Critical Assessment of Function Annotation
فنکشنل اینوٹیشن کی تنقیدی تشخیص (سی اے ایف اے) ایک تجربہ ہے جو پروٹین فنکشن کی پیش گوئی کے لیے وقف کمپیوٹیشنل طریقوں کی بڑے پیمانے پر تشخیص فراہم کرنے کے لیے بنایا گیا ہے۔ مختلف الگورتھم کا اندازہ مالیکیولر فنکشن، حیاتیاتی عمل، اور سیلولر اجزاء کے زمروں میں جین آنٹولوجی (جی او) کی اصطلاحات کی پیش گوئی کرنے کی ان کی صلاحیت سے کیا جاتا ہے۔ یہ تجربہ دو راستوں پر مشتمل ہے: (1) یوکرائیوٹک ٹریک، (2) پروکرائیوٹک ٹریک۔ ہر ٹریک میں، منتظمین کے ذریعہ اہداف کا ایک مجموعہ فراہم کیا جاتا ہے۔ شرکاء سے توقع کی جاتی ہے کہ وہ جمع کرانے کی آخری تاریخ تک اپنی پیش گوئیاں پیش کریں، جس کے بعد ان کا اندازہ مخصوص میٹرکس کے ایک سیٹ کے مطابق کیا جاتا ہے۔ محرک کسی جاندار کا جینوم سینکڑوں سے دسیوں ہزار جینوں پر مشتمل ہو سکتا ہے، جو سیکڑوں ہزاروں مختلف پروٹین کے سلسلے کے لیے انکوڈ کرتے ہیں۔ جینوم کی ترتیب کی نسبتا کم لاگت کی وجہ سے، جین اور پروٹین کی ترتیب کا تعین کرنا تیز اور سستا ہے۔ اب تک ہزاروں انواع کی ترتیب دی جا چکی ہے، پھر بھی بہت سے پروٹین اچھی طرح سے نمایاں نہیں ہیں۔ خلیے میں پروٹین کے کردار کا تجرباتی طور پر تعین کرنے کا عمل ایک مہنگا اور وقت طلب کام ہے۔ مزید برآں، جب فعال جانچ کی جاتی ہے تب بھی ان کے پروٹین فنکشن کے بارے میں مکمل بصیرت فراہم کرنے کا امکان نہیں ہوتا ہے۔ لہذا پروٹین کو فعال طور پر تشریح کرنے کے لیے کمپیوٹیشنل ٹولز کا استعمال کرنا ضروری ہو گیا ہے۔ پروٹین فنکشن کی پیش گوئی کے کئی کمپیوٹیشنل طریقے ہیں جو مختلف قسم کے حیاتیاتی اور ارتقائی اعداد و شمار کا استعمال کرتے ہوئے پروٹین فنکشن کا اندازہ لگا سکتے ہیں، لیکن بہتری کے لیے کافی گنجائش موجود ہے۔ پروٹین فنکشن کی درست پیش گوئی بائیو میڈیکل اور دواسازی کی تحقیق پر دیرینہ اثرات مرتب کر سکتی ہے۔ سی اے ایف اے تجربہ کمپیوٹیشنل طریقوں کی غیر جانبدارانہ تشخیص فراہم کرنے، کمپیوٹیشنل فنکشن پیشن گوئی میں تحقیق کو متحرک کرنے، اور فنکشن پیشن گوئی میں مجموعی طور پر جدید ترین بصیرت فراہم کرنے کے لیے ڈیزائن کیا گیا ہے۔ تنظیم تجربہ تین مراحل پر مشتمل ہے: پیشن گوئی کا مرحلہ: ~ 4 ماہ منتظمین کمیونٹی کو نامعلوم یا نامکمل فنکشن کے ساتھ پروٹین کے سلسلے فراہم کرتے ہیں اور پیش گوئیاں جمع کرنے کی آخری تاریخ مقرر کرتے ہیں۔ ہدف جمع: 6-12 تمام پیش گوئیاں محفوظ ہونے کے بعد اور تجربہ انتظار کی مدت میں داخل ہوتا ہے جس میں پروٹین کے افعال عوامی ڈیٹا بیس میں جمع ہونے کی توقع کی جاتی ہے۔ تجزیہ مرحلہ: 1 ماہ کے پیشن گوئی کرنے والوں کی درجہ بندی ان کی کارکردگی کے مطابق کی جاتی ہے۔ نتائج کو سائنسی میٹنگوں میں عوامی طور پر شیئر کیا جاتا ہے اور ہم مرتبہ کے جائزے کے بعد شائع کیا جاتا ہے۔ سی اے ایف اے تجربہ آٹومیٹڈ فنکشن پریڈکشن (اے ایف پی) اسپیشل انٹرسٹ گروپ (اے ایف پی/ایس آئی جی) کے ذریعے کیا جاتا ہے۔ سی اے ایف اے کا تصور ڈاکٹر انبل (ہیلپرین) لینڈسبرگ نے کیا تھا، اور اس کا اہتمام انہوں نے پروفیسر رس آلٹ مین اور ڈاکٹر ادو فریڈبرگ کے ساتھ کیا تھا۔ 2005، 2006، 2008، 2011 اور 2012 میں انٹیلیجنٹ سسٹمز فار مالیکیولر بائیولوجی کانفرنس کے ساتھ ساتھ اے ایف پی/ایس آئی جی کا اجلاس منعقد ہوا ہے۔ سی اے ایف اے کا پہلا تجربہ 2010 کے موسم خزاں اور 2012 کے موسم بہار کے درمیان منعقد کیا گیا تھا۔ منتظمین نے کمیونٹی کے لیے 48,000 ترتیبات فراہم کیے جن میں ان ترتیبات میں سے ہر ایک کے لیے جین آنٹولوجی تشریحات کی پیش گوئی کرنے کا کام تھا۔ ان 48,000 پروٹینوں میں سے 866 کو ہدف جمع کرنے کے مرحلے کے دوران تجرباتی طور پر بیان کیا گیا۔ نتائج سے پتہ چلتا ہے کہ موجودہ فنکشن پیشن گوئی الگورتھم ایک سادہ ڈومین اسائنمنٹ یا BLAST پیکیج کے سیدھے استعمال سے نمایاں طور پر بہتر کارکردگی کا مظاہرہ کرتے ہیں۔ تاہم، انہوں نے یہ بھی انکشاف کیا کہ پروٹین کے حیاتیاتی فعل کی درست پیش گوئی اب بھی ایک کھلا اور چیلنجنگ مسئلہ ہے۔ سی اے ایف اے کا دوسرا تجربہ 2013 کے موسم خزاں میں شروع ہوا۔ اگست سے، دلچسپی رکھنے والی جماعتیں 27 انواع میں 100,000 سے زیادہ ہدف کے سلسلے ڈاؤن لوڈ کر سکتی ہیں۔ رجسٹرڈ ٹیموں کو چیلنج کیا جاتا ہے کہ وہ جین آنٹولوجی کی اصطلاحات کے ساتھ ترتیبات کی تشریح کریں، انسانی فینوٹائپ آنٹولوجی کی اصطلاحات کے ساتھ انسانی ترتیبات کی تشریح کرنے کے لیے ایک اضافی چیلنج کے ساتھ۔ جمع کرانے کی آخری تاریخ 15 جنوری 2014 تھی۔ پیشن گوئی کا جائزہ جون 2014 میں لیا جائے گا۔ سی اے ایس پی: پروٹین کی ساخت کی پیشن گوئی کی تنقیدی تشخیص سی اے پی آر آئی: تعاملات کی پیشن گوئی کی تنقیدی تشخیص حوالہ جات بیرونی لنکس آٹومیٹڈ فنکشن پیشن گوئی خصوصی دلچسپی گروپ-سی اے ایف اے چیلنج میں شرکت کی معلومات بائیو انفارمیٹکس