Lumi (software)
لومی ایک آزاد، اوپن سورس اور اوپن ڈویلپمنٹ سافٹ ویئر پروجیکٹ ہے جو الومینا ایکسپریشن اور میتھیلیشن مائیکرو ارے ڈیٹا کے تجزیے اور فہم کے لیے ہے۔ یہ پروجیکٹ 2006 کے موسم گرما میں شروع کیا گیا تھا اور بائیو کنڈکٹر کے فریم ورک میں ایلیومینا کے الگورتھم اور ڈیٹا مینجمنٹ ٹولز فراہم کرنے کے لیے تیار کیا گیا تھا۔ یہ شماریاتی آر پروگرامنگ زبان پر مبنی ہے۔ خصوصیات لومی پیکیج پروب-لیول الومینا ایکسپریشن اور میتھیلیشن مائیکرو ایری ڈیٹا کے لیے ایک تجزیہ پائپ لائن فراہم کرتا ہے، جس میں پروب-آئیڈینٹیفائر مینجمنٹ (این یو آئی ڈی)، ریفسیک (این یو آئی ڈی بلاسٹ) کی تازہ ترین ریلیز کا استعمال کرتے ہوئے تازہ ترین پروب-ٹو-جین میپنگ اور اینوٹیشن، پروب-انٹینسٹی ٹرانسفارمیشن (وی ایس ٹی) اور نارملائزیشن (آر ایس این)، کوالٹی کنٹرول (کیو اے/کیو سی) اور الومینا میتھیلیشن ڈیٹا کے لیے مخصوص پری پروسیسنگ کے طریقے شامل ہیں۔ ایلیومینا مخصوص خصوصیات کے ساتھ ایکسپرسٹ آبجیکٹ کو بڑھا کر، لومی کو دیگر بائیو کنڈکٹر پیکجوں، جیسے لمما اور گوسٹیٹس کے ساتھ کام کرنے کے لیے ڈیزائن کیا گیا ہے تاکہ تفریقی جینوں کا پتہ لگایا جا سکے اور جین آنٹولوجی تجزیہ کیا جا سکے۔ لومی پروجیکٹ 2006 کے موسم گرما میں نارتھ ویسٹرن یونیورسٹی کے رابرٹ ایچ لوری کمپری ہینسو کینسر سینٹر کی بائیو انفارمیٹکس کور فیسلٹی میں شروع کیا گیا تھا۔ اصل میں لومی کو الومینا ایکسپریشن بیڈ ارے ڈیٹا کے تجزیے کے لیے ڈیزائن کیا گیا تھا۔ 2010 (ورژن> 2.0) سے شروع کرتے ہوئے، الومینا میتھیلیشن مائیکرو ارے ڈیٹا کا تجزیہ کرنے کے افعال شامل کیے گئے تھے۔ پروجیکٹ ٹیم ڈاکٹرز پر مشتمل ہے۔ پین ڈو، سائمن ایم لن، اور وارن اے کببے۔ یہ پروجیکٹ ڈاکٹر سردار ای بلون کے تعاون کی درخواست پر شروع کیا گیا تھا تاکہ کینسر پر ریٹینوک ایسڈ کے اثرات کے مطالعہ پر ان کی لیب میں حاصل کردہ نئے الومینا مائیکرو ارے ڈیٹا کے ایک سیٹ کا تجزیہ کیا جا سکے۔ ڈاکٹر پین ڈو نے پروجیکٹ کے سافٹ ویئر ڈویلپمنٹ کی قیادت کی۔ لومی پہلا سافٹ ویئر پیکیج تھا جس نے ڈیٹا ٹرانسفارمیشن اور نارملائزیشن کے عمل کے لیے بیڈ آرریز کے بے کار پن کے منفرد ڈیزائن کو استعمال کیا۔ لومی کی پہلی ریلیز 3 جنوری 2007 کو بائیو کنڈکٹر ویب سائٹ کے ذریعے ہوئی تھی۔ اس کی باضابطہ ریلیز سے پہلے، اس کا بیٹا ٹیسٹ ناروے کے ریڈیئم ہسپتال، لیڈن یونیورسٹی میڈیکل سینٹر، یونیورسٹی وین ایمسٹرڈیم، یونیورسٹی ڈیگلی اسٹڈی دی بریشیا، یو سی ڈیوس، وین اسٹیٹ یونیورسٹی، این آئی ایچ، ایم ڈی میں کیا گیا تھا۔ اینڈرسن کینسر سینٹر، کیس ویسٹرن ریزرو یونیورسٹی، ہارورڈ یونیورسٹی، واشنگٹن یونیورسٹی، اور والٹر اینڈ ایلزا ہال انسٹی ٹیوٹ آف میڈیکل ریسرچ۔ یہ بھی دیکھیں بائیو کنڈکٹر، سالماتی حیاتیات میں ویٹ لیب ڈیٹا کے شماریاتی تجزیے کے لیے مربوط سافٹ ویئر الومینا انکارپوریٹڈ اور اس کی بیڈ ارے ٹیکنالوجی بیرونی لنکس لومی سافٹ ویئر ریلیز ویب سائٹ اولڈ لومی ویب سائٹ آفیشل بائیو کنڈکٹر ویب سائٹ فری سائنس سافٹ ویئر فری آر (پروگرامنگ زبان) سافٹ ویئر مائیکرو آرریز