InterPro
انٹرپرو پروٹین خاندانوں، پروٹین ڈومینز اور فنکشنل سائٹس کا ایک ڈیٹا بیس ہے جس میں معروف پروٹینوں میں پائی جانے والی قابل شناخت خصوصیات کو نئے پروٹین کے سلسلے پر لاگو کیا جا سکتا ہے تاکہ ان کی فعال طور پر خصوصیت ہو۔ انٹرپرو کے مندرجات تشخیصی دستخطوں اور ان پروٹینوں پر مشتمل ہوتے ہیں جن سے وہ نمایاں طور پر میل کھاتے ہیں۔ دستخط نمونوں پر مشتمل ہوتے ہیں (سادہ اقسام، جیسے باقاعدہ تاثرات یا زیادہ پیچیدہ، جیسے پوشیدہ مارکوف ماڈل) جو پروٹین کے خاندانوں، ڈومینز یا سائٹس کو بیان کرتے ہیں۔ ماڈلز معروف خاندانوں یا ڈومینز کے امینو ایسڈ کے سلسلے سے بنائے جاتے ہیں اور بعد میں انہیں نامعلوم ترتیبات (جیسے کہ ناول جینوم ترتیب سے پیدا ہونے والے) کو تلاش کرنے کے لیے استعمال کیا جاتا ہے تاکہ ان کی درجہ بندی کی جا سکے۔ انٹرپرو کے ممبر ڈیٹا بیس میں سے ہر ایک بہت ہی اعلی سطح، ڈھانچے پر مبنی درجہ بندی (سپر فیملی اور کیتھ جین 3 ڈی) سے لے کر بالکل مخصوص ذیلی خاندانی درجہ بندی (پرنٹس اور پینتھر) تک ایک مختلف طاق کی طرف تعاون کرتا ہے۔ انٹرپرو کا ارادہ پروٹین کی درجہ بندی کے لیے ون اسٹاپ شاپ فراہم کرنا ہے، جہاں مختلف ممبر ڈیٹا بیس کے ذریعے تیار کردہ تمام دستخط انٹرپرو ڈیٹا بیس کے اندر اندراجات میں رکھے جاتے ہیں۔ مساوی ڈومینز، سائٹس یا خاندانوں کی نمائندگی کرنے والے دستخط ایک ہی اندراج میں رکھے جاتے ہیں اور اندراجات بھی ایک دوسرے سے متعلق ہو سکتے ہیں۔ اضافی معلومات جیسے تفصیل، مستقل نام اور جین آنٹولوجی (جی او) کی اصطلاحات ہر اندراج کے ساتھ وابستہ ہیں، جہاں ممکن ہو۔ انٹرپرو انٹرپرو میں موجود ڈیٹا تین اہم اداروں پر مشتمل ہے: پروٹین، دستخط (جسے "طریقے" یا "ماڈل" بھی کہا جاتا ہے) اور اندراجات۔ یونیپروٹ کے بی میں موجود پروٹین بھی انٹرپرو میں مرکزی پروٹین ادارے ہیں۔ ان پروٹینوں سے کون سے دستخط نمایاں طور پر میل کھاتے ہیں اس کے بارے میں معلومات کا حساب لگایا جاتا ہے کیونکہ ترتیبات یونیپروٹ کے بی کے ذریعہ جاری کیے جاتے ہیں اور یہ نتائج عوام کے لیے دستیاب کیے جاتے ہیں (نیچے دیکھیں)۔ دستخطوں کے پروٹین سے مماثل ہونے سے یہ طے ہوتا ہے کہ دستخطوں کو انٹرپرو اندراجات میں کس طرح مربوط کیا جاتا ہے: مماثل پروٹین سیٹوں کا تقابلی اوورلیپ اور ترتیبات پر دستخطوں کے مماثل ہونے کا مقام تعلق کے اشارے کے طور پر استعمال ہوتا ہے۔ صرف کافی معیار کے سمجھے جانے والے دستخطوں کو انٹرپرو میں ضم کیا جاتا ہے۔ ورژن 81.0 تک (21 اگست 2020 کو جاری کیا گیا) انٹرپرو اندراجات نے یونیپروٹ کے بی میں پائے جانے والے باقیات کی 73.9% تشریح کی ہے جس میں مزید 9.2 ٪ دستخطوں کے ذریعے تشریح کی گئی ہے جو انضمام زیر التواء ہیں۔ انٹرپرو میں اسپلیس متغیرات اور یونیپارک اور یونیمیس ڈیٹا بیس میں موجود پروٹین کا ڈیٹا بھی شامل ہے۔ انٹرپرو کنسورشیم ممبر ڈیٹا بیس انٹرپرو کے دستخط 13 "ممبر ڈیٹا بیس" سے آتے ہیں، جو ذیل میں درج ہیں۔ کیتھ-جین 3 ڈی مکمل جینوم میں پروٹین خاندانوں اور ڈومین آرکیٹیکچرز کی وضاحت کرتا ہے۔ پروٹین کے خاندان مارکوف کلسٹرنگ الگورتھم کا استعمال کرتے ہوئے بنائے جاتے ہیں، اس کے بعد ترتیب کی شناخت کے مطابق ملٹی لنکیج کلسٹرنگ ہوتی ہے۔ پیش گوئی شدہ ڈھانچے اور ترتیب والے ڈومینز کی نقشہ سازی خفیہ مارکوف ماڈل لائبریریوں کا استعمال کرتے ہوئے کی جاتی ہے جو کیٹھ اور فام ڈومینز کی نمائندگی کرتے ہیں۔ متعدد وسائل سے پروٹین کو فنکشنل اینوٹیشن فراہم کی جاتی ہے۔ ڈومین آرکیٹیکچرز کی فنکشنل پیشن گوئی اور تجزیہ جین 3 ڈی ویب سائٹ سے دستیاب ہے۔ سی ڈی ڈی کنزرویڈ ڈومین ڈیٹا بیس ایک پروٹین اینوٹیشن ریسورس ہے جو قدیم ڈومینز اور مکمل لمبائی والے پروٹینز کے لیے اینوٹیٹڈ ملٹیپل سیکوینس الائنمنٹ ماڈلز کے مجموعے پر مشتمل ہے۔ یہ آر پی ایس-بلاسٹ کے ذریعے پروٹین کے سلسلے میں محفوظ ڈومینز کی تیزی سے شناخت کے لیے پوزیشن مخصوص اسکور میٹرکس (پی ایس ایس ایم) کے طور پر دستیاب ہیں۔ ایچ اے ایم اے پی کا مطلب مائیکروبیل پروٹیومز کی اعلی معیار کی خودکار اور دستی تشریح ہے۔ ایچ اے ایم اے پی پروفائلز ماہر کیوریٹرز کے ذریعہ دستی طور پر بنائے جاتے ہیں وہ ان پروٹینوں کی شناخت کرتے ہیں جو اچھی طرح سے محفوظ بیکٹیریل، آرکیئل اور پلاسٹڈ-انکوڈڈ (یعنی۔ کلوروپلاسٹ، سیانیلیس، اپیکوپلاسٹ، غیر فوٹو سنتھیٹک پلاسٹائڈز) پروٹین خاندان یا ذیلی خاندان۔ موبی ڈی بی پروٹین میں اندرونی خرابی کی وضاحت کرنے والا ڈیٹا بیس ہے۔ پینتھر پینتھر پروٹین خاندانوں کا ایک بڑا مجموعہ ہے جسے انسانی مہارت کا استعمال کرتے ہوئے فعال طور پر متعلقہ ذیلی خاندانوں میں تقسیم کیا گیا ہے۔ یہ ذیلی خاندان پروٹین خاندانوں کے اندر مخصوص افعال کے انحراف کا نمونہ بناتے ہیں، جس سے فنکشن (انسانی کیوریٹڈ مالیکیولر فنکشن اور حیاتیاتی عمل کی درجہ بندی اور راستے کے خاکے) کے ساتھ ساتھ فعال خاصیت کے لیے اہم امینو ایسڈ کی تشخیص کے ساتھ زیادہ درست ایسوسی ایشن کی اجازت ملتی ہے۔ ہڈن مارکوف ماڈل (ایچ ایم ایم) اضافی پروٹین کی ترتیب کی درجہ بندی کے لیے ہر خاندان اور ذیلی خاندان کے لیے بنائے جاتے ہیں۔ پیفام متعدد ترتیب کی صف بندی اور پوشیدہ مارکوف ماڈلز کا ایک بڑا مجموعہ ہے جو بہت سے عام پروٹین ڈومینز اور خاندانوں کا احاطہ کرتا ہے۔ پی آئی آر ایس ایف پروٹین کی درجہ بندی کا نظام ایک ایسا نیٹ ورک ہے جس میں سپر فیملی سے لے کر ذیلی فیملی تک ترتیب کے تنوع کی متعدد سطحیں ہیں جو مکمل لمبائی والے پروٹین اور ڈومینز کے ارتقائی تعلقات کی عکاسی کرتی ہیں۔ بنیادی پی آئی آر ایس ایف درجہ بندی اکائی ہومیومورفک خاندان ہے، جس کے اراکین دونوں ہومولوگس (ایک مشترکہ آباؤ اجداد سے تیار ہوئے) اور ہومیومورفک (مکمل لمبائی کی ترتیب کی مماثلت اور ایک مشترکہ ڈومین فن تعمیر کا اشتراک) ہیں۔ پرنٹس پرنٹس پروٹین فنگر پرنٹس کا مجموعہ ہے۔ فنگر پرنٹ محفوظ نقشوں کا ایک گروپ ہے جو پروٹین خاندان کی خصوصیت کے لیے استعمال ہوتا ہے۔ اس کی تشخیصی طاقت کو یونیپروٹ کی تکراری اسکیننگ کے ذریعے بہتر بنایا جاتا ہے۔ عام طور پر موفٹس اوورلیپ نہیں ہوتے ہیں، لیکن ایک ترتیب کے ساتھ الگ ہوتے ہیں، حالانکہ وہ تھری ڈی اسپیس میں ملحقہ ہو سکتے ہیں۔ فنگر پرنٹس پروٹین فولڈز اور فنکشنلٹیز کو سنگل موفٹس کے مقابلے میں زیادہ لچکدار اور طاقتور طریقے سے انکوڈ کر سکتے ہیں، ان کی مکمل تشخیصی طاقت باہمی سیاق و سباق سے حاصل ہوتی ہے جو موفٹ پڑوسیوں کے ذریعہ فراہم کی جاتی ہے۔ پروزیٹ پروزیٹ پروٹین خاندانوں اور ڈومینز کا ایک ڈیٹا بیس ہے۔ یہ حیاتیاتی لحاظ سے اہم مقامات، نمونوں اور پروفائلز پر مشتمل ہوتا ہے جو قابل اعتماد طریقے سے اس بات کی نشاندہی کرنے میں مدد کرتے ہیں کہ ایک نئی ترتیب کس معروف پروٹین خاندان (اگر کوئی ہو) سے تعلق رکھتی ہے۔ اسمارٹ سادہ ماڈیولر آرکیٹیکچر ریسرچ ٹول جینیاتی طور پر موبائل ڈومینز کی شناخت اور تشریح اور ڈومین آرکیٹیکچرز کے تجزیے کی اجازت دیتا ہے۔ سگنلنگ، ایکسٹرا سیلولر اور کرومیٹن سے وابستہ پروٹین میں پائے جانے والے 800 سے زیادہ ڈومین خاندانوں کا پتہ لگایا جا سکتا ہے۔ ان ڈومینز کو فائیلیٹک تقسیم، فنکشنل کلاس، ترتیری ڈھانچے اور فنکشنل طور پر اہم باقیات کے حوالے سے بڑے پیمانے پر بیان کیا گیا ہے۔ سپر فیملی پروفائل پوشیدہ مارکوف ماڈلز کی ایک لائبریری ہے جو معروف ساخت کے تمام پروٹین کی نمائندگی کرتی ہے۔ لائبریری پروٹین کی ایس سی او پی درجہ بندی پر مبنی ہے: ہر ماڈل ایس سی او پی ڈومین سے مطابقت رکھتا ہے اور اس کا مقصد پورے ایس سی او پی سپر فیملی کی نمائندگی کرنا ہے جس سے ڈومین کا تعلق ہے۔ سپر فیملی کا استعمال تمام مکمل طور پر ترتیب شدہ جینوموں کو ساختی تفویض انجام دینے کے لیے کیا گیا ہے۔ ایس ایف ایل ڈی انزائموں کی ایک درجہ بندی کی درجہ بندی ہے جو مخصوص ترتیب ساخت کی خصوصیات کو مخصوص کیمیائی صلاحیتوں سے جوڑتی ہے۔ ٹی آئی جی آر ایف اے ایم کا ٹی آئی جی آر ایف اے ایم پروٹین خاندانوں کا ایک مجموعہ ہے، جس میں متعدد ترتیب کی صف بندی، پوشیدہ مارکوف ماڈل (ایچ ایم ایم) اور تشریح شامل ہیں، جو ترتیب کی ہم آہنگی کی بنیاد پر فعال طور پر متعلقہ پروٹین کی شناخت کے لیے ایک ٹول فراہم کرتا ہے۔ وہ اندراجات جو "مساوی" گروپ ہومولوگس پروٹین ہیں جو فنکشن کے حوالے سے محفوظ ہیں۔ ڈیٹا کی اقسام انٹرپرو کنسورشیم کے مختلف ممبروں کے ذریعہ فراہم کردہ سات قسم کے ڈیٹا پر مشتمل ہے: انٹرپرو اندراج کی اقسام انٹرپرو اندراجات کو مزید پانچ اقسام میں تقسیم کیا جا سکتا ہے: ہومولوگس سپر فیملی: پروٹین کا ایک گروپ جو ایک مشترکہ ارتقائی اصل کا اشتراک کرتا ہے جیسا کہ ان کی ساختی مماثلتوں میں دیکھا جاتا ہے، چاہے ان کے سلسلے انتہائی ملتے جلتے نہ ہوں۔ یہ اندراجات خاص طور پر صرف دو ممبر ڈیٹا بیس کے ذریعہ فراہم کیے جاتے ہیں: کیتھ-جین 3 ڈی اور سپر فیملی۔ خاندان: پروٹینوں کا ایک گروپ جس کی مشترکہ ارتقائی اصل ہے جس کا تعین ساختی مماثلتوں، متعلقہ افعال، یا ترتیب کی ہم آہنگی کے ذریعے کیا جاتا ہے۔ ڈومین: پروٹین میں ایک مخصوص فنکشن، ساخت یا ترتیب کے ساتھ ایک الگ یونٹ۔ دہرائیں: امینو ایسڈ کی ایک ترتیب، جو عام طور پر 50 امینو ایسڈ سے زیادہ نہیں ہوتی، جو پروٹین میں کئی بار دہرائی جاتی ہے۔ سائٹ: امینو ایسڈ کی ایک مختصر ترتیب جہاں کم از کم ایک امینو ایسڈ محفوظ ہوتا ہے۔ ان میں ترجمہ کے بعد ترمیم کی سائٹیں، محفوظ سائٹیں، بائنڈنگ سائٹیں، اور فعال سائٹیں شامل ہیں۔ رسائی ڈیٹا بیس ویب سرور کے ذریعے متن اور ترتیب پر مبنی تلاشوں کے لیے اور گمنام ایف ٹی پی کے ذریعے ڈاؤن لوڈ کرنے کے لیے دستیاب ہے۔ دیگر ای بی آئی ڈیٹا بیس کی طرح، یہ پبلک ڈومین میں ہے، کیونکہ اس کے مواد کو "کوئی بھی فرد اور کسی بھی مقصد کے لیے" استعمال کیا جا سکتا ہے۔ انٹرپرو کا مقصد ہر 8 ہفتوں میں عوام کے لیے ڈیٹا جاری کرنا ہے، عام طور پر اسی پروٹین کی یونیپروٹ کے بی ریلیز کے ایک دن کے اندر۔ انٹرپرو ایپلیکیشن پروگرامنگ انٹرفیس (اے پی آئی) انٹرپرو تمام انٹرپرو اندراجات اور ان سے متعلقہ اندراجات تک جے ایس او فارمیٹ میں پروگراماتی رسائی کے لیے ایک اے پی آئی فراہم کرتا ہے۔ مختلف انٹرپرو ڈیٹا اقسام کے مطابق اے پی آئی کے لیے چھ اہم اختتامی نکات ہیں: اندراج، پروٹین، ساخت، درجہ بندی، پروٹیوم اور سیٹ۔ انٹرپروسکن انٹرپروسکن ایک سافٹ ویئر پیکیج ہے جو صارفین کو ممبر ڈیٹا بیس کے دستخطوں کے خلاف ترتیبات کو اسکین کرنے کی اجازت دیتا ہے۔ صارفین اس دستخطی اسکیننگ سافٹ ویئر کو نوول نیوکلیوٹائڈ یا پروٹین کے سلسلے کو فعال طور پر نمایاں کرنے کے لیے استعمال کر سکتے ہیں۔ انٹرپروسکن کو اکثر جینوم پروجیکٹوں میں استعمال کیا جاتا ہے تاکہ دلچسپی کے جینوم کی "فرسٹ پاس" خصوصیت حاصل کی جا سکے۔ انٹرپروسکین (v5. x) کا عوامی ورژن جاوا پر مبنی فن تعمیر کا استعمال کرتا ہے۔ سافٹ ویئر پیکیج فی الحال صرف 64 بٹ لینکس آپریٹنگ سسٹم پر سپورٹ کیا جاتا ہے۔ انٹرپروسکن، بہت سے دوسرے ای ایم بی ایل-ای بی آئی بائیو انفارمیٹکس ٹولز کے ساتھ، ریسٹ فل اور ایس او اے پی ویب سروسز اے پی آئی کا استعمال کرتے ہوئے پروگرام کے ذریعے بھی رسائی حاصل کی جا سکتی ہے۔ پروٹین فیملی ڈومین آف نامعلوم فنکشن سیکوینس موٹف حوالہ جات بیرونی لنکس-ویب سرور حیاتیاتی ڈیٹا بیس پروٹین کی درجہ بندی کیمبرج شائر جنوبی کیمبرج شائر ضلع میں سائنس اور ٹیکنالوجی بھی دیکھیں۔