Sirius visualization software
سیریس ایک سالماتی ماڈلنگ اور تجزیہ کا نظام ہے جو سان ڈیاگو سپر کمپیوٹر سینٹر میں تیار کیا گیا ہے۔ سیریس کو اعلی درجے کی صارف کی ضروریات کو پورا کرنے کے لیے ڈیزائن کیا گیا ہے جو چھوٹے مالیکیولز اور پروٹین کے سادہ ڈسپلے سے بالاتر ہیں۔ سیریس اعلی معیار کے انٹرایکٹو 3D گرافکس، ڈھانچے کی تعمیر، پروٹین یا ڈی این اے کے بنیادی ترتیبات کی نمائش، ریموٹ ڈیٹا ذرائع تک رسائی، اور سالماتی حرکیات کے راستوں کو دیکھنے کی حمایت کرتا ہے۔ اسے سائنسی تصور اور تجزیہ، اور کیمسٹری اور حیاتیات کی ہدایات کے لیے استعمال کیا جا سکتا ہے۔ یہ سافٹ ویئر اب 2011 تک سپورٹ نہیں ہے۔ کلیدی خصوصیات سیریس خصوصیات کے ایک سیٹ کے ساتھ مختلف قسم کی ایپلی کیشنز کی حمایت کرتا ہے، بشمول: ٹکڑوں کی لائبریری کا استعمال کرتے ہوئے کیمیائی ڈھانچوں کی تعمیر اور ترمیم پروٹین ڈھانچہ اور ترتیب کی صف بندی کمانڈ لائن انٹرپریٹر اور اسکرپٹنگ سپورٹ موجودہ راسمول اسکرپٹس کے ساتھ مکمل طور پر مطابقت رکھتا ہے۔ مالیکیولر ڈائنامکس ٹریجیکٹوری کے لیے مکمل سپورٹ جو براہ راست پروٹین ڈیٹا بینک اور یونیپروٹ ڈیٹا بیس میں BLAST سرچ کو تصور کرتا ہے۔ ہائیڈروجن بانڈنگ، سٹیریک کلشز، رامچندرن پلاٹس کے بقیہ انٹرایکٹو حساب کو منجمد کرتے ہوئے بھری ہوئی ڈیٹا کے کچھ حصوں کو منتقل کرنے کی صلاحیت۔ فوٹو ریالسٹک امیجز بنانے کے لیے تمام بڑے ڈھانچے اور ترتیب کے فارمیٹس کے لیے سپورٹ۔ انفرادی بصری اجزاء میں مربوط انتخاب اور رنگ کاری سیریس مالیکیولر گرافکس کوڈ اور ڈیٹا ڈھانچے پر مبنی ہے جو مالیکیولر بائیولوجی ٹول کٹ کے ایک حصے کے طور پر تیار کیا گیا ہے۔ راس مول سے مطابقت رکھنے والی اسکرپٹنگ سیریس میں کمانڈ لائن انٹرپریٹر کی خصوصیات ہیں جو ساخت کی ظاہری شکل اور واقفیت کو تیزی سے جوڑنے کے لیے استعمال کیا جا سکتا ہے۔ کمانڈوں کے سیٹ کو راسمول کے بعد نمونہ بنایا گیا ہے، لہذا یہ موجودہ اسکرپٹ کے ساتھ مکمل طور پر مطابقت رکھتا ہے۔ سیریس میں متعارف کرائے گئے اضافی کمانڈ ایک ہی وقت میں لدے ہوئے متعدد ڈھانچوں میں ہیرا پھیری کے لیے مدد فراہم کرتے ہیں، اور زیادہ لچکدار انتخاب کو فعال کرتے ہیں۔ موجودہ راسمول رسم الخط کو درآمد کیا جا سکتا ہے اور سیریس کے اندر چلایا جا سکتا ہے تاکہ انکوڈ شدہ سالماتی مناظر کی اعلی معیار کی نمائندگی پیدا کی جا سکے۔ چونکہ راسمول ایک مربوط نظام کا استعمال کرتا ہے جو اس سیریس سے مختلف ہے، اندرونی تبدیلی اس وقت کی جاتی ہے جب راسمول رسم الخط درآمد کیے جاتے ہیں، تاکہ کسی بھی واقفیت کی تبدیلیوں کو صحیح طریقے سے دکھایا جائے۔ تاہم، دستی طور پر درج کردہ کمانڈوں کو سیریس کوآرڈینیٹ سسٹم کے مطابق انجام دیا جاتا ہے۔ سیریس کئی پہلے سے طے شدہ ایٹم کے باقیات کے سیٹوں اور رنگین اسکیموں کی حمایت کرتا ہے، کمانڈ پینل انٹرفیس کا استعمال کرتے ہوئے اسکرپٹ میں ترمیم کی اجازت دیتا ہے، اور منطقی آپریٹرز اور قوسین کو پیچیدہ سلیکشن کمانڈز بنانے کے لیے استعمال کیا جا سکتا ہے۔ سالماتی حرکیات کے راستوں کو تصور کرنا سیریس میں ایک مکمل خصوصیات والی سالماتی حرکیات کا تصور کرنے والا جزو ہوتا ہے۔ یہ AMBER اور CHARMM تخروپن سے آؤٹ پٹ فائلوں کو پڑھ سکتا ہے، بشمول کمپریسڈ اور AMBER آؤٹ فائلیں۔ رفتار کے ساتھ آر ایم ایس ڈی کی تبدیلیوں کا حساب صارف کے طے شدہ ایٹم سبسیٹس کا استعمال کرتے ہوئے لگایا جا سکتا ہے اور انٹرایکٹو طور پر اپ ڈیٹ شدہ گراف میں دکھایا جا سکتا ہے۔ میموری کی ضروریات کو کم کرنے کے لیے، بڑے ملٹی فائل سمیلیشنز کو بفرڈ موڈ میں لوڈ کیا جا سکتا ہے۔ اگر کسی تخروپن میں پروٹین فولڈ میں تبدیلیاں شامل ہیں، تو سیریس کو حقیقی وقت میں دکھائے گئے ثانوی ڈھانچے کی خصوصیات کو ٹریک کرنے اور دوبارہ مرتب کرنے کے لیے سیٹ کیا جا سکتا ہے، جو ڈھانچے کی تبدیلیوں کا مشاہدہ کرنے کا ایک آسان طریقہ فراہم کرتا ہے۔ مکمل ٹریجیکٹوری یا منتخب فریم کو کوئیک ٹائم ویڈیو یا پی او وی رے سین سنیپ شاٹس کے سیٹ کے طور پر برآمد کیا جا سکتا ہے جسے بعد میں اعلی معیار کی فلم میں تبدیل کیا جا سکتا ہے۔ سریئس تک رسائی اور ڈاؤن لوڈ تعلیمی اور غیر منافع بخش تنظیموں سے وابستہ افراد کو پروجیکٹ کی ویب سائٹ سے آزادانہ طور پر تقسیم کیا جاتا ہے۔ مقامی ڈیسک ٹاپ ایپلی کیشن انسٹالرز ونڈوز، لینکس اور میک او ایس کے لیے دستیاب ہیں۔ سالماتی میکانکس ماڈلنگ کے لیے سافٹ ویئر کا موازنہ سالماتی گرافکس سسٹمز کی فہرست سالماتی ایڈیٹر سالماتی ماڈلنگ سالماتی گرافکس سالماتی حرکیات حوالہ جات بیرونی لنکس انٹرنیٹ آرکائیو آف آفیشل ویب سائٹ سالماتی حیاتیات ٹول کٹ سان ڈیاگو سپر کمپیوٹر سینٹر یونیورسٹی آف کیلیفورنیا سان ڈیاگو سالماتی ماڈلنگ سافٹ ویئر