Alphaproteobacteria
الفاپروٹوبیکٹیریا فایلم سیوڈوموناڈوٹا (سابقہ پروٹوبیکٹیریا) میں بیکٹیریا کی ایک کلاس ہے۔ میگنیٹوکوکلز اور ماریپروفنڈیلز کو الفاپروٹوبیکٹیریا کا بنیادی یا بہن سمجھا جاتا ہے۔ الفاپروٹوبیکٹیریا انتہائی متنوع ہیں اور ان میں کچھ مشترکتیں ہیں، لیکن اس کے باوجود ایک مشترکہ آباؤ اجداد کا اشتراک کرتے ہیں۔ تمام پروٹیوبکٹیریا کی طرح، اس کے اراکین گرام منفی ہوتے ہیں اور اس کے کچھ انٹرا سیلولر پرجیوی اراکین میں پیپٹائڈوگلیکن کی کمی ہوتی ہے اور اس کے نتیجے میں گرام متغیر ہوتے ہیں۔ خصوصیات الفاپروٹوبیکٹیریا ایک متنوع ٹیکسون ہیں اور کئی فوٹوٹروفک جنرا پر مشتمل ہیں، کئی جنرا میٹابولائزنگ C1-مرکبات (مثال کے طور پر، میتھیلوبیکٹیریم ایس پی پی)۔ )، پودوں کی علامت (مثال کے طور پر، ریزوبیم ایس پی پی۔ )، آرتھروپوڈز کے اینڈوسیمبیونٹس (وولباچیا) اور انٹرا سیلولر پیتھوجینز (جیسے۔ ریکٹسیا)۔ مزید برآں، یہ کلاس پروٹومیٹوکونڈریون کی بہن ہے، وہ جراثیم جسے یوکرائیوٹک آباؤ اجداد نے گھیر لیا تھا اور جس نے مائٹوکونڈریا کو جنم دیا تھا، جو یوکرائیوٹک خلیوں میں آرگنیلز ہیں (اینڈوسیمبیوٹک تھیوری دیکھیں)۔ تکنیکی دلچسپی کی ایک نوع ریزوبیئم ریڈیوبیکٹر (سابقہ ایگروبیکٹیریم ٹیومیفیشینز) ہے: سائنس دان اکثر اس نوع کو غیر ملکی ڈی این اے کو پودوں کے جینوم میں منتقل کرنے کے لیے استعمال کرتے ہیں۔ ایروبک اینوکسیجینک فوٹوٹروفک بیکٹیریا، جیسے پیلیجیبیکٹر یوبیک، الفا پروٹوبیکٹیریا ہیں جو بڑے پیمانے پر پھیلے ہوئے ہیں اور کھلے سمندری مائکروبیل کمیونٹی کا 10 فیصد سے زیادہ تشکیل دے سکتے ہیں۔ ارتقاء اور جینومکس آرڈرز کی فائیلوجینی پر کچھ اختلاف ہے، خاص طور پر پیلیگی بیکٹیریلز کے مقام کے لیے، لیکن مجموعی طور پر کچھ اتفاق رائے ہے۔ اختلاف جین کے مواد میں بڑے فرق سے پیدا ہوتا ہے (مثال کے طور پر۔ Pelagibacter ubique) میں جینوم کو ہموار کرنا اور کئی آرڈرز کے اراکین کے درمیان GC-مواد میں بڑا فرق۔ خاص طور پر، پیلیگی بیکٹیریلز، ریکٹسیلس اور ہولوسپورالس میں اے ٹی سے بھرپور جینوم والی انواع ہوتی ہیں۔ یہ استدلال کیا گیا ہے کہ یہ متغیر ارتقاء کا معاملہ ہو سکتا ہے جس کے نتیجے میں ایک نوادرات کی کلسٹرنگ ہوگی۔ تاہم، کئی مطالعات اس سے متفق نہیں ہیں۔ مزید برآں، یہ پایا گیا ہے کہ رائبوسومل آر این اے (پروکیریوٹس کے لیے روایتی فائیلوجنیٹک مارکر) کا جی سی مواد جینوم کے جی سی مواد کی بہت کم عکاسی کرتا ہے۔ فائیلوجینی کے ساتھ رائبوسومل جی سی مواد کے اس غیر معمولی سجاوٹ کے تعلق کی ایک مثال یہ ہے کہ ہولوسپورالس کے ممبروں میں پیلیگی بیکٹیریلز اور ریکٹسیلس کے ممبروں کے مقابلے میں رائبوسومل جی سی مواد بہت زیادہ ہوتا ہے، حالانکہ ان کا مؤخر الذکر دو آرڈرز کے ممبروں کے مقابلے میں اعلی جینومک جی سی مواد والی انواع سے زیادہ گہرا تعلق ہے۔ کلاس الفاپروٹوبیکٹیریا کو تین ذیلی زمروں میں تقسیم کیا گیا ہے-میگنیٹوکوکیڈی، ریکٹسائڈی اور کالوبیکٹیریڈی۔ بیسال گروپ میگنیٹوکوکیڈی ہے، جو میگنیٹوٹیکٹک بیکٹیریا کے ایک بڑے تنوع پر مشتمل ہے، لیکن صرف ایک ہی بیان کیا گیا ہے، میگنیٹوکوکس مارینوس۔ ریکٹسائڈی انٹرا سیلولر ریکٹسیلس اور آزاد زندگی گزارنے والے پیلیگی بیکٹیریلز پر مشتمل ہے۔ کالوبیکٹیریڈی ہولوسپورالس، روڈوسپیریلالس، سپنگوموناڈیلس، روڈوبیکٹیریلس، کالوبیکٹیریلس، کلونییلالس، کورڈیموناڈیلس، پروولرکولالس اور سنیتھییلالس پر مشتمل ہے۔ ترتیب شدہ جینوموں کے تقابلی تجزیے سے بھی وسیع پیمانے پر تقسیم شدہ پروٹین اور پورے پروٹین (یعنی) میں بہت سے محفوظ اندراج-حذف (انڈلز) کی دریافت ہوئی ہے۔ دستخطی پروٹین) جو یا تو تمام الفاپروٹوبیکٹیریا کی مخصوص خصوصیات ہیں، یا ان کے مختلف اہم آرڈرز (یعنی۔ ریزوبیالیز، روڈوبیکٹیریلز، روڈوسپیریللز، ریکٹسیلز، اسفنگوموناڈیلز اور کالوبیکٹیریلز) اور خاندان (یعنی۔ ریکٹسیاسی، اناپلاسمیٹیسی، روڈوسپیریلیسی، ایسیٹوبیکٹیریسی، بریڈیرہیزوبیاسی، بروسیلیسی اور بارٹونیلیسی)۔ یہ مالیکیولر سگنیچر ان ٹیکسونومک گروپوں کے دائرہ کار اور ان گروپوں میں نئی انواع کی شناخت/تفویض کے لیے نئے ذرائع فراہم کرتے ہیں۔ دیگر پروٹینوں کی بڑی تعداد میں فائیلوجنیٹک تجزیے اور محفوظ انڈلز اس بات کا ثبوت فراہم کرتے ہیں کہ الفاپروٹوبیکٹیریا بیٹاپروٹوبیکٹیریا اور گاماپروٹوبیکٹیریا کے علاوہ زیادہ تر دوسرے فائیلا اور بیکٹیریا کی کلاسوں کے مقابلے میں بعد میں شاخ دار ہو گئے ہیں۔ الفاپروٹوبیکٹیریا کی فائیلوجینی پر مسلسل نظر ثانی اور تازہ کاری کی گئی ہے۔ الفاپروٹوبیکٹیریا میں میگنیٹوکوکیڈی کو شامل کرنے کے لیے کچھ بحثیں ہیں۔ مثال کے طور پر، میگنیٹوکوکیڈی کے لیے ایک آزاد پروٹوبیکٹیریل کلاس (ایٹاپروٹوبیکٹیریا) تجویز کی گئی ہے۔ ایک حالیہ فائیلوجینومک مطالعہ میگنیٹوکوکیڈی اور دیگر تمام الفاپروٹوبیکٹیریل ٹیکسا کے درمیان پروٹومیٹوکونڈریل کلاڈ کی جگہ کا تعین کرنے کا مشورہ دیتا ہے، جو میگنیٹوکوکیڈی کے علاوہ باقی الفاپروٹوبیکٹیریا سے پروٹومیٹوکونڈریل نسب کے ابتدائی انحراف کا مشورہ دیتا ہے۔ اس فائیلوجینی سے یہ بھی پتہ چلتا ہے کہ پروٹومیٹوکونڈریل نسب کا ضروری نہیں کہ ریکٹسائڈی سے قریبی تعلق ہو۔ Incertae Sedis مندرجہ ذیل ٹیکسا کو الفاپروٹوبیکٹیریا کو تفویض کیا گیا ہے، لیکن ایک یا زیادہ مداخلت ٹیکسونومک رینک کو تفویض نہیں کیا گیا ہے: آرڈرز ذیلی طبقے Minwuiales San et al کو تفویض نہیں کیے گئے ہیں۔ 2018 جنرا کسی خاندان کو تفویض نہیں کیا گیا ہے "کینڈیڈیٹس اینوکسپیلیگیبیکٹر" روئز-پیریز اور دیگر۔ 2021 "بیلوفوکوکس" موئنچ 1988 "چارونومیکروبیئم" Csotonyi et al. 2011 "کینڈیڈیٹس اینڈولیسکلینم" کوان اور دیگر۔ 2012 "کینڈیڈیٹس اینڈوواٹرسیپورا" اینڈرسن اور ہیگوڈ 2007 "کینڈیڈیٹس ہیلیسومیکروبیئم" لیونٹیسی اور دیگر۔ 2004 "کینڈیڈیٹس ہیلیسوسفیرا" کریگلونڈ اور دیگر۔ 2006 "کینڈیڈیٹس ہڈکنیا" میک کچن اور دیگر۔ 2009 "کینڈیڈیٹس لاریسکیلا" ماتسوورا اور دیگر۔ 2012 "مارینوسلفونوموناس" ہومز اور دیگر۔ 1997 "کینڈیڈیٹس میسوپیلیجیبیکٹر" روئز-پیریز اور دیگر۔ 2021 "میتھیلوسلفونوموناس" ہومز اور دیگر۔ 1997 "کینڈیڈیٹس مونیلیبیکٹر" کریگلونڈ اور دیگر۔ 2006 "نانوبیکٹیریم" Ciftsioglu et al. 1997 "اولیوموناس" کناموری اور دیگر۔ 2002 "کینڈیڈیٹس پیراہولوسپورا" Eschbach et al. 2009 "کینڈیڈیٹس فائیکوسیوس" تنابے اور دیگر۔ 2015 "کینڈیڈیٹس پنیسیسپیرلم" اوہ اور دیگر۔ 2010 "ٹیٹراکوکس" بلیکال اور دیگر۔ 1997 "ٹیوبرائڈوبیکٹر" نکیٹن 1983 پرجاتیوں کو کسی جینس کے لیے تفویض نہیں کیا گیا Vibrio adapatatus Muir et al. 1990 وائبریو سائکلوسائٹس مائر اور دیگر۔ 1990 فائیلوجینی فی الحال قبول شدہ درجہ بندی نامیات میں کھڑے (ایل پی ایس این) کے ساتھ پروکیریوٹک ناموں کی فہرست پر مبنی ہے۔ فائیلوجینی پورے جینوم کے تجزیے پر مبنی ہے۔ ذیلی طبقے کے نام فرلا اور دیگر پر مبنی ہیں۔ (2013)۔ قدرتی جینیاتی تبدیلی اگرچہ الفاپروٹوبیکٹیریا میں قدرتی جینیاتی تبدیلی کے بارے میں صرف چند مطالعات کی اطلاع دی گئی ہے، لیکن اس عمل کو ایگروبیکٹیریم ٹیومیفیشینز، میتھیلوبیکٹیریم آرگنفیلم، اور بریڈیرہیزوبیم جیپونکم میں بیان کیا گیا ہے۔ قدرتی جینیاتی تبدیلی ایک جنسی عمل ہے جس میں ڈی این اے کی منتقلی ایک بیکٹیریل سیل سے دوسرے میں درمیانی میڈیم کے ذریعے ہوتی ہے، اور ڈونر کی ترتیب کو وصول کنندہ جینوم میں ہومولوگس ریکومبینیشن کے ذریعے ضم کیا جاتا ہے۔ نوٹ حوالہ جات بیرونی روابط بیکٹیریل (پروکیریوٹک) فائیلوجینی ویب پیج: الفا پروٹیوبیکٹیریا۔ جراثیم کی کلاسیں