BEAST 2
بیسٹ 2 سالماتی ترتیبات کے بایسیائی تجزیے کے لیے ایک کراس پلیٹ فارم پروگرام ہے۔ یہ مختلف قسم کے متبادل اور گھڑی کے ماڈلز، اور مختلف قسم کے ٹری پریورز کا استعمال کرتے ہوئے جڑوں، وقت پر مبنی فائیلوجینیز کا تخمینہ لگاتا ہے۔ معیاری تجزیہ ترتیب دینے کے لیے ایک متعلقہ ٹول ہے، جسے بیوٹی کہا جاتا ہے (جو ایکس ایم ایل کا استعمال کرتے ہوئے متعین کیا جاتا ہے)۔ بیسٹ 2 پہلے (اب بھی فعال طور پر تیار کردہ) بیسٹ پروگرام کی مکمل دوبارہ تحریر ہے اور اس طرح کام کے ایک بڑے حصے پر توجہ مبذول ہوتی ہے۔ بیسٹ 2 کی ایک قابل ذکر خصوصیت پیکیجنگ سسٹم ہے جس نے نئے ماڈلز کو نافذ کرنے کے عمل کو آسان بنایا ہے۔ ٹیمنگ دی بیسٹ ایک کمیونٹی پر مبنی وسیلہ ہے جو بیسٹ 2 اور متعلقہ فائیلوجنیٹک سافٹ ویئر کا استعمال سکھاتا ہے۔ بیوتی بیوتی کا مطلب ہے "بایسیئن ایوولوشنری اینالیسس یوٹیلیٹی"۔ یہ ایک گرافیکل یوزر انٹرفیس (جی یو آئی) ہے جو بیسٹ 2 کے لیے ان پٹ فائلیں بنانے کے لیے استعمال ہوتا ہے۔ یہ صارفین کو آسانی سے اپنے فائیلوجنیٹک تجزیہ کے لیے مختلف اختیارات اور ترتیبات کی وضاحت کرنے کی اجازت دیتا ہے، جیسے ڈیٹا فائل، سالماتی ارتقاء کا ماڈل، اور ماڈل پیرامیٹرز کی پیشگی تقسیم۔ بی ای اے یو ٹی صارفین کو ایم سی ایم سی تجزیہ کے لیے پیرامیٹرز کی وضاحت کرنے کی بھی اجازت دیتا ہے، جیسے کہ زنجیر کی لمبائی اور نمونے لینے کی تعدد۔ یہ اسے بیسٹ 2 کو چلانے کا ایک صارف دوست طریقہ بناتا ہے، کیونکہ یہ صارفین کو دستی طور پر ایکس ایم ایل ان پٹ فائلوں میں ترمیم کرنے کی ضرورت کو ختم کرتا ہے۔ بییوٹی صارفین کو مختلف پیکجوں کو آسانی سے انسٹال کرنے اور ان کا انتظام کرنے کی اجازت دیتا ہے، جیسے کہ سالماتی ارتقاء کے ماڈل یا ہم آہنگ ماڈل۔ ان پیکجوں کو براہ راست بییوٹی کے اندر سے نصب کیا جا سکتا ہے۔ اس سے پیکجوں کو دستی طور پر ڈاؤن لوڈ اور انسٹال کرنے کی ضرورت کے بغیر تجزیہ میں نئی فعالیت شامل کرنا آسان ہو جاتا ہے۔ سی بی اے این جامع بیسٹ آرکائیو نیٹ ورک (سی بی اے این) بیسٹ 2 پیکجوں کا سرکاری ذخیرہ ہے۔ سی بی اے این میں پیکجوں کو بیوٹی آؤٹ آف دی باکس کے ذریعے نصب کیا جا سکتا ہے۔ لنگوا فائیلو اے سے متعلق پروجیکٹ لنگوا فائیلو (ایل پی وائی) ہے۔ اوپن بی یو جی ایس کی طرح نحو کے ساتھ فائیلوجنیٹک تجزیے کی وضاحت کے لیے ایل پی ہائی ایک ممکنہ پروگرامنگ زبان ہے۔ یہ ہاتھ سے ایکس ایم ایل لکھنے کی ضرورت کے بغیر بیسٹ 2 ایکس ایم ایل فائلیں (اور دیگر فائیلوجنیٹکس پیکجوں کے لیے اسی طرح کے ماڈل کی وضاحتیں) تیار کرنے کا ایک طریقہ فراہم کرتا ہے۔ حوالہ جات بیرونی روابط فائیلوجنیٹکس سافٹ ویئر