Rfam
آر ایف اے ایم ایک ڈیٹا بیس ہے جس میں غیر کوڈنگ آر این اے (این سی آر این اے) خاندانوں اور دیگر منظم آر این اے عناصر کے بارے میں معلومات موجود ہیں۔ یہ ایک تشریح شدہ، کھلی رسائی والا ڈیٹا بیس ہے جو اصل میں ویلکم ٹرسٹ سینگر انسٹی ٹیوٹ میں جینیلیا فارم کے تعاون سے تیار کیا گیا تھا، اور فی الحال یورپی بائیو انفارمیٹکس انسٹی ٹیوٹ میں ہوسٹ کیا گیا ہے۔ آر ایف اے ایم کو پروٹین خاندانوں کی تشریح کے لیے پی ایف اے ایم ڈیٹا بیس کی طرح ڈیزائن کیا گیا ہے۔ پروٹین کے برعکس، این سی آر این اے میں اکثر بنیادی ترتیب میں زیادہ مماثلت کا اشتراک کیے بغیر اسی طرح کی ثانوی ساخت ہوتی ہے۔ آر فام این سی آر این اے کو ایک مشترکہ آباؤ اجداد کے ارتقاء کی بنیاد پر خاندانوں میں تقسیم کرتا ہے۔ ان خاندانوں کی متعدد ترتیب صف بندی (ایم ایس اے) تیار کرنا ان کی ساخت اور افعال کے بارے میں بصیرت فراہم کر سکتا ہے، جیسا کہ پروٹین خاندانوں کے معاملے میں ہوتا ہے۔ یہ ایم ایس اے ثانوی ساخت کی معلومات کے اضافے کے ساتھ زیادہ مفید ہو جاتے ہیں۔ آرفیم کے محققین ویکیپیڈیا کے آر این اے ویکی پروجیکٹ میں بھی حصہ ڈالتے ہیں۔ استعمال Rfam ڈیٹا بیس کو مختلف افعال کے لیے استعمال کیا جا سکتا ہے۔ ہر این سی آر این اے خاندان کے لیے، انٹرفیس صارفین کو اجازت دیتا ہے: متعدد ترتیب کی صف بندی کو دیکھنے اور ڈاؤن لوڈ کرنے کی ؛ تشریح کو پڑھنے کی ؛ اور خاندان کے ممبروں کی انواع کی تقسیم کا جائزہ لینے کی۔ ادب کے حوالہ جات اور دیگر آر این اے ڈیٹا بیس کے لنکس بھی فراہم کیے گئے ہیں۔ آر فیم ویکیپیڈیا کے لنکس بھی فراہم کرتا ہے تاکہ صارفین اندراجات بنا سکیں یا ترمیم کر سکیں۔ آرفیم ویب سائٹ پر انٹرفیس صارفین کو مطلوبہ الفاظ، خاندانی نام، یا جینوم کے ساتھ ساتھ این سی آر این اے ترتیب یا ای ایم بی ایل الحاق نمبر کے ذریعے این سی آر این اے تلاش کرنے کی اجازت دیتا ہے۔ ڈیٹا بیس کی معلومات انفرنل سافٹ ویئر پیکیج کا استعمال کرتے ہوئے ڈاؤن لوڈ، انسٹال اور استعمال کے لیے بھی دستیاب ہے۔ INFERNAL پیکیج کو Rfam کے ساتھ بھی استعمال کیا جا سکتا ہے تاکہ معروف ncRNAs کے ہومولوگس کے لیے ترتیبات (مکمل جینوم سمیت) کی تشریح کی جا سکے۔ طریقہ کار ڈیٹا بیس میں، ثانوی ڈھانچے اور بنیادی ترتیب کی معلومات، جس کی نمائندگی ایم ایس اے کرتا ہے، کو شماریاتی ماڈلز میں ملایا جاتا ہے جسے پروفائل اسٹوچسٹک سیاق و سباق سے پاک گرامر (ایس سی ایف جی) کہا جاتا ہے، جسے کوویرینس ماڈل بھی کہا جاتا ہے۔ یہ پی ایف اے ایم ڈیٹا بیس میں پروٹین فیملی اینوٹیشن کے لیے استعمال ہونے والے پوشیدہ مارکوف ماڈلز کے مترادف ہیں۔ ڈیٹا بیس میں ہر خاندان کی نمائندگی اسٹاک ہوم فارمیٹ میں دو متعدد ترتیب صف بندی اور ایک ایس سی ایف جی کے ذریعے کی جاتی ہے۔ پہلا ایم ایس اے "سیڈ" صف بندی ہے۔ یہ ایک ہاتھ سے تیار کردہ صف بندی ہے جس میں این سی آر این اے خاندان کے نمائندہ اراکین شامل ہوتے ہیں اور ساختی معلومات کے ساتھ اس کی تشریح کی جاتی ہے۔ اس بیج کی صف بندی کا استعمال ایس سی ایف جی بنانے کے لیے کیا جاتا ہے، جو خاندان کے اضافی افراد کی شناخت کرنے اور انہیں صف بندی میں شامل کرنے کے لیے آر فیم سافٹ ویئر انفیرنل کے ساتھ استعمال ہوتا ہے۔ غلط مثبت سے بچنے کے لیے خاندانی مخصوص حد قدر کا انتخاب کیا جاتا ہے۔ ریلیز 12 تک، آرفیم نے ایک ابتدائی BLAST فلٹرنگ مرحلہ استعمال کیا کیونکہ پروفائل SCFGs کمپیوٹیشنل طور پر بہت مہنگے تھے۔ تاہم، INFERNAL کے تازہ ترین ورژن کافی تیز ہیں تاکہ اب BLAST قدم کی ضرورت نہ رہے۔ دوسرا ایم ایس اے "مکمل" صف بندی ہے، اور ترتیب ڈیٹا بیس کے خلاف کوویرینس ماڈل کا استعمال کرتے ہوئے تلاش کے نتیجے میں بنایا گیا ہے۔ تمام دریافت شدہ ہومولوگ ماڈل کے ساتھ منسلک ہوتے ہیں، جو خود بخود تیار کردہ مکمل صف بندی فراہم کرتے ہیں۔ آرفیم کا ہسٹری ورژن 1 2003 میں لانچ کیا گیا تھا اور اس میں 25 این سی آر این اے خاندان شامل تھے اور تقریبا 50 000 این سی آر این اے جینوں کی وضاحت کی گئی تھی۔ 2005 میں، ورژن 6.1 جاری کیا گیا تھا اور اس میں 379 خاندان شامل تھے جو 280,000 سے زیادہ جینوں کی وضاحت کرتے ہیں۔ اگست 2012 میں، ورژن 11.0 میں 2208 آر این اے خاندان تھے، جبکہ موجودہ ورژن (14.9، نومبر 2022 میں جاری کیا گیا) 4108 خاندانوں کی وضاحت کرتا ہے۔ بڑی ریلیزز اور اشاعتیں 2003-Rfam: ایک RNA فیملی ڈیٹا بیس۔ 2005-Rfam: مکمل جینوم میں غیر کوڈنگ RNAs کی تشریح کرنا۔ 2008-آر این اے ویکی پروجیکٹ: آر این اے خاندانوں کی کمیونٹی تشریح۔ 2008-آر ایف اے ایم: آر این اے خاندانوں کے ڈیٹا بیس میں اپ ڈیٹس۔ 2011-Rfam: ویکیپیڈیا، قبیلے اور "اعشاریہ" ریلیز۔ 2012-Rfam 11.0: RNA خاندانوں کے 10 سال۔ 2014-Rfam 12.0: RNA خاندانوں کے ڈیٹا بیس میں اپ ڈیٹس۔ 2017-Rfam 13.0: غیر کوڈنگ RNA خاندانوں کے لیے جینوم پر مبنی وسائل کی طرف منتقل ہونا۔ 2020-آرفیم 14: میٹاجنومک، وائرل اور مائیکرو آر این اے خاندانوں کی توسیع شدہ کوریج۔ مسائل اعلی یوکرائٹس کے جینوم میں بہت سے این سی آر این اے سے ماخوذ سڈوجینز ہوتے ہیں اور دہرائے جاتے ہیں۔ ان غیر فعال نقلوں کو فعال این سی آر این اے سے ممتاز کرنا ایک زبردست چیلنج ہے۔ انٹرن کو کوویرینس ماڈل کے ذریعہ ماڈل نہیں بنایا جاتا ہے۔ حوالہ جات بیرونی روابط Rfam ویب سائٹ پر یورپی بائیو انفارمیٹکس انسٹی ٹیوٹ INFERNAL سافٹ ویئر پیکیج miRBase جینیاتی انجینئرنگ برطانیہ میں جینیاتی ڈیٹا بیس مالیکیولر بائیولوجی پبلک ڈومین سافٹ ویئر سورس کوڈ RNA سائنس اور ٹیکنالوجی کے ساتھ کیمبرج شائر ساؤتھ کیمبرج شائر ڈسٹرکٹ ویلکم ٹرسٹ