Random coil index
رینڈم کوئل انڈیکس (آر سی آئی) ریڑھ کی ہڈی کی ثانوی کیمیائی شفٹوں کی الٹا وزن اوسط کا حساب لگا کر اور ماڈل فری آرڈر پیرامیٹرز کے ساتھ ساتھ این ایم آر کے فی باقیات آر ایم ایس ڈی اور اس پیرامیٹر سے مالیکیولر ڈائنامکس اینسمبلز کی اقدار کی پیش گوئی کرکے پروٹین کی لچک کی پیش گوئی کرتا ہے۔ پروٹین لچک کا مطالعہ کرنے کے موجودہ طریقوں کے مقابلے میں اس پروٹوکول کے کلیدی فوائد یہ ہیں کہ اسے پروٹین کی ترتیری ساخت کے بارے میں پہلے سے علم کی ضرورت نہیں ہے، یہ پروٹین کے مجموعی طور پر ٹمبلنگ کے لیے حساس نہیں ہے اور اسے ریڑھ کی ہڈی کی تفویض کے لیے معیاری تجربات سے آگے اضافی این ایم آر پیمائش کی ضرورت نہیں ہے۔ پروٹین کی لچک کی خصوصیت کے لیے ثانوی کیمیائی شفٹوں کا اطلاق اس مفروضے پر مبنی ہے کہ بے ترتیب کنڈلی کی اقدار میں کیمیائی شفٹوں کی قربت پروٹین کی بڑھتی ہوئی نقل و حرکت کا مظہر ہے، جبکہ بے ترتیب کنڈلی کی اقدار سے اہم فرق نسبتا سخت ساخت کا اشارہ ہیں۔ اگرچہ سخت باقیات کی کیمیائی تبدیلیاں شیلڈنگ اور ڈیشیلڈنگ اثرات کی موازنہ شراکت کے نتیجے میں بے ترتیب کنڈلی اقدار کو اپنا سکتی ہیں (جیسے. ٹورسن اینگلز، ہائیڈروجن بانڈز، رنگ کرنٹس وغیرہ سے۔ )، متعدد مرکزوں سے کیمیائی شفٹوں کو ایک ہی پیرامیٹر میں جوڑنے سے ان لچکدار غلط مثبت کے اثر کو کم کرنے میں مدد ملتی ہے۔ بہتر کارکردگی لچکدار علاقوں بمقابلہ سخت علاقوں میں امینو ایسڈ کے باقیات کے درمیان پائے جانے والے مختلف مرکزوں سے بے ترتیب کنڈلی کیمیائی شفٹوں کے مختلف امکانات سے پیدا ہوتی ہے۔ عام طور پر، سخت ہیلیکس یا سخت بیٹا اسٹرینڈز میں باقیات کے متحرک علاقوں میں باقیات کے مقابلے میں ان کی ریڑھ کی ہڈی کی شفٹوں میں ایک سے زیادہ بے ترتیب کنڈلی کیمیائی تبدیلی کا امکان کم ہوتا ہے۔ آر سی آئی کے اصل حساب میں کئی اضافی اقدامات شامل ہیں جن میں کئی ملحقہ باقیات پر ثانوی شفٹوں کو ہموار کرنا، پڑوسی باقیات کی اصلاحات کا استعمال، کیمیائی شفٹ کا دوبارہ حوالہ، خلا بھرنا، کیمیائی شفٹ اسکیلنگ اور تقسیم سے صفر کو روکنے کے لیے عددی ایڈجسٹمنٹ شامل ہیں۔ مسائل 13C، 15N اور 1H ثانوی کیمیائی شفٹوں کو پھر ان مرکزوں کی خصوصیت گونج تعدد کے حساب سے اور پروٹوکول کے مختلف حصوں کے درمیان عددی مستقل مزاجی فراہم کرنے کے لیے اسکیل کیا جاتا ہے۔ ایک بار جب یہ اسکیلنگ اصلاحات ہو جاتی ہیں، تو آر سی آئی کا حساب لگایا جاتا ہے۔ اس مقام پر "اختتامی اثر کی اصلاح" کا بھی اطلاق کیا جا سکتا ہے۔ پروٹوکول کے آخری مرحلے میں آر سی آئی اقدار کے ابتدائی سیٹ کو تین نکاتی اوسط سے ہموار کرنا شامل ہے۔ کیمیائی شفٹ کیمیائی شفٹ انڈیکس پروٹین ڈائنامکس پروٹین این ایم آر این ایم آر نیوکلیئر مقناطیسی گونج سپیکٹروسکوپی پروٹین نیوکلیئر مقناطیسی گونج سپیکٹروسکوپی پروٹین dynamics#Domains اور پروٹین لچک پروٹین حوالہ نیوکلیئر مقناطیسی گونج نیوکلیئر مقناطیسی گونج سافٹ ویئر پروٹین طریقے پروٹین ڈھانچہ بائیو فزکس سائنسی تکنیک کیمسٹری سافٹ ویئر