Patrocladogram
پیٹروکلاڈوگرام ایک کلاڈسٹک برانچنگ پیٹرن ہے جسے پیٹرسٹک فاصلے (یعنی نسلوں کے درمیان انحراف) کے استعمال سے درست طریقے سے تبدیل کیا گیا ہے۔ فائیلوگرام کی ایک قسم۔ پیٹرسٹک فاصلے کی تعریف "کلاڈوگرام پر دو ٹیکسوں کو الگ کرنے والے اپومورفک مرحلے کی تبدیلیوں کی تعداد" کے طور پر کی گئی ہے، اور یہ خصوصی طور پر کسی مشترکہ آباؤ اجداد سے کسی خصوصیت کے انحراف کی مقدار کا تعین کرنے کے لیے استعمال ہوتا ہے۔ اس کا مطلب یہ ہے کہ مختلف فینٹک الگورتھم کا استعمال کرتے ہوئے ایک نئے درخت کی تعمیر کے لیے کلاڈسٹک اور پیٹرسٹک فاصلے کو ملایا جاتا ہے۔ حیاتیاتی درجہ بندی میں پیٹروکلاڈوگرام کا مقصد ایک مفروضہ تشکیل دینا ہے جس کے بارے میں ارتقائی عمل دراصل ٹیکسونومک فیصلہ کرنے سے پہلے شامل ہوتے ہیں۔ پیٹروکلاڈوگرام بائیوسٹیٹسٹکس پر مبنی ہوتے ہیں جن میں شامل ہیں لیکن ان تک محدود نہیں ہیں: پارسمونی، ڈسٹنس میٹرکس، امکانات کے طریقے، اور بایسیائی امکان۔ جینومک طور پر متعلقہ ڈیٹا کی کچھ مثالیں جو ان طریقوں کے لیے ان پٹ کے طور پر استعمال کی جا سکتی ہیں وہ ہیں: سالماتی ترتیب، پورے جینوم کی ترتیب، جین کی تعدد، پابندی کی جگہیں، فاصلاتی میٹرکس، منفرد حروف، تغیرات جیسے ایس این پیز، اور مائٹوکونڈریل جینوم ڈیٹا۔ پیٹروکلاڈوگرام کے استعمال کے ساتھ احتیاط پیٹروکلاڈوگرام وہ گراف ہیں جو مماثلت کے مفروضوں پر زور دیتے ہیں جبکہ فائیلوجنیٹک درخت وہ گراف ہیں جو مشترکہ نسب کے مفروضوں پر زور دیتے ہیں۔ جب پیٹروکلاڈوگرام منطقی طور پر کسی موازنہ شدہ فائیلوجنیٹک ٹری مفروضے سے میل نہیں کھاتا ہے تو اسے مونوفائلیٹک گروپوں کی وضاحت کے لیے استعمال نہیں کیا جانا چاہیے۔ پیٹروکلاڈوگرام کا استعمال نئے ارتقاء کی تشریحات کو موڑ سکتا ہے یا ہم جنس پرست خصلتوں کو ہوموپلاسٹک کے طور پر پیش کر سکتا ہے۔ پیٹروکلاڈوگرام تجزیہ کے لیے پروگرام زیادہ تر فائیلوگرام نیوک فارمیٹ کے کچھ مختلف اقسام میں محفوظ کیے جاتے ہیں جیسے: پی اے یو پی *، ایم ای جی اے، مالیکیولر ایوولوشنری جینیٹکس اینالیسس، کلسٹل، فائیلیپ، یا نیکسس فائل۔ نیوک فارمیٹ کے ان مختلف ورژن کو پھر پیٹروکلاڈوگرام کی تشکیل میں پیٹرسٹک فاصلے کے لیے ان پٹ کے طور پر استعمال کیا جا سکتا ہے۔ سافٹ ویئر کے دو بڑے پیمانے پر استعمال ہونے والے ٹکڑے ہیں۔ ایک کا استعمال پیٹرسٹک فاصلے کا تجزیہ کرنے کے لیے کیا جاتا ہے، اور دوسرا دیکھنے کے قابل پیٹروکلاڈوگرام بنانے کے لیے۔ ذیل میں دونوں پروگرام دیکھیں: پیٹریسٹک پیٹریسٹک ایک جاوا پروگرام ہے جو مختلف ٹری فائلوں کو ان پٹ کے طور پر استعمال کرتا ہے اور ان کے پیٹریسٹک فاصلے کا حساب لگاتا ہے۔ پیٹرسٹک ان فاصلوں کو بچانے اور ترمیم کرنے کی اجازت دیتا ہے۔ پیٹرسٹک نتائج کے مختلف گرافک ویوز کے ساتھ ساتھ ایکسل کا استعمال کرتے ہوئے گرافکس بنانے کے لیے انہیں سی ایس وی فارمیٹ میں محفوظ کرنے کا امکان فراہم کرتا ہے۔ ریمی ریمی شاخ کی لمبائی کا استعمال کلسٹر بنانے کے لیے کرتی ہے جسے پھر پیٹروکلاڈوگرام کے طور پر دیکھا جا سکتا ہے۔ حوالہ جات مزید پڑھنے بیرونی روابط پیٹریسٹک سافٹ ویئر ریمی سافٹ ویئر بائیو انفارمیٹکس ٹیکسونومی (حیاتیات)