Chromosome conformation capture
کروموسوم کنفارمیشن کیپچر تکنیک (اکثر مختصر طور پر 3 سی ٹیکنالوجیز یا 3 سی پر مبنی طریقے) سالماتی حیاتیات کے طریقوں کا ایک مجموعہ ہے جو سیل میں کرومیٹن کی مقامی تنظیم کا تجزیہ کرنے کے لیے استعمال ہوتا ہے۔ یہ طریقے جینومک لوکی کے درمیان تعاملات کی تعداد کو متعین کرتے ہیں جو 3-D جگہ میں قریب ہیں، لیکن لکیری جینوم میں بہت سے نیوکلیوٹائڈز کے ذریعے الگ کیے جا سکتے ہیں۔ اس طرح کے تعاملات حیاتیاتی افعال، جیسے پروموٹر-بڑھانے والے تعاملات، یا بے ترتیب پولیمر لوپنگ کے نتیجے میں ہو سکتے ہیں، جہاں کرومیٹن کی غیر ہدایت شدہ جسمانی حرکت لوکی کو ٹکرانے کا سبب بنتی ہے۔ تعامل تعدد کا براہ راست تجزیہ کیا جا سکتا ہے، یا انہیں فاصلے میں تبدیل کیا جا سکتا ہے اور 3-D ڈھانچے کی تعمیر نو کے لیے استعمال کیا جا سکتا ہے۔ 3 سی پر مبنی طریقوں کے درمیان بنیادی فرق ان کا دائرہ کار ہے۔ مثال کے طور پر، 3C تجربے میں تعامل کا پتہ لگانے کے لیے پی سی آر کا استعمال کرتے وقت، دو مخصوص ٹکڑوں کے درمیان تعاملات کی مقدار مقرر کی جاتی ہے۔ اس کے برعکس، ہائی-سی بیک وقت ٹکڑوں کے تمام ممکنہ جوڑوں کے درمیان تعاملات کی مقدار طے کرتا ہے۔ 3C کے ذریعہ تیار کردہ مواد کی گہری ترتیب بھی جینوم وسیع تعاملات کے نقشے تیار کرتی ہے۔ تاریخی طور پر، خوردبین جوہری تنظیم کی تحقیقات کا بنیادی طریقہ تھا، جس کی تاریخ 1590 تک بتائی جا سکتی ہے۔ 1879 میں والتھر فلیمنگ نے کرومیٹن کی اصطلاح تیار کی۔ 1883 میں اگست ویس مین نے کرومیٹن کو وراثت سے جوڑا۔ 1884 میں البرچٹ کوسل نے ہسٹون دریافت کیے۔ 1888 میں، سوٹن اور بوویری نے سیل سائیکل کے دوران کرومیٹن کے تسلسل کا نظریہ پیش کیا۔ 1889 میں، ولہیم وان والڈیمیر نے "کروموسوم" کی اصطلاح تیار کی۔ 1928 میں ایمل ہیٹز نے ہیٹروکرومیٹن اور یوکرومیٹن کی اصطلاحات وضع کیں۔ 1942 میں، کونراڈ ویڈنگٹن نے ایپیجینیٹک مناظر کو پیش کیا۔ 1948 میں، رولین ہاٹکس نے ڈی این اے میتھیلیشن دریافت کیا۔ 1953 میں، واٹسن اور کرک نے روزالنڈ فرینکلن کی ایکس رے ڈفریکشن امیجز کی بنیاد پر ڈی این اے کے ڈبل ہیلکس ڈھانچے کی اطلاع دی۔ 1961 میں، میری لیون نے ایکس-ان ایکٹیویشن کا اصول پیش کیا۔ 1973/1974 میں کرومیٹن فائبر دریافت کیا گیا۔ 1975 میں، پیئر چیمبن نے نیوکلیوسومز کی اصطلاح تیار کی۔ 1982 میں کروموسوم کے علاقے دریافت ہوئے۔ 1984 میں، جان ٹی لیس نے کرومیٹن امیونوپریسیپیٹیشن تکنیک ایجاد کی۔ 1993 میں، نیوکلیئر لائیگیشن اسیسے شائع کیا گیا، ایک ایسا طریقہ جو حل میں ڈی این اے کی سرکلرائزیشن تعدد کا تعین کر سکتا ہے۔ اس جانچ کا استعمال یہ ظاہر کرنے کے لیے کیا گیا تھا کہ ایسٹروجن پرولیکٹن جین پروموٹر اور قریبی بڑھانے والے کے درمیان تعامل کو جنم دیتا ہے۔ 2002 میں، جاب ڈیکر نے یہ نیا خیال متعارف کرایا کہ لوکی کے درمیان تعامل تعدد کے گھنے میٹرکس کو جینوم کی مقامی تنظیم کا اندازہ لگانے کے لیے استعمال کیا جا سکتا ہے۔ یہ خیال کروموسوم کنفارمیشن کیپچر (3 سی) جانچ کی ان کی ترقی کی بنیاد تھا، جسے 2002 میں ہارورڈ یونیورسٹی کے کلیکنر لیب میں جاب ڈیکر اور ساتھیوں نے شائع کیا تھا۔ 2003 میں ہیومن جینوم پروجیکٹ مکمل ہوا۔ 2006 میں، میریک سائمنس نے ڈیکر لیب میں 4 سی، دوستی ایجاد کی، 5 سی ایجاد کی۔ 2007 میں بی فرینکلن پگ نے چپ سیک تکنیک ایجاد کی۔ 2009 میں، ایرز لیبرمین ایڈن اور جاب ڈیکر نے ہائی-سی ایجاد کی، میلیسا جے فل ووڈ اور یجن روان نے چییا-پیٹ ایجاد کی۔ 2012 میں، دی رین گروپ، اور ایڈتھ ہرڈ اور جاب ڈیکر کی قیادت والے گروپوں نے ممالیہ جانوروں میں ٹوپولوجیکل ایسوسیٹنگ ڈومینز (ٹی اے ڈی) دریافت کیے۔ 2013 میں، تاکاشی ناگانو اور پیٹر فریزر نے ہائی-سی اور سنگل سیل ہائی-سی کے لیے ان-نیوکلی لائیگیشن متعارف کرایا۔ 2014 میں، سوہاس راؤ، مریم ہنٹلی وغیرہ۔ ان سیٹو ہائی-سی اور 4-کٹر پابندی والے انزائموں کے استعمال کو تیار کیا، اور کئی انسانی سیل لائنوں کے لیے کلو بیس ریزولوشن تک پہلا ہائی ریزولوشن ڈیٹا سیٹ جاری کیا۔ انہوں نے ہائی-سی نقشوں میں سی ٹی سی ایف-کوہسین لوپنگ کے پہلے واضح ثبوت کی بھی نشاندہی کی اور ان لوپس میں موجود متغیر سی ٹی سی ایف موٹف اصول کی نشاندہی کی۔ تجرباتی طریقے تمام 3C طریقے اسی طرح کے مراحل سے شروع ہوتے ہیں، جو خلیوں کے نمونے پر انجام دیے جاتے ہیں۔ سب سے پہلے، خلیے کے جینوم فارملڈیہائیڈ کے ساتھ جڑے ہوتے ہیں، جو ایسے بندھن متعارف کراتے ہیں جو جینومک لوکی کے درمیان تعاملات کو "منجمد" کرتے ہیں۔ کمرے کے درجہ حرارت پر 10-30 منٹ کے لیے 1-3% فارملڈیہائیڈ کے ساتھ خلیوں کا علاج سب سے زیادہ عام ہے، تاہم، اعلی پروٹین-DNA کراس لنکنگ کو روکنے کے لیے معیاری بنانا ضروری ہے، کیونکہ اس سے بعد کے مرحلے میں پابندی کے ہاضمے کی کارکردگی پر منفی اثر پڑ سکتا ہے۔ اس کے بعد جینوم کو ایک پابندی والے اینڈو نیوکلیز کے ساتھ ٹکڑوں میں کاٹا جاتا ہے۔ پابندی کے ٹکڑوں کا سائز تعامل کی نقشہ سازی کے حل کا تعین کرتا ہے۔ ریسٹریکشن انزائمز (آر ای) جو 6 بی پی شناخت کے سلسلے میں کٹوتی کرتے ہیں، جیسے کہ ایکو آر 1 یا ہند III، اس مقصد کے لیے استعمال کیے جاتے ہیں، کیونکہ وہ ہر 4000 بی پی میں ایک بار جینوم کو کاٹتے ہیں، جس سے انسانی جینوم میں 1 ملین ٹکڑے ملتے ہیں۔ زیادہ عین مطابق تعامل کی نقشہ سازی کے لیے، آر ای کو پہچاننے والا 4 بی پی بھی استعمال کیا جا سکتا ہے۔ اگلا مرحلہ قربت پر مبنی لائیگیشن ہے۔ یہ کم ڈی این اے کے ارتکاز پر یا ٹی 4 ڈی این اے لیگیز کی موجودگی میں برقرار، پارگمیلی نیوکلئی کے اندر ہوتا ہے، اس طرح کہ کراس سے منسلک تعامل کرنے والے ٹکڑوں کے درمیان تعلق کو ان ٹکڑوں کے درمیان تعلق پر ترجیح دی جاتی ہے جو کراس سے منسلک نہیں ہوتے ہیں۔ اس کے بعد، تعامل کرنے والے لوکی کی مقدار پی سی آر طریقوں کے ذریعے جڑے ہوئے جنکشنوں کو بڑھا کر متعین کی جاتی ہے۔ اصل طریقے 3C (ایک بمقابلہ ایک) کروموسوم کنفارمیشن کیپچر (3C) تجربہ جینومک لوکی کے ایک جوڑے کے درمیان تعاملات کی مقدار طے کرتا ہے۔ مثال کے طور پر، 3C کو امیدوار پروموٹر-بڑھانے والے کے تعامل کی جانچ کے لیے استعمال کیا جا سکتا ہے۔ معلوم پرائمرز کے ساتھ پی سی آر کا استعمال کرتے ہوئے لیگیٹڈ ٹکڑوں کا پتہ لگایا جاتا ہے۔ یہی وجہ ہے کہ اس تکنیک کے لیے تعامل کرنے والے علاقوں کے پہلے علم کی ضرورت ہوتی ہے۔ 4 سی (ون بمقابلہ آل) کروموسوم کنفارمیشن کیپچر آن چپ (4 سی) (جسے سرکلر کروموسوم کنفارمیشن کیپچر بھی کہا جاتا ہے) ایک لوکس اور دیگر تمام جینومک لوکی کے درمیان تعاملات کو پکڑتا ہے۔ اس میں خود سرکلرائزڈ ڈی این اے کے ٹکڑے بنانے کے لیے دوسرا لائیگیشن مرحلہ شامل ہوتا ہے، جو الٹا پی سی آر انجام دینے کے لیے استعمال ہوتے ہیں۔ الٹا پی سی آر معلوم ترتیب کو اس سے منسلک نامعلوم ترتیب کو بڑھانے کے لیے استعمال کرنے کی اجازت دیتا ہے۔ 3 سی اور 5 سی کے برعکس، 4 سی تکنیک کو باہمی تعامل والے کروموسومل علاقوں دونوں کے پہلے علم کی ضرورت نہیں ہے۔ 4C کا استعمال کرتے ہوئے حاصل کردہ نتائج زیادہ تر تعاملات کے ساتھ انتہائی دوبارہ پیش کیے جا سکتے ہیں جو ایک دوسرے کے قریب علاقوں کے درمیان پائے جاتے ہیں۔ ایک واحد مائیکرو ارے پر، تقریبا دس لاکھ تعاملات کا تجزیہ کیا جا سکتا ہے۔ 5 سی (کئی بمقابلہ کئی) کروموسوم کی تشکیل کیپچر کاربن کاپی (5 سی) کسی دیئے گئے خطے کے اندر تمام پابندیوں کے ٹکڑوں کے درمیان تعاملات کا پتہ لگاتا ہے، اس خطے کا سائز عام طور پر میگا بیس سے زیادہ نہیں ہوتا ہے۔ یہ یونیورسل پرائمرز کو تمام ٹکڑوں سے جوڑ کر کیا جاتا ہے۔ تاہم، 5 سی میں نسبتا کم کوریج ہے۔ 5 سی تکنیک انٹرا مالیکیولر لائیگیشن مرحلے پر جنکشنل مسائل پر قابو پا لیتی ہے اور دلچسپی کے مخصوص لوکی کے پیچیدہ تعاملات کی تعمیر کے لیے مفید ہے۔ یہ نقطہ نظر جینوم وسیع پیچیدہ تعاملات کے انعقاد کے لیے موزوں نہیں ہے کیونکہ اس کے لیے لاکھوں 5 سی پرائمر استعمال کرنے کی ضرورت ہوگی۔ ہائی-سی (آل بمقابلہ آل) ہائی-سی ٹکڑوں کی نیوکلیوٹائڈ ترتیب کو تلاش کرنے کے لیے ہائی تھرو پٹ ترتیب کا استعمال کرتا ہے اور جوڑی دار اختتامی ترتیب کا استعمال کرتا ہے، جو ہر جڑے ہوئے ٹکڑے کے ہر سرے سے ایک مختصر ترتیب حاصل کرتا ہے۔ اس طرح، کسی دیئے گئے جڑے ہوئے ٹکڑے کے لیے، حاصل کردہ دو ترتیبات کو دو مختلف پابندیوں کے ٹکڑوں کی نمائندگی کرنی چاہیے جو قربت پر مبنی جڑے ہوئے مرحلے میں ایک ساتھ جڑے ہوئے تھے۔ ترتیبات کی جوڑی انفرادی طور پر جینوم سے منسلک ہوتی ہے، اس طرح اس لائیگیشن ایونٹ میں شامل ٹکڑوں کا تعین ہوتا ہے۔ لہذا، ٹکڑوں کے درمیان تمام ممکنہ جوڑی کے لحاظ سے تعاملات کی جانچ کی جاتی ہے۔ سیکوینس کیپچر پر مبنی طریقے دلچسپی کے مخصوص مقامات کے لیے 3 سی اور ہائی سی لائبریریوں کو بہتر بنانے کے لیے متعدد طریقے اولیگونیوکلیوٹائڈ کیپچر کا استعمال کرتے ہیں۔ ان طریقوں میں کیپچر-سی، این جی کیپچر-سی، کیپچر-3 سی، ہائی کیپ، کیپچر ہائی-سی اور مائیکرو کیپچر-سی شامل ہیں۔ یہ طریقے 4 سی پر مبنی طریقوں سے زیادہ ریزولوشن اور حساسیت پیدا کرنے کے قابل ہیں، مائیکرو کیپچر-سی دستیاب 3 سی تکنیکوں کا سب سے زیادہ ریزولوشن فراہم کرتا ہے اور بیس پیئر ریزولوشن ڈیٹا تیار کرنا ممکن ہے۔ سنگل سیل طریقے ان طریقوں کی سنگل سیل موافقت، جیسے کہ CHIP-SEQ اور Hi-C کو انفرادی خلیوں میں ہونے والے تعاملات کی تحقیقات کے لیے استعمال کیا جا سکتا ہے۔ کثیر تعامل کے طریقے متعدد طریقوں سے ایک سے زیادہ لائیگیشن جنکشنز کو بیک وقت ترتیب دیتے ہیں تاکہ اعلی درجے کے ڈھانچوں کا پتہ لگایا جا سکے جہاں کرومیٹن کے متعدد علاقے تعامل کر رہے ہوں۔ ان طریقوں میں ٹرائی-سی، تھری وے 4 سی/سی واک، اور ملٹی کانٹیکٹ 4 سی (ایم سی-4 سی) شامل ہیں۔ امیونو پریسیپیٹیشن پر مبنی طریقے CHIP-لوپ-CHIP-لوپ 3C کو CHIP-SEQ کے ساتھ جوڑتا ہے تاکہ دلچسپی کے پروٹین کی ثالثی میں دلچسپی کے دو مقامات کے درمیان تعاملات کا پتہ لگایا جا سکے۔ CHIP-لوپ پروٹین کے ذریعے ثالثی میں طویل فاصلے تک سیس-تعاملات اور ٹرانس تعاملات کی نشاندہی کرنے میں مفید ثابت ہو سکتا ہے کیونکہ بار بار ڈی این اے تصادم نہیں ہوں گے۔ جینوم کے وسیع طریقے چییا-پی ای ٹی دلچسپی کے پروٹین کی ثالثی میں ہونے والے تمام تعاملات کا پتہ لگانے کے لیے ہائی-سی کو چیپ-سی کیو کے ساتھ جوڑتا ہے۔ ہائیچپ کو کم ان پٹ مواد کے ساتھ چییا-پی ای ٹی کی طرح تجزیہ کی اجازت دینے کے لیے ڈیزائن کیا گیا تھا۔ حیاتیاتی اثرات 3C طریقوں نے متعدد حیاتیاتی بصیرت کو جنم دیا ہے، جن میں کروموسوم کی نئی ساختی خصوصیات کی دریافت، کرومیٹن لوپس کی فہرست سازی، اور ٹرانسکرپشنل ریگولیشن میکانزم کی سمجھ میں اضافہ (جس میں خلل بیماری کا باعث بن سکتا ہے) شامل ہیں۔ تھری سی طریقوں نے ان جینوں سے ریگولیٹری عناصر کی مقامی قربت کی اہمیت کا مظاہرہ کیا ہے جنہیں وہ ریگولیٹ کرتے ہیں۔ مثال کے طور پر، ان بافتوں میں جو گلوبین جینوں کا اظہار کرتے ہیں، β-گلوبن لوکس کنٹرول ریجن ان جینوں کے ساتھ ایک لوپ بناتا ہے۔ یہ لوپ ٹشوز میں نہیں پایا جاتا ہے جہاں جین کا اظہار نہیں ہوتا ہے۔ اس ٹیکنالوجی نے ماڈل حیاتیات اور انسانوں دونوں میں کروموسوم کے جینیاتی اور ایپیجینیٹک مطالعہ میں مزید مدد کی ہے۔ ان طریقوں نے جینوم کی بڑے پیمانے پر تنظیم کو ٹپوولوجیکل طور پر منسلک ڈومینز (ٹی اے ڈی) میں ظاہر کیا ہے، جو ایپیجینیٹک مارکرز سے متعلق ہیں۔ کچھ ٹی اے ڈی نقل کے طور پر فعال ہوتے ہیں، جبکہ دیگر دبے ہوئے ہوتے ہیں۔ ڈی۔ میلانوگاسٹر، ماؤس اور انسان میں بہت سے ٹی اے ڈی پائے گئے ہیں۔ مزید برآں، سی ٹی سی ایف اور کوہیسن ٹی اے ڈی کے تعین اور پروموٹر-پروموٹر تعاملات کو بڑھانے میں اہم کردار ادا کرتے ہیں۔ نتیجہ سے پتہ چلتا ہے کہ بڑھانے والے-پروموٹر لوپ میں سی ٹی سی ایف بائنڈنگ موفٹس کی واقفیت ایک دوسرے کا سامنا کرنا چاہیے تاکہ بڑھانے والے کو اپنا صحیح ہدف مل سکے۔ انسانی بیماری پروموٹر-بڑھانے والے تعاملات میں نقائص کی وجہ سے ہونے والی کئی بیماریاں ہیں، جن کا اس مقالے میں جائزہ لیا گیا ہے۔ بیٹا تھیلیسیمیا خون کی ایک مخصوص قسم کی خرابی ہے جو ایل سی آر بڑھانے والے عنصر کے حذف ہونے کی وجہ سے ہوتی ہے۔ ہولوپروسینسیفالی سیفیلک عارضہ ہے جو ایس بی ای 2 بڑھانے والے عنصر میں تغیر کی وجہ سے ہوتا ہے، جس کے نتیجے میں ایس ایچ ایچ جین کی پیداوار کمزور ہو جاتی ہے۔ پی پی ڈی 2 (سہ رخی انگوٹھے کا پولی ڈیکٹلی) زیڈ آر ایس بڑھانے والے کے تغیر کی وجہ سے ہوتا ہے، جس نے بدلے میں ایس ایچ ایچ جین کی پیداوار کو مضبوط کیا۔ پھیپھڑوں کا ایڈینوکارسنوما ایم وائی سی جین کے لیے بڑھانے والے عنصر کی نقل کی وجہ سے ہو سکتا ہے۔ ٹی سیل ایکیوٹ لیمفوبلاسٹک لیوکیمیا ایک نئے بڑھانے والے کے تعارف کی وجہ سے ہوتا ہے۔ ڈیٹا تجزیہ 3 سی طرز کے مختلف تجربات بہت مختلف ڈھانچوں اور شماریاتی خصوصیات کے ساتھ ڈیٹا تیار کرتے ہیں۔ اس طرح، ہر تجربے کی قسم کے لیے مخصوص تجزیہ پیکجز موجود ہیں۔ ہائی-سی ڈیٹا اکثر جینوم وسیع کرومیٹن تنظیم کا تجزیہ کرنے کے لیے استعمال کیا جاتا ہے، جیسے کہ ٹپوولوجیکل طور پر منسلک ڈومینز (ٹی اے ڈی)، جینوم کے لکیری طور پر ملحقہ علاقے جو 3-ڈی اسپیس میں وابستہ ہیں۔ ہائی-سی ڈیٹا سے ٹی اے ڈی کی شناخت کے لیے کئی الگورتھم تیار کیے گئے ہیں۔ ہائی-سی اور اس کے بعد کے تجزیے تیار ہو رہے ہیں۔ فٹ-ہائی-سی ایک ایسا طریقہ ہے جو ایک مجرد بائننگ اپروچ پر مبنی ہے جس میں تعامل کے فاصلے کو شامل کرنے (ابتدائی اسپلائن فٹنگ، عرف اسپلائن-1) اور نیل ماڈل (اسپلائن-2) کو بہتر بنانے میں ترمیم کی گئی ہے۔ فٹ-ہائی-سی کا نتیجہ ان کی پی-ویلیوز اور کیو-ویلیوز کے ساتھ جوڑی کے لحاظ سے انٹرا کروموسومل تعاملات کی ایک فہرست ہے۔ جینوم کی 3-D تنظیم کا تجزیہ کانٹیکٹ میٹرکس کی ایجینڈ کمپوزیشن کے ذریعے بھی کیا جا سکتا ہے۔ ہر آئجین ویکٹر لوکی کے ایک سیٹ سے مطابقت رکھتا ہے، جو ضروری نہیں کہ لکیری طور پر ملحقہ ہوں، جو ساختی خصوصیات کا اشتراک کرتے ہیں۔ 3 سی ٹیکنالوجیز میں ایک اہم الجھن کا عنصر جینومک لوکی کے درمیان اکثر غیر مخصوص تعاملات ہیں جو بے ترتیب پولیمر رویے کی وجہ سے ہوتے ہیں۔ شماریاتی اہمیت کی جانچ کے ذریعے دو لوکیوں کے درمیان تعامل کی تصدیق کی جانی چاہیے۔ ہائی-سی کانٹیکٹ میپ کو معمول پر لانا خام ہائی-سی کانٹیکٹ ہیٹ میپ کو معمول پر لانے کے دو بڑے طریقے ہیں۔ پہلا طریقہ یہ ہے کہ مساوی مرئیت کو فرض کیا جائے، جس کا مطلب ہے کہ ہر کروموسومل پوزیشن کے لیے تعامل کا مساوی موقع ہے۔ لہذا، ہائی-سی رابطہ نقشے کا حقیقی سگنل ایک متوازن میٹرکس ہونا چاہیے (متوازن میٹرکس میں مستقل صف کے مجموعے اور کالم کے مجموعے ہوتے ہیں)۔ الگورتھم کی ایک مثال جو مساوی مرئیت کا فرض کرتی ہے وہ سنکھورن-نوپ الگورتھم ہے، جو خام ہائی-سی رابطے کے نقشے کو متوازن میٹرکس میں پیمانہ کرتا ہے۔ دوسرا طریقہ یہ فرض کرنا ہے کہ ہر کروموسومل پوزیشن سے وابستہ تعصب موجود ہے۔ ہر کوآرڈینیٹ پر کانٹیکٹ میپ ویلیو اس پوزیشن کے اوقات میں دو کانٹیکٹ پوزیشنوں سے وابستہ تعصب کا حقیقی اشارہ ہوگا۔ الگورتھم کی ایک مثال جس کا مقصد تعصب کے اس ماڈل کو حل کرنا ہے وہ تکراری اصلاح ہے، جس نے خام ہائی-سی رابطے کے نقشے سے صف اور کالم کے تعصب کو بار بار کم کیا۔ ہائی-سی ڈیٹا کے تجزیے کے لیے متعدد سافٹ ویئر ٹولز دستیاب ہیں۔ ڈی این اے موٹف تجزیہ ڈی این اے موفٹس مخصوص مختصر ڈی این اے ترتیبات ہیں، اکثر لمبائی میں 8-20 نیوکلیوٹائڈز جو ایک مشترکہ حیاتیاتی فعل کے ساتھ ترتیبات کے ایک سیٹ میں شماریاتی طور پر زیادہ نمائندگی کرتے ہیں۔ فی الحال، طویل فاصلے تک کرومیٹن کے تعاملات پر ریگولیٹری موفٹس کا بڑے پیمانے پر مطالعہ نہیں کیا گیا ہے۔ کئی مطالعات نے پروموٹر-بڑھانے والے تعاملات میں ڈی این اے موفٹس کے اثرات کو واضح کرنے پر توجہ مرکوز کی ہے۔ بیلی اور دیگر۔ اس نے نشاندہی کی ہے کہ پروموٹر علاقوں میں ZNF143 موٹف پروموٹر-بڑھانے والے تعاملات کے لیے ترتیب کی خاصیت فراہم کرتا ہے۔ ZNF143 موٹف کے اتپریورتن نے پروموٹر-بڑھانے والے تعاملات کی تعدد کو کم کر دیا جس سے یہ پتہ چلتا ہے کہ ZNF143 ایک نیا کرومیٹن-لوپنگ عنصر ہے۔ جینوم پیمانے کے موٹف تجزیہ کے لیے، 2016 میں، وونگ اور دیگر۔ پروموٹر-بڑھانے والے تعاملات پر K562 سیل لائن کے لیے 19,491 ڈی این اے موٹف جوڑوں کی فہرست کی اطلاع دی۔ نتیجے کے طور پر، انہوں نے تجویز پیش کی کہ موٹف کی جوڑی کی کثرت (موٹف کی تعداد جو کسی دیئے گئے موٹف کے ساتھ جوڑی جاتی ہے) تعامل کے فاصلے اور ریگولیٹری ریجن کی قسم سے منسلک ہے۔ اگلے سال، وونگ نے ایک اور مضمون شائع کیا جس میں 6 انسانی خلیوں کی لکیروں میں 18,879 موٹف جوڑوں کی اطلاع دی گئی۔ اس کام کی ایک نئی شراکت موٹیف ہائیڈس ہے، جو ایک موٹف ڈسکوری ٹول ہے جس کا براہ راست جوڑے دار ترتیبات پر اطلاق کیا جا سکتا ہے۔ کینسر جینوم تجزیہ تھری سی پر مبنی تکنیکیں کینسر جینوم میں کروموسومل دوبارہ ترتیب کے بارے میں بصیرت فراہم کر سکتی ہیں۔ مزید برآں، وہ ریگولیٹری عناصر اور ان کے ہدف جینوں کے لیے مقامی قربت کی تبدیلیاں دکھا سکتے ہیں، جو جینوم کی ساختی اور فعال بنیاد کی گہری تفہیم لاتے ہیں۔ مزید پڑھنے کے لیے حوالہ جات یہ بھی دیکھیں بائیو کیمیکل علیحدگی کے عمل کروموسوم نیوکلیئر تنظیم