Rule-based modeling
اصول پر مبنی ماڈلنگ ایک ماڈلنگ نقطہ نظر ہے جو اصولوں کا ایک مجموعہ استعمال کرتا ہے جو بالواسطہ طور پر ریاضیاتی ماڈل کی وضاحت کرتا ہے۔ قاعدہ سیٹ کو یا تو مارکوف زنجیروں یا تفریقی مساوات جیسے ماڈل میں ترجمہ کیا جا سکتا ہے، یا ایسے ٹولز کا استعمال کرتے ہوئے علاج کیا جا سکتا ہے جو ترجمہ شدہ ماڈل کی جگہ براہ راست قاعدہ سیٹ پر کام کرتے ہیں، کیونکہ مؤخر الذکر عام طور پر بہت بڑا ہوتا ہے۔ قاعدے پر مبنی ماڈلنگ خاص طور پر ان صورتوں میں موثر ہے جہاں قاعدہ سیٹ اس ماڈل کے مقابلے میں نمایاں طور پر آسان ہے جس کا مطلب ہے کہ ماڈل محدود تعداد میں نمونوں کا بار بار اظہار ہے۔ ایک اہم ڈومین جہاں اکثر ایسا ہوتا ہے وہ زندہ حیاتیات کے بائیو کیمیکل ماڈل ہیں۔ باہمی طور پر متعلقہ مادوں کے گروپ باہمی طور پر متعلقہ تعاملات کے تابع ہوتے ہیں۔ بائیو نیٹ جین سافٹ ویئر ٹولز کا ایک مجموعہ ہے جو مساوات کو براہ راست پیدا کیے بغیر عام تفریقی مساوات پر مشتمل ریاضیاتی ماڈل تیار کرنے کے لیے استعمال ہوتا ہے۔ مثال کے طور پر ذیل میں بائیو نیٹ جین فارمیٹ میں ایک مثال کا اصول ہے: جہاں: A (a، a): ایک ماڈل پرجاتیوں A کی نمائندگی کرتا ہے جس میں دو آزاد بائنڈنگ سائٹس a B (b): ایک ماڈل پرجاتیوں B کی نمائندگی کرتا ہے جس میں ایک آزاد بائنڈنگ سائٹ A (a! 1). B (b! 1): ماڈل پرجاتیوں کی نمائندگی کرتا ہے جہاں A کی کم از کم ایک بائنڈنگ سائٹ B کی بائنڈنگ سائٹ سے منسلک ہوتی ہے۔ کوڈ کی مذکورہ لائن کے ساتھ، بائیو نیٹ جین خود بخود ہر ماڈل پرجاتیوں کے لیے صحیح ماس بیلنس کے ساتھ ایک ODE بنائے گا۔ مزید برآں، ایک اضافی انواع پیدا کی جائے گی کیونکہ اوپر دیے گئے اصول سے یہ ظاہر ہوتا ہے کہ دو B مالیکیول ایک A مالیکیول سے جڑے رہ سکتے ہیں کیونکہ دو بائنڈنگ سائٹس ہیں۔ لہذا، درج ذیل انواع پیدا ہوں گی: 4. A (a! 1, a! 2). B (b! 1). B (b! 2): مالیکیول A جس میں دونوں بائنڈنگ سائٹس دو مختلف B مالیکیولز کے زیر قبضہ ہیں۔ بائیو کیمیکل سسٹمز کے لیے بائیو کیمیکل سسٹمز کے تخروپن میں اصول پر مبنی ماڈلنگ استعمال کرنے کی ابتدائی کوششوں میں اسٹاک سم شامل ہے۔ بائیو کیمیکل نیٹ ورکس کے اصول پر مبنی ماڈلنگ کے لیے وسیع پیمانے پر استعمال ہونے والا ٹول بائیو نیٹ جین ہے۔ یہ جی این یو جی پی ایل، ورژن 3 کے تحت جاری کیا گیا ہے۔ بائیو نیٹ جین میں کیمیائی مادوں کو بیان کرنے کے لیے ایک زبان شامل ہے، بشمول وہ حالتیں جو وہ فرض کر سکتے ہیں اور وہ پابندیاں جن سے وہ گزر سکتے ہیں۔ ان اصولوں کو ری ایکشن نیٹ ورک ماڈل بنانے یا اصول سیٹ پر براہ راست کمپیوٹر سمیلیشن انجام دینے کے لیے استعمال کیا جا سکتا ہے۔ بائیو کیمیکل ماڈلنگ فریم ورک ورچوئل سیل میں بائیو نیٹ جین انٹرپریٹر شامل ہے۔ ایک قریبی متبادل کاپا زبان ہے۔ ایک اور متبادل بائیو کیمیکل اسپیس زبان ہے۔ حوالہ جات نظام حیاتیات سالماتی حیاتیات اسٹاکسٹک تخروپن مفت سائنس سافٹ ویئر