Phage display
فیج ڈسپلے پروٹین-پروٹین، پروٹین-پیپٹائڈ، اور پروٹین-ڈی این اے تعاملات کے مطالعہ کے لیے ایک لیبارٹری تکنیک ہے جو پروٹین کو جینیاتی معلومات سے جوڑنے کے لیے بیکٹیریوفیجز (وائرس جو بیکٹیریا کو متاثر کرتے ہیں) کا استعمال کرتی ہے جو انہیں انکوڈ کرتی ہے۔ اس تکنیک میں، دلچسپی کے پروٹین کو انکوڈنگ کرنے والے جین کو فیج کوٹ پروٹین جین میں داخل کیا جاتا ہے، جس کی وجہ سے فیج پروٹین کو اس کے باہر "ڈسپلے" کرتا ہے جبکہ اس کے اندر پروٹین کے لیے جین ہوتا ہے، جس کے نتیجے میں جینوٹائپ اور فینوٹائپ کے درمیان تعلق پیدا ہوتا ہے۔ وہ پروٹین جو فیجز ظاہر کر رہے ہیں پھر دوسرے پروٹین، پیپٹائڈز یا ڈی این اے کے سلسلے کے خلاف اسکرین کیا جا سکتا ہے، تاکہ دکھائے گئے پروٹین اور دوسرے مالیکیولز کے درمیان تعامل کا پتہ لگایا جا سکے۔ اس طرح، پروٹین کی بڑی لائبریریوں کو ان وٹرو سلیکشن نامی عمل میں اسکرین کیا جا سکتا ہے اور بڑھایا جا سکتا ہے، جو قدرتی انتخاب کے مترادف ہے۔ فیج ڈسپلے میں استعمال ہونے والے سب سے عام بیکٹیریوفیجز ایم 13 اور ایف ڈی فلیمینٹس فیج ہیں، حالانکہ ٹی 4، ٹی 7، اور λ فیج بھی استعمال کیے گئے ہیں۔ ہسٹری فیج ڈسپلے کو سب سے پہلے جارج پی اسمتھ نے 1985 میں بیان کیا تھا، جب انہوں نے پیپٹائڈ کے سلسلے کے مجموعے میں سے ایک پیپٹائڈ میں وائرس کے کیپسڈ پروٹین کو فیوز کرکے فلیمینٹس فیج (لمبے، پتلی وائرس جو بیکٹیریا کو متاثر کرتے ہیں) پر پیپٹائڈز کے ڈسپلے کا مظاہرہ کیا تھا۔ اس نے وائرل کلونوں کے مجموعے کی بیرونی سطحوں پر مختلف پیپٹائڈز کو ظاہر کیا، جہاں اس عمل کے اسکریننگ مرحلے نے پیپٹائڈز کو سب سے زیادہ بائنڈنگ وابستگی کے ساتھ الگ کر دیا۔ 1988 میں، اسٹیفن پارملے اور جارج اسمتھ نے وابستگی کے انتخاب کے لیے بائیوپیننگ کو بیان کیا اور یہ ظاہر کیا کہ انتخاب کے تکراری دور ایک ارب یا اس سے کم میں 1 پر موجود کلونوں کے لیے افزودہ کر سکتے ہیں۔ 1990 میں، جیمی اسکاٹ اور جارج اسمتھ نے فلیمینٹس فیج پر دکھائے جانے والے بڑے بے ترتیب پیپٹائڈ لائبریریوں کی تخلیق کو بیان کیا۔ فیج ڈسپلے ٹیکنالوجی کو گریگ ونٹر اور جان میک کیفرٹی کے ساتھ لیبارٹری آف مالیکیولر بائیولوجی، رچرڈ لرنر اور کارلوس بارباس کے ساتھ دی سکریپس ریسرچ انسٹی ٹیوٹ اور فرینک بریٹلنگ اور اسٹیفن ڈوبل کے ساتھ جرمن کینسر ریسرچ سینٹر کے گروپوں نے علاج کے پروٹین انجینئرنگ کے لیے اینٹی باڈیز جیسے پروٹین کی نمائش کے لیے مزید تیار اور بہتر بنایا۔ اسمتھ اور ونٹر کو فیج ڈسپلے تیار کرنے میں ان کی شراکت کے لیے کیمسٹری میں 2018 کے نوبل انعام کا نصف حصہ دیا گیا۔ جارج پیسزینک کا ایک پیٹنٹ جس میں 1985 سے ترجیح کا دعوی کیا گیا ہے وہ بھی پیپٹائڈ لائبریریوں کی نسل کو بیان کرتا ہے۔ اصول دو ہائبرڈ نظام کی طرح، فیج ڈسپلے کا استعمال پروٹین کے تعاملات کی ہائی تھرو پٹ اسکریننگ کے لیے کیا جاتا ہے۔ ایم 13 فلیمینٹس فیج ڈسپلے کے معاملے میں، دلچسپی کے پروٹین یا پیپٹائڈ کو انکوڈنگ کرنے والے ڈی این اے کو پی آئی آئی یا پی وی آئی آئی جین میں منسلک کیا جاتا ہے، جو بالترتیب معمولی یا بڑے کوٹ پروٹین کو انکوڈنگ کرتا ہے۔ بعض اوقات متعدد کلوننگ سائٹس کا استعمال اس بات کو یقینی بنانے کے لیے کیا جاتا ہے کہ ٹکڑوں کو تینوں ممکنہ پڑھنے کے فریموں میں داخل کیا جائے تاکہ سی ڈی این اے کے ٹکڑے کا مناسب فریم میں ترجمہ کیا جا سکے۔ فیج جین اور انسٹر ڈی این اے ہائبرڈ کو پھر ای کولی بیکٹیریل خلیوں جیسے ٹی جی 1، ایس ایس 320، ای آر 2738، یا ایکس ایل 1 بلیو ای کولی میں داخل کیا جاتا ہے (ایک عمل جسے "ٹرانسڈکشن" کہا جاتا ہے)۔ اگر "فیجیمیڈ" ویکٹر استعمال کیا جاتا ہے (ایک آسان ڈسپلے کنسٹرکٹ ویکٹر) تو فیج کے ذرات ای کولی خلیوں سے اس وقت تک خارج نہیں ہوں گے جب تک کہ وہ ہیلپر فیج سے متاثر نہ ہو جائیں، جو فیج ڈی این اے کی پیکیجنگ اور بالغ وائرینز کو متعلقہ پروٹین کے ٹکڑے کے ساتھ ان کے بیرونی کوٹ کے حصے کے طور پر معمولی (پی آئی آئی) یا بڑے (پی وی آئی آئی) کوٹ پروٹین پر جمع کرنے کے قابل بناتا ہے۔ مائیکرو ٹائٹر پلیٹ کے کنویں کی سطح پر متعلقہ ڈی این اے یا پروٹین کے ہدف کو متحرک کرنے سے، ایک فیج جو ایک پروٹین کو ظاہر کرتا ہے جو اس کی سطح پر ان اہداف میں سے کسی ایک سے جڑا رہتا ہے جبکہ دوسروں کو دھونے سے ہٹا دیا جاتا ہے۔ جو باقی رہ جاتے ہیں انہیں الگ کیا جا سکتا ہے، زیادہ فیج پیدا کرنے کے لیے استعمال کیا جا سکتا ہے (ہیلپر فیج کے ساتھ بیکٹیریل انفیکشن کے ذریعے) اور ایک فیج مرکب تیار کرنے کے لیے جو متعلقہ (یعنی۔ بائنڈنگ) فیج۔ ناپسندیدہ مواد کو ہٹا کر سونے کے نمونے کی افزودگی کے حوالے سے ان مراحل کی بار بار سائیکلنگ کو 'پیننگ' کہا جاتا ہے۔ آخری مرحلے میں خارج ہونے والے فیج کو ایک مناسب بیکٹیریل میزبان کو متاثر کرنے کے لیے استعمال کیا جا سکتا ہے، جس سے فیگیمیڈز کو جمع کیا جا سکتا ہے اور متعلقہ، تعامل کرنے والے پروٹین یا پروٹین کے ٹکڑوں کی شناخت کے لیے متعلقہ ڈی این اے کی ترتیب کو نکالا اور ترتیب دیا جا سکتا ہے۔ 'بیکٹیریل پیکیجنگ سیل لائن' ٹیکنالوجی کا استعمال کرکے ہیلپر فیج کے استعمال کو ختم کیا جا سکتا ہے۔ ایلیوشن کم-پی ایچ ایلیوشن بفر کو سونیفیکیشن کے ساتھ ملا کر کیا جا سکتا ہے، جو پیپٹائڈ-ٹارگیٹ تعامل کو ڈھیلا کرنے کے علاوہ، ہدف کے مالیکیول کو متحرک سطح سے الگ کرنے کا بھی کام کرتا ہے۔ یہ الٹراساؤنڈ پر مبنی طریقہ اعلی وابستگی والے پیپٹائڈ کے واحد مرحلے کے انتخاب کو قابل بناتا ہے۔ فیج ڈسپلے ٹیکنالوجی کی ایپلی کیشنز میں پروٹین کے باہمی تعامل کے شراکت داروں کا تعین شامل ہے (جسے ڈی این اے لائبریری کے ساتھ متحرک فیج "بیت" کے طور پر استعمال کیا جائے گا جس میں سیل، ٹشو یا حیاتیات کے تمام کوڈنگ سیکوینس شامل ہوں گے) تاکہ اس پروٹین کے فنکشن یا میکانزم کا تعین کیا جا سکے۔ فیج ڈسپلے ان وٹرو پروٹین ارتقاء (جسے پروٹین انجینئرنگ بھی کہا جاتا ہے) کے لیے بھی وسیع پیمانے پر استعمال ہونے والا طریقہ ہے۔ اس طرح، فیج ڈسپلے منشیات کی دریافت میں ایک مفید ذریعہ ہے۔ یہ پروٹین کو نشانہ بنانے کے لیے نئے لگینڈس (انزائم انفیکٹرز، ریسیپٹر ایگونسٹس اور مخالف) تلاش کرنے کے لیے استعمال ہوتا ہے۔ اس تکنیک کا استعمال ٹیومر اینٹیجنز (تشخیص اور علاج کے ہدف میں استعمال کے لیے) کا تعین کرنے اور بے ترتیب حصوں کے ساتھ خصوصی طور پر تعمیر شدہ ڈی این اے لائبریریوں کا استعمال کرتے ہوئے پروٹین-ڈی این اے تعاملات کی تلاش میں بھی کیا جاتا ہے۔ حال ہی میں، فیج ڈسپلے کو کینسر کے علاج کے تناظر میں بھی استعمال کیا گیا ہے-جیسے کہ گود لینے والے سیل ٹرانسفر کا نقطہ نظر۔ ان صورتوں میں، فیج ڈسپلے کا استعمال مصنوعی اینٹی باڈیز بنانے اور منتخب کرنے کے لیے کیا جاتا ہے جو ٹیومر کی سطح کے پروٹین کو نشانہ بناتے ہیں۔ یہ مریض سے جمع کیے گئے ٹی خلیوں کے لیے مصنوعی ریسیپٹرز میں بنائے جاتے ہیں جو بیماری سے نمٹنے کے لیے استعمال ہوتے ہیں۔ ان وٹرو پروٹین ارتقاء کے مسابقتی طریقوں میں خمیر ڈسپلے، بیکٹیریل ڈسپلے، رائبوسوم ڈسپلے، اور ایم آر این اے ڈسپلے شامل ہیں۔ وٹرو میں اینٹی باڈی کی پختگی اینٹی باڈی فیج ڈسپلے کی ایجاد نے اینٹی باڈی منشیات کی دریافت میں انقلاب برپا کردیا۔ ابتدائی کام ایم آر سی لیبارٹری آف مالیکیولر بائیولوجی (گریگ ونٹر اور جان میک کیفرٹی)، سکریپس ریسرچ انسٹی ٹیوٹ (رچرڈ لرنر اور کارلوس ایف بارباس) اور جرمن کینسر ریسرچ سینٹر (فرینک بریٹلنگ اور اسٹیفن ڈوبل) کی لیبارٹریوں نے کیا۔ 1991 میں، دی سکریپس گروپ نے فیج پر انسانی اینٹی باڈیز کے پہلے ڈسپلے اور انتخاب کی اطلاع دی۔ اس ابتدائی مطالعے میں انسانی اینٹی باڈی فاب کی تیزی سے علیحدگی کو بیان کیا گیا جس نے ٹیٹنس ٹاکسن کو باندھ دیا اور اس طریقہ کار کو ویکسین کے ڈیزائن اور تھراپی کے لیے انسانی اینٹی ایچ آئی وی-1 اینٹی باڈیز کو تیزی سے کلون کرنے تک بڑھایا گیا۔ اینٹی باڈی لائبریریوں کا فیج ڈسپلے مدافعتی ردعمل کے مطالعہ کے ساتھ ساتھ تھراپی کے لیے انسانی اینٹی باڈیز کو تیزی سے منتخب کرنے اور تیار کرنے دونوں کے لیے ایک طاقتور طریقہ بن گیا ہے۔ اینٹی باڈی فیج ڈسپلے کو بعد میں کارلوس ایف بارباس نے دی سکریپس ریسرچ انسٹی ٹیوٹ میں مصنوعی انسانی اینٹی باڈی لائبریریاں بنانے کے لیے استعمال کیا، یہ اصول سب سے پہلے 1990 میں بریٹلنگ اور ساتھی کارکنوں (پیٹنٹ سی اے 2035384) نے پیٹنٹ کرایا، اس طرح مصنوعی تنوع کے عناصر سے انسانی اینٹی باڈیز کو ان وٹرو بنانے کی اجازت دی گئی۔ فیج پر لاکھوں مختلف اینٹی باڈیز کو ظاہر کرنے والی اینٹی باڈی لائبریریوں کو اکثر دواسازی کی صنعت میں انتہائی مخصوص علاج معالجے کے اینٹی باڈی لیڈز کو الگ کرنے کے لیے استعمال کیا جاتا ہے، اینٹی باڈی دوائیوں میں ترقی کے لیے بنیادی طور پر کینسر مخالف یا سوزش مخالف علاج کے طور پر۔ سب سے کامیاب میں سے ایک اڈالیمومب تھا، جسے کیمبرج اینٹی باڈی ٹیکنالوجی نے ڈی 2 ای 7 کے طور پر دریافت کیا اور ایبٹ لیبارٹریز نے اسے تیار اور مارکیٹنگ کی۔ اڈالیمومب، جو ٹی این ایف الفا کا ایک اینٹی باڈی ہے، دنیا کا پہلا مکمل انسانی اینٹی باڈی تھا جس نے 1 بلین ڈالر سے زیادہ کی سالانہ فروخت حاصل کی۔ عمومی پروٹوکول ذیل میں ان واقعات کا سلسلہ ہے جن کی پیروی فیج ڈسپلے اسکریننگ میں کی جاتی ہے تاکہ پولی پیپٹائڈز کی شناخت کی جا سکے جو مطلوبہ ٹارگٹ پروٹین یا ڈی این اے سیکوینس سے زیادہ وابستگی کے ساتھ جڑے ہوتے ہیں: ٹارگٹ پروٹین یا ڈی این اے سیکوینس مائیکرو ٹائٹر پلیٹ کے کنوؤں پر متحرک ہوتے ہیں۔ بیکٹیریوفیج لائبریری میں بیکٹیریوفیج کوٹ پروٹین کے ساتھ فیوژن کی شکل میں بہت سے جینیاتی ترتیبات کا اظہار کیا جاتا ہے، تاکہ وہ وائرل ذرہ کی سطح پر ظاہر ہوں۔ دکھایا گیا پروٹین فیج کے اندر جینیاتی ترتیب سے مطابقت رکھتا ہے۔ اس فیج ڈسپلے لائبریری کو ڈش میں شامل کیا جاتا ہے اور فیج کو باندھنے کا وقت دینے کے بعد ڈش کو دھویا جاتا ہے۔ فیج دکھانے والے پروٹین جو ہدف کے مالیکیولز کے ساتھ تعامل کرتے ہیں ڈش سے منسلک رہتے ہیں، جبکہ دیگر تمام دھل جاتے ہیں۔ منسلک فیج کو خارج کیا جا سکتا ہے اور مناسب بیکٹیریل میزبانوں کے انفیکشن کے ذریعے زیادہ فیج بنانے کے لیے استعمال کیا جا سکتا ہے۔ نیا فیج ایک افزودہ مرکب تشکیل دیتا ہے، جس میں کافی کم غیر متعلقہ فیج ہوتا ہے (یعنی۔ غیر بائنڈنگ) ابتدائی مرکب میں موجود تھے۔ مرحلہ 3 سے 5 کو اختیاری طور پر ایک یا زیادہ بار دہرایا جاتا ہے، جس سے فیج لائبریری کو بائنڈنگ پروٹین میں مزید تقویت ملتی ہے۔ بیکٹیریا پر مبنی مزید وسعت کے بعد، تعامل کرنے والے فیج کے اندر ڈی این اے کو تعامل کرنے والے پروٹین یا پروٹین کے ٹکڑوں کی شناخت کے لیے ترتیب دیا جاتا ہے۔ کوٹ پروٹین فلیمینٹس فیجز pIII pIII کا انتخاب وہ پروٹین ہے جو وائریون کی انفیکشن کا تعین کرتا ہے۔ پی آئی آئی تین ڈومینز (این 1، این 2 اور سی ٹی) پر مشتمل ہے جو گلائسین سے بھرپور لنکرز کے ذریعے جڑے ہوئے ہیں۔ این 2 ڈومین وائرین انفیکشن کے دوران ایف پائلس سے جڑا رہتا ہے جو این 1 ڈومین کو آزاد کرتا ہے جو پھر بیکٹیریم کی سطح پر ٹول اے پروٹین کے ساتھ تعامل کرتا ہے۔ اس پروٹین کے اندر اندراج عام طور پر پوزیشن 249 (سی ٹی اور این 2 کے درمیان لنک کرنے والے علاقے کے اندر)، پوزیشن 198 (این 2 ڈومین کے اندر) اور این-ٹرمینس (این-ٹرمینل سراو کی ترتیب اور پی III کے این-ٹرمینس کے درمیان داخل) میں شامل کیے جاتے ہیں۔ تاہم، پوزیشن 198 پر واقع بام ایچ آئی سائٹ کا استعمال کرتے وقت کسی کو غیر جوڑی والے سسٹین کے باقیات (سی 201) سے محتاط رہنا چاہیے جو فیج ڈسپلے کے دوران مسائل کا باعث بن سکتا ہے اگر کوئی پی آئی آئی کا غیر کٹا ہوا ورژن استعمال کر رہا ہے۔ پی وی آئی آئی کے بجائے پی آئی آئی آئی کا استعمال کرنے کا ایک فائدہ یہ ہے کہ پی آئی آئی آئی ایک مددگار فیج کے ساتھ مل کر فیجیمڈ (ایف ایف فیجز سے ماخوذ پلاسمڈ) کا استعمال کرتے وقت مونوولینٹ ڈسپلے کی اجازت دیتا ہے۔ مزید برآں، پی آئی آئی آئی بڑے پروٹین کے سلسلے (> 100 امینو ایسڈ) کو داخل کرنے کی اجازت دیتا ہے اور پی وی آئی آئی کے مقابلے میں اس کے لیے زیادہ روادار ہے۔ تاہم، فیوژن پارٹنر کے طور پر پی آئی آئی آئی کا استعمال فیج انفیکشن میں کمی کا باعث بن سکتا ہے جس کی وجہ سے فیج کی نمو کی شرح میں فرق کی وجہ سے سلیکشن بائیس یا اس سے بھی بدتر، فیج کی اپنے میزبان کو متاثر کرنے میں ناکامی جیسے مسائل پیدا ہو سکتے ہیں۔ فیجیمڈ پلازمیڈ اور ہیلپر فیج کا استعمال کرکے فیج انفیکشن کے نقصان سے بچا جا سکتا ہے تاکہ نتیجے میں آنے والے فیج میں جنگلی قسم اور فیوژن پی آئی آئی دونوں شامل ہوں۔ سی ڈی این اے کا تجزیہ پی آئی آئی کا استعمال کرتے ہوئے دو تکمیلی لیوسین زپر سسٹم، ڈائریکٹ انٹرایکشن ریسکیو کے ذریعے یا سی-ٹرمینس پر سی ڈی این اے اور پی آئی آئی کے درمیان ایک 8-10 امینو ایسڈ لنکر شامل کرکے بھی کیا گیا ہے۔ پی وی III پی وی III ایف ایف فیجز کا اہم کوٹ پروٹین ہے۔ پیپٹائڈز عام طور پر پی وی III کے این-ٹرمینس سے جڑے ہوتے ہیں۔ عام طور پر پیپٹائڈز جنہیں پی وی III میں ملایا جا سکتا ہے وہ 6 سے 8 امینو ایسڈ لمبے ہوتے ہیں۔ ایسا لگتا ہے کہ سائز کی پابندی کا اضافی حصے کی وجہ سے ساختی رکاوٹ سے کم تعلق ہے اور کوٹ پروٹین کی برآمد کے دوران پی آئی وی کی وجہ سے سائز کے اخراج سے زیادہ تعلق ہے۔ چونکہ ایک عام فیجز پر پروٹین کی تقریبا 2700 کاپیاں ہوتی ہیں، اس لیے اس بات کا زیادہ امکان ہے کہ دلچسپی کے پروٹین کا اظہار پولی ویلینٹ طور پر کیا جائے چاہے فیجیمڈ کا استعمال کیا جائے۔ اس سے اس پروٹین کا استعمال اعلی وابستگی کے پابند شراکت داروں کی دریافت کے لیے ناموافق ہو جاتا ہے۔ پی وی III کے سائز کے مسئلے پر قابو پانے کے لیے مصنوعی کوٹ پروٹین تیار کیے گئے ہیں۔ ایک مثال ویس اور سدھو کا الٹا مصنوعی کوٹ پروٹین (اے سی پی) ہے جو سی-ٹرمینس پر بڑے پروٹین کی نمائش کی اجازت دیتا ہے۔ اے سی پیز 20kDa کا پروٹین ظاہر کر سکتے ہیں، تاہم، صرف کم سطحوں پر (زیادہ تر صرف مونوولینٹ طور پر)۔ پی وی آئی پی وی آئی کو سی ڈی این اے لائبریریوں کی نمائش کے لیے بڑے پیمانے پر استعمال کیا گیا ہے۔ فیج ڈسپلے کے ذریعے سی ڈی این اے لائبریریوں کا ڈسپلے اس کی اعلی تھرو پٹ صلاحیت کی وجہ سے انٹرایکٹنگ پروٹین اور پیپٹائڈز کی دریافت کے لیے خمیر-2 ہائبرڈ طریقہ کار کا ایک پرکشش متبادل ہے۔ پی وی آئی کو سی ڈی این اے لائبریریوں کے اظہار کے لیے پی وی آئی آئی اور پی آئی آئی آئی کے لیے ترجیحی طور پر استعمال کیا گیا ہے کیونکہ فیج اسمبلی میں پی وی آئی کے کردار کو بہت زیادہ متاثر کیے بغیر پی وی آئی کے سی-ٹرمینس میں دلچسپی کا پروٹین شامل کیا جا سکتا ہے۔ اس کا مطلب یہ ہے کہ سی ڈی این اے میں اسٹاپ کوڈن اب کوئی مسئلہ نہیں ہے۔ تاہم، سی ڈی این اے کا فیج ڈسپلے ہمیشہ یوکرائیوٹک خلیوں میں موجود ترجمے کے بعد کی تبدیلیاں پیدا کرنے میں زیادہ تر پروکیریوٹس کی ناکامی یا ملٹی ڈومین پروٹین کے غلط فولڈنگ کی وجہ سے محدود ہوتا ہے۔ جبکہ پی وی آئی سی ڈی این اے لائبریریوں کے تجزیے کے لیے مفید رہا ہے، پی آئی آئی اور پی وی آئی آئی فیج ڈسپلے کے لیے سب سے زیادہ استعمال ہونے والے کوٹ پروٹین ہیں۔ پی وی آئی آئی اور پی آئی ایکس 1995 میں ایک تجربے میں، پی وی آئی آئی اور پی آئی ایکس دونوں پر گلوٹاتھیون ایس-ٹرانسفرس کی نمائش کی کوشش کی گئی اور ناکام رہی۔ تاہم، اس پروٹین کا فیج ڈسپلے این-ٹرمینس پر پیریپلاسمک سگنل سیکوینس (پیل بی یا او ایم پی اے) کے اضافے کے بعد کامیابی سے مکمل ہوا۔ ایک حالیہ مطالعہ میں، یہ دکھایا گیا ہے کہ اے وی ٹیگ، ایف ایل اے جی اور اس کو پی وی آئی آئی پر سگنل سیکوینس کی ضرورت کے بغیر دکھایا جا سکتا ہے۔ پھر سنگل چین ایف وی (ایس سی ایف وی)، اور سنگل چین ٹی سیل ریسیپٹرز (ایس سی ٹی سی آر) کے اظہار کا اظہار سگنل کی ترتیب کے ساتھ اور اس کے بغیر کیا گیا۔ پیل بی (ایک امینو ایسڈ سگنل سیکوینس جو پروٹین کو پیریپلازم تک نشانہ بناتا ہے جہاں ایک سگنل پیپٹیڈیز پھر پیل بی کو الگ کر دیتا ہے) سگنل سیکوینس کے بغیر پی وی آئی آئی اور پی آئی ایکس فیوژن کے مقابلے میں فیج ڈسپلے کی سطح کو بہتر بناتا ہے۔ تاہم، اس کی وجہ سے فیجیمیڈ جینومز کے بجائے زیادہ مددگار فیج جینومز کو شامل کیا گیا۔ تمام صورتوں میں، فیج ڈسپلے کی سطح پی آئی آئی فیوژن کے استعمال سے کم تھی۔ تاہم، کم ڈسپلے بائنڈر کے انتخاب کے لیے زیادہ سازگار ہو سکتا ہے کیونکہ کم ڈسپلے حقیقی مونوولینٹ ڈسپلے کے قریب ہوتا ہے۔ چھ میں سے پانچ مواقع پر، پی ایل بی کے بغیر پی وی آئی آئی اور پی آئی ایکس فیوژن وابستگی کے انتخاب کی جانچ میں پی آئی آئی فیوژن سے زیادہ موثر تھے۔ مقالے میں یہ بھی کہا گیا ہے کہ پی وی آئی آئی اور پی آئی ایکس ڈسپلے پلیٹ فارم طویل عرصے میں پی آئی آئی سے بہتر کارکردگی کا مظاہرہ کر سکتے ہیں۔ پی۔ آئی۔ آئی کے بجائے پی۔ وی۔ آئی۔ آئی اور پی۔ آئی۔ ایکس کا استعمال بھی ایک فائدہ ہو سکتا ہے کیونکہ اگر استعمال شدہ پی۔ آئی۔ آئی جنگلی قسم کا ہو تو وائرین-اینٹیجن بانڈ کو توڑے بغیر وائرین ریسکیو کیا جا سکتا ہے۔ اس کے بجائے، کوئی بھی مالا اور اینٹیجن کے درمیان ایک حصے میں کلییوٹ کر سکتا ہے۔ چونکہ پی آئی آئی آئی برقرار ہے اس سے کوئی فرق نہیں پڑتا کہ اینٹیجن فیج سے جڑا رہتا ہے یا نہیں۔ ٹی 7 فیجز فیج ڈسپلے کے لیے ایف ایف فیجز کو استعمال کرنے کا مسئلہ یہ ہے کہ انہیں فیج میں جمع ہونے سے پہلے بیکٹیریا کی اندرونی جھلی میں دلچسپی کے پروٹین کو منتقل کرنے کی ضرورت ہوتی ہے۔ کچھ پروٹین اس عمل سے نہیں گزر سکتے اور اس لیے انہیں ایف ایف فیجز کی سطح پر ظاہر نہیں کیا جا سکتا۔ ان صورتوں میں، اس کے بجائے T7 فیج ڈسپلے استعمال کیا جاتا ہے۔ ٹی 7 فیج ڈسپلے میں، دکھایا جانے والا پروٹین ٹی 7 کے جین 10 کیپسیڈ پروٹین کے سی-ٹرمینس سے منسلک ہوتا ہے۔ ٹی 7 کے استعمال کا نقصان یہ ہے کہ سطح پر ظاہر ہونے والے پروٹین کا سائز چھوٹے پیپٹائڈز تک محدود ہے کیونکہ ٹی 7 جینوم میں بڑی تبدیلیوں کو ایڈجسٹ نہیں کیا جا سکتا جیسا کہ ایم 13 میں ہے جہاں فیج صرف اپنے کوٹ کو لمبا بنا دیتا ہے تاکہ اس کے اندر موجود بڑے جینوم کو فٹ کیا جا سکے۔ تاہم، یہ ایس سی ایف وی کے انتخاب کے لیے ایک بڑی پروٹین لائبریری کی تیاری کے لیے مفید ہو سکتا ہے جہاں ایس سی ایف وی کا اظہار ایم 13 فیج پر کیا جاتا ہے اور اینٹیجنز کا اظہار ٹی 7 فیج کی سطح پر کیا جاتا ہے۔ بائیو انفارمیٹکس کے وسائل اور ٹولز ڈیٹا بیس اور میموٹوپس کے لیے کمپیوٹیشنل ٹولز فیج ڈسپلے اسٹڈی کا ایک اہم حصہ رہے ہیں۔ ڈیٹا بیس، پروگرام اور ویب سرورز بڑے پیمانے پر ہدف سے غیر متعلقہ پیپٹائڈز کو خارج کرنے، چھوٹے مالیکیولز-پروٹین کے تعاملات کی خصوصیت اور پروٹین-پروٹین کے تعاملات کا نقشہ بنانے کے لیے استعمال کیے گئے ہیں۔ صارفین پروٹین کی سہ جہتی ساخت اور فیج ڈسپلے تجربے سے منتخب کردہ پیپٹائڈز کو تشکیلی ایپیٹوپس کا نقشہ بنانے کے لیے استعمال کر سکتے ہیں۔ کچھ تیز اور موثر کمپیوٹیشنل طریقے آن لائن دستیاب ہیں۔ ہدایت شدہ ارتقاء پروٹین-پروٹین تعاملات پیل بی لیڈر ترتیب مسابقتی تکنیکیں: دو ہائبرڈ سسٹم ایم آر این اے ڈسپلے رائبوسوم ڈسپلے خمیر ڈسپلے حوالہ جات مزید پڑھنا کیمیائی انجینئرنگ میں انتخاب بمقابلہ ڈیزائن ای ٹی ایچ-2 انسانی اینٹی باڈی فیج لائبریری بیرونی روابط سالماتی حیاتیات بیکٹیریوفیجز مائکروبیولوجی پروٹین-پروٹین تعاملات جانچ ڈسپلے تکنیک