنے کے لیے اس جگہ کو آہستہ آہستہ الگ کیا جاتا ہے (اس کی جسمانی وجہ معلوم نہیں ہے)۔ ساخت اور فنکشن ٹی ای وی پروٹیز کی ساخت کو ایکس رے کرسٹلگرافی کے ذریعے حل کیا گیا ہے۔ یہ دو β-بیرل اور ایک لچکدار C-ٹرمینل دم پر مشتمل ہے اور پروٹیسیس کے کیموٹریپسن سپر فیملی (PA کلان، C4 فیملی بذریعہ MEROPS درجہ بندی) کو ساختی ہم آہنگی ظاہر کرتا ہے۔ اگرچہ سیلولر سیرائن پروٹیسیس (جیسے ٹرپسن، ایلسٹس، تھرومبن وغیرہ) کے لیے یکساں ہے۔ )، ٹی ای وی پروٹیز سسٹین کو اپنے اتپریرک نیوکلیوفائل کے طور پر استعمال کرتا ہے (جیسا کہ بہت سے دوسرے وائرل پروٹیز کرتے ہیں)۔ کوولینٹ اتپریرک ایک ایس پی-ہس-سیس ٹرائڈ کے ساتھ کیا جاتا ہے، جو دو بیرل کے درمیان تقسیم ہوتا ہے (ایس پی پر β1 اور اس اور سیس پر β2)۔ سبسٹریٹ کو β-شیٹ کے طور پر رکھا جاتا ہے، جو بیرل کے درمیان دراڑ اور C-ٹرمینل دم کے ساتھ متوازی تعامل کے ساتھ ایک مخالف متوازی تعامل تشکیل دیتا ہے۔ اس لیے انزائم سبسٹریٹ کے ارد گرد ایک بائنڈنگ ٹنل بناتا ہے اور سائیڈ چین انٹرایکشن مخصوصیت کو کنٹرول کرتا ہے۔ خاصیت ترجیحی، مقامی کلیویج ترتیب کی شناخت سب سے پہلے مقامی پولی پروٹین سبسٹریٹ میں بار بار آنے والی ترتیب کے لیے کٹ سائٹس کی جانچ کر کے کی گئی تھی۔ ان مقامی کٹ سائٹس کے لیے اتفاق رائے صرف ENYFQ\S ہے جہاں '\' کلییوڈ پیپٹائڈ بانڈ کی نشاندہی کرتا ہے۔ سبسٹریٹ کی باقیات کو کٹ سائٹ سے پہلے پی 6 سے پی 1 اور کٹ سائٹ کے بعد پی 1 کا لیبل لگایا جاتا ہے۔ ابتدائی کاموں میں اسی طرح کے سبسٹریٹس کی صف کے کلیویج کی پیمائش بھی کی گئی تاکہ یہ واضح کیا جا سکے کہ پروٹیز مقامی ترتیب کے لیے کتنا مخصوص تھا۔ مطالعات نے بعد میں ترجیحی نمونوں کا تعین کرنے کے لیے بے ترتیب ترتیبات کے پول سے کلیفڈ سبسٹریٹس کی ترتیب کا استعمال کیا ہے۔ اگرچہ صرف ای این ایل وائی ایف کیو ایس بہترین ترتیب ہے، لیکن پروٹیز سبسٹریٹس کی ایک رینج پر زیادہ یا کم حد تک فعال ہے (یعنی۔ کچھ سبسٹریٹ پرومسکیٹی دکھاتا ہے)۔ سب سے زیادہ دراڑ اتفاق رائے کے قریب ترین ترتیبات کی ہوتی ہے EXLYφ جہاں X کوئی بھی باقیات ہے، φ کوئی بڑا یا درمیانہ ہائڈروفوب ہے اور φ کوئی چھوٹا ہائڈروفوبک یا قطبی باقیات ہے۔ اگرچہ یہ ترتیب زیادہ سے زیادہ ہے، پھر بھی کچھ جگہوں پر ناپسندیدہ باقیات کے ساتھ ترتیب کو الگ کیا جا سکتا ہے اگر باقی ترتیب زیادہ سے زیادہ ہو۔ انزائم اور سبسٹریٹ کے درمیان بڑے رابطے کے علاقے سے خاصیت حاصل ہوتی ہے۔ ٹرپسین جیسے پروٹیز میں کلیوڈ بانڈ سے پہلے اور بعد میں ایک بقیہ کے لیے خاصیت ہوتی ہے جس کی وجہ صرف ایک یا دو جیبوں کے ساتھ اتلی بائنڈنگ پھٹ ہوتی ہے جو سبسٹریٹ سائیڈ چینز کو باندھتی ہے۔ اس کے برعکس، وائرل پروٹیسیس جیسے ٹی ای وی پروٹیز کی ایک لمبی سی-ٹرمینل دم ہوتی ہے جو ایک بائنڈنگ ٹنل بنانے کے لیے سبسٹریٹ کو مکمل طور پر ڈھانپ دیتی ہے۔ اس سرنگ میں تنگ بائنڈنگ جیبوں کا ایک مجموعہ ہوتا ہے جس میں سبسٹریٹ پیپٹائڈ (P6 سے P1 ') کی ہر سائیڈ چین ایک تکمیلی جگہ (S6 سے S1') میں بندھی ہوتی ہے۔ خاص طور پر، پیپٹائڈ سائیڈ چین پی 6-گلو تین ہائیڈروجن بانڈز کے نیٹ ورک سے رابطہ کرتا ہے۔ پی 5-اسن سالوینٹ کی طرف اشارہ کرتا ہے، کوئی مخصوص تعامل نہیں کرتا ہے (اس وجہ سے اس پوزیشن پر سبسٹریٹ اتفاق رائے کی عدم موجودگی)۔ پی 4-لیو کو ہائیڈروفوبک جیب میں دفن کیا جاتا ہے۔ پی 3-ٹائر کو آخر میں ایک مختصر ہائیڈروجن بانڈ کے ساتھ ہائیڈروفوبک جیب میں رکھا جاتا ہے۔ پی 2-فی بھی ہائیڈروفوبس سے گھرا ہوا ہے جس میں ٹرائڈ ہسٹائڈین کا چہرہ بھی شامل ہے۔ پی 1-جی ایل این چار ہائیڈروجن بانڈز بناتا ہے ؛ اور پی 1 '-سر صرف جزوی طور پر ایک اتلی ہائیڈروفوبک نالی میں بند ہوتا ہے۔ بائیو کیمیکل ٹول کے طور پر استعمال اس پروٹین کے اہم استعمال میں سے ایک صاف شدہ ریکومبیننٹ فیوژن پروٹین سے وابستگی کے ٹیگز کو ہٹانا ہے۔ بائیو کیمیکل ٹول کے طور پر ٹی ای وی پروٹیز کے استعمال کی وجہ اس کی اعلی ترتیب کی خاصیت ہے۔ یہ خاصیت پروٹین کے کنٹرول شدہ کلیویج کی اجازت دیتی ہے جب ترجیحی ترتیب لچکدار لوپس میں داخل کی جاتی ہے۔ یہ ٹی ای وی پروٹیز کو ویو میں نسبتا غیر زہریلا بھی بناتا ہے کیونکہ تسلیم شدہ ترتیب شاید ہی پروٹین میں ہوتی ہے۔ اگرچہ عقلی ڈیزائن کو پروٹیز کی خاصیت کو تبدیل کرنے میں محدود کامیابی ملی ہے، لیکن کلیویج سائٹ سے پہلے یا بعد میں ترجیحی باقیات کو تبدیل کرنے کے لیے ہدایت شدہ ارتقاء کا استعمال کیا گیا ہے۔ تاہم، ٹی ای وی پروٹیز میں بائیو کیمیکل ٹول کے طور پر حدود ہوتی ہیں۔ یہ سیلف کلیویج (آٹولیسس) کے ذریعے غیر فعال ہونے کا شکار ہے، حالانکہ اندرونی کلیویج سائٹ میں ایک واحد S219V اتپریورتن کے ذریعے اسے ختم کیا جا سکتا ہے۔ اکیلے ظاہر کردہ پروٹیز بھی ناقص طور پر گھلنشیل ہے، تاہم ہدایت شدہ ارتقاء اور کمپیوٹیشنل ڈیزائن کے ذریعے اس کی گھلنشیلتا کو بہتر بنانے کے لیے کئی کوششیں کی گئی ہیں۔ یہ بھی دکھایا گیا ہے کہ اظہار کو مالٹوز بائنڈنگ پروٹین (ایم بی پی) میں فیوژن کے ذریعے بہتر بنایا جا سکتا ہے جو گھلنشیلتا بڑھانے والے ساتھی کے طور پر کام کرتا ہے۔ ٹی ای وی پروٹیز کو 4 ڈگری سیلسیس پر سرگرمی کا 10 گنا نقصان ظاہر کرنے کی اطلاع دی گئی ہے۔ ٹی ای وی پروٹیز 34 ڈگری سیلسیس سے اوپر کے درجہ حرارت پر سرگرمی کے نقصان کو ظاہر کرتا ہے۔ اصل ٹی ای وی پروٹیز کو اعلی سرگرمی کے لیے کم کرنے والے ایجنٹ کی موجودگی کی ضرورت ہوتی ہے، جو ڈائیسلفائیڈ بانڈز پر مشتمل پروٹین کے کام میں مداخلت کر سکتا ہے۔ مختلف تغیرات کو شامل کرنے کے بعد، بعد میں "سپر ٹی ای وی پروٹیز" ورژن کم کرنے والے ایجنٹ کی موجودگی یا عدم موجودگی میں انتہائی فعال ہوتے ہیں۔ اس انزائم کا سالماتی وزن استعمال شدہ مخصوص ساخت کے لحاظ سے 25 اور 27 کے ڈی اے کے درمیان مختلف ہوتا ہے۔ حوالہ جات بیرونی روابط ٹی ای وی پولی پروٹین یونیپروٹ ٹی ای وی پروٹیز پر MEROPS نیشنل کینسر انسٹی ٹیوٹ ٹی ای وی ایف اے کیو ای سی 3.4.22 پروٹیز پر